第五讲 PUBMED

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参考教案PubMedEmba

PubMed Emba 入门教程章节一：PubMed 简介1.1 课程目标：了解PubMed 的基本概念、功能和用途。

掌握PubMed 的访问方式和基本操作。

1.2 教学内容：PubMed 的定义和背景PubMed 的功能和特点PubMed 的访问方式PubMed 的基本操作（搜索、浏览、筛选、排序等）1.3 教学活动：讲解PubMed 的基本概念和功能演示PubMed 的访问方式和基本操作学生实操：搜索并筛选文献章节二：PubMed 搜索技巧2.1 课程目标：学习PubMed 的搜索技巧，提高搜索效率和准确性。

2.2 教学内容：PubMed 的搜索方式（关键词搜索、高级搜索等）常用搜索策略和技巧（同义词、布尔运算、位置运算等）检索式的构建和优化2.3 教学活动：讲解PubMed 的搜索方式和常用搜索策略演示检索式的构建和优化方法学生实操：构建检索式并进行搜索章节三：PubMed 文献浏览和筛选3.1 课程目标：学习PubMed 文献的浏览和筛选方法，快速找到所需信息。

3.2 教学内容：PubMed 文献的浏览方式（、摘要、全文等）常用筛选条件（时间、语言、发表期刊等）排序和分组功能3.3 教学活动：讲解PubMed 文献的浏览和筛选方法演示常用筛选条件和排序分组功能学生实操：根据需求进行文献浏览和筛选章节四：PubMed 文献获取和引用4.1 课程目标：学习PubMed 文献的获取和引用方法，方便进行文献阅读和写作。

4.2 教学内容：PubMed 文献的获取方式（全文、引用信息等）文献引用格式（APA、MLA等）文献管理工具的使用（如EndNote、Zotero等）4.3 教学活动：讲解PubMed 文献的获取和引用方法演示文献引用格式的编写和文献管理工具的使用学生实操：全文、编写引用信息并使用文献管理工具章节五：PubMed 高级应用5.1 课程目标：学习PubMed 的高级应用，进行更深入的文献研究和分析。

pubmed文献检索PPT课件

编辑版
77
2. PubMed的主题词检索是其最具特色的功能之一，能保证较好的查准率及查准率。主题词组配副主题词使检索结果更为专指，限定在主要主题词检索能使结果更准确。
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78
3.但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如很多专指的概念没有相应的主题词，一些新出现的概念要几年后才收录为主题词这种情况下，不宜采用主题词检索，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率。此外，主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献（in process citations），这也是需要注意的。
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69
Clinical Queries临床咨询
研究范畴:一般疾病的病因学、预后、
诊断、预防以及治疗 Finding Systematic Reviews：提供系统评价、meta分析、临床试验综述临床指南等循证医学文献信息的查找
Medical Genetics Searches
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70
编辑版
编辑版
59
4）应用MeSH主题词的Major Topic（主要主题词）检索：
可以使检索结果更加准确。
点选Restrictions Search to Major Topic headings only，
限定检索结果为主要主题词。
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60
建立检索式
如果有多个主题词，可以先分别对每个主题词进行检索，再在高级检索的Search History中用检索序号进行布尔逻辑运算；也可以通过主题词检索页面的PubMed search 直接建立检索式
形变异词。 ▪ 截词功能只限于单词，对词组无效
编辑版
30
布尔检索
布尔运算符AND，OR，NOT必须大写从左至右进行布尔运算以通过加圆括符改变运算顺序

《pubmed文献检索》课件

我的图书馆和个人账户
1 个人账户
在PubMed上，您可以创建个人账户并保存有用的文献，以便以后查看和组织。
2 我的图书馆
通过我的图书馆功能，您可以将文献保存到您的个人图书馆中，并与其他人分享和合作。
最佳检索实践
1研究的目标和问题有清晰的了解。
2
步骤二：构建关键词
根据研究目标，构建与之相关的一组关键词和同义词。
3
步骤三：搜索和筛选
使用合适的检索策略，搜索PubMed数据库，并根据相关性和质量对文献进行筛选和排序。
常见检索错误和解决方案
错误：关键词选择不当
解决方案：仔细选择与研究主题密切相关的关键词，避免广泛或模糊的词汇。
错误：忽略相关的过滤选项
解决方案：利用高级搜索功能，使用文献类型和语言等过滤选项来缩小结果范围。
错误：搜索结果太少或太多
解决方案：调整搜索策略，添加或删除一些筛选条件，以匹配您的需求。
错误：不使用布尔运算符
解决方案：使用AND、OR、NOT等布尔运算符来优化您的检索策略。
如何评估PubMed文献的可靠性
同行评审
确保您选择的文献已通过同行评审，这意味着它已经被其他专家认可为具有高质量和可靠性。
如何进行PubMed文献检索
关键词搜索
通过输入相关的关键词，我们可以快速找到与我们研究主题相关的文献。
高级搜索
高级搜索功能允许我们使用更多的筛选条件，如作者、期刊、日期范围等，精确地缩小搜索结果的范围。
文献类型和语言筛选
通过选择文献类型和语言参数，我们可以进一步细化我们的搜索结果，以便找到具体类型和语言的文献。
引用数量
检查文献的引用数量，高引用数量通常表示该文献在学术界有一定的影响力。

