基因芯片筛选结肠癌伊立替康耐药相关基因_陈曦
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用基因芯片技术筛选人子宫内膜癌细胞株中紫杉醇耐药相关基因林凤;郑君;周友珍【期刊名称】《山东医药》【年(卷),期】2015(000)019【摘要】目的:应用基因芯片技术筛选人子宫内膜癌细胞株中获得性紫杉醇( TAX)耐药相关基因。
方法采用大剂量间歇诱导法,用TAX反复冲击诱导培养人子宫内膜癌Ishikawa细胞株,建成Ishikawa/TAX耐药株。
应用Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0表达谱芯片检测Ishikawa/TAX与Ishikawa细胞株基因。
通过Gene Ontology ( GO)聚类分析对差异表达的基因予以分类。
采用qRT-PCR对部分差异表达的基因进行验证。
结果与Ishikawa细胞相比,Ishikawa/TAX细胞中有110条基因表达有显著性差异(ratio比值>3),包括87个上调基因、23个下调基因,GO分类涉及细胞信号传导和调控、细胞黏附分子、细胞代谢及转录调控等;其中上调最明显的基因为S100A12,其次有CYP1B1、FUBP1、CEACAM6,下调基因有 TNFAIP3、CD44、DKK1等。
qRT-PCR 检测 S100A12、CYP1B1在耐药细胞中高表达,TNFAIP3、CD44在耐药细胞中低表达,与基因芯片结果一致。
结论采用基因芯片技术筛选出的人子宫内膜癌获得性TAX耐药相关基因的上调基因有S100A12、CYP1B1、FUBP1、CEACAM6,下调基因有TNFAIP3、CD44、DKK1。
%Objective To screen and identify the acquired taxol ( TAX)-resistant related genes in human endometrial carcinoma cell line by applying gene chiptechnology.Methods We established the Ishikawa/taxol ( TAX)-resistantcell line by intermittent and repeated exposure to TAX of a high concentration on the human endometrial carcinoma cell line Ish-ikawa.The genes of Ishikawa/TAX and Ishikawa cells were examined by using Affymetrix Human Genome U133 Plus2.0 expression profile chip.The differentially expressed genes were classified by Gene Ontology ( GO) cluster analysis.Real-time quantitative PCR ( qRT-PCR) was performed to confirm part of the differentially expressed genes.Results Compared with Ishikawa cells, there were 110 significantly differential expression genes in Ishikawa/TAX cells (ratio>3), of which the up-regulated and down-regulated genes were 87 and 23, respectively.The classification of GO involved the cell signal transduction and regulation, cell adhesion molecule, cell metabolism and transcription regulation, etc.S100A12 was up-regulated significantly, followed by CYP1B1, FUBP1 and CEACAM6.TNFAIP3, CD44 and DKK1 were significantly down-regulated.The qRT-PCR showed that S100A12 and CYP1B1 was highly expressed in the drug-resistant cells, and TN-FAIP3 and CD44 was lowly expressed in the drug-resistant cells, which coincided well with the results of cDNA microarray. Conclusion Gene chip technology screens that the up-regulated genes of acquired TAX-resistant related genes in human endometrial carcinoma cell line areS100A12, CYP1B1, FUBP1 and CEACAM6, and the down-regulated genes are TN-FAIP3, CD44 and DKK1.