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•中医中药-中国医药导报2021年3月第18卷第7期基于网络药理学研究黑豆方主要药物治疗湿疹的作用机制曲尧1范玉2刘绿野3王钰菁3张洁1耿立东21.山东中医药大学第一临床医学院，山东济南250014；2.山东中医药大学附属医院皮肤科，山东济南250014；3.山东中医药大学中医学院，山东济南250014［摘要］目的基于网络药理学方法研究黑豆方主要药物治疗湿疹的作用机制。
方法通过相关网络数据库（中药系统药理学数据库与分析平台、药物靶标数据库、GeneCards、在线人类孟德尔遗传综合数据库）获得药物成分及对应靶点、疾病相关基因，通过软件构建网络关系并进行相关的生物信息学分析，探究黑豆方主要药物（黑豆、马齿苋、地骨皮、黄柏、白鲜皮、白及）治疗湿疹的作用机制。
结果从数据库中筛选获得6味药物相关成分89种，药物与湿疹交集基因47个。
对数据进行网络分析，提示槲皮素、豆甾醇等成分可能是对湿疹起主要治疗作用的成分,网络分析显示，黑豆方对湿疹的治疗过程可能与白细胞介素6、胱天蛋白酶3、人源全长重组蛋白P01等基因及肿瘤坏死因子信号通路密切相关。
结论黑豆方治疗湿疹是多种药物成分通过多靶点、多途径相互作用的结果，为黑豆方临床应用治疗湿疹提供了一定的理论依据，揭示部分治疗湿疹过程中尚未明确的关键基因和通路,对后续的药物应用及临床治疗提供一定的参考。
［关键词］黑豆方；湿疹；网络药理学；富集分析冲图分类号］R758.2［文献标识码］A［文章编号］1673-7210（2021）03（a）-0130-06Study on the mechanism of the main drugs of Heidou Formula in the treatment of eczema based on network pharmacologyQU Yao'FAN Yu2LIU Luye3WANG Yujing ZHANG Jie'GENG Lidong21.The First Clinical Medical School,Shandong University of Traditional Chinese Medicine,Shandong Province,Ji'nan250014,China; 2.Department of Dermatology,the Affiliated Hospital of Shandong University of Traditional Chinese Medicine,Shandong Province,Ji'nan250014,China;3.College of Traditional Chinese Medicine,Shandong University of Traditional Chinese Medicine,Shandong Province,Ji'nan250014,China[Abstract]Objective To study the mechanism of the main drugs of Heidou Formula in the treatment of eczema.Methods Drug components,corresponding targets and disease-related genes were obtained through relevant online databases(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,DrugBank,GeneCards, on-line Mendelian inheritance in man database).Network relationship was constructed by software and analysis of related bioinformatics was conducted to explore the mechanism of the main drugs of Heidou Formula(Sojoe Semen Nigrum,Portulocoe Herb)a,Lycii Cortex,Phellodendri Chinensis Cortex,Dictamni Cortex,Bletilloe Rhizomo)in the treatment of eczema.Results Six drugs with89ingredients and47drug-eczema intersection genes