第2节多肽链合成机理

多肽合成是什么？多肽合成原理如何运作多肽合成又叫肽链合成，是一个固相合成顺序一般从C端(羧基端)向N端(氨基端)合成。

过去的多肽合成是在溶液中中止的称为液相合成法。

多肽的合成主要分为两条途径:化学合成多肽和生物合成多肽。

多肽合成的原理多肽合成就是如何把各种氨基酸单位按照自然物的氨基酸排列次第和衔接方式衔接起来。

由于氨基酸在中性条件下是以分子内的两性离子方式(H3+NCH(R)COO-)存在，因此，氨基酸之间直接缩合构成酰胺键的反响在普通条件下是难于中止的。

氨基酸酯的反响活性较高。

在100℃下加热或者室温下长时间放置都能聚合生成肽酯，但反响并没有定向性，两种氨基酸a1和a2的酯在聚合时将生成a1a2…、a1a1…、a2a1…等各种恣意次第的混合物。

为了得到具有特定次第的合成多肽，采用恣意聚合的方法是行不通的，而只能采用逐步缩合的定向多肽合成方法。

普通是如下式所示，即先将不需求反响的氨基或羧基用恰当的基团暂时维护起来，然后再中止衔接反响，以保证多肽合成的定向中止。

式中的X和Q分别为氨基和羧基的维护基，它不只可以防止乱接副反响的发作，还具有能消弭氨基酸的两性离子方式，并使之易溶于有机溶剂的作用。

Q在有的情况下也可以不是共价衔接的基团，而是由有机强碱(如三乙胺)同氨基酸的羧基氢离子组成的有机阳离子。

Y为一强的吸电子基团，它能使羧基活化，而有利于另一氨基酸的自由氨基，对其活化羧基的羧基碳原子中止亲核进攻生成酰胺键。

由此所得的衔接产物是N端和C端都带有维护基的维护肽，要脱去维护基后才干得到自由的肽。

假设肽链不是到此为止，而是还需求从N端或C端延长肽链的话，则可以先选择性地脱去X或Q，然后再同新的N维护氨基酸(或肽)或C维护的氨基酸(或肽)中止第二次衔接，并依次不时重复下去，直到所需求的肽链长度为止。

