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皖北黄牛MHC基因遗传多样性及分子系统关系

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皖北黄牛MHC基因遗传多样性及分子系统关系1魏磊宿州职业技术学院234000摘要:对6个地方皖北黄牛品种共计50个个体的MHC基因序列305bp进行分析，检测到7种单倍型，其核苷酸多态位点24个，约占所测核苷酸总长的7.86%，其中有18个转换，1个颠换，5个转换/颠换。皖北黄牛品种单倍型间的序列差异在0.26~4.53%之间,单倍型多样度(H)为0.602~0.617，核苷酸多样度(π)为0.012~0.019，表明皖北黄牛MHC基因遗传多样性并不丰富。根据15个MHC基因序列,以水牛作外群，采用最大似然法（maximumlikelihood、ML）构建分子系统发育树。聚类表明，皖北黄牛与鲁西黄牛具有较近的亲缘关系。关键词：皖北黄牛；MHC基因；遗传多样性；分子系统关系

GeneticdiversityofMHCgeneandmolecularphylogenyofWanbeicattleWeileiSuzhouvocationaltechnologycollege,Anhui,Suzhou,234000,ChinaAbstract:MHCsequences(305bp)of50samplesobtainedfrom6Wanbeilocalcattlebreedswereanalyzed.Theresultsrevealed7MHChaplotypes,24polymorphicsites,covering7.86%oftheentirelengthofthesequences.Amongthesepolymorphicsites,therewere18transitions,1tranversionsand5transition/tranversion.Thenucleictidesequenceofhaplotypewas0.26%~4.53%.Thenucleotidediversity(πvalue)andhaplotypediversity(H)were0.602~0.617and0.012~0.019,respectively,indicatingpoorMHCgeneticdiversityinWanbeicattle.Themaximumlikelihood(ML)methodwereemployedtoreconstructthemolecularphylogenetictreeofWanbeicattlebreedsbasedon15MHCsequenceswithwaterbuffaloasoutgroup.TheMLtreeindicatedthatWanbeicattlewasrelativelyclosertoLuxicattle.Keywords:Wanbeicattle;MHCgene;geneticdiversity;molecularPhylogeny

我国是世界上黄牛品种资源最丰富的国家之一。按照其地理分布区域分为北方黄牛、中原黄牛和南方黄牛三大类型[1]。按形态特征可把中国地方黄牛分为49个品种[2]。关于

1基金项目：宿州科技攻关项目，课题编号为2009021

作者简介：魏磊（1969-），男，河南永城人，副教授，博士，研究方向：动物分子地理学与系统发育学中国黄牛的起源,学术界有不同的观点。通过对黄牛Y染色体多态性分析,陈宏等[3]认为北方黄牛受普通牛的影响大,南方黄牛受瘤牛的影响大,中原黄牛同时受普通牛和瘤牛的影响。而基于mtDNARFLP研究，Yuetal[4]发现中国南方部分牛种单倍型中，Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型分别与普通牛、瘤牛与牦牛一致。通过对中国20个牛种血液蛋白多态性进行研究后，陈幼春[5]则认为中国黄牛起源于普通牛、瘤牛、斑腾牛、印度野牛和非洲瘤牛。皖北黄牛是安徽省皖北地区饲养量最大的地方黄牛品种，然而自上世纪80年代以来,大量引进外来品种以及冷冻胚胎,对皖北黄牛的种资源产生了极大地冲击，致使皖北黄牛固有品种的优良特性、基因组合体系因杂交而解体。因此,从分子水平对皖北黄牛品种的遗传多样性、亲缘关系及起源进化进行研究,对合理保护和开发利用皖北黄牛品种资源已是十分紧迫的课题。MHC即主要组织相容性复合体(MajorHistocompati-bilityComplex.MHC)由紧密连锁、高度多态的基因位点所组成的染色体上的一个区域[6]

,在

机体的免疫应答调控和免疫识别过程中发挥着重要的作用,与动物对疾病的易感性和抗性存在密切的关系。同时,MHC基因的高度多态性与突变、选择、重组和基因转变等遗传作用有关,可以真实地反映家畜的起源与进化,是一个很好的遗传标记，已经在动物的系统发育、演化及遗传多样性方面得到了广泛的应用。目前，对皖北黄牛MHC基因的研究较少,本文以MHC基因为分子标记,通过对皖北黄牛开展MHC基因遗传多态性的分析,获得其种群结构及种群进化历史,再结合品种分布的地理位置等信息,为皖北黄牛的遗传资源保护、开发与利用提供科学依据。1材料与方法1.1样本来源在宿州、淮北、濉溪、泗县、灵璧、符离镇等地皖北黄牛品种的主产区采集50个血样（表1）,另外又采集了哈萨克牛、蒙古牛、延边牛、鲁西牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、闽南牛、吉安牛、早胜牛、郏县红牛、西镇牛、宣汉牛、雷琼牛14个地方黄牛品种的血样。所采集的样品置于−80℃保存。表1皖北黄牛的采样地及遗传多样性指标Table1CollectionlocationandgeneticdiversityindicesofWanbeicattle采集地样本数单倍型单倍型多样度（H）核苷酸多样度（π）

CollectionlocationSamplesHaplotypeHaplotypediversityNucleotidediversity

宿州940.613±0.1210.016±0.004淮北1040.605±0.0270.017±0.003濉溪840.617±0.1240.016±0.002泗县620.602±0.1300.012±0.001灵璧1040.608±0.0350.019±0.002符离镇730.604±0.1310.013±0.002

1.2DNA提取、PCR扩增与测序

按照常规的酚-氯仿法提取黄牛的DNA。所提取的DNA置于−20℃保存备用。根据已有的序列设计一对引物（上游引物序列为5’-ATCCTCTCTCTGCAGCACATTTCC-3’；下游引物序列为5’-TTTAAATTCGCGCTCACCTCGCCGCT-3’），引物由上海生

工合成。PCR反应都在PTC-200型DNA扩增仪上进行。反应总体系为30μl，其中含有10mmolTris-HCl(pH8.3)，50mmolKCl、1.5mmolMgCl2，100μmoldNTPs，引物各

