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耳鲍(Haliotis asinina)核糖体小亚基(18S rRNA)编码基因的克隆与序列分析

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第３８卷第３期　２　０　０　７年５月　海洋与湖沼　

０ＣＥＡＮ０Ｌ０ＧＩＡ　ＥＴ　ＬＩＭＮ０Ｌ０ＧＩＡ　ＳＩＮＩＣＡ　Ｖｌ０１．３８．Ｎｏ．３　Ｍａｙ，２００７　

耳鲍（Ｈａｌｉｏｔｉｓ　ａｓｉｎｉｎａ）核糖体小亚基（１８Ｓ　ｒＲＮＡ）　

编码基因的克隆与序列分析冰　

黄　勃　方再光　刘均玲　周　智　王小兵　

（海南大学热带生物资源教育部重点实验室　海洋学院海口　５７０２２８）　

提要　采用分子生物学的方法，对南海不同海区的两个地理群体耳鲍（Ｈａｌｉｏｔｉｓ　ａｓｉｎｉｎａ）　

１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因全长进行了克隆和序列分析，并将耳鲍１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因的序列与ＮＣＢＩ数据库　中已收录鲍的１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因进行了比较。结果发现，南海耳鲍核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因与耳　鲍Ｈ　ａｓｉｎｉｎａ　ｉｓｏｌａｔｅ　Ｈ１１核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因序列的相同率高达９８％；同一地理群体内耳　

鲍核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因序列完全一致；不同地理群体间耳鲍核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因在碱基　组成上的相似率为９９％，仅在某些位点处发生了碱基替换，即腺嘌呤（Ｔ）被鸟嘌呤（Ｇ）替换；　

同时，将这两个不同群体中耳鲍的１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因与泰国耳鲍１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因序列进行比较　分析发现，它们之间也只是发生了碱基替换。　关键词　地理群体，耳鲍，１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因　

中图分类号　Ｑ９５４．４３　

耳鲍贝壳较小、狭长且薄、略弯曲，散布有　

暗绿色或紫褐色的三角形斑纹及淡褐色的不规则　的云状斑，贝壳顶部还常具有淡红色、紫红色、　

杏黄色及绿色的斑纹，形似耳状，故得其名，是　暖水性种类，生活于低潮线以下的岩石或珊瑚礁　及藻类丛生的海底，有时也生活于潮间带下区，　

分布于澳大利亚、新西兰的南岛、马来西亚、菲　律宾、南海中国海域和中国台湾地区以及日本等　

地。耳鲍生长快速，年平均壳长增长率为７５．５％，　

与九孔鲍和杂色鲍相比，其年平均壳长增长率分　别高出１３．８％和１３．５％（黄勃等，２００２），在南方海　

域将成为又一种重要的养殖经济鲍，故对耳鲍遗　

传资源的研究十分重要。　由于不同耳鲍地理群体在形态上的差异不　

显著，利用形态学方法无法对耳鲍不同群体，尤　其是它和其他鲍之间的遗传关系进行确定。线粒　体基因和核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因以其特殊的　

组成结构和演化方式在海洋动物遗传亲缘关系的　研究中具有不可替代的重要作用。目前，线粒体　１６Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因、核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因　

和核编码蛋白基因等先后已被用于动物的遗传关　系分析（邵红光等，１９９９，２０００；潘宝平等，２００６；　Ｃａｒａｐｅｌｌｉ　ｅｔ　ａｌ，２０００；Ｇｉｒｉｂｅｔ　ｅｔ　ａｌ，２０００；Ｓｈｕｌｔｚ　ｅｔ　ａｌ，　２０００）；线粒体１６Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因和核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因也已经在鲍科动物的遗传关系研究　

中得到了广泛应用（Ｎａｇａｎｕｍａ，１９９８；杨建敏等，　２００３；Ｋｌｉｎｂｕｎｇａ　ｅｔ　ａｌ，２００３）。但是由于线粒体１６Ｓ　

ｒＲＮＡ编码基因的来源仍存在争论，而１８Ｓ　ｒＲＮＡ编　

码基因存在于核基因组中，因此在遗传上它比线粒　体１６Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因更具有遗传稳定性和可靠性，　

