核磁共振图谱分析软件的使用说明
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NMR中文操作手册VnmrJ 22C目录第一章核磁共振简介1.1节核磁共振原理1.2节核磁共振仪器的组成1.3节锁场与匀场1.4节液体核磁共振样品的准备1.5节探头的调谐第二章软件使用入门2.1节Menu Bar2.2节System Tool Bar and User Tool Bar2.3节Locator2.4节Holding Pen2.5节Graphics Controls Bar2.6节Graphics Canvas2.7节Action Controls2.8节Parameter Panel2.9节Hardware Bar第三章基本1D NMR实验的设定、采样、数据处理及绘图3.1节实验前设定3.2节选择实验3.3节设定实验3.4节采集NMR信号3.5节Data处理3.6节图谱显示3.7节绘图3.8节保存与读取文件第四章基本2D NMR实验的设定、采样、数据处理及绘图4.1节二维实验介绍4.2节二维实验设定4.3节二维实验参数设定4.4节启动实验4.5节实验图谱处理4.6节互动式二维彩色谱图显示控制4.7节二维谱图列印附录A常用指令附录B Walkup使用简介第一章核磁共振的基本简介1.1节核磁共振原理中子数和质子数均为偶数的原子核,如12C、16O、32S等,其自旋量子数I=0,是没有自旋运动的,而中子数和质子数中一为奇数,另一为偶数或二者均为奇数的原子核,其自旋量子数I≠0,具有自旋运动。
后者中I=1/2的原子核,如1H、13C、15N、19F、31P等,由于其电荷是均匀分布于原子核表面,检测到的核磁共振谱峰较窄,是核磁共振研究得最多的原子核,I等于其它整数或半整数的原子核,由于其电荷在原子核表面的分布是不均匀的,具有电四极矩,形成了特殊的弛豫机制,使谱峰加宽,给核磁共振的检测增加了难度。
作为一个带电荷的粒子,原子核的自旋运动会产生一个磁矩μ,它与原子核的自旋角动量P呈正比:µ=γP,其中γ称为旋磁比(gyromagnetic ratio),它是一个只与原子核种类有关的常数。
[软件使用交流]NUTS软件处理NMR图谱方法0一、H NMR图谱处理1. 打开原始数据文件夹,找到FID文件,打开,键入FT,自动转化为图谱。
2. 键入AP,自动调节相位;或键入QP,快速调节相位。
QP不如AP效果好。
如果自动调节相位效果不佳,也可用手动调节。
1)base Level状态下,双击鼠标mouse左键出现黑色十字,按左键拉动十字,选定相位不好的一部分峰(出现红色块定义),键入1(调解相位时按mouse左键,平移鼠标调节相位);同理,按左键拉动十字,选定相位不好的另一部分峰,键入2(调节相位时用按mouse右键,平移鼠标调节相位)。
2)回车键回到Base Level状态,键入PE,按住鼠标左键平移,调节所定义的组峰1的相位。
按住鼠标右键平移,调节所定义的组峰2的相位。
遇到有峰形较差,不能调节好时,可重复进行以上操作,直到峰形较佳,相位较好。
3)操作完成,按及回车键确认。
3. 然后输入SR进行位移转化,将TMS峰定为零点。
4. 放大图谱:双击鼠标左键出现黑十字,同上操作,对图谱需放大的部分进行选定(红色块定义),点击鼠标右键,即可放大选定的图谱。
5. 积分1)入FBLP及回车键,调平基线变平可使积分线变平,反复键入FBLP几次即可。
或者先键入FB,点击选定一些没有峰的区域(红色定义),注意不能点中有峰形的地方,选好后,键入LP及回车键。
这样可以使基线变平,没有毛毛峰。
2)入AI,为自动积分。
或者键入ID,进行手动积分:双击鼠标左键,出现绿色线,为积分区间左限,移动光标,单击鼠标左键,为积分区间右限,这就定义了积分区间。
通理可对不同的峰进行手动积分。
即积分区间的定义为左两下,右一下。
3)积分标准:ID状态下,按鼠标左键选定一个峰(一般是H数较固定的峰,如1H,2H,3H),按住左键,同时键入v,出现对话框,框内输入数值1,2,3等,OK确定。
4)取消积分5)在ID状态下,键入C,取消全部积分,然需积分得重新再来。