【总页数】4页(P21-24)【作者】林凤;郑君;周友珍【作者单位】首都医科大学附属北京世纪坛医院,北京100038;首都医科大学附属北京世纪坛医院,北京100038;首都医科大学附属北京世纪坛医院,北京100038【正文语种】中文【中图分类】R737.31【相关文献】1.基因芯片技术检测鼻咽癌紫杉醇耐药及耐药逆转相关基因的表达 [J], 彭小伟;谭国林2.应用基因芯片技术筛选曲古菌素A诱导肺腺癌耐药细胞株A549/CDDP差异表达的凋亡基因 [J], 汪亚君;张海涛;熊禹真;刘彬;伍俊3.人结肠癌紫杉醇耐药细胞株的建立及耐药相关基因mRNA表达的研究 [J], 陈一帆;张燕;王强;黄卫东;郭嘉义4.采用基因芯片技术筛选人小细胞肺癌SH77/CDDP多药耐药相关基因表达谱的研究 [J], 周向东;钱桂生;刘凌志5.应用基因芯片技术筛选卵巢癌紫杉醇耐药差异表达基因 [J], 张文晶;李红霞;宋磊;张素梅因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
基于生物信息学方法筛选卵巢癌铂类化疗耐药相关基因的研究韦仕洋;张明铭;黄晶;林丽娜;徐红【摘要】目的:从分子水平揭示卵巢癌化疗耐药的发病机制,为进一步的临床研究提供参考。
方法在公共基因芯片数据库GEO中找到卵巢癌相关基因芯片数据,使用Bioconductor R 2.13.0软件包对其进行分析,找到卵巢癌化疗铂类化疗耐药相关基因;利用STRING 9.1、DAVID 6.7在线工具对这些基因进行生物学分析。
结果共获得283个差异表达基因,其中表达上调基因69个,下调表达基因214个。
62个基因的蛋白有相互关系,确定ESR1、IGF1、SDC2、ADCY2、ADCY8、PTHLH、BMP等为关键基因。
这些基因的功能主要涉及底物特异性通道活性、被动的跨膜转运活性,参与钙信号通路、MAPK 信号通路等。
结论利用生物信息学的方法分析基因芯片数据可有效筛选并确定其中的关键基因,卵巢癌铂类化疗耐药的发生与基因分子水平表达变化有关,确定复发性卵巢癌相关基因的功能及其参与通路为研究卵巢癌耐药的治疗靶点提供了新的思路。
%Objective To investigate the molecular pathogenesis in platinum-resistant ovarian cancer for further study.Methods The gene chip data were retrieval microarray ovarian cancer in Gene Expression Omnibus database and analyzed by Bioconductor R 2.13.0,and the related genes in platinum-resistant ovarian cancer were screened out .The genes were analyzed with on-line bioinformatics tools STRING 9.1 and DAVID 6.7.Results A total of 283 differentially expressed genes were screened out ,with 69 up-regulated genes and 214 down-regulated genes .62 proteins/genes existed interaction between each other .ESR1,IGF1,SDC2,ADCY2,ADCY8,PTHLH and BMP were identified as key genes in the pathogenesis of platinum-resistant ovarian cancer .The main biological processes might involve in substrate-specific channel activity , passive transmembrane transport activity , calcium signaling pathway and MAPK signaling pathway . Conclusion Bioinformatics methods can be adopted to screen out gene chip data effectively and then identify key genes .The occurrence and development of chemo-resistant ovarian cancer involves in changes in molecular level ,and the investigations on these genes′function and their signaling pathway may provide valuable data and theory basis into the molecular mechanisms for the treatment of chemo-resistant ovarian cancer .