pubmed数据库检索ppt课件

Web of Science
学科覆盖面较广，不仅限于医学领域，还涵盖了工程技术、物理、化学、社会科学等众多领域，提供引文追踪和分析功能；
Google Scholar
搜索引擎性质，可以搜索到各种类型的文献，包括学术论文、专利、会议论文等，覆盖面广泛。
06
PubMed数据库检索应用案例
临床疾病研究检索案例
总结词
临床疾病研究检索案例
详细描述
PubMed数据库在临床疾病研究方面具有广泛的应用，例如检索关于糖尿病、心血管疾病、癌症等领域的最新研究成果。通过关键词、主题词、作者等检索条件，研究人员可以快速获取相关文献，为临床实践和研究提供科学依据。
药物研发检索案例
总结词
药物研发检索案例
详细描述
在药物研发过程中，PubMed数据库也发挥了重要作用。研究人员可以利用PubMed数据库检索新药研发相关的文献，了解药物的作用机制、药效学和药代动力学等方面的信息。这有助于加速药物研发进程，提高新药的成功率和效益。
基础医学研究检索案例
总结词
基础医学研究检索案例
详细描述
基础医学研究是医学领域的重要组成部分，而PubMed数据库在基础医学研究检索方面也有广泛应用。例如，研究人员可以利用PubMed数据库检索基因、蛋白质、细胞等方面的最新研究成果，了解生命科学领域的最新进展，为进一步的基础医学研究提供思路
和方向。
提供多种检索方式，支持关键词、作者、标题等字段的检索，同时支持高级检索和模糊检索。
数据库发展历程
01
02
03
04
1996年
美国国家医学图书馆（NLM）建立PubMed数据库，最初只收录MEDLINE数据库中的文献。

整理Pubmed检索方法.ppt

Ages：共有13个年龄段
Gender：男性、女性
Human or Animal
Subsets（子集）：11个主要子集
Dates：可检索1965年至今的文献
.精品课件.
28
限定检索
索引检索
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29
PubMed高级检索实例
例: 查找关于“锌对于2岁婴儿（即出生至23个月）成长的作用”（要求时间2000— 2008）的英文文献
.精品课件.
9
标记不同，出自分库亦不同
.精品课件.
10
与NCBI其它数据库的链接
Nucleotide：DNA序列数据库 Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库
PMC: PubMed中心，免费全文期刊检索
外文医学数据库
—— PubMed
1
PubMed
一、PubMed数据库简介二、PubMed数据范围三、PubMed主页
四、PubMed检索方法五、检索结果的处理
.精品课件.
2
一、 PubMed数据库简介
PubMed是美国NLM所属的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的一个以 Web 方式向用户提供服务的生物医学文献检索系统，是目前世界上查找医学文献利用率最高的网上免费数据库
.精品课件.
23
四、PubMed的检索途径和方法
基本检索
高级检索
主题检索
期刊检索
专用检索
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24
.精品课件.
25
.精品课件.
26
预览检索框检索史