更适合于生物的遗传差异与遗传关系的研究。本文　中作者研究了耳鲍核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因序列　

变异以及与其他鲍之间的遗传关系。　

１材料与方法　

１．１实验材料　实验材料耳鲍（Ｈａｌｉｏｔｉｓ　ａｓｉｎｉｎａ）地理群体　

国家“８６３”资源环境技术领域项目，２００４ＡＡ６０３１３０号；国家自然科学基金项目，４０３６６００１号；教育部科学技术研　究重点项目资助，０３１４６号；海南省外国专家局重点项目资助，２００３１２１１号；海南大学海洋生物重点学科项目资助，　２００６０２号。黄勃，博士，教授，Ｅ—ｍａｒｌ：ｈｕａｎｇｂｏｈｂｌ＠１６３．ｃｏｍ　收稿日期：２００５．０８．１２，收修改稿日期：２００６．０１．０５

　维普资讯 http://www.cqvip.com ３期　黄勃等：耳鲍（Ｈａｌｉｏｔｉｓ　ａｓｉｎｉｎａ）核糖体小亚基（１８Ｓ　ｒＲＮＡ）编码基因的克隆与序列分析　２１３　

Ｑ５、Ｑ６取自西沙群岛和海南岛沿海海域。　１．２方法　１．２．１耳鲍基因组ＤＮＡ的制备　活体取样，　

用蛋白酶Ｋ消化法从耳鲍肌肉组织中提取基因组　

ＤＮＡ。　１．２．２耳鲍１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因的克隆　根据　

动物１８Ｓ　ｒＲＮＡ的结构特点及其在进化上的保守　

区域设计正向和反向引物，正向引物序列：　

５＇－ＡＡＣＣＴＧＧＴＴＧＡＴＣＣＴＧＣＣＡＧ￣３　；反向引物　

序列：５＇－ＴＧＡＴＣＣＴＴＣＴＧＣＡＧＧＴＴＣＡ．３　。以耳鲍　

基因组ＤＮＡ为模板，采用ＰＣＲ方法，直接克隆　

１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因，在１。２％的琼脂糖凝胶上对　ＰＣＲ扩增产物进行电泳检测。用ＵＮＩＧ．１０柱式　

ＤＮＡ胶回收试剂盒回收目的ＤＮＡ条带。将ＰＣＲ　产物与ｐＧＥＭ￣－Ｔ　ｅａｓｙ　Ｖｅｃｔｏｒ连接，然后将连接　

产物转入大肠杆菌感受态ＸＬ１中。　

１．２．３　１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因测序和序列分析　从转　

化菌落中挑取阳性单菌落进行测序，测序工作由　上海晶泰生物技术有限公司完成。先将测序结果　

与ＮＣＢＩ数据库中收录的鲍１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因　

进行ＢＬＡＳＴ分析，然后采用ＣＬＵＳＴＡＬＷ软件进　

行多序列匹配排列，用ＰＨＹＬ￣软件构建遗传关　

系树。　

２　结果　

２．１　耳鲍基因组ＤＮＡ的提取结果　采用蛋白酶Ｋ消化法从成年耳鲍肌肉组织中　提取基因组ＤＮＡ，由于成年耳鲍的肌纤维十分　

发达，细胞核的含量相对较低，因此基因组ＤＮＡ　的含量也比较小。在该实验中，每个样品称取　

Ｏ．３ｇ左右的肌肉，用干净剪刀将肌肉组织充分剪　

碎，加如一定量的蛋白酶Ｋ（终浓度为１００￣ｔｇ／ｍ１），　５０￣Ｃ水浴处理３ｈ，期间多次轻轻摇动试管，用异　

丙醇沉淀，结果提取得到了比较满意的基因组　ＤＮＡ，结果如图１所示。　

２．２耳鲍核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ的编码基因克隆　以耳鲍基因组ＤＮＡ为模板，根据１８Ｓ　ｒＲＮＡ　

