SLC26A4基因的突变检测与一个新的耳聋基因克隆的研究

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硕士学位论文第一章SLC26A4基因的突变检测

37。C孵育60min,80。C15min灭活虾碱性磷酸酶和核酸外切酶,4"C保存。1.2.5序列分析

1.2.5.1测序结果分析

测序结果用DNASTAR软件中的EditSeq、SeqMan程序分析。

1.2.5.2剪接位点分析

利用在线剪接位点分析软件(http://genes.mit.edu/GENSCAN.html)对查及的剪接位点突变或改变进行分析。

1.2.5对照组检测

取20个不伴有EVA之遗传性耳聋家系和150名健康人的基因组DNA对经测序证实的突变位点进行对照检测。

1.2.6观察患者电子耳蜗植入术的术中和术后效果

术中所有电极均顺利插入,并经术中检测电极完好,电阻测试效果满意,在有突变3例中术中出现“镫井喷”现象,2例无突变则无此现象。将耳蜗造孔用软组织,耳脑胶封堵后停止。1月后开机均成功,重建听力。

1.3结果

1.3.1临床相关结果

双侧前庭导水管扩张、内淋巴囊扩张如图2-3。

囤1.1:影象学检查结果.a,颞骨水平CT:箭头示双翎前庭导水管扩张;b,颞骨水平

Mill:箭头示双侧内淋巴囊扩张。

1.3.2突变检测结果

在突变检测研究中,所有患者中共发现4个不同类型的SLC26A4基因突变,包括:IVS7.2A>G、IVSl0-12T>A、754T>C、1229C>T。其中在家系A中发现的[VSl0-12T>A为新的突变类型。在有突变3例中术中出现“镫井喷”现象,2例无突变则无此现象。针对这种新突变,选择150个遗传无相关正常人进行相关位点的检测,均未发现相应改变。

各突变的测序图及相关分析见图1.2、1.3、1.4、l一5

家系A图1-2:突变754T>C(S252P)测序图.Ⅱ,野生型;b,突变杂合子.

家系B

圈1.3:突变IVS7—2A>G测序困.a,野生型;b,突变杂合子;c,突变纯合子.

图1-4:突变1229C>T(T410M)划序图.口。野生型;b,突变杂舍子

图1-5:突变IVSl0—12T>A反向测序图.口,野生型;b,突变杂合子.

硕士学位论文第一章一个新的耳聋基因克隆的研究

的区间比较大,而且耳聋的遗传异质性很强,我们很难收集别的耳聋家系来缩小定位区域。我们通过查找OniGene、OeneCard等基因表达相关数据库,从人或老鼠的耳蜗中分离到的特异表达的基因作为耳聋的侯选基因,一共17个基因(图2-4)。

图2-3I(nowgeneandRefseq

图2-4耳聋侯选基因

续图2-4耳聋侯选基因

2.3.3PCR扩增

2.3.3.1PCR扩增引物

16个基因外显子扩增引物采用加拿大生物研究所提供的primer3在线软件(http://www—geIlome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3.cgi/)设计。为了使PCR扩

表2-2虾碱.巨磷酸酶和核酸外切酶处理的试剂组成

试剂(Reagents)

体积(Volume)

5xSAPDilutionBuffer

SAP(1U/¨1)

ExonucleaseI(10U/p1)ddH20

PCR产物

0.2pl0.8lal

0.4ktl0.6ul8.0ul

37"C孵育60min,80"C15min灭活虾碱性磷酸酶和核酸外切酶,4"C保存。

2.3.6序列分析2.3.6.1测序结果分析

测序结果用DNASTAR软件中的EditSeq、SeqMan程序分析。

2.4

结果

本研究发现3个碱基改变,这些碱基改变与家系、疾病并没有实现共分离,

所以这些碱基改变是3个多态,其中HSPA9B基因IVS2+79

81del

tet为新的

多态。本研究尚未找到疾病的致病基因,有待进一步扩大检测范围。多态见下图。

2.4.1

PCDHB5基因

2375T>C

表2-3PCD强5基因

2375T>C

M1909

1exon

9.M19099F9F是

GAGCAGGGCGGCCT,C

23751_>C

患9.M19099R

9RCGGTCC面TC

Set>Pro

者M1922lexon9.M19229F

9F是患者M1909,M1907,1910,2375T>C

患9.M19229R

9R

M1930.M1922均纯合Set>Pro

已知多态rs4005腔lrsl7844893)

图2-5PCDI-IB5基因

2375T>C

2.4.2TGFBI基因IVSl4.71A>G

表2叫TGF'BI基因IVSl4—71A>G

M1907exonl414f/14r是agtaaacacttgctgaa/gⅣS一7l纯己知多态

合rsl3168506

tgaataaaataa>g

M1909exoRl414f/14r是IVS-7l纯已知多态

合rsl3168506

a>g

M19IOexonl414f/14r是患者M1907,M1909,ⅣS-7I纯己知多态

M1910均纯合a>g合rsl3168506

M1930exonl414仃14r否家系内正常人已知多态正常

M1930无突变rsl3168506人

M1exonl414f/14r是家系外正常人MI杂ⅣS.7l杂己知多态家系

合rsl3168506外正

a>g

为已知多态常人

rsl3168506

图2-6TGFBI基因IVSl4-71A>G

2.4.3HSPA9B基因IVS2+7981deltct

表2-5HSPA9B基因IVS2+79—81deltct

HS队9BM1907Exon2gtgattattcttctctgtaattatttⅣS2+7981杂患

deltCt合者17exonsM1909患者M1907,M1909杂合,患杂患

者M1910纯合,家系内正合者M1910常人M1930纯合纯患

SNPblast查不到,新的多态合者M1930纯患

合者