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NCBI使用教程PPT

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三.PubMed的辅助检索功能
Limits（检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原 文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1966年， 限制选择30天-10年 7种文献类型限制： 7种语种： 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）
Publisher Supplied Citations 出版商直接向PubMed提供电子记录 包括MEDLINE未收录的部分记录
PubMed 与MEDLINE的区别
收录范围广：MEDLINE收录的部分生命 科学相关文章的非医学专业期刊（物理、 天文、化学等） 收录记录新：在MEDLINE数据标引前的 最新题录 文献类型全：提供电子原文链接（部分 免费）
五.获取原文及相关资源
1.联机获取原文（文摘中超链） 2.向NLM索取原文（order)（由 图书馆出面向成员馆订购） 3.相关文献查找（related article) 4.其他数据库资源（生物信息学 等）
六.其他检索
Mesh Database 功能： 确定规范检索词 查看词义注释、树状结构表 副主题词、扩展、主要主题词 例：欲查SARS（严重急性呼吸窘迫症）是否有相 关规范词，什么时候在系统中建立该词，有关 治疗有无文献？
显示检索结果 保存检索结果 保存检索策略 打印检索结果
显示字段选择（Display)
Abstract report:来源期刊、标题、著者、 著者地址、记录性质、文献类型、勘误、 评论、PMID或UI、摘要。 Citation Report: 显示除上述内容外，加 MeSH叙词、化学物质名称、资助项目 号等字段。 MEDLINE Report: (最完整，有标识符）
Details
显示检索词转换匹配运算详细过程 用途： 转换、确定规范词 如：liver cancer liver neoplasms 修改检索策略
修改检索策略
1.检索框中随时修改 2.“Limit” 、 “Preview/index”、 “History” “Details”功能键实现。
四.检索结果输出
临床警示（Clinical Alert）:
1991年开始，NIH美国卫生健康研究所 不定期公布能引起死亡率和致病率升高 的临床试验项目重要新闻稿。
Pubmed习题
1 查找肾功能衰竭的饮食疗法的文 献，写出作者Rao M所写文献所涉及的 化学物质 2 已知：第一作者是Challis DE,出处是 Pediatric Research,2000,47(3):309‾15。 要求写出其他合著者
期刊数据库 （Journal database）:
通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文 献。 提供电子原文的超链键。
临床问题 （Clinical Queries）:
专门检索临床研究方法学（循证医学） 文献，主要涉及治疗、诊断、病因、和 预后四个分类，并提供强调选择，即敏 感度（强调查全）或专指度（强调查 准）。
NCBI网站介绍 黄利辉
National Center for Biotechnology Information NCBI网站简介
1988年，美国的参议员 Claude Pepper 发起 1988年11月4日通过立法建立国立生物技术信 息中心 NCBI的任务: 建立基于计算机的信息处理的关于分子生物 学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的 自动系统。并进行先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用。 促进全世界范围内的生物技术信息收集的合作
保存检索策略
Details 中的URL ，可以让检索匹配的详 细策略放入检索框，该检索页面可以存 储入浏览器收藏夹。 Cubby 灰色栏中的功能按钮，存储在数 据库的个人文档中。
打印检索结果
1 浏览器打印（当前显示的网页） 2 show功能键，增加网页显示的记录数 3 保存后一起打印（word)
NCBI生物信息整合系统 Entrez 用途
PubMed书目文献数据 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序 列； 获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质 序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序 列； 蛋白质三维结构数据及大分子模式 （MMDB）等其他生物信息数据库检索
