生物信息数据库(二)
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生物信息学数据库分类整理汇总生物信息学数据库是存储和管理生物学领域的大量数据的重要工具和资源,对于生物信息学研究、基因组学、蛋白质组学、转录组学等领域的研究具有重要的意义。
本文将对生物信息学数据库进行分类整理和汇总,方便生物信息学研究者更好地使用和了解这些数据库。
1.基因组数据库:- GenBank:美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护的基因序列数据库,包含已知基因的核酸序列。
- Ensembl:英国恩格斯尔基因组项目维护的一个综合性基因组数据库,包含多种物种的基因组数据。
- UCSC Genome Browser:加利福尼亚大学圣克鲁兹分校开发的一个基因组浏览器,提供多种物种的基因组序列和注释信息。
2.蛋白质数据库:- UniProt:一个综合性的蛋白质数据库,集成了多个蛋白质序列和注释信息资源。
- Protein Data Bank (PDB):存储大量已解析的蛋白质结构数据的数据库,提供原子级别的结构信息。
- Protein Information Resource (PIR):收集和整理蛋白质序列、结构和功能信息的数据库。
3.转录组数据库:- NCBI Gene Expression Omnibus (GEO):存储和共享大量的高通量基因表达数据的数据库。
- ArrayExpress:欧洲生物信息学研究所(EBI)开发的一个基因表达数据库,包含多种生物组织和疾病的表达数据。
4.疾病数据库:- Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM):记录人类遗传疾病和相关基因的数据库。
- Orphanet:收集和整理罕见疾病和相关基因的数据库。
5.代谢组数据库:- Human Metabolome Database (HMDB):一个综合性的人类代谢物数据库,包括代谢产物的结构和功能信息。
- Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG):包含多种生物体代谢途径的数据库。