ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明

夏会楠，李东晓，周金看，等．黑平菇及白色变异平菇单核菌株的遗传多样性分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２４，５２（７）：４１－４７．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２４．０７．００６黑平菇及白色变异平菇单核菌株的遗传多样性分析夏会楠，李东晓，周金看，王春霞，郭金英，郑素月（河北工程大学园林与生态工程学院，河北邯郸０５６０３８） 摘要：以筛选平菇杂交过程中优良菌株为目标，分析黑平菇以及白色变异平菇单核菌株遗传多样性。

用２４个白色变异平菇原生质体单核菌株以及３７个黑平菇原生质体单核菌株为试验材料，采用酯酶同工酶技术以及ＩＳＳＲ分子标记技术对其单核菌株进行遗传多样性分析。

结果表明，酯酶同工酶白色变异原生质体单核菌株菌株共检测出７条迁移率不同的酶带，黑平菇单核菌株共检测出８条迁移率不同的酶带，多态性条带分别占６５．８％、７５％；ＩＳＳＲ分子标记技术将平菇白色变异单核菌株以及黑平菇单核菌株的原生质体单核菌株从５个ＩＳＳＲ引物中分别扩增出６８、７４条清晰的ＤＮＡ多态片段，多态性位点分别占７８．５％、６３％。

两类聚类分析结果表明，当ＧＳ为０．７５时，将２４个平菇白色变异菌株单核菌株分为两大类；当ＧＳ为０．７９左右时，将３７个黑平菇单核菌株分为两大类。

说明酯酶同工酶技术以及ＩＳＳＲ分子标记技术可以用于单核菌株遗传多样性分析，为平菇杂交育种过程中优良亲本单核体的选择提供理论依据。

关键词：平菇；单核菌株；酯酶同工酶；ＩＳＳＲ分子标记 中图分类号：Ｓ６４６．１＋４０．３２ 文献标志码：Ａ 文章编号：１００２－１３０２（２０２４）０７－００４１－０７收稿日期：２０２３－０６－１２基金项目：河北省高等学校学科技术研究项目（编号：ＱＮ２０２１２１０）；邯郸市科技技术研究与发展计划（编号：２１４２２０１２３２６）；河北省农业科技成果转化项目（编号：２０２３６０１０１０１００１４）。

作者简介：夏会楠（１９９８—），女，河北承德人，硕士，研究方向为食药用真菌。

NTsys-pc2.02图解使用说明Edit by mycobio2004.111 数据的录入方法：1.1 利用Ntedit直接录入数据0、1二元数据中的数据缺失记为2。

其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。

文件另存为*.nts格式。

1.2 从excel表中直接读入数据Excel表中输入数据格式如下图。

A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。

打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。

文件另存为*.Nts格式1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。

建议大家使用phylip或者其他的软件。

DNA序列数据在Excel中输入格式如下：1.5 其他数据的Excel输入如下2 聚类分析Ntsys-pc2.02界面如下以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。

Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。

2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。

Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。

2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算得到树图如下利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.2.4 一致性分析：可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。

绿竹7个种源的遗传多样性ISSR分析王月英;夏海涛;金川;李效文;张岩【摘要】The genetic diversity among different provenances was analyzed by ISSR molecular marker in order to prove relationship among 7 provenances of Dendrocalamopsis oldhami.The results showed that 20 effective primers were screened ont from 30 ISSR primers, which amplified a total of 273 sites, among of which 176 sites showed polymorphism, accounted for 64.5％ of the total.Cluster analysis showed 7 provenances of Dendrocalamopsis oldhami were divided into 3 groups, genetic distance of different provenances was 0.015 - 0.465.Genetic relationship of cultivated species of Dendrocalamopsis oldhami was closer, and the countries of origin of Dendrocalamopsis oldhami (Munro) Keng f from.striata Y.Y.Wang et W.Y.Zhang and Dendrocalamopsis oldhami(Munro) Keng f f.revolute (W.T.Lin et J.Y.Lin) W.T.Lin were Ruian and Cangnan.%为了探明绿竹7个种源间的亲缘关系,利用ISSR分子标记技术进行了遗传多样性分析,结果表明:从30条ISSR引物中筛选出20条有效引物,共扩增出273个位点,其中176个位点表现多态性,占总数的64.5%,并通过聚类分析将绿竹7个种源分成3组,不同种源间的遗传距离为0.015～0.465.绿竹栽培种之间的亲缘关系较近,花秆绿竹和花绿竹的原产地应为瑞安和苍南.【期刊名称】《浙江农业学报》【年(卷),期】2011(023)003【总页数】4页(P479-482)【关键词】绿竹;种源;ISSR分析;遗传距离【作者】王月英;夏海涛;金川;李效文;张岩【作者单位】浙江省农业科学院,亚热带作物研究所,浙江温州325005;浙江省农业科学院,亚热带作物研究所,浙江温州325005;浙江省农业科学院,亚热带作物研究所,浙江温州325005;浙江省农业科学院,亚热带作物研究所,浙江温州325005;浙江省桐庐县林业局,浙江桐庐311500【正文语种】中文【中图分类】S795.5绿竹(Dendrocalamopsisoldhami)主要分布于浙江南部、福建、台湾、广东等区域,是我国中南亚热带地区的优良笋用丛生竹。