0.25mol，1UTaqDNA聚合酶，总DNA约为25ng。反应程序为：94℃变性45s，52~60℃复性50s，72℃延伸50s，共进行32个循环。循环前95℃预变性5min，循环后继续延伸7min。为防止污染,所有PCR反应都设立空白对照组;扩增产物使用0.8%的琼脂糖凝胶电泳检测，用BioStarGlass-milkDNA纯化试剂盒回收，纯化后的线粒体基因使用ABI3730测序仪(美国)测序。为保证所测序列的可靠性，每一样品均进行双向测序。1.3数据处理

用ClustalX软件和DNASTAR软件包中的SeqMan程序对中国黄牛50条MHC序列进行人工校正与比对。用DnaSP4.0软件统计MHC单倍型及核苷酸多态性指标。为了探讨皖北黄牛起源和分化，同时测出了我国14个地方黄牛品种的MHC基因序列，以水牛为外群，采用最大似然法（maximumlikelihood、ML）构建分子系统发育树。ML分析在PAUP*4.0b10[7]中完成，构树参数设置如下：选择启发式搜索(heuristicsearch)、树二等分再连接选项（tree-bisectionreconnection,TBR）和100次随机加入序列（additionsequencereplicates）等参数进行搜索最大似然树。所有位点均作无序特征处理，分析前

排除所有无信息位点。检验ML树中各节点可信度采用非参数自展法（non-parametricbootstrap）重复检测，用自展值（1000replicates）来检验各节点的支持率，置信度

(bootstrapvalues)>70%为有意义支持，置信度（bootstrapvalues）在50~70%为无效支持[8]

，

参数设定：nreps=1000，search=heuristic，conlevel=50，addseq=random，swap=TBR。2结果

2.1皖北黄牛MHC变异与遗传多样性

对皖北黄牛50条MHC序列305bp进行分析，检测到24个变异多态位点，占分析位点的7.86%，包括18个转换，1个颠换，5个转换/颠换。在皖北黄牛50条MHC序列中，界定了7种MHC单倍型，用WBB1-WBB7表示。研究发现WBB1、WBB5和WBB7是50个个体中出现频率最多和最主要的单倍型。单倍型WBB1共出现16次，WBB5共出现10次，WBB7共出现8次。WBB2单倍型为宿州黄牛样品特有，共出现5次。WBB4和WBB6单倍型为淮北黄牛和濉溪黄牛样品特有，共出现6次。单倍型WBB3为灵璧黄牛样品特有，共出现5次。单倍型间的序列差异在0.26~4.53%之间，单倍型数为2~4个，单倍型多样度(H)为0.602~0.617，核苷酸多样度(π)为0.012~0.019(表1)。2.2皖北黄牛系统发生分析基于MHC基因所获得的ML树见图1。15个黄牛品种分为三大支系，第I支系由哈萨克牛、蒙古牛和延边牛组成；第II支系由鲁西牛、早胜牛、郏县红牛、西镇牛和皖北牛组成；第III支系由南阳牛、闽南牛、吉安牛、宣汉牛和雷琼牛组成。从构建的拓扑树可看出，三支系内各分支都有较高的自展值支持；其中，皖北牛以高自展值与鲁西牛聚为姐妹群（96%），随后它们一起与（秦川牛，晋南牛）这一分支构成姐妹群。

图1.基于MHC基因构建的ML树。分支上方数字代表置信度。Fig1.MLtreebasedonMHCsequences.Bootstrapvalueswereabovebranches.

3讨论3.1皖北黄牛遗传多样性对黄牛的种群遗传结构研究，用不同的研究方法所得出的结果并不相同。基于线粒体基因研究认为，群体中mtDNA核苷酸多样度(π)值是衡量群体多态程度和群体遗传分

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秦川牛mtDNA全基因组遗传多样性与母系起源研究

秦川牛mtDNA全基因组遗传多样性与母系起源研究

秦川牛mtDNA全基因组遗传多样性与母系起源研究白萌萌;马卫东;成海建;黄永震;雷初朝【期刊名称】《中国牛业科学》【年(卷),期】2024(50)2【摘要】[目的]从32头秦川牛全基因组中提取其mtDNA全基因组序列进行分析,以揭示秦川牛mtDNA基因组的遗传多样性与母系起源。

[方法]采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。

[结果]在32头秦川牛mtDNA全基因组序列中,共检测到30种不同的单倍型,其平均单倍型多样度(Hd±SD)为0.996±0.009,其平均核苷酸多样度(π±SD)为0.0067±0.0010,表明秦川牛具有丰富的母系遗传多样性。

构建的mtDNA全基因组系统发育树与单倍型网络图表明,32头秦川牛的mtDNA全基因组序列包括T2、T3、T4、I1共4个不同的支系,其中T2支系占21.88%,T3支系占40.625%,T4支系占9.375%,I1支系占28.125%。

说明秦川牛具有普通牛和瘤牛两个支系,其中普通牛支系占71.88%,瘤牛支系占28.12%。

[结论]秦川牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源,但以普通牛起源为主。

【总页数】4页(P11-14)【作者】白萌萌;马卫东;成海建;黄永震;雷初朝【作者单位】西北农林科技大学动物科技学院;陕西省农牧良种场;山东省农业科学院畜牧兽医研究所【正文语种】中文【中图分类】S823【相关文献】1.蒙古马mtDNA D-loop区遗传多样性与多重母系起源2.中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源3.深县猪mtDNA CytB基因的遗传多样性与母系起源研究4.青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源5.郏县红牛mtDNA D-oop区遗传多样性与母系起源研究因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

