皮肤癣菌基因分型研究进展
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病原微生物分子分型技术研究进展
现代分子分型技术主要包括质粒DNA图谱分析、限制性内切酶消化后的染色体DNA分析、核酸探针杂交、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、PCR和多位点序列分析(MLST)技术。DNA重复序列PCR技术(Rep-PCR)的实用性强、低用费、可再现性好,可用来进行普查工作。PFGE技术分辨力高,是病原微生物分子分型的最佳选择。而有更高分辨力和再现力的MLST新技术正在逐渐被使用。这些分子分型技术将有助于在全球范围内进行病原微生物流行病学研究。本文对近年来常用的病原微生物分子分型技术的研究进展作一综述。
1 评估分型技术标准的可行性 评估一项分型技术是否可行的标准有2个:完成标准(有效性)和便利标准(效率性)。完成标准包括分型能力、分辨力和分型技术间的一致性,而便利标准包括通用性、快捷性、解释和执行的容易程度。一项分型技术的分型能力意味着通过这项分型技术,分离株被划分为所属类型的比例。再现性是指通过这种技术对同种样品在重复检测时,产生相同结果的能力。分辨力是指拥有一致的或非常相似的相关图谱的分离株事实上具有相同的传播途径的可能性。2种分型技术的一致性通过使用这些技术把高度相似的分类株分组归类而被评价〔1,2〕。因此,对一种分型技术来说首选标准是有效性〔3〕。当应用于细菌病原菌时,一种分型技术必须要有效率性优点。通用性就是用于任何病原菌的能力,这对于医源性病原菌感染的研究是一个非常重要的优点。操作和解释结果的容易度以及所需费用、试剂和仪器的可行性都是选择一项分型技术的重要标准〔2-4〕。
2 现代分子分型技术 质粒DNA图谱分型技术 细菌质粒分析是较早被使用的对病原微生物流行病学进行调查的分子分型技术〔4〕。这种技术包括萃取质粒DNA,通过琼脂糖凝胶电泳分离DNA。这是一种容易操作和理解的技术。由于不同菌株质粒DNA序列和大小不同,通过琼脂糖凝胶电泳分离得到的DNA质粒图谱也将不同,因此,与流行病相关的分离株能够被分类分型。质粒图谱分析的再现性和分辨力可通过限制性内切酶消化质粒而提高。支持这个方案的理论是,虽然2个不相关质粒有相同的分子量,限制性内切酶位点的位置和频率是不同的。但此技术也有应用局限,质粒是可移动的非染色体遗传物质,细菌能自发的失去或很容易的获得,结果流行病相关的菌株可以展示不同质粒指纹图谱。许多质粒带有抗性决定因子的基因,存在于转位子上,而转位子很容易丢失或获得,这同样可以迅速改变质粒DNA组成。产生图谱的再现性也会由于质粒空间存在的不一致性(超螺旋的、断口的和线形的)而被影响,而凝胶电泳时具有不同迁移速度。大多数病原微生物有质粒,但没有质粒的就不能用此技术分型。此外,由于有些分离株中含有1个或2个质粒,会使菌株納提[ (,。)涞姆直媪档汀?〕。
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№l:箜:№:!结核分枝杆菌基因分型方法研究进展hq粤弹∞ill咎州田pitlgr|le|龇0fm声D6口c钯哦肌mk比触焦伟伟(综述)申阿东(审校)【摘要】结核病是单一病原体所致死亡的主要原因。
近年来,人口流动的增加和耐药结核分枝杆菌的增多更加剧了结核病在人群间的传播,因此必须加强对结核感染的控制和监测。
分子流行病学,尤其是基因分型方法是监测结核病传播的有效途径。
目前国内外广泛使用的基因分型方法有:插入序列61lO限制性片段长度多态性、间隔区寡核苷酸分型法、多位点数目可变串联重复序列分析、单核苷酸多态性分析及缺失分析等。
该文就这些分型方法作一综述。
【关键词】分枝杆菌,结核;基因分型1998年结核分枝杆菌(nlycobacteri岫nlberculosis,wrB)标准菌株H37Rv全基因组测序工作完成,结核病的研究进入了基因时代。
随着分子生物学技术的发展,结核病分子流行病学研究的新技术也在逐步建立。
由于MrB基因组具有重复序列多态性的特点,用于菌株间的鉴别独具优势。
MIB基因分型技术在结核病的暴发流行、耐药结核菌的传播、内源性复发和外源性再感染等方面解决了传统方法难以证实的问题。
本文就目前常用的一些MIB基因分型方法的原理、特点以及应用进行综述。
l插入序列6110限制性片段长度多态性方法插入序列(insenionsequence,璐)是可移动的基因元件,通常小于2.5kb,它在基因组内可发生转位、重复或缺失。
1990年111ierry等最先描述了I:s6110,其全长1355bp,末端含有不完整的28bp反向重复序列,是IS3家族的一个成员,完整的序列特异地存在于MrIB复合群中,拷贝数从O。
26不等。
