人类谷胱甘肽硫转移酶家族等位基因蛋白B与抑制剂作用模型的理论研究

谷胱甘肽硫转移酶A1(GSTA1)基因多态性与前列腺癌和膀胱癌易感性的Meta分析谭于龙;钱辉军【摘要】Objective To explore the association between genetic polymorphism of glutathione S-transferase A1 ( GSTA1) and susceptibility to prostate cancer and bladder caner .Methods PubMed and other databases were searched ,identi-fied 9 relevant literatures of relationship between genetic polymorphism of glutathione S -transferase A1( GSTA1) and susceptibility to prostate cancer and bladder caner ,containing 1989 cases and 2246 controls.Meta-analysis was applied,and odds ratio(ORs) with 95%confidence intervals ( CIs) was used to evaluate the connection .Results There was no significant association between GSTA1 polymorphism and susceptibility to prostate cancer [( AA vsBB:OR=0.92,95%CI:0.68~1.23,P=0.56);( AB vsBB:OR=1.02,95%CI:0.86~1.21,P=0.83);( AA/AB vs BBOR=1.01,95%CI:0.86~1.17,P=0.93);( AA vs AB/BB:OR=0.91,95%CI:0.69~1.20,P=0.51)].No statistical significance existed between GSTA1 polymorphism and suscep-tibility to bladder cancer[(AA vsBB:OR=0.97,95%CI:0.71~1.33,P=0.85);(AB vsBB:OR=1.11,95%CI:0.93~1.31,P=0.25);(AA/AB vs BBOR=1.07,95%CI:0.92~1.25,P=0.37);(AA vs AB/BB:OR=0.87,95%CI:0.64~1.18,P=0.37)].Conclusion GSTA1 polymorphism is not the independent risk factor for prostate cancer and bladder cancer .%目的探讨谷胱甘肽硫转移酶A1(GSTA1)基因多态性与前列腺癌及膀胱癌易感性的关系.方法通过检索PubMed等数据库,获取GSTA1基因多态性与前列腺癌或膀胱癌的文献9篇,对1989例病例和2246例对照进行meta分析,以比值比(OR)和95%可信区间(CI)作为效应指标.结果各遗传模型的Meta分析显示:GSTA1基因多态性与前列腺癌易感性的相关性无统计学意义[(AA vsBB:OR=0.92,95%CI:0.68~1.23,P=0.56);(AB vsBB:OR=1.02,95%CI:0.86~1.21,P=0.83);(AA/AB vs BBOR=1.01,95%CI:0.86~1.17,P=0.93);(AA vsAB/BB:OR=0.91,95%CI:0.69~1.20,P=0.51)].各遗传模型的Meta分析显示:GSTA1基因多态性与膀胱癌易感性的相关性无统计学意义[(AA vsBB:OR=0.97,95%CI:0.71~1.33,P=0.85);(AB vsBB:OR=1.11,95%CI:0.93~1.31,P=0.25);(AA/AB vs BBOR=1.07,95%CI:0.92~1.25,P=0.37);(AA vsAB/BB:OR=0.87,95%CI:0.64~1.18,P=0.37)].结论单独的GSTA1基因多态性不是前列腺癌和膀胱癌的易感因素.【期刊名称】《实用癌症杂志》【年(卷),期】2016(031)003【总页数】4页(P417-420)【关键词】谷胱甘肽硫转移酶A1;基因多态性;前列腺癌;膀胱癌;肿瘤易感性【作者】谭于龙;钱辉军【作者单位】430060 武汉大学人民医院;430060 武汉大学人民医院【正文语种】中文【中图分类】R737前列腺癌和膀胱癌是泌尿生殖系统常见的肿瘤。