因特网上检索免费MEDLINE
附加检索
引文匹配器（Citation Matcher） 期刊浏览器（Journal Browser） 临床问题（Clinical Queries） 临床警示（Clinical Alert）:
引文匹配器 （Citation Matcher）:
输入题录信息，查找特定文献进行 补缺。 刊名要准确，缩写要标准 著者姓名大小写不敏感 如查找：Taiwan I Hsueh Hui Chih由 Chang PY（taiwan yi xue hui za zhi ) 撰写、 1975 发表文献的其他著者
显示记录选择 单一记录：著者姓名 所有记录：选格式、点按display 选定记录: 方框内打钩
输出格式选择（send to )
选中题录（或文摘）后——
Text当前网页文本格式 用浏览器文件保存 File所有记录文本格式 用对话框保存 Clipboad 剪贴板 允许存储1000条，多项检索后一起保存 Email: 通过邮件发送
一.历史与背景
INDEX MEDCUS MEDLARS ONLINE MEDLINE CD MEDLINE WEB
MDLINE Web (Free) 检索特点:
MEDLINE Web (FREE)
PubMed
(/PubMed)
BioMedNet Evaluated Medline
()
Healthgate Medline
()
PubMed
数据类型：期刊论文、综述、以
及与其他数据资源链接。
特点：
1.免费提供题录和文摘 2.可与提供原文的网址链接 (部分免费获取） 3. 提供检索词自动转换匹配 4. 操作简便、快捷
数据收录
MEDLINE 4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、 护理、牙科、兽医、健康保健系统、前 临床医学等学科。这些期刊来源于美国 和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千1百万条记录，并回溯到 1966年。 [indexed for MEDLIEN]
In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数 据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中[in process]的标记。
蛋白疏水 特性图
待wer的主要功能
在所感兴趣的基因区域，获得基因组序列； 已知物理或遗传图谱数据，可用显示器在该 区域中查找代表疾病基因； 用显示器查找或显示、分析基因； 开发转录模型； 寻找基因家族成员； 查找基因编码蛋白质等。
角化过度症 异常基因
Previw/index（检索策略预览）
浏览检索式 改变检索式 （可用检索式编号#1 OR #2） 浏览索引（index）
Index（索引字顺表）
选择限制字段 输入检索词（词根） 在字顺表中选择检索词 选用逻辑算符建立检索式 点击GO
History 检索式回顾 编辑检索式 如#3 AND child
(stem[ti] AND ("neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]))
截词检索：treat* 强迫短语检索：“brca 1”（不再 自动转换匹配和扩展检索）
自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行 扩展检索，如： 输入“hypertension therapy,系统自 动将高血压的药物治疗、饮食疗 法，
核酸序列报告
碱基数
原序列
蛋白质序列数据库
内容包括序列及功能信息、蛋白识别及 其他功能 SWISS-PROT （瑞士日内瓦大学）蛋白 质序列数据库 http://www.Expasy.ch PIR 蛋白质序列信息资源库（美、德） http://www /pir/
Stem [ti] AND neuroscience
自动转换检索词（automatic term mapping）
自动对照规范词表,期刊名表，短语， 著者名索引, 依次寻找转换 短语寻找转换 单词转换 单词在上述四个字段寻找转换 在所 有字段中转换
如：输入stem[ti] AND neuroscience Details显示：
二.PubMed 基本检索功能
在检索栏中输入:
一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索)如：
placenta growth oxygen genbacev o 著者姓名,姓在前,名在后,如: smith ab
刊名，可输全称或MEDLINE认可的标准缩写形式如：
clin exp immunol
布尔逻辑运算式： (运算符须大写）如 ：