NTSYS-PC使用说明NTSYS是一个聚类分析的软件，可以用来分析AFLP，RAPD等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相似性分析。

下面简单介绍一下其用法：1.先建立一个0，1构成的矩阵：在excel中，按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=535表示AFLP样本数， C1=19表示有19个带型，D1=0表示无带记为0。

第二行表示的是样本名称。

从第三行开始的A列表示带型名称。

见下图：2.选择另存为，在其中的保存类型中选择“文本文件(制表符分隔)”然后点保存，确认。

3.打开NTSYS软件点“Similarity”下拉选择”“Qualitative date”在“input file”中选择刚才保存的.txt文件，在“output file”中输入保存文件名。

“Byrows”一项不选×，“coefficient”中选择J，点compute进行运算。

4．点软件左边第二项选择“SAHN”在“input file”中选择上一步运算出来的文件在“output tree file”中输入保存文件名。

点compute进行运算。

5.选择左边第二项中的“Cophenetic Values”在“input tree file”中选择刚才计算的tree文件，输入output的文件名，点compute进行计算。

6.作Mat检测：点击左面第三项，选择“Matrix comparison plot”在“input file(1)”中选择“Qualitative date”计算出的结果，在“input file(2)”中选择“Cophenetic Valuess”计算出的结果。

点击compute进行计算，r值在0.7以上为可信。

甘蔗种质遗传多态性的 ISSR 分析黄河星;杨俊贤;吴文龙;杨善;莫俊杰;周鸿凯【摘要】本研究以30个甘蔗栽培种或原种为材料，用 ISSR 标记方法进行了遗传多态性分析。

结果表明：供试30份甘蔗种质材料的遗传相似性系数在0.375～1.000之间，其中，甘蔗栽培种与热带种的遗传相似性系数在0.850～0.950之间，说明这些甘蔗栽培种与热带种的血缘关系近；甘蔗栽培种与割手密之间遗传相似性系数在0.525～0.675之间，说明这些甘蔗栽培种与割手密有一定的血缘关系；甘蔗栽培种与斑茅的遗传相似性系数为在0.375～0.525之间，表明这些甘蔗栽培品种与斑茅的血缘关系较远(实质上参试的甘蔗品种都不是斑茅的后代)；参试的23份栽培种之间的遗传相似性系数关系在0.725～1.000之间，说明这些甘蔗栽培种之间的血缘关系较近，种质血缘窄，应加强含有多个野生种质的杂交后代的选育。

同时，聚类分析结果表明，在遗传相似性系数为0.720水平上可将30份供试甘蔗种质材料分为3个类群，其中3个热带种和23个栽培种聚为一类，3个割手密聚为一类，斑茅单独聚为一类。

%ISSR molecular markers were applied to analyze the genetic polymorphism of 30 sugarcane clones. The results showed that the genetic similarity coefficient among the selected sugarcane germplasm materials were between 0.375~1.000. Those between sugarcane cultivars and Saccharum officinarum were 0.850~0.950, indicating close consanguinity. Those between sugarcane cultivars and Saccharum spontaneum L. were 0.525~0.675, indicating some consanguinity. Those between sugarcane cultivars and Saccharum arundinaceum were 0.375~0.525, indicating remote consanguinity (as a matter of fact, all the cultivars used in the experiment is not thedescendants of Saccharum arundinaceum). The genetic similarity coefficient among the 23 cultivars were 0.725~1.000, indicating close kinship and narrow genetic diversity, and therefore multiple wild germplasm should be introduced into cane hybrids in the future breeding. The cluster analysis on the level of genetic similarity coefficient of 0.720 classified the 30 sugarcane germplasm materials into 3 groups: Saccharum officinarum and cultivars, Saccharum spontaneum L., and Saccharum arundinaceum.【期刊名称】《甘蔗糖业》【年(卷),期】2014(000)006【总页数】6页(P12-17)【关键词】ISSR 标记;甘蔗;遗传多样性【作者】黄河星;杨俊贤;吴文龙;杨善;莫俊杰;周鸿凯【作者单位】广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广州甘蔗糖业研究所广东省甘蔗改良与生物炼制重点实验室，广东广州 510316;广州甘蔗糖业研究所广东省甘蔗改良与生物炼制重点实验室，广东广州 510316;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088;广东海洋大学农学院，广东湛江 524088【正文语种】中文【中图分类】S566.10 引言甘蔗品种的遗传背景极为复杂，其基因组构成除热带种血缘外，还含有多种野生种的血缘，如印度种、割手密种、大茎野生种、中国种以及斑茅等。

