实习指导
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实习指导意见模板实习指导意见模板篇1该生在实习单位实习期间,能够做到工作积极主动,学习认真,尊敬前辈,待人诚恳,能够做到服从指挥,遵守劳动纪律。
团结同事,虚心向前辈请教学习,不怕苦,不怕累,并能够灵活运用自己的专业知识,解决工作中遇到的实际问题,在学习期间得到领导和同事的一致好评。
实习指导意见模板篇2该生在外科实习期间,遵守医院及科室各项规章制度,尊敬老师,工作积极,认真负责。
熟悉掌握外科无菌技术操作,术前术后护理,熟悉换药,拆线,包扎,各种引流管与胃肠减压的使用与装置,掌握了外科常见器械,物品的清洁消毒,污染敷料的处理。
希望在下一个科室学到更多知识,提高自己的能力。
该生在外科实习期间,严格遵守医院各项规章制度,掌握了外科常见病的术前护理以及护理宣教,了解了心电监护和各种仪器的使用,在带教老师的指导下能完成各项技术操作,以及静脉输液,给氧,肌肉注射。
实习指导意见模板篇3该生从传统的被动授学转变为主动求学,从死记硬背的模式中脱离出来,转变为在实践中学习,增强了领悟、创新和推断的能力。
掌握自学的方法,使工作、学习、生活都能有成熟的思考。
实习指导意见模板篇4该生通过实习,把所学知识应用于实践,不仅巩固了已学知识,还提高了动手能力。
此外,在动手操作的过程中,养成了认真、耐心的工作态度,对以后的学习工作有很大的帮助。
在实习期间,工作刻苦认真,服从领导,严格遵守实习单位和学校的规章制度。
获得了实习单位的肯定和实习老师的一致好评。
实习指导意见模板篇5该生综合素质佳,能够吃苦耐劳,忠诚稳重,坚守诚信正直原则,勇于挑战自我开发自身潜力;做一个主动的人,工作积极热情,为了自己的目标为了完成自己想要的事情拼命投入力量;具备良好的人品,乐于与人沟通。
生活在群体之中,能够与人进行客观直接的沟通,具有较强的团队管理能力和与人合作的精神,能够积极互动努力达成团队的目标;善于学习,勤奋务实,刻苦钻研,具备广泛的兴趣和很丰富的知识,适应能力强,能够在很短时间内融入一个新的领域,适应并且把它做好。
实习指导意见完整版7篇实习指导意见完整版篇11、在实习期间,符合大学生实习的要求:工作主动,踏实,肯干,和老师同事关系处理的很好,急躁学习不断的奋力工作,以提高技术的自身,受到大家好评,望今后发扬成果。
2、该实习者对待儿童有急躁有爱心,能够做到用自己的爱来关怀儿童,并且可以教授孩子们学问,熬炼孩子的动手动脑能力。
实习过程中专心负责。
3、该同学在我单位实习期间,遵守单位规章制度,学习专心,勤于思考,勤于实践,能敏捷运用专业学问解决实际问题,给本单位留下良好的印象。
4、该生在实习过程能够乐观主动探究未知,发觉问题,团结同事,互助协作。
此间表示优秀,体现出了应有的精神和风采圆满完成了本次实习。
5、该生在我公司实习期间表示优秀,严格遵守公司各项规章制度,对待工作专心负责,与同事相处融洽,为人谦逊、踏实、勤恳、能吃苦,受到我公司领导及同事的一致好评!6、该学生实习期间工作专心,勤奋好学,踏实肯干,在工作中遇到不懂的地方,能够虚心向富有教训的前辈请教,擅长思考,能够举一反三。
对于别人提出的工作建议,可以虚心听龋在时间紧迫的情况下,加时加班完成任务。
能够将在学校所学的学问敏捷应用到详细的工作中去,保质保量完成工作任务。
同时,该学生严格遵守我公司的各项规章制度,实习期间,未曾消失过无故缺勤,迟到早退现象,并能与公司同事和谐相处,与其一同工作的员工都对该学生的表示予以确定。