PubMed检索攻略PPT精选课件

PubMed每条记录均有惟一的识别号PMID(PubMed Unique Identifier) 。
MEDLINE: PubMed主体部分，记录均标有[PubMedindexed for MEDLINE]
In Process Citation: 又称PreMEDLINE,记录均标有 [PubMed-in process]
4
47
输入检索信息
点击“Search”
例：检索《病毒杂志》（archives of virology）2009年发表的《基因稳定性与连续性分析》（genetic stability and linkage analysis）这篇文献
PubMed
1
主要内容
一、PubMed概述二、PubMed检索途径与使用方法三、循证医学文献检索
2
一、PubMed概述
简介
PubMed是由美国国立医学图书馆(National Library of Medicine , NLM)下属美国生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ,NCBI)研制的基于Web的文献数据库
40
确定主题词
41
选择副主题词
添加到检索框检索
主题词加权检索选项
42
检索结果
43
例：通过主题词途径，检索有关心肌梗塞（myocardial infarction）预防（prevention and control)方面的文献。要求主题词加权、不扩展检索
添加到检索框检索
勾选加权检索、不扩展检索选项
1971年正式建立了该系统的联机系统，称为“MEDLARS 联机检索系统”(MEDLARS online)，即MEDLINE系统

pubmed讲课课件(信息中心)

3
PubMed概况 PubMed概况
收录文献的时间范围：收录文献的时间范围： 19501950每日更新（周二-周六）每日更新（周二-周六）检索全世界生物医学期刊论文的重要工具与Medline光盘数据库的区别：检索机制、检 Medline光盘数据库的区别检索机制、光盘数据库的区别：索界面、检索方法以及收录文献数量不同。索界面、检索方法以及收录文献数量不同。网址：/pubmed 网址：或
属于Medline收录范围，建立ti、、（暂）不属于Medline au、ab等基本书目信息。、收录范围，但也建立ti、、 au、ab等基本书目信、 PubMed - in process 息。
赋予MeSH、PT等字段并被index。
PubMed - indexed for MEDLINE
20
PubMed基本检索 PubMed基本检索
作者姓名检索
中国人姓名格式： name、 name。中国人姓名格式：Last name、First name。如：钟世珍，就有如下拼写形式可供检索：钟世珍，就有如下拼写形式可供检索： ● Shi-zhen Zhong；Shi zhen Zhong； ShiZhong； Zhong； Zhong shi-zhen；Zhong，shi zhen →zhong sz shi-zhen；Zhong， →zhong ● Shizhen Zhong；zhong shizhen Zhong； →zhonMed基本检索 PubMed基本检索
期刊检索
若某一杂志名恰好是主题词或关键词，若某一杂志名恰好是主题词或关键词，如：cancer，， science，cell等，PubMed会首先将这些词转换成，等会首先将这些词转换成 MeSH词表中的主题词进行检索。因此，需要将检索请词表中的主题词进行检索。词表中的主题词进行检索因此，求进行标准化处理，即在杂志名后面加[TA]。如：求进行标准化处理，即在杂志名后面加。 "cell"[ta] 刊名中含有特殊字符，刊名中含有特殊字符，如[ ]、&等，要去掉：、等要去掉：输入时要写成J 如 J HAND SURG[AM] 输入时要写成 HAND SURG AM 中文期刊，中文期刊，用汉语拼音 Beijing da xue xue bao

PubMed数据库检索教程培训课件

COMPANY LOGO
直接输检索词，查询结果是与输入词相关
的主题词,共8个
PubMed数据库检索教程
28
主题词/副主题词选择
主题词副主题词
选择主/副主题词后，送到检索框
COMPANY LOGO
主要主题词下位词扩展
加权检索，即查重点论述的主题，提高文献相关度
PubMed数据库检索教程
29
COMPANY LOGO
PubMed数据库检索教程
20
查看邮件
COMPANY LOGO
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21
邮件保留相关链接
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PubMed数据库检索教程
22
期刊网站全文（网页格式)
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PubMed数据库检索教程
23
PMC原文
COMPANY LOGO
注意限定条件的使用与修改
PubMed数据库检索教程
11
Summary显示(默认格式）
COMPANY LOGO
题名
作者
出处（刊名、年、卷、期、页）
PMID 相关链接
检索明细框
PubMed数据库检索教程
12
改变显示格式
COMPANY LOGO
PubMed数据库检索教程
13
摘要显示及全文链接
COMPANY LOGO
树状结构表
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款目词（同义词）
系统自动扩展检索
❖了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考；
❖根据树形结构调整检索词
缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词；