NTSYS软件使用说明NTSYS软件使用说明1、软件简介NTSYS软件是一款专为生物学研究设计的统计分析工具。

它能处理大规模数据集，提供多种数据分析方法和可视化功能，帮助研究人员快速准确地分析数据。

2、安装与启动2.1 安装NTSYS软件在官方网站上NTSYS软件的安装包，然后按照安装向导的指示进行安装。

安装完成后，将在电脑桌面上NTSYS软件的快捷方式。

2.2 启动NTSYS软件双击NTSYS软件的快捷方式图标，即可启动NTSYS软件。

在启动过程中可能需要输入许可证信息，根据实际情况填写。

3、数据导入3.1 导入文本数据在NTSYS软件中，可以导入以文本格式保存的数据。

首先菜单栏的“文件”，然后选择“导入”-“文本文件”。

接下来，选择需要导入的文本文件，并按照指示完成导入过程。

3.2 导入Excel数据NTSYS软件也支持导入Excel数据。

在菜单栏的“文件”中选择“导入”-“Excel文件”，然后选择需要导入的Excel文件，并按照指示完成导入过程。

4、数据预处理4.1 数据过滤在NTSYS软件中，可以根据特定的条件对数据进行过滤。

菜单栏的“数据”-“过滤”，选择需要过滤的数据集和条件，并按照指示完成过滤设置。

4.2 数据清洗NTSYS软件提供了数据清洗的功能，可以删除重复数据、空值数据等。

菜单栏的“数据”-“清洗”，选择需要清洗的数据集，并按照指示完成清洗过程。

5、数据分析5.1 描述性统计NTSYS软件可以对数据进行描述性统计分析，包括均值、标准差、最大值、最小值等。

菜单栏的“统计”-“描述性统计”，选择需要分析的数据集，并按照指示完成分析过程。

5.2 方差分析NTSYS软件支持方差分析，可以分析一组或多组数据之间的差异。

菜单栏的“统计”-“方差分析”，选择需要分析的数据集和方差分析方法，并按照指示完成分析过程。

5.3 相关分析通过NTSYS软件进行相关分析，可以研究两个或多个变量之间的相关性。

马铃薯实生群体遗传多样性的SSR分析艾星梅;郭华春【摘要】以云南马铃薯品种‘剑川红’植株1个浆果中的天然实生种子产生的70个单株以及B20[CIP010(♀)×CIP004(♂)]杂交组合后代100个实生苗单株为材料,采用12对SSR引物对自交种和杂交实生群体的遗传差异性进行分析,旨在从后代群体中找到与母本(亲本)在分子水平上表现一致的植株,为种质资源的长期保存提供依据.结果表明:(1)‘剑川红’自交群体的多态性比率为81.6％,比杂交组合B20实生群体的多态性比率72.8％略高,说明2个群体的多态性比率均较高.(2)聚类分析结果显示,自交后代和杂交后代群体的遗传相似系数均较高,变化范围均在0.74～0.96之间,说明2个群体均发生了不同程度的遗传分离,但分离的程度较小,绝大多数条带表现一致.(3)在所有供试材料中,同一浆果中均未发现与‘剑川红’母株在分子水平上表现完全一致的单株.研究认为,在分子水平上寻找完全不分离的实生群体难度非常大,需进一步评价与母株(亲本)在分子水平上相似株系的田间表现,从而确定是否可以通过相近或极相近株系来恢复种源.【期刊名称】《西北植物学报》【年(卷),期】2013(033)008【总页数】7页(P1558-1564)【关键词】马铃薯;实生群体;遗传多样性;SSR【作者】艾星梅;郭华春【作者单位】西南林业大学园林学院,昆明650224;云南农业大学薯类作物研究所,昆明650201;云南农业大学薯类作物研究所,昆明650201【正文语种】中文【中图分类】Q789马铃薯（Solanum tuberosum）通过有性繁殖产生的实生种子能够摒除绝大多数病毒病（纺锤块茎类病毒除外），能够生产出基本上无任何病原菌的后代群体［1］，因此，生产上有利用实生种子进行育苗移栽生产实生薯，解决就地留种、防止病毒侵染。

