酚、氯仿、异戊醇法沉淀DNA
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酚:氯仿:异戊醇法抽提基因组DNA
1. 从无水乙醇中取出少许肌肉或者性腺组织(约50mg),剪碎,加入干净灭菌的EP管中;
2. 准备适量的裂解缓冲液SNET(600μL),随即在SNET中加入蛋白酶K使终浓度为400
μg/ml,向组织中裂解缓冲液。
SNET:
20mmol/L tris-Cl (Ph8.0)
5mmol/L EDTA (Ph8.0)
400 mmol/L NaCl
1%(m/V) SDS
上述溶液需经过0.45μm的硝酸纤维素滤器过滤除菌,保存于室温。
3. 管子垂直放置于震荡平台或振动恒温箱中55℃放置过夜(消化过程中样品的充分混合
时非常必要的。过夜消化后,应当看不到组织,缓冲液呈现灰色状态).
4. 加入等体积(600μL)的酚:氯仿:异戊醇,密闭管口,室温下置于震荡平台30min.(不
同的实验阶段,需要不同的振动速度.)
备注:酚取下层(上层为保护液)过会变成淡黄色为佳,酚:氯仿:异戊醇混合后澄清才可以用
5. 离心吸取上清(4℃ 11,000 rpm(11200×g)最大转速简短离心25分钟(5min钟就好),
转移上清至另一新的离心管中)。
6. 取出消化液,加入600 μL (等体积)酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)混合液
(按一
个样品1.5ml配置)
,温和混匀 20 min,11,000 rpm(11200×g)离心 15 min,回收上
清;5min
7. 重复酚/氯仿/异戊醇抽提过程2次后,然后换成每管600 uL 氯仿抽提。
8. 回收的上清液等体积异丙醇,温和混匀后-20℃静置2 h
9. 4℃13000转/分离心20min,弃上清; 5min
10. 用75%乙醇洗涤1-2次(1000ul,11000转/分离心2min),弃上清;轻柔晃匀
11. 冰冻无水乙醇洗涤1-2次(1000ul,11000转/分离心4min)弃上清,自然晾干或烘干,
DDW或TE溶解,30-50ul,再加入1ul 10mg/ml的RNA酶溶液,37℃温育2h,核酸蛋
白定量仪检测OD及浓度。
12. DNA质量检测 用脉冲场电泳检测抽提DNA质量,也可以用一块20cm长1%琼脂糖
凝胶30-35V/cm过夜电泳。