关于长肽的多肽合成来说，普通有逐步增长和片段缩合两种伸长肽链的方式，前者是由起始的氨基酸(或肽)开端。

每衔接一次，接长一个氨基酸，后者则是用N维护肽同C维护肽缩合来得到两者长度相加的新的长肽链。

肽链形成的原理肽链形成是指氨基酸通过脱水缩合反应连接而成的一种生物分子。

肽链是形成多肽和蛋白质的基础，对生物体的生命活动起着重要的调控作用。

肽链的形成涉及到多个重要的原理和过程，下面将详细讨论。

首先，肽链形成是通过氨基酸之间的共价键连接而成的。

氨基酸是蛋白质的基本组成单位，它由一个羧基（-COOH）、一个氨基（-NH2）和一个侧链（R基团）组成。

在肽链形成过程中，两个氨基酸分子中的羧基与氨基通过脱水缩合反应结合，在产生一个酯键的同时释放一分子水。

其次，肽链形成是一个顺序控制的过程。

不同的氨基酸可以通过不同的侧链而具有不同的性质和功能。

在生物体内，肽链的形成是按照基因组中的基因编码的蛋白质序列的顺序进行的。

基因编码的蛋白质序列由氨基酸残基的顺序决定，这种顺序是通过逐个加入氨基酸残基构建起来的。

其次，肽链形成是一个酶催化的过程。

在细胞内，肽链的形成是由特定的酶催化的。

这些酶被称为核糖体，它们能够将氨基酸通过特定的顺序加入到肽链中，并且通过水解反应来调控肽链的合成速率和准确性。

核糖体在蛋白质合成过程中具有重要的作用，能够识别mRNA上的密码子，选择正确的氨基酸加入到肽链中。

此外，肽链的形成是通过两个氨基酸中的氨基与羧基结合形成酯键而实现的。

这个反应在细胞内被称为肽键形成反应。

在这个反应过程中，羧基中的羰基O原子与氨基中的氮原子发生亲核加成反应，酰基中间体形成一个五元环结构，同时释放一分子水。

这个反应是一个高度稳定和具有方向性的反应，只能在特定的条件下进行。

此外，肽链形成还受到细胞内外环境因素的影响。

在细胞内，肽链的形成受到细胞内环境的调控，包括细胞内的温度、pH值、离子浓度等。

这些因素对蛋白质立体结构的形成和稳定性起着重要的作用。

在细胞外，肽链的形成还受到其他蛋白质、小分子配体的调控。

一些酶、激素或药物可以与肽链中的特定氨基酸残基进行相互作用，从而影响肽链的结构和功能。

总之，肽链形成是通过氨基酸之间的脱水缩合反应连接而成的一种生物分子。

有机化学基础知识点整理多肽的合成与蛋白质的结构有机化学基础知识点整理多肽的合成与蛋白质的结构多肽是由氨基酸按照一定顺序连接而成的生物大分子，是构成蛋白质的基本单位。