华中师范大学Varian Plus-400MHz核磁共振谱仪操作规程化学学院编定2014年 3月Varian Mercury plus 400M 核磁共振谱仪简易操作规程1. 打开空压系统,观察压力表示数是否正常。
2. 登录,输入用户名和密码,进入 VNMR 操作界面。
3. 在采集状态窗口中检查谱仪与计算机的联机状态,键入 su ,建立谱仪与计算机的联系。
4. 键入命令 pwd 查看当前目录, 将当前目录更改为在 /export/home/用户名/vnmrsys/data下, 也可在 data 目录下建立以自己姓名全拼命名的文件夹。
5. 进样:键入命令 e ,打开进样通道,小心放入样品;键入命令 i ,关闭进样通道。
6. 选择实验区,键入命令 jexpn ,建议测量氢谱在 exp1,测量碳谱在 exp2。
7. 锁场:点击 acqi , lock off , spin off ,将 lockpower 和 lockgain 置于最大值,调节Z0使曲线呈向上台阶状, lock on 。
通过调节 lockpower 、 lockgain 和 lockphase ,使locklevel 在 40-80左右。
8. 自动匀场:键入命令 gmapsys ,点击 autoshim on z。
如果自动匀场不成功,或者自动匀场后掉锁,重做锁场和匀场。
9. 旋转样品:点击 acqi , 选择 spin on, 转速设为 20, 等待至旋转稳定。
建议测碳谱不旋转。
10. 选择实验参数:点击 setup ,选择测试核和溶剂种类,调出标准实验。
更改实验参数。
11. 采样:键入命令 ga 。
采样结束后, spin off, lock off。
12. 保存数据:键入命令 svf ,输入文件名。
13. 数据处理:aph 相位校正, dscale 显示刻度,积分等等14. 打印谱图。
键入打印命令,例如:pliv pscale ppf ppa page; pl pscale vp=vp+70 ppf(‘top’ vp=vp-70 piv page等。
ChemBioDraw和ChemBio3D中的NMR、IR 光谱预测功能ChemBioDraw和ChemBio3D软件均包含NMR、IR光谱预测工具作者:Jesse Gordon公司:CambridgeSoft版本:19.2CHEMBIODRAW、CHEMBIO3D软件中均包含NMR(核磁共振图谱)和IR (红外)光谱预测工具。
文本将介绍NMR和IR预测工具的主要功能和预测方法。
与本文相对应的还有一个录制好的视频文件,以实例演示使用技巧,实例中的样本均可下载供用户亲自实践。
本文中涉及的主题:∙ChemNMR:在ChemBioDraw中预测1H-NMR和13C-NMR∙在ChemBioDraw中设置NMR参数∙ChemBio3D中光谱预测的设置∙GAMESS(从头计算量子化学程序):在ChemBio3D中预测NMR、IR图谱CambridgeSoft的ChemBio3D软件在程序编写时整合了多个计算化学包,NMR 和IR预测模块就是已整合的计算化学包的一部分。
这两个模块加上GAMESS和MOPAC均已整合到ChemBio3D软件中,无需另外付费。
此外,ChemBio3D还为其他计算化学软件编写了接口,如Gaussian,Jaugar等。
ChemBio3D还能够整合其它的计算化学包-如果有其他版本的NMR或IR光谱预测,CambridgeSoft会在未来的版本中将其囊括。
在本文的结尾,附上对应的视频文件和ChemBio3D支持的计算化学包的介绍文章链接。
ChemNMR: 在ChemBioDraw中预测1H-NMR和13C-NMRChemNMR模块已整合在ChemBioDraw软件里—在绘制分子时候只需点击一个按键就能看到它的NMR图谱。
要预测1H-NMR和13C-NMR图谱, 首先需要选定目标化学结构式,然后在"Structure"菜单选择"Predict 1H-NMR Shifts"或者"Predict13C-NMR Shifts" 。
