非小细胞肺癌突变基因分析软件 性能指标

非小细胞肺癌检测指标说明汇总1、EGFR基因突变指标说明：表皮生长因子受体（EGFR）由一个胞内的酪氨酸激酶结构域，一个跨膜的亲脂性片段和一个胞外的配基结合域构成。

表皮生长因子（EGF）通过与EGFR的胞外区结合调控细胞的增殖与分化。

临床研究表明，癌细胞中发生EGFR基因外显子19缺失、外显子20插入或外显子21突变的患者，应用靶向药物EGFR酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI）易瑞沙治疗的有效率高达80%以上，而无此突变的患者则有效率不到20%。

同时，研究亦证实EGFR突变分布与临床上EGFR-TKI治疗有效人群一致，主要见于女性、腺癌、非吸烟者及亚裔患者。

实际治疗中，EGFR-TKI用药敏感的患者最终大多会产生耐药，其原因主要是由于EGFR基因外显子20的T790M突变（C-T）。

在2011年版《非小细胞肺癌临床实践指南（中国版）》中明确提出，EGFR外显子19缺失, 外显子21突变, 以及外显子18突变与肿瘤对酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）的敏感度有重要关系。

大量研究数据表明EGFR 基因突变主要集中在酪氨酸激酶区(Tyrosine KinaseCodingdomain，18-21 外显子)，其中19 外显子多为框内缺失(746-753)性突变，约占所有突变的45％﹔ 21 外显子多为替代突变(主要是L858R)，约占所有突变的40％。

目前普遍认为，这两个热点突变可以增强肿瘤细胞对TKI 的敏感性，并且可作为TKI 治疗的有效预测指标。

因此，检测EGFR基因突变对于指导NSCLC 病人临床用药具有重要的参考价值。

30-40%NSCLC癌患者存在EGFR基因扩增，治疗非小细胞肺癌的部分靶向药物正是针对EGFR基因扩增的患者，研究表明，EGFR基因扩增的患者，应用Gefitinib/ Erlotinib的有效率为35%，疾病控制率高达70%。

2、KRAS基因突变指标说明：人类肺癌标本中存在活化的KRAS突变基因，而在相应的正常组织却未发现，数据证实在人细胞系中的发现与发生在人类癌症中体细胞突变确实相关。