但由于马铃薯遗传基础高度杂合，其有性繁殖后代分离严重，影响了实际应用。

利用SSR标记分析木薯遗传多样性摘要应用简单重复序列（SSR）标记对国家木薯种质资源圃195 份国内（外）品种（系）进行遗传多样性分析。

结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因，每对引物平均扩增出2～8个等位基因，平均Shannon's信息指数I为1.01，平均多态性信息量（PIC）为0.49。

195个品种（系）的遗传相似系数（GS）分布在0.57～0.99。

聚类分析结果表明，在遗传距离0.71处，可将供试材料分为7个类群。

关键词木薯；SSR标记；遗传多样性；聚类分析分类号S533Genetic Diversity of Cassava Germplasm Revealed by SSR MarkersWANG Ming XIAO Xinhui AN Feifei WAN ZhongqingYING Dongshan WANG Qinfei ZHANG Rulian LI Kaimian YE Jianqiu（Tropical Crops Genetic Resources Institute /Ministry of Agriculture Key Laboratory for Germplasm Resources Conservationand Utilization of Cassava / Ministry of Agriculture Key Laboratory ofTropical Crops Germplasm Resources Utilization，CATAS，Danzhou，Hainan 571737）Abstract Using simple sequence repeat （SSR）markers 195 domestic（foreign）varieties（lines）on the National Cassava Germplasm Resources Garden were analyzed for genetic diversity. The results showed that 44 pairs of primers amplified 186 alleles with 2-8 alleles amplified by each pair of primers. The average Shannon 's information index was 1.01，and the average PIC is 0.49. The （GS）distributions on the genetic similarity coefficient of 195 varieties （lines）were 0.57～0.99. Cluster analysis results showed that 195 germplasms can be divided into 7 groups while the genetic distance was 0.71.Keywords cassava ；SSR marker ；genetic diversity ；cluster analysis木薯（Manihot esculenta Crantz）又称树薯，是世界三大薯类作物之一。

ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明一、软件简介ntsys-pc遗传多样性分析软件是一款专门用于遗传多样性研究的软件。

它提供了丰富的功能和工具，可以对遗传数据进行分析、计算和可视化展示。

本文档将详细介绍ntsys-pc软件的安装、配置和使用方法，帮助用户快速上手并充分发挥软件的优势。

二、安装和配置2.1 安装步骤a) ntsys-pc安装程序。

b) 运行安装程序，按照向导提示完成安装。

2.2 软件配置a) 运行ntsys-pc软件。

b) 确认软件配置，如存储路径、默认数据格式等。

c) 根据需要，进行个性化配置，如语言选择、主题设置等。

三、数据导入和格式转换3.1 数据导入a) 支持导入多种格式的遗传数据，如GENEPOP、FASTA、PHYLIP等。

b) 在软件界面中选择导入数据，选择相应的文件格式并加载数据。

3.2 数据格式转换a) 支持将导入的数据格式转换成其他格式，以满足不同分析需求。

b) 在软件界面中选择数据格式转换工具，设置输入和输出的数据格式以及其他参数。

四、遗传多样性分析4.1 群体遗传结构分析a) 使用多样性指数计算工具，计算群体遗传多样性指数，如He、Ho、FST等。

b) 使用主坐标分析（PCoA）工具，将群体间的遗传关系可视化。

4.2 种群遗传结构分析a) 使用聚类分析工具，根据遗传相关性将样本进行分类。

b) 使用结构分析工具，根据模型和参数对种群进行分群和成分分析。

五、结果展示和导出5.1 结果展示a) 结果以图表和表格形式展示，便于直观理解和分析。

b) 可对结果进行自定义排版和格式设置，以满足个性化需求。

5.2 结果导出a) 支持将结果导出为多种格式，如图像（PNG、JPEG）、表格（Excel、CSV）等。

b) 在软件界面中选择导出功能，设置输出格式和目标路径。

六、附件附件1：ntsys-pc安装程序附件2：样例数据文件注：本文所涉及的法律名词及注释1、版权（Copyright）：指作品的创作权，即著作权。

NTsys-pc使用进行RAPD等分子标记数据分析，需要用一些专用软件，国内早些时候有人用POPGENE软件，该软件特点是数据处理简单，但功能有限！目前国外常用的软件是NTSYS，该软件虽然不大，但五脏俱全，只可惜它的说明书里关于数据的处理没有详细的样板，给不太熟悉计算机的科学研究者带来了很大的麻烦！最近关于该软件发表的题目较多，但是全面系统的介绍该软件使用的未见！基于此，我呼吁咱们开设一个专题，专门来讨论这一软件！祝大家新年快乐！我目前正要研究该软件！有新的体会会与大家来分享的，呵呵！！ntsys软件使用方法集锦！ntsys软件在遗传多样性分析中有很好的用途，本帖的目的是把其应用方法集中一下，供大家使用，希望大家也能把自己知道的各种使用方法贴上来交流。