第４２卷　第２期２０１４年３月河南师范大学学报（自然科学版）Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｈｅｎａｎ　Ｎｏｒｍａｌ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｎａｔｕｒａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　Ｅｄｉｔｉｏｎ）　Ｖｏｌ．４２　Ｎｏ．２　Ｍａｒ．２０１４ 文章编号：１０００－２３６７（２０１４）０２－０１０７－０７人ＳＥＰＴ　９蛋白同源建模和活性位点分析王俊生，阮先乐，范小芳，王永立，陈　龙（周口师范学院生命科学与农学学院，河南周口４６６００１）摘　要：利用生物信息学在线软件预测了人ＳＥＴＰ　９蛋白质的二级结构和模体信息，同时对其三级结构进行同源建模和模建结果质量评价，其次预测了该蛋白质的活性位点信息，旨在从蛋白质序列特征和分子结构水平理解其在人类生理病理过程中的作用．结果表明，模建的ＳＥＰＴ　９蛋白结构品质较高，具有７段α－螺旋和２组β－折叠结构，是一个典型的α／β类蛋白，表面呈弱正电势分布；人ＳＥＰＴ　９蛋白具有８个不同模体，可能参与不同生化反应或执行不同的功能．搜寻获得了人ＳＥＰＴ　９蛋白配基结合位点有１０个，其中位点１可能是该蛋白的活性位点．这些研究结果对理解人ＳＥＰＴ　９蛋白功能以及配基结合位点定位非常重要，也为针对ＳＥＰＴ　９蛋白的分子对接和药物从头设计提供了理论基础．关键词：人ＳＥＰＴ　９蛋白；同源模建；活性位点中图分类号：Ｑ５１８．２文献标志码：ＡＳｅｐｔｉｎ广泛存在于真菌［１］、线虫［２］、果蝇［３－４］、爪蟾［５］及哺乳动物［６］等绝大多数真核生物中．研究［７］表明，人基因组中存在多达１３种Ｓｅｐｔｉｎ基因亚家族，并且与细胞的重要生物功能密切相关，从血管生成到小泡运输，从癌症到神经系统一系列疾病等［８－１０］．ＳＥＰＴ　９蛋白最早是在白血病中作为粒细胞／淋巴细胞／白血病的伴随蛋白得到鉴定的［１１］，并且是从胸癌和卵巢癌的等位基因失衡区中克隆获得的［１２，１３］．ＳＥＰＴ９基因位点复杂，至少编码５种不同的蛋白质单体，能够和其他ＳＥＰＴ蛋白形成低聚体复合物［１４，１５］，不同的ＳＥＰＴ　９蛋白单体均具有一个ＧＴＰａｓｅ保守结构域，该结构域含有核定位信号，他们的差异主要表现在氨基酸组成上［７－８］．不同的ＳＥＰＴ９变异剪接本以及ＳＥＰＴ　９蛋白表达的改变被认为与前列腺癌［２］、卵巢癌［９，１６］、胸癌［１７］、结肠癌［１８］、头颈部癌［１９－２０］等疾病密切相关，也与遗传性神经痛性肌萎缩［２１］密切相关．随着对ＳＥＰＴ蛋白的研究日益深入，人类ＳＥＰＴ蛋白之间的互作以及功能不断被证实，如ＳＥＰＴ　９蛋白与ＳＥＰＴ　２和ＳＥＰＴ　７蛋白互作［２２］，可能参与了细胞骨架的组装完成；ＳＥＰＴ　２、６和７之间存在相互作用［２３］，也有研究［２４］表明，该ＳＥＰＴ９与ＡＨＮＡＫ，ｅＩＦ４Ｅ和Ｓ１００Ａ１１基因共同在伪足突起、癌症细胞的迁移和侵袭中表现出很重要的作用．然而，关于蛋白的三级结构信息以及基于三级结构的活性位点信息尚未见报道，因此本研究基于ＳＥＰＴ　９蛋白突变剪接体（ＡＡＨ５４００４．１）氨基酸序列，利用生物信息学方法预测其二级结构、模体类别和数量，并利用同源建模方法模建了该蛋白质的空间结构，分析和平估了模建的质量，最后预测了该蛋白的活性位点信息，为治疗该基因突变引起的人类疾病进行药物设计奠定理论基础．１　材料和方法１．１　序列来源在美国国立信息技术中心ＮＣＢＩ数据库中查询下载人ＳＥＰＴ　９蛋白序列，序列获取号为ＡＡＨ５４００４．１，由美国国立卫生研究院、哺乳动物基因中心、国家癌症研究院对人眼部癌变组织的测序项目提供［２５］，该蛋白由４２２个氨基酸组成，定位在人体第１７号人色体上（１７ｑ２５．２－ｑ２５．３），与卵巢癌、遗传性神经痛、肌萎缩、白血病等多种人体病症相关．收稿日期：２０１３－１１－２６基金项目：河南省教育厅项目（１４Ｂ２１００２２）；河南省高校博士科研启动经费（ＺＫＳＹＢＳＣＸ２０１１１０）作者简介：王俊生（１９７０－），男，陕西蒲城人，周口师范学院副教授，博士，主要从事生物信息数据挖掘研究．１．２　二级结构和蛋白质模体预测利用ＮＰＳ（Ｎｅｔｗｏｒｋ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ，ｈｔｔｐ：／／ｎｐｓａ－ｐｂｉｌ．ｉｂｃｐ．ｆｒ）提供的Ｐｒｏｓｃａｎ，对人ＳＥＰＴ９蛋白序列进行模体预测；使用在线网站Ｅｘｐａｓｙ的Ｃｏｉｌｓ程序预测卷曲螺旋区域，用Ｍｕｌｔｉｃｏｉｌ程序预测二聚体和三聚体．１．３　模建、蛋白质表面静电构象和模建结果评价分析方法利用ＣＰＨｍｏｄｅｌｓ　３．２在线服务器（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＣＰＨｍｏｄｅｌｓ／）对人ＳＥＰＴ　９蛋白序列（ｇｂ｜ＡＡＨ５４００４．１）进行同源建模，获取其三级结构信息，并且用Ｒａｓｍｏｌ视图软件可视化．模建结果检测评价采用ＮＩＨ　ＭＢＩ实验室提供的结构基因组学和蛋白质确证分析服务器（ｈｔｔｐ：／／ｎｉｈ－ｓｅｒｖｅｒ．ｍｂｉ．ｕｃｌａ．ｅｄｕ／ＳＡＶＥＳ／）中提供的不同软件，从拉氏散点图、３Ｄ－１Ｄ符合度两方面进行评价．蛋白质表面静电构象通过计算ＳＥＰＴ　９蛋白（ＡＡＨ５４００４．１）各氨基酸残基的静电，使用软件Ｓｗｉｓｓ－ＰｄｂＶｉｅｗｅｒ４．０．１模建蛋白质表面静电构象．１．４　蛋白质活性位点分析活性位点分析采用在线软件Ｑ－ＳｉｔｅＦｉｎｄｅｒ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ．ｌｅｅｄｓ．ａｃ．ｕｋ／ｑｓｉｔｅｆｉｎｄｅｒ／）［２６］．均采用软件默认设置参数．２　结果与分析２．１　人ＳＥＰＴ９蛋白的二级结构预测利用ＳＰＯＭＡ在线软件对人ＳＥＰＴ　９蛋白二级结构预测结果表明（如图４），该蛋白质序列中α螺旋占２９．６２％，β－延伸链占１２．３２％，β转角占３．３２％，无规则卷曲占５４．７４％，而利用ＧＯＲ４软件对该蛋白二级结构预测表明，该蛋白质序列中α螺旋占３４．３６％，延伸链占１５．６４％，无规则卷曲占５０．００％，无β转角．与ＳＯＰＭＡ软件预测结果基本一致．从ＳＯＰＭＡ预测的β转角结构来看，所有６个β转角结构均不超过４个氨基酸残基（５个由２个残基构成，１个由３个残基构成），因此该蛋白的二级结构中β转角不会形成环（Ｌｏｏｐ）结构．２．２　人ＳＥＰＴ９蛋白的特殊卷曲螺旋预测对人ＳＥＰＴ　９蛋白二级结构卷曲螺旋区域进行预测，结果（图２－Ａ）表明，在蛋白质序列上分布着几段可能的卷曲螺旋区域，其中２１５－２４２区段形成卷曲螺旋的可能性较大，但预测得分没有超过０．４，其他区段得分更小．使用在线网站Ｅｘｐａｓｙ的Ｍｕｌｔｉｃｏｉｌ程序预测该蛋白质的二聚体、三聚体卷曲螺旋（使用ＰａｉｒＣｏｉｌ算法），蓝线表示二聚体卷曲螺旋预测分值，红线表示三聚体卷曲螺旋预测分值，预测的分值皆为０．因此，该蛋白质难以形成稳定二聚体、三聚体卷曲螺旋（图２－Ｂ）．２．３　人ＳＥＰＴ９蛋白的模体预测对人ＳＥＰＴ　９蛋白序列进行模体预测，结果（表１）表明，该蛋白包含１个Ｎ－糖基化位点、１个ｃＡＭＰ－和８０１河南师范大学学报（自然科学版） ２０１４年ｃＧＭＰ依赖的蛋白激酶磷酸化位点、４个蛋白激酶Ｃ磷酸化位点、９个酪蛋白激酶ＩＩ磷酸化位点、１个酪氨酸激酶磷酸化位点、１个Ｎ段肉豆蔻酰基化位点、２个酰胺化位点、１个ＡＴＰ／ＧＴＰ结合位点，模体类型和氨基酸位置详细信息见下表．表１　人ＳＥＰＴ　９蛋白的模体预测模体名称序列号模式类型氨基酸序列随机概率Ｎ－糖基化位点ＰＳ００００１Ｎ－｛Ｐ｝－［ＳＴ］－｛Ｐ｝３６３－３６６：ＮＴＴＨ　５．１３８ｅ－０３依赖ｃＡＭＰ和ｃＧＭＰ的蛋白激酶磷酸化位点ＰＳ００００４［ＲＫ］（２）－ｘ－［ＳＴ］２６７－２７０：ＫＲＬＳ　１．５７２ｅ－０３蛋白激酶Ｃ磷酸化位点ＰＳ００００５［ＳＴ］－ｘ－［ＲＫ］７１到７３：ＴＰＲ；９１到９３：ＴＰＲ；１６０到１６２：ＳＲＫ；２５７到２５９：ＳＬＲ１．４２３ｅ－０２酪蛋白激酶ＩＩ磷酸化位点ＰＳ００００６［ＳＴ］－ｘ（２）－［ＤＥ］５７到６０：ＳＲＬＥ；９１到９４：ＴＰＲＤ；１０３到１０６ＳＲＮＥ；１１９到１２２：ＳＩＬＥ；１６７到１７０：ＴＳＥＥ；１９５到１９８：ＴＶＩＤ；２８６到２８９：ＴＬＥＥ；３３８到３４１：ＳＤＨＥ；３６５到３６８：ＴＨＣＥ１．４８２ｅ－０２酪氨酸激酶磷酸化位点ＰＳ００００７［ＲＫ］－ｘ（２，３）－［ＤＥ］－ｘ（２，３）－ｙ１０７到１１４：ＫＡＰＶＤＦＧ４．０７４ｅ－０４４．