基因保守区域设计ＰＣＲ扩增反应引物，９４ｃＣ变性　

１ｍｉｎ，５４ｏＣ退火５０ｓ，７２ｃＣ延伸ｌｍｉｎ　３０ｓ，经过３Ｏ　个扩增反应后，扩增得到了大小为１．８ｋｂ的耳鲍　

核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ的编码基因片段，结果如图２　

所示。琼脂糖凝胶电泳检测的结果表明，在每个　

个体基因组ＤＮＡ模板上，都能特异性的扩增到　同样大小片段的ＤＮＡ条带，而且序列大小与目　的片段完全吻合。　

ｂｐ　２１２２７　４　

图１　蛋白酶Ｋ消化法提取的耳鲍基因组ＤＮＡ　Ｆｉｇ．１　Ｇｅｎｏｍｉｃ　ＤＮＡ　ｏｆ　Ｈ　ａｓｉｎｉｎａ　ｅｘｔｒａｃｔｅｄ　ｂｙ　ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ　Ｋ　Ｍ：Ｌａｍｂｄａ　ＤＮＡ／ＥｃｏＲ　Ｉ＋ＨｉｎｄＨＩ：１～５：不同耳鲍　个体中提取的基因组ＤＮＡ　

ｂｐ　２０００　

１０００　７５０　５００　

２５０　

图２鲍核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因的ＰＣＲ扩增结果　Ｆｉｇ．２　Ｔｈｅ　１　８Ｓ　ｒＲＮＡ　ｃｏｄｉｎｇ　ｇｅｎｅｓ　ｏｆ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｇｒｏｕｐｓ　ｏｆ　Ｈ．ａｓｉｎｉｎａ　ｂｙ　ＰＣＲ　Ｍ：ＤＮＡ　Ｌａｄｄｅｒ　２０００；１—６：耳鲍核糖体１　８Ｓ　ｒＲＮＡ编码　基因的ＰＣＲ扩增结果　

２．３两个不同耳鲍地理群体１８Ｓ　ｒＲＮＡ基因序列　变异位点　用ＣＬＵＳＴＡＬＷ软件对两个不同耳鲍地理群　

体耳鲍（Ｑ５，Ｑ６）核糖体１８ｓ　ｒＲＮＡ编码基因的３　端序列进行了比较分析，结果发现这两个不同地　

理群体耳鲍１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因在碱基组成上有　４处发生了碱基替换，其中３处为Ｇ与Ａ之间的　

替换，１处为ｃ与Ｔ之间的替换，结果图３所示。　

２．４鲍核糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因的序列分析与　

比较　通过对ｐＧＥＭ￣－Ｔ　ｅａｓｙ　Ｖｅｃｔｏｒ插入的耳鲍核　糖体１８Ｓ　ｒＲＮＡ编码基因进行测序，并将耳鲍核　

糖体１８Ｓ　ｒ

ＲＮＡ的编码基因序列与ＮＣＢＩ数据库　维普资讯 http://www.cqvip.com ２１４　海　洋　与　湖　沼　３８卷　

ＡＡＣＣＴＧＧＴＴＧＡＴＣＣＴＧＣＣＡＧＴＡＡＴＣ　ＡＴＡＴＧＣＴＴＧＴＣＴＣＡＡＡＧＡＴＴＡＡＧＣＣＡＴＧＣＡＴＧＴＣＴ　ＡＡＣＣＴＧＧＴＴＧＡＴＣＣＴＧＣＣＡＧＴＡＡＴＣＡＴＡＴＧＣＴＴＧＴＣＴＣＡＡＡＧＡＴＴＡＡＧＣＣＡＴＧＣＡＴＧＴＣＴ　

ＡＡＧＴＡＣＡＡＡＣＴＣＴＡＧＣＡＣＧＡＴＧＡＡＡＣＴＧＣＧＡＡＴＧＧＣＴＣＡＴＴＡＧＡＴＣＡＧＴＴＡＴＧＧＴＴＣＣＴＴ　ＡＡＧＴＡＣＡＡＡＣＴＣＴＡＧＣＡＣＧＡＴＧＡＡＡＣＴＧＣＧＡＡＴＧＧＣＴＣＡＴＴＡＧＡＴＣＡＧＴＴＡＴＧＧＴＴＣＣＴＴ　

