到今天，日本人还没有弄清楚自己的根究竟在哪里。
关于这个问题的说法和争论都很多，大家“婆说婆有理，公说公有理”，吵得难解难分。
说法之一认为，现今还居住在日本北海道上的少数民族阿伊努人就是日本列岛上最早期的居民。
只是，阿伊努人的相貌特征与现在的日本人并不相同，他们更接近白种人的特征。
因此有人认为他们并不是土生土长的日本民族，他们是从遥远而寒冷的北部欧洲而来，在历史的演化过程中由于与日本其他民族混居与通婚，才逐渐拥有了黄种人的特点。
但仍然有学者认为他们的来历以及人种都还是有争议的问题。
至于他们是不是日本最早的居民，学者之间也没有达成共识。
吴太伯的后代另一种说法认为日本人是吴太伯的后代，这也就意味着日本民族始自中国。
虽然很多日本学者极力反对这一观点，但这种说法却在中国及日本古代就开始流行。
吴太伯是周太公的长子，也是后来着名的周文王的伯父。
他把王位让给了弟弟（即周文王的父亲）之后东渡到了日本，创立了大和民族，也相继带去了中国的文化和技术。
日本历史上有野史这样记载，但在后来遭到了被焚的后果。
还有一种说法，是认为东北亚的一支骑马民族（即马背民族）征服日本后，建立了大和国家。
当然，批判这种说法的人就更多了。
看来，追寻日本人的根的路途还得继续走下去。
揭示日本人的起源，是一件比你想象的还要困难的任务。
在当今世界的强国之中，日本人拥有最独特的文化和环境。
他们的语言起源是最具争议的语言学问题之一。
这些问题，是日本人如何看待自己，以及如何被别人看待的核心问题。
日本强烈的控制欲，和与邻国敏感的关系，使揭掉神话的外衣寻找答案比以往更加重要。
寻找答案很困难，因为证据之间互相矛盾。
一方面，从生物学角度来说，日本人在外貌和基因方面和其他东亚人特别是韩国人相似。
和日本人喜欢激动一样，他们在文化上和生物学上相当接近，只有位于北海道北端的吓夷人例外。
总的来说，这些事实似乎可以证明，日本人刚刚总亚洲大陆来到日本岛不久，因为时间太短了，他们还没有从他们的亚洲近亲那里发生太多改变，而吓夷人才是那里的原住民。
根据以上各方面的研究成果，我们对日本人群的起源和分布概括如下：1.至少在3万年前的更新世晚期，日本出现了人类，但化石仅有冲绳岛发现的距今1.8万年的港川人。
2.大约在距今至少10000-2300年以前，日本列岛生活着拥有低面、低眶、低身材和巽他型牙齿类型且依靠狩猎、采集和捕鱼为生的日本新石器时代绳文人，他们可能是分布在中国南方、日本大陆和九州群岛等地区的旧石器时代人的后裔，在后来的演化过程中，他们通过微进化过程和一定程度的与其他人群的混血发展成为北部北海道阿伊努人，同时发展成西南冲绳岛的琉球人。
3.从大约2300年前的弥生时代初期开始，一批高面、圆眼眶、扁平鼻骨、高身材和中国型牙齿类型的人群从亚洲大陆登陆日本的北九州地区和本州岛西部的大部分地区，与日本原住民共同混杂生活。
之后，这样的人群从古坟时代末随着时代变迁，逐渐向本州岛东部扩散，他们向北和向南扩散很慢，致使北海道阿伊努人和西南岛屿的冲绳人在很大程度上保留了绳文系统原住民的体质特征和文化元素。
在移民的扩散过程中，虽有混血发生，但来自亚洲大陆移民的基因优势超过了日本原住居民，逐渐演化为现代日本人。
从中世纪早期至今的600年间，日本人群基本没有来自海外的重要基因。
虽然现代日本人起源的“移民说”基本得到认可，但对这些移民的来源地依然存在不同的看法。
因为人骨材料涉及的出土地点和时代都有限，比如缺乏与弥生时代初期相当的长江或江淮流域的人骨资料，而对朝鲜半岛的人骨研究也不是很清楚。
尽管人骨形态显示江苏三星村与日本渡来系弥生人最接近，但时代上有200 0年的差距。
此外，还缺乏古代人骨DNA的研究结论。
所以，从目前对中国大陆和日本弥生时代遗址出土人骨的对比分析结果看，也无法得出一个明确的认识，还不能肯定地说出中国大陆的哪些古代人群对现代日本人种族形成有过重要的基因贡献。
在探讨现代日本人群与中国大陆的渊源关系时，考古文化上的联系、植物考古和动物考古学的研究也具有重要的参考价值。