多肽的合成涉及到有机化学中的许多重要知识点，同时对多肽的合成方法有深入的了解有助于理解和研究蛋白质的结构和功能。

本文将对多肽的合成方法和蛋白质的结构进行详细的介绍和讨论。

一、多肽的合成方法1. 固相合成法固相合成法是目前多肽合成的主要方法之一，其特点是反应速度快、纯度高，适合合成较短的多肽序列。

该方法利用聚苯乙烯或聚酰胺基质作为载体，通过氨基酸与载体表面上的活性基团进行缩合反应来逐步合成多肽链。

此外，还可以引入保护基和有机溶剂等辅助剂来控制反应的进行。

2. 液相合成法液相合成法是多肽合成的传统方法，其核心原理是通过氨基酸分子之间的缩合反应来构建多肽链。

该方法适用于合成较长的多肽序列，但反应速度较慢且纯度较低。

液相合成法需要借助溶剂和试剂，以及净化和纯化等步骤来得到目标产物。

3. 化学合成法化学合成法又称非天然氨基酸合成法，通过合成非天然氨基酸来拓展多肽合成的可能性。

该方法可以引入更多的变化和功能基团，从而改变多肽的结构和性质。

常见的化学合成法包括马尔萨斯开环反应、迈尔琼氏反应和米氏缩合反应等。

4. 生物合成法生物合成法是通过利用生物系统中的蛋白质合成机制来合成多肽。

这种方法的优势是合成速度快、选择性高，但常受到生物系统的限制。

生物合成法主要包括蛋白质工程技术和基因工程技术等。

二、蛋白质的结构蛋白质是多肽的高级组织形式，具有复杂多样的结构和广泛的功能。

蛋白质的结构可以分为四个层次：一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。

1. 一级结构一级结构是指多肽链上氨基酸的线性排列顺序。

氨基酸之间通过肽键连接，以胺基（NH）端和羧基（COOH）端作为起始和终止。

氨基酸序列的不同决定了蛋白质的种类和功能。

2. 二级结构二级结构是指多肽链上局部的空间排列方式。

多肽合成原理多肽是由氨基酸残基通过肽键连接而成的生物大分子，是生物体内重要的功能性分子，广泛参与生命活动的调控和信号传递。

多肽的合成是指通过人工手段在实验室中合成具有特定氨基酸序列的多肽分子。

多肽合成的原理主要包括氨基酸保护基的选择、肽键的形成和保护基的去除等过程。

1. 氨基酸保护基的选择在多肽合成过程中，氨基酸需要进行保护，以防止氨基酸残基之间的非特异性反应。

常用的氨基酸保护基有丙酮基（Ac）、丁酸酯基（But）、苯甲酰基（Bzl）等。

选择合适的保护基可以保护氨基酸的侧链官能团，同时又保持肽键的反应活性。

2. 肽键的形成肽键的形成是多肽合成的核心步骤之一。

在多肽合成中，常用的反应方法是通过氨基酸羧基与下一个氨基酸的氨基反应形成酰肽键。

这一反应需要加入活化剂，常用的有二硫化碳（DCC）、1-羟基苯咪唑（HOBt）等。

3. 保护基的去除在多肽合成过程中，保护基需要在特定条件下去除，以暴露出氨基酸的活性官能团。

常用的去保护基方法有酸性水解、碱性水解、还原剂还原等。

去除保护基后，可以进行下一轮的肽键形成反应。

多肽合成的具体步骤如下：1. 根据多肽序列设计合成方案，选择合适的氨基酸保护基。

2. 使用固相合成或液相合成的方法进行多肽合成。

固相合成是将第一个氨基酸固定在固相载体上，然后逐个加入下一个氨基酸，并进行反应。

液相合成是将氨基酸溶解在溶剂中，逐步反应形成多肽。

3. 制备活化剂，将氨基酸保护基去除。

4. 反复进行肽键形成和保护基去除的步骤，直至合成完整的多肽分子。

5. 对合成得到的多肽进行纯化和分析，如高效液相色谱（HPLC）、质谱（MS）等。

多肽的合成技术在药物研发、生物工程和生命科学研究等领域具有重要的应用价值。

通过多肽合成，可以合成具有特定功能和活性的多肽药物，如抗菌肽、抗肿瘤肽等。

多肽合成技术的发展使得科学家们能够更好地研究和利用多肽分子的生物学功能，为人类健康和生命科学的发展做出贡献。

总结起来，多肽合成的原理包括氨基酸保护基的选择、肽键的形成和保护基的去除等步骤。

多肽链合成过程嘿，咱今儿就来唠唠这多肽链合成过程。

你说这多肽链合成，就好像是一场奇妙的建筑工程。

细胞就像是一个超级大工地，里面有各种各样的“工人”和“材料”在忙碌着。

先来说说这“原材料”吧，氨基酸就是那一块块的砖头。

这些氨基酸们可都有自己的特点和作用呢。

然后呢，就有一个特别重要的“指挥员”登场了，那就是 mRNA。

它就像是一份详细的施工图纸，上面清楚地写着该怎么把这些氨基酸给组合起来。

合成开始啦！tRNA 就像是小推车，推着氨基酸来到“施工现场”。

它们会根据 mRNA 上的信息，找到自己的位置，一个一个地把氨基酸排列好。

这过程不就跟搭积木似的，得小心翼翼，不能出错呀！在这个过程中，核糖体就像是个大型的工作台，氨基酸在上面被连接起来，形成多肽链。

你想想看，这核糖体就好像是个神奇的魔法盒子，把那些零散的氨基酸变呀变，就变成了长长的多肽链。

哎呀，这多肽链合成可不是一下子就完成的，得一步一步来，就跟咱盖房子一样，得先打地基，再一层一层往上盖。

这每一步都得精细着呢，稍有差错可不行。

而且啊，这细胞里的各种分子都得配合得好好的，要是有谁掉链子，那这多肽链合成可就出问题啦。

就好比盖房子，要是水泥不够了，或者工人偷懒了，那房子能盖好吗？咱人体里那么多重要的蛋白质，可都是通过这多肽链合成来的呀。

要是这个过程出了问题，那后果可不堪设想呢。

所以说呀，这多肽链合成可真是个神奇又重要的过程，咱可得好好了解了解它，不是吗？你说这大自然多神奇呀，能设计出这么精妙的机制来合成多肽链，进而制造出各种对我们身体至关重要的蛋白质。