文献1：是关于数据的输入，做聚类分析。

文献2：求遗传距离（有的文献上是先求DICE系数即相似度，然后用1-DICE，即为遗传距离，这样求的结果跟文献二的结果不同，有明白的谷友吗？）文献3：做Principal Coordinate Analysis几个分子生物学分析软件NTSYS,POPGENE,WINAMOVA,AMOVAPREP、DCFA等哪位有需要的可回帖或加我QQ50012762另外，关于AMOVA的使用，在网上能搜索到的教程几乎没有，我也是摸索了一下才明白，由于AMOVAPREP的数据有限制，因此推荐张富民和葛颂一文介绍的DCFA，这个软件没有数据输入限制，对数据量大的建议使用。

但是DCFA，WINAMOVA在使用过程中都会出现奇怪的错误，对于这个主要是存在空格回车等问题，自己将文件稍做修改一下即可。

因为上传好像下载要金币是吧，这样不方便了，有些人就下不到了当然了，在这要感谢下中科院植物所的葛颂老师，因为DCFA软件我也是发了邮件向他要的，所以也很感谢他，否则也不能顺利运算！我这里也没有中文的操作,其实整个操作过程并不复杂,数据按照给的软件本身的例题输入就可以了,主要问题在于有时候运行会出错,特别是用WINAMOVA的时候会出现群体数量不够的错误,我做的时候有出现，所以我只是自己摸索到了解决的方法,就是空格的问题,如果有需要我找个时间做一个中文的上来,可是关于空格的问题不好写就是了,而且AMOVAPRE本身对数据量有限制,所以数据过多的话需要用DCFA辅助解决,就不用AMOVAPRE了关于主成份分析的一些问题一些关于遗传多样性分析的文章中常常会用到主成份分析或者主坐标分析，请问各位，主成份分析和主坐标分析有什么区别？本人用NTSYS生成主成份分析图后，发现图中不同地点或不同居群样品不能用不同的符号相区分，不知各位高人是用什么软件做主成份分析的呢？最好介绍一种在主成份分析图中能将不同居群样品用不同符号相区分的方法。

Ntsys2.1软件使用详细说明一. 数据处理方法1.1：excel5/95格式数据1）首先得到0/1数据，输入excel中，格式如图所示：其中1表示数据格式为rectangular data matrix，12表示数据共12行（本例中表示12个个体），30表示数据共30列（本例中表示30个位点），0表示无缺失数据（若有缺失，则用1表示，缺失值可用-999或其它数字代替）。

2）格式及数据输入正确后，点击另存为excel5/95格式，命名为aflp01.xls。

3）采用NTedit数据编辑器打开所保存的文件file>open file in a grid，在文件类型中选择excel格式，找到要分析的文件并打开，查看是否有错误，或需要修改的地方，没有问题后，保存为.nts格式。

1.2：txt格式数据1）另一种数据处理方法，首先在excel中得到数据，如下图（注意：第一行与第一种方法不同，1表示数据格式为rectangular data matrix；12B表示共12行（本例中表示12个个体，行标签位于数据主体的开始，B表示Beginning of each row），30L表示共30列（本例中表示30个位点，L：label表示列标签），0表示无缺失）。

或者如下图格式（其中第一行为1 12L 30L 0，解释略；第二行为每行的行标签；第三行为每列的列标签；第四行起为数据主体。

）：2）格式及数据都处理好之后，点文件另存为，保存为文本文件.txt格式。

3）得到txt格式文件后，即可直接用ntsys进行分析（只要格式正确，ntsys可以对txt文件进行分析，而不用再转换或保存成.nts格式）。

1.3：直接采用NTedit进行数据的输入和保存1）对于数据量不大的数据，可以直接采用NTedit进行数据的输入，如图所示：2）数据输入好后，点击file>save file将数据保存.nts格式。

二. 计算遗传距离矩阵或相似性矩阵（distance matrix or similarity matrix）对于0/1数据和定性数据：打开ntsys软件，在similarity模块中选择simqual，input file 中输入要分析的文件名称，如aflp01.nts，计算方法中矩阵系数coefficient选择dice，output file 命名输出文件名称如aflp01-dice。