were selected from the databases.A network analysis of the data indicated that quercetin,stigmasterol and other components might be the main therapeutic components for work analysis showed that the therapeutic process of Heidou Formula for eczema might be closely related to genes,such as interleukin6,caspase3,human recombinant protein P01and tumor necrosis factor signaling pathway.Conclusion Heidou Formula for eczema is the result of the interaction of multiple drug components through multiple targets and pathways,which provides a theoretical basis for the clinical applicationof Heidou Formula for the treatment of eczema.It re-［基金项目］山东省中医药科技发展计划项目（2019-0177）o ［作者简介］曲尧（1995-）,男，山东中医药大学第一临床医学院2019级中医外科学专业在读硕士研究生;研究方向:中西医结合治疗皮肤性病。
基因的富集分析名词解释基因的富集分析（Gene Enrichment Analysis）是一种生物信息学分析方法，用于确定在特定生物学条件下，与某种现象或功能相关的基因集合。
通过对基因进行分类和注释，富集分析可以揭示基因集合中的生物学特征和功能，并帮助科研人员理解这些基因在特定生物学过程中的重要作用。
1. 富集分析的基本原理富集分析的基本原理是利用统计学的方法，将一个感兴趣的基因集合与已知的基因功能和生物学过程相关的数据库进行比较。
这些数据库包括基因本体（Gene Ontology），路径way数据库（如KEGG、Reactome）和蛋白质互作网络等。
通过计算在感兴趣的基因集合中特定功能或过程相关的基因数量的统计学显著性，富集分析可以确定哪些功能或过程在该基因集合中富集。
2. 基因本体富集分析基因本体（Gene Ontology，简称GO）是一套用于描述基因和基因产品功能的层次化和结构化的分类系统。
GO分类包括三个方面：分子功能（Molecular Function）、细胞组分（Cellular Component）和生物过程（Biological Process）。
基因本体富集分析通过统计学方法，确定在某个基因集合中，哪些GO分类的基因数量显著富集，从而揭示这些基因在特定的生物功能中的重要作用。
3. 通路富集分析通路富集分析（Pathway Enrichment Analysis）是富集分析的一个重要分支。
生物内部的许多生物学过程是通过一系列相互作用的分子通路来调控的。
通路富集分析通过比较一个基因集合中包含的基因与已知的通路数据库之间的显著性差异，来确认哪些通路在该基因集合中富集。
这可以帮助研究人员深入了解这些通路在特定生物学过程中的作用。
4. 网络模块富集分析近年来，随着高通量测序技术的发展，生物网络研究也变得越来越重要。
网络模块富集分析是一种基于蛋白质互作网络的富集分析方法。
它通过将一个感兴趣的基因集合投射到蛋白质互作网络中，并计算这些基因组成的子网络与整个网络之间的显著性差异，来确定哪些网络模块在这个基因集合中富集。
基因本体论(go)功能注释 gene ontologyannotation基因本体论（Gene Ontology，简称GO）是一种用来描述基因功能的标准化系统。
GO的功能注释则是使用GO术语为基因或蛋白质序列进行注释，帮助科学家理解生物体内基因的功能和相互关系。
本文将介绍基因本体论（GO）的概念和作用，以及基因本体论功能注释的流程和应用。
一、基因本体论（GO）的概念和作用基因本体论（GO）是一种标准化的词汇系统，用于描述基因和蛋白质的功能、过程和组件。
GO包含三个主要的本体：分子功能（Molecular Function）、生物过程（Biological Process）和细胞组件（Cellular Component）。
每个本体都包含一系列术语和相应的定义，科学家可以根据这些术语和定义来描述基因的功能。