咱可得好好珍惜和保护这个神奇的过程，让我们的身体能正常运转呀。

你说是不是这个理儿呢？反正我是这么觉得的！。

合成多肽的基本原理
合成多肽的基本原理是通过化学合成方法将氨基酸以特定的顺序连接起来，形成多肽链。

多肽的合成主要分为固相合成和液相合成两种方法。

固相合成是最常用的多肽合成方法。

它的基本原理是将第一个氨基酸固定在固相载体上，然后逐步加入其他氨基酸以特定的顺序，每加入一个氨基酸就进行缩合反应，将上一个氨基酸与新加入的氨基酸连接起来。

这个过程一直进行下去，直到合成出所需的多肽链。

在每一步缩合反应中，需要选择合适的活化剂和缩合剂来促进反应的进行，并使用适当的保护基来保护氨基酸中的特定功能团。

液相合成是一种逐步合成的方法，它与固相合成不同之处在于，多肽链是在液相中生长的。

合成开始时，第一个氨基酸被保护在固相上，其余的氨基酸以溶液形式加入，并通过特定的条件和反应来进行连接。

每一步都需要去除保护基，并在合适的条件下形成肽键连接。

多肽链的生长可以是从N端向C端，也可以是从C端向N端。

无论是固相合成还是液相合成，在合成完成后，还需要进行脱保护和纯化步骤，以去除保护基并纯化所得的多肽产物。

最后，通过适当的分析方法验证合成的多肽是否具有预期的结构和活性。

简述多肽链生物合成过程
1 多肽链生物合成
多肽链生物合成是一种特殊的生物合成过程，指的是有机物和多
肽链结合在一起形成新的生物物质。

多肽链生物合成可以产生各种复
杂的结构，并且可以直接把有机物转化成生物物质。

多肽链生物合成之所以受到欢迎，是因为它可以利用生物和机械
过程，将蛋白质构建成具有方向性功能。

多肽链合成可以分为几个步骤，包括酶促反应、活性氨基酸合成、免疫电泳等等。

在酶促反应中，有两种成分，一种是蛋白酶，另一种是酶受体，这两者可以通过分子
间相互作用结合在一起，这就是所谓的酶促反应。

这一步骤中需要加
入小分子，以小分子为模板，构建蛋白质和多肽链的载体。

接下来的活性氨基酸合成也是必不可少的，活性氨基酸是平衡性
系统中最重要的一环，结合氨基酸受体，氨基酸可以容易地在蛋白质
和多肽链之间结合起来。

最后，免疫电泳能够有效地过滤整个过程中
构建的结构，使得其可以更容易地进行测试，获得更好的检测结果。

总之，多肽链生物合成是一种融合生物和机械的过程，通过复杂
的步骤来产生多肽链物质，用于各种复杂、有机的生物合成。

它的出现，使得研究者们更加易于合成复杂的结构，并且能够拥有更多的研
究机会。

因此，多肽链生物合成将发挥重要作用，在未来在很大程度
上推动着生物学技术的发展。

多肽合成：细胞中的“工业革命”
多肽合成是一种在细胞中进行的生化过程，是细胞内的“工业革命”。

在多肽合成过程中，多个氨基酸分子通过共价键的形式结合起来，形成具有生物功能的多肽分子。

下面将介绍多肽合成的原理、过程及其应用。

1. 原理
多肽是由氨基酸分子组成的生物大分子，在细胞内有着重要的生物功能。