㊃论著㊃基金项目:上海市科学技术委员会基础研究项目非小细胞肺癌患者化疗前后血清肿瘤标志物C A 125㊁C E A 的变化及预后研究(15J C 1403010)通信作者:乔田奎,E m a i l :qi a o t k @163.c o m C E A ㊁C A 125㊁C Y F R A 21-1水平在E GF R -T K I s 治疗EG F R 突变阳性的非小细胞肺腺癌疗效评估中的临床价值何一文1,乔田奎2(1.上海市金山区亭林医院肿瘤科,上海201505;2.复旦大学附属金山医院肿瘤科,上海201508) 摘 要:目的 探讨表皮生长因子受体(E G F R )突变的肺腺癌患者血清癌胚抗原(C E A )㊁糖类抗原125(C A 125)㊁细胞角蛋白19片段抗原21-1(C Y F R A 21-1)水平与表皮生长因子受体-酪氨酸激酶抑制剂(E G F R -T K I s )治疗效果的关系㊂方法 选择我院收治的E G F R 基因突变的晚期非小细胞肺癌(N S C L C )腺癌患者186例,均采用一代E G F R -T K I s 治疗,分析治疗前C E A ㊁C A 125㊁C Y F R A 21-1水平与无进展生存期(P F S )㊁总生存期(O S )的关系㊂结果 186例接受E G F R -T K I s 治疗的肺腺癌患者治疗后中位P F S 与O S 为8.8个月㊁22.9个月㊂C E A 水平升高的肺腺癌患者中位P F S ㊁O S (13.2个月,26.7个月)优于C E A 水平正常患者(8.1个月,12.8个月),C A 125水平升高患者中位P F S ㊁O S (13.5个月,26.8个月)优于C A 125水平正常患者(8.2个月,12.4个月),C Y F R A 21-1水平正常患者中位P F S ㊁O S (12.8个月,25.8个月)优于C Y F R A 21-1水平升高患者(8.3个月,13.5个月)(P <0.05)㊂结论 E G F R 突变肺腺癌患者C E A ㊁C A 125水平升高及C Y F R A 21-1水平正常是评价E G F R -T K I s 疗效的正性预测因素㊂关键词:癌,非小细胞肺;腺癌;表皮生长因子酪氨酸激酶抑制剂;癌胚抗原;C A -125抗原;预后中图分类号:R 730.26 文献标志码:A 文章编号:1004-583X (2021)03-0220-05d o i :10.3969/j.i s s n .1004-583X.2021.03.006C l i n i c a l v a l u e o fC E A ,C A 125,a n dC Y F R A 21-1l e v e l s i n e f f i c a c y ev a l u a t i o no f E G F R -T K I s i n t h e t r e a t m e n t o fE G F R m u t a t i o n -p o s i t i v e n o n -s m a l l c e l l l u n g ad e n o c a r c i n o m a H eY i w e n 1,Q i a oT i a n k u i21.D e p a r t m e n t o f O n c o l o g y ,T i n g l i n H o s p i t a l ,J i n s h a nD i s t r i c t ,S h a n g h a i 201505,C h i n a ;2.D e p a r t m e n t o f O n c o l o g y ,J i n s h a n H o s p i t a l o f F u d a nU n i v e r s i t y ,S h a n gh a i 201508,C h i n a C o r r e s p o n d i n g a u t h o r :Q i a oT i a n k u i ,E m a i l :qi a o t k @163.c o m A B S T R A C T :O b je c t i v e T o e x p l o r e t h e r e l a t i o n s h i p of t r e a t m e n t e f f e c t s b e t w e e n t h e c o r r e l a t i o n o f c a r c i n o e m b r y o n i c a n t ig e n (C E A ),c a r b oh y d r a t e a n ti g e n 125(C A 125),c y t o k e r a t i n 19f r a g m e n t a n t i ge n 21-1(C Y F R A 21-1)l e v e la n dc l i n i c a lef f e c to fe p i d e r m a lg r o w t hf a c t o rr e c e p t o r -t y r o s i n ek i n a s ei nhi b i t o r s (E G F R -T K I s )f o rl u n g a d e n o c a r c i n o m a p a t i e n t sw i t he p i d e r m a l g r o w t h f a c t o r r e c e p t o r (E G F R )m u t a t i o n .M e t h o d s O n eh u n d r e da n de i g h t ys i x p a t i e n t sw i t hE G F R m u t a t i o n so f a d v a n c e dn o n -s m a l l c e l l l u n g c a n c e r (N S C L C )f r o m o u rh o s p i t a lw e r es e l e c t e d .T h e f i r s t g e n e r a t i o no fE G F R -T K I sw a su s e df o r t h e r a p y,a n dt h ec o r r e l a t i o nb e t w e e nC E A ,C A 125,C Y F R A 21-1l e v e l b e f o r e t r e a t m e n t a n d p r o g r e s s i o n -f r e e s u r v