7、该生能够探究更优秀的工作方法,以提升效率,在车间内的备料比赛中曾获第一名,在其它工位的学习中刘巍同学也表现出乐观的态度并通过学习成为了一名合格的多能工,在团队生活中得到领导及同仁的一致好评。
8、该生在本服务处实习的这一段时间,能够严格要求自己,工作勤恳,负责,责任心强,学问面广,基础学问扎实,在专业技术上遇到的问题能准时解决。
生活乐观向上,举止文明。
与同事之间相处融洽,擅长与领导沟通,主动乐观地做好每一件事情,总体评价为优,期望在今后的工作中连续发扬。
实习指导老师意见范文(3篇)实习指导老师意见范文(精选3篇)实习指导老师意见范文篇1有创造性、建设性地独立开展工作的思维;具有一定的开拓和创新精神,接受新事物较快,涉猎面较宽,在工程计算领域不断地探索,有自己的思路和设想。
能够做到服从指挥,认真敬业,工作责任心强,工作效率高,执行公司指令坚决。
在时间紧迫的情况下,加时加班、保质保量完成工作任务。
实习指导老师意见范文篇21、 __同学在实习期间,非常出色的完成了教育实习方面的工作。
具体表现有以下几点:首先,思想上对教学实习工作非常重视,意识到位。
从开始实习第一天起就全身心投入到工作当中去,顺利地完成了从学生到老师的角色转换。
其次,虚心好学,肯于钻研,对于指导老师的意见虚心接受,听课积极认真。
更加难得的是__同学乐于深入到学生当中,与学生交朋友,以亲身经历向学生传授学习经验,帮助学生解决学习当中遇到的难题,真正做到了学生的良师益友。
另外,__同学认真学习教材、教法,备课当中不墨守成规,勇于创新,大胆尝试探究实验的教学模式,并在授课当中展现了较强的控制课堂的能力和优秀的教师基本功素养。
总而言之,经过这次教学实习工作,相信__同学已经具备了作为一名教师的基本素质,使得我们完全可以期待,在不久的将来,他一定会成为一名优秀的教师。
2、 __同学在本校实习班主任期间,能坚持每天全程跟班,主动与班主任交流班级情况,与同学谈心,进行个别指导。
认真听取老师的意见,并虚心学习,积极主动参与班级管理与活动,做学生的知心朋友和大哥哥。
在此期间,独立主持了一次班会,组织了一次课外活动,参与组织了校运会的筹备、组织和管理。
通过家长联系本用笔谈的方式与每一位同学交流、指导,受到学生的好评、欢迎!3、表现高度热忱,讲解钜细靡遗,能兼顾不同程度学生的需要,亦能根据学生反应及教师指导调整板书、速度、教学方式、内容,努力求得学生最大利益。
批改作业认真,评语多样、丰富而恳切。
上课秩序掌控得宜,收放自如,优秀稳剑发现问题能主动提出讨论,讨论中自然流露极佳学养与见识。
实习报告教师指导的主要内容
1. 实习目标设定的指导:老师就像那引航的灯塔,会帮你明确实习要达成啥目标呀!比如我那时候,老师就问我:“你想想,你实习是为了提升专业技能还是积累实践经验呢?”这不一下子就让我清楚了方向。
2. 教学方法的传授:嘿,老师会像秘籍高手一样,把各种教学妙招传授给你呦!像那次老师说:“看看我怎么用有趣的游戏让学生记住知识点,这可比死记硬背强多啦!”
3. 课堂管理技巧的分享:哇塞,老师在这方面绝对是经验丰富的专家呀!我记得老师跟我说:“遇到调皮的学生可不能一味批评,得像哄小猫一样有耐心呢,你懂不?”
4. 与学生沟通的要点:老师会告诉你和学生打交道可不能马虎呀!比如老师提醒我:“跟学生沟通可不能高高在上的,要像朋友一样亲近,你能做到不?”
5. 教学资源利用的建议:老师会像寻宝图指引者一样,告诉你哪里有宝藏资源可用呢!就像老师说:“学校的图书馆有很多宝贝资料,你咋就不知道去发掘发掘呢!”