建水黄褐鸭线粒体D-loop区遗传多样性分析

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建水黄褐鸭线粒体Ｄ－ｌｏｏｐ区遗传多样性分析李昕鹏１，展亚楠１，信爱国２，黄艳１，黄合特１，张雪伟１，孔小艳１∗（１．云南农业大学动物科学技术学院，云南昆明６５０２０１；２．云南省畜牧兽医科学院养禽与禽病研究所，云南昆明６５０２２４）摘要㊀［目的］了解建水黄褐鸭系统发育㊁遗传分化和遗传多样性㊂［方法］选取１８只建水黄褐鸭㊁４只北京鸭㊁６只揭阳鸭和６只克里莫Ｍ１８，利用ＰＣＲ技术对其ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ区序列进行扩增，结合ＮＣＢＩ部分野鸭和家鸭序列，利用ＭＥＧＡ㊁ＤＮＡｓｐ㊁Ａｒｌｅｑｕｉｎ软件进行聚类分析㊁遗传分化和遗传多样性分析㊂［结果］建水黄褐鸭与绿头鸭及斑嘴鸭２种野鸭亲缘关系更近；遗传分化指数和遗传距离均以建水黄褐鸭和北京鸭之间最大；建水黄褐鸭㊁北京鸭㊁揭阳鸭和克里莫Ｍ１８这４个群体中建水黄褐鸭群体遗传多样性最低㊂［结论］建水黄褐鸭可能有绿头鸭和斑嘴鸭２个母系起源；建水黄褐鸭群体遗传多样性偏低，为今后更好地利用地方畜禽资源，应采取相应措施保护其遗传多样性㊂关键词㊀建水黄褐鸭；Ｄ－ｌｏｏｐ；遗传分化；遗传距离；遗传多样性中图分类号㊀Ｓ８３４㊀㊀文献标识码㊀Ａ㊀㊀文章编号㊀０５１７－６６１１（２０２４）０２－００８３－０４ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．０５１７－６６１１．２０２４．０２．０１７㊀㊀㊀㊀㊀开放科学（资源服务）标识码（ＯＳＩＤ）：ＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＧｅｎｅｔｉｃＤｉｖｅｒｓｉｔｙｉｎｔｈｅＭｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤ⁃ｌｏｏｐＲｅｇｉｏｎｏｆＪｉａｎｓｈｕｉＹｅｌｌｏｗＢｒｏｗｎＤｕｃｋＬＩＸｉｎ⁃ｐｅｎｇ１，ＺＨＡＮＹａ⁃ｎａｎ１，ＸＩＮＡｉ⁃ｇｕｏ２ｅｔａｌ㊀（１．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｎｉｍａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＹｕｎｎａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｋｕｎｍｉｎｇ，Ｙｕｎｎａｎ６５０２０１；２．ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＰｏｕｌｔｒｙａｎｄＰｏｕｌｔｒｙＤｉｓｅａｓｅｓ，ＹｕｎｎａｎＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｎｉｍａｌＨｕｓｂａｎｄｒｙａｎｄＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＳｃｉｅｎｃｅｓ，Ｋｕｎｍｉｎｇ，Ｙｕｎｎａｎ６５０２２４）Ａｂｓｔｒａｃｔ㊀［Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ］Ｔｏｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｔｈｅｐｈｙｌｏｇｅｎｙ，ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＪｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋ．［Ｍｅｔｈｏｄ］１８Ｊｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋｓ，４Ｐｅｋｉｎｄｕｃｋｓ，６Ｊｉｅｙａｎｇｄｕｃｋｓａｎｄ６ＣｒｅｍｏＭ１８ｗｅｒｅｓｅｌｅｃｔｅｄｆｏｒｔｈｅｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ．ＴｈｅｍｔＤＮＡＤ⁃ｌｏｏｐｒｅｇｉｏｎｓｅ⁃ｑｕｅｎｃｅｓｗｅｒｅａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙＰＣＲｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．ＣｏｍｂｉｎｅｄｗｉｔｈｓｏｍｅＮＣＢＩｗｉｌｄｄｕｃｋｓａｎｄｄｏｍｅｓｔｉｃｄｕｃｋｓ，ＭＥＧＡ，ＤＮＡｓｐ，Ａｒｌｅｑｕｉｎｓｏｆｔｗａｒｅｗｅｒｅｕｓｅｄｆｏｒｃｌｕｓｔｅｒａｎａｌｙｓｉｓ，ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎａｌｙｓｉｓ．［Ｒｅｓｕｌｔ］ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔＪｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋｗａｓｍｏｒｅｃｌｏｓｅｌｙｒｅｌａｔｅｄｔｏｔｗｏｗｉｌｄｄｕｃｋｓ，ｎａｍｅｌｙ，ｍａｌｌａｒｄｄｕｃｋａｎｄｓｐｏｔｔｅｄｂｉｌｌｅｄｄｕｃｋ；ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｉｎｄｅｘａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅ⁃ｔｗｅｅｎＪｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋａｎｄＢｅｉｊｉｎｇｄｕｃｋｗｅｒｅｔｈｅｌａｒｇｅｓｔ；Ｊｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｈａｓｔｈｅｌｏｗｅｓｔｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａ⁃ｍｏｎｇｔｈｅｆｏｕｒｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＪｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋ，Ｂｅｉｊｉｎｇｄｕｃｋ，ＪｉｅｙａｎｇｄｕｃｋａｎｄＫｅｒｉｍｏＭ１８．［Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ］Ｊｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋｍａｙｈａｖｅ２ｍａｔｒｉｌｉｎｅａｌｏｒｉｇｉｎｓ，ｏｒｉｇｉｎａｔｉｎｇｆｒｏｍｍａｌｌａｒｄｄｕｃｋａｎｄｓｐｏｔｔｅｄｂｉｌｌｅｄｄｕｃｋ；ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＪｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｉｓｒｅｌａｔｉｖｅｌｙｌｏｗ．Ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｍａｋｅｂｅｔｔｅｒｕｓｅｏｆｌｏｃａｌｌｉｖｅｓｔｏｃｋａｎｄｐｏｕｌｔｒｙｒｅｓｏｕｒｃｅｓｉｎｔｈｅｆｕｔｕｒｅ，ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇｍｅａｓｕｒｅｓｓｈｏｕｌｄｂｅｔａｋｅｎｔｏｐｒｏｔｅｃｔｉｔｓｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ㊀Ｊｉａｎｓｈｕｉｙｅｌｌｏｗｂｒｏｗｎｄｕｃｋ；Ｄ⁃ｌｏｏｐ；Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ；Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅ；Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ基金项目㊀云南省重大科技专项（２０２１０２ＡＥ０９００２９）；国家现代农业产业技术（水禽）体系资助项目（ＣＡＲＳ－４２－５４）㊂作者简介㊀李昕鹏（１９９８ ），男，云南昆明人，硕士研究，研究方向：动物遗传资源挖掘与利用㊂∗通信作者，讲师，博士，从事动物遗传资源挖掘与利用和动物营养方面的研究㊂收稿日期㊀２０２３－０１－０１㊀㊀中国养鸭历史悠久，最早可以追溯到２２２８年前［１］㊂在长期饲养过程中，不同的自然环境㊁气候㊁文化等孕育了我国丰富的鸭资源，据统计，我国鸭品种数量约占世界的４８％［２］㊂随着社会经济的发展，企业大量引进国外商业品种，同时对地方畜禽资源的认识和管理不够充分［３］，致使我国地方水禽品种遭到严重破坏，遗传多样性降低，保护我国水禽遗传资源迫在眉睫㊂建水黄褐鸭又称酱色鸭㊁牛屎鸭，原产于云南省建水县，中心产区为建水县临安镇㊁南庄镇㊁西庄镇㊁面甸镇㊁曲江镇等地，以机警灵活易放牧㊁耐粗饲㊁适应性强㊁产蛋量高㊁肉质香嫩而闻名，２００９年通过国家畜禽遗传资源委员会鉴定［４］㊂在外来鸭种的冲击下，黄褐鸭数量逐渐减少［５］㊂作为一个地方品种，目前关于建水黄褐鸭的研究仅见生产性能㊁屠宰性能的报道［４］，未见其分子水平方面的研究报道㊂线粒体ＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ区广泛应用于探究各品种间遗传分化㊁亲缘关系和遗传多样性等［６－８］㊂该试验基于ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ部分序列分析建水黄褐鸭群体的遗传多样性，探究其遗传起源，为建水黄褐鸭种质资源保护㊁选育提供参考㊂１㊀材料与方法１．１㊀试验动物及材料㊀建水黄褐鸭采自云南省建水县黄褐鸭保种场，北京鸭㊁揭阳鸭㊁克里莫Ｍ１８（也称奥白星Ｍ１８，法国克里莫公司选育）采自云南畜牧兽医科学院鸭场，使用含ＥＤＴＡ抗凝剂的真空采血管从鸭翅静脉采血５ｍＬ，冰袋低温保存带回实验室，－２０ħ冰箱保存备用，样本信息见表１㊂表１㊀样品信息Ｔａｂｌｅ１㊀Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｓａｍｐｌｅ品种Ｂｒｅｅｄ样本量Ｓａｍｐｌｅｓｉｚｅʊ只采样地点Ｓａｍｐｌｉｎｇｓｉｔｅｓ建水黄褐鸭（ＨＨ）１８云南建水北京鸭（ＢＪ）４云南省畜牧兽医科学院揭阳鸭（ＪＹ）６云南省畜牧兽医科学院克里莫Ｍ１８（ＣｒｅｍｏＭ１８）６云南省畜牧兽医科学院１．２㊀基因组ＤＮＡ提取㊀用天根ＤＮＡ提取试剂盒提取血液基因组ＤＮＡ，１％琼脂糖凝胶检测ＤＮＡ的质量和浓度㊂１．３㊀ＰＣＲ扩增㊁测序㊀参照李慧芳等［９］的引物，引物由北京擎科生物科技有限公司昆明分公司合成，具体为：正向引物，ＧＴＴＡＴＴＴＧＧＴＴＡＴＧＣＡＴＡＴＣＧＴＧ；反向引物，ＣＣＡＴＡＴＡＣＧＣ⁃ＣＡＡＣＣＧＴＣＴＣ㊂安徽农业科学，Ｊ．ＡｎｈｕｉＡｇｒｉｃ．Ｓｃｉ．２０２４，５２（２）：８３－８６㊀㊀㊀ＰＣＲ反应体系为：２ˑＴａｑＭｉｘ１２．５μＬ，上游引物和下游引物各１．０μＬ，模板２．０μＬ，ｄｄＨ２Ｏ８．５μＬ，总体积２５．０μＬ㊂反应程序为：９５ħ预变性５ｍｉｎ，９４ħ变性３０ｓ，５４．４ħ退火３０ｓ，７２ħ延伸３０ｓ，３５个循环，７２ħ后延伸１０ｍｉｎ，４ħ保存㊂ＰＣＲ产物送北京擎科生物科技有限公司昆明分公司测序㊂１．４㊀数据处理㊀将测序数据中的ａｂ１文件用Ｃｈｒｏｍａｓｖ２．６．５软件打开，删除前端和末端测序不准确序列，对每条序列进行矫正与核对㊂利用ＭｅｇａＸ［１０］软件Ｃｌｕｓｔａｌ模块进行多序列比对，计算群体间的遗传距离，采用ＮＪ法（Ｎｅｉｇｈｂｏｒ－Ｊｏｉｎｉｎｇ）Ｋｉｍｕｒａ２－ｐａｒａｍｅｔｅｒ模型重复抽样１０００次构建系统发育树㊂利用ＤＮＡｓｐ６［１１］软件统计单倍型数量，计算单倍型多样度㊁核苷酸多样度㊁平均核苷酸差异数㊂利用Ａｒｌｅｑｕｉｎ３．５［１２］计算种群遗传变异㊁遗传分化等参数㊂２㊀结果与分析２．１㊀ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ区单倍型分析㊀利用ＤＮＡｓｐ软件对４个群体共３４个个体Ｄ－ｌｏｏｐ区进行单倍型分析，共分析到１６个单倍型（表２），其中共享单倍型２个（ｈａｐ１和ｈａｐ３）（表３），特有单倍型１４个，建水黄褐鸭有７种（ｈａｐ８㊁ｈａｐ９㊁ｈａｐ１０㊁ｈａｐ１１㊁ｈａｐ１２㊁ｈａｐ１３㊁ｈａｐ１４）㊂ｈａｐ１㊁ｈａｐ８是黄褐鸭群体的优势单倍型㊂多态性分析显示，３４条序列检测到的单碱基突变位点４９个，其中单一多态位点２５个，简约信息位点２４个㊂表２㊀单倍型及其变异位点Ｔａｂｌｅ２㊀Ｈａｐｌｏｔｙｐｅａｎｄｉｔｓｖａｒｉａｔｉｏｎｓｉｔｅｓ２．