ESTs的来源
上世纪80年代,对cDNA序列进行大规模测序 的想法就曾提出,但对此一直存在争论,有人认 为这种方法能发现成千上万的新基因;而反对者 则认为cDNA序列缺少重要的基因调控区域的信息。 90年代初Craig Venter 提出了EST的概念,并测定 了609条人脑组织的EST,宣布了cDNA大规模测 序的时代的开始 (Adams et星DNA标记
*指基因组中存在的由2~5个核苷酸为重复 单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复 序列,这种序列广泛分布于真核生物基因 组。由于串联重复序列重复次数的不同就 产生了等位基因之间的多态性
*重复单位是6~100个碱基:小卫星序列 重复单位是100个碱基以上:卫星序列
*由于SSR两端多为相对保守的单拷贝序列, 通过设计引物可以进行PCR扩增
(1)完全的微卫星序列:没有中断的重复序列。如 (CA)25 (2)不完全的微卫星序列:具有一个或多个中断的重复 序列(CA) 9 TA(CA) 9 。 (3)复合的微卫星序列:不同的重复序列被3个以下的非 重复碱基间隔。
(GCGT) 8 NN(GT) 17 。
微卫星序列的多态性程度与微卫星序列的长度成正比关系
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ESTs(Expressed Sequence tags )是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆, 从5’末端或3’末端对插入的cDNA片段进行一轮单向自动测序,所获得的约60500bp的一段cDNA序列。
序列质量检验: Length and quality distribution
Using sequence-tagged sites (STSs) to order overlapping clones (YACs, in this example) into a contig. Five different YACs are tested to determine which STSs they contain (top), and these data are used to assemble a physical map (bottom).