i v a l (P F S ),o v e r a l l s u r v i v a l (O S )w a sa n a l y z e d .R e s u l t s T h em e d i a n P F Sa n dO S o f 186l u n g a d e n o c a r c i n o m a p a t i e n t s r e c e i v i n g EG F R -T K I s t r e a t m e n t a f t e r t r e a t m e n tw e r e 8.8m o n t h s a n d 22.9m o n t h s r e s p e c t i v e l y ,a n dt h em e d i a nP F Sa n d O So f l u n g a d e n o c a r c i n o m a p a t i e n t sw i t hh i ghC E Al e v e l (13.2m o n t h s ,26.7m o n t h s )w e r eb e t t e r t h a nt h o s eo f p a t i e n t sw i t hn o r m a lC E Al e v e l (8.1m o n t h s ,12.8m o n t h s ),t h em e d i a nP F Sa n d O So f p a t i e n t sw i t he l e v a t e dC A 125l e v e l (13.5m o n t h s ,26.8m o n t h s )w e r eb e t t e r t h a nt h o s eo fpa t i e n t sw i t hn o r m a lC A 125l e v e l (8.2m o n t h s ,12.4m o n t h s ),t h e m e d i a n P F Sa n d O So f p a t i e n t s w i t hn o r m a l C Y F R A 21-1l e v e l (12.8m o n t h s ,25.8m o n t h s )w e r eb e t t e r t h a nt h o s eo f p a t i e n t sw i t he l e v a t e dC Y F R A 21-1l e v e l (8.3m o n t h s ,13.5m o n t h s )(P <0.05).C o nc l u s i o n I t i s p o s i t i v e p r ed i c t o r s f o re v a l u a t i n g t h eef f i c a c y ofE G F R -T K I s ,t h a t t h e e l e v a t e d l e v e l s o f C E Aa n dC A 125a n d n o r m a l l e v e l s o f C Y F R A 21-1i n p a t i e n t sw i t hE G F R -m u t a n t l u n ga d e n o c a r c i n o m a .K E Y W O R D S :c a r c i n o m a ,n o n -s m a l l -c e l l l u n g ;l u n g a d e n o c a r c i n o m a ;e p i d e r m a l -g r o w t hf a c t o r r e c e p t o r t y r o s i n e k i n a s e i n h i b i t o r s ;c a r c i n o e m b r y o n i c a n t i g e n ;C A -125A n t i g e n ;p r o gn o s i s ㊃022㊃‘临床荟萃“ 2021年3月20日第36卷第3期 C l i n i c a l F o c u s ,M a r c h20,2021,V o l 36,N o .3Copyright ©博看网. All Rights Reserved.非小细胞肺癌(N S C L C)是死亡率极高的恶性肿瘤,大部分患者确诊时已为晚期,化疗成为首选的治疗方式,但效果并不理想,5年生存率仅为16.8%[1]㊂随着分子生物学研究的发展,表皮生长因子受体(E G F R)基因检测可为N S C L C靶向治疗提供依据㊂临床研究证实,表皮生长因子受体-酪氨酸激酶抑制剂(E G F R-T K I s)能够使E G F R阳性的N S C L C患者明显获益,可作为这部分患者的一线治疗方案[2]㊂已有研究表明,血清癌胚抗原(C E A)㊁糖类抗原125(C A125)㊁细胞角蛋白19片段抗原21-1(C Y F R A21-1)等肿瘤标志物是N S C L C诊断㊁治疗与预后评价的有效辅助指标[3-5],但对于上述指标是否可作为预测E G F R阳性的N S C L C患者接受E G F R-T K I s治疗效果的指标,目前研究结论仍存在争议㊂已有研究表明,肺腺癌患者E G F R阳性率超过50%,而肺磷癌患者E G F R阳性率低于5%[6]㊂本研究旨在探讨E G F R阳性的N S C L C肺腺癌患者C E A㊁C A125㊁C Y F R A21-1水平与E G F R-T K I s治疗效果的关系,报道如下㊂1资料与方法1.1病例选择选择2014年1月~2017年12月上海市金山区亭林医院收治的N S C L C患者186例,年龄33~86岁㊂纳入标准:(1)经病理及免疫组化检查确诊N S C L C;(2)临床分期为Ⅲb㊁Ⅳ期;(3)病理类型为腺癌;(4)E G F R基因检测阳性;(5)首次接受E G F R-T K I s治疗,均采用一代E G F R-T K I s药物㊂1.2方法1.2.1 E G F R基因检测采用P C R-S a n g e r测序法实施E G F R基因检测,仪器为A B I S e q u e n c e A n a l y z e r㊂标本来源:气管镜活检51例,肺穿刺活检69例,胸水沉淀包埋29例,手术标本22例,淋巴结活检15例㊂1.2.2 C E A㊁C Y F R A21-1㊁C A125检测E G F R-T K I s治疗前采集空腹静脉血,采用电化学发光免疫法检测C E A㊁C A125㊁C Y F R A21-1水平㊂仪器为罗氏C O B A S6000及配套试剂盒㊂结果判定标准: C E A㊁C A125㊁C Y F R A21-1水平升高的临界值分别为5n g/m l㊁35U/m l㊁3.3n g/m l㊂1.2.3疗效评定及生存指标治疗后1个月复查,此后每2个月随访1次㊂近期疗效指标:按照实体瘤的疗效标准(R E C I S T1.1)[7]:①完全缓解(C R):全部目标病灶完全消失,且该效果持续时间ȡ4周;②部分缓解(P R):肿瘤最大直径缩小ȡ30%,且该效果持续时间ȡ4周;③稳定(S D):肿瘤最大直径明显缩小但未达到①②项标准;④进展(P D):肿瘤最大直径增大ȡ20%或病灶继续增多㊂疾病控制率(D C R)=C R+P R+S D㊂生存指标:无进展生存期(P F S)指接受E G F R-T K I治疗至随访发现疾病进展或未进展死亡的时间;总生存期(O S)指接受E G F R-T K I治疗至死亡或随访结束时间㊂1.3统计学方法应用S P S S19.0软件进行统计分析㊂计数资料采用百分比进行描述;计量资料非正态分布采用中位数表示,采用非参数K r u s k a l-W a l l i s 检验;单因素生存分析采用K a p l a n-M e i e r法并行L o g-r a n k检验;多因素生存分析采用C o x比例风险模型㊂P<0.05表示差异有统计学意义㊂2结果2.1近期疗效治疗后C R0例,P R124例,S D51例,P D11例,D C R175例(94.09%)㊂2.2随访结果所有患者随访时间10~63个月,死亡98例(52.69%),生存86例(46.24%),失访2例(1.08%);中位P F S与O S为8.8个月㊁22.9个月㊂不同临床特征患者中位P F S与O S见表1㊂2.3影响患者P F S㊁O S的危险因素分析将年龄㊁性别㊁体力状况评分(P S评分)㊁临床分期㊁是否吸烟㊁E G F R基因㊁E G F R-T K I s治疗药物㊁是否发生远处转移㊁C E A水平㊁C A125水平㊁C Y F R A21-1水平纳入生存分析,分别以复发㊁死亡为终点事件,用K a p l a n-M e i e r法绘制生存曲线并行L o g-r a n k检验,显示P S评分2~4分㊁存在远处转移㊁C E A水平正常㊁C A125水平正常㊁C Y F R A21-1水平升高是复发㊁死亡的危险因素(P<0.01)㊂不同C E A㊁C A125㊁C Y F R A21-1水平患者P F S㊁O S生存曲线见图1~6㊂将上述自变量纳入C o x比例风险回归模型,显示P S 评分2~4分㊁C E A水平正常㊁C A125水平正常㊁C Y F R A21-1水平升高是影响P F S㊁O S的独立危险因素(P<0.01),见表2~4㊂㊃122㊃‘临床荟萃“2021年3月20日第36卷第3期 C l i n i c a l F o c u s,M a r c h20,2021,V o l36,N o.3Copyright©博看网. All Rights Reserved.表1不同临床特征患者随访结果项目例数中位P F S(月)Z值P值中位O S(月)Z值P值年龄(岁)ɤ70 >70158288.910.30.7930.48922.823.90.8210.437性别男女7910710.78.50.8770.41323.722.00.3630.816P S评分0~1 2~4157299.84.94.249<0.0123.79.45.824<0.01临床分期Ⅲb Ⅳ111759.28.60.6110.52323.522.70.4820.724E GF R基因19外显子缺失突变1078.823.721外显子错义突变727.90.9230.38419.41.0340.202其他79.320.2E GF R-T K I s治疗埃克替尼1098.920.8吉非替尼519.60.2840.94122.50.8620.433厄洛替尼2610.823.1远处转移是否651216.911.04.146<0.0113.825.94.724<0.01C E A水平(n g/m l) ɤ5>5641228.113.24.071<0.0112.826.75.643<0.01C A125水平(U/m l) ɤ35>35571298.213.53.954<0.0112.426.85.923<0.01C Y F R A21-1(n g/m l) ɤ3.3>3.31058112.88.34.672<0.0125.813.55.028<0.01表2赋值表变量赋值变量赋值年龄ɤ70岁=0;>70=1E G F R-T K I s治疗埃克替尼=1;吉非替尼=2;厄洛替尼=3性别男=0;女=1是否远处转移否=0;是=1;P S评分0~1分=0;2~4分=1C E A水平ɤ5n g/m l=0;>5n g/m l=1临床分期Ⅲb=0;Ⅳ=1C A125水平ɤ35U/m l=0;>35U/m l=1E GF R基因19外显子缺失突变=1;21外显子错义突变=2;其他=3C Y F R A21-1水平ɤ3.3n g/m l=0;>3.3n g/m l=1表3影响患者P F S的独立危险因素变量回归系数标准误W a l dχ2值P值O R值95%C I下限上限P S评分(2~4分)1.9560.52317.853<0.015.7532.5389.838C E A水平-1.2560.4249.824<0.013.9641.1635.637C A125水平-1.4420.43212.532<0.014.2341.5455.853C Y F R A21-1水平1.8950.49514.828<0.014.5331.8247.725表4影响患者O S的独立危险因素变量回归系数标准误W a l dχ2值P值O R值95%C I下限上限P S评分(2~4分)1.3510.51713.728<0.014.7282.0427.265C E A水平-0.9370.4856.6280.0052.3431.0424.274C A125水平-1.0430.5249.292<0.013.7921.1434.544C Y F R A21-1水平1.1940.49711.372<0.014.1641.1566.622㊃222㊃‘临床荟萃“2021年3月20日第36卷第3期 C l i n i c a l F o c u s,M a r c h20,2021,V o l36,N o.3Copyright©博看网. All Rights Reserved.