ＡＧＡＴＧＡＴＡＣＡＡＴＣＣＴＡＣＴＴＧＧＡＴＡＡＣＴＧＴＧＧＴＡＡＴＴＣＴＡＧＡＧＣＴＡＡＴＡＣＡＴＧＣＡＣＴＧＡＡＧ　ＡＧＡＴＧＡＴＡＣＡＡＴＣＣＴＡＣＴＴＧＧＡＴＡＡＣＴＧＴＧＧＴＡＡＴＴＣＴＡＧＡＧＣＴＡＡＴＡＣＡＴＧＣＡＣＴＡＡＡＧ　

ＣＴＣＣＧＡＣＣＣＴＴＴＣＴＧＡＡＧＧＣＧＧＧＧＡＡＧＡＧＣＧＣＧＴＴＴＡＴＣＡＧＴＴＣＧＡＣＡＡＧＣＣＡＧＣＣＧＡＧＣ　ＣＴＣＣＧＡＣＣＣＴＴＴＣＴＧＡＡＧＧＣＧＧＧＧＡＡＧＡＧＣＧＣＧＴＴＴＡＴＣＡＧＴＴＣＧＡＣＡＡＧＣＣＡＧＣＣＧＡＧＣ　

ＣＧＣＧＡＧＧＴＣＴＣＴＣＣＡＣＴＴＴＧＧＴＧＡＣＴＣＴＧＧＡＴＡＡＣＴＣＴＡＧＣＧＧＡＴＣＧＣＡＣＧＧＣＣＴＣＧＡＧＣ　ＣＧＣＡＡＧＧＴＣＴＣＴＣＣＡＣＴＴＴＧＧＴＧＡＣＴＣＴＧＧＡＴＡＡＣＴＣＴＡＧＣＧＧＡＴＣＧＣＡＣＧＧＣＣＴＣＧＡＧＣ　

ＣＧＧＣＧＡＣＧＣＡＴＣＴＡＴＣＡＡＧＴＧＴＣＴＧＣＣＣ１１ＡＴＣＡＧＡＣＴＧＴＣＧＡＴＧＧＴＡＡＧＴＧＣＴＧＴＧＣＴＴＡ　ＣＧＧＣＧＡＣＧＣＡＴＣＴＡＴＣＡＡＧＴＧＴＣＴＧＣＣＣＴＡＴＣＡＧＡＣＴＧＴＣＧＡＴＧＧＴＡＡＧＴＧＣＴＡ＿ＴＧＣＴＴＡ　

ＣＣＡＴＧＧＴＧＡＴＡＡＣＧＧＧＴＡＡＣＧＧＧＧＡＡＴＣＡＧＧＧＴＴＣＧＡＴＴＣＣＧＧＡＧＡＧＧＧＡＧＣＡＴＧＡＧＡＡＡ　ＣＣＡＴＧＧＴＧＡＴＡＡＣＧＧＧＴＡＡＣＧＧＧＧＡＡＴＣＡＧＧＧＴＴＣＧＡＴＴＣＣＧＧＡＧＡＧＧＧＡＧＣＡＴＧＡＧＡＡＡ　

ＣＧＧＣＴＡＣＣＡＣＡＴＣＣＡＡＧＧＡＡＧＧＣＡＧＣＡＧＧＣＧＣＧＣＡＡＡＴＴＡＣＣＣＡＡＴＣＴＣＧＡＴＡＣＧＡＧＧＡＧ　ＣＧＧＣＴＡＣＣＡＣＡＴＣＣＡＡＧＧＡＡＧＧＣＡＧＣＡＧＧＣＧＣＧＣＡＡＡＴＴＡＣＣＣＡＡＴＣＴＣＧＡＴＡＣＧＡＧＧＡＧ　