PNMR V1.0 脉冲核磁共振实验软件使用说明1.软件安装一般情况下,只需要将EXE文件PNMR V2.0拷贝至使用电脑即可,如果在某些电脑中操作软件不能使用,首先将mscomm32.ocx文件拷至该电脑中系统盘(一般为C盘)下WINDOWS—SYSTERM32下,在开始菜单中的“运行”中输入regsvr32 mscomm32.ocx,回车即可!2.采集连接实验前必须保证仪器与电脑正常连接,即“射频发射主机”的后面板中“信号控制(电脑)”用白色串行通信线连接,该线控制DDS信号发生器发出脉冲信号,用BNC转音频连接线将“射频接收主机”后面板的“共振信号(接电脑)”BNC插座与电脑的麦克风音频插座相连,该线是将脉冲核磁共振的FID信号以及自旋回波信号送入电脑。
3.软件使用1)麦克风配置:请确保录音状态下的麦克风已打开,并且没有被置为静音,另外一般情况下不用设置“麦克风加强”,具体参见“麦克风配置说明”动画操作演示。
2)采集信号:单击“连续采集”按钮。
共振频率设置为“20MHz”,第一脉冲宽度和第二脉冲宽度数以及调场电源数值参考磁铁箱体上给出的参考值,也可以自行调节,获得FID信号或者自旋回波信号(一般通过90度和180度脉冲序列观测自旋回波信号),另外还可以调节匀场电源电位器,使90度脉冲尾波最大,信号采集好后,屏幕上将显示图样。
3)FID信号测量表观横向弛豫时间T2*:首先调节采集到合适的自旋回波信号后,将两脉冲间隔调大,例如大于25ms,单击“停止”按钮,首先选择“表观横向弛豫时间”中的“T2*取范围”按钮,选择合适的90度脉冲尾波范围,然后点击“T2*拟合”即可得到表观横向弛豫时间T2*。
具体操作可以参考动画演示。
4)自旋回波法测量横向弛豫时间T2。
首先调节第一脉冲和第二脉冲宽度(180度脉冲宽度大约为90度脉冲宽度的2倍),以及调场电源和匀场电源,使软件上显示合适的自旋回波信号,改变不同的脉冲间隔测量回波幅度,并进行拟合即可以得到横向弛豫时间T2,注意测量数据一般在6组以上。
核磁共振的使用操作流程1. 概述核磁共振(NMR)是一种无创伤的成像技术,广泛应用于医学诊断和科学研究领域。
本文档介绍了核磁共振的使用操作流程,包括准备工作、样本制备、仪器设置、图像获取和数据处理等环节。
2. 准备工作在进行核磁共振实验之前,需要进行以下准备工作: - 确保实验室环境安静,避免外界的干扰; - 清洁核磁共振设备和附件,保证其正常工作; - 检查核磁共振设备的电源以及连接线路是否正常。
3. 样本制备核磁共振技术可以对固体样本、液体样本以及气体样本进行分析和成像。
在进行样本制备时,需要注意以下事项: - 固体样本:将样本放置在合适的容器中,并保持样本的稳定性; - 液体样本:将样本溶解在合适的溶剂中,控制样本的浓度和温度; - 气体样本:调整气体样本的压力和流速,确保样本在核磁共振仪器中稳定存在。
4. 仪器设置在进行核磁共振实验之前,需要进行仪器设置,以保证实验的准确性和可重复性。
仪器设置的主要步骤如下: 1. 打开核磁共振设备的电源,并确保仪器进入正常工作状态; 2. 根据样本类型选择合适的探头,并安装在核磁共振设备上; 3. 根据实验要求设置相应的核磁共振参数,例如扫描时间、扫描方式、核素选择等; 4. 确保核磁共振设备的温度、湿度等环境参数适宜; 5. 检查核磁共振设备的校准情况,确保其正常运行。
5. 图像获取一旦仪器设置完成,就可以开始进行核磁共振图像的获取了。
以下是图像获取的基本流程: 1. 将样本放置在核磁共振设备中,并调整样本的位置和角度; 2. 根据实验要求选择合适的成像模式,例如单个点成像、多点扫描成像等; 3. 设定扫描参数,如扫描时间、空间分辨率、信噪比等; 4. 点击开始扫描按钮,核磁共振设备开始采集数据并生成图像; 5. 根据需要重复进行多次扫描,以提高图像的质量和准确性。
6. 数据处理核磁共振图像获取后,通常需要进行数据处理和分析。
以下是数据处理的基本步骤: 1. 导出核磁共振图像数据,并保存为合适的格式,例如DICOM、NIfTI等;2. 使用专业的数据处理软件,如MATLAB、Python等,对图像数据进行预处理,包括去噪、滤波、重建等操作; 3. 根据实验目的进行图像分析,如提取特征、计算参数等; 4. 使用统计分析软件对数据进行统计学处理,如均值、方差、相关性等; 5. 根据实验结果进行数据可视化,生成图表、曲线等以支持研究结论的呈现。
