内源性与外源性加亚嘉西科逆转录病毒基因组序列分析

名词解释分子诊断学（molecular diagnostics）：分子诊断学是以分子生物学理论为基础，利用分子生物学的技术和方法来研究人体内源性或外源性生物大分子和大分子体系的存在、结构或表达调控的变化，为疾病的预防、诊断、治疗和转归提供信息和依据的一门学科。

基因组(Genome)：指生物体全套的遗传信息。

基因组学是研究生物基因组的组成、组内各基因的结构、功能及表达调控的科学，包括基因组核苷酸序列测定、基因组作图、基因定位及基因功能分析等。

基因组学（genomics）：是研究生物基因组的组成，组内各基因的结构、功能及表达调控的科学，包括基因组核苷酸序列测定、基因组作图、基因定位及基因功能分析等。

包括结构基因组学和功能基因组学。

人类基因组多样性（human genome diversity）同一种或不同种基因组均存在或多或少的差异，这种差异称人类基因组多样性。

微卫星DNA多态性：微卫星DNA的排列方式有的三种：完全重复（无间隔），不完全重复（有非重复序列的间隔）和混合重复（2个或多个重复序列彼此毗连连续出现）。

完全出现最多见的方式。

转座因子：能在基因组中从一个位点移至另一位点的DNA序列，称为转座因子或转座元件。

黏性末端：对于双链DNA病毒而言，基因组双链两端具有能够互补的单链DNA部分，称为黏性末端。

重叠基因（overlapping gene）：是指两个或两个以上基因的ORF共有一段DNA序列，即某段DNA序列成两个或两个以上基因的共有的组成部位。

分段基因（segnented genome）：是指病毒基因组中由几条不同的核酸分子组成，另见于tRNA病毒、RNA病毒及双链RNA病毒。

人类基因组计划（HGP）：是旨在测出人类基因组30亿碱基对的核苷酸序列，发现所有人类基因并确定他们在染色体上的位置，破译人类全部遗传信息，发展基因组学新技术，探讨人类基因组研究的社会、法律和伦理等问题的一个国际性研究项目。

湘雅分子生物学试题07级01湘雅医学院生物科学与技术学院07二、单项选择题：（每题1分，共10分）1.增强子的作用是（B ）A.增强DNA复制B.增强基因转录C.增强基因稳定性D.增强RNA的稳定性2.反式作用因子的激活方式不包括（D ）A.表达式调节B.共价修饰C.蛋白质相互作用D.DNA成环3.以下哪项不是目前使用的研究转录子组的主要方法（D ）A.基因芯片技术B.表达系列分析C.差异显示PCRD.Western blot4.无义突变是（B ）A.产生另一种氨基酸序列不同的蛋白质B.突变后产生缩短的多肽链C.产生的一种氨基酸序列相同的蛋白质D.突变毫无意义5.质粒是（A ）A.环状双链DNAB.线性双链DNAC.环状单链DNAD.线性单链DNA6.可检测基因拷贝数变化的是（C ）A.生物质谱技术B.双向电泳C.Southern blotD.RNAi7.以下哪种因素不直接影响转录的是（D ）A.启动子B.阻碍蛋白C.基因激活蛋白D.SD序列8.限制性核酸内切酶可对（A ）A.双链DNA的特异部位进行切割B.单链DNA的特异部位进行切割C.多肽链的特异部位进行切割D.mRNA的特异部位进行切割9.以下哪项是原核生物基因组的结构特点（C ）A.由DNA或RNA组成B.有单链、双链之分C.操纵子结构D.与组蛋白结合10.以下哪项属于启动子和上游启动子元件（C ）A.内含子B. 外显子C.TA TA盒D.终止子三、简答题:（每题5分，共40分）1. 简述基因组的概念一种生物（1分）的一整套（1分）遗传信息（1分）的遗传物质（1分）的总和（1分）。