6. 对实习表现的反馈:老师这个时候就像那最公正的裁判,会给你最中肯的评价和建议!老师会说:“这次的课上得不错,但这里还可以再改进改进呀!”
7. 职业规划的引导:老师简直就是那未来之路的引路人呀!记得老师跟我说:“以后想当骨干教师还是往行政方面发展呀,得早做打算呀!”
我的观点结论就是:实习报告中教师指导的内容真的超级重要呀,能帮我们在实习路上少走好多弯路呢!。
一、实习单位简介实习单位:XX科技有限公司XX科技有限公司成立于2005年,是一家集研发、生产、销售为一体的高新技术企业。
公司主要产品包括电子产品、智能设备等,广泛应用于家庭、教育、医疗、办公等领域。
公司秉承“创新、务实、共赢”的经营理念,致力于为客户提供高品质的产品和服务。
二、实习岗位及职责实习岗位:市场部实习生实习职责:1. 协助市场部经理进行市场调研,收集行业动态,了解竞争对手情况;2. 参与市场推广活动策划,协助执行;3. 协助整理市场资料,编写市场报告;4. 跟进客户需求,收集客户反馈,提出改进建议;5. 完成上级领导交办的其他工作。
三、实习时间及地点实习时间:2021年7月1日至2021年9月30日实习地点:XX科技有限公司市场部四、实习指导教师指导教师:张经理张经理,XX科技有限公司市场部经理,具有丰富的市场营销经验和团队管理经验。
在实习期间,张经理对实习生进行全方位的指导,帮助实习生快速成长。
五、实习过程及收获(一)实习过程1. 第一周:熟悉公司环境,了解公司文化,认识团队成员。
2. 第二周:学习市场调研方法,参与市场调研活动,收集行业动态。
3. 第三周:协助市场部经理进行市场推广活动策划,参与活动执行。
4. 第四周:整理市场资料,编写市场报告,跟进客户需求。
5. 第五周:总结实习期间的工作成果,撰写实习报告。
(二)实习收获1. 专业技能提升:通过实习,掌握了市场调研、市场推广、客户关系管理等专业技能。
2. 团队协作能力:在实习过程中,学会了与团队成员沟通、协作,共同完成任务。
3. 逻辑思维能力:在撰写市场报告、分析市场数据等方面,提高了自己的逻辑思维能力。
4. 职业素养:通过实习,了解了职场规范,培养了良好的职业素养。
六、实习心得体会1. 实习使我认识到理论知识与实践操作的差距,更加明确了自身的学习方向。
2. 在实习过程中,我学会了如何与同事、上级沟通,提高了自己的沟通能力。
3. 实习让我明白了团队协作的重要性,学会了在团队中发挥自己的优势。
学生实习实践指导与管理学生实习实践是大学生在校期间非常重要的一项活动。
通过实习实践,学生可以将课堂学习与实际工作相结合,提高自己的专业技能和实践能力。
然而,实习实践过程中存在一些问题,如实习指导不到位、管理不规范等,影响了学生的实习效果和成长。
本文将从指导和管理两个方面进行探讨,并提出一些解决问题的建议。
一、指导篇1.实习前准备:在学生实习之前,实习指导教师应帮助学生明确实习目标和方向,并提供必要的实习前培训,使学生对实习内容和要求有所了解。
2.定期沟通:实习期间,实习指导教师应定期与学生进行沟通,了解学生在实习中的进展和遇到的问题,并给予及时的指导和建议。
3.个性化辅导:每个学生的实习情况不同,实习指导教师应根据学生的需要和实际情况,提供个性化的辅导,帮助学生解决实习中的困惑和难题。
4.实习报告评估:实习指导教师应要求学生按要求撰写实习报告,并对其进行评估。
评估结果可作为学生实习成绩的重要依据,同时也是学生对实习过程的总结和反思。
二、管理篇1.实习计划制定:学校和企业应共同制定学生实习计划,明确实习目标、实习内容和考核标准。
实习计划应充分考虑学生的专业特长和个人兴趣,确保实习任务既有挑战性又能够完成。
2.实习导师配备:企业应安排有经验的员工作为学生的实习导师,指导学生进行实习活动。
实习导师应具备良好的专业素养和指导能力,能够为学生提供专业的指导和帮助。
3.监督与考核:学校和企业应建立健全的监督与考核机制,保证学生实习的质量和效果。
监督部门可定期对学生实习情况进行检查和评估,提出改进意见和建议。
4.实习问题解决:学校和企业应建立健全的实习问题解决机制,学生实习期间遇到问题时可以及时得到解决。
同时,相关部门应为学生提供必要的支持和帮助,解决实习过程中的困难和障碍。
综上所述,学生实习实践指导与管理是提高学生实习效果和成长的关键。