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NCBI使用教程PPT

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如：输入stem[ti] AND neuroscience Details显示：
(stem[ti] AND ("neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]))
截词检索：treat* 强迫短语检索：“brca 1”（不再 自动转换匹配和扩展检索）
数据收录
MEDLINE 4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、 护理、牙科、兽医、健康保健系统、前 临床医学等学科。这些期刊来源于美国 和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千1百万条记录，并回溯到 1966年。 [indexed for MEDLIEN]
In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数 据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中[in process]的标记。
自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行 扩展检索，如： 输入“hypertension therapy,系统自 动将高血压的药物治疗、饮食疗 法，
三.PubMed的辅助检索功能
Limits（检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原 文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1966年， 限制选择30天-10年 7种文献类型限制： 7种语种： 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）
期刊数据库 （Journal database）:
通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文 献。 提供电子原文的超链键。
临床问题 （Clinical Queri献，主要涉及治疗、诊断、病因、和 预后四个分类，并提供强调选择，即敏 感度（强调查全）或专指度（强调查 准）。
NCBI_blast_使用教程.pptx

NCBI_blast_使用教程.pptx

19
Blast任务提交表单（二）
2.设置各种参数部分
设置搜索的范围，entrez关键词， 或者选择特定物种
一些过滤选项，包括简 单重复序列，人类基因
组中的重复序列等
E值上限
窗口大小 如果你对blast的命令行选项熟悉的话，可以在这里加入更多的参数
20
Blast任务提交表单（三）
E值范围
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
3.设置结果输出显示格式
蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6 框翻译后的蛋白质序列逐一比对。
核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核 酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋 白质序列逐一进行比对。
10
Blast相关的问题
怎么获得blast服务,怎么使用的问题？
为什么使用blast，可以获得什么样的信息？
其他问题：实际使用时选择哪种方式（网 络，本地化），参数的选择，结果的解 释…
15
本地WEB版的Blast
16
Blast程序评价序列相似性的两个数据
Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是
对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来 说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。
E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或
碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的 概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的 可能性越低。
2.Blast介绍 Blast资源和相关问题
3.Blast的应用 网络版，单机版
4.深入了解Blast(改进程序，算法基础) 5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）
3
生物序列的相似性
相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部
NCBI数据库及其应用精品PPT课件

NCBI数据库及其应用精品PPT课件


NCBI数据库检索
1. ENTREZ高级检索系统：
在检索框中输入检索词，检索词间默认 逻辑关系为AND
还可用来检索核酸与蛋白质序列、 MEDLINE相关文献或专利（PubMed）、 基 因组及MMDB分子结构模型库信息。
• 显示格式 ：
Summary Report格式 GenBank Report格式 FASTA Report格式
★2210130101------刘思远 ★2210130102------肖泽友 ★2210130103------江宜铮
NCBI分子生物学数据库 http://
美国国立医学图书馆（NLM）于1988 年11月4日建立国家生物技术信息中心 （National Center of Biotechnology Information,简称NCBI）。
Sequin:
可供MAC、PC\Windows、UNIX 用户使用的递交软件，可输入有关 数据的详细资料。
三、检索途径与方法
• 基本检索 - Basic Search
• 高级检索 - Advanced Search
•
(preview/index)
• 限定检索 - Limits Search
• 期刊检索 – Journal Databases
• 显示格式选择 Display旁的下拉菜单，选择记录格式： summary默认、brief、Abstract、Citation、 ASN.1、MEDLINE、XML等格式 • 纯文本格式 Sent to-Text
2、排序
无序（Sort） 著者（Author） 刊名（Journal） 出版日期（Pub Date）
• 主题词检索 - MeSH Databases
NCBI_BLAST 官网使用教程

NCBI_BLAST 官网使用教程


Background
BLAST [1] is a suite of programs provided by NCBI for aligning query sequences against those present in a selected target database. The NCBI BLAST homepage () provides an access point for these tools to perform sequence alignment on the web.
BLAST Homepage and Selected Search Pages
Introducing the BLAST homepage and form elements/functions of selected search pages
National Center for Biotechnology Information • National Library of Medicine • National Institutes of Health • Department of Health and Human Services
The “Saved Strategies” page
The “Saved Strategies” tab (shown below) displays a list of search strategies. The first four columns (J) provide a good summary of the search settings for each saved entry. The “view” link (K) loads the settings in a search page, while the “download” link (L) saves the settings M in an ASN.1 formatted file for use with standalone BLAST or reloadJ ing on the web services using the K L N “Choose File” and “View” button (M). Clicking the red X (N) removes the entry from the list.