或者一套（1分）完整（1分）单倍体（1分）的遗传物质（1分）的总和（1分）。

或者基因组泛指（1分）一个细胞（1分）或病毒（1分）的全部（1分）遗传信息（1分）。

3.什么是SOS修复?指DNA损伤严重时，应急而诱导产生的修复作用，称为SOS修复。

（1）当DNA双链发生高密度大片段损伤, 原有的DNA聚合酶活性减低。

病毒宏基因组生信分析流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。

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核酸序列分析在生物学领域中，核酸序列分析是一项重要的研究工具，它可以帮助科学家们理解生物体内的基因组结构和功能。

通过分析核酸序列，我们可以揭示基因的组合方式、基因在不同物种之间的演化关系以及基因与疾病之间的关联。

本文将介绍核酸序列分析的基本步骤和常用方法，并探讨它在生物研究中的应用。

一、核酸序列分析的基本步骤1. 数据收集与清洗：首先，我们需要获取相关的核酸序列数据。

这些数据可以来自于公共数据库（如GenBank、ENSEMBL等）或实验室内部的测序项目。

收集到的数据可能存在噪声或错误，所以我们需要对数据进行清洗和筛选，以保证分析的准确性。

2. 序列比对：接下来，我们需要将不同样本的核酸序列进行比对。

序列比对是核酸序列分析的核心步骤之一，它可以帮助我们发现序列之间的相似性和差异性。

常用的序列比对算法包括Smith-Waterman算法和Needleman-Wunsch算法等。

3. 序列注释：在比对完成后，我们可以根据已知的功能注释信息来对序列进行注释。

注释可以告诉我们该序列可能的编码蛋白质的功能、寻找潜在的基因等。

4. 比对结果分析：通过分析比对结果，我们可以了解到序列的保守区域和变异区域。

保守区域可能是功能区域，例如编码蛋白质的区域，变异区域可能涉及到物种之间的进化差异或突变相关的功能。

5. 结果可视化：最后，我们需要将分析的结果进行可视化呈现。

通过可视化，我们可以更直观地理解数据，并对进一步实验设计或研究方向提出建议。

二、核酸序列分析的常用方法1. 比对工具：常用的核酸序列比对工具包括BLAST、ClustalW和MAFFT等。

BLAST（基本局部比对序列工具）是一种快速的局部比对算法，它能够快速地找到序列之间的相似性。

ClustalW和MAFFT则更适用于多序列比对，它们可以比较多个序列之间的相似性和差异性。

2. 注释工具：常用的核酸序列注释工具包括NCBI的Entrez、ENSEMBL和UniProt等。

我国华东某省HP-PRRSV的分离鉴定及全基因组序列分析朱紫祥;吴发兴;王晶钰;李平;高许雷;张燕霞;张志;刘爽;李晓成【摘要】[目的]从我国华东地区某省3个不同市县的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料中分离PRRSV毒株,并对其全基因组进行测序,进而对当前PRRSV流行毒株的分子特征和近几年我国PRRSV毒株的演化特点进行分析.[方法]采集养殖场病死猪的淋巴结和肺脏病料,处理后进行PRRSV的RT-PCR检测.对PRRSV检测呈阳性的病料进行病原分离和免疫荧光试验(IFA)鉴定,测定IFA 鉴定呈阳性的PRRSV分离株的TCID50.参照NCBI基因数据库已提交的PRRSV VR-2332、CH-1a、HB-2及JXA1等毒株序列设计6对引物,对所得分离毒株分别进行全基因组序列扩增、测序,并将测序结果与LV、VR-2332、JXA1等国内外16个PRRSV毒株进行序列同源性和进化分析.[结果]试验共分离鉴定获得3株PRRSV毒株,分别命名为SDCXA/2008、SDWF、SDLY.全基因组Blast比对结果表明,这3个分离株均为北美洲型毒株.