NCBI如何查找序列
NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物技术信息服务的综合性数据库。该数据库包含了大量的基因序列、蛋白质序列、文献等信息。
要查找序列，可以使用NCBI提供的不同工具和资源，包括基本功能、BLAST（基本局部序列比对工具）和Entrez等。
1.基本功能：
NCBI提供了一个称为"Basic Search"的引擎，可以使用关键字、序列ID、序列描述等进行。只需要在框中输入关键字，系统将返回与该关键字相关的所有序列。可以通过筛选选项进一步缩小范围，例如组织选择、物种选择、发表年份等。这对于查找特定的序列非常有用。
2.BLAST（基本局部序列比对工具）：
BLAST是NCBI提供的一种用于快速和比对生物序列的工具。它可以比对给定的序列与NCBI数据库中的序列进行相似性。用户只需将目标序列输入到框中，选择BLAST数据库和其他设置，小工具将返回与目标序列相似的其他序列和相关信息，包括序列标识符、比对分数、比对位置等。
3. Entrez：
Entrez是NCBI提供的一个综合性数据库引擎，可以用于不同类型的生物信息，包括序列、文献、生物样本等。用户可以在框中输入关键字，并选择要的数据库类型。对于序列，选择"Nucleotide"、"Protein"或"Gene"数据库类型。此外，用户还可以使用高级选项进行更精确的。结果将包括与关键字相关的序列、文献、记录和其他相关信息。 此外，NCBI还提供一些其他工具和资源，可以进一步帮助用户查找和分析序列，如NCBI数据浏览器、Gene数据库、SRA数据库等。这些工具和资源可以根据具体需求进行使用。
总之，通过NCBI提供的基本功能、BLAST工具和Entrez系统，用户可以方便地查找到自己需要的生物序列。这些工具共同构成了一个强大的平台，为生物技术研究者和科学家提供了极大的帮助。
美国国家生物技术信息中心
（National Center of Biotechnology Information）
唐志立
它的使命包括四项任务:
1. 建立关于分子生物学,生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统
2. 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究
3. 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
4。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力.
文献 Literature
书库 Books NCBI的书库不断收集生物医学方面的书籍，提供这些书籍的出版信息,摘要，目录和全文的链接，用户可以直接在检索文本框输入一个观念就可以查询。
医学主题词表 MeSH Medical Subject Headings）是NLM美国国家医学图书馆为PubMed用于索引文章。控制词汇的同义词典http：//zhidao.baidu。com/link？url=agQ4kAJ3_2rYUuE02sR56wgn5PQjeRUDw5K0JT_acSlA7tk6E—JkxH-o5xLFgMz5_O4n0H01IzprV77l9rBnQK
美国国家医学图书馆目录 NLM Catalog NLM Catalog为藏书超过130万册的美国国立卫生图书馆（NLM)记录设立目录信息，包括杂志、图书、手稿、计算机软件、录音文件和其它电子资源。每一条记录都可链接到NLM LocatorPlus和具有相近题目或MeSH词汇的相关文件目录信息。
PubMed PubMed PubMed 是一个免费的搜寻引擎,提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。
公共医学中心 PubMed
Central PubMed Central （PMC) 是美国国立卫生研究院提供的一项服务,存档生物医学，生命科学科研文献,PMC获得NLM(National Library of Medicine）的授权，收录存档生物/医学文献,以电子副本的形式储存.PMC与2000年2月份启动，目前由NCBI（NLM's National Center for Biotechnology Information ）负责开发与维护。
NCBI 浏览，序列文件解读
实 验 目 的
1. 了解NCBI上提供的数据库资源；
2. 熟练掌握Entrez搜索序列的方法；
3. 理解直系同源和并系同源的含义；
4. 读懂GenBank序列文件。 实 验 内 容 1 对NCBI中一些数据库的资源进行解释 1. GenBank库 NCBI的GenBank是美国NIH下辖的一个核酸序列数据库，里面包含已注释过的所有
公开的、具有一定可信度的DNA序列信息。它与日本的DDBJ（the DNA DataBank of Japan）、欧盟
的ENA（the European Nucleotide Archive）共同组成了国际协作核酸序列数据库（ International Nucleotide Sequence Database Collaboration）。我们可以通过Entrez系统对自己感兴趣的核酸序列进行检索，并下载所想要研究的核酸序列，这种开源模式会大大降低生物学涉及序列研究的成本（一些生信干实验室的重要数据来源）。 2. Gene库 NCBI的Gene数据库主要包含了已经完全测序的基因组，其将基因组图、序列、表型、结构、功能、定位与同源信息等基因特性联系起来，自然也可以查看搜索到的序列所包含的上述特性。每条基因都会有一个唯一的识别码（GeneID）加以区分。我们同样可以通过Entrez系统对Gene库中的基因组序列进行检索。 3. Geneme库 NCBI的Genome数据库包含上千种生物的全基因组的序列和比对数据。但要注意的是，其中不仅含有已完全测序的基因组，还有一部分是未完全测序的基因组。 4. Taxonomy库 NCBI的Taxonomy数据库包含NCBI数据库中具有分子数据的350,000多种生物的名
称和系统发育谱系。它提供了一颗物种树（taxdump.tar.gz），并记录了节点的描述信息（names.dmp）
以及树的上下游信（odes.dmp）， 以及lineage信息（rankedlineage.dmp）和 host 信息。 5. SRA（Sequence Read Archive）序列读取存档 NCBI的SRA数据库中包含的是由下一代高通量测序
GenBank Overview
基本信息
什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。
公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。
遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
（向）GenBank提交（数据）
关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体）
Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体）
