橘子群岛篇！
玩家会发觉，走出道馆後，你便会被一个叫???的人带上船，并且到达谜之岛屿~橘子群岛。这个人会顺便带你到神奇宝贝中心医疗，并且会给你更新图鉴及地图。
由於他们俩遗失了一个重要的电脑配件，所以导致这三个群岛上的神奇宝贝中心电脑不能使用，所以，玩家暂时还无法在这三个群岛中使用电脑喔！
这个世界共有七个岛屿，野生神奇宝贝的等级也提升了许多，更加重要的是可补捉火焰鸟喔！
首先，使用冲浪，游到上方陆地的一个温泉山洞，跟山洞里最上方的老伯谈话，得到秘传机06 ( 碎石 ) ，
可以破开一些棕色碎石。接著使用冲浪继续往上游，到最上的小岛，火焰鸟就在里头，里面跃跃欲试的训练家似乎也急著想找出火焰鸟的踪迹呢！
捕捉成功後，回到城镇，准备向第二群岛出发罗！到达第二群岛上岸之後，到最右方的房子内，跟一名跑来跑去的男子说话，他会要求你去第三群岛的森林拯救他的女儿。接下来，就请玩家乘船到第三群岛，到达第三群岛後，这时阻挡在路中正在欺负居民的这群飞车党会与主角决斗，决斗完後，飞车党离开了。
然後，继续前进往左转，进入( 木之果实森林 ) 之後，在最深处的草堆可以找到小女孩，与她说话後，此时素利柏突然出现！成功救出女孩後，你会回到第二群岛那里，再跟那位男子说话後，可得到配件！返回第一群岛，与正辉说话後任务便成功了！
最後，你将会返回库林岛，继续前往完成第八徽章与挑战四天王的目标吧！这时候，你可以从库吉市的港口乘坐修依罗号船来回橘子群岛。回到道吉市，第八间道馆可以进入罗！
GYM 8
场主：坂木
使用属性：地面系
铁甲犀牛 Lv.45
三地鼠 v.42
尼美后 Lv.44
尼多王 Lv.45
铁甲犀牛 Lv.50
之後去神奇宝贝中心医疗，然後就可以去挑战四天王。从道吉市左方22号道路前进，遇见宿敌小茂，展开战斗。
小茂：
比雕 Lv.47
克你的神奇宝贝 Lv.53
凯蒂狗 v.45
蛋蛋 Lv.45
胡地 Lv.47
铁甲犀牛 Lv.45
战斗完後继续前进 ，进入一座红色建筑物，沿路前进，中途有很多守卫检查你的徽章。经过游水後，你会进入一个山洞，此山洞的重点是，你必须要推动石块掩盖住白色的开关，打通每一条路，并且把石块推入某个洞口，再跳入洞口 ( 仔细检查每个白色开关是否有启动喔 )。运用你的智慧吧，加油！过完此山洞就到达(石英高原) ！
到达( 石英高原 ) 後，四天王就在眼前不远的地方了，进去神奇宝贝中心医疗後，记得买多些补血道具喔！
第一
位天王( 康娜 )
使用属性：水系
建议你使用雷系克制
lv52 白海狮
lv52 呆呆兽
lv54 乘龙
lv54 迷唇姐
lv51 铁甲贝
第二位天王( 希巴 )
使用属性：岩石系 ＋ 格斗系
建议你使用水系／草系／飞行系／超能力系克制
lv51 大岩蛇
lv53 艾比郎
lv56 怪力
lv53 沙瓦郎
lv54 大岩蛇
第三位天王 ( 菊子 )
天王使用属性：幽灵系 ＋ 邪恶系 ＋ 毒系你使用超能力系克制
lv54 耿鬼
lv54 大嘴蝠
lv56 阿柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
第四位天王
天王使用属性：龙系
建议你使用龙系克制
lv56 暴鲤龙
lv58 化石翼龙
lv54 哈克龙
lv54 哈克龙
lv60 快龙
联盟冠军 ( 小茂 )
lv59 比雕
lv59 铁甲暴龙
lv57 胡地
注意！接下来小茂选择的三只神奇宝贝会因玩家开头所选择的神奇宝贝而有变化：
