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收稿日期:2007-09-12; 接受日期:2007-11-08基金项目:国家自然科学基金(30771652; 宁波大学科研基金(2005824;华南农业大学校长基金(4300-K06141*通讯作者(Corresponding author , E-mail: zoujixing@动物学研究 2007,Dec. 28(6:606-614 CN 53-1040/Q ISSN 0254-5853 Zoological Research鲹科鱼类线粒体DNA 控制区结构及系统发育关系朱世华1,2, 郑文娟1,2, 邹记兴3,*, 杨迎春1,2, 沈锡权2(1. 宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室,浙江宁波 315211;2. 宁波大学生命科学与生物工程学院生物系,浙江宁波 315211;3. 华南农业大学动物科学学院,广东广州 510642摘要:采用PCR 技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA 控制区全序列,并结合从GenBank 中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用Clustal W 排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT 与其反向互补序列ATGTA 以及一系列保守序列(CSB-F 、CSB-E 、CSB-D 和CSB-1、CSB-2、CSB-3,并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。
以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明:鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。
关键词:鲹科;线粒体DNA;控制区;系统发育中图分类号:Q959.483; Q349 文献标识码:A 文章编号:0254-5853-(200706-0606-09Mitochondrial DNA Control Region Structure and MolecularPhylogenetic Relationship of CarangidaeZHU Shi-hua 1,2, ZHENG Wen-juan 1,2, ZOU Ji-xing 3,* , YANG Ying-chun 1,2, SHEN Xi-quan 2(1. Key Laboratory of Applied Marine Biotechnology (Ningbo University, Ministry of Education, Ningbo 315211, Zhejiang, China ;2. Department of Biology, Faculty of Life Science and Biotechnology, Ningbo University, Ningbo 315211, Zhejiang, China ;3. College of Animal Science, South China Agricultural University, Guangzhou 510642; Guangdong, ChinaAbstract: Complete sequences of the mitochondrial DNA control region from nine species of Carangidae were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR, and were aligned by Clustal W with three other species of Carangidae from GenBank. According to the alignment, three domains, the termination associated sequence domain (TAS, the central conserved domain (CD and the conserved sequence block domain (CSB, were identified in the mtDNA control region of Carangidae. A termination associated sequence (TACAT and its reverse complementary sequence (ATGTA were found in the TAS domain. Three conserved blocks (CSB-F, CSB-E,CSB-D in the CD domain and three conserved sequence blocks (CSB-1, CSB-2, CSB-3 in the CSB domain were also identified. Repeat sequences were found in the 5′ and 3′ ends of the control region in Scomberoides commersonianus . With Lates calcarifer as the outgroup, the molecularphylogenetic relationship of Carangidae was analyzed using the neighbor-joining (NJ method in PAUP 4.0b 10. The results showed that Carangidae could be divided into four subfamilies: Caranginae, Seriolinae, Trachinotinae and Chorineminae. Each of these subfamilies formed a monophyly. Caranginae and Seriolinae formed a sister group, and Trachinotini was sister to the clade of Caranginae and Seriolinae. Chorineminae, which located in the base of the tree and was sister to the other three subfamilies.Key words: Carangidae; Mitochondrial DNA; Control region; Phylogeny鱼类线粒体DNA (mitochondrial DNA, mtDNA 作为分子标记已成为分子系统学研究中的热点(Miya et al ,2003;Xiang et al ,2004;Zhu et al ,2006。
