土壤总DNA的几种提取方法SDS 高盐法(方案1)具体步骤:称取1g 土壤,放入研钵中,倒入适量的液氮,立即研磨;再倒入适量的液氮,研磨,重复3 次,使土壤颗粒研成粉末;将13.5 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸盐[pH = 8.0 ] ,0.1 mol/L EDTA [pH 8.0 ] ,0.1 mol/L Tris-HCl [pH 8.0 ] ,1.5 mol/L NaCl ,1.0 % CTAB) 和50μl 蛋白酶K(10 g/L ) 与5 g 土壤置于50 ml 的离心管中,放入37 ℃恒温摇床上, 225 r·min - 1振荡30 min ;加入1.5 ml20 % SDS ,轻轻混匀,65 ℃水浴加热2 h ,每隔15～30 min 轻轻摇匀1 次;5 000 r·min - 1离心10 min ,将上清液转入新的50 ml 离心管中;取4.5 ml 提取缓冲液加入原离心管,摇匀泥浆,加入0.5 ml 20 % SDS ,65 ℃水浴15 min ,用上述同样的离心速度离心10 min ,将上清液与原上清液合并;再重复此步骤1 次;用与上清液等量的三氯甲烷于离心管中混匀,5000 r·min - 1离心20 min ;收集上清液,并加入0.6 倍体积的异丙醇,室温静置1 h ;25 ℃下12 000 r·min - 1离心20 min ,倒出上清液,干燥后加入500μl 去离子水,溶解粘附于离心管壁的DNA 及其杂质,并收集于1.5 ml 的微型离心管中.变性剂加SDS 高盐法(方案2)具体步骤：取1 g 土样和等量的灭菌石英砂在研钵中混合,加入1 ml 变性剂(4 mol/L异硫青酸胍,10mmol/L Tris-HCl [pH 7.0 ] ,1 mmol/L EDTA[pH 8.0 ] ,0.5 % 2-巯基乙醇) ;液氮冰冻,研磨至溶解,重复3 次;转入50 ml 离心管中,加入9 ml 提取缓冲液(0.1 mol/L磷酸钠[pH 7.0 ] , Tris -HCl [ pH 7.0 ] , 0.1 mol /L EDTA [ pH8.0 ] ,1.5 mol/L NaCl ,1 %CTAB ,2 %SDS) ;65 ℃水浴1 h ,每10 min 轻轻混匀1 次;5 000 r·min - 1 离心10 min ,取上清;在原管中加入5 ml 提取缓冲液,混合后,65 ℃水浴10min ,离心,取上清,合入上述上清液;重复一次;加入等体积的氯仿混合,5 000 r·min - 1离心20 min ,取上清;加入0.6 倍体积的异丙醇,室温沉淀1 h ;20～25 ℃,12 000 r·min - 1离心20 min ,TE 溶解沉淀.SDS-酚氯仿抽提法（方案3）称取1g土壤样品，加入1ml 0.1mol/l PH8.0 磷酸缓冲液，玻璃珠振荡1min。
土壤微生物基因组DNA不同提取方法的比较及PCR扩增体
系的建立
张婧;刘广娜;左蔚琳
【期刊名称】《吉林农业》
【年(卷),期】2018(000)016
【摘要】本文分别采用改良的CTAB和SDS法进行了土壤总微生物DNA的提取,琼脂糖凝胶电泳结果表明SDS法所得DNA浓度较CTAB法高.建立了PCR扩增体系,所得条带清晰,适于分子多样性分析.
【总页数】2页(P55-56)
【作者】张婧;刘广娜;左蔚琳
【作者单位】吉林农业科技学院中药学院,吉林吉林132101;吉林农业科技学院中药学院,吉林吉林132101;吉林农业科技学院中药学院,吉林吉林132101
【正文语种】中文
【中图分类】S154.3
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土壤DNA和植物DNA提取方法现在主要的提取方法有：氯仿异戊醇抽提法、离心柱试剂盒法和磁珠法。
其中磁珠法作为一种新型核酸提取法，相较于传统方法来说优势明显：（1）生物磁珠具有小尺寸效应和表面效应，能够高效提取DNA；（2）磁珠表面能够进行化学修饰，从而与DNA进行特异性吸附；（3）磁珠法用时少，操作简单，且对环境无污染。
一、提取难点要想在土壤和植物中提取DNA，样本的液化是关键的一步，像土壤和植物都是固体样本，很难直接在试剂盒的作用下用于核酸提取。
提取过程中固体样本会跟杂质一样，严重阻碍磁珠吸附核酸，并且损耗大量的磁珠位点，很难取得良好的提取效果。
所以，在土壤和植物DNA提取时，要对样本进行预处理。
土壤的预处理首先需要浸泡，必要时可以进行水浴，因为从土壤中提取DNA并非提取土壤本身，而是提取土壤中存在的微生物DNA。
然后在样本中加入氧化锆-二氧化硅微珠和缓冲液，接着对其进行离心，取上清液即可用于进一步提取。
在植物中提取DNA时，需要剪取适量样本，对其进行研磨。
研磨时如果需要保护RNA，可以采用液氮研磨的方式。
如果不需要提取RNA，也可以加入裂解液或者生理盐水帮助研磨成匀浆状态，如果所得匀浆较为浑浊，可对其进行适当离心处理，取上清液即可用于进一步提取。
二、磁珠法提取试剂盒深圳市朗司医疗科技有限公司，开发出了新型高效的土壤和植物基因组DNA提取试剂盒，能够最大限度的去除土壤和植物提取DNA过程中所产生的杂质，保留目标所需DNA。
【图：使用朗司土壤试剂盒提取4种土壤样本的电泳结果】【图：使用朗司植物试剂盒提取叶片（50mg）总DNA的电泳结果，S1-S16为重复实验】三、磁珠法核酸提取仪（16通量）结合磁珠法核酸纯化技术，配合公司自主研发的16通量LemnisCare MGX-1600全自动核酸提取仪，可以完成目标核酸的自动提取，更加安全可靠，大大节省科研人员操作的同时，得到高纯度的土壤和植物DNA。
土壤荧光定量pcr
土壤荧光定量PCR（Polymerase Chain Reaction，聚合酶链式反应）是一种用于检测和定量土壤中微生物DNA的方法。
这种方法通过使用特定的引物和探针，可以特异性地扩增目标微生物的DNA序列，从而实现对土壤中特定微生物的定量分析。
荧光定量PCR技术的主要优点是具有高度的灵敏度和特异性，可以在复杂的土壤环境中准确地检测到目标微生物。
此外，荧光定量PCR还具有快速、高通量和实时监测等优点，使其成为研究土壤微生物群落结构和功能的重要工具。
在土壤荧光定量PCR分析中，首先需要从土壤样品中提取总DNA，然后使用特异性引物和探针对目标微生物的DNA序列进行扩增。
在扩增过程中，荧光信号会随着DNA复制次数的增加而增强，通过实时监测荧光信号的变化，可以实现对目标微生物的定量分析。
土壤荧光定量PCR在环境微生物学、土壤生态学和农业科学等领域具有广泛的应用。
例如，可以通过荧光定量PCR分析土壤中的固氮菌、解磷菌和解钾菌等有益微生物的数量，从而评估土壤肥力和生态系统功能；也可以通过检测病原微生物的存在，预测和控制土传病害的发生。
