基因表达系列分析SAGE技术PPT

GEO数据库查询：在EntreZ中查询
➢ Entrez GEO数据集 ➢ ● 查询一切的实验注解 ➢ ● /sites/entrez?db=gds ➢ Entrez GEO表达谱 ➢ ●查询样品和系列纪录 ➢ ● /sites/entrez?db=geo
1. 检索栏内输入关键词“HBB Human〞
2. 获得检索结果页面
3. 检索结果解读
➢ 数据称号：…… ➢ 数据描画：…… ➢ 数据格式〔主要字段〕： ➢ SELECTED PROTEIN SIMILARITIES：
基因类中类似蛋白质集合 ➢ GENE EXPRESSTION：基因表达信息 ➢ SEQUECNES：与基因类相关的序列，如
● 物理图谱也称为STS图谱 ● EST是一种STS ●2019发表的人类基因组物理图谱含有15086个 STS,其中大多数为EST,平均密度为1个标志/199kb
(二) ESTs与基因预测的验证
➢某一个物种的基因组测序完成之后，首要义务是对基因 组所包含的全部基因进展预测，而现有基因预测软件不 能百分之百准确预测全部基因，此时需求对预测基因进 展验证，每一条EST代表特定基因的部分序列，因此将 预测基因同物种一切的EST进展比对，有助于基因预测 的验证。
第六章 表达序列分析
第一节 引言
一、表达序列与表达序列标签
(一) 什么是表达序列?
基因组表达为RNA的序列: mRNA和功能RNA
(二) 什么是表达序列标签? 〔expressed sequence tag, EST〕
从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆， 从5′末端或3′末端进展一轮单向自动测序，所获 得的约60-500bp的一段cDNA序列。
SAGE技术方案

6、法律的基础有两个，而且只有两个……公平和实用。——伯克 7、有两种和平的暴力，那就是法律和礼节。——歌德
8、法律就是秩序，有好的法律才有好的秩序。——亚里士多德 9、上帝把法律和公平凑合在一起，可是人类却把它拆开。——查·科尔顿 10、一切法律都是无用的，因为好人用不着它们，而坏人又不会因为它们而变得规矩起来。——德谟耶克斯
基因表达据分析
1、最灵繁的人也看不见自己的背脊。——非洲 2、最困难的事情就是认识自己。——希腊 3、有勇气承担命运这才是英雄好汉。——黑塞 4、与肝胆人共事，无字句处读书。——周恩来 5、阅读使人充实，会谈使人敏捷，写作使人精确。——培根

第２０卷第３期 沧州师范专科学校学报 Ｎｏ．３　Ｖｏｌ．２０　* 收稿日期：２００４－０６－２０　作者简介：韩 婧（１９７６— ），女，河北沧州人，沧州师专生物系教师。

　・25・基因表达系列分析(SAGE)的研究进展及其应用韩 婧　（沧州师专　生物系，河北　沧州，０６１００１）　摘 要：基因表达系列分析（ＳＡＧＥ）是一种新的基因表达分析方法，它能对特定细胞或组织中的大量转录本同时进行定量分析。

ＳＡＧＥ可以定量分析已知基因及分析未知的基因表达情况。

综述了ＳＡＧＥ技术的基本原理和实验流程以及近年来ＳＡＧＥ方法上的改进和应用。

　关键词：基因表达系列分析；ＳＡＧＥ标签；应用　中图分类号：Ｑ７８ 文献标识码：Ａ 文章编号：１００８－４７６２（２００４）０３－００２５－０２ 在生物体的某个发育阶段，或在某种类型细胞中，有些基因表达，有些基因则不表达［１］。

其差异是基因组调控的结果，基因的不同空间间隔表达组合和个体发育控制、形态发生、细胞分化、组织特异性、激素传递或细胞应激反应都直接相关［２］。

　比较两种不同细胞类型中ＲＮＡ或ｃＤＮＡ的种类，也就可发现基因的差别表达。

常用的研究基因差异表达的实验方法有ｍＲＮＡ差别显示ＲＴ－ＰＣＲ法（ｍＲＮＡ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ　ｄｉｓｐｌａｙ　ＲＴ－ＰＣＲ，ｍＲＮＡ　ＤＤ　ＲＴ－ＰＣＲ）、消减杂交（ｓｕｂｔｒａｃｔｉｖｅ　ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）、基因表达系列分析（ｓｅｒｉａｌ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ＳＡＧＥ）　［３］。