多肽合成是一种在核糖体内进行的生化过程，其原理是通过tRNA将氨基酸带到核糖体上，然后将氨基酸在核糖体上合成出具有生物活性的多肽分子。

整个多肽合成的过程需要依赖mRNA的信号、tRNA 的运输、氨基酸的选择、核糖体的组装等多个生物分子之间的协作。

2. 合成过程
多肽合成的过程可以分为三个阶段：启动、延伸和终止。

在启动阶段，mRNA信号会与小亚基rRNA结合，同时tRNA会将第一个氨基酸带到rRNA上。

在延伸阶段，tRNA会不断将新的氨基酸带到rRNA上，这些氨基酸会通过共价键进行结合产生肽键。

在终止阶段，新合成的多肽分子会被释放出来，形成最终的多肽生物大分子。

3. 应用
多肽合成的应用非常广泛，可以应用于药物、抗生素、酶、激素、疫苗等生物领域。

此外，多肽合成技术还可以为人们研究蛋白质结构、生物活性及其结构与功能之间的关系提供重要的工具和方法。

总之，多肽合成是一种生物大分子合成的过程，它为细胞内的生
化反应提供了关键的工具和方法，对生物领域的研究有着重要的意义。

多肽合成步骤及原理封头
多肽合成是一种重要的生物化学技术，用于合成蛋白质或肽类化合物。

多肽合成的步骤及原理如下：
1. 保护基团的引入，多肽合成通常从C端向N端进行，首先需要引入保护基团，以保护氨基和羧基，防止它们在反应过程中发生副反应。

常用的保护基团有BOC、FMOC等。

2. 激活羧基，在合成过程中，羧基需要被激活以便于和氨基发生缩合反应。

常用的激活试剂包括DIC、HBTU等。

3. 缩合反应，激活后的羧基和氨基发生缩合反应，形成肽键。

这一步需要在适当的溶剂和温度条件下进行。

4. 去保护，在肽链延长后，需要去除保护基团，使得氨基和羧基重新活化，以便进行下一轮的合成。

5. 纯化和鉴定，合成完成后，需要对产物进行纯化和鉴定，以确保合成的多肽具有预期的序列和纯度。

多肽合成的原理主要是依靠肽键的形成，通过不断重复上述步骤，将氨基酸逐个连接起来，形成目标多肽链。

整个合成过程需要精确控制反应条件和选择合适的试剂和保护基团，以确保合成过程的顺利进行。

希望以上回答能够满足你的需求，如果你还有其他问题，请继续提出。

多肽链的概念多肽链是由多个氨基酸残基通过肽键连接而成的线性生物分子。

多肽链是蛋白质的基本组成单位，也经常被称为“人类生命的秘密构件”，在生物体内发挥着重要的生物学功能。

在本文中，我将详细介绍多肽链的概念、结构与功能、合成方法以及在生物医药领域的应用。

1.多肽链的概念多肽链是指由两个以上氨基酸通过肽键连接而成的线性生物分子。

肽键是由氨基酸之间的羧基和胺基通过缩合反应生成的共价键，它使得氨基酸共享一个氧原子，形成氧原子与氮原子之间的双键。

肽键的形成导致了氨基酸残基之间的骨架扭曲，形成了多肽链的二级结构。

2.多肽链的结构与功能多肽链的结构与功能紧密相关。

根据多肽链上氨基酸残基的序列和相互作用方式，多肽链可以形成不同的结构层次，包括一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。

