向日葵分枝和株高性状的关联分析定位研究_刘胜利
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网络出版时间:2016-11-29 17:36:44网络出版地址:/kcms/detail/46.1071.G4.20161129.1736.011.html向日葵分枝和株高性状的关联分析定位研究1刘胜利1,段维3,王鹏1,柳延涛1,王沛政2(1. 新疆农垦科学院,新疆石河子832000; 2.海南热带海洋学院,海南三亚572022;3. 新疆康地种业科技股份有限公司,乌鲁木齐830011)摘要:经过structure软件分析,128份向日葵自交系材料基因型依据△K的变化,可分为2大类群.标记间的连锁不平衡分析显示,SSR标记间的r2值范围在0-1之间,平均为0.02;在选用D′来计算标记位点间的连锁不平衡时, 25%的成对位点组合标记中存在较高水平的连锁不平衡(D′>0.4).关联分析定位到8个标记位点与向日葵分枝性状相关联,其中有6个位点p<0.001,分别是ORS679、ORS 227-1、ORS16、 ORS22、 ORS33和ORS38;解释表型变异8%-16%不等,2个标记位点p<0.01,分别是标记ORS803和ORS 227-2;在株高性状中,定位到3个位点与其显著关联(p<0.01),分别是ORS679,ORS9、ORS22,解释表型变异4%-6%不等.该研究成果将会为今后利用分子标记技术在向日葵新品种选育方法上提供支持.关键词:向日葵;群体结构; 关联分析中图分类号:S565.5 文献标识码:A0 引言向日葵(Helianthus annuus L.)是特别适合于我国西北部干旱地区种植,具有耐盐碱、耐瘠薄、抗旱、适应性强的农作物[1].油用向日葵籽实含油率较高,亚油酸含量在60%以上,目前为世界第4大油料作物[2] .当前国内向日葵品种与国外品种综合农艺性状相比还有一定差距,主要原因是当前我国向日葵品种科研育种基础研究还比较薄弱 [3].我国向日葵育种主要采用常规育种,向日葵常规育种方法存在着盲目性大、周期长、效率低的问题,尤其当对多基因控制的数量性状进行育种时,容易导致偏离预期的育种目标.近几年,分子标记技术已发展成为提高向日葵育种工作效率的强有力武器,成为当前向日葵生物学研究的热点.向日葵的分枝农艺性状是在向日葵生长初期,由向日葵叶腋处的腋芽萌发,形成分枝.向日葵多头分枝性状主要由单显性基因控制、单隐性基因控制和双隐性基因控制,在不同材料中,多头分枝性状可能受到不同基因的调控 [4].向日葵株高主要是基因加性遗传效应控制,也受非加性效应影响,属于较复杂的数量性状遗传,受多基因调控外,环境条件一定程度影响遗传表达 [5-7].在向日葵多头和分枝定位研究方面,文献8]报道了利用RFLP标记,在F2群体中将向日葵多头基因b1定位在LG 7上.文献[9]却利用了重组自交系群体将向日葵多头基因定位于两个SSR标记(ORS1088,ORS930)之间.文献[10]则利用F2群体将多头基因定位在标记TBR11-107和TBR4-720/TBRB-555 之间.文献[11]指出了向日葵矮化突变基因由半显性等位基因Rht1所控制,并将其定位到连锁群12上.收稿日期:2016-09-15基金项目:兵团科技援疆项目(2014AB007):三亚市院地科技合作项目(2013YD41)1第一作者: 刘胜利(1967-),男,山东宁津人, 新疆农垦科学院研究员,主要从事向日葵新品种选育与栽培推广工作.通信作者:王沛政(1972-),男,陕西长安人,海南热带海洋学院副教授,博士,研究方向分子遗传育种.综上所述,以上向日葵分枝和株高性状的基因定位研究均使用单一亲本的杂交分离群体,研究所用标记也不尽相同,缺乏对向日葵整个群体资源材料进行数量性状的筛选定位研究,因此研究所得出的结果有较大的局限性.由于不同研究者使用的分子标记不同,所得的研究结论在不同实验室间也较难进行比较,限制了其在向日葵育种中的有效应用.