NTSYS-PC使用说明1 数据的录入方法：1.1 利用Ntedit直接录入数据0、1二元数据中的数据缺失记为2。

其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。

文件另存为*.nts格式。

1.2 从excel表中直接读入数据Excel表中输入数据格式如下图。

A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。

打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。

文件另存为*.Nts格式1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。

建议大家使用phylip或者其他的软件。

DNA序列数据在Excel 中输入格式如下：1.5 其他数据的Excel输入如下：2 聚类分析Ntsys-pc2.02界面如下：以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。

Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。

Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。

2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算得到树图如下利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.2.4 一致性分析：可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。

利用SSR标记分析高含油量甘蓝型油菜种质资源遗传多样性薛艳; 李英; 谌国鹏; 张星; 陈乔; 何忠军; 王风敏; 李虎【期刊名称】《《江苏农业科学》》【年(卷),期】2019(047)021【总页数】5页(P124-127,132)【关键词】SSR标记; 高含油量; 甘蓝型油菜; 遗传多样性; 种质资源【作者】薛艳; 李英; 谌国鹏; 张星; 陈乔; 何忠军; 王风敏; 李虎【作者单位】汉中市农业科学研究所陕西汉中723000; 汉中职业技术学院陕西汉中723000【正文语种】中文【中图分类】S565.403油菜是重要的油料作物之一，2017—2018年我国油菜种植面积高达720万hm2。

目前长江流域是我国油菜主产区，其种植面积占全国总量的70%，种植类型以甘蓝型油菜为主。

甘蓝型油菜是芸薹和甘蓝的种间杂交复合种[1]，起源于欧洲，其杂种优势明显，在产量、品质及抗性方面都较常规种具有显著优势。

由于地域因素及起源历史较短等原因，甘蓝型油菜在我国的遗传背景比较狭窄，基因资源的不足限制了杂种优势的有效利用。

油菜的高含油量一直是重要的育种目标之一，油菜种子含油量的高低直接关系到单位面积的产油量。

早在20世纪苏联科学家就曾预言，油菜种子的含油量有望达到60%，现在这一目标已经实现并有所突破，我国新审定油菜品种的含油量也有了大幅度提升[2]。

高含油量油菜品种的选育基础是高油种质资源，而杂种优势的利用是实现高含油量育种目标的重要途径[3]。

将遗传多样性分析应用到油菜高含油量育种资源筛选中，可以明确材料间的亲缘关系和遗传距离，对油菜高含油量育种中的亲本选配进行指导，可有效提高育种效率，同时还能为改良现有高含油量材料提供参考。

因此，对油菜高含油量种质资源进行遗传多样性分析，对于育种材料的发掘利用和新品种的选育具有重要意义[4]。

随着DNA分子标记方法的建立，从分子水平上揭示品种之间的遗传变异已成为当今作物育种家们的研究重点。

NTSYS-PC使用说明1、生成矩阵：在excel按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=13表示扩增的总条带数， C1=7表示样本数，D1=0表示无带记为0。

第二行表示的是样本名称。

从第三行开始的A列表示引物名称。

见下图：输入完毕后，将文件以Microsoft excel 95工作薄的格式存盘。

2、生成系统树：打开NTSYS-PC程序，点击similarity出现如下界面：再点击Qualitative data，出现下面的界面：点击input file，打开生成的excel文件，点击out file起一个文件名（假设叫A），然后点击compute按钮。

继续点击clustering，出现下面的界面，再点SHAN，出现如下界面：点击input file，打开文件刚才保存的文件111，点击out file起一个文件名（假设叫222），把In case of ties改为Find，然后点击compute按钮。

计算完成！点击input file，打开文件A，点击out file起一个文件名（假设叫B），然后点击compute 按钮。

然后点Graphics再点tree plot，出现下面的界面：点击input file，打开文件B，然后点击compute按钮，就会出现聚类图。

3、生成遗传相似度表：点File中的Edit file,打开文件A，再点compute按钮，就会得到遗传相似度表。

这个软件的功能很强大，但我也只会做聚类图和遗传相似度，如果其他朋友还会使用其它功能，请多交流。

缺失数据可用999代替,写在列的后面,软件就可以识别了TREE plotDisplays a tree matrix (such as produced by the SAHN module) or the NJOIN module. The algorithm used to convert a tree matrix into a dendrogram display is given in Rohlf (1975a). A generalization of this procedure is used to plot a tree with different heights for each OTU.The tree is displayed only a page at a time. The number of OTUs per page can be changedby either opening the plot options window or by pressing the + or - keys. The current page to be displayed can be selected either from the plot options window or by pressing the z and x keys.<Parameters> Program parameters and batch codes.2000 by Applied Biostatistics, Inc.。