０８３ｅ－０４Ｎ－肉豆蔻酰基化位点ＰＳ００００８Ｇ－｛ＥＤＲＫＨＰＦＹＷ｝－ｘ（２）－［ＳＴＡＧＣＮ］｛Ｐ｝１４４到１４９：ＧＬＧＫＳ　１．３９７ｅ－０２酰胺化位点ＰＳ００００９ｘ－Ｇ－［ＲＫ］－［ＲＫ］３４５到３４８：ＮＧＫＲ；３５０到３５３：ＬＧＲＫＶ８．６３６ｅ－０４ＡＴＰ／ＧＴＰ结合位点ＰＳ０００１７［ＡＧ］－ｘ（４）－Ｇ－Ｋ－［ＳＴ］１４１到１４８：ＧＱＳＧＬＧＫＳ　７．７８１ｅ－０５２．４　利用ＣＨＰ同源建模法的建模结果与评价以人Ｓｅｐｔｉｎ　３蛋白的ＧＴＰａｓｅ域的三维结构（序列号为３ＳＯＰ．Ｂ，与待建模序列相似性为６９．６％，显著性水平为１ｅ－１０６，模板长度２７０个残基，覆盖待建模板的６３．７％）为模板，利用ＣＰＨｍｏｄｅｌｓ同源建模法进行建模，结果（见图３－Ａ）表明，人ＳＥＰＴ９蛋白三级结构中α－螺旋、Ｂ－折叠、Ｂ－转角，无规则卷曲（白色）结构清晰可见，由７段α－螺旋和２组β－折叠构成，其中１组平行β－折叠片层结构由６个β折叠单链组成，位于蛋白质内部，另一组β－折叠片层结构由３个较小的β折叠单链组成，靠近蛋白质外部，无规则卷曲（包括β－转角）起着连接α－螺旋或β－折叠的作用．因此该蛋白是一个典型的α／β类蛋白．利用Ｗｈａｔ＿ｃｈｅｃｋ程序获得模建结果的拉氏图（Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎ　ｐｌｏｔ）（图３－Ｂ），结果表明，拉氏图中最合理区（图３Ｂ中的Ａ，Ｂ，Ｌ区）和一般允许区（图３Ｂ中ａ，ｂ，ｐ）以及免强允许区（图３Ｂ中－ａ，－ｂ和－ｐ区）的残基数占比分别为８７．８％、１１．４％和０％，不允许区（白色区）为０．８％，在允许区内总计占９９．２％，因此，模建结果比较理想；进一步利用ｖｅｒｆｙ３Ｄ－１Ｄ软件检测模建结果的原子结构（３Ｄ）与序列（１Ｄ）的符合度，结果９０１第２期 王俊生，等：人ＳＥＰＴ　９蛋白同源建模和活性位点分析（图４）表明，最大得分０．６８，最小得分－０．０３，并且平均得分大于０．２的残基数占建模总残基数（２７０个氨基酸位置，包含一个空位）的８４．７％，出于可接受的水平．因此，利用ＣＨＰｍｏｄｅｌ同源建模法获得的人ＳＥＰＴ　９蛋白的三级结构符合蛋白质立体化学品质规则．２．５　人ＳＥＰＴ９蛋白表面电位预测通过计算ＳＥＰＴ　９蛋白（ＡＡＨ５４００４．１）各氨基酸残基的静电，使用软件Ｓｗｉｓｓ－ＰｄｂＶｉｅｗｅｒ４．０．１模建蛋白质表面静电构象（图５），正电势与负电势共存于蛋白质表面，其中表面正电集团成族分布，占据较多的位置，表面整体呈正弱电势，其中负电势的残基成较小的簇状分布，负电残基分布在１６９、１７０、１７７、１８４、１８６、１８７、１９８、２０４、２０９、２２１、２２４、２２９－２３０、２４１、２６２、２６４、２８３、２８８－２８９、３００、３０７、３１３、３１５－３１７、３１９－３２０、３２５、３２９、３３９、３４１、３６０、３６２、３６８、３７４、３８６和３９４位；其中２８８～２８９位的Ｇｌｕ呈较强负电势分布在表面，３００、３０７、３１５、３１７和３２０位的Ａｓｐ以及３１，３１６，３１９位的Ｇｌｕ形成一个较大的负电集团，也分布在蛋白质表面，这些部位可能会影响到分子间的识别和结合，其余负电散布在蛋白质内部．蛋白内部正负电荷分布相对较均匀，整体偏中性．２．６　活性位点分析活性位点是指蛋白质立体结构中形成的能够结合配基的活性腔（口袋），利用Ｑ－ＳｉｔｅＦｉｎｄｅｒ软件对人ＳＥＰＴ　９蛋白的配基结合位点进行预测，结果（图６）表明，该蛋白总体积为２．６６６　３Ｅ－２６ｍ３，含有１０个可能的配基结合位点，大多数靠近蛋白质结构表面；各位点空腔体积（见表２）有明显差异，体积最大的位点１和最小的位点９的体积分别为２．１６和１．２６Ｅ－２８ｍ３．表２表明，组成各配基结合位点的氨基酸残基种类和数目具有较明显差异，可能影响了不同位点的空腔大小．０１１河南师范大学学报（自然科学版） ２０１４年表２　人ＳＥＰＴ９蛋白配基结合位点信息活性位点序号位点体积／（１Ｅ－３０ｍ３）活性位点氨基酸残基及其位置编号１　２１６Ｓｅｒ１４８，Ｉｌｅ１５１，Ａｓｎ１５２，Ｓｅｒ１６８，Ｉｌｅ１７２，Ｐｒｏ１７３，Ｌｙｓ１７４，Ｔｈｒ１７５，Ｉｌｅ１７６，Ｇｌｕ１７７，Ｉｌｅ１７８，Ｌｙｓ１７９，Ｉｌｅ１８１，Ａｓｐ１９８２　２００Ｔｙｒ３０９，ｐｒｏ３１０，Ｇｌｎ３１１，ｐｈｅ３１４，Ａｓｐ３１５，Ａｓｐ３２０，Ａｓｎ３２４，Ａｓｎ３８３，Ａｓｐ３８６，Ｉｌｅ３８７，Ｓｅｒ３９０，Ｉｌｅ３９１３　１６３Ｓｅｒ１４３，Ｇｌｙ１４４，Ｌｅｕ１４５，Ｇｌｙ１４６，Ｌｙｓ１４７，Ｓｅｒ１４８，Ｔｈｒ１４９，Ｉｌｅ１７２，ｐｒｏ１７３，Ｌｙｓ１７４，ｔｈｒ１７５，４　２００Ａｓｎ１５２，Ｌｙｓ１５６，ｌｙｓ１６２，ｐｒｏ１６６，Ｔｈｒ１６７，Ｓｅｒ１６８，Ｇｌｕ１６９，Ｇｌｕ１７０，Ａｓｐ３３９，Ｈｉｓ３４０，Ｇｌｕ３４１，５　１５２Ｔｈｅ２９８，Ｌｅｕ３０１，Ｌ　ｅｕ３０２，Ｉｌｅ３０６，Ａｓｐ３０７，Ｖａｌ３０８，Ｐｒｏ３１０，Ｇｌｎ３１１，Ｌｙｓ３１２，Ａｒｇ３２８，Ｉｌｅ３３１６　１７０Ｍｅｔ２６６，Ｌｙｓ２６７，Ａｒｇ２６８，Ｓｅｒ２７０，Ｌｙｓ２７１，Ｖａｌ２７２，Ａｓｎ３０４，Ｇｌｙ３０６，Ｉｌｅ３０７，Ａｓｐ３１１，Ｇｌｎ３１３，Ｐｈｅ３１４，Ｉｌｅ３８７，Ｉｌｅ３９１，Ｈｉｓ３９２７　１３４Ｇｌｎ２２８，ＧＬｕ２２９，Ｇｌｕ２３０，Ｖａｌ２３１，Ａｓｎ２３２，Ｉｌｅ２３３，Ａｓｎ２３４，Ｌｙｓ２３６，Ｉｌｅ２３９，Ｐｒｏ２４０８　１５３Ｇｌｕ１３４，Ａｓｎ１３６，Ｓｅｒ１８０，Ｔｈｒ１８２，Ｌｙｓ１９３，Ｔｈｒ１９５，Ｉｌｅ１９７，Ｐｈｅ２１８，Ｇｌｎ２２２，Ａｓｐ２４１，Ｔｈｒ２４２，Ａｒｇ２４３，Ｖａｌ２４４９　１２６Ａｓｎ２２０，Ｔｙｒ２２３，Ｌｙｓ２７１，Ｖａｌ２７２，Ｖａｌ２７３，Ｉｌｅ３９１，Ｈｉｓ３９２，Ｐｈｅ３９３，Ａｌａ３９５，Ｔｙｒ３９６，Ｌｙｓ３９９１０　１３３Ｉｌｅ１７８，Ｔｈｒ１９９，Ｐｒｏ２００，Ｇｌｙ２０１，Ｐｈｅ２０２，Ｇｌｙ２０３，Ｈｉｓ２０５，Ｃｙｓ２１１，Ｐｒｏ２１４，Ｉｌｅ２１５注：人ＳＥＰＴ　９蛋白体积为２．６６６３Ｅ－２．６ｍ３３　讨论和结论本研究预测了人ＳＥＰＴ　９蛋白的二级结构，并以人ＳＥＰＴ　３蛋白结构为模板，采用同源建模方法首次获得了人ＳＥＰＴ　９蛋白的三维结构，模建的原子空间分布质量经拉氏图检验，蛋白质主链上大多数氨基酸的Φ角和Ψ角分布在合理的区域，并且原子空间结构（３Ｄ结构）和氨基酸序列（１Ｄ结构）的兼容性或适配性较好．通过对模建的三级结构可视化，清晰地表明，该蛋白具有７段α－螺旋和２组β－折叠结构，其中１组平行β－折叠片层结构由６个β折叠单链组成，位于蛋白质内部，另一组β－折叠片层结构由３个较小的β折叠单链组成，靠近蛋白质外部，无规则卷曲（包括β－转角）起着连接α－螺旋或β－折叠的作用，这是一个典型的α／β类蛋白；计算其表面电荷分布，表明该蛋白质表面呈弱正电势分布，有２个相对集中的负电集团，内部正负电荷分１１１第２期 王俊生，等：人ＳＥＰＴ　９蛋白同源建模和活性位点分析布较均匀．Ｑ－ＳｉｔｅＦｉｎｄｅｒ通过聚类蛋白质表面上范德华力（甲基）探针有利的区域来定位配体，该算法使用一个精度为基础的阈值来验证成功与否，精度定义为与配体距离１．６埃以内的探针在一个集群内的百分比，并且以２５％的精确度阈值来定义一个成功的预测［２６］．该算法已被证明在前３名有正确预测的情况下，对于Ｎｉｓｓｉｎｋ等描述的ＧＯＬＤ对接测试集（１３４个蛋白质－配体复合体）取得了９０％的成功预测［２７］．Ｑ　ＳｉｔｅＦｉｎｄｅｒ预测的第一个位点作为结合位点平均准确率达到了６８％［２６］．本研究预测获得了人ＳＥＰＴ　９蛋白可能的配基结合位点有１０个，空腔体积大小不等，而这些位点体积大小与实际可能结合的配基体积大小差异较小，并具有较高的精确性，这一点在后续的分子对接、从头药物设计或结构鉴定或功能位点比较等研究中具有非常重要的作用［２５］．另外我们也利用基于口袋侦测算法的ＣＡＳＴｐ软件（ｈｔｔｐ：／／ｓｔｓ．ｂｉｏｅｎｇｒ．ｕｉｃ．ｅｄｕ／ｃａｓｔｐ／ｖｉｅｗ／ｖｉｅｗｅｒ．ｐｈｐ）对该蛋白的配基结合位点进行了预测，结果预测的结合位点中口袋体积最大的位点１与Ｑ　ＳｉｔｅＦｉｎｄｅｒ预测的位点１在氨基酸组成上仅２个氨基酸差异，即多了Ｔｈｒ１６７，但缺少了Ｉｌｅ１７８，基本可以肯定两者是同一个活性位点．在一般情况下，利用ＣＡＳＴｐ进行配基结合位点预测，有７４％的蛋白配基结合位点被确定位于最大的口袋［２８］，因此基于两种不同算法获得较为一致的预测结果，可以推测位点１应该是ＳＥＰＴ　９蛋白的真正活性位点，可以考虑把活性位点１作为后续研究重点，用于理论药物设计研究．