【期刊名称】《广西医学》【年(卷),期】2014(000)012【总页数】3页(P1692-1694)【关键词】卵巢癌;化学治疗;耐药;基因;生物信息学【作者】韦仕洋;张明铭;黄晶;林丽娜;徐红【作者单位】广西医科大学第一附属医院妇科,南宁市 530021;广西壮族自治区妇幼保健院,南宁市 530003;广西壮族自治区妇幼保健院,南宁市 530003;广西医科大学第一附属医院妇科,南宁市 530021;广西医科大学第一附属医院妇科,南宁市 530021【正文语种】中文【中图分类】R737.31卵巢癌是死亡率最高的妇科恶性肿瘤,由于早期卵巢癌无特异的症状,多数初次就诊的卵巢癌患者已发展到晚期,目前晚期卵巢标准的治疗方法是肿瘤细胞减灭术辅以铂类药物、紫杉醇为基础的联合化疗方案[1]。
伊立替康治疗晚期直肠癌临床研究进展石凯湖南省靖州人民医院 418400【摘要】目的:总结抗肿瘤新药伊利替康在国内外临床研究进展,为临床医师提供参考。
方法:通过文献检索,收集相关材料并进行综合分析整理。
结果:综述了伊利替康治疗晚期直肠癌的使用背景,药物动力学和分子生物学研究进展,临床应用及疗效以及该药的毒副反应。
结论:伊立替康作为一线抗癌药物,对晚期转移性结肠癌的治疗发挥了很好的作用,其临床治疗效果较好,毒副作用较少,患者有较好的耐受性。
【关键词】伊利替康直肠癌研究进展The advanced of clinical research for irinotecan treatment colorectal cancerShi KaiJingzhou Peopleˊs Hospital of Hunan Province 418400 Abstract:Objective To Summarize the clinical research at home and abroad for irinotecan an new drugs of Anti-tumor,and to provide a reference for clinicians. Method Through literature search, collect materials and conduct comprehensive analysis for order. Results To summarize the irinotecan for the use background for treatment of the advanced pharmacokinetics, and progress in molecular biology research, clinical application and efficacy and toxicity of the drug. Conclusion Irinotecan as anti-cancer drugs of first-line, To played a good role in treatment for advanced metastatic colorectal cancer, having a good clinical outcomes, fewer side effects, and better patient tolerance.Key words: Irinotecan colon cancer research advanced伊利替康是一种拓扑异构酶Ⅰ(Topo I)抑制剂。
(10)申请公布号 CN 102952875 A(43)申请公布日 2013.03.06C N 102952875 A*CN102952875A*(21)申请号 201110254798.9(22)申请日 2011.08.31C12Q 1/68(2006.01)C12Q 1/02(2006.01)(71)申请人宁波市第二医院地址315010 浙江省宁波市西北街41号申请人上海生物芯片有限公司上海伯豪生物技术有限公司(72)发明人蔡挺 张春秀 张顺 陈金丝李巧云 周佳菁 肖华胜(74)专利代理机构上海浦一知识产权代理有限公司 31211代理人刘昌荣(54)发明名称细菌耐药基因检测方法、基因芯片和试剂盒(57)摘要本发明公开了一种细菌耐药基因检测方法、基因芯片和试剂盒。
该试剂盒包括扩增待测细菌耐药基因的引物对和检测探针。
该基因芯片包括检测待测细菌耐药基因的探针。
利用该试剂盒和基因芯片进行耐药基因检测的方法,包括步骤:1)利用试剂盒中的引物,PCR 扩增待测样本DNA 中的耐药基因;2)扩增产物与试剂盒中的检测探针进行荧光标记反应;3)荧光标记的扩增产物与基因芯片进行杂交,确定样本所含耐药基因。
