2015年pubmed数据库使用指南

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临床查询
主题词数据库
基本检索
按出版日期排序 出版日期
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二、高级检索（Advanced search）
编辑框 检索框
检索历史
Pubmed中姓名表示
• 外文作者：如：john smith用 Smith J[au]
• 中文作者： 胡大一 表示为 Hu DY[au]
(National Library of Medicine, NLM)
• 美国的三大国立图书馆之一，是美国医学、 药理学、医药生物学与医药化学专业情报 中心，也是世界上最大的医学图书馆 。
NLM外景
PubMed是美国国立医学图书馆下属的 国家生物技术信息中心（NCBI）开发的、基 于WWW的查询系统。
•
或 Hu, Da yi [fau]
Hu, Da-yi [fau]
• 在pubmed检索你的名字，该如何拼写？
期刊的表示
• 外文期刊：直接输入期刊名，最好加上字 段，如：Cell[ta]
• 中文期刊：用汉语拼音表示，注意专有名 词要拼写在一起，例如《中华内科杂志》
• Zhonghua nei ke za zhi[ta] • 比如《黑龙江医药》 • Heilongjiang yi yao[ta]
• ①尽量使用主题词。 • ②注意先组检索词的使用。在利用词表查词时要
找全每个词的下位词有无此先组型词组。如“乳 腺癌”(Breast Cancer)，应首先在MeSH中顺着 “肿瘤”的下位词去找。必须注意，词表中的上 下位词是按概念成族的。因此“乳腺癌”只能作 为肿瘤的下位词出现，而不会作为“乳腺”的下 位词。如果词表中有“乳腺癌”这一先组式主题 词，就不应该用“ Breast AND Cancer”或 “ Breast AND Neoplasms”的提问式来检索。
键入“Pancreatic cancer”，系统将其转 换成：
• “pancreatic neoplasms ”[MeSH Terms] OR (“pancreatic” [All Fields] AND
“neoplasms”[All Fields] )
OR "pancreatic neoplasms"[All Fields] OR ("pancreatic"[All Fields] AND
第五章第二节
PubMed数据库
泰山医学院图书馆文献检索教研室
本节重点
• 重点： Basic search（基本检索）
•
Advanced search（高级检索）
•
Mesh search（主题词检索）
•
• 难点 details按钮的功能
•
主题词检索(Mesh database)
美国国立医学图书馆简介
"cancer"[All Fields]) OR "pancreatic cancer"[All Fields]”
2、刊名转换表
包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。 该转换表能把键入的刊名全称转换为 “MEDLINE缩写[Journal Name]”后进行检索。 如：在检索提问框中键入： “New England journal of medicine", PubMed 将其转换为"N Engl J Med"[Journal]后进行检索。
Lung cancer 的检索细节
检索历史
五、显示结果的处理
六、Pubmed的秘密
两大特点
• 词汇自动转换功能 • 链接功能
1、词汇自动转换功能
• （1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），
包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表 中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相 应的MeSH词和全字段词进行检索。 • 例如：键入“Pancreatic cancer”，
Clinical Queries（临床查询）
• 专为临床医生设置，通过过滤的方式专门 搜索治疗、诊断、病原学、预后和临床医 学指南5个范围的文献。
Topic-Specific Queries（主题查询）
• 可以按临床、主题、特殊期刊、其他特殊 要求查询
Pubmed 临床试验数据库
检索词的选择
3、强制检索功能
• 在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击 “search”，系统会高速用自动转换功能查找到相应 的匹配词后再进行检索；
• 但是，当键入的词语无匹配词时，PubMed就会将键 入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程，若 仍然没有匹配词，系统就将短语分解成单词，再用 AND联在一起在全部字段中检索。很明显，这样检 索的结果是不符合用户要求的。
地址或单位的表示
• 用地址或单位的标准英语拼写
举例：检索山东大学张运老师发表在 《中华心血管病杂志》的文章
点击
三、主题词检索
点击所选主题词
选择需要的副主题词
四、检索细节（Search details）
作用：1. 确定检索过程是否满意； 2.如不满意，修改后进一步检索。
检索：高血压的检索细节
注意：中文版直接用汉语拼音表示，如：
《中华内科杂志》表示为：zhonghua nei ke za zhi.
• 短语表（确定检索词是否为固定词组）
• 作者索引 外文作者：如：john smith用 Smith J[au] 中文作者： 胡大一 表示为 Hu DY[au]
或表示为 Hu, Da yi[fau] Hu, Da-yi[fau]
• 截词功能只限于单词，对词组无效。
• 使用截词检索功能时，PubMed系统会自动 关闭词汇转换功能。
• 2、强制检索符“ ” • 3、布尔逻辑运算符 • 运算符号AND 、OR、 NOT • 4.字段限定检索符号 [ ] • 例如：“zhang y” [au]
扩充内容
寻找相关文章
• PubMed检索时除了在自己数据库中检索之 外还可以在其他数据库中做检索。例如： BioSystems 、Books、Gene、 Protein （蛋白质序列数据库、Nucleotide(核酸序 列)数据库、OMIM(孟德尔人类遗传)数据库、 Structure（分子结构模型）数据库和 Genome(基因组序列)数据库。
•
• 因此，PubMed允许使用双引号（“”）来 强制系统进行短语检索。
• 例如，在PubMed主页的检索提问框中键入 “Single cell”，并用双引号引起来，然后点 击“Search”，系统会将其作为一个不可分 割的词组在数据库的全部字段中进行检索。
使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功 能。
Single cell 的例子
• 免费全文链接
• PubMed系统为免费的全文设置 【Free Article】的相关超级链接
七、PubMed数据库使用的运算符号
• 1 截词符 *
• PubMed允许使用 ﹡号作为截词符进行截词
检索。如：键入“physi*”，系统会找到那些 前 一 部 分 是 physi 的 单 词 （ 如 phsics ， physical，physioБайду номын сангаасogy等），并对其分别进 行检索。
网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
或者 http://www.pubmed.com
http://www.pubmed.gov
• PubMed 网上更新速度是每周一次， 目前收录2400多万篇文献。
• PubMed数据库收录的文献大多数原 始语种也是英语，一般有英文摘要， 5%文献有免费全文，大部分文献有 全文链接。
My NCBI
上机作业
• 1 检索胰腺肿瘤方面的综述
• 2 检索2006-2015年中华内科杂志被 PUBMED收录的文献
• 3 检索泰山医学院2000年至今被pubmed所 收录的文献
•THANKS!!
• ③选择规范的专业检索词。不规范的检索 词易造成误检、漏检甚至检索失败。如检
索某细菌的“耐药性检测”的课题，如果 用 “drug tolerance AND detection”就会造 成检索失败，因为“tolerance”是不规范的 检索词,规范的专业检索词应该是“drug resistance”。