基因本体论的作用是帮助科学家对基因和蛋白质进行分类和理解。
通过将基因和蛋白质注释到GO术语上，科学家可以更准确地了解它们的功能、参与的生物过程以及位于细胞的哪个组件。
这对于研究基因的功能以及疾病的发生和发展有着至关重要的意义。
二、基因本体论功能注释的流程基因本体论功能注释是指将基因或蛋白质序列与基因本体论术语进行关联的过程。
下面是一般的基因本体论功能注释流程：1.数据预处理：获取待注释基因或蛋白质的序列数据，排除冗余数据和噪音数据。
2.基因本体论术语获取：从基因本体论数据库中获取相应的术语，包括分子功能、生物过程和细胞组件。
3.序列比对：将待注释的基因或蛋白质序列与已知序列进行比对，找出相似序列。
4.注释：根据序列比对的结果，将相似序列的注释信息转移到待注释序列上。
5.术语关联：根据注释信息，将待注释基因或蛋白质与相应的基因本体论术语进行关联。
6.结果验证：对注释结果进行验证和统计分析，评估注释的准确性和可靠性。
三、基因本体论功能注释的应用基因本体论功能注释在生命科学研究中有着广泛的应用。
以下是一些常见的应用领域：1.基因功能研究：通过注释基因的功能，科学家可以更好地理解基因在细胞中的作用，从而揭示生物体内复杂的生物过程。
基因表达调控网络构建及功能分析方法评估简介：基因表达调控网络是指由与基因表达相关的调控因子和它们相互之间的调控关系所构成的一个网络系统。
构建和分析基因表达调控网络是揭示基因调控机制和理解生物学现象的重要手段之一。
在本文中，我们将探讨基因表达调控网络的构建方法以及对其功能的评估方法。
一、基因表达调控网络的构建方法基因表达调控网络的构建方法多种多样，下面将介绍几种常用的方法。
1.基于RNA-seq数据的方法RNA-seq技术可提供基因表达水平的定量信息，通过差异表达基因的筛选和聚类分析，可以构建基因表达调控网络。
此外，还可以利用RNA-seq数据计算基因间的相关系数来发现具有相似表达模式的基因，并基于这些相似关系来构建调控网络。
2.基于ChIP-seq数据的方法ChIP-seq技术可用于鉴定某一特定调控因子与基因的结合位点。
通过分析ChIP-seq数据，可以确定调控因子与特定基因之间的调控关系，并构建调控网络。
3.基于转录因子结合位点的预测方法转录因子结合位点是转录因子与基因间调控关系的重要指标。
通过利用转录因子结合序列的共享模式和转录因子结合位点的预测算法，可以预测转录因子与基因的调控关系，并构建调控网络。
二、基因表达调控网络的功能分析方法基因表达调控网络的功能分析可帮助我们了解调控因子在基因调控中的作用以及网络中的功能模块。
1.富集分析富集分析是指对基因表达调控网络中的基因集合进行功能富集分析，以确定它们在特定生物学过程中的重要性。
常用的富集分析方法包括基因本体论（GO）富集分析和通路富集分析。
2.模块发现基因表达调控网络通常包含多个功能模块，模块发现是指在网络中发现具有相似功能的基因子集合。
模块发现方法常用的有聚类分析、模块度算法等。
3.网络可视化基因表达调控网络的可视化是对调控网络结果进行可视化展示，能够直观地显示网络中基因及其调控因子之间的关系。
最常见的网络可视化工具包括Cytoscape、Gephi等。
支气管哮喘是临床比较常见的疾病。
哮喘属于中医“哮病”范畴，风痰阻肺是其病机。
三子养亲汤来源于《韩氏医通》，具有祛风化痰、降气平喘的功效。
药理研究发现［1］，三子养亲汤具有抗炎、止咳、平喘、祛痰的药理作用，作为治疗支气管哮喘的常用方剂。
网络药理学是近年来发展起来的新型学科，已被广泛用于中药活性成分的筛选、作用靶点的预测、中药作用机制及疾病发生机制的推测［2-4］。
分子对接技术被用于理论验证受体与药物分子之间结合模式和亲合力［5-8］。
本研究基于网络药理学和分子对接技术，探讨三子养亲汤治疗支气管哮喘的潜在治疗作用，为三子养亲汤的临床应用和研究提供新的思路。
1材料与方法1.1三子养亲汤活性成分的搜集、筛选和成分靶点预测通过TCMSP数据库（http：///tcmsp.php）以“紫苏子”“莱菔子”“芥子”为关键词，检索各中药的化学成分，并以OB≥30%、DL≥0.18作为筛选条件，得到活性成分［5-8］。
同时，在TCMSP数据库TargetsInformation项下得到活性成分对应的靶标蛋白，并借助Uniprot（https：///）数据库转化为基因名。
1.2疾病靶点预测通过GeneCards数据库（http：// /）和OMIM数据库（https：///），获取支气管哮喘的靶点基因。
1.3网络构建用R软件，获取疾病与成分的共同靶点。
将共同靶点导入STRING在线软件，物种选为homo sapiens，最高置信度设置为0.9，去掉游离节点，获得PPI网络图。
