作图群体概念及分类介绍
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华南农业大学农学院《生物技术》复习题(附答案)一、有关名词遗传标记指可稳定遗传的、易于识别的特殊的遗传多态性形式。
遗传多态性现代遗传学中是指基因组中任何座位上的相对差异或DNA序列的差异。
形态标记简单性状的遗传(普通遗传学)细胞学标记染色体变异与细胞学特征(细胞遗传学)生化标记同工酶与电泳技术(生化遗传学)同工酶是指具有功能相同而结构及组成有差异的一类酶分子标记DNA标记,以染色体DNA上特定的核苷酸序列作为标记。
PCR 聚合酶链式反应。
是一种在体外快速扩增特定基因或DNA序列的方法,故又称为基因的体外扩增法。
RFLP 限制性片段长度多态性。
不同样品DNA经限制性酶酶解所产生片段大小的差异。
RAPD 随机扩增多态DNA。
是以一个寡聚脱氧核苷酸单链作随机引物(primer) ,通过PCR扩增基因组DNA,获得长度不同的多态性DNA片段,然后用凝胶电泳分离扩增片段,经染色来显示扩增片段的多态性。
SSR 简单序列重复。
是一类由几个核苷酸组成的基序(motif)为重复单元串联组成的DNA序列,广泛分布于基因组的不同位置。
AFLP 扩增片段长度多态性。
是一种通过限制性内切酶酶切DNA产生不同长度DNA片段,再结合PCR 技术来检测DNA多态性的分子标记技术。
FM遗传图谱又称遗传连锁图谱。
指反映基因组内基因(遗传标记)在染色体上线性排列顺序及其相对位置的图谱。
分子遗传图谱不同分子标记在染色体上的相对位置或排列情况。
作图群体是指用于遗传作图的符合孟德尔定律的分离群体。
RIL群体即重组近交系群体,是由重组近交系组成的分离群体,由F2经多代自交一粒传使后代基因组相对纯合的群体。
DH群体是由通过对F1进行花药离体培养或通过特殊技术获得单倍体植株再经染色体加倍而获得的加倍单倍体群体。
主效基因又称主基因,是一类控制质量性状的基因,其性状表现为不连续的变异。
微效基因是一类控制数量性状的基因,因此通常称为数量性状座位QTL,其性状表现为连续的变异。
图形归类总结引言图形归类是一种常见的数据分析方法,旨在将数据集中的图形进行分类和归纳,从而更好地理解和分析数据。
通过图形归类,我们可以发现数据中的模式、趋势、异常值等信息,为决策提供依据。
本文将总结几种常见的图形归类方法,包括层次聚类、K均值聚类和图形匹配等,介绍其原理、应用场景和优缺点。
一、层次聚类层次聚类是一种基于类似度或距离的图形归类方法,在聚类过程中逐步构建聚类层次,并将图形划分为不同的簇。
其主要步骤包括:1.计算每对图形之间的相似度或距离;2.将每个图形视为一个初始簇;3.构建一个树形结构,将相似度最高的簇合并为一个新的簇;4.重复第3步,直到所有图形都被合并为一个簇或达到预设的聚类数。
层次聚类的应用场景广泛,例如基因组学、图像处理、社交网络分析等。
该方法的优点在于不需要事先确定聚类数,且可以发现不同层次的聚类结构。
然而,层次聚类的计算复杂度较高,对大数据集不适用。
二、K均值聚类K均值聚类是一种基于距离的图形归类方法,通过迭代计算图形与聚类中心之间的距离,将图形分配到最近的簇中。
其主要步骤包括:1.随机选择K个初始聚类中心;2.计算每个图形与聚类中心之间的距离;3.将每个图形分配到与其距离最近的聚类中心所在的簇;4.更新每个簇的聚类中心为该簇中所有图形的平均值;5.重复第2步至第4步,直到聚类中心不再发生改变或达到最大迭代次数。
K均值聚类常用于图像分割、文本聚类等领域。
该方法的优点在于计算简单、收敛速度快,适用于大数据集。
然而,K均值聚类对初始聚类中心的选择敏感,并且聚类结果可能受到异常值的影响。
三、图形匹配图形匹配是一种基于图形相似度的图形归类方法,通过比较图形之间的结构和特征,对图形进行匹配和分类。
其主要步骤包括:1.提取每个图形的特征,例如颜色直方图、形状描述子等;2.计算每对图形之间的相似度;3.设置相似度阈值,将相似度高于阈值的图形归为一类;4.重复第2步至第3步,直到所有图形被分类。
转录组测序方法简介2004级博士生朱江转录组广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合;狭义上指所有mRNA的集合。
蛋白质是行使细胞功能的主要承担者,蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述。
基因组-转录组-蛋白质组是中心法则(DNA-mRNA-Protein)在组学框架下的研究模式。
限于目前蛋白质实验技术的限制,转录组成为研究基因表达的主要手段。
通过特定生理条件下细胞内mRNA的丰度来刻画基因表达水平并外推到最终蛋白产物的丰度是目前基因表达研究的基本思想。
研究转录组的基本方法包括基于杂交的芯片技术和转录组测序方法。
通过转录组测序研究基因表达的理论基础是:通过随机抽样测序,某一转录本的抽样频率在大样本下逼近该转录本在转录组中的相对丰度。