4种笛鲷AFLP引物筛选及其遗传多样性分析刘丽;赵洁;郭昱嵩;刘楚吾【摘要】10.3969/j.issn.1009-5470.2012.04.015% 以湛江近海的勒氏笛鲷Lutjanus russellii、紫红笛鲷L. argentimaculatus、红鳍笛鲷L. erythropterus、千年笛鲷L. sebae为研究对象,采用EcoR /ⅠMselⅠ双酶切组合,对4种笛鲷进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism, AFLP)标记的开发和筛选,并对其进行遗传多样性分析.从50对引物中筛选适合4种笛鲷的AFLP 引物,其中勒氏笛鲷筛选出24对,获得位点1431个,多态位点比例为22.85%；紫红笛鲷筛选出20对,获得位点1370个,多态位点比例为17.08%；红鳍笛鲷筛选出22对,获得位点1403个,多态位点比例为17.18%；千年笛鲷筛选出22对,获得位点1349个,多态位点比例为12.90%.Nei氏遗传距离法计算每种笛鲷30个个体之间的平均遗传距离,勒氏笛鲷为0.1035,紫红笛鲷为0.0719,红鳍笛鲷为0.0805,千年笛鲷为0.0572.选取2对引物对4种笛鲷群体间遗传多样性进行分析,获得总位点140个,多态位点104个.4种笛鲷种群间遗传距离分布在0.3773—0.6650,明显高于各笛鲷种群内遗传距离,其中紫红笛鲷和千年笛鲷的遗传距离最远,为0.6650,勒氏笛鲷和红鳍笛鲷的遗传距离最近,为0.3773.【期刊名称】《热带海洋学报》【年(卷),期】2012(000)004【总页数】5页(P112-116)【关键词】笛鲷;扩增片段长度多态性;遗传多样性;系统发育分析【作者】刘丽;赵洁;郭昱嵩;刘楚吾【作者单位】广东海洋大学水产学院, 南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室, 广东湛江 524025;广东海洋大学水产学院, 南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室, 广东湛江 524025;广东海洋大学水产学院, 南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室, 广东湛江 524025;广东海洋大学水产学院, 南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室, 广东湛江 524025【正文语种】中文【中图分类】Q75;Q959.483笛鲷属Lutjanus鱼类隶属鲈形目Perciformes笛鲷科Lutjanidae, 常见于岩礁珊瑚海区, 广泛分布于热带、亚热带海域, 我国主要产于南海和东海南部。
两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较张凤英;马凌波;施兆鸿;夏连军;马春艳【期刊名称】《上海水产大学学报》【年(卷),期】2006(15)4【摘要】利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。
通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C 平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。
通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。
与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。
序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。
两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.【总页数】6页(P403-408)【关键词】鲷属;线粒体DNA;细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因;序列分析【作者】张凤英;马凌波;施兆鸿;夏连军;马春艳【作者单位】中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业重点开放实验室【正文语种】中文【中图分类】S965.199【相关文献】1.6种笛鲷属鱼类Cyt b基因片段序列的比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖2.笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析 [J], 刘楚吾;徐田军;刘丽;郭昱嵩;董秋芬3.6种笛鲷属鱼类线粒体16SrRNA基因片段的序列比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖4.刺鳅属(Mastacembelus)鱼类和中华刺鳅的线粒体COI基因序列比较 [J], 吴斌;王海华;曾庆祥;徐先栋;马本贺5.鰶亚科两种鱼类的线粒体16S rRNA基因片段序列的比较研究 [J], 宋林;韩志强;高天翔因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
用线粒体DNA D-loop区序列探讨盘丽鱼属鱼类系统分类张静;白俊杰;叶星;劳海华;简清;罗建仁【期刊名称】《上海水产大学学报》【年(卷),期】2006(15)1【摘要】迄今盘丽鱼属鱼类主要根据形态学特征进行分类，该属仅有一个种还是两个不同的种存在着争议。
为了研究几种盘丽鱼属鱼类的亲缘关系，从分子水平探讨它们的分类地位，对绿盘丽鱼（Symphysodon aequifasciata aequifasciata）、褐盘丽鱼（S．a．axelrodi）和盘丽鱼（S．discus）共12个个体的线粒体DNA 控制区（mtDNA D-loop）部分序列进行了分析，用邻接法和非加权组平均法构建了分子系统树，得到相同的拓扑结构。
结果表明：盘丽鱼种内个体间的遗传距离为0．004～0．015；绿盘丽鱼与盘丽鱼间的遗传距离为0．042～0．050，褐盘丽鱼与盘丽鱼间的遗传距离为0.034～0．038，绿盘丽鱼与褐盘丽鱼间的遗传距离为0．050。
盘丽鱼和绿盘丽鱼、褐盘丽鱼种间差异与绿盘丽鱼和褐盘丽鱼亚种间差异接近，推测盘丽鱼可能还没有分化到种的水平。