实习指导应注重实习前的准备、定期沟通和个性化辅导,帮助学生解决实习中的问题。
实习指导内容记录一、实习目标和任务分配:1.明确实习目标:与实习生明确实习目标,包括技能提升、专业知识学习、项目实践等。
根据实习生的专业方向和能力,制定合理的目标,并进行时间安排。
2.任务分配:根据实习生的能力和实习目标,分配适合的任务,并确定时间节点和优先级。
确保实习生能够按时完成任务,并在过程中提供足够的支持和指导。
二、日常工作安排和督导:1.日常工作安排:根据实习生的实际情况,制定日常工作安排,包括工作时间、工作内容、工作重点等。
确保实习生能够有计划地完成工作,并提前解决可能遇到的问题。
2.督导:定期与实习生进行督导,了解实习生的工作进展和困难,提供指导和帮助。
确保实习生能够充分发挥自己的优势,克服困难,完成工作。
三、专业知识培训和学习:1.明确知识培训目标:与实习生一起明确专业知识培训目标,包括理论学习、实践操作等。
根据实习生的实际情况和专业要求,制定合理的培训计划,并进行时间安排。
2.提供学习资源:为实习生提供相关的学习资源,包括书籍、研究报告、行业资讯等。
鼓励实习生主动学习,提高专业素质。
3.组织培训和讲座:组织专业培训和讲座,邀请行业内的专家和企业高管进行分享和交流,促进实习生的专业成长。
四、项目实践和经验积累:1.参与项目:安排实习生参与公司的实际项目,并予以必要的指导和安排。
培养实习生解决问题的能力和实践操作的技巧。
2.经验积累:鼓励实习生记录工作和项目经验,总结思考,并进行分享。
让实习生对自己的工作和成长有清晰的认识。
五、自我评估和反馈:1.定期评估:定期与实习生进行一对一的评估,评估实习生的工作成果和学习效果。
及时发现问题,提出建议,并制定改进计划。
2.提供反馈:及时向实习生提供工作和学习方面的反馈,包括优点和需要改进的地方。
鼓励实习生不断改善自己,并设定下一阶段的目标。
六、职业规划和发展指导:1.了解实习生的职业规划:与实习生进行深入交流,了解其职业规划和发展需求。
根据实习生的意愿和兴趣,提供相应的职业规划和发展指导。
教师实习指导手册一、实习前的准备工作在开始实习之前,教师应进行一些准备工作,以确保实习的顺利进行。
首先,教师应了解实习学生的个人情况,包括学习成绩、性格特点等,以便有针对性地进行指导。
其次,教师应清楚实习学生的实习时间和任务安排,以便安排合适的指导计划。
最后,教师还应熟悉教学大纲、教材和教学方法,为实习学生提供专业的指导。
二、为实习学生提供良好的示范作为实习指导教师,首要的任务之一就是为学生提供良好的示范。
教师应尽量做到言传身教,将自己的教学经验和方法传授给实习学生。
同时,教师应在课堂上展示出高水平的教学能力,以激发学生的学习兴趣和学习动力。
三、帮助实习学生制定实习目标在实习开始之前,教师应与学生一起制定实习目标。
这些目标应具体、明确,并与学生的个人发展需求相匹配。
通过帮助学生制定实习目标,教师能够引导学生在实习过程中有针对性地提升自己的教学技能和教育理念。
四、了解实习学生的进展情况在实习期间,教师应定期了解学生的实习进展情况。
可以通过定期面谈、观察课堂教学等方式来获取信息。
同时,教师还可以要求学生撰写实习心得和总结,以便更全面地了解学生的实习情况。
五、及时给予实习学生反馈给予学生及时的反馈是实习指导的重要环节。
教师应针对学生的实习表现,提供具体的建设性意见,帮助学生改进自己的教学方法和技能。
同时,教师也应及时表扬学生的优秀表现,鼓励学生持续努力。
六、引导实习学生反思反思是实习过程中非常重要的环节。
教师应引导学生对自己的教学进行反思,思考自己的优势、不足和改进方向。
通过反思,学生能够更好地认识自己的教学特点,提升自己的教学能力。
七、为实习学生提供多样化的教学资源作为实习指导教师,应为学生提供多样化的教学资源。
可以向学生推荐相关的教学书籍、文章、视频等,以拓宽学生的教学视野。
同时,教师还可以邀请学生参观其他教师的课堂,以便学生从中汲取经验和启发。
八、关注实习学生的情绪和压力实习对学生来说是一种新的体验,可能会给他们带来一定的情绪和压力。
学生实习实践指导方案学生实习实践是大学生们在校期间进行的一项非常重要的教育活动。
通过实习实践,学生能够将课堂上所学知识应用到实际工作中,提高实际操作能力,并了解社会实践的一些流程和规则。