SSR分析50份桃种质资源遗传多样性周平;郭瑞;张小丹;姚启英;廖汝玉;颜少宾;金光;杨凌【摘要】Genetic diversity of 50 Prunus persica germplasms was analyzed using 16 pairs of SSR primers.The results showed that the polymorphism information contents of the individual sites ranged from 0.04 to 0.37 with an average of 0.24.The 50 peach germplasms could be classified into 3 groups according to thecluster analysis of the unweighted pair group method witharithmetic mean.They were medium late-maturing,medium early-maturing and low-temp early-maturing peaches.In addition,the low-temp germplasms with excellent over-all properties in the hot and humid southern regions could be grouped by themselves.The ornamental varieties were genetically far remote from the common peaches.A genetic analysis indicated that some of the local germplasms found in Fujian were typical southern peaches.Thus,from the molecular level,it confirmed the previous understanding of the origin of local varieties to be south of the Yangtze River.%利用16对SSR引物对不同产地的50份桃种质资源遗传多样性进行分析,结果表明:各位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)在0.04～0.37,平均值为0.24.依据非加权组平均法聚类分析,50份桃种质资源可主要划分为3个类群(中晚熟种质、中早熟种质、超短低温早熟种质).在湿热地区综合性状优异的短低温种质可单独聚类.观赏桃与鲜食普通桃亲缘关系最远.遗传分析表明:部分福建地方种质属于南方水蜜桃,从分子水平支持了先前认为这些种质源于江南(江浙沪)水蜜桃品种群的看法.【期刊名称】《福建农业学报》【年(卷),期】2017(032)001【总页数】4页(P47-50)【关键词】桃;SSR;种质资源【作者】周平;郭瑞;张小丹;姚启英;廖汝玉;颜少宾;金光;杨凌【作者单位】福建省农业科学院果树研究所,福建福州 350013;福建农林大学,福建福州 350002;福建省农业科学院果树研究所,福建福州 350013;福建农林大学,福建福州 350002;福建农林大学,福建福州 350002;福建省农业科学院果树研究所,福建福州 350013;福建省农业科学院果树研究所,福建福州 350013;福建省农业科学院果树研究所,福建福州 350013;福建省农业科学院果树研究所,福建福州 350013【正文语种】中文【中图分类】S662果树种质资源收集、利用、评价是育种创新的基础。

辽宁省槭属植物种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建陈罡;颜廷武;刘巍;郭志富;尤文忠【摘要】为研究辽宁省槭属植物种质资源遗传多样性水平并构建分子指纹图谱,为分子水平上鉴定槭属种质提供技术支撑,也为辽宁省槭属植物种质资源开发、保存利用及新品种选育奠定基础,本研究利用SRAP分子标记技术,对辽宁省内的11份槭属植物主栽品种和19份不同种源红花槭种质为材料,利用110对SRAP 引物进行PCR扩增,产物用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,并统计多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性比率。

利用NTSYS-pc2.1和Excel软件统计SRAP-PCR条带数据,按照相似系数法和非加权组平均法进行聚类分析,计算遗传相似性系数,绘制树状聚类图,并构建30份槭属种质资源指纹图谱。

从110对SRAP引物中共筛选出36对多态性好且重复性高的引物,共扩增得到708条带,其中多态性谱带为542条,多态性比率为76.55%；30份槭属植物材料的遗传相似系数在0.235~0.954之间,其中19份不同种源红花槭的遗传相似系数在0.700~0.954之间,平均为0.849；通过聚类分析将30份材料划分为7个群,在11份本地材料间,假色槭与挪威槭之间遗传相似系数最小(0.235),国王枫与挪威槭相似系数最大(0.703)。

SRAP 引物ME6/EM3可有效区分所有材料,并构建出30份槭属材料种质资源特异性分子指纹图谱。

结果表明：供试槭属植物材料间具有较丰富的遗传多样性水平,基于36对SRAP引物组合所构建的指纹图谱具有唯一性和高效性,SRAP标记适合用于槭属植物种质遗传多样性分析及品种鉴定。