ＧＴＡＧＴＧＡＣＧＡＡＡＡＡＴＡＡＣＡＡＴＡＣＧＧＧＡＣＴＣＴＴＴＣＧＡＧＧＣＣＣＣＧＴＡＡＴＴＧＧＡＡＴＧＡＧＣＧＴＡ　ＧＴＡＧＴＧＡＣＧＡＡＡＡＡＴＡＡＣＡＡＴＡＣＧＧＧＡＣＴＣＴＴＴＣＧＡＧＧＣＣＣＣＧＴＡＡＴＴＧＧＡＡＴＧＡＧＴＧＴＡ　

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原核生物核糖体亚基记忆口诀

原核生物核糖体亚基记忆口诀

原核生物核糖体亚基记忆口诀

原核生物核糖体亚基（也称为核糖体蛋白）较多，通常采用记忆口诀来帮助记忆它们的命名。以下是一个常用的记忆口诀：

30S子单位的蛋白，记住“Stand By Me”：

• S1是Shine-Dalgarno结合序列识别蛋白

• S2是Initiation Factor 3和Messenger RNA结合蛋白

50S大单位的蛋白，记住“胩胆糖”：

• L1是Locus Control Region相关蛋白

• L2是连接RNA相关蛋白

• L3是核糖体结合蛋白

• L4和L22是靠近28S rRNA的蛋白

• L5到L29是其他连接、调节和结构蛋白

这个记忆口诀是一种简化的方式来记忆一些常见的原核生物核糖体亚基名称。请注意，原核生物的核糖体蛋白存在一定的多样性，不同的生物可能具有不同的亚基组合和命名方式。因此，具体的命名和分类可能会因不同的研究领域和生物种类而有所不同。

某理工大学《微生物学教程》考试试卷(3899)

某理工大学《微生物学教程》考试试卷(3899)

某理工大学《微生物学教程》

课程试卷（含答案）

__________学年第___学期 考试类型：（闭卷）考试

考试时间： 90 分钟 年级专业_____________

学号_____________ 姓名_____________

1、判断题（230分，每题5分）

1. 微生物有极广的碳源谱，它不论对整个微生物界整体或对个别微生物种来说，都是一致的。（ ）

答案：错误

解析：碳源谱是把所有微生物当作一整体时其可利用的碳源范围，而不是针对某个别微生物种。

2. 当今研究表明：所有的细菌都是肉眼看不见的。（ ）

答案：错误

解析：费氏刺尾鱼菌的细胞长度可以达到200～500μm，是肉眼可见的大型细菌。

3. 转座子可自主复制，因此在不同细胞间传递时不需要载体。（ ）

答案：错误 解析：转座子在细胞内可进行自主复制，但在不同细胞间传递时也需要载体。

4. 呼吸链中的细胞色素系统只能传递电子而不能传递质子。（ ）

答案：正确

解析：呼吸链中的细胞色素系统能传递电子，不能传递质子。

5. 在补体结合试验中，指示系统中的溶血素实为一红细胞的特异抗体。（ ）

答案：正确

解析：补体结合试验中指示系统包括绵羊红细胞和溶血素，其中溶血素是绵羊红细胞的特异抗体。

6. 以明胶作凝固剂的固体培养基中，明胶的含量在2左右。（ ）

答案：错误

解析：以明胶作凝固剂的固体培养基中，明胶的含量在5～12，以琼脂作凝固剂的固体培养基中，琼脂的含量在1～2。

7. 在对厌氧菌进行液体培养时，常在培养基中加入铁屑或铁丝等成分，借以保证它们对无机元素的需要。（ ）

答案：错误

解析：在对厌氧菌进行液体培养时，常在培养基中加入铁屑或铁丝等成分是作为还原剂。 8. 环丝氨酸和青霉素抑制肽聚糖生物合成的机制，都属于代谢类似物对酶的活性中心发生竞争性抑制作用这一类。（ ）

某大学生物工程学院《生物化学》考试试卷(1119)

某大学生物工程学院《生物化学》考试试卷(1119)