２㊀聚类分析㊀从ＮＣＢＩ网站下载四川麻鸭（登记号：ＫＸ５９２５３６）㊁金定鸭（登记号：ＭＦ０６９２４８）㊁建昌鸭（登记号：ＦＪ１６７８５７）３种家鸭和绿头鸭（登记号：ＡＹ５０６８７７）㊁斑嘴鸭（登记号：ＡＹ５０６８７１）㊁赤膀鸭（登记号：ＡＹ１１２９４４）㊁绿翅鸭（登记号：ＫＣ７７１２５５）㊁花脸鸭（登记号：ＪＦ７３０４３５）㊁针尾鸭（登记号：ＡＹ１１２９３９）６种野鸭，采用ＮＪ法构建系统发育树（图１），２５条序列明显分为２支，花脸鸭㊁赤膀鸭㊁针尾鸭和绿翅鸭聚成了一支，建水黄褐鸭㊁建昌鸭㊁金定鸭㊁四川麻鸭㊁绿头鸭㊁斑嘴鸭聚为一支，在ＧｒｏｕｐＡ中ｈａｐ６㊁ｈａｐ７㊁ｈａｐ２㊁ｈａｐ４㊁ｈａｐ１４㊁ｈａｐ１５这６个单倍型可以聚为一个小的亚簇（图１中红色线条标出）㊂表３㊀单倍型在４个鸭群体中的分布Ｔａｂｌｅ３㊀Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｏｆｈａｐｌｏｔｙｐｅｉｎ４ｄｕｃｋｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ单倍型Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ建水黄褐鸭ＨＨ北京鸭ＢＪ揭阳鸭ＪＹ克里莫Ｍ１８ＣｒｅｍｏＭ１８ｈａｐ１５３３ｈａｐ２１ｈａｐ３１１１ｈａｐ４１ｈａｐ５１ｈａｐ６１ｈａｐ７１ｈａｐ８５ｈａｐ９２ｈａｐ１０１ｈａｐ１１１ｈａｐ１２２ｈａｐ１３１ｈａｐ１４１ｈａｐ１５１ｈａｐ１６１２．３㊀群体遗传分化分析㊀遗传分化指数可以反映各群体间遗传分化程度㊂从４个品种的群体间遗传分化指数可以看出，建水黄褐鸭与北京鸭㊁克里莫Ｍ１８，北京鸭与揭阳鸭存在显著的遗传分化（表４）㊂种群间的遗传距离大小也能体现两两群体间亲缘关系的远近，４个品种中，建水黄褐鸭与北京鸭遗传距离最远，建水黄褐鸭与揭阳鸭遗传距离最近（表４）㊂２．４㊀遗传多样性分析㊀４个家鸭品种遗传多样性结果见表５㊂由表５可看出，单倍型多样性从高到低依次是北京鸭㊁克里莫Ｍ１８㊁黄褐鸭㊁揭阳鸭；核苷酸多样性最高是北京鸭，其次是克里莫Ｍ１８㊁揭阳鸭，最低的是建水黄褐鸭；平均核苷酸差异数最大的是北京鸭，其次是克里莫Ｍ１８，揭阳鸭和建水黄褐鸭较小㊂表４㊀４个鸭品种间遗传分化指数及遗传距离Ｔａｂｌｅ４㊀Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｉｎｄｅｘａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅａｍｏｎｇｆｏｕｒｄｕｃｋｂｒｅｅｄｓ品种ＢｒｅｅｄＨＨＢＪＪＹＣｒｅｏｍｏＭ１８ＨＨ０．０２６９０．００６６０．０１２１ＢＪ０．４１２１∗０．０２５４０．０２５６ＪＹ０．０２９２０．２２４７∗０．０１０７ＣｒｅｍｏＭ１８０．１６８０∗０．０３３７０．０２８３㊀注：对角线左下方是遗传分化指数（Ｆｓｔ），对角线右上方是遗传距离；∗ 表示差异显著（Ｐ＜０．０５）㊂㊀Ｎｏｔｅ：Ｄｉａｇｏｎａｌｂｏｔｔｏｍｌｅｆｔｉｓｇｅｎｅｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎｉｎｄｅｘ（Ｆｓｔ），ｄｉａｇｏｎａｌｔｏｐｒｉｇｈｔｉｓｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅ； ∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ（Ｐ＜０．０５）．２．５㊀变异来源分析㊀ＡＭＯＶＡ分析可以探究变异的主要来源㊂由表６可以看出，４个品种中，品种内变异占８０．９１％，品４８㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀安徽农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀２０２４年图１㊀ＮＪ系统发育树Ｆｉｇ．１㊀ＮＪｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅ种间变异占１９．０９％，表明这４个群体中的遗传变异主要来自群体内部㊂表５㊀４个鸭群体Ｄ－ｌｏｏｐ区遗传多样性比较Ｔａｂｌｅ５㊀ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｉｎＤ⁃ｌｏｏｐｒｅｇｉｏｎｏｆ４ｄｕｃｋｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ品种Ｂｒｅｅｄ样本数Ｓａｍｐｌｅｓｉｚｅ单倍型数Ｎｕｍｂｅｒｏｆｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ单倍型多样度（Ｈｄ）核苷酸多样度（Ｐｉ）平均核苷酸差异数（Ｋ）ＨＨ１８９０．８６３００．００６０３．７２５０ＢＪ４４１．０００００．０３６０２２．５５００ＪＹ６４０．８００００．００６４４．００００ＣｒｅｏｍｏＭ１８６５０．９３３００．０１３１８．２０００３㊀讨论３．１㊀家鸭和野鸭ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ区单倍型聚类分析㊀我国家鸭的起源长期处于 一元论 和 二元论 的争议中， 一元论 认为家鸭由绿头鸭驯化而来［１３］， 二元论 则认为家鸭起源于绿头鸭和斑嘴鸭或是两者杂交后代［１４］㊂该研究结果可看出，４种野鸭（花脸鸭㊁赤膀鸭㊁绿翅鸭㊁针尾鸭）聚为一支，表６㊀４个鸭群体遗传变异的分子分析（ＡＭＯＶＡ）Ｔａｂｌｅ６㊀Ｍｏｌｅｃｕｌａｒａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｔｉｃｖａｒｉａｔｉｏｎｉｎ４ｄｕｃｋｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ（ＡＭＯＶＡ）变异来源Ｓｏｕｒｃｅｏｆｖａｒｉａｔｉｏｎ自由度ｄｆ离差平方和Ｓｕｍｏｆｓｑｕａｒｅｓｏｆｄｅｖｉａｔｉｏｎｓ方差组分Ｖａｒｉａｎｃｅｃｏｍｐｏｎｅｎｔ方差比例Ｖａｒｉａｎｃｅｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ％群体间变异Ｉｎｔｅｒｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｖａｒｉａｔｉｏｎ３２３．５２８０．６８００３１９．