利用关联分析方法进行数量性状基因定位研究周期短、分辨率高,可以同时对多个基因进行筛选,确定不同种质资源中所具有的等位基因及其对目标的贡献,是目前研究复杂数量性状基因变异的常用方法.影响向日葵分枝和株高性状的等位基因变异在其基因组中广泛分布,因此利用关联分析方法可以有效地鉴定出这些功能等位基因的位点.本研究利用向日葵自交系为材料,利用随机筛选的向日葵分子标记,分析向日葵资源材料自交系的遗传结构.在7 2584⊕-8 油葵,恢复系532892-1 油葵,保持系993244-1 食葵,恢复系8 2587⊕-1R 油葵,恢复系542702-1 油葵,恢复系100 3215-2食葵,保持系9 2588⊕-4 油葵,恢复系552918-1 油葵,保持系101 3218-1食葵,保持系10 2591⊕-6 油葵,恢复系562892-2 油葵,恢复系102 3232-1食葵,恢复系11 2597⊕-3 油葵,恢复系572938-1 油葵,保持系103 3235-2食葵,恢复系12 2602⊕-1 油葵,恢复系582914-1 油葵,恢复系104 3229-1食葵,保持系13 2605⊕-1 油葵,恢复系592928-2 油葵,保持系105 3119-1食葵,恢复系14 2611⊕-1 油葵,恢复系602647-1 油葵,恢复系106 3160B食葵,恢复系15 2613⊕-2 油葵,恢复系612891-2 油葵,保持系107 3201-1食葵,保持系16 2619⊕-1 油葵,恢复系622867-1 油葵,保持系108 3132-1食葵,恢复系17 2624⊕-1 油葵,恢复系632648-1 油葵,恢复系109 7B-1食葵,保持系18 2627⊕-1 油葵,恢复系642659-1 油葵,恢复系110 3126-1食葵,恢复系19 2631⊕-1 油葵,恢复系652672-1 油葵,恢复系111 3324食葵,保持系20 2635⊕-3 油葵,恢复系662655-1 油葵,恢复系112 3207-5食葵,保持系21 2638⊕-1 油葵,恢复系672751-1 油葵,恢复系113 3226-1食葵,保持系22 2639⊕-1 油葵,恢复系682707-1 油葵,恢复系114 3300-3食葵,保持系23 2695⊕-2R 油葵,恢复系692776-1 油葵,恢复系115 3243-3食葵,保持系24 2708⊕-2 油葵,恢复系702861-1 油葵,保持系116 3180-1食葵,保持系25 2719⊕-2R 油葵,恢复系712880-1 油葵,保持系117 3114-1食葵,保持系26 2735⊕-2R 油葵,恢复系722897-2 油葵,保持系118184015 食葵,恢复系27 2744⊕-2R 油葵,恢复系73 D874油葵,保持系119 3329⊕-4食葵,恢复系28 2745⊕-2R 油葵,恢复系74 3079食葵,恢复系120 3121食葵,恢复系29 2746⊕-6 油葵,恢复系753161⊕混食葵,恢复系121 3163食葵,恢复系30 2830⊕-1R 油葵,恢复系763302 食葵,恢复系1223301 食葵,恢复系SSR引物:SSR引物见文献[12].在该文报道的向日葵序列标签位点(sequence tagged site)序列中,随机选取500对SSR引物,由上海生物工程公司合成引物,首先对16份向日葵自交系材料进行扩增筛选多态.PCR 扩增、PCR反应程序以及变性聚丙烯酞胺凝胶参照有关文献[13].1. 3群体结构分析应用STRUCTRE软件,对供试群体进行基于数学模型的类群划分.先设定群体数目(K)为2-10,5次重复,将MCMC设为100000次,其参数设定参见已发表文献[14].1. 4 关联分析在预估群体的 K 值范围,获得稳定可靠的群体分类结果.在此基础上以各个体 Q 值作为协变量进行群体矫正,将向日葵分枝和株高性状的表型数据分别对标记变异进行回归分析,评价标记等位变异的平均效应,依据显著水平( p <0. 