当然其他配基结合位点能否成为真正的活性位点还需要通过其他技术方法进行进一步的研究．以上研究结果为进一步研究人ＳＥＰＴ　９蛋白结构与功能关系提供了理论依据，同时也为设计新型的人ＳＥＰＴ　９蛋白结构制剂，寻找神经性退行病、癌症和肿瘤缓解药物奠定了基础．参　考　文　献［１］　Ａｄａｍ　Ｊ　Ｃ，Ｐｒｉｎｇｌｅ　Ｊ　Ｒ，Ｐｅｉｆｅｒ　Ｍ．Ｅｖｉｄｅｎｃｅ　ｆｏｒ　ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ　ａｍｏｎｇ　ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ　ｓｅｐｔｉｎｓ　ｉｎ　ｃｙｔｏｋｉｎｅｓｉｓ　ａｎｄ　ｃｅｌｌｕｌａｒｉｚａｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｃｅｌｌ（Ｐｒｉｎｔ），２０００，１１（９）：３１２３－３１３５．［２］　Ｓｈａｒｏｎ　Ａ，Ｗａｎｇ　Ｒ，Ｍａｔｚｋｉｎ　Ｈ，ｅｔ　ａｌ．Ｍｓｆ－ａ　ｉｎｔｅｒａｃｔｓ　ｗｉｔｈ　ｈｙｐｏｘｉａ－ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ　ｆａｃｔｏｒ－１ａｎｄ　ａｕｇｍｅｎｔｓ　ｈｙｐｏｘｉａ－ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ　ｆａｃｔｏｒ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐ－ｔｉｏｎａｌ　ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ　ｔｏ　ａｆｆｅｃｔ　ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｉｃｉｔｙ　ａｎｄ　ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ［Ｊ］．Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００６（６６）：８５６－８６６．［３］　Ｂａｒｒａｌ　Ｙ，Ｍｅｒｍａｌｌ　Ｖ，Ｍｏｏｓｅｋｅｒ　Ｍ　Ｓ，ｅｔ　ａｌ．Ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔａｌｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｃｅｌｌ　ｃｏｒｔｅｘ　ｂｙ　ｓｅｐｔｉｎｓ　ｉｓ　ｒｅｑｕｉｒｅｄ　ｆｏｒ　ｍａｉｎｔｅｎａｎｃｅ　ｏｆ　ｃｅｌｌ　ｐｏｌａｒｉｔｙｉｎ　ｙｅａｓｔ［Ｊ］．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｅｌｌ，２０００，５（５）：８４１－８５１．［４］　Ｂｅｉｔｅｓ　Ｃ　Ｌ，Ｘｉｅ　Ｈ，Ｂｏｗｓｅｒ　Ｒ，ｅｔ　ａｌ．Ｔｈｅ　ｓｅｐｔｉｎ　ＣＤＣｒｅｌ－１ｂｉｎｄｓ　ｓｙｎｔａｘｉｎ　ａｎｄ　ｉｎｈｉｂｉｔｓ　ｅｘｏｃｙｔｏｓｉｓ［Ｊ］．Ｎａｔｕｒｅ　Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９，２（５）：４３４－４３９．［５］　Ｂｅｒｌｉｎ　Ａ，Ｐａｏｌｅｔｔｉ　Ａ，Ｃｈａｎｇ　Ｆ．Ｍｉｄ２ｐ　ｓｔａｂｉｌｉｚｅｓ　ｓｅｐｔｉｎ　ｒｉｎｇｓ　ｄｕｒｉｎｇ　ｃｙｔｏｋｉｎｅｓｉｓ　ｉｎ　ｆｉｓｓｉｏｎ　ｙｅａｓｔ［Ｊ］．Ｔｈｅ　Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　ｃｅｌｌ　ｂｉｏｌｏｇｙ，２００３，１６０（７）：１０８３－１０９２．［６］　Ｂｏｕｒｎｅ　Ｈ　Ｒ，Ｓａｎｄｅｒｓ　Ｄ　Ａ，Ｍｃｃｏｒｍｉｃｋ　Ｆ．Ｔｈｅ　ＧＴＰａｓｅ　ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ：ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ａｎｄ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍｅｃｈａｎｉｓｍ［Ｊ］．Ｎａｔｕｒｅ，１９９１，３４９（６３０５）：１１７－１２７．［７］　Ｒｕｓｓｅｌｌ　Ｓ　Ｅ，Ｈａｌｌ　Ｐ　Ａ．Ｓｅｐｔｉｎ　ｇｅｎｏｍｉｃｓ：ａ　ｒｏａｄ　ｌｅｓｓ　ｔｒａｖｅｌｌｅｄ［Ｊ］．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２０１１，３９２（８／９）：７６３－７６７．［８］　Ｐｅｔｅｒｓｏｎ　Ｅ　Ａ，Ｐｅｔｔｙ　Ｅ　Ｍ．Ｃｏｎｑｕｅｒｉｎｇ　ｔｈｅ　ｃｏｍｐｌｅｘ　ｗｏｒｌｄ　ｏｆ　ｈｕｍａｎ　ｓｅｐｔｉｎｓ：ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ　ｆｏｒ　ｈｅａｌｔｈ　ａｎｄ　ｄｉｓｅａｓｅ［Ｊ］．Ｃｌｉｎｉｃａｌ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，２０１０，７７（６）：５１１－５２４．［９］　Ｃｏｎｎｏｌｌｙ　Ｄ，Ａｂｄｅｓｓｅｌａｍ　Ｉ，Ｖｅｒｄｉｅｒ－Ｐｉｎａｒｄ　Ｐ，ｅｔ　ａｌ．Ｓｅｐｔｉｎ　ｒｏｌｅｓ　ｉｎ　ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｅｓｉｓ［Ｊ］．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２０１１，３９２（８／９）：７２５－７３８．［１０］　Ｒｏｅｓｅｌｅｒ　Ｓ，Ｓａｎｄｒｏｃｋ　Ｋ，Ｂａｒｔｓｃｈ　Ｉ，ｅｔ　ａｌ．Ｓｅｐｔｉｎｓ，ａ　ｎｏｖｅｌ　ｇｒｏｕｐ　ｏｆ　ＧＴＰ－ｂｉｎｄｉｎｇ　ｐｒｏｔｅｉｎｓ：ｒｅｌｅｖａｎｃｅ　ｉｎ　ｈｅｍｏｓｔａｓｉｓ，ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ　ａｎｄｏｎｃｏｇｅｎｅｓｉｓ．［Ｊ］．Ｋｌｉｎｉｓｃｈｅ　Ｐａｅｄｉａｔｒｉｅ，２００９，２２１（３）：１５０－１５５．［１１］　Ｏｓａｋａ　Ｍ，Ｒｏｗｌｅｙ　Ｊ　Ｄ，Ｚｅｌｅｚｎｉｋ－ｌｅ　Ｎ　Ｊ．ＭＳＦ（ＭＬＬ　ｓｅｐｔｉｎ－ｌｉｋｅ　ｆｕｓｉｏｎ），ａ　ｆｕｓｉｏｎ　ｐａｒｔｎｅｒ　ｇｅｎｅ　ｏｆ　ＭＬＬ，ｉｎ　ａ　ｔｈｅｒａｐｙ－ｒｅｌａｔｅｄ　ａｃｕｔｅ　ｍｙｅ－ｌｏｉｄ　ｌｅｕｋｅｍｉａ　ｗｉｔｈ　ａｔ（１１；１７）（ｑ２３；ｑ２５）［Ｊ］．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１９９９，９６（１１）：６４２８－６４３３．［１２］　Ｋａｌｉｋｉｎ　Ｌ　Ｍ，Ｓｉｍｓ　Ｈ　Ｌ，Ｐｅｔｔｙ　Ｅ　Ｍ．Ｇｅｎｏｍｉｃ　ａｎｄ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ａｎａｌｙｓｅｓ　ｏｆ　ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｌｙ　ｓｐｌｉｃｅｄ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ＭＬＬ　ｓｅｐｔｉｎ－ｌｉｋｅ　ｆｕｓｉｏｎｇｅｎｅ（ＭＳＦ）ｔｈａｔ　ｍａｐ　ｔｏ　ａ　１７ｑ２５ｒｅｇｉｏｎ　ｏｆ　ｌｏｓｓ　ｉｎ　ｂｒｅａｓｔ　ａｎｄ　ｏｖａｒｉａｎ　ｔｕｍｏｒｓ［Ｊ］．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２０００，６３（２）：１６５－１７２．［１３］　Ｒｕｓｓｅｌｌ　Ｓ　Ｅ，Ｍｃｉｌｈａｔｔｏｎ　Ｍ　Ａ，Ｂｕｒｒｏｗｓ　Ｊ　Ｆ，ｅｔ　ａｌ．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｍａｐｐｉｎｇ　ｏｆ　ａ　ｈｕｍａｎ　ｓｅｐｔｉｎ　ｇｅｎｅ　ｔｏ　ａ　ｒｅｇｉｏｎ　ｏｎ　ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ　１７ｑ，ｃｏｍ－ｍｏｎｌｙ　ｄｅｌｅｔｅｄ　ｉｎ　ｓｐｏｒａｄｉｃ　ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ　ｏｖａｒｉａｎ　ｔｕｍｏｒｓ．［Ｊ］．Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０００，６０（１７）：４７２９－４７３４．