第五章pubmed使用指南1PPT课件

PubMed使用指南
1
整体概述
一请在这里输入您的主要叙述内容
二
请在这里输入您的主要叙述内容
三请在这里输入您的主要叙述内容
2
主要内容
一、PubMed概况二、 PubMed数据来源三、 PubMed主页介绍四、 PubMed检索方法五、 PubMed的检索结果处理
3
PubMed 概况
➢ MeSH表期刊刊名表短语表作者索引
➢ 如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed 将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。
11
逻辑运算符
①逻辑“与”运算AND：检索式写成A AND B，表示文献中同时包含检索
⑵ 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”；
⑶ 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。
(4) 一个或多个检索词 ( 系统默认空格为 AND 检索）
如：placenta growth oxygen genbacev o
➢ 限制检索字段：如liver cancer[ti] ➢ 通配符( ? ) ，如: “en?oblast
6
PubMed数据来源
➢ Record Suppled by Publisher - 出版商直接向PubMed提供电子记录。包括 MEDLINE未收录的部分记录。记录中用 [PubMed-as supplied by publisher]标记表示。另外这些记录每天都向PREMEDLINE中传送，则改为[PubMed-in process]。

pubmed(2012) ppt课件

一、PubMed概述
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家医学图书馆（NLM）的一个分支机构，负责为医学、生物学方面的研究提供信息。
二、PubMed的特点与检索原理
(一)特点
1.信息资源丰富 2.链接功能强大 3.检索方式多样 4.显示格式灵活
common cold AND (vitamin c OR zinc)
2.字段限定检索
Example
DNA [Mesh] AND Crick [au] AND 1993 [dp]
Find citations on DNA that were authored by Dr. Crick in 1993.
3.短语检索功能(Phrase Searching)
也叫强制检索。即将短语作为一个词组，使用双引号标识，系统会将该短语作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行搜索。如：“single cell” ， “vitamin e”
使用双引号检索时，自动转换匹配功能自行关闭。
三、 PubMed检索系统
结果输出
File：将勾选的记录以原网页形式存盘 Clipboard：复制到剪贴板 E-mail Order
粘贴板中 2条
进入记粘录贴板
粘贴板内容
显示格式选项
文摘格式
结语
PubMed检索系统具有收录医学文献齐全，信息更新快，检索技术智能化，数据标引规范化，以及库与库之间、书目信息与期刊全文之间灵活的链接等强大的网络优势。
2.链接功能强大
链接NCBI提供的多个分子生物学数据库；链接NLM的多种文献资源；链接其他外部资源站点（Link out) 链接相关文献(Related Articles)