序列分析发现,3个分离株的全基因组序列与欧洲株的同源性极低(61.6%～61.8%),与2006年前分离的美洲型毒株的同源性较低(86.6%～97.1%),与2006后分离的美洲型毒株同源性较高(98.3%～99.7%).Nsp2基因在3个易变区中变异最大,ORF5次之,ORF3相对最小;推导氨基酸序列中变异最大的亦为Nsp2.3株PRRSV毒株Nsp2基因推导氨基酸的第481和532～560位处共存在30个氨基酸缺失,与以HUN4、JXA1等为代表的国内高致病性分离株序列的同源性较高,结合进化分析将其均划为与JXA1类似的高致病性猪蓝耳病毒株(HP-PRRSV).[结论]分离到3株HP-PRRSV毒株,其遗传特征相对稳定,但同时也发生了一定的变异,说明PRRSV还在不断地变异和演化.PRRSV的分布无明显地域性.【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2010(038)008【总页数】8页(P25-32)【关键词】PRRSV;同源性;RT-PCR;进化分析【作者】朱紫祥;吴发兴;王晶钰;李平;高许雷;张燕霞;张志;刘爽;李晓成【作者单位】西北农林科技大学,动物医学院,陕西,杨凌,712100;中国动物卫生与流行病学中心,山东,青岛,266032;西北农林科技大学,动物医学院,陕西,杨凌,712100;中国动物卫生与流行病学中心,山东,青岛,266032;新疆农业大学,动物医学院,新疆,乌鲁木齐,8300523;中国动物卫生与流行病学中心,山东,青岛,266032;青岛农业大学,动物科技学院,山东,青岛,266109;中国动物卫生与流行病学中心,山东,青岛,266032;中国动物卫生与流行病学中心,山东,青岛,266032;中国动物卫生与流行病学中心,山东,青岛,266032;中国动物卫生与流行病学中心,山东,青岛,266032【正文语种】中文【中图分类】S858.285.3猪繁殖与呼吸综合征（Porcine reproductive and respiratory syndrome，PRRS）是由猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV）引起的、以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸衰竭为主要临床症状的一种传染病［1］，该病的广泛传播给全球养猪业带来了巨大的危害。

临床医学检验：分子生物学检验技术题库考点三1、单选关于碱解法分离质粒DNA，下面哪一种说法不正确()A．溶液Ⅰ的作用是悬浮菌体B．溶液Ⅱ的作用是使DNA变性C．溶液Ⅲ的作用是使DNA复性D．质粒DNA（江南博哥）分子小，所以没有变性，染色体变性后不能复性E．该方法简单，重复性好，在实验中经常使用正确答案：A2、判断题pMT2表达载体有两个复制起始位点，故复制时速度很快()正确答案：错3、判断题人及哺乳动物是真核细胞生物体()正确答案：对4、填空题致病微生物基因DNA提取方法有________________，RNA提取法有________________。

正确答案：酚提取乙醇沉淀法；氧化钒核糖核苷复合物酚提取法5、单选下列有关YAC描述，错误的是()A．为线状DNA分子B．由着丝粒、端粒、复制子和外源DNA构成C．培养方便D．可表达真核细胞基因E．装载容量少是它的缺点正确答案：E6、名词解释DNA重组正确答案：不同来源的DNA分子，通过磷酸二酯键连接而重新组合的过程。

7、单选松弛型质粒()A．在宿主细胞中拷贝数较多B．可用氯霉素扩增C．复制时受宿主染色体的控制D．一般没有选择标记E．上述A、B两项正确正确答案：E8、单选非复制转座()A．复制转座子，即在原位点上留有一个拷贝B．移动元件到一个新的位点，在原位点上不留元件C．要求有转座酶D．涉及保守的复制，在这个过程中转座子序列不发生改变E．要求解离酶正确答案：B9、问答题简述DNA病毒基因组的一般特点。

正确答案：DNA多为双链，少数为单链；可以表现为线形，也可以为环状分子。

(1)在转录中，如是双链则两条链都可以作为转录的模板。

(2)在活宿主细胞核内复制，且能利用宿主细胞的复制、转录和翻译系统。

(3)较大的双链DNA病毒往往具有比较复杂的生活周期；并可侵袭多种脊柱类动物，引起严重疾病。

较小的DNA病毒则会更依赖宿主细胞来完成复制，这些病毒常常能反式激活复制系统，导致病毒和宿主都进行复制，故可能引发肿瘤。