［１４］　Ｓａｎｄｒｏｃｋ　Ｋ，Ｂａｒｔｓｃｈ　Ｉ，Ｂｌ ｓｅｒ　Ｓ，ｅｔ　ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｈｕｍａｎ　ｓｅｐｔｉｎ　ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ．［Ｊ］．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２０１１，３９２（８／９）：７５１－７６１．［１５］　Ｐｅｔｅｒｓｏｎ　Ｅ　Ａ，Ｋａｌｉｋｉｎ　Ｌ　Ｍ，Ｓｔｅｅｌｓ　Ｊ　Ｄ，ｅｔ　ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ａ　ｓｅｐｔ９ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ　ｐｒｏｔｅｉｎ，ｓｅｐｔ１４，ａ　ｎｏｖｅｌ　ｔｅｓｔｉｓ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ　ｓｅｐｔｉｎ［Ｊ］．Ｍａｍｍａｌｉａｎ　Ｇｅｎｏｍｅ，２００７，１８（１１）：７９６－８０７．２１１河南师范大学学报（自然科学版） ２０１４年［１６］　吕讷男．Ｓｅｐｔｉｎ－９和Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎ在卵巢上皮性癌患者外周血和肿瘤组织中的蛋白水平及其临床意义［Ｄ］．北京：北京协和医学院，２０１１．［１７］　Ｇｏｎｚａｌｅｚ　Ｍ　Ｅ，Ｐｅｔｅｒｓｏｎ　Ｅ　Ａ，Ｐｒｉｖｅｔｔｅ　Ｌ　Ｍ，ｅｔ　ａｌ．Ｈｉｇｈ　ＳＥＰＴ９＿ｖ１ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｉｎ　ｈｕｍａｎ　ｂｒｅａｓｔ　ｃａｎｃｅｒ　ｃｅｌｌｓ　ｉｓ　ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ　ｗｉｔｈ　ｏｎｃｏｇｅｎｉｃｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ．［Ｊ］．Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００７，６７（１８）：８５５４－８５６４．［１８］　Ｔóｔｈ　Ｋ，Ｇａｌａｍｂ　Ｏ，Ｓｐｉｓáｋ　Ｓ，ｅｔ　ａｌ．Ｔｈｅ　ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ　ｏｆ　ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ　ｓｅｐｔｉｎ　９ｇｅｎｅ　ｏｎ　ＲＮＡ　ａｎｄ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｌｅｖｅｌ　ｉｎ　ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ　ｃａｎｃｅｒ．［Ｊ］．Ｐａ－ｔｈｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　Ｏｎｃｏｌｏｇｙ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１１，１７（３）：５０３－９５０．［１９］　Ｓｔａｎｂｅｒｙ　Ｌ，Ｄ＇ｓｉｌｖａ　Ｎ　Ｊ，Ｌｅｅ　Ｊ　Ｓ，ｅｔ　ａｌ．Ｈｉｇｈ　ＳＥＰＴ９＿ｖ１ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｉｓ　ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ　ｗｉｔｈ　ｐｏｏｒ　ｃｌｉｎｉｃａｌ　ｏｕｔｃｏｍｅｓ　ｉｎ　ｈｅａｄ　ａｎｄ　ｎｅｃｋ　ｓｑｕａｍｏｕｓｃｅｌｌ　ｃａｒｃｉｎｏｍａ．［Ｊ］．Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ　ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２０１０，３（４）：２３９－２４５．［２０］　Ｂｅｎｎｅｔｔ　Ｋ　Ｌ，Ｒｏｍｉｇｈ　Ｔ，Ｅｎｇ　Ｃ．Ｄｉｓｒｕｐｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ　ｇｒｏｗｔｈ　ｆａｃｔｏｒ－ｂｅｔａ　ｓｉｇｎａｌｉｎｇ　ｂｙ　ｆｉｖｅ　ｆｒｅｑｕｅｎｔｌｙ　ｅｔｈｙｌａｔｅｄ　ｇｅｎｅｓ　ｌｅａｄｓ　ｔｏ　ｈｅａｄａｎｄ　ｎｅｃｋ　ｓｑｕａｍｏｕｓ　ｃｅｌｌ　ｃａｒｃｉｎｏｍａ　ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ．［Ｊ］．Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００９，６９（２４）：９３０１－９３０６．［２１］　Ｈａｎｎｉｂａｌ　Ｍ　Ｃ，Ｒｕｚｚｏ　Ｅ　Ｋ，Ｍｉｌｌｅｒ　Ｌ　Ｒ，ｅｔ　ａｌ．Ｓｅｐｔ９ｇｅｎｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｒｅｖｅａｌｓ　ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ　ｍｕｔａｔｉｏｎｓ　ｉｎ　ｈｅｒｅｄｉｔａｒｙ　ｎｅｕｒａｌｇｉｃ　ａｍｙｏｔ－ｒｏｐｈｙ［Ｊ］．Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００９，７２（２０）：１７５５－１７５９．［２２］　郭　佳．酿酒酵母轴向出芽地标蛋白Ｂｕｄ３ｐ与ｓｅｐｔｉｎ细胞骨架相互作用的研究［Ｄ］．武汉：武汉大学，２０１１．［２３］　Ｉｔｏ　Ｍ，Ｏｋｕｉ　Ｈ，Ｎａｋａｇａｗａ　Ｈ，ｅｔ　ａｌ．Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ　ａｎｄ　ｉｎｓｅｃｔｉｃｉｄａｌ　ａｃｔｉｖｉｔｙ　ｏｆ　ｎｏｖｅｌ　ｄｉｈｙｄｒｏｐｙｒｒｏｌｅ　ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ　ｗｉｔｈ　ｎ－ｓｕｌｆａｎｙｌ，ｓｕｌｆｉｎｙｌ，ａｎｄｓｕｌｆｏｎｙｌ　ｍｏｉｅｔｉｅｓ［Ｊ］．Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ　＆Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ　Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１１（４）：４８９－４９４．［２４］　Ｓｈａｎｋａｒ　Ｊ，Ｍｅｓｓｅｎｂｅｒｇ　Ａ，Ｃｈａｎ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．Ｐｓｅｕｄｏｐｏｄｉａｌ　ａｃｔｉｎ　ｄｙｎａｍｉｃｓ　ｃｏｎｔｒｏｌ　ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ－ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ　ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ　ｉｎ　ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ　ｃａｎｃｅｒｃｅｌｌｓ［Ｊ］．Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１０，７０（９）：３７８０－３７９０．［２５］　Ｓｔｒａｕｓｂｅｒｇ　Ｒ　Ｌ，Ｆｅｉｎｇｏｌｄ　Ｅ　Ａ，Ｇｒｏｕｓｅ　Ｌ　Ｈ，ｅｔ　ａｌ．Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｉｎｉｔｉａｌ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｍｏｒｅ　ｔｈａｎ　１５，０００ｆｕｌｌ－ｌｅｎｇｔｈ　ｈｕｍａｎ　ａｎｄ　ｍｏｕｓｅ　ｃＤ－ＮＡ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ［Ｊ］．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｕｎｉｔｅｄ　Ｓｔａｔｅｓ　ｏｆ　Ａｍｅｒｉｃａ，２００２，９９（２６）：１６８９９－１６９０３．