1993年,啪Ernbden等提出了以Is6110为基础的DNA印迹杂交的标准化操作方法,即IS6110限制性片段长度多态性(IS6110.R兀P)。
基因分型方法在结核分枝杆菌分型中的应用进展
方梓昊;赵文丽;徐雁南;郑佳雄;纪丽微;刘苏洋;林健雄;常巧呈
【期刊名称】《山东医药》
【年(卷),期】2024(64)15
【摘要】结核分枝杆菌(Mtb)基因分型在结核病流行病学研究中应用广泛,对结核病疫情的监测、溯源和防控具有重要意义。
Mtb基因分型方法中,IS6110限制性片段长度多态性分型曾经是国际公认的Mtb分型的“金标准”,但其缺陷明显,包括分型能力不足、对样本质量要求高和实验操作繁琐等;间隔区寡核苷酸分型技术操作简便且成本较低,稳定性较高,但其分型能力同样不足,结果可能趋向同型化;长序列多态性分型可以简便、快速鉴别牛型、人型和北京基因型菌株,并且在遗传进化研究中发挥重要作用;可变数目串联重复序列分型的分辨率高、可重复性好,可以根据不同情况优化位点组合,已经成为结核分子流行病学研究的重要方法;单核苷酸多态性分型具有高通量、高分辨率和结果准确性高等优点,在结核分子流行病学上的应用非常广泛,有望成为Mtb分型的下一个金标准。
【总页数】5页(P103-107)
【作者】方梓昊;赵文丽;徐雁南;郑佳雄;纪丽微;刘苏洋;林健雄;常巧呈
【作者单位】汕头大学公共卫生学院;汕头市结核病防治所
【正文语种】中文
【中图分类】R52;R181.2
【相关文献】
1.结核分枝杆菌流行病学研究中基因分型的方法
2.结核分枝杆菌基因分型方法及其应用
3.RD105缺失基因检测法在结核分枝杆菌分型中的应用
4.三种基因检测分型方法在耐碳青霉烯抗生素肺炎克雷伯菌基因分型中的应用对比观察
5.用全基因组测序评价VNTR分型在泛耐药结核分枝杆菌传播中的应用
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皮肤科学术研究最新进展和趋势皮肤是人体的最大器官,对我们的健康和外貌起着至关重要的作用。
随着科技的不断进步,皮肤科学的研究也在不断取得新的突破和进展。
本文将介绍皮肤科学研究的最新进展和未来的趋势。
一、皮肤老化的机制研究随着人口老龄化的不断加剧,皮肤老化成为一个备受关注的问题。
科学家们通过研究皮肤老化的机制,努力寻找延缓皮肤老化的方法。
最新的研究表明,皮肤老化与DNA损伤、氧化应激和细胞凋亡等因素密切相关。
一些新的抗老化分子和技术,如多肽和基因修饰,已经被应用于抗皮肤老化的产品中。
二、皮肤病的治疗方法更新皮肤病是人们日常生活中常见的问题,如痤疮、湿疹和银屑病等。
随着皮肤科学的进步,新的治疗方法不断涌现。
光治疗、冷冻疗法和生物制剂等新技术的应用,大大改善了皮肤病患者的治疗效果。
此外,基因治疗和干细胞技术的突破使得一些难以治愈的皮肤病有了新的希望。
三、皮肤癌的早期诊断和治疗皮肤癌是全球范围内常见的恶性肿瘤之一。
早期的皮肤癌通常是可以治愈的,因此早期诊断至关重要。
近年来,皮肤科学研究者通过分子生物学的手段,发现了一些与皮肤癌相关的标志物,并开发出了一些早期诊断方法。
在治疗方面,局部治疗和光动力疗法等新的方法显著提高了治愈率。
四、皮肤微生物组的研究皮肤微生物组是指生活在皮肤表面的微生物群落。
最新的研究发现,皮肤微生物组与我们的健康密切相关。
一些皮肤疾病的发生与皮肤微生物组的失调有关。
因此,研究皮肤微生物组的组成和功能,有助于我们更好地了解皮肤健康和疾病,并为未来的治疗提供新的思路。
五、个性化皮肤护理的兴起随着对个性化护肤需求的增加,个性化皮肤护理成为未来的发展趋势。
传统的肤质分类已经不再适应于不同人群的需求。
科技的进步使得个体化皮肤护理成为可能,通过对个体基因、生活方式和环境等数据的分析,能够为每个人提供最适合的皮肤护理方案。
综上所述,皮肤科学研究正不断取得新的进展和突破,涉及到皮肤老化、皮肤病的治疗、皮肤癌的早期诊断和治疗、皮肤微生物组的研究以及个性化皮肤护理等方面。
痤疮丙酸杆菌与皮肤健康的相关研究进展作者:牛钰杰马来记杨素珍李燕邵丽来源:《中国美容医学》2024年第08期[摘要]痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)是人体皮肤上的常驻菌,是毛囊皮脂腺内的主要微生物。
痤疮丙酸杆菌因与痤疮发病有关,使其变得“臭名昭著”。
然而,随着基因组学、蛋白组学以及代谢组学的发展,人们对痤疮丙酸杆菌有了新的认识,正常生理状态下它是人体共生菌,对宿主的健康发挥着重要作用。
本文就痤疮丙酸杆菌的发现历程、生物学特征以及对皮肤健康的影响方面来归纳总结痤疮丙酸杆菌与皮肤健康的关系。