用Cytoscape3.7.2软件进行拓扑分析，以种节点度（degree）值大于中位数作为筛选条件，确定关键靶点，探讨三子养亲汤的潜在物质基础和治疗支气管哮喘的关键靶点，并建立三子养亲汤药物-成分-靶点-疾病网络。
1.4GO和KEGG分析使用David［9］（https：//david. /）对网络中的共同靶点进行GO和KEGG分析。
GO分析选择生物过程（BiologiclProcess，BP）、细胞组分（Cellular Component，CC）和分子功能（Molecular Function，MF）3个模块绘制成条形图，并以P＜0.05作为显著功能与通路的临界值。
DAVIDMetascape：专注于基因功能注释和富集通路分析的⽹站本⽂⾸发于 ”百味科研芝⼠“ 微信公众号，转载请注明：百味科研芝⼠，Focus科研⼈的百味需求今天⼩编将为⼤家介绍两个功能富集分析⽹页版⼯具——DAVID和Metascape⽹站，这两个都是专注于基因功能注释和富集通路分析的⽹站。
DAVID⽹站界⾯介绍先看第⼀个⽹站——DAVID⽹站，官⽅⽹址为：https:///。
输⼊⽹址后进⼊⽹站主页，DAVID⽹站左侧区域是其四个常⽤的⼯具，⽽常⽤的是功能注释和ID转换⼯具。
操作步骤⾸先介绍DAVID⽹站的功能注释⼯具，点击“Functional Annotation”，在Step1中输⼊我们准备好的20个差异基因，按照步骤输⼊。
值得注意的是，DAVID⽹站的基因输⼊⾸先不能是单个基因，单个基因富集不到有意义的通路或者功能；DAVID⽹站的gene list限制输⼊不超过3000个基因；输⼊格式是每⾏⼀个基因名或者基因名⽤逗号隔开。
Step2中选择'OFFICIAL_GENE_SYMBOL', Step3中选择'Gene list'。
点击提交列表，跳转界⾯。
点击“Gene_Ontology”进⾏GO分析(基因本体论)，也就是对基因进⾏功能注释，勾选GO分析的三个参数：BP（⽣物学过程），CC（细胞组分），MF（分⼦功能）。
点击BP后⾯的“Chart”。
然后点击“Download File”,下载GO分析BP的数据，跳转页⾯。
全选后粘贴，保存在⼀个txt⽂件⾥⾯，⽤EXCEL打开查看如下。
同样的⽅法下载GO分析的CC、MF数据，保存在TXT⽂档⾥⾯。
例如本帖选择基因功能富集数量最多五个(数量相等情况下根据P-Value值选择)做条形图，最简单的⽅法是使⽤EXCEL来做，准备⼀个EXCEL表格，将GO号和count数据放在表格⾥⾯。
选中新建的列表，点击插⼊-图表-条形图-堆积条形图。
基础研究中国民间疗法 犆犎犐犖犃 犛犖犃犜犝犚犗犘犃犜犎犢，犕犪狉 ２０２４，犞狅犾 ３２犖狅 ５通信作者：樊茜，Ｅ ｍａｉｌ：ｆｑ１３９９４２５２８１２＠１６３．ｃｏｍ第一作者：侯鹏霄，Ｅ ｍａｉｌ：５４４７８２８７０＠ｑｑ．ｃｏｍ （扫描二维码 查看文中图片）基于网络药理学研究浙贝母 山慈菇药对干预甲状腺癌的作用机制侯鹏霄樊茜（山西省肿瘤医院／中国医学科学院肿瘤医院山西医院／山西医科大学附属肿瘤医院，山西太原０３００１３）【摘要】 目的：采用网络药理学的研究方法，探索浙贝母 山慈菇药对干预甲状腺癌的机制。
方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（ＴＣＭＳＰ）中查找浙贝母和山慈菇这两味中药的活性成分，检索有效活性成分的作用靶点，利用Ｕｎｉｐｒｏｔ将各作用靶点转换成基因通用名。
在ＯＭＩＭ、ＧｅｎｅＣａｒｄｓ数据库中分别筛选和甲状腺癌有关的靶点，通过Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．１软件把得到的结果进行可视化，绘制药物 成分 靶点网络图及核心靶点的蛋白质 蛋白质相互作用网络，将药物作用靶点与疾病靶点采用Ｍｅｔａｓｃａｐｅ在线数据库进行京都基因与基因组百科全书（ＫＥＧＧ）及基因本体（ＧＯ）功能富集分析。
结果：浙贝母 山慈菇药对调治甲状腺癌的核心成分有１０种，其潜在的作用靶点有７５个；数据库筛选出与甲状腺癌相关的疾病作用靶点２３５７个，甲状腺癌疾病核心靶点９６个，其中ＮＰＭ１、ＨＳＰＡ５、ＨＤＡＣ５等基因较为关键。
ＧＯ功能富集分析细胞组分主要与核糖核蛋白复合物有关，分子功能主要与组蛋白脱乙酰酶结合有关，生物过程主要与调节细胞对压力的反应有关。
ＫＥＧＧ信号通路富集主要包括新型冠状病毒感染、细胞凋亡、剪接体及缺氧诱导因子 １（ＨＩＦ １）信号通路和细胞周期等信号通路有关。
结论：浙贝母 山慈菇药对干预甲状腺癌的机制包含多靶点、多通路，可为后续临床应用及药物开发提供理论依据和方向。