［２６］　Ｌａｕｒｉｅ　Ａ　Ｔ，Ｊａｃｋｓｏｎ　Ｒ　Ｍ．Ｑ－ｓｉｔｅｆｉｎｄｅｒ：ａｎ　ｅｎｅｒｇｙ－ｂａｓｅｄ　ｍｅｔｈｏｄ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ　ｏｆ　ｐｒｏｔｅｉｎ－ｌｉｇａｎｄ　ｂｉｎｄｉｎｇ　ｓｉｔｅｓ［Ｊ］．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００５，９（２１）：１９０８－１９１６．［２７］　Ｎｉｓｓｉｎｋ　Ｊ　Ｗ，Ｍｕｒｒａｙ　Ｃ，Ｈａｒｔｓｈｏｒｎ　Ｍ，ｅｔ　ａｌ．Ａ　ｎｅｗ　ｔｅｓｔ　ｓｅｔ　ｆｏｒ　ｖａｌｉｄａｔｉｎｇ　ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｓ　ｏｆ　ｐｒｏｔｅｉｎ－ｌｉｇａｎｄ　ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，２００２，４９（４）：４５７－４７１．［２８］　Ｄｕｎｄａｓ　Ｊ，Ｏｕｙａｎｇ　Ｚ，Ｔｓｅｎｇ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．ＣＡＳＴｐ：ｃｏｍｐｕｔｅｄ　ａｔ　ａｓ　ｏｆ　ｓｕｒｆａｃｅ　ｔｏｐｏｇｒａｐｈｙ　ｏｆ　ｐｒｏｔｅｉｎｓ　ｗｉｔｈ　ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ　ａｎｄ　ｔｏｐｏｇｒａｐｈｉｃａｌ　ｍａｐ－ｐｉｎｇ　ｏｆ　ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｌｙ　ａｎｎｏｔａｔｅｄ　ｒｅｓｉｄｕｅｓ［Ｊ］．Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００６，３４：１１６－１１８．Ｈｏｍｏｌｏｇｙ　Ｍｏｄｅｌｉｎｇ　ｏｆ　Ｈｕｍａｎ　ＳＥＰＴ９　Ｐｒｏｔｅｉｎａｎｄ　Ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　Ｉｔｓ　Ａｃｔｉｖｅ　ＳｉｔｅＷＡＮＧ　Ｊｕｎｓｈｅｎｇ，ＲＵＡＮ　Ｘｉａｎｌｅ，ＦＡＮ　Ｘｉａｏｆａｎｇ，ＷＡＮＧ　Ｙｏｎｇｌｉ，ＣＨＥＮ　Ｌｏｎｇ（Ｃｏｌｌｅｇｅ　ｏｆ　Ｌｉｆｅ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ　ａｎｄ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，Ｚｈｏｕｋｏｕ　Ｎｏｒｍａｌ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｚｈｏｕｋｏｕ　４６６００１，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｏ　ｒｅｖｅａｌ　ｔｈｅ　ｆｕｎｃｔｉｏｎ　ｏｆ　ｈｕｍａｎ　ＳＥＰＴ　９ｐｒｏｔｅｉｎ　ｉｎ　ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ　ａｎｄ　ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ　ｐｒｏｃｅｓｓ　ｔｈｒｏｕｇｈ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｓｅ－ｑｕｅｎｃｅ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ　ａｎｄ　ｍｏｌｅｃｕｌｅ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｉｔｓ　ｓｅｃｏｎｄａｒｙ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｔｅｒｔｉａｒｙ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ　ａｎｄ　ｍｏｔｉｆ　ｗｅｒｅ　ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ　ｂｙ　ｏｎｌｉｎｅｗｅｂｓｉｔｅ．Ａｎｄ　ｔｈｅ　ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ　ｑｕａｌｉｔｙ　ｏｆ　ａｔｏｍｉｃ　ｍｏｄｅｌ（３Ｄ）ｗｅｒｅ　ａｓｓｅｓｓｅｄ　ｂｙ　Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎ　ｇｒａｐｈ　ａｎｄ　ｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ　ｔｅｓｔ　ｏｆ　３Ｄｖｓ１Ｄｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，ｔｈｅｎ　ｉｔｓ　ａｃｔｉｖｅ　ｓｉｔｅｓ　ｗｅｒｅ　ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ．Ｔｈｅ　ｒｅｓｕｌｔｓ　ｓｈｏｗｅｄ　ｔｈａｔ　ｔｈｅ　ｔｅｒｔｉａｒｙ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ　ｏｆ　ｈｕｍａｎ　ＳＥＰＴ　９ｐｒｏｔｅｉｎｗｉｔｈ　ｈｉｇｈｅｒ　ｑｕａｌｉｔｙ　ｗａｓ　ｏｂｔａｉｎｅｄ，ｉｔ　ｃｏｍｐｒｉｓｅｄ　ｓｅｖｅｎα－ｈｅｌｉｘ　ａｎｄ　ｔｗｏ　ｔｙｐｅｓ　ｏｆβ－ｅｘｔｅｎｄｅｄ　ｓｔｒａｎｄ，ｂｅｌｏｎｇｅｄ　ｔｏα／βｐｒｏｔｅｉｎ，ｔｈｅｓｕｒｆａｃｅ　ｉｎ　ｔｅｒｔｉａｒｙ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ａｐｐｅａｒｅｄ　ｗｅａｋ　ｐｏｓｉｔｉｖｅ　ｃｈａｒｇｅ．Ｅｉｇｈｔ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｍｏｔｉｆ　ｐａｔｔｅｒｓ　ｗｅｒｅ　ｆｏｕｎｄ　ｉｎ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ，ｗｈｉｃｈ　ｍｅａｎｓ　ｔｈａｔ　ｉｔ　ｍａｙ　ｂｅ　ｉｎｖｏｌｖｅｄ　ｉｎ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ　ｒｅａｃｔｉｏｎ　ｏｒ　ｐｅｒｆｏｒｍ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ．Ａｔ　ｌａｓｔ，１０ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｌｉｇ－ａｎｄ－ｂｉｎｇ　ｓｉｔｅｓ　ｉｎ　ｉｔｓ　ｔｅｒｔｉａｒｙ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ　ｗｅｒｅ　ｆｏｕｎｄ，ａｎｄ　ｔｈｅ　ｆｉｒｓｔ　ｏｎｅ　ｍａｙ　ｂｅ　ｉｔｓ　ｒｅａｌ　ａｃｔｉｖｅ　ｓｉｔｅ．Ｔｈｅ　ｒｅｓｕｌｔｓ　ｗｅｒｅ　ｖｅｒｙ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔｔｏ　ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄ　ｔｈｅ　ｆｕｎｃｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｔｏ　ｉｄｅｎｔｉｆｙ　ｔｈｅ　ｌｏｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｌｉｇａｎｄ－ｂｉｎｄｉｎｇ　ｓｉｔｅｓ　ｆｏｒ　ｈｕｍａｎ　ＳＥＰＴ　９ｐｒｏｔｅｉｎ，ａｎｄ　ａｌｓｏ　ｐｒｏｖｉｄｅｄ　ａｂａｓｉｃ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｆｏｒ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｄｏｃｋｉｎｇ　ａｎｄ　ｄｅ　ｎｏｖｏ　ｄｒｕｇ　ｄｅｓｉｇｎ．Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ：ｈｕｍａｎ　ｂｅｉｎｇ；ＳＥＰＴ　９ｐｒｏｔｅｉｎ；ｈｏｍｏｌｏｇｙ　ｍｏｄｅｌｉｎｇ；ａｃｔｉｖｅ　ｓｉｔｅ３１１第２期 王俊生，等：人ＳＥＰＴ　９蛋白同源建模和活性位点分析。