-一级结构：一级结构是指多肽链上氨基酸残基的线性序列。

氨基酸残基的不同序列决定了多肽链的生物活性和功能。

-二级结构：二级结构是指多肽链上氨基酸残基之间的空间排列方式。

常见的二级结构包括α-螺旋、β-折叠和无规卷曲。

-三级结构：三级结构是指多肽链上氨基酸残基的三维折叠方式。

它由氨基酸残基之间的非共价键作用（如氢键、离子键和疏水作用）稳定。

-四级结构：四级结构是指多肽链通过非共价键相互作用形成的复合物。

对于由多个多肽链组成的蛋白质而言，四级结构是各个多肽链之间的空间排列和相互作用方式。

多肽链的特定结构决定了它的功能。

多肽链可以通过特定的结构与其他分子（如蛋白质、酶和受体）相互作用，从而调节细胞信号传导、基因表达、代谢调节等多种生物学过程。

例如，抗体是一种由多肽链组成的免疫蛋白，它可以通过特定的结构与病原体结合，从而起到免疫防御的作用。

3.多肽链的合成方法多肽链可以通过化学合成和生物合成两种方法进行合成。

-化学合成：化学合成是利用化学合成方法合成多肽链的过程。

最常用的化学合成方法是固相聚合法。

固相聚合法通过将氨基酸残基顺序连接到树脂上的功能基团上，然后依次加入下一个氨基酸残基，通过反应解除肽链与树脂的连接，最后得到多肽链。

多肽链合成方式一、多肽链合成方式的简介哎呀，小伙伴们，今天咱们来唠唠多肽链合成方式这个超有趣的事儿。

多肽链合成啊，就像是在搭建一个超级精密的小积木城堡。

这可是细胞里面特别重要的工作呢。

多肽链合成有两种主要的方式哦。

一种是在细胞质里面进行的，这个过程就像是一群小工匠在自己的小作坊里忙碌。

这里面有很多小零件，像氨基酸啦，这些氨基酸就像是小积木块。

它们得按照一定的顺序组合起来，这个顺序可是有讲究的，就像搭积木得按照图纸来一样。

还有一种方式是在细胞器里面合成，这个细胞器就是核糖体啦。

核糖体就像是一个超级智能的小机器，它知道该怎么把氨基酸一个一个地拼接起来，形成多肽链。

而且这个过程还需要很多助手呢，像tRNA就像是小搬运工，把氨基酸运到核糖体这个大工厂里，然后按照mRNA这个“设计图纸”进行合成。

二、具体的合成过程1. 起始阶段这就像是盖房子打地基一样重要。

首先得有个信号，告诉细胞要开始合成多肽链啦。

这个时候，一些特殊的蛋白质和RNA就会聚集到一起，形成一个起始复合物。

这个复合物就像一个启动键，按下了就开始合成的旅程。

比如说在原核生物里，有个叫SD序列的东西，它就像是一个小灯塔，指引着核糖体找到mRNA上正确的起始位置。

2. 延伸阶段这时候就像在一层一层地盖房子啦。

氨基酸一个接一个地被添加到多肽链上。

每添加一个氨基酸，核糖体就得沿着mRNA向前移动一点，就像小火车沿着轨道慢慢开。

这个过程中，tRNA不断地把正确的氨基酸运过来，然后通过特定的化学反应把氨基酸连接起来。

而且这个过程还很精确呢，不能乱加氨基酸，就像盖房子不能乱砌砖头一样。

3. 终止阶段当多肽链合成到一定长度，达到了“设计要求”，就该停止啦。

这个时候会有一些特殊的信号来告诉核糖体，“嘿，够啦，别再合成啦”。

然后合成好的多肽链就会从核糖体上释放出来，就像小火车到站了，乘客下车一样。

这个多肽链就可以去发挥它自己的作用啦，可能是去变成一个蛋白质，然后在细胞里承担各种各样的任务呢。

生物化学如何揭示肽链合成在生命的微观世界里，肽链的合成是一个极其复杂而又精密的过程。

生物化学作为一门研究生命化学过程的学科，为我们揭示了肽链合成的神秘面纱。

要理解肽链的合成，首先得知道肽链是什么。

肽链其实就是由多个氨基酸通过肽键连接而成的线性分子。

而氨基酸是构成蛋白质的基本单位，就像一块块小积木，通过特定的方式拼接在一起，形成了具有各种功能的蛋白质。

肽链的合成场所主要在细胞的核糖体中进行。

核糖体就像是一个小小的“工厂”，负责将氨基酸按照特定的顺序组装成肽链。

让我们来详细看看这个过程。

肽链合成的第一步是氨基酸的活化。

在细胞内，氨基酸需要在特定的酶的作用下，与一种叫做 tRNA（转运RNA）的分子结合，形成氨基酰 tRNA 复合物。

这个过程就像是给氨基酸装上了一个“送货标签”，tRNA 带着活化的氨基酸准备去核糖体“送货”。

接下来就是肽链合成的起始阶段。

在原核生物中，起始氨基酸通常是甲酰甲硫氨酸，而在真核生物中则是甲硫氨酸。

起始 tRNA 携带这个起始氨基酸，识别 mRNA（信使 RNA）上的起始密码子，然后核糖体的小亚基结合到 mRNA 上，接着大亚基结合上来，形成完整的核糖体 mRNA 起始复合物，肽链合成就此启动。