[关键词]痤疮丙酸杆菌;基因组学;炎症性皮肤病;群体感应;生物膜[中图分类号]R758.73+3 [文献标志码]A [文章编号]1008-6455(2024)08-0187-06Research Advances in Relationship between Propionibacterium Acnes andSkin HealthNIU Yujie1, MA Laiji1, YANG Suzhen2, LI Yan2, SHAO Li1( 1.School of Perfume and Aroma Technology, Shanghai Institute of Technology, Shanghai 201418, China; 2. R&D Innovation Center, Shandong Freda Biotech Co., Ltd., Jinan 250101,Shandong, China )Abstract: Propionibacterium acnes (P.acnes ) is a skin commensal bacterium, and it is the most abundant bacterium living in the sebaceous glands of hair follicles. P.acnes has been associated with the acne, making it "notorious". However, with the development of genomics, proteomics and metabolomics, more and more attention has been paid to the interaction between P.acnes and skin health. Actually, P.acnes plays an important role in maintaining skin health under normal physiology. This review summarized the relationship between P.acnes and skin health from the aspects of discovery history, biological characteristics and maintenance on skin health.Key words: Propionibacterium acnes; Cutibacterium acnes; genomics; inflammatory skin disease; quorum sensing; biofilm我们认识痤疮丙酸杆菌是从痤疮开始,一种最常见的皮肤病,影响所有种族,在12~24岁的人群中发病率高达85%,男性多于女性[1]。
高分辨率溶解曲线在4种皮肤癣菌快速鉴定中的初步应用刘红芳;吴宜泉;刘应辉;谢振谋;陈阳霞;黄进梅;曾维英【期刊名称】《皮肤性病诊疗学杂志》【年(卷),期】2018(025)003【摘要】目的:建立准确、快速鉴定红色毛癣菌、指(趾)间毛癣菌、犬小孢子菌、堇色毛癣菌等4种常见皮肤癣菌的高分辨率溶解曲线(HRM)的方法.方法:根据目的基因序列及参考文献合成基因扩增引物,应用4HRM方法鉴定4种常见皮肤癣菌,并利用rDNA ITS测序验证其准确性.结果:4种皮肤癣菌表现出不同的HRM曲线及Tm值,后续rDNA ITS测序证实了HRM溶解曲线鉴别不同种皮肤癣菌的准确性.结论:本研究采用PCR-HRM分析方法,获得4个常见皮肤癣菌的不同溶解曲线,可用于临床该类皮肤癣菌感染的初步鉴定.【总页数】5页(P123-127)【作者】刘红芳;吴宜泉;刘应辉;谢振谋;陈阳霞;黄进梅;曾维英【作者单位】南方医科大学皮肤病医院,广东广州510091;南方医科大学皮肤病医院,广东广州510091;南方医科大学皮肤病医院,广东广州510091;南方医科大学皮肤病医院,广东广州510091;南方医科大学皮肤病医院,广东广州510091;南方医科大学皮肤病医院,广东广州510091;南方医科大学皮肤病医院,广东广州510091【正文语种】中文【中图分类】R756【相关文献】1.聚合酶链反应-高分辨率溶解曲线技术在常见沙门菌分型中的应用研究 [J], 盛翔宇;张智杰;薛文成;周连庆;梁雪妮;刘蒙蒙;孟冬娅2.应用荧光定量PCR-探针熔解曲线法快速鉴定分枝杆菌菌种方法的建立及初步评价 [J], 张俊仙;王杰;孙伟民;梁艳;阳幼荣;王兰;殷铭俊;吴雪琼3.基于高分辨率溶解曲线分析鉴别食品中的3种李斯特氏菌 [J], 岳苑;周梦诗;徐娟;李睿;何利华;赵飞;张建中;龚杰4.高分辨率熔解曲线分析技术检测 EGFR 基因突变方法的建立及其初步临床应用[J], 王卓;井昶雯;曹海霞;马蓉;吴建中5.高分辨率熔解曲线分析技术检测BRAF基因V600E突变方法的建立及初步临床应用 [J], 汤俊明;刘奇;王学才;乔国洪因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。