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三、检索方法与技巧
基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题检索 - MeSH Database 检索结果过滤—Choose additional filter
（二）高级检索界面
生成检索表达式显示区域检索表达式生成器
检索历史
•PT-Publication Type •DP-Publication Date •SO-Source •EDAT-Entrez Date •TA-Journal Title Abbreviation •GS-GeneSymbo •TI-Title •IS-ISSN •UID-Unique Identifiers
2.词汇自动转换
如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词语为止。若仍然没有匹配词，单个词会被联一起（用 AND）在全部字段中检索。例：pressure point转换为("pressure"[MeSH Terms] OR "pressure"[All Fields]) AND point[All Fields]
内容
一、概况介绍二、检索规则三、检索方法与技巧四、检索结果处理
2011年重庆医科大学精品课程申报
三、检索方法与技巧
基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题检索 - MeSH Database 检索结果过滤—Choose additional filter
出版商直接向PubMed递送的电子文献。记录标注[PubMed - as supplied by
publisher]
2.特色
PubMed中的主要数据来源于Medline 光盘数据库，而Medline光盘数据的特点是所有数据均进行了主题标引，并提供了 MeSH主题词途径检索，使检索结果更加准确。 PubMed具有强大的词语自动匹配转换功能，能对意义相同或相近的词语或词组进行全面搜索，并自动转换后再进行检索。
4.截词检索
通配符：* 在词的末尾加*号，PubMed就会检索出以该词为词根的所有词，譬如，infect*包括infections， infectious，infective，infectivity，infector等，但不包括*号后有一个空格的词组。截词检索将关闭自动词语匹配功能。
对话框中的AND OR NOT in builder是直接选择逻辑关系进行组配
高级检索——检索历史
高级检索——检索历史
显示检索结果
高级检索——检索历史
Show search details
高级检索——检索历史
功能CBI，并登录
Save in my ncbi，除了保存检索表达式之外，还具有设置定题服务——通过电子邮件对课题进行跟踪
（一）基本检索：Basic Search 直接输入检索词或检索式
1、基本检索特点可以输入任何字词，包括关键词、标题、作者、作者单位、主题词，甚至一句话，系统会自动识别并自动匹配进行检索。可以输入逻辑检索表达式 HIFU AND cancer 可以进行字段限制检索：ultrasound[MH]
1.简介
目前，PubMed收录的文献量超过 2200万篇，近年报道文献呈逐年递增的趋势,年报道文献量从以前的近40万条到近些年稳定在80多万条，每周更新。收录的其主要收录期刊以及部分在线图书。学科范围：主要来源于生物医学、医学（ health），部分来源于生命科学、行为科学、化学科学和生物工程。
想要查验检索词的转换情况，并进行调整和保存检索策略，可参考网页右边的“search details”部分
2.词汇自动转换
2. Journals Translation table
包括刊名全称、缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE的标准缩写 +[Journal Name]"后进行检索。
1.简介
PreMEDLINE
PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。记录标注[PubMed - in process]
1.简介
Publisher Supplied Citation
（二）高级检索
主要功能是提供字段进行字段限制检索，逻辑组配检索，根据检索需要，进行逻辑组配，生成复杂检索表达式
高级检索——检索表达式生成器
选择字段
选择逻辑关系
选择字段 Crohn's disease
高级检索——检索表达式生成器
检索历史功能：
•显示检索过程 •可以进行逻辑组配 •可以对检索历史进行保存与删除
4.界面数据库选择检索框
个性化服务
高级检索
帮助
工具
更多资源
内容
一、概况介绍二、检索规则三、检索方法与技巧四、检索结果处理
2011年重庆医科大学精品课程申报
二、检索规则
1.字段
AB-Abstract LA-Language AD-Affiliation MH-MeSH Terms AU-Authors PMID-PubMed Unique Identifier CY-Country
三、检索方法与技巧
基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题检索 - MeSH Database 检索结果过滤—Choose additional filter
(三)主题检索
(三)主题检索
问题：PubMed本身具有自动智能功能为什么还需要单独用MeSH进行检索呢？
2.特色 PubMed是文摘型数据库，但是其跟世界上主要的全文提供商进行合作，提供从文摘到全文数据库商网站（PMC、Springer等）全文链接，方便读者获取全文（包括免费和收费）。 PubMed提供对相关网站的检索能从PubMed检索结果，查看NCBI相关数据库引用当前检索结果的情况。可以利用它进行科研课题跟踪
1.简介
PubMed是由美国国立医学图书馆（National Library of Medicine, NLM）的下属机构国家生物技术信息中心（National Center of Biotechnology Information, NCBI ）开发的面向全世界免费开放的生物医学文献数据库。 PubMed是生物医学领域的权威数据库之一。
1.字段限制格式
smith jc[au] lancet[ta] gene therapy[ti] kidney failure[MH]
2.词汇自动转换
1. MeSH Translation table
系统会自动将检索词语转换为相应的MeSH词和 TextWord词（题名词和文摘词）进行检索。 Vitamin c 转换为: "ascorbic acid"[MeSH Terms] OR ("ascorbic"[All Fields] AND "acid"[All Fields]) OR "ascorbic acid"[All Fields] OR "vitamin c"[All Fields]
2.词汇自动转换
如果在短语上加半角双引号后，系统将只在 Phrase List中查找，不再进行自动转换。例如： “single cell” “oxygen free radicals”
3.布尔逻辑运算
逻辑词符（AND、OR、NOT）必须大写。 lung AND apoptosis; vitamin c OR ascorbic acid；Lead poising NOT children 运算优先级为: ( )> NOT > AND > OR。例如：drug therapy AND （asthma OR hay fever）布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识例如：dna[mh] AND crick[au] AND 1993[dp]
PubMed
黄成信息管理系文献检索教研室 attila520@
重庆医科大学信息管理系
内容
一、概况介绍二、检索规则三、检索方法与技巧四、检索结果处理
2011年重庆医科大学精品课程申报
内容
一、概况介绍二、检索规则三、检索方法与技巧四、检索结果处理
2011年重庆医科大学精品课程申报
3.网址 /pubmed/ /m/pubm ed/ 手机
New England journal of medicine 转换为
“N Engl J Med”[Journal]
2.词汇自动转换
3. Phrase List
该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。如果PubMed 系统在MeSH词表和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找该短语表。
基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题检索 - MeSH Database 检索结果过滤—Choose additional filter
检索历史
•鼠标右键点击序号出现对话框， AND ，OR ，NOT进行逻辑组配； •删除检索表达式； •显示检索结果； •显示检索详细情况； •保存检索表达式到my ncbi