【总页数】4页(P17-20)【关键词】盘丽鱼属鱼类;线粒体DNA;D-loop;系统分类【作者】张静;白俊杰;叶星;劳海华;简清;罗建仁【作者单位】中国水产科学研究院珠江水产研究所【正文语种】中文【中图分类】Q959;S917【相关文献】1.线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育 [J], 王伟;何舜平;陈宜瑜2.线粒体D-loop序列变异与东方鲀属鱼类系统发育 [J], 张玉波;甘小妮;何舜平3.盘丽鱼属鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列和亲缘关系分析 [J], 张静;白俊杰;叶星;劳海华;简清;罗建仁4.竹荚鱼属鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析 [J], 苏天凤;江世贵5.基于线粒体DNA控制区序列变异探讨黑龙江和图们江细鳞鲑属鱼类的分类地位[J], 马波;姜作发;霍堂斌因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
中国近海真鲷遗传变异的线粒体控制区序列分析乐小亮，章群，赵爽，范凤娟(暨南大学水生生物研究所，广东广州510632)摘要：测定了辽宁东港、广东大亚湾和广西东兴3个海域各15尾真鲷的线粒体控制区5′端660bp的核苷酸序列，发现91个可变位点，64个简约信息位点。
在45尾样品中共检测到43个单倍型，3个群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为(0.99~1)和(0.02522~0.02579)，表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性。
在真鲷个体NJ树上出现3个谱系，各谱系中不同地理来源的个体比例相当，不呈现明显的地理聚群，推测各谱系大约形成于晚更新世的末期。
Tajima’s D呈负值但不显著(P>0.08)，表明真鲷历史上没有发生快速扩张，种群大小稳定。
群体间遗传分化指数Fst都为负值(-0.0001~-0.0188)但不显著(P>0.1)；AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(100.49%)，而群体间的遗传变异很小(-0.49%)；表明我国近海真鲷群体有可能是同一种群。
关键词：真鲷；遗传多样性；线粒体控制区中图分类号：Q751文献标识码：A文章编号：1004-874X（2010）02-0136-04Genetic variation of red seabream(Pagrus major)in coastal waters of China inferred from mitochondrial DNAcontrol region sequence analysisYUE Xiao-liang，ZHANG Qun，ZHAO Shuang，FAN Feng-juan(Research Center of Hydrobiology，Jinan University，Guangzhou510632，China)Abstract:To analyze genetic variation of red seabream population in coastal waters of China,660bp DNA sequences at5'-terminal mtDNA control region of45individuals sampled from3localities including Donggang in Liaoling province,Dayawang in Guangdong province,and Dongxin in Guangxi province were determined.Totally91variable sites and64parsimony informative sites defined43haplotypes among45individuals.The average of haplotype diversity and nucleotide diversity among3geographic group were0.99~1and0.0252~0.0257respectively,indicating both high haplotype and nucleotide diversity.In the Neighbor-Joining tree3lineages were found without obvious geographic groups,as the ratio of individuals from different locality within each lineages were similar.The deduced speciation time of3lineages were at the end of late Pleistocene.Tajima’s D were negative but not significant(P>0.08),indicating a stable population size without rapid expanding.Pair-wise genetic differentiation index Fst were negative(-0.00148～-0.01770)but not significant(P>0.1)；genetic variation within and among populations were100.49%and-0.49%respectively in AMOVA analysis；it were suggested that red seabream populations in Donggang,Dayawan and Dongxing along coastal waters of China might be treated as one population.Key words:Pagrus major；genetic diversity；mtDNA control region真鲷(Pagrus major)俗称红加吉(Red Seabream)，为分布于印度洋和太平洋西部近海的鲈形目(Percoiformes)鲈亚目(Percoidei)鲷科(Sparidae)鱼类，是我国名贵经济鱼类和海水养殖的重要对象。
8种肉类线粒体DNA的提取及貂源性成分PCR检测方法的
建立
艾金霞;周童;李明成;孙丽媛;高丽君;夏薇;苑广信;张丽华
【期刊名称】《北华大学学报:自然科学版》
【年(卷),期】2022(23)6
【摘要】目的研究肉类线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)的提取方法,对8种生肉中貂源性成分进行检测,建立生肉中貂源性成分PCR检测方法.方法应用改良SDS碱变性法和盐析法提取肉类mtDNA,设计貂肉细胞色素
b(cytochromeb,cytb)特异性引物,应用PCR对8种生肉中貂源性成分进行鉴别.结果两种方法提取肉类mtDNA的浓度和纯度均能保证PCR要求,改良SDS碱变性法提取的貂DNA样品纯度和产率较高;貂引物可以从8种生肉中鉴别出貂源性成分;经过多次重复试验证明了貂肉引物的特异性.结论该方法快速简便,为肉制品质量监控提供了实验基础.
