猪的全基因组范围内Fox转录因子家族的识别和进化分析

110猪业科学  SWINE INDUSTRY SCIENCE 2016年33卷第6期遗传改良GENETIC IMPROVEMENT全基因组选择在猪育种中的研究进展宋志芳1，曹洪战1，2*，芦春莲1，2（1.河北农业大学动物科技学院，河北 保定 071000；2.河北农业大学猪业科学研究所，河北 保定 071000）中国拥有丰富的地方猪种资源，据2012年最新统计，中国拥有地方猪品种88个。

地方猪具有其天然优势，比如耐粗饲、繁殖力高、肉质好等，所具有的优点是无可替代、独一无二的[1]。

我国是世界上的养猪大国，有着悠久的历史，同时也是种猪的进口大国，进口国外优良高品质的种猪，新美系杜洛克，丹麦的长白猪、英国的大白猪等。

这种长期依赖进口的根本原因是我国缺乏相关的育种技术和人才。

随着人们生活水平的不断提高和消费观念的改变，对猪肉的需求也从脂肪型猪向瘦肉型猪转变，对肉质提出了更高的要求。

市场的需求就是猪育种应该努力的方向。

我们应该充分利用我国丰富的地方猪种资源，采取更有效的措施进行保种和育种工作。

传统的育种方法周期较长，消耗大量的人力、物力和财力，短期内很难完成优良品种的培育，而且保持优良品种的优良特性也比较困难。

1 动物育种值估计方法的历史在20世纪70年代，选择指数法被广泛应用于各种家畜的个体遗传评定，包含了单性状和多性状、单信息和多信息等各种情况，在理论上，它的理论比较完善，选择效率也相对较高。

但是在实际动物育种过程中，选择指数法很难达到理论上的预期效果，有时差异很大。

因为它有比较严格的应用前提条件，因而也存在着缺陷。

如果实际应用中能够满足前提条件，在鸡、猪等的场内遗传评估中，利用选择指数也能够得摘 要：目前，随着分子生物学技术和遗传学的不断发展，动物育种方法从传统的数量评估方法，逐渐向全基因组选择法评估育种值转变。

全基因组选择是动物育种的一次革命，利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估，能大大缩短育种间隔，提高遗传进展，已然成为动物育种研究的热点。