图1不同C E A水平患者P F S生存曲线图2不同C A125水平患者P F S生存曲线图3不同C Y F R A21-1水平患者P F S生存曲线图4不同C E A水平患者O S生存曲线图5不同C A125水平患者O S生存曲线图6不同C Y F R A21-1水平患者O S生存曲线3讨论随着肿瘤免疫治疗技术的发展,E G F R-T K I s治疗已进入临床领域,成为E G F R基因阳性的晚期N S C L C患者的一线治疗方法㊂但是目前N S C L C疗效评估的主要手段是影像学检查,包括C T扫描测量肿瘤病灶的大小,而靶向治疗临床实践发现,T K I治疗耐药后病情可发生缓慢或暴发性的进展,部分患者在影像学指标完全稳定的情况下,其血清监测指标已处于急剧增高状态,随后病情发生暴发性进展[8]㊂因此应用R E C I S T标准评估靶向治疗的疗效可能存在一定的滞后性,导致延误治疗时机[9]㊂寻找早期准确评估E G F R-T K I s疗效的敏感指标具有重要的临床意义㊂C E A是最早被发现并应用于临床的一种非器官特异性肿瘤抗原,广泛存在于肺㊁乳腺和胃肠等腺癌组织中[3]㊂已有研究表明,肺癌细胞能够合成及释放C E A,肺腺癌患者C E A阳性率高达70%,明显高于鳞癌患者[10],且C E A水平明显升高与肿瘤转移和复发相关[11]㊂卢畅等[12]研究报道,C E A升高与肺腺癌E G F R基因阳性具有相关性,是预测E G F R-T K I s 疗效的正性独立预后因素㊂高原等[13]研究也报道, C E A水平能够评估E G F R基因突变肺腺癌患者接受E G F R-T K I s治疗的预后,C E Aȡ25n g/m l的患者疾病控制率较高㊂本研究结果显示,C E A水平升高患者中位P F S㊁O S(13.2个月,26.7个月)优于C E A水平正常患者(8.1个月,12.8个月),与上述研究结论一致,进一步证实C E A水平可预测E G F R-T K I s疗效㊂C A125是黏蛋白类物质,由于细胞基膜的屏障功能,C A125较少进入血液,在健康人血清中浓度极低;当组织恶变或肿瘤浸润破坏这种屏障功能时, C A125释放进入血液中[4]㊂C A125半衰期仅为4.8 d,其检测结果能够有效反映肿瘤组织的近期变化状态,对于评估治疗效果具有重要的参考价值[14]㊂段素华等[15]报道,C A125水平在肺癌患者中明显升高,用于肺癌诊断灵敏度高达91.3%㊂I V期N S C L C 患者C A125水平高于ⅢB期患者,且与组织类型㊁转移与复发相关,可作为独立的预后指标[16]㊂本研究结果显示,C A125水平升高患者中位P F S㊁O S(13.5个月,26.8个月)优于C A125水平正常患者(8.2个月,12.4个月),提示C A125水平是E G F R-T K I s治疗预后的预测因素㊂C Y F R A21-1是应用较多的肿瘤标志物,表达于肺部组织,其含量在N S C L C患者血循环中明显升高,对N S C L C的诊断㊁转移筛查有参考价值[17]㊂本研究结果显示,C Y F R A21-1水平正常患者中位P F S㊁O S(12.8个月,25.8个月)优于C Y F R A21-1水平升高患者(8.3个月,13.5个月)(P<0.05),分析其原因可能与肿瘤的异质性及病理活检的误差有关㊂有研究认为,由于肿瘤组织的异质性,采用小标本病理活检可能出现一定误差,不能完全正确评估整体的病理组织类型[18]㊂本研究中标本来源包括气㊃322㊃‘临床荟萃“2021年3月20日第36卷第3期 C l i n i c a l F o c u s,M a r c h20,2021,V o l36,N o.3Copyright©博看网. All Rights Reserved.管镜㊁肺穿刺活检等,大多数为小标本活检㊂与C E A㊁C A125不同,C Y F R21-1主要在鳞癌患者中高表达[19]㊂本研究中肺腺癌患者C Y F R21-1水平异常升高,推测可能由于肿瘤异质性与小标本活检误差,导致混有鳞癌成份㊂已有研究表明,E G F R-T K I s治疗获益较多的患者主要是E G F R阳性的肺腺癌患者,大部分鳞癌患者E G F R-T K I s疗效不佳[20]㊂因此我们推测,本研究中C Y F R A21-1水平升高的部分患者中,可能因肿瘤组织类型的影响,E G F R-T K I s 疗效较低㊂但肿瘤微环境具有复杂性与多态性特点,关于C E A㊁C A125㊁C Y F R21-1水平对E G F R-T K I s疗效的影响,还需要更多研究深入探讨㊂本研究结果显示,C E A㊁C A125㊁C Y F R21-1水平不同对患者P F S和O S均有影响,但国外研究认为C Y F R21-1等水平的差异仅能预测P F S,而对O S没有影响㊂分析其原因可能是由于本研究中大部分患者(51例,27.42%)经E G F R-T K I s治疗后,在病情出现进展时均选择姑息治疗,而未再接受化疗等积极治疗,因此导致O S进一步缩短,即E G F R-T K I s 疗效明显影响患者O S㊂综上所述,E G F R突变肺腺癌患者C E A㊁C A125水平升高及C Y F R A21-1水平正常是评价E G F R-T K I s疗效的正性预测因素㊂由于小标本病理活检㊁回顾性研究的局限性等不足之处,本研究结论也需要更多研究加以验证㊂参考文献:[1]S i n g a lG,M i l l e r P G,A g a r w a l a V,e ta l.A s s o c i a t i o n o fp a t i e n t c h a r a c t e r i s t i c s a n d t u m o r g e n o m i c s w i t h c l i n i c a lo u t c o m e s a m o n g p a t i e n t sw i t hn o n-s m a l l c e l l l u n g c a n c e r u s i n ga c l i n i c o g e n o m i c d a t ab a s e[J].J AMA,2019,321(14):1391-1399.[2] E t t i n g e rD S,W o o dD E,A k e r l e y W,e t a l.N C C N g u i d e l i n e si n s i g h t s:n o n-s m a l l c e l l l u n g c a n c e r,V e r s i o n4.2016[J].JN a t l C o m p rC a n cN e t w,2016,14(3):255-264. 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基因比较分析中软件性能评价随着生物技术和基因测序技术的不断发展，人们对基因比较分析的需求也越来越高。