【关键词】 甲状腺癌；浙贝母 山慈菇；药对；网络药理学中图分类号：Ｒ２５９；Ｒ２８５ 文献标识码：Ａ 犇犗犐：１０．１９６２１／ｊ．ｃｎｋｉ．１１ ３５５５／ｒ．２０２４．０５１９ 我国甲状腺癌的发病率呈持续上升趋势，研究表明，我国甲状腺癌的发病率为２０．３／１０万，是目前常见的内分泌系统恶性肿瘤［１］。
DOI：10．13193/j．issn．1673-7717．2021．05．022基于网络药理学的山茱萸酒制科学内涵探究吴信华，瞿慧，曹园，方祝元（南京中医药大学附属医院，江苏南京210029）摘要：目的利用网络药理学方法探讨山茱萸酒制前后功效变化的分子机制，从而揭示山茱萸酒制的科学内涵。
方法查阅文献收集山茱萸酒制前后的差异成分，联合SIB、SEA、STITCH、TCMSP多个数据库分析所有成分的作用靶点，利用STＲING数据库和Metascape工具筛选出核心靶点。
运用Cytoscape3．2．1软件构建差异成分－靶点网络、蛋白相互相互作用（PPI）网络，通过DAVID进行基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，最后运用BioGps数据库对所得靶点进行器官定位。
结果共筛选出9种差异成分和46个相应靶点，通过GO功能分析和KEGG通路分析，共得到85个GO条目和14条KEGG通路，器官定位结果表明作用的核心病位为肝。
结论分析结果表明，山茱萸酒制后的功效改变是化学成分变化及其相互作用的结果。
酒萸肉主要通过cAMP、神经活性配体－受体相互作用、PI3K－Akt等信号通路发挥补益肝肾、免疫调节和抗衰老作用。
关键词：山茱萸；酒制；网络药理学；差异成分；靶点；功效中图分类号：Ｒ283文献标志码：A文章编号：1673-7717（2021）05-0081-07Exploration of Scientific Connotation of Processing of Shanzhuyu（Corni Fructus）withWine Based on Network PharmacologyWU Xinhua，QU Hui，CAO Yuan，FANG Zhuyuan（Affiliated Hospital of Nanjing University of Chinese Medicine，Nanjing210029，Jiangsu，China）Abstract：Objective Processing with wine is one of the important processing methods of Shanzhuyu（Corni Fructus），which may significantly enhance its effects of nourishing liver and kidney，as well as preventing decrepitude and strengthening immuni-ty．This study aimed to clarify the molecular mechanism of how the ingredient variation affected the efficacy of processed Shanzhuyu（Corni Fructus），and elucidate the scientific connotation of this processing methodology based on network pharmacolo-gy．Methods The major different ingredients between crude and processed Shanzhuyu（Corni Fructus）were screened out based on literature．The potential targets of these ingredients were predicted according to SIB，SEA，STITCH，TCMSP database，and the core targets were selected out by STＲING database and Metascape．Cytoscape software were used to construct protein－protein interactions network and ingredient－target network．GO function and KEGG pathways involved in the targets were analyzed by DAVID database．