桑树WRKY转录因子的全基因组鉴定及生物信息学分析
背景:
桑树（Morus）是一种重要的经济性果树和林木树种，在世界范围内广泛种植。

获得桑树的基因组信息和功能基因的特性研究能够为其可持续利用和改良提供很好的基础和方向。

WRKY转录因子是参与植物生长发育、逆境适应等多个生物过程的重要转录因子家族。

然而，对于桑树WRKY基因家族的鉴定和特性的研究仍相对不足。

方法:
本研究采用生物信息学方法对桑树基因组中的WRKY基因进行鉴定，进一步对其基因结构、保守区域、进化关系和表达模式等方面进行分析。

结果:
在桑树基因组中共鉴定得到117个WRKY基因，其中包括90个单个WRKY结构域的基因和27个多个WRKY结构域的基因。

通过系统演化分析和保守区域比对，进一步定义了桑树WRKY基因家族的分类和特性。

通过RNA-seq数据和荧光原位杂交等技术，分析了不同组织和不同生长阶段中的WRKY基因表达模式，发现其中许多基因在逆境胁迫下的诱导表达程度显著提高。

结论:
本研究鉴定了桑树基因组中的117个WRKY基因，为后续的桑树分子育种和逆境适应研究提供了依据和资源。

通过表达模式分析，还发现了许多逆境适应相关的WRKY基因，可以作为进一步研究植物逆境适应机制的参考。

转录因子分析一般常用技术手段转录因子分析是研究转录因子在基因调控中的作用的一个重要领域。

转录因子是一类能结合到DNA上的蛋白质，它们能够直接或间接地影响基因的转录水平。

转录因子分析的目标是确定转录因子与特定基因的相互作用方式，从而揭示基因调控网络的结构和功能。

目前常用的转录因子分析技术手段主要有DNA亲和层析、色谱-质谱联用技术、高通量测定和基因组学方法等。

DNA亲和层析在转录因子分析中得到了广泛应用。

该技术能够通过使用亲和树脂或酶联免疫吸附剂将转录因子与DNA结合，从而将特定的转录因子与DNA序列识别并分离开来。

这种方法可以用于研究转录因子的绑定位置、结合顺序和结合亲和力等特性。

此外，DNA亲和层析还可以用于研究转录因子与其他蛋白质的相互作用以及转录因子在细胞和组织中的定位等。

色谱-质谱联用技术是在DNA亲和层析的基础上发展起来的一种高分辨率分析方法。

它首先使用亲和层析将转录因子与DNA结合，然后将其分离并通过质谱仪进行检测和定量分析。

这种方法可以提供更加精确和可靠的蛋白质与DNA结合的定量信息，并且可以分析转录因子的修饰状态，例如磷酸化和甲基化等。

高通量测定技术是近年来快速发展的一种转录因子分析方法。

它利用高通量测序、芯片或微阵列等高通量技术，对整个基因组范围内开展转录因子的结合位点鉴定以及转录因子与基因表达的关联分析。

这种方法可以同时测定大量的转录因子与DNA的结合位点，并揭示转录因子在基因调控中的全局作用。

高通量测定技术的应用已经使我们对转录因子的功能和调控机制有了更全面的认识。

基因组学方法是一种综合应用多种技术手段对整个基因组范围内转录因子进行全面研究的方法。

包括染色质免疫沉淀、转录因子结合特异性标记和检测以及全基因组高通量测定等技术。

这种方法可以鉴定转录因子的结合位点和基因调控区域，并进一步分析转录因子在基因调控中的作用机制和调控网络。

除了上述技术手段，还有一些生物信息学方法也可以用于转录因子分析，例如转录因子序列分析、转录因子亚细胞定位预测、结构与功能预测等。

全基因组关联分析影响猪GLU和GSP的染色体位点-畜牧兽医论文-农学论文——文章均为WORD文档，下载后可直接编辑使用亦可打印——引言【研究意义】血液中的血糖（glucose，GLU）循环全身，对人体具有重要的生理功能，是反映机体生理状况的一个重要指标。

空腹血糖浓度（fasting serumglucose, FSG）是糖尿病临床诊断的常规指标，也是糖尿病诊断后10 年内因心血管疾病的预警指标。

糖尿病病人的空腹血糖浓度持续偏高，波动较小，是一种营养代谢性疾病。

有研究表明，空腹血糖浓度是可遗传的，遗传力为0.62 0.08（P＜0.01），属于高遗传力性状。

糖基化血清蛋白（glycosylatedserum proteins，GSP）是一个比血糖更稳定、更能反映机体23 周内平均血糖水平的指标。

猪作为模式动物，与人类具有相似的代谢功能、心血管系统、成比例的器官大小等，已经成为研究人类肥胖、糖尿病及并发症等疾病的最佳模式动物。

研究影响猪GLU和GSP 的染色体位点及候选基因定位，不仅对猪代谢生理功能的遗传解析具有重要意义，而且对人类相关疾病的临床研究具有参考价值。

【前人研究进展】近年来，已定位了多个影响GLU 和GSP 的QTL。

Cai 等在对西班牙裔儿童研究中发现，影响空腹血糖浓度的QTL 定位在13 号染色体的8599 cM处；An 等在人19 号染色体的88cM 处定位到了显着影响空腹血糖浓度的QTL，在7 号染色体的163cM处定位到了染色体可显着影响空腹血糖浓度的QTL；Kobayashi 等在由SMSMXA-5 构建的F2小鼠中，在8 号染色体上定位到了影响空腹血糖浓度的QTL。

人和鼠的血糖性状QTL 定位结果具有很高的一致性。

在对猪的研究中，Yoo 等利用长白韩国本地猪种F2群体，在SSC1 和SSC8 上定位到染色体可显着影响GLU 的QTL；Dsauts 等利用梅山猪和大白猪构建的F2群体在SSC1、3、5、8 四条染色体上定位到了影响GLU 浓度的QTL；陈蓉蓉等在白色杜洛克二花脸资源家系SSC14 的68 cM 处定位到了1 个5%基因组显着影响GLU 的QTL。