ｍＲＮＡ差异显示、消减杂交等技术均只能反映有限基因的表达频谱，而无法描绘出基因表达模式的全貌，且多针对高丰度或表达差异大的基因，但细胞中表达的绝大部分基因属于低丰度表达，且相当一部分是具有重要功能的未知基因［４］。

ＳＡＧＥ对低丰度表达基因有较好检测效果。

有报道，ＳＡＧＥ检测３个拷贝表达基因德可能性达９２％［５］。

　１ ＳＡＧＥ的的提出及其基本原理　ＳＡＧＥ是１９９５年由Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｅ等建立的一种新的基因表达模式研究技术，它可以在整体水平对细胞或组织中的大量转录本同时进行定量分析，而无论其是否为已知基因［６］。

基因组学与应用生物学，2009年，第28卷，第6期，第1204－1210页Genomics and Applied Biology,2009,Vol.28,No.6,1204－1210专题介绍Review基因表达系列分析法(SAGE)的改进及其在植物功能基因组研究中的应用张振乾谭太龙肖钢官春云﹡湖南农业大学农学院,国家油料改良中心湖南分中心,长沙,410128*通讯作者,guancy2000@摘要基因表达系列分析方法(SAGE)是一种新的基因表达分析方法，与基因芯片技术一样具有高通量的特点，可测定特定组织的基因表达水平，在全基因组水平上同时定量检测数万个基因表达模式；可在未知目的基因的前提下，分析来自一个细胞的全部转录本信息；对已知或未知基因表达进行定性和定量分析。

目前，虽然在疾病、发育、细胞凋亡、药物筛选等多个领域已有利用SAGE 方法进行的研究，但该方法在植物功能基因组研究中的应用相对较少。

本文主要综述了该方法在RNA 用量、PCR 循环次数、SAGE 效能和可靠性、标签长度和未知标签分析等方面的改进及其在植物中构建SAGE 文库、筛选新基因、基因表达图谱分析等方面的应用，从而为其在植物功能基因组研究中的进一步应用提供理论参考。

关键词基因系列分析方法(SAGE),功能基因组,基因表达图谱分析The Modification of Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)and its Ap-plication in Plant Functional Genome ResearchZhang ZhenqianTan Tailong Xiao Gang Guan Chunyun ﹡Hunan Agricultural University,Hunan Branch of National Oilseed Crops Improvement Centre,Changsha,410128*Corresponding author,guancy2000@ DOI:10.3969/gab.028.001204Abstract Serial analysis of gene expossion (SAGE)is a kind of innovative gene expossion analysis method ,which possesses the same characteristic of high throughput as Genechip.This techniques can determine the level of gene expression in some special tissues and can quantitatively detect expression patterns of thousands of genes simultaneously on the whole genome level.And it also can be used to analyze all transcripts information from a cell without knowing target gene.Furthermore,This analytical method can carry out the qualitative and quantita-tive analysis for the expression of known or unknown genes.At present,SAGE has been widely used in many fields,such as disease,development,apoptosis and drug screening etc.,whereas it is relatively less been applied in plant functional genome research.In this paper,we mainly reviewed the modification of this approach on RNA dosage,PCR cycles,the efficacy and reliability of SAGE,the label length and unknown label analysis and so on.At the same time,we also summarized its application in plant functional genome research,for instance,the con-struction of SAGE library,screening of new genes and gene expression profiling analysis,which would provide theory reference for its further application in plant functional genome research.Keywords Serial analysis of gene expression (SAGE),Functional genome,Gene expression profiling analysis /doi/10.3969/gab.028.001204基金项目：本研究由国家973计划(2006CB101600)资助利基因表达系列分析方法(serial analysis of gene expression,SAGE)是基于poly A +RNAs 剪切得到的短标签和标签末端间的两两连接组成的串联体分析方法(Richards et al.,2004)。