基因比较分析是一种通过比较不同生物个体或物种的基因组，在基因序列、结构和功能等方面进行比较和分析的方法。

而对于大规模的基因比较分析研究，科学家和研究人员通常会使用一些专门的软件来辅助完成这一任务。

在进行基因比较分析研究时，软件的性能评价是非常重要的，下面将介绍基因比较分析中软件性能评价的相关内容。

一、软件性能评价的背景基因比较分析是一个复杂而庞大的任务，需要进行大规模的基因序列、结构和功能的比较和分析。

而这些工作量庞大，需要消耗大量的计算资源和时间。

因此，科学家和研究人员通常使用一些专门的软件来辅助进行基因比较分析。

然而，不同的软件在性能方面存在差异，而准确评价软件的性能对于科研工作的推进和进展具有重要意义。

二、软件性能评价的指标在进行基因比较分析中，常用的软件性能指标有：计算时间、内存占用、准确性和可扩展性。

1. 计算时间：计算时间是衡量软件性能的重要指标之一。

基因比较分析通常涉及到大规模的数据量和复杂的计算过程，因此，较短的计算时间能够提高研究效率和节约资源。

2. 内存占用：基因比较分析需要大量的内存资源来存储和处理基因组数据。

软件的内存占用量直接关系到其在大规模数据处理中的性能表现，较低的内存占用更有利于提高软件的运行效率。

3. 准确性：在基因比较分析中，准确性是评价软件性能的核心指标之一。

软件应能够准确地比较和分析基因序列、结构和功能等信息，以获取准确的结果。

4. 可扩展性：随着技术的不断发展和数据量的不断增加，基因比较分析的规模也在不断扩大。

因此，软件的可扩展性是评价软件性能的重要因素。

软件应具备良好的可扩展性，以适应不断增长的数据量和复杂度。

三、常用的软件性能评价方法为了评价基因比较分析中软件的性能，科学家和研究人员通常会采用一些常用的评价方法和技术。

1. 性能测试：性能测试是一种通过模拟实际的工作负载来测量和评估软件性能的方法。

CYFRA211：非小细胞肺癌诊断价值最好的肿瘤标志物CYRFRA211概述细胞角蛋白( Cytokaratin，CYK) 是一类不溶于水的细胞中间丝，可表达在所有的上皮细胞和上皮来源的肿瘤细胞中。

现已发现在人体中约有20 余种CYK，命名为CYK1 ～20，其中细胞角蛋白19 片段( cytokeratin fragment antiogen21－1，CYFRA2－1) 在是肺癌诊断中非常重要的一项指标。

CK19相对分子量为40KD，其编码基因定位于17 号染色体上，是一种酸性多肽的分化特异的蛋白质，广泛分布于上皮细胞，是构成细胞骨架的成份之一。

主要分布在肺癌、食道癌等上皮细胞起源的肿瘤细胞质中，在非小细胞肺癌( no －small cell lung cancer，NSCLC) 细胞中含量极高。

CYFRA21－1 是血浆CYK19 的可溶性片段，是一种酸性多肽，主要分布单层上皮细胞中，来源于上皮细胞的恶性肿瘤均可见CYK19 的过度表达，NSCLC 中鳞癌、腺癌均有细胞角蛋白19 表达。

国内外研究表明CYFRA21 －1 对肺癌的诊断有明确意义，对NSCLC 的诊断价值较其它常用的肿瘤标志物更为优越，对鳞癌诊断价值最高。

CYRFRA211的临床应用价值当上皮细胞癌变时，CYK 结构不变而含量异常升高。

当癌细胞溶解或坏死脱落时，可释放大量CYFRA21－1进入血循环。

在肺癌患者血清中它们会大量表达，这对肺癌的诊断、治疗和预后有重要的临床意义。

1、CYRFRA211可作为肺癌早期诊断标志物：研究表明Cyfra211对肺癌早期诊断有重要意义。

时广利等人研究发现Cyfra211（以2mu /mL 为临界值）诊断肺癌的敏感度和特异度分别为62．7%和96．0%，而且血清中Cyfra211含量明显高于良性肺疾病，以肺鳞癌组水平最高。