谷胱甘肽S转移酶的研究进展及其与肿瘤的相关性常彬霞;貌盼勇【摘要】Drug metabolism is one of the most important components in cell detoxification, and two enzymes, i.e. phase I drug metabolism enzyme and phase Ⅱ drug metabolism enzyme, are involved in the process- Glutathione-S-transferase (GST) is an important phase Ⅱ drug metabolic enzyme, which, together with phase I drug metabolic enzyme, may catalyze drugs to form high water-soluble products. Therefore, GST may counteract the lesions caused by endogenous and exogenous electrophilic substances, and play an important role in antitumorigenisis. The genes coding proteins that have GST activity constitute a super family, and distribute in at least 7 chromosomes. GST possesses many functions, and it is traditionally held that GST may counteract the lesions caused by endogenous and exogenous toxic compounds. Moreover, the over-expression of GST in tumor cells may mediate glutathione to bind on the substrates of anticancer drugs, accordingly leads to drug resistance of tumor.%药物代谢是细胞解毒机制的重要组成部分之一,其中主要涉及两种酶:Ⅰ和Ⅱ相药物代谢酶.谷胱甘肽S转移酶(GST)是一种重要的Ⅱ相药物代谢酶,可与Ⅰ相药物代谢酶一起催化药物形成高水溶性终产物.所以,GST能够抵御内源性和外源性亲电子物质的损害,并在抗肿瘤过程中发挥重要作用.编码GST的基因至少分布在7条染色体上,构成了一个超基因家族,编码具有GST活性的蛋白.GST有许多功能,传统观点认为,细胞中的GST可发挥防御内、外源性毒性化合物损害的作用.另外,GST在肿瘤细胞中高表达,可介导谷胱甘肽结合至大量抗癌药物底物上,导致肿瘤耐药的发生.【期刊名称】《解放军医学杂志》【年(卷),期】2012(037)008【总页数】5页(P838-842)【关键词】谷胱甘肽转移酶;抗药性,肿瘤【作者】常彬霞;貌盼勇【作者单位】100039 北京解放军302医院非感染肝病诊疗中心;100039 北京解放军302医院试验技术研究保障中心【正文语种】中文【中图分类】R730.1细胞解毒机制可对抗环境中多种有毒物质的侵害，亦能对抗一些内源性物质(如在正常代谢过程中产生的活性氧化产物)的侵害，对维护机体健康至关重要。