０９群体内变异Ｉｎｔｒａ⁃ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｖａｒｉａｔｉｏｎ３０８６．４７２２．８８２４１８０．９１总计Ｔｏｔａｌ３３１１０．０００３．５６２４３固定系数ＦｉｘｅｄｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔＦｓｔ＝０．１９０８９，Ｐ＝０．００６８４金定鸭㊁建昌鸭㊁四川麻鸭和该研究中的４种家鸭（建水黄褐鸭㊁北京鸭㊁揭阳鸭㊁克里莫Ｍ１８）及绿头鸭㊁斑嘴鸭２种野鸭聚为一支，印证了家鸭与绿头鸭亲缘关系更近的结论㊂在ＧｒｏｕｐＡ中，ｈａｐ６㊁ｈａｐ７㊁ｈａｐ２㊁ｈａｐ４㊁ｈａｐ１４和ｈａｐ１５聚为一个５８５２卷２期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀李昕鹏等㊀建水黄褐鸭线粒体Ｄ－ｌｏｏｐ区遗传多样性分析小亚簇，其中单倍型ｈａｐ６㊁ｈａｐ７仅在北京鸭中存在，克里莫Ｍ１８群体中检测出的单倍型包括ｈａｐ２㊁ｈａｐ４；克里莫Ｍ１８属于骡鸭，是用栖鸭属的公番鸭与河鸭属的母鸭杂交后选育而成［１５］，由于线粒体遗传遵循母系遗传的特点［１６］，克里莫Ｍ１８与北京鸭关系更近，推测该品种选育时选择的母鸭品种与北京鸭亲缘关系近㊂３．２㊀建水黄褐鸭群体遗传分化㊀遗传分化指数可以反映两个种群之间的遗传分化程度，通常用Ｆｓｔ（ｆｉｘａｔｉｏｎｉｎｄｅｘ）来衡量㊂Ｆｓｔ值越大，说明遗传距离越远；Ｆｓｔ为１说明两个群体完全独立；Ｆｓｔ值越低，说明大多数的遗传变异发生在同一个群体内［１７］㊂该研究结果表明，建水黄褐鸭与北京鸭之间遗传分化指数最大，与揭阳鸭群体之间遗传分化指数最小㊂遗传距离可以反映物种之间遗传差异的程度，该研究的４个群体中，黄褐鸭群体与北京鸭群体之间遗传距离最大，与揭阳鸭之间遗传距离最小㊂遗传分化指数和遗传距离均表明黄褐鸭群体与北京鸭群体之间分化程度大，亲缘关系远㊂北京鸭是世界知名肉鸭品种，是大型白羽肉鸭的一种，具有饲料转化率高，生长发育快的特点［１８］，５６日龄的黄褐鸭与４２日龄北京鸭屠宰性能结果显示，黄褐鸭屠宰率和全净膛率低于北京鸭，说明黄褐鸭产肉性能有待进一步提升［４，１９］㊂刘孟超等［２０］利用全基因组重测序技术挖掘与北京鸭品质特征相关的候选基因，发现北京鸭生长㊁繁殖等性状受到了明显的选择，解释了北京鸭肉质鲜嫩的原因㊂脂肪沉积能力强的北京鸭是北京烤鸭的重要原材料，也是北京烤鸭味道醇厚的原因之一［２１］㊂建水黄褐鸭是建水当地名吃 曲江烤鸭 的原材料，其与北京鸭相比在生长速度㊁脂肪沉积能力等方面都有待进一步提高㊂该研究基于ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ区序列差异发现，北京鸭和建水黄褐鸭遗传分化程度较大，以后可用北京鸭为参考背景，基于Ｆｓｔ和核苷酸多样性比值在全基因组范围内挖掘影响建水黄褐鸭与北京鸭生长性状㊁脂肪沉积和肉品质相关功能基因，为加速今后建水黄褐鸭品种选育和肉品质提高提供新的分子标记㊂３．３㊀建水黄褐鸭遗传多样性㊀物种遗传多样性越丰富，物种适应环境和应对环境变化的能力也越强㊂单倍型多样度（Ｈｄ）与核苷酸多样度（Ｐｉ）是衡量ｍｔＤＮＡ突变和品种（群体）遗传多样性的主要参数，数值的高低可以体现一个群体遗传多样性的高低［２２］㊂该研究的４个品种中，建水黄褐鸭群体单倍型多样性高于揭阳鸭，低于北京鸭和克里莫Ｍ１８㊂采用核苷酸多样度比较４个群体间的遗传多样性，北京鸭遗传多样性最丰富，其次是克里莫Ｍ１８和揭阳鸭，建水黄褐鸭遗传多样性最低㊂根据卞友庆等［２３］的研究，建水黄褐鸭是云南本地麻鸭的一种，其遗传多样性高于大于麻鸭㊁广西小麻鸭㊁荆江麻鸭㊁山麻鸭而低于攸县麻鸭㊂该研究结果与卞友庆等［２３］的研究结果差异较大，可能原因是近年来对建水黄褐鸭缺乏系统有效的保护，致使其遗传多样性降低，今后应加强对建水黄褐鸭的保护，保护其遗传多样性㊂４㊀结论同大部分家鸭一样，建水黄褐鸭与绿头鸭和斑嘴鸭２种野鸭之间亲缘关系更近㊂遗传分化指数和遗传距离均说明，在该研究的４个群体中，北京鸭和建水黄褐鸭分化程度最大且亲缘关系远，建水黄褐鸭遗传多样性偏低㊂为保护地方畜禽遗传资源以便今后更好地利用，应采取相应措施来保护建水黄褐鸭的遗传多样性㊂参考文献［１］ＺＨＡＮＧＺＢ，ＪＩＡＹＸ，ＡＬＭＥＩＤＡＰ，ｅｔａｌ．Ｗｈｏｌｅ⁃ｇｅｎｏｍｅｒｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｒｅ⁃ｖｅａｌｓｓｉｇｎａｔｕｒｅｓｏｆｓｅｌｅｃｔｉｏｎａｎｄｔｉｍｉｎｇｏｆｄｕｃｋｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｇｉｇａ⁃ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１８，７（４）：１－１２．［２］邱祥聘．中国养禽业的过去㊁现在和未来［Ｊ］．四川畜牧兽医，２００１，２８（２）：２９－３１．［３］ＬＩＨＦ，ＳＯＮＧＷＴ，ＳＨＵＪＴ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｔｒｕｃ⁃ｔｕｒｅｏｆ１０Ｃｈｉｎｅｓｅｉｎｄｉｇｅｎｏｕｓｅｇｇ⁃ｔｙｐｅｄｕｃｋｂｒｅｅｄｓａｓｓｅｓｓｅｄｂｙｍｉｃｒｏｓａｔ⁃ｅｌｌｉｔｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ［Ｊ］．ＪＧｅｎｅｔ，２０１０，８９（１）：６５－７２．［４］王传禹，常志顺，杨斌，等．建水黄褐鸭体重㊁体尺与屠宰性能测定及其相关性分析［Ｊ］．中国家禽，２０１５，３７（２１）：６１－６３．［５］张汝，李珂，常志顺，等．建水黄褐鸭选育及杂交利用实施方案［Ｊ］．云南畜牧兽医，２０２０（２）：２１－２３．［６］ＧＡＵＲＵ，ＴＡＮＴＩＡＭＳ，ＭＩＳＨＲＡＢ，ｅｔａｌ．ＭｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤ⁃ｌｏｏｐａｎａｌｙｓｉｓｆｏｒｕｎｃｏｖｅｒｉｎｇｔｈｅｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｍｏｎｇｔｈｅｉｎ⁃ｄｉｇｅｎｏｕｓｄｕｃｋ（Ａｎａｓｐｌａｔｙｒｈｙｎｃｈｏｓ）ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｏｆＩｎｄｉａ［Ｊ］．Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉ⁃ａｌＤＮＡＡ，２０１８，２９（２）：２１２－２１９．［７］韩浩园，姚丽娟，王惠绘，等．基于线粒体Ｄ－ｌｏｏｐ的河南省绵羊品种遗传多态性和遗传关系研究［Ｊ］．西南农业学报，２０２１，３４（１１）：２５２５－２５３０．［８］张静，贾晓旭，陆俊贤，等．清远麻鸡ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ区遗传多样性分析［Ｊ］．中国家禽，２０２２，４４（２）：２４－２８．［９］李慧芳，朱文奇，杨宁，等．家鸭㊁媒鸭和野鸭ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ区的遗传变异［Ｊ］．畜牧兽医学报，２０１１，４２（９）：１２１３－１２１９．［１０］ＫＵＭＡＲＳ，ＳＴＥＣＨＥＲＧ，ＬＩＭ，ｅｔａｌ．ＭＥＧＡＸ：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｇｅ⁃ｎｅｔｉｃｓａｎａｌｙｓｉｓａｃｒｏｓｓｃｏｍｐｕｔｉｎｇｐｌａｔｆｏｒｍｓ［Ｊ］．ＭｏｌＢｉｏｌＥｖｏｌ，２０１８，３５（６）：１５４７－１５４９．［１１］ＲＯＺＡＳＪ，ＦＥＲＲＥＲ⁃ＭＡＴＡＡ，ＳÁＮＣＨＥＺ⁃ＤＥＬＢＡＲＲＩＯＪＣ，ｅｔａｌ．ＤｎａＳＰ６：ＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍａｎａｌｙｓｉｓｏｆｌａｒｇｅｄａｔａｓｅｔｓ［Ｊ］．ＭｏｌＢｉｏｌＥｖｏｌ，２０１７，３４（１２）：３２９９－３３０２．［１２］ＥＸＣＯＦＦＩＥＲＬ，ＬＩＳＣＨＥＲＨＥＬ．Ａｒｌｅｑｕｉｎｓｕｉｔｅｖｅｒ３．５：ＡｎｅｗｓｅｒｉｅｓｏｆｐｒｏｇｒａｍｓｔｏｐｅｒｆｏｒｍｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｇｅｎｅｔｉｃｓａｎａｌｙｓｅｓｕｎｄｅｒＬｉｎｕｘａｎｄＷｉｎ⁃ｄｏｗｓ［Ｊ］．ＭｏｌＥｃｏｌＲｅｓｏｕｒ，２０１０，１０（３）：５６４－５６７．［１３］ＺＨＡＮＧＴＪ，ＬＩＨＦ，ＣＨＥＮＫＷ，ｅｔａｌ．ＧｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆＣｈｉｎｅｓｅｄｏｍｅｓｔｉｃｄｕｃｋｓａｌｏｎｇｔｈｅＹａｎｇｔｚｅ⁃ＨｕａｉＲｉｖｅｒ［Ｊ］．ＢｉｏｃｈｅｍＧｅｎｅｔ，２００７，４５（１１／１２）：８２３－８３７．［１４］ＬＩＨＦ，ＺＨＵＷＱ，ＳＯＮＧＷＴ，ｅｔａｌ．ＯｒｉｇｉｎａｎｄｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＣｈｉ⁃ｎｅｓｅｄｏｍｅｓｔｉｃｄｕｃｋｓ［Ｊ］．ＭｏｌＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔＥｖｏｌ，２０１０，５７（２）：６３４－６４０．［１５］张云琦，谭旭茹，李华，等．骡鸭和番鸭的生长及屠宰性能比较［Ｊ］．安徽农业科学，２０１５，４３（２５）：１３３－１３４，１３９．［１６］ＢＲＵＦＯＲＤＭＷ，ＢＲＡＤＬＥＹＤＧ，ＬＵＩＫＡＲＴＧ．ＤＮＡｍａｒｋｅｒｓｒｅｖｅａｌｔｈｅｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙｏｆｌｉｖｅｓｔｏｃｋｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ［Ｊ］．ＮａｔＲｅｖＧｅｎｅｔ，２００３，４（１１）：９００－９１０．［１７］ＷＲＩＧＨＴＳ．Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎｉｎｍｅｎｄｅｌｉａｎｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ［Ｊ］．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，１９３１，１６（２）：９７－１５９．［１８］ＺＨＥＮＧＡＪ，ＣＨＡＮＧＷＨ，ＨＯＵＳＳ，ｅｔａｌ．Ｕｎｒａｖｅｌｉｎｇｍｏｌｅｃｕｌａｒｍｅｃｈａ⁃ｎｉｓｔｉｃｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓｉｎｌｉｖｅｒｍｅｔａｂｏｌｉｓｍｂｅｔｗｅｅｎｌｅａｎａｎｄｆａｔｌｉｎｅｓｏｆＰｅｋｉｎｄｕｃｋ（Ａｎａｓｐｌａｔｙｒｈｙｎｃｈｏｓｄｏｍｅｓｔｉｃａ）：Ａｐｒｏｔｅｏｍｓｔｕｄｙ［Ｊ］．ＪＰｒｏｔｅｏｍｉｃｓ，２０１４，９８：２７１－２８８．［１９］杨方喜，白聪荣，张长海，等．北京鸭新配套系商品代体尺和屠宰性能分析［Ｊ］．中国家禽，２０２１，４３（２）：１０３－１０５．［２０］刘孟超，张昕烨，张金鑫，等．北京鸭品种特征性状的全基因组选择信号分析［Ｊ］．中国家禽，２０２２，４４（２）：１１２－１１６．［２１］ＤＩＮＧＳＲ，ＬＩＧＳ，ＣＨＥＮＳＲ，ｅｔａｌ．ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｃａｒｃａｓｓａｎｄｍｅａｔｑｕａｌｉｔｙｔｒａｉｔｓｂｅｔｗｅｅｎｌｅａｎａｎｄｆａｔＰｅｋｉｎｄｕｃｋｓ［Ｊ］．ＡｎｉｍＢｉｏｓｃｉ，２０２１，３４（７）：１１９３－１２０１．［２２］ＶＡＮＥＬＳＰ，ＣＩＣＥＲＯＣ，ＫＬＩＣＫＡＪ．Ｈｉｇｈｌａｔｉｔｕｄｅｓａｎｄｈｉｇｈｇｅｎｅｔｉｃｄｉ⁃ｖｅｒｓｉｔｙ：Ｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｙｏｆａｗｉｄｅｓｐｒｅａｄｂｏｒｅａｌｂｉｒｄ，ｔｈｅｇｒａｙｊａｙ（Ｐｅｒｉ⁃ｓｏｒｅｕｓｃａｎａｄｅｎｓｉｓ）［Ｊ］．ＭｏｌＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔＥｖｏｌ，２０１２，６３（２）：４５６－４６５．［２３］卞友庆，栾德琴，张扬，等．我国部分地方鸭品种ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ区单倍型分析［Ｊ］．中国家禽，２０１５，３７（１６）：５７－５９．６８㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀安徽农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀２０２４年。