然后是肽链的延伸阶段。

这一阶段包括进位、成肽和转位三个步骤的不断循环。

进位指的是下一个氨基酰 tRNA 按照密码子的指引进入核糖体的 A 位；成肽则是在核糖体的催化下，A 位和 P 位上的氨基酸之间形成肽键；转位是核糖体沿着 mRNA 移动一个密码子的距离，原来在 A 位的 tRNA 移到 P 位，原来在 P 位的 tRNA 则离开核糖体。

在肽链延伸的过程中，核糖体起到了关键的作用。

它不仅为氨基酸的结合和反应提供了场所，还通过其复杂的结构和功能保证了肽链合成的准确性和高效性。

最后是肽链合成的终止阶段。

当核糖体移动到 mRNA 上的终止密码子时，释放因子结合到核糖体上，水解 P 位上的肽酰 tRNA 酯键，使新生的肽链释放出来，同时核糖体大小亚基解离，mRNA 也从核糖体上脱落，肽链合成结束。

多肽合成中肽键形成的基本原理一个肽键的形成（生成一个二肽），从表面上看是一个简单的化学过程，它指两个氨基酸组分通过肽键（酰胺键）连接，同时脱去水.在温和反应条件下，肽键的形成是通过活化一个氨基酸（A）的羧基部分，第二个氨基酸（B）则亲核进攻活化的羧基部分而形成二肽（A－B）.如果羧基组分（A）的氨基未保护，肽键的形成则不可控制，可能开有成线性肽和环肽等副产物，与目标化合物A－B混在一起。

所以，在多肽合成过程中，对不参与肽键形成的所有官能团必须以暂时可逆的方式加以保护。

因此，多肽合成－即每一个肽键的形成，包括三个步聚。

第一步，需要制备部分保护的氨基酸，氨基酸的两性离子结构不再存在；第二步，为形成肽键的两步反应，N－保护氨基酸的羧基必须先活化为活性中间体，随后形成肽键。

这一耦合反应既可作为一步反应进行，也可作为两个连续的反应进行。

第三步，对保护基进行选择性脱除或全脱除。

尽管全部脱除要等到肽链全部组装完成后才能进行，但为了继续肽合成，选择性脱除保护基也是必需的。

由于10个氨基酸（Ser、Thr、Tyr、Asp、Glu、Lys、Arg、His、Sec和Cys）含有需要选择性保护的侧链官能团，使肽合成变得更加复杂。

因为对选择性的要求不同，所以必须区分临时性和半永久性保护基。

临时性保护基用于下一步要反应氨基酸的氨基或羧基官能团的暂时保护，在不干扰已经形成的肽键或氨基酸侧链的半永久性保护基才脱除，有时也在合成过程中脱除。

在理想状态下，羧基组分的活化和随后的肽键形成（耦合反应）应为快速反应，没有消旋或副产物形成，并应用等摩尔反应物以获得高产率。

但遗憾的是，还没有一种能满足这些要求的化学耦合方法相比，适用于实际合成的方法很少。

在肽合成过程中，参与多种反应的官能团常常与一个手性中心相连（甘氨酸是唯一的例外），存在发生的消旋的潜在危险.多肽合成循环的最后一步，保护基要全部脱除。

除了在二肽的合成中需要全脱保护以外，选择性脱除保护基对于肽链延长具有非常重要的意义。