然而,由于缺乏有效的指导方案,很多学生在实习实践中遇到了困惑和挫折。
因此,为了更好地引导学生实习实践,制定一套有效的指导方案是非常有必要的。
第一,实习前准备工作:在学生实习实践之前,学校和企业应该共同做好充分的准备工作。
首先,学校应该对学生进行全方位的实训培训,提高他们的实际操作能力。
其次,学校应该与企业建立密切的合作关系,派遣专门的教师负责实习实践的指导工作。
最后,学校应该对学生进行综合素质评价,确保学生具备参加实习实践的基本条件。
第二,实习期间的指导工作:在学生实习实践期间,教师应该定期对学生进行指导和辅导。
首先,教师应该对学生的实习单位进行实地考察,了解实际工作环境和工作流程。
其次,教师应该与学生进行面对面的交流,了解学生实习中的问题和困惑,并及时给予帮助和指导。
最后,教师应该与企业建立良好的沟通渠道,及时了解学生的实习情况,并与企业共同解决问题。
第三,实习结束后的总结与评价:在学生实习实践结束后,学校和企业应该对学生的实习情况进行总结和评价。
首先,学校应该组织学生撰写实习报告,总结实习过程中的收获和体会。
其次,学校应该组织专门的评审小组对学生的实习报告进行评审,并对学生的实习成绩进行评定。
最后,学校和企业应该共同研究学生实习的成果,提出改进意见,并对实习方案进行适时调整。
总结:学生实习实践是一项非常重要的教育活动,对学生的专业能力和综合素质的提高起着至关重要的作用。
通过制定一套有效的指导方案,可以更好地引导学生实习实践,提高他们的实际操作能力,并了解社会实践的流程和规则。
因此,学校和企业应该共同努力,制定一套符合实际情况的指导方案,为学生实习实践提供良好的指导和保障。
实习指南指导内容以下是 7 条实习指南指导内容:1. 嘿,找实习可不能瞎碰运气呀!就像你找对象,得找个合得来的不是?你得明确自己的方向。
比如说,你要是对设计感兴趣,那就在设计相关的领域里撒网呀!我认识一个朋友,当初随便找了个实习,结果干得一点都不开心,没多久就撤了,多浪费时间呀!所以,一定要找准方向再行动。
2. 简历啊,那可是你的敲门砖!可别小瞧它啦。
它就像是你的代言人,得把你的优势和亮点都响亮地喊出来呀!如果把简历写得平淡无奇,那怎么能吸引人家的眼球呢?回想我当初,花了好大力气打磨简历,把自己做过的厉害事儿都写上了,这才得到了心仪的实习机会呢。
3. 面试的时候,可别紧张得像只小老鼠呀!把面试官当成你的朋友,放轻松去交流。
人家问啥,咱就实实在在地答啥。
我之前有个同学,面试的时候紧张得话都说不利索,哎呀,那结果能好吗?记住,自信大方地展现自己,让他们看到你的闪光点!4. 到了实习单位,别害羞,要积极主动呀!要像海绵一样拼命吸收知识和经验。
多问问同事问题,别怕人家嫌你烦。
他们当年不也是这么过来的嘛!我实习的时候啊,不懂就问,同事们都特别乐意帮我,我也进步得飞快呢!5. 遇到困难别退缩啊!这就跟爬山似的,哪有一路平坦的呀?困难就是让你成长的机会呀!有次我碰到个特别难的任务,愁得我呀,可最后还是咬牙完成了,那种成就感爆棚啊!你也一定可以的。
6. 注意和同事们处好关系哟!这可关系到你实习的幸福指数呢。
大家一起吃吃饭、聊聊天,多开心呀!我以前实习的地方,同事们经常一起出去玩,那感情好得不得了,工作起来也更带劲啦!别一个人闷头干,要融入集体哟。
7. 实习期间要不断学习呀!知识可是无穷无尽的。
行业在发展,你不进步就落后啦!看看相关的书籍、文章,参加一些培训啥的。
你想啊,如果你一直原地踏步,那还有啥竞争力呢?我现在还在不断学习呢,为了让自己变得更优秀呀!总之,实习是一段特别重要的经历,要认真对待,好好努力,肯定会有满满的收获哒!。
实验一:三大生物信息中心浏览、DOTPLOT实验目的:1. 了解三大生物信息中心的资源2. 学习分析DOT PLOTS比对结果实验内容:1. NCBI/NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心,NCBI是NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。
网站上主要有以下几个选项卡:a) Pubmed:生物医药科学方面的文献数据库。
b) All databases:点击进入Entrez主界面,用于关键词搜索序列。