而Brechot等人以3．3ng /mL为临界值，其诊断特异性为96%，但是敏感性只有54%。

egfr基因突变检测结果解读
EGFR基因突变检测结果主要涉及EGFR基因的突变情况。

EGFR是一种表皮生长因子受体，与多种癌症的发展和治疗相关。

在肺癌中，EGFR基因突变是非小细胞肺癌（NSCLC）中最常见的突变之一。

EGFR基因突变包括一些常见的突变类型，例如外显子18至21中的缺失突变（例如Del19，Del20），以及L858R的点突变。

这些突变可以增加肺癌细胞对EGFR抑制剂治疗的敏感性。

在EGFR基因突变检测结果中，可能会出现肯定突变（阳性）、否定突变（阴性）或者不确定突变（可疑）。

阳性结果意味着患者的肿瘤细胞中存在EGFR基因的突变，可能对EGFR抑制剂治疗敏感。

阴性结果意味着没有发现EGFR基因突变，这意味着EGFR抑制剂治疗可能不太有效。

可疑结果意味着此次检测未能明确确定是否存在EGFR基因突变，可能需要进一步的检测验证。

EGFR基因突变检测结果对于指导肺癌患者的治疗决策具有重要意义。

存在EGFR基因突变的患者往往对EGFR抑制剂治疗反应良好，可以选择该类药物作为治疗策略。

而EGFR基因突变阴性的患者可能需要考虑其他治疗方法。

需要注意的是，EGFR基因突变检测结果解读需要由专业医生进行评估，并结合患者的具体情况，制定个体化的治疗计划。

非小细胞肺癌EGFR基因突变检测方法摘要】非小细胞肺癌NSCLC是常见恶性肿瘤，严重危害人类健康的。

近年来，随着靶向治疗的发展，表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂EGFR-TKI为NSCLC的治疗带来新的曙光，但用药前必须依据表皮生长因子受体EGFR的基因突变检测结果选择治疗对象。

因此EGFR基因突变成为肺癌患者应用TKI有无疗效的关键因素。

探索和建立快速准确检测NSCLC患者EGFR基因突变的方法，有助于筛选出适合治疗的人群，具有较好的临床意义。

【关键词】癌,非小细胞肺;EGFR;突变;检测Detection of EGFR gene mutation in non-small cell lung cancerAbstract：Non-small cell lung cancer (NSCLC) is a common malignant tumor, which seriously endangers human health. In recent years, with the development of targeted therapies, epidermal growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitors (EGFR-TKI) bring a new dawn for the treatment of NSCLC, but the treatment must be on the basis of the epidermal growth factor receptor (EGFR) gene mutation detection results before the medication. Therefore, EGFR gene mutation has become a key factor in lung cancer patients with TKI’s effect. Objective to explore and establish a rapid and accurate method to detect EGFR gene mutations in NSCLC patients, which is helpful to screen the suitable treatment population, and has good clinical significance.Key words：cancer, non-small cell lung; EGFR; mutation; detection肺癌是严重危害人类健康的恶性肿瘤，恶性程度高。

肿瘤预防与治疗 2020 年12 月第 33 卷第12 期J Cancer Control Treat, December 2020, Vol. 33 , No. 12•979 ••临床经验与技术交流•非小细胞肺癌十基因突变联合检测分析代洁，左卓，郭鹏,谭化姣，廖琼A610041成都，四川省肿瘤医院•研究所，四川省癌症防治中心，电子科技大学医学院病理科[摘要]目的：探讨运用扩增阻滞突变系统（amplification refractory mutation system, ARMS)法检测和M£T十基因在非小细胞肺癌的突变情况，分析其与临床病理的关 系，探索十基因突变联合检测的临床应用价值。

方法:收集2019年5月至2019年10月在四川省肿瘤医院病理确诊 为非小细胞肺癌患者406例，其中石蜡包埋样本400例，细胞涂片6例，采取柱提法提取DNA和RNA,突变检测采用 ARMS法。

结果:非小细胞肺癌十基因联合检测的总突变频率为73. 2% (297/406),各驱动基因突变分布为:£(；/7?:51.0% (207/406)、AR4S:9. 6% (39/406)、4IA：融合:6. 2% (25/406)、《0«融合:2. 5% (10/406)、/J£T 融合：2. 2%(9/406)、/VA4S:0.2%(l/406)、P//O C4:2.2%(9/406)、BA4F:1.0%(4/406)、《£«2:2.2%(9/406)'/l/£T14号外 显子跳跃:0.7%(3/406)。

肺腺癌突变频率高于肺鱗癌;女性患者与20in s突变频率高于男性，男性患者突变频率高于女性;年龄低于60岁的患者突变频率高于60岁以上的患者。

十基因突变率在 原发灶和转移灶之间无差异，冰冻后样本突变检出率高于其他类型样本。

另外在30例样本中检出双突变，突变类型 为18种，突变率达到7.4% ;57%的双突变样本来源于初诊患者，没有观察到独特的组织病理特征。

•432•Modern Practical Medicine,April2021,Vol.33,No.4列线图模型鉴别恶性结节的准确性为0.867,高于TI-RADS的准确性0.812 (PV0.05)。

