seqman使用说明

怎样用seqman看测序结果
1打开seqman软件，点file，点New，点。

2。

找到测序文件所在文件夹，在文件类型中选中
，选中四个测序结果
，点“打开”，再点done。

3再点Assemble。

软件就会自动拼装序列。

4，加入我们已知的参考序列（就是NCBI下下来的那个）。

点菜单栏的sequence 中的Add One，找到参考序列所在文件夹，单击它（这里我命名的叫Amplification product），打开。

就谈加了一个参考序列。

5，双击，弹出框框。

看到小灰色箭头了吗，每个都单击一下。

就会出现以下详细资料。

清晰的峰可以判断这个碱基，但是不清晰的峰我们一般不判断，就省略过去，因为不清晰的峰不大可信。

这里要提一点的是，华大小规模测序用的是SANGER
法，这种方法有个弊端就是靠近引物一端的大约20-50个碱基的峰图是可能不清楚，之后的才很清晰。

我说这个话，其实可以通过图里就能反映出来。

注意看上面两个，第一个是8号PCR产物的反向测序，第二个是9号PCR产物的反向测序（就是由后引物那边测过来的）。

第三、第四个分别是8号、9号个体的正向测序。

那我们来看看反向测序的情况
是否看到，反向测序的开头和之前正向测序的开头也一样呢？也是开始的地方不清楚。

这是必然的。

那个参考序列在中间。

我们可以看到凡是能判断的序列，和参考序列是99.99%一致的。

说明，我们扩增出来的PCR产物是可信的，就是预期的片段位置。

seqman使用说明SeqMan使用说明一、简介SeqMan是一款功能强大的序列分析软件，适用于DNA和RNA序列的处理与分析。

本文档将详细介绍SeqMan的安装、基本操作和常用功能。

二、安装1、SeqMan安装程序。

2、运行安装程序，按照提示进行安装。

3、安装完成后，启动SeqMan。

三、登陆与用户管理1、打开SeqMan后，在登陆界面输入用户名和密码。

2、如果是首次使用，“注册”按钮进行用户注册。

3、注册完成后返回登陆界面，输入注册时填写的用户名和密码进行登录。

四、主界面SeqMan的主界面由以下几个部分组成：1、菜单栏：提供各种操作和功能选项。

2、工具栏：快速访问常用功能的图标按钮。

3、序列列表：显示打开的序列文件和其基本信息。

4、报告窗口：显示操作的结果和详细信息。

五、打开和保存序列文件1、“文件”菜单，选择“打开”选项。

2、在打开对话框中选择要打开的序列文件。

3、序列文件将显示在序列列表中。

4、若要保存当前文件，“文件”菜单，选择“保存”或“另存为”选项。

六、序列编辑1、选择要编辑的序列文件。

2、“编辑”菜单，选择“编辑序列”选项。

3、在序列编辑器中编辑序列。

支持插入、删除、替换等操作。

4、完成编辑后，“保存”按钮保存修改。

七、序列比对1、选择要比对的序列文件。

2、“分析”菜单，选择“序列比对”选项。

3、在比对设置界面选择比对算法和参数。

4、“开始比对”按钮开始序列比对。

5、比对结果将显示在报告窗口中，并保存为比对报告文件。

八、序列注释1、选择要注释的序列文件。

2、“分析”菜单，选择“序列注释”选项。

3、在注释设置界面选择注释工具和参数。

4、“开始注释”按钮开始序列注释。

5、注释结果将显示在报告窗口中，并保存为注释报告文件。

九、序列分析1、选择要进行分析的序列文件。

2、“分析”菜单，选择“序列分析”选项。

3、在分析设置界面选择分析工具和参数。

4、“开始分析”按钮开始序列分析。

5、分析结果将显示在报告窗口中，并保存为分析报告文件。

系统分析软件使用简易教程舒江平注：仅为入门简易教程，有兴趣的话可以自己多玩玩！1、序列拼接、校对Seq-Man材料序列（公司返回的测序结果）软件：Seq-Man（DNAstar）1、打开Seq-man2、导入序列1、找到需要拼接校对序列2、导入1、已导入2、完成拼接双击打开拼接、校对界面，放大2、根据峰图检查校对3、保存校对成功的序列1、展开峰图保存序列选择保存位置输入文件名保存2、序列比对，编辑BioEdit材料校对好的序列软件1、打开软件2、新建文件导入序列选择序列文件比对比对哪些序列，选哪些序列，如果一个没选，默认全选比对哪些序列，选择哪些序列运行点击ok运行界面相似度（PS：一般相似度出现个位数的都是序列反向的结果）1、显示比对结果对齐序列反向序列（相似度个位数）2、调整序列方向1、在最初新建的比对中选择反向序列2、再次比对1、重新全选都出现正常相似度检查序列结合Seq-man检查校对突变位点1、保存2、选择保存位置3、文件名4、保存文件格式.Fasta3、建基因树MEGA材料比对好的序列软件1、打开软件MEGA2、选择建树方法（eg：NJ）选择建树文件打开文件类型点ok按文件类型选（本次NO）1、参数选择2、计算开始计算树出来啦！！！导出树工具栏，自己摸索，很简单的That’s all, thank you!!!。

第一部分一、基本步骤：1、目的基因（DNA和mRNA）的查找和比对；2、引物、探针的设计；3、引物探针的合成；4、反应体系的配制；5、反应条件的设定；6、反应体系和条件的优化；7、荧光曲线和数据分析；8、标准品的制备；二、技术关键：1、目的基因（DNA和mRNA）的查找和比对；从/网点的genbank中下载所需要的序列。