c) Blast:根据序列,搜索与之相似的其它序列。
d) Genome:基因组数据e) OMIM:Online Mendelian Inheritance in Man 突变数据库,经常更新的人类基因和遗传失调的目录,有链接到其它相关的文献参考,序列记录,和相关数据库。
f) Bookshelf:电子书籍,同书籍出版商合作NCBI 为网络改编了教科书,并把他们链接到PubMed-生物医药书目数据库。
这是为了给PubMed提供背景信息,这样使用者可以探究在PubMed搜索结果中不熟悉的概念。
g) Taxbrowser:物种分类数据库h) Structure:三维结构数据库可参考中文简介/pages/ncbi-inde.htm(比较老)2. EBI/European Bioinformatics Institute,是一个非盈利性的学术机构,是欧洲分子生物学实验室(EMBL,全称是European Molecular Biology Laboratory,位于德国海德尔堡,是世界上著名的生命科学研究机构。
)的一部分。
它的主要任务是建立、维护和提供生物学数据库以及信息学服务,从而支持生物学数据的存放和进一步挖掘。
3. DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.htmlDNA Data Bank of Japan于1984年建立,是世界三大DNA 数据库之一,与NCBI的GenBank,EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库,每日都交换更新数据和信息。
DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号,信息来源主要是日本的研究机构,亦接受其他国家呈递的序列。
(二)Dotplot点阵法是非常简单、直观的一种两条序列比对的方法,它能展示出两条序列所有可能配对的区域,由研究者决定最有意义或自己感兴趣的区域。
通过点阵法还可以对序列自身进行比对,寻找序列内部的正向或反向重复区域或互补区域。
/molkit/dnadot/2 如果网页下部的图形框无法显示,请安装java环境安装程序(jre-6u26-windows.exe) 文件。
Figure 1.1 dotplot1. 利用demo sequence了解软件使用方法。
a. 点击按钮,在DNA1窗口里显示一条示例序列。
b. 点击按钮,可将DNA1窗口里的序列复制到DNA2窗口。
这样可以对序列进行自身比对。
c. 两个参数需要设置:窗口大小(Window Size):即在两条序列中同时比较的字符串的长度。
此软件要求窗口大小必须为奇数。
错配限制(Mismatch Limit):在给定窗口里,允许错配的数目。
如果错配数量小于等于此数目,则在图上标记点,否则,不做标记。
(注:与老师上课讲的相反,上课讲的是stringency (threshold), 即必须匹配的数目)Window size 越小,图上出现的点的数目越多,反之越小。
Mismatch limit 越小,图上出现的点越少,反之越小。
尝试改变这两个参数,体会其对比对结果的影响。
d. 进行Dotplot 比对3 设定好窗口大小和最小错配数目,点击按钮,即可观察比对结果。
在点阵图上你感兴趣的点上单击,在图上方会出现此点代表的序列1和序列2中的位置提示(Figure 1.2 黄色部分)。
Figure 1.2 dotplot 点阵图上散点信息的获取2. 通过序列自身比对,寻找其重复和反向重复区域。
打开dot_seq.txt文件。
其中包含四条序列。
第一条序列内部有正向重复,对它进行自身比对,改变参数,观察重复区域在图上的显示。
Dot_seq.txt文件中第二条序列内部包含反向重复,为了清楚地观察到反向重复区域,需要将此序列与它的反向序列进行比对分析。
利用页面顶端的Molecular Toolkit Index中的Manipulate and Display Sequences工具将序列反转(inverse),将反转后的序列与原序列进行比对分析,观察反向重复区域在图上的显示。