%In order to provide technique support for their identification at molecular level and their exploitation, conservation, utilization and innovation, the genetic diversityof Acer L. germplasms was studied, in addition the DNA fingerprinting were established in Liaoning Province. Eleven materials of maple trees inLiaoning area and 19 different provenances of Acer rubrum were studied by using 110 pair SRAP primers. The PCR amplification products were separated by 8% nondenaturing PAGE electrophoresis, and total bands, polymorphic bands and the percentage. The UPGMA clustering analysis was performed by software NTSYS-pc2.1 and Excel, also attained the genetic similarity coefficient value, and mapped UPGMA tree. Meanwhile, DNA fingerprinting of 30 materials of Acer L. germplasms were constructed, 36 pair polymorphic primers were selected from 110 pair of SRAP primers. The results showed that a total of 708 bands were amplified by these primers, which including 542 polymorphic bands, the average percentage of polymorphic bands was 76.55%. The genetic similarity coefficient of 30 Acer L. germplasms ranged from 0.235 to 0.954, of which the 19 Acer rubrum materials from 0.700 to 0.954, averaging 0.849. The cluster analysis showed that these materials could be divided into seven main groups by using the UPGMA. The clustering among the 11 local materials showed that there was the smallest genetic similarity coefficient between Acer pseudo-sieboldianum(Pax.) Komarov and Acer platanoides, whereas the largest genetic similarity coefficient between Acer platanoides ˊCrimson kingˊ and Acer platanoides. In addition, primer ME6/EM3 could be used to distinguish the 30 Acer L. materials. The molecular fingerprint checking index of Acer L. was constructed according to the special SRAP bands. The research results showed that there was a high level of genetic diversity in Acer L. germplasms, and it was unique and efficient that the molecular identity was established by SRAP primer combinations. TheSRAP markers could apply to genetic diversity analysis and cultivar identification of Acer L.【期刊名称】《沈阳农业大学学报》【年(卷),期】2016(047)004【总页数】7页(P425-431)【关键词】槭属;红花槭;SRAP;遗传多样性;指纹图谱构建【作者】陈罡;颜廷武;刘巍;郭志富;尤文忠【作者单位】辽宁省林业科学研究院，沈阳 110032;辽宁省林业科学研究院，沈阳 110032;沈阳农业大学生物科学技术学院，沈阳 110161;沈阳农业大学生物科学技术学院，沈阳 110161;辽宁省林业科学研究院，沈阳 110032【正文语种】中文【中图分类】S571.1陈罡，颜廷武，刘巍，等.辽宁省槭属植物种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建［J］.沈阳农业大学学报，2016，47（4）：425-431.槭属（Acer L.）为槭树科（Aceraceae）植物，是极具观赏价值的彩叶树种之一，全世界的槭属植物有200多种［1］，我国是世界上槭树种类分布最多的国家，约有160余种，占全世界总量的3/4以上［2］。

利用InDel标记分析23份黄瓜种质的遗传多样性及核心种质资源筛选张红梅;翟文;金海军;丁小涛;余纪柱【摘要】为了研究不同来源黄瓜的亲缘关系,筛选适宜作杂交亲本的种质资源,基于黄瓜重测序开发的InDel标记,应用UPGMA进化树聚类、主成分分析和群体遗传结构分析3种方法分析了23份黄瓜种质的遗传多样性.结果表明:23份黄瓜种质的遗传相似性系数为0.23-0.95,平均值为0.56,相似性系数低于0.6的有137对组合,占全部组合的54％,说明这些材料的遗传多样性较好.3种分析方法均将23份黄瓜种质分为三大类群:P1来源于亚洲,都属于华南类型黄瓜;P2来源于欧洲和美国,包含欧洲类型长黄瓜、欧洲类型短黄瓜和2个美国加工型黄瓜;P3仅包含1个来源于广东的品种,从表型上看属于华南类型.P3亲缘关系更接近P1,P1和P2之间遗传差异明显.利用InDel标记分析的结果,对核心种质最佳样本量进行了预测,应用M策略将9份黄瓜种质确定为核心种质,包含了群体中几乎所有的黄瓜类型,外形上有白刺、褐刺以及光滑型,这9份核心种质能够很大范围地覆盖表型的变异.【期刊名称】《上海农业学报》【年(卷),期】2019(035)004【总页数】6页(P28-33)【关键词】黄瓜;InDel标记;核心种质;遗传多样性【作者】张红梅;翟文;金海军;丁小涛;余纪柱【作者单位】上海市农业科学院设施园艺研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海201403;东华理工大学化学生物与材料科学学院,南昌330013;上海市农业科学院设施园艺研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海201403;上海市农业科学院设施园艺研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海201403;上海市农业科学院设施园艺研究所,上海市设施园艺技术重点实验室,上海201403【正文语种】中文【中图分类】S642.2黄瓜（Cucumis sativus L.）是世界上重要的蔬菜作物之一，也是遗传研究的一个模式植物［1］。