【总页数】5页(P789-793)
【作者】艾金霞;周童;李明成;孙丽媛;高丽君;夏薇;苑广信;张丽华
【作者单位】北华大学医学技术学院;北华大学药学院;吉林市雷博科技有限公司【正文语种】中文
【中图分类】R282.2
【相关文献】
1.加工食品中动物源DNA的提取和多重PCR检测方法的建立
2.7种肉类线粒体DNA的提取及鸭源性成分检测
3.饲料及动物性食品中山羊源性和绵羊源性成分双重荧光PCR检测方法的建立
4.动物产品中猪源性和牛源性成分双重荧光PCR检测方法的建立
5.动物油脂中DNA的提取及牛、羊源性成分的PCR检测
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动物学杂志Chinese Jou rna l o f Zoology 2008,43(1):21~25两种竹鸡线粒体DNA 的遗传变异黄族豪¹张 姣º刘发º*肖宜安¹刘生¹龙 进¹(¹井冈山大学生命科学学院 吉安 343009;º兰州大学生命科学学院 兰州 730000)摘要:采用PCR 和直接测序的方法测定灰胸竹鸡(Bambusicola thoracica )与棕胸竹鸡(B 1fytchii )线粒体DNA(mtDNA)控制区1142bp 的序列,分析二者间的遗传变异。
两种竹鸡间共发现32个变异位点,其中20个转换,12个颠换。
灰胸竹鸡mtDNA 控制区的碱基含量T 34126%、C 25198%、A 24184%和G 14196%,棕胸竹鸡的分别是T 34147%、C 25160%、A 25103%和G 14193%。
t -检验分析显示,两种竹鸡mtDNA 控制区的T 和C 含量差异显著。
在系统发生树上,两种竹鸡在系统发生树各聚成一支,支持率达到100%。
两种竹鸡间的遗传距离是010396。
根据分子钟计算,它们大约在200万年前分歧进化。
推测它们的物种形成主要受更新世第二次寒冷期的影响。
关键词:线粒体DNA 控制区;灰胸竹鸡;棕胸竹鸡;遗传变异中图分类号:Q951 文献标识码:A 文章编号:0250-3263(2008)01-21-05Genetic Variation between Bambusicola thoracica andB 1fytchii Based on Mitochondrial DNAHUANG Zu -Hao ¹ZHANG Jiao ºLI U Na-i Faº*XI AO Y-i An ¹ LI U Min -Sheng ¹ LONG Jin¹(¹School o f Li fe Sc ienc es ,Jinggangshan U nive rsity ,Ji c an 343009;ºSchool o f Li fe Sc ienc es ,L anzhou U nive rsity ,L anzhou 730000,China )Abstract :Polymerase chain reaction and direct sequencing methods were used to analyze the genetic variation between Bambusicola thor a cica and B .fytch ii .A total of 1142nucleotides of the mitochondrial DNA control region were sequenced.There are 32variable posi tions,with 20transitions and 10transversions.The nucleotide compositi on of B .thoracica mtDNA D -loop was:34126%T,25198%C,24184%A and 14196%G.That of B .fytchii was:34147%T,25160%C,25103%A and 14193%G.There were very significan t differences in T and C nucleotide composition between the two bamboo partridges.The phylogenetic tree grouped two bamboo partridges into two deeply divergent clusters (supported by BP=100%).Genetic distance was 010396between the two partrid ges.Calibrated rates of molecular evolution suggested that they could have speciated 2100million years ago,affected by the Pleistocene second fri g id.Key words :Mitochondrial DNA D -loop;Bambusicola thoracica ;B .fytchii ;Genetic variation基金项目 国家自然科学基金项目(No.30530130,30760036),江西省教育厅科技项目(赣教技字2007-323);*通讯作者,E -mai l:nai faliu@;第一作者介绍 黄族豪,男,博士,副教授;研究方向:动物生态学和保护生物学;E -mail:hzhow@1631com 。
5种笛鲷mtDNA及Cyt b基因片段的RFLP比较王中铎;刘楚吾;郭昱嵩【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2005(29)3【摘要】采用线粒体DNA限制性片段长度多态性分析(mtDNA-RFLP)和线粒体DNA的细胞色素b基因(Cyt b)的部分序列扩增限制性片段长度多态性分析(mtDNA PCR-RFLP)两种方法,对笛鲷属5种鱼类进行种间系统发育的比较研究,结果显示:(1)画眉笛鲷依照其形态学上体侧条带颜色差异,可分为褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷两个种;(2)千年笛鲷和星点笛鲷、褐带画眉笛鲷和黄带画眉笛鲷、金带笛鲷和金焰笛鲷之间遗传距离相对较近;(3)两种分析方法都可以为种的区分提供方便有效的分子标记;(4)两种分析方法在构建发育系统树上不完全一致.本文从mtDNA 角度深入研究了南海海域笛鲷的系统发生,表明了mtDNA作为一种广泛应用的分子标记的实用性,同时也有一些潜在问题需要进一步研究.【总页数】6页(P327-332)【作者】王中铎;刘楚吾;郭昱嵩【作者单位】湛江海洋大学水产学院,广东,湛江,524025;湛江海洋大学水产学院,广东,湛江,524025;湛江海洋大学水产学院,广东,湛江,524025【正文语种】中文【中图分类】S917【相关文献】1.4种笛鲷属鱼类mtDNA的RFLP研究 [J], 肖翔;刘楚吾2.6种笛鲷属鱼类Cyt b基因片段序列的比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖3.紫红笛鲷线粒体全序列与笛鲷属鱼类分化年代的贝叶斯分析 [J], 廖杰;王中铎;郭昱嵩;刘楚吾4.孟加拉笛鲷与四带笛鲷的微卫星分析 [J], 李培;王中铎;郭昱嵩;刘丽;刘楚吾5.6种笛鲷属鱼类线粒体16SrRNA基因片段的序列比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