作业1. Introduce the following NCBI databases in your own words:MMDB,CDD,dbGap, PMC.,OMIM, UniGene, PubChem, RefSeq.2. Make a list of the molecular biology related books on the NCBI bookshelf,specifying the book title, authors and publishing press. How aboutbioinformatics related books?3. Introduce the following EBI databases in your own words:chEBI, ENA, UniProt, ArrayExpress, Ensemble, PDBe,4. Analyze the two sequences with insertion/deletion from dot_seq.txt withDOTPLOT program and interpret the results.如果网页下部的图形框无法显示,请安装java环境安装程序(jre-6u26-windows.exe) 文件。
Figure 1.1 dotplot1. 利用demo sequence了解软件使用方法。
a. 点击按钮,在DNA1窗口里显示一条示例序列。
b. 点击按钮,可将DNA1窗口里的序列复制到DNA2窗口。
这样可以对序列进行自身比对。
c. 两个参数需要设置:窗口大小(Window Size):即在两条序列中同时比较的字符串的长度。
此软件要求窗口大小必须为奇数。
错配限制(Mismatch Limit):在给定窗口里,允许错配的数目。
如果错配数量小于等于此数目,则在图上标记点,否则,不做标记。
(注:与老师上课讲的相反,上课讲的是stringency (threshold), 即必须匹配的数目)Window size 越小,图上出现的点的数目越多,反之越小。
Mismatch limit 越小,图上出现的点越少,反之越小。
尝试改变这两个参数,体会其对比对结果的影响。
d. 进行Dotplot 比对3 设定好窗口大小和最小错配数目,点击按钮,即可观察比对结果。
在点阵图上你感兴趣的点上单击,在图上方会出现此点代表的序列1和序列2中的位置提示(Figure 1.2 黄色部分)。
Figure 1.2 dotplot 点阵图上散点信息的获取2. 通过序列自身比对,寻找其重复和反向重复区域。
打开dot_seq.txt文件。
其中包含四条序列。
第一条序列内部有正向重复,对它进行自身比对,改变参数,观察重复区域在图上的显示。
Dot_seq.txt文件中第二条序列内部包含反向重复,为了清楚地观察到反向重复区域,需要将此序列与它的反向序列进行比对分析。
利用页面顶端的Molecular Toolkit Index中的Manipulate and Display Sequences工具将序列反转(inverse),将反转后的序列与原序列进行比对分析,观察反向重复区域在图上的显示。
作业1. Introduce the following NCBI databases in your own words:MMDB,CDD,dbGap, PMC.,OMIM, UniGene, PubChem, RefSeq.2. Make a list of the molecular biology related books on the NCBI bookshelf,specifying the book title, authors and publishing press. How aboutbioinformatics related books?3. Introduce the following EBI databases in your own words:chEBI, ENA, UniProt, ArrayExpress, Ensemble, PDBe,4. Analyze the two sequences with insertion/deletion from dot_seq.txt withDOTPLOT program and interpret the results.。