转录组抽样测序不限于预先确定的基因集,可以检测未发现的转录本和可变剪接体,芯片杂交只能研究芯片上既定的基因和转录本。
另外,除去cDNA转化过程中的实验误差两种方法同时存在外,转录组测序方法只涉及到抽样的随机误差,这类噪音可以通过统计分析滤除,而芯片分析在从杂交到荧光扫描的每一步均存在很难进行统计描述的噪音。
随着并行测序技术的发展,测序成本降低,大规模转录组测序将成为转录组研究的重要方法。
转录组测序主要包括EST, SAGE,CAGE, MPSS, PET和全长cDNA测序(表一)。
1991年Adams开创了EST测序,对每个转录本测定400bp-500bp 的标签序列,每个cDNA文库测定数万个EST以刻画所研究的转录组。
至今,EST 数据成为数量最多,涉及物种最广的转录组数据。
NCBI设立了专门的数据库dbEST来存放这些剧烈增长的数据。
由于EST数据仅代表转录本 400bp-500bp的片段,并且只经过single-pass测序,序列质量较低,对于精确刻画基因结构存在很多局限。
1995年Velculescu建立了SAGE测序方法,利用转录本3端第一个CATG位点下游14p长的短标签来标识相应转录本。
所有群的名词解释在日常生活和学术领域中,我们常常会接触到各种各样的群的概念。
无论是文化群体、社会群体、生物学中的群体,还是数学中的群,每一个概念都有其独特的含义和特点。
本文将对不同群体的名词进行解释和探讨,以帮助读者更好地理解这些概念。
一、文化群体文化群体是指在共同文化背景下形成的、具有一定共性的社会群体。
这些群体可以根据不同的标准进行划分,例如地理位置、种族、宗教、语言等。
在一个文化群体中,成员们共享着相似的价值观、信仰、传统和行为模式。
他们通过共同的文化传统和交流方式来维系着彼此之间的联系和认同感。
二、社会群体社会群体是指在社会关系网络中相互联系和互动的一群人。
这些人可以通过各种共同点来组成群体,例如职业、兴趣爱好、经济地位等。
社会群体的形成和维系不仅取决于成员之间的互动,还受到外部环境的影响。
社会群体可以带来归属感和认同感,同时也为成员提供了相互支持和合作的机会。
三、生物学中的群体生物学中的群体是指一组同种个体在一定的时间和空间范围内形成和存在的集合体。
这些个体之间存在着相互作用和相互依赖关系。
生物群体可以分为不同的类型,如动物群体、植物群体、微生物群体等。
这些群体在生态系统中扮演着重要的角色,影响着能量流动和物质循环。
四、数学中的群数学中的群是一种代数结构,由一组元素和一个二元运算组成。
群的定义包括四个基本性质:封闭性、结合律、单位元和逆元。
数学中的群可以分为有限群和无限群,以及交换群和非交换群等不同类型。
群的研究在数学和物理领域具有重要的应用价值,被广泛应用于代数、几何和数论等领域的研究中。
在不同领域中,群体的概念都有着重要的意义和应用。
了解和理解群的概念,可以帮助我们更好地认识和解释社会和自然现象,以及推动科学和文化的发展。
通过多角度的探讨和思考,我们能够更好地理解群的本质和特点,为人类社会和自然界的发展做出更具有价值的贡献。
小麦等作物不同遗传群体的数量性状基因定位及原理分析作者:刘源来源:《科学导报·学术》2019年第37期摘要:数量性状基因的定位又叫QTL定位,QTL 定位就是采用类似单基因定位的方法将QTL 定位在遗传图谱上,确定QTL 与遗传标记间的距离。
QTL定位的基本原则是关联度量的遗传变异和表型变异。
群体的选择、用于度量表型个体选择和基因型判型个体的选择是所有QTL定位设计要重点考虑的因素。
本文介绍了小麦等作物不同作图群体的优缺点以及QTL定位的原理和方法,从而对遗传群体的选择以及QTL定位技术的使用提供依据。
1、QTL 作图群体的选择QTL是quantitative trait locus的缩写,中文可以翻译成数量性状座位或者数量性状基因座,它指的是控制数量性状的基因在基因组中的位置。
QTL 定位的第一步是选择合适的亲本构建作图群体。
亲本选择要本着性状差异大和亲缘关系远的原则,以便发生较多的重组事件和表型变异,利于定位研究的进行。
目前,小麦 QTL 定位常用的作图群体按照保存时间的长短,分为两类:临时性分离群体和永久性分离作图群体。
前者包括 F2及其衍生的 F3、F4家系,以及回交产生的BC 群体等。
后者包括 DH、RIL、IF2和 NIL 群体等。
不同的群体具有各自的特性。
临时性群体的主要特点是群体内各个体间基因型不同,杂合基因型占很大比例。
它们包含的遗传信息丰富,可以同时估算加性、显性效应。
缺点是个体间基因型存在杂合型,后代发生分离,群体结构发生改变,不能进行多年、多点试验。
而永久性群体系内基因型一致,系间基因型不同,因此可以进行多重复、多年、多点试验,增加QTL 定位准确性。
缺点是永久性群体由于系间基因型一致,不能估算显性效应;若群体量不够大,则提供的遗传信息不如临时性群体丰富。
尤其是 DH 群体,染色体加倍时可能存在基因型的丢失,通常不适于构建分子标记连锁图。
对于异花授粉作物,由于存在自交衰退现象,构建 RIL 意义不大。