GSDM蛋白家族：调控焦亡参与疾病的进展吴珊;陈俊宇;陈莹莹;徐萍;赵本正;赵淑华;赵静霞【期刊名称】《中国实验诊断学》【年(卷),期】2018(022)009【总页数】4页(P1652-1655)【作者】吴珊;陈俊宇;陈莹莹;徐萍;赵本正;赵淑华;赵静霞【作者单位】吉林大学第二医院,吉林长春130041;吉林大学第二医院,吉林长春130041;吉林大学护理学院;吉林大学护理学院;吉林大学第二医院,吉林长春130041;吉林大学第二医院,吉林长春130041;吉林大学护理学院【正文语种】中文细胞焦亡是近年来发现的以促炎为特点的细胞程序性死亡，与多种疾病的发生、发展及预后相关。

GSDM蛋白家族包括6个成员，可通过多种途径被半胱氨酸蛋白酶caspase切割，暴露其具有活性的N端，后者在细胞膜表面形成孔道，引起细胞肿胀，从而诱导细胞焦亡，最终参与炎症反应、恶性肿瘤及神经系统疾病的发生及发展，并对恶性肿瘤的治疗及预后产生影响。

此外，GSDM家族蛋白的单核苷酸多态性(SNP)还参与多种免疫性疾病的发生。

1 介绍人GSDM蛋白是一类具有Gasdermin结构域的蛋白家族，包括GSDMA、GSDMB、GSDMC、GSDMD、GSDME(又称DFNA5)及DFNB59共6个家族成员，之间具有45%的序列同源性[1]，与多种疾病(如耳聋、脱发、肿瘤、免疫性疾病、神经系统疾病等)的发生发展密切相关。

GSDMA及GSDMB位于人第17号染色体，主要表达于胃肠道细胞，与哮喘及炎症性肠病等免疫性疾病有关。

GSDMC及GSDMD位于人第8号染色体，其中GSDMC主要表达于胃、食管及脾脏，与肿瘤的发生发展密切相关；GSDMD主要介导细胞焦亡，参与炎症反应，可能是一种抑癌基因。

GSDME位于人第7号染色体，DFNB59位于人第2号染色体，分别为常染色体显性及隐性遗传基因，均在心、脑和肾脏表达，并与听力丧失有关。

此外，GSDME可介导肿瘤细胞焦亡，参与化疗药物的耐药及不良反应。

人LDHB的原核表达及体外抑制剂筛选模型的建立吴珊;刘洁;金科华【摘要】目的建立人乳酸脱氢酶B(LDHB)体外抑制剂筛选模型. 方法用一对5′端分别带NdeⅠ、XhoⅠ位点的引物扩增LDHB cDNA.LDHB cDNA经NdeⅠ+XhoⅠ双酶切后与同样酶切的pET-28a质粒连接,连接产物转化大肠杆菌DH5α.将筛选的重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),用0. 2 mmol/L IPTG诱导LDHB表达,镍离子亲和层析柱纯化LDHB.以丙酮酸钠和NADH为底物,通过检测340 nm波长处光密度值的变化,确定LDHB及其抑制剂棉酚的最适浓度,并计算模型的Z因子.结果 LDHB的表达量为25 mg/L,LDHB、棉酚的最适浓度分别为22.5 μg/L、10 μmol/L,筛选模型的Z因子为0. 91. 结论建立了成本低、可靠性强、适合高通量的LDHB体外抑制剂筛选模型.%Objective To establish an in vitro inhibitor screening model of human lactate dehydrogenase B(LDHB). Methods LDHB cDNA was amplified by a pair of primers,flanked with Nde Ⅰ and Xho Ⅰ restriction enzymes sites at the 5′ end,respectively. LDHB cDNA and pET-28a plasmids were codigested by Nde Ⅰ and Xho Ⅰ,and then ligated. The ligation mixture was transformed into E. coli DH5α. Recombinant plasmid pET-28a-LDHB was screened and transformed into E. coli BL21(DE3),0. 2 mmol/L IPTG was used to induce the expression of LDHB,and fusion protein LDHB was purified by Ni2+affinity column. NADH and pyruvate sodium were used as substrates of LDHB. LDHB enzymatic activity was determined by the change of OD340 nmof NADH. The model was opti-mized to apply the best working condition of LDHB and gossypol(LDHB inhibitor). Results LDHB was expressed in BL21(DE3) withthe yield of 25 m g/L. The optimal LDHB concentration was 22. 5 μg/L. The Z score was 0. 91 using 10 μmol/L gossypol as posi-tive control. Conclusion This assay is reliable,cost-effective and suitable for high-throughput screening of LDHB inhibitor.【期刊名称】《山西医科大学学报》【年(卷),期】2018(049)006【总页数】5页(P591-595)【关键词】乳酸脱氢酶B;抑制剂;筛选模型;体外实验【作者】吴珊;刘洁;金科华【作者单位】湖北科技学院医药研究院,咸宁 437100;湖北省咸宁市妇幼保健院妇产科;湖北科技学院护理学院;湖北科技学院医药研究院,咸宁 437100【正文语种】中文【中图分类】Q554.5糖酵解产生ATP的效率远低于氧化磷酸化,但肿瘤细胞高表达葡萄糖转运体和糖酵解酶,摄取大量的葡萄糖,加速糖酵解,仍产生大量ATP;糖酵解的中间产物为肿瘤细胞的蛋白质、核酸和脂质的合成提供大量前体物质[1-3]。

动物医学进展,021,2()110115Progress in Veterinary Medicine通过自噬调控细胞衰老的研究进展薛嘉12,谢晓刚13,康健1，盘婕1，权富生1*(1.西北农林科技大学动物医学院/农业部动物生物技术重点实验室，陕西杨凌712100；2.陕西省动物疫病预防控制中心，陕西西安710000；.杨凌职业技术学院动物工程分院，陕西杨凌712100)摘要：自噬是真核细胞清除细胞内聚物及受损细胞器，进而维持细胞内稳态的一种自我保护机制。

近年来的研究表明，自噬在细胞衰老的发生发展过程中扮演着重要角色。

论文概述了细胞衰老的相关研究，如端粒变化、DNA甲基化改变、自噬等，细胞自噬的发展及形成过程，并进一步描述了自噬对细胞衰老的影响，细胞衰老与自噬共同调控通路中关键蛋白mTOR、SIRT1、p53的作用机制，以及通过雷帕霉素、白藜芦醇、亚精胺药物调控细胞自噬水平等方面的研究，以期为延缓细胞衰老相关研究提供参考。

关键词：自噬；细胞衰老；雷帕霉素；白藜芦醇；亚精胺中图分类号:S852.23文献标识码:A 文章编号：1007-5038(2021)01-0110-06细胞衰老是指细胞在执行生命活动过程中，随着时间的推移，细胞增殖与分化的能力和生理功能逐渐发生衰退的变化过程。

细胞衰老被视为细胞处于永久性的生长停滞状态，不能重新进入细胞周期。

自噬(autophagy)是细胞内受损物质的清除机制之一，能够维持细胞代谢平衡，并参与细胞衰老相关的各种生理病理过程。

随着自噬相关研究的深入，越来越多的证据表明自噬在延缓细胞衰老方面发挥重要作用。

通过改善细胞自噬水平，从而延缓细胞衰老已成为一个热点科学问题，受到各国学者的高度重视，对细胞遗传资源保护以及改善与衰老相关疾病都具有重要意义。

1细胞衰老相关研究细胞衰老是细胞生长发育的必然过程。

细胞衰老后形态变大，增殖能力减弱，细胞周期停滞，清除能力降低，代谢物过度积累。