这提示构建大样本甲状腺结节良恶性鉴别的定量列线图模型能够提高诊断性能，有较好的应用价值。

参考文献：[1]叶冯颖，李尚青,苏淇琛，等•计算机辅助诊断系统基于不同指南诊断甲状腺良恶性结节的对比分析[J].临床超声医学杂志,2020,22(9):694-696.[2]TESSLER F N,MIDDLETON W D,G RANTE G,et al.ACRthyroid imaging,reportingand data system(TT-RADS):White paperof the ACR TI-RADS committee[J].J AmColl Radiol,2017,14(5):587-595.[3]RAHMAN S T,MC LEOD D S A,PAN-DEYA N,et al.Understanding pathwaysto the diagnosis of t hyroid cancer:are thereways we can reduce over-diagnosis[J]?Thyroid;2019,29(7):341-348.[4]郑玲，颜树宏,郑笑娟，等•超声造影联合弹性成像定量分析对桥本甲状腺炎背景下结节良恶性的鉴别价值[J].现代实用医学,2019,31(11):1514-1516.[5]TRTANTAFTLLOU E,PAPADAKTS G,KANOUIA F,et al.Thyroid ultrasonogra­phic characteristics and Bethesda resultsafter FNAB[J]」B UON,2018,23(7):139-143.[6]JOSEPH K R,EDIRIMANNE S,ESLICKG D.Multifocality as a prognostic factorin thyroid cancei•:a meta-analysis[J].Int JSurg,2018,50(10):121-125.[7]张昭,蒋海平.TI-RADS联合剪切波弹性成像对甲状腺良恶性结节的鉴别诊断价值[几临床超声医学杂志,2019,21(11):865-867.[8]LT X,ZHANG S,ZHANG Q,et al.Diag­nosis of thyroid cancer using deep convo­lutional neural network models applied tosonographic images:a retrospective,mul-ticohort,diagnosticstudy[J].Lancet On-col;2019,20(5)：193-201.[9]MIDDLETON W D,TEEFEY S A,READ­ING C C,et parison of perform­ance characteristics of American Collegeof Radiology TI-RADS,Korean SocietyofThyroid Radiology TIRADS,and Ameri­can Thyroid Association guidelines[J].AJR Am J Roen堆enol,2018,210(11):1148-1154.[10]LAURIA PANTANO A,MADDALON1E,BRIGANTI S T,et al.Differences be­tween ATA,AACE/ACE/AME and ACRTI-RADS ultrasound classifications per­formance in identifying cytological high-risk thyroid nodules[J].Eur J Endocrinol,2018,178(9):595-603.收稿日期：2020-12-15(本文编辑:孙海儿)非小细胞肺癌260例DNMT3A、MGA及PIK3CG基因突变状况及临床意义杜鑒脸，孙绍屋■，陆允平，周志有【摘要】目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)甲基转移酶3A(DNMT3A)、基因关联蛋白A(MGA)及磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚基r基因(PK3CG)突变状况及临床意义。

非小细胞肺癌突变基因分析软件2.性能指标2.1通用要求2.1.1处理对象Illumina 平台基因测序仪产生的测序数据，格式为：.Fastq。

2.1.2最大并发数仅支持单一用户模式。

2.1.3数据接口前端服务器和后端服务器接口为：RJ45。

数据传输协议：HTTP。

2.1.4特定硬件Illumina 平台基因测序仪。

2.1.5临床功能软件提供账户管理、样本信息管理、突变分析（重新分析）以及报告（导出报告、重新生成）。

账户管理：普通用户具有用户登录、登出、修改密码的功能；系统管理员用户除具有普通用户的功能外还有添加、编辑和删除用户的功能。

样本信息管理具有录入和修改样本信息、查询和展示样本信息的功能。

突变分析功能：监测分析测序仪产生的原始数据,自动化分析并且生成原始结果，主要分为三个阶段：1）等待测序仪数据下机上传，此时用户界面的分析进度条为空白。

2）测序完成后样本的分析进度由空白变为橙色开始分析。

数据分析共包含5 个步骤，分别是原始数据比对、数据质控分析、单碱基突变插入缺失突变分析、基因融合分析、分析结果汇总形成原始结果。

3）在数据分析期间，用户界面具有相应的分析进度展示、分析开始和结束时间统计以及分析预警功能，系统管理员用户具有在分析异常情况下重新进行分析的功能。

报告功能：依据配套的产品的报告范围，对原始的突变结果进行判断筛选形成最终的PDF 报告，普通用户可以导出和查看报告，系统管理员用户具有重新生成报告的功能。

2.1.6使用限制a)软件仅适用于分析“人EGFR/ALK/BRAF/KRAS 基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）”在Illumina 平台基因测序仪上进行测序实验产生的二代测序原始数据，格式为：.Fastq。

b)用户登录的密码长度不得少于7 位，且需至少包含数字、字母、特殊字符中的任意两种c)软件每批运行分析的样本数量最小为1 个，最大为36 个。

d）每批样本必须包含1 个阳性质控品，1 个阴性质控品。