05和 p < 0.01) ,选取贡献率高的主要位点[15].2 结果分析2.1 向日葵资源材料的群体结构分析128份向日葵资源材料群体基因型经过structure软件运行后,结果表明供试群体的等位变异频率特△基本降低到0附近,近似一条直征类型数K=2时ΔK值最大(见图1),而且差异显著.在K为3-9之间,其K△的变化,新疆向日葵自交系材料群体可以分为2大类群.线.因此依据K2.20-1之间,平均为0.02,共有1320个SSR25%的标记成对,占5%.2.3,44份材料具份材料,0.6米的有549份材料, 1.1米的有15份材料, 1.2米的有7份材料, 1.3米的有4份材料,所有株高性状呈现极端株高类型数目少,中等株高类型的材料占多数.利用structure软件中得到的各向日葵个体相应的Q值作为协变量,分别对向日葵分枝和株高性状的表型值和标记变异进行回归性分析,计算其相关联的位点及其等位变异.结果显示:在所检测的利用62对ORS标记位点中,共有9个位点与性状相关(见表2).其中8个位点与向日葵分枝性状相关联,其中有6个位点显著关联(p<0.001),分别是ORS679、ORS 227-1、ORS16、 ORS22、 ORS33和ORS38;解释表型变异8%-16%不等,6个位点显著关联(p<0.01),分别是ORS803、ORS 227-2;在株高性状状中,有3个位点显著关联(p<0.01),分别是ORS679,ORS9、ORS22,解释表型变异4%-6%不等.表2 与性状相关联(p<0.01和p<0.001)的标记位点及其表型变异解释率等位变异分枝变异的解释率P值株高变异的解释率P值ORS 227-1 0.08 <0.001ORS 227-2 0.07 <0.01ORS 9 0.04 <0.01ORS 803 0.07 <0.01ORS 16 0.08 <0.001ORS 22 0.15 <0.001 0.05 <0.01ORS 33 0.09 <0.001ORS 38 0.16 <0.0013 讨论向日葵多头植株花期较长,在向日葵杂交种制种过程中常作为父本,可以解决单头亲本间花期难于相遇的问题,显著提高向日葵杂交制种的产量.因此在向日葵种质资源研究中向日葵多头分枝性状是很重要的农艺性状.文献[9]将多头性状定位到第10号染色体上的ORS1088和ORS908之间.本研究定位到8个位点与向日葵分枝性状相关联,分别是ORS679、ORS 227-1、ORS16、ORS22、ORS33、ORS38、ORS803、ORS 227-2,解释表型变异8%-16%不等,和已发表的向日葵图谱比对只有ORS679位于17号染色体,ORS803定位于16号染色体,其它标记未能与向日葵已知的连锁群比对上.本研究中的关联分析表明在所研究的向日葵资源材料中,向日葵分枝性状由多数基因位点控制,一些定位到的向日葵分枝位点可能是以前文献所没报道过.向日葵茎干倒伏给向日葵生产造成严重的损失.然而降低植株高度将有助于增强茎干强度,减少倒伏,从而提高产量,因此现在育种的策略就是开发矮杆的种质资源,以利于其在育种中应用.本研究在株高性状状态中,有3个位点显著关联(p<0.01),分别是标记ORS679,ORS9、ORS22,解释表型变异4%-6%不等.本研究检测到的株高关联位点不多,主要原因可能还是株高是由复杂数量性状基因控制,同时所研究的分子标记数量还不够多,因此在今后下一步研究工作当中应继续增加标记数量.参考文献:[1]崔良基,刘悦,王德兴.我国发展向日葵生产潜力及对策 [J].杂粮作物,2008,28(5):336-338.[2]罗伟强.气相色谱法测定葵花籽油的脂肪酸[J].食品工业科技, 2003, 24( 6) : 79-80.[3]张明.国内外向日葵育种概况及动向[J].黑龙江农业科学, 2010(6):149-151.[4]Hockett E A, Knowles P F. 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