BioGps database was used to locate the target organs．Ｒesults Nine differential components and43core targets were screened out．The network analysis results showed that85GO terms and14KEGG pathways were involved．The results of organ localization showed that the core disease site was liver．Conclusion The changes in the efficacy between crude and pro-cessed Shanzhuyu（Corni Fructus）resulted from chemical composition alteration and their interactions．The enhancement of phar-maceutical efficacy of processed Shanzhuyu（Corni Fructus）may be accomplished by regulation of neuroactive ligand－receptor interaction，cAMP signaling pathway，PI3K－Akt signaling pathway and so on．Keywords：Shanzhuyu（Corni Fructus）；processing with wine；network pharmacology；differential ingredient；target；effica-cy基金项目：国家自然科学基金（81102772）；江苏省中医药局科技项目（JD201813）作者简介：吴信华（1995－），女，江苏泰州人，硕士研究生，研究方向：中药化学与分析。
2021年第31卷第6期/RM基于网络药理学及分子对接探讨黄连治疗2型糖尿病的作用机制刘慧玲1，谭定英1，黄敏1，陈平平1，张望2*1广州中医药大学医学信息工程学院，广东广州510006；2广州中医药大学第二附属医院，广东广州540120*通信作者：张望，E-mail：****************收稿日期：2021-04-22；接受日期：2021-06-25基金项目：国家自然科学基金青年项目（81703995）DOI：10.3724/SP.J.1329.2021.06007开放科学（资源服务）标识码（OSID）：摘要目的目的：：通过网络药理学及分子对接探讨黄连治疗2型糖尿病的作用机制。
方法方法：：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP），设定药物口服生物利用度（OB）≥30%和药物相似性（DL）≥0.18筛选出黄连的活性化学成分，利用UniProt数据库和CTD数据库，检索出活性成分对应的作用靶点以及2型糖尿病的相关靶点；利用Cytoscape3.6.1软件制作“黄连-活性成分-潜在靶点”可视化网络图，结合STRING数据库构建交集靶点的PPI网络图，对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。
另对核心靶基因与黄连的活性成分进行分子对接，验证活性成分与核心靶基因的结合能力。
结果结果：：①筛选出黄连的活性成分共有14种，治疗对应的2型糖尿病靶点189个，其中潜在靶点136个，包括核心靶点20个（degree≥12），有显著意义的信号通路137条。
②基因本体（GO）功能富集分析显示，黄连在治疗2型糖尿病的预测靶点所参与的生物学过程（BP）方面涉及腺发育、上皮细胞增殖、DNA结合转录因子活性的调节、氧化应激及对脂多糖等多种细胞凋亡反应；在分子功能（MF）方面涉及DNA转录因子结合、酶结合、受体结合等反应；在细胞组成（CC）方面涉及酶调节复合物、囊腔、膜微区、膜区的构成。
③“成分-靶点-通路”网络分析发现，黄连治疗2型糖尿病的主要潜在活性成分可能为槲皮素、氢化小檗碱、小檗碱等，其可作用于丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、肿瘤抗原p53（TP53）、转录因子AP-1（JUN）、肿瘤坏死因子（TNF）、白介素-6（IL-6）等核心靶点，从而对MAPK、糖基化终末产物（AGEs）-RAGE、PI3K-Akt、Toll样受体、HIF-1、TNF等信号通路进行调节，起到治疗2型糖尿病的作用。