目录第一章软件概述 (2)一、软件功能概述 (2)二、软件应用 (2)1、如何寻找中心频率 (2)2、如何确定所需要的硬脉冲脉宽 (4)3、如何进行电子匀场 (5)4、如何确定所需要的软脉冲幅度 (6)三、注意事项 (7)第二章软件介绍 (8)一、软件的界面 (8)二、菜单栏与工具栏 (9)1、菜单栏 (9)2、工具栏 (10)三、功能选项卡 (10)1、采样模块 (11)2、处理模块 (14)第三章脉冲序列 (16)一、硬脉冲FID序列 (16)二、软脉冲FID序列 (17)三、多层自旋回波序列 (18)四、多层梯度回波序列 (19)五、三维梯度回波序列 (21)第一章软件概述一、软件功能概述MicroMR的成像软件功能强大、设计开放、使用灵活,能够满足不同层次人群对核磁共振成像的需求,是目前低场核磁共振成像领域中最为强大的成像软件之一。
该软件提供了多种不同的脉冲序列,可以满足用户核磁成像的不同需求;预留了多路控制通道,使软件的升级更加简单;设计了可调节的脉冲宽度、脉冲幅度以及触发时间,真正的让用户来控制脉冲序列。
二、软件应用使用MicroMR的成像软件进行实验是一个操作相对复杂、顺序十分灵活的过程。
无论是仪器参数的设置还是脉冲序列的使用都需要操作者对核磁共振成像理论有着比较深入的理解。
如果您现在还只是初学者,相信下面的范例可以指导您顺利完成对MicroMR的成像软件的常用操作。
1、如何寻找中心频率MicroMR使用的磁体是永磁体,而永磁体具有固有频率。
只有在射频脉冲频率与永磁体固有频率相同的条件下,放在磁体内的样品才会发生核磁共振现象,而该固有频率就被称作共振频率,也称作中心频率。
因为磁体频率随时间的推移,可能会产生微小漂移,所以需要调整射频脉冲频率使其达到与磁体频率一致,也就是寻找中心频率,在实验中是经常会用到的,其具体步骤如下:(1) 放入标准油样,一般不含杂质的植物油即可;(2) 双击桌面上的,运行MicroMR的成像软件,打开Demo文件夹里的硬脉冲自由感应衰减(Free Induction Decay, FID)序列(File->Open->D:\MicroMR\Data\Demo\FID_V2.fid);注:Demo文件夹在安装目录的Data文件夹下面。
学术干货核磁共振好基友MestReNova—手把手教你做出一张核磁谱图核磁共振(NMR,Nuclear Magnetic Resonance)是基于原子尺度的量子磁物理性质。
具有奇数质子或中子的核子,具有内在的性质:核自旋,自旋角动量。
核自旋产生磁矩。
NMR观测原子的方法,是将样品置于外加强大的磁场下,现代的仪器通常采用低温超导磁铁。
核自旋本身的磁场,在外加磁场下重新排列,大多数核自旋会处于低能态。
我们额外施加电磁场来干涉低能态的核自旋转向高能态,再回到平衡态便会释放出射频,这就是NMR讯号。
利用这样的过程,可以进行分子科学的研究,如分子结构、动态等。
在对核磁进行分析的时候,小伙伴们一定离不开MestReNova这个基础软件。
简单的分析想必大家都会,可是如果是要放在文章里的话,可能就需要下一番功夫了。
今天小编带领各位看官一起做一张可以放在文章中的核磁谱图。
(多图预警)第一步:定标要分析核磁图,首先要先会打开它(以小编做的一个材料为例,溶剂为CDCl3)。
打开文件夹,选择任意一个文件(以acqus为例)后选择用MestReNova打开。
我们最常用的就是下图中红色框内的几个按钮了。
打开之后的软件界面如下图。
首先用下图中红框按钮对想着重观察的区域放大,一般情况下我们首先观察芳香区,也就是化学位移在7左右的区域。
用红框中的键对溶剂峰定标(选择7.26附近的峰,将ppm值改为7.26)第二步:标峰选择图中红框图标,采用人工标峰。
框选出你要标的峰,然后松手。
峰的化学位移值如下图所示。
烷基区同上。
第三步:积分选择图中红框选中按钮选择人工积分。
标定之后如图中所示。
第四步:标定偶极矩选择图中红框选中按钮,选择“Automatic”。
电脑就会自动对已经已经积分的部分进行计算。
结果如下图所示。
一般来说,文章正文中不会出现核磁谱图,核磁谱图通常会放在supporting information里,文章正文中通常放文字。