古DNA研究将东亚家猪主体母系祖源追溯到两万年内

古DNA研究将东亚家猪主体母系祖源追溯到两万年内

古DNA研究将东亚家猪主体母系祖源追溯到两万年内由中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、中国社会科学院考古所和陕西省考古研究院共同主导完成的古代东亚家猪线粒体全基因组研究取得重大进展，将主要的东亚家猪群体的母系共同祖先追溯到2万年以内。

科研团队通过古代和现代的线粒体基因组数据开展研究，发现有部分类型从新石器时代早期直到现在连续存在于中国家猪群体中，且自全新世以来，家猪群体具有2次快速的种群扩增现象。

这一研究成果于12月11日在线发表在《遗传学报（英文版）》（Journal of Genetics and Genomics）上，对理解东亚地区的家猪母系遗传历史具有重要意义。

A. 样品分布图；B. 所有古代样品和现代样品的主成份分析图；C. 网络结构图；D. 同时具有古代和现代的2个单倍型。

中科院古脊椎所供图A. 简化的系统进化关系树；B. 推测的野猪在东亚的扩散途径；C. 依据东亚家猪和野猪构建的系统进化关系树；D. 贝叶斯种群扩增曲线图。

中科院古脊椎所供图动物的成功驯化对人类社会发展具有里程碑式的意义，猪是最早被人类驯化的动物之一，在农业社会中发挥了重要作用，它也是研究动物驯化的重要“模式动物”。

至少在1万到8000年前，家猪已在安纳托利亚地区和中国中原地区独立驯化。

古DNA的研究已证实安纳托利亚的家猪在约8500年前随着新石器时代早期的农业人口进入欧洲，但进入欧洲的家猪不断与欧洲本地野猪混合，导致欧洲现生的家猪仅保留0-4%的近东祖源成份，显示出几乎完全替代的情况。

显然，我国科研团队此次的研究成果表明，东亚家猪的遗传历史情况与欧洲的完全不同。

据了解，科研团队一共获取了分别来自陕西鱼化寨、杨官寨、安徽尉迟寺、河北小里以及青海喇家等遗址的42例中国黄河流域古代猪高质量的线粒体基因组数据，时间跨度为约7500-2500年前。

科研人员研究发现，遗址中出土的部分中国古代猪（25%，可追溯到新石器时代早期）与一些东亚现代的家猪类型一样。

基于线粒体Ctyb_基因的滆湖3_种黄颡鱼遗传多样性分析

基于线粒体Ctyb_基因的滆湖3_种黄颡鱼遗传多样性分析

Key words Genetic diversity;Cytb gene;Pelteobagrus fulvidraco;Pelteobagrus nitidus;Pelteobagrus eupogon
黄 颡 鱼 属 ( Pelteobagrus) 为 鲇 形 目 ( Siluriformes) 鲿 科
Abstract In order to understand the wild resources’ genetic situations of three species of Pelteobagrus, the genetic diversity and evolution
history dynamics of Pelteobagrus fulvidraco, Pelteobagrus nitidus and Pelteobagrus eupogon were studied based on the mitochondrial Cytb gene
作者简介 李大命(1981—) ,男,河南汝南人,研究员,博士,从事渔业
资源监测和保护方面的研究。
收稿日期 2022-11-16
粒体具有 DNA 分子小、结构简单、进化速度快、母系遗传、重
组率低等特点,使其成为分子标记在鱼类进化遗传学、群体
遗传结构、分子生态学和保护生物学等研究领域的理想分子
标记[6-7] 。 其中,细胞色素 b(cytochrome b,Cytb) 基因进化速
长须黄颡鱼的遗传多样性及进化历史,以期为滆湖 3 种黄颡
鱼的野生种质资源保护及合理利用提供科学依据。
1 材料与方法
ing,NJ) 构建 3 种黄颡鱼单倍型的分子系统发育树。 利用
量(haplotype number,N),计算单倍型多样性(haplotype diver-