A.小火龙：风速狗.椰蛋树.水箭龟
B.杰尼龟：暴鲤龙.风速狗.妙蛙花
C.妙蛙种子：椰蛋树.暴鲤龙.喷火龙
到达橘子四、五、六、七群岛的条件
A . 已经捕捉到六十只神奇宝贝，然後找大木博士去升级图鉴
B . 此时，四天王暂时还无法进去挑战，因为四天王缺少了一位成员？！
C . 到库吉市坐船，往第一群岛的神奇宝贝中心，跟右方机器的男士说话
D . 进入之前捕捉火焰鸟的山顶，然後在右方寻找两名火箭队成员的踪影，战斗完後进入洞穴，寻找一颗( 红宝石 ) ，里面会出现金银版神奇宝贝！到深处会发现很多排点字的遗迹，然後再下楼梯，拿走红宝石。
完全达到以上所叙述的条件之後，回去找上述所提到的男士说话，即可到第一群岛的港口坐船，前往第四、五、六、七群岛喔！完成！
第四、五群岛属第三个区域
第六、七群岛属第四个区域；来往每个区域时，都必须要到港口去坐船，在同一区域内可用飞行来往。
在橘子第四、五、六、七群岛中，玩家会多次遇上宿敌小茂，但不用战斗。最令人玩家兴奋的，这里有野生的金银版神奇宝贝出现。另外，岛上的训练家大部分都是使用金银版神奇宝贝，而且等级都相当高喔！要特别注意！
捕捉超梦的方法
玩家坐船到第四群岛後，在最右边冰洞里得到秘传机07 ( 爬瀑 ) ，途中有采破冰以及滑冰喔。之後从一开始洞口进来的瀑布爬上去，发现有个洞後进去，见四天王之一的康娜及火箭队组织，与火箭队对战救出科拿。然後，乘船到第六群岛，
到达第六群岛後，到最南边山顶，在点字遗迹前面使用01 ( 聚合斩 ) 打开秘道。进去秘道之後，往前方的洞跳下去；
跳上方的洞；接著跳左边的洞；然後跳右边的洞；跳下面的洞；发现蓝宝石，但是却被一位不知名人士给抢走了，然後到第五群岛右下方的火箭队基地。
经过一番考验，终於找到刚才偷走蓝宝石的博士，战胜他後拿回蓝宝石。现在回去第一群岛跟站在神奇宝贝中心机器前的男士说话，便可进行蓝宝石／红宝石的对战与传输了，亦能到那达市左方的洞窟去捕捉超梦罗！洞窟内的地形非常复杂，需要花点功夫熟习路线，小心迷路喔！
收服超梦完，继续橘子群岛之旅
回到第五群岛，使用冲浪到东北方的( 幻化之穴 ) ，在里面找到一位少女。这个洞穴非常奇妙喔！若玩家不依序特定的顺序走，永远都会回到原点 ( 清楚留意有登山男子的地方就是原点 ) 。因此，以下的方式走可得到四样道具及找回该名少女，以登山男子为该层为起点：
A．右→下，获得道具！
B．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→上，获得道具！
C．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→右，获得道具！
D．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→左→下→左，获得不思议糖果！
C．随便进入一个洞回到原点；右→上→下→下→右→左→下→右→上，找到少女了！跟她战斗完後，并顺便带她回家。
到达第七群岛，北方是战斗塔，玩家有兴趣不妨进去挑战看看。往第七群岛的南边走，经过木桥及一些草原，在中途分叉路往左走，草堆旁边发现有山洞，进去之後运用玩家的智慧将这七块石头推到七个坑洞上，启动机关。
机关启动之後，离开山洞，往最南边使用冲浪，玩家会在这遍海域各分布的八个阿尔夫遗迹内，捕捉各式各样种类的未知图腾喔！
接下来，石英联盟已经重新开放了，玩家可以再次去挑战四天王罗！不过四天王神奇宝贝的等级由63级起跳，进去挑战前要有心理准备！