下载的方式有两种：一为打开某个序列后，直接点击“save”，保存格式为“.txt”文件。

保存的名称中要包括序列的物种、序列的亚型、序列的注册号。

然后，再打开DNAstar软件中的Editseq软件，点击“file”菜单中的“import”，打开后点击“save”，保存为“.seq”文件。

另一种直接用DNAstar 软件中的Editseq软件，点击“file”菜单中的“open entrez sequence”，导入后保存为“.seq”文件，保存的名称中要包括序列的物种、序列的亚型、序列的注册号。

然后要对所有的序列进行排序。

用DNAstar软件中的Seqman软件，点击“sequence”菜单中的“add”，选择要比较的“.seq”的所有文件，点击“add”或“add all”，然后点击“Done”导入要比较的序列，再点击“assemble”进行比较。

横线的上列为一致性序列，所有红色的碱基是不同的序列，一致的序列用黑色碱基表示。

有时要设定比较序列的开始与结尾。

有时因为参数设置的原因，可能分为几组(contig)，若想全部放在一组中进行比较，就调整“project”菜单下的“parameter”，在“assembling”内的“minimum math percentage”默认设置为80，可调低即可。

再选择几个组，点击“contig”菜单下的“reassemble contig”即可。

选择高低的原则是在保证所分析的序列在一个“contig”内的前提下，尽量提高“minimum math percentage”的值。

DNAStar使⽤⼿册DNAStar 中⽂使⽤说明书编者：宋晨⼀、EditSeq (2)三、MapDraw (23)四、MegAlign (32)五、PrimerSelect (42)六、Protean (54)七、SeqMan II开始 (64)⼀、EditSeq打开已有序列我们从⽤苹果计算机打开“TETHIS21MA ”和⽤Windows 打开“tethis21.seq”开始。

假设序列的末尾有载体序列污染。

我们在⽤EditSeq 打开序列的同时，⽤Set Ends 命令去除5’和3’污染序列。

从⽂件菜单（FILE MENU），选择Open。

打开⽂件夹“Demo Sequences”单击选定单击位于对话框右下⾓的序列“TETHIS21”。

Set Ends 按，点钮。

Set Ends 被打开（如右）。

在5’框和3’框中键⼊50和850击OK。

单击Open 打开序列。

当EditSeq 窗⼝打开时，序列长度显⽰在右上⾓。

通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的801 bp 的⽚段。

Set Ends 选择在全部Lasergene 应⽤程序中都可以使⽤。

寻找开放读框在这⼊门的⼀部分中，我们将确定序列中最⼤的ORF，并翻译它。

从SEARCH MENU 找到ORF，点击打开会出现右边的对话框。

单击Find Next 寻找第⼀个ORF 的位置。

继续点击Find Next 直到你把ORF 的位置选定在位置183-455。

ORF的坐标会出现在EditSeq 窗⼝的顶端附近。

DNA 序列翻译这⼀节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分翻译。

如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指⽰棒显⽰为实⼼⿊线（如左图）。

如果都可以⽤下⾯的⽅法进⾏你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右⾯的箭头显⽰向左或向右移动⼀个bp，以使所选序列成为三的倍数。

选定ORF，从GOODIES MENU ranslate）。

42 SeqMan笔记本：A电脑创建时间：2013/12/10 8:35更新时间：2013/12/10 9:071.打开lasergene-dnastart-seqman2.点击add sequences,注意文件格式为.ab1,该文件为测序峰图文件。

3.添加序列文件，本例为16_xxxx.ab1，点击打开，序列添加到Selected sequences窗口。

4.点击done,序列成功加入主程序窗口5.选中想要拼接的序列，点击assemble,拼接开始。

6.拼接完成后出现，拼接成功提示，creating new contig1:from xxx entering xxx7.点击窗口右上角，“-”最小化，将拼接提示最小化，回到主窗口。

8. 此时主窗口上方出现拼接好的contig1的信息，574bp,来源于两条序列。

9.双击contig1出现具体的拼接过程窗口。

10.点击16前的黑色三角符号，可以看到序列峰图（注意峰图非常重要，不同颜色代表不同碱基，峰型表示测序可信度）。

11.详细讲一下峰图：测序反应开始时和结束时的序列是读不准的（测序的原理决定）。

一个测序反应最多能测定500-800个碱基，且测序反应开始和结束的碱基读不准。

ITS45的长度在500bp左右，意味着单向测序末端会读不准。

采用双向测序，在R向峰分辨率极度降低时，F向正好处在分辨率最高的测序区域，所以这段序列程序会以F向测序结果为准。

seqman在序列拼接的同时，让测序峰图可见，让我们可以判断测序结果的可靠性。

12.接着说拼接完成后如何拷贝拼接好的序列，其实非常简单，选中顶上的consensus中的序列，全选，ctrl+C，拼接好的序列就复制到剪切板中了，可以粘贴到txt中使用。

测序后的序列为两种形式：abi，seq
abi：波峰图seq：atcg序列
seqman→file→new→skip→add sequences→选择一对引物的.seq和.abi 格式的文件双击（或者选中文件→add）→done→assemble→双击右侧的conting→看峰的好坏进行裁剪→contig→save consensus→single file→命名保存为.fas格式→file→close
mega比对
用mega打开所需比对的文件，如果要添加序列可以选中最下面一个基因序列的一个碱基，右键copy。

选中一个碱基→W→align DNA→OK→OK
→alignment→align by clustalw→OK→OK
将比对完的数据另存为mega格式
用mega打开该文件
点击TA
C：保守位点V：变异位点Pi：简约信息位点S：单个位点0 ：0倍退化位点 2 ：2倍退化位点 4 ：4倍退化位点Statistics→nucleotide composition 核苷酸组成
Distance→compute pairmise distance…→OK→compute两两遗传距离。