某大学生物工程学院《生物化学》

课程试卷（含答案）

__________学年第___学期 考试类型：（闭卷）考试

考试时间： 90 分钟 年级专业_____________

学号_____________ 姓名_____________

1、判断题（95分，每题5分）

1. 动物可利用葡萄糖合成维生素C。（ ）

答案：错误

解析：

2. 用碱水解核酸，可以得到2′核苷酸与3′核苷酸的混合物。（ ）

答案：正确

解析：碱水解核酸时，先生成2′、3′环核苷酸，再水解为2′或3′核苷酸。

3. 蛋白质变性后，其构象发生改变而构型不变。（ ）

答案：错误 解析：蛋白质变性后，构型也可能会发生改变。构型是一个有机分子中各个原子特有的固定的空间排列。这种排列不经过共价键的断裂和重新形成是不会改变的。蛋白质变性中，可能会涉及二硫键的断裂，进而影响到蛋白质构型的变化。

4. D葡萄糖的对映体为L葡萄糖，后者存在于自然界。（ ）

答案：错误

解析：

5. 疏水作用是使蛋白质空间结构稳定的一种非常重要的次级键。（ ）

答案：正确

解析：

6. 维生素对人体有益，所以摄入的越多越好。（ ）

答案：错误

解析：

7. 多肽链能否形成α螺旋及螺旋是否稳定与其氨基酸组成和排列顺序直接有关。（ ） 答案：正确

解析：

8. 磷脂和糖脂是构成生物膜脂双层结构的基本物质。（ ）

答案：正确

解析：

9. 当溶液的pH大于某一可解离基团的pKa值时，该基团有一半以上被解离。（ ）

答案：正确

解析：

10. 酶活性中心是酶分子的一小部分。（ ）

答案：正确

解析：

11. 竞争性可逆抑制剂一定与酶的底物结合在酶的同一部位。（ ）。 答案：错误

解析：竞争性可逆抑制剂可以与酶的底物结合在酶的同一部位，也可以与酶的底物结合在酶的不同部位，由于空间位阻或构象改变的原因而不能同时结合。

珊瑚藻R-藻红蛋白rpeA和rpeB基因全长cDNA克隆与序列分析(英文)

珊瑚藻R-藻红蛋白rpeA和rpeB基因全长cDNA克隆与序列分析(英文)

珊瑚藻R-藻红蛋白rpeA和rpeB基因全长cDNA克隆与序列分析(英文)

王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉

【期刊名称】《中国生物化学与分子生物学报》

【年(卷),期】2004(20)4

【摘 要】依据珊瑚藻 (CorallinaofficinalisL .)藻红蛋白rpeA和rpeB的DNA序列 (AF5 1 0 986 )设计引物 ,通过PCR RACE方法扩增得到rpeA和rpeB的cDNA序列 .序列分析表明 ,该序列采用多顺反子转录策略 ,全长 2 2 5 7bp(AF5

42 5 5 4) ,排布顺序为 5′UTR rpeB 间隔区 rpeA 3′UTR .5′非编码区 4

93bp ,rpeB基因 5 34bp ,基因间隔区 1 0 1bp ,rpeA基因 4 95bp ,3′非编码区 6

34bp .在rpeA和rpeB的基因起始密码子上游均存在类似原核核糖体结合的Shine Dalgarno (SD)序列 .在rpeA基因终止密码子下游 1 1 0bp处还存在着一个可能的开放阅读框架 .经检索GenBank发现 。

【总页数】6页(P428-433)

【关键词】珊瑚藻;藻红蛋白;快速分离cDNA末端(RACE)

【作 者】王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉

【作者单位】福建农林大学植物病毒研究所

【正文语种】中 文

【中图分类】Q943.2 【相关文献】

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3.珊瑚藻藻红蛋白α亚基脱辅基蛋白基因克隆与序列分析 [J], 王盛;钟伏弟;吴祖建;林奇英;谢联辉

4.珊瑚藻R-藻红蛋白γ亚基基因的克隆 [J], 王盛; 钟伏弟; 吴祖建; 林奇英; 谢联辉