核磁共振图谱的解析(转)1.一般来说,分析核磁共振图谱需要按如下步骤进行:(1)看峰的位置,即化学位移。
确定该峰属于哪一个基团上的氢。
(2)看峰的大小。
可用核磁共振仪给出的积分图的台阶高度看出各峰下面所包围的面积之比,从而知道基团含氢的数目比。
例如,从图7.3-2的积分图可看出乙基苯三个基团的含氢数目为5∶2∶3。
(3)看峰的形状(包括峰的数目、宽窄情况等),以确定基团和基团之间的相互关系。
这一步较复杂,需应用n+1律、二级分裂和耦合常数等知识。
(4)如遇到二级分裂,解析时显然要比一级分析时困难得多,好在人们已经根据不同的二级分裂,将它们分成不同的自旋系统进行了相应的计算可供参阅,这里不再详述。
2.影响核磁共振谱的因数(1)旋转边峰为了提高核磁共振信号的分辨能力,样品管需要吹风推动它旋转,使样品所受到的磁场趋于均匀化。
但由于样品管旋转,核磁共振图谱上的主峰两旁便会对称地出现新峰,这就是旋转边峰。
旋转边峰离主峰的距离等于样品管的旋转速度。
旋转边峰不难判断,只要改变样品管的转速,观察其离主峰的距离是否相应改变。
如果距离随样品管转速增大而变大,便可断定是旋转边峰。
(2)13C同位素边峰若样品中同时含有13C和1H者可以发生耦合。
在图谱放大或者在非重氢溶剂的溶剂峰中可以观察到由于这种耦合产生的13C边峰。
它在共振图谱上出现的形式和旋转边峰类似,也是左右对称地出现在主峰两旁,但两者很易识别,因为同位素边峰不会因样品管转速的改变而改变其离开主峰的距离。
(3)杂质峰和溶剂峰在核磁共振图谱中,因样品含有杂质,经常可观察到杂质峰。
溶剂峰可包括结晶溶剂、样品中部分残留的合成或提取时所用的溶剂以及做核磁共振实验时所用溶剂的溶剂峰。
这两种附加峰都应根据具体情况作具体分析,然后判别之。
(4)活泼氢的影响在含氢化合物中,—OH基团中的氢是常见的一种活泼氢。
它的化学位移由于温度、浓度、氢键等因数的影响变化范围较大,从而会改变核磁共振图谱的形状。
1、用MestRe -C 作图之后,左下角显示ppm(t1)其位置能否移动?能否对其进行编辑?在horiz.scale 里面的scale label 里面可以更改其名称,也可以将其删除2、我是新手,我用mestrec 处理1d-hnmr 的时候发现全谱会发生如果两个峰靠的很近其积分值会重叠的情况,请问如何解决? 对于nut2000软件,积分值可以调整位置,但是对于mestrec 软件,除了放大,我也没办法,不过可以把积分值的字体缩小一点,这样就不会重叠了3、mestrec 核磁图谱如何导出?以什么格式能将数据导出?软件应该是以txt 导出,可是我试过不行。
可以直接copy 到word 里面呀,具体方法为点击菜单中的EDIT-COPY-...也可以导出ASCII 格式,具体方法为Export File-Ascii-....,导成ascii 格式后可以用origin 作图4、在mestrec 里面可以很方便的设置谱线的颜色,但是以metafile 导出之后则是全黑色的图了。
有没有办法导出彩色的图呢? 如果以图片的方式导出(bitmap )导出,当然可以得到彩图,不过质量太差了Options-setting-print doument or export metafile 钩上,这样输出metafile 就不会变形了,而且可以出彩图。
5、用mestre 怎么改坐标?选择option-propertites 或者双击 然后点horiz.Scale 更改纵坐标 vert.Scale 更改横坐标6、 请问nuts2000中怎样更改化学位移标示中数字字体大小?菜单EDIT-Set Fonts,这里面可以对各个版块的字体进行调整7、我想比较一下几种物质的核磁共振图,请问如何在同一幅图中绘制几种物质的核磁图?打开几个图谱,然后把其他图谱都copy 到一起就行了8、图片拷贝到WORD 里后变得不好看了,峰值和积分值分别跑到了竖线的左边和右边 在拷贝Metafile 文件时,和以前不同,有一个小提示窗口出来了,按照提示改了后再拷贝时点击OK (一定要点,如果以后不想出来该窗口,就选上下面的那条),拷贝到WORD 里就是正常漂亮的图了。