本发明的检测方法覆盖了临床最常见的16种耐药基因的检测,有助于实现临床细菌耐药情况的快速诊断,从而可以为临床合理选择治疗药物提供支持。
(51)Int.Cl.权利要求书1页 说明书9页序列表17页 附图1页(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请权利要求书 1 页 说明书 9 页序列表 17 页 附图 1 页1/1页1.一种细菌耐药基因检测试剂盒,其特征在于:包括扩增待测细菌耐药基因的引物对和检测所述细菌耐药基因的探针;所述引物具有如SEQ ID No :1~32所示的序列或其互补链;所述探针具有如SEQ ID No :33~61所示的序列或其互补链。
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:所述耐药基因为OXA-23、IMP 、VIM 、aac(6’)-Ie-aph(2”)-Ia 、CTX-M 、KPC 、CIT 、mecA 、TEM 、SHV 、DHA 、qnrB 、qnrS 、aac(6’)-Ib 、ParC 和GyrA 。
(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201911157573.4(22)申请日 2019.11.22(71)申请人 上海鉴研生物技术有限公司地址 200131 上海市浦东新区自由贸易试验区哈雷路898弄2号313室(72)发明人 于恩达 邱耕 赵子夜 陈昕 陶鹏 (74)专利代理机构 上海伯瑞杰知识产权代理有限公司 31227代理人 胡永宏(51)Int.Cl.C12Q 1/6886(2018.01)C12Q 1/6858(2018.01)(54)发明名称一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变的方法(57)摘要本发明涉及基因检测领域,具体涉及一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变的方法和应用。
本发明采用核酸质谱检测技术,检测与结直肠癌显著相关的11个基因突变位点的特定组合,综合这11个位点的定量检测结果,用于评估个体罹患CRC的风险。
本发明通过核酸质谱技术对基因突变位点进行检测,相比于TaqMan -PCR和二代平台测序,该检测方法具有简便、灵活性强、高通量、低成本等特点。
本发明可用于CRC罹患风险的早期评估和大规模筛查,为CRC患病风险评估、诊断提供重要参考依据。
权利要求书2页 说明书7页 附图2页CN 111154871 A 2020.05.15C N 111154871A1.一种基于核酸质谱技术检测结直肠癌相关基因突变的方法,其特征在于:其包括如下步骤:(1)筛选出用于评估个体罹患结直肠癌风险相关的基因突变位点;(2)设计步骤(1)中结直肠癌易感基因突变位点的特异性扩增引物和单碱基延伸引物;(3)将步骤(2)中的扩增引物分组,各组中所含的基因突变位点的上下游引物等摩尔混合,得到相应的扩增引物混合液,每组扩增引物混合液的最终工作浓度为0.5μM;(4)对应于步骤(3)中扩增引物分组的方式,将步骤(2)中的单碱基延伸引物分组,得到单碱基延伸引物混合液;(5)以待测样本DNA为模板,利用步骤(3)中的扩增引物分别进行PCR扩增反应,获得目标位点的PCR产物片段;(6)SAP反应消化步骤(5)反应体系中剩余的dNTP;(7)利用各组相对应的单碱基延伸引物对步骤(6)消化后的产物进行单碱基延伸反应,获得延伸产物;(8)洁净树脂脱盐纯化延伸产物;(9)MassARRAY平台对结直肠癌风险相关性的SNP位点进行基因分型检测,通过对不同基因型质量大小的分析,确定是否存在基因变异。
应用基因芯片技术筛选人肺腺癌SPC-A1多西他赛耐药差异表达基因孙海;耿建;陈龙邦【期刊名称】《中国肺癌杂志》【年(卷),期】2007(10)5【摘要】背景与目的多西他赛是近年来应用于临床的一种有效的化疗药物,其独特的作用机制使其具有良好的应用前景,然而耐药性影响其更广泛的应用.本研究的目的是应用基因芯片比较人肺腺癌多西他赛耐药细胞系SPC-A1/Docetaxel与其亲本株基因表达的差异,筛选与耐药相关的基因.方法分别提取SPC-A1/Docetaxel 与其亲本株SPC-A1的总RNA并纯化mRNA,将等量mRNA逆转录合成cDNA,在Affymetrix HC-U133A2.0基因芯片上杂交,扫描荧光信号图像,用Affymetrix GeneChip Operating Software Version 1.0软件进行数字化处理和分析,进一步采用RT-PCR验证部分差异表达基因.结果 SPC-A1/Docetaxel与SPC-A1差异表达基因一共有934条,其中上调428条,下调506条.差异表达的基因涉及ABC运载体、凋亡、微管蛋白、信号传导、酶等多方面.RT-RCR验证显示,SPC-A1/Docetaxel细胞ABCB1、ABCC4、ABCG2、BCL-2、TUBB2A、TUBB2C、TUBB3的表达明显高于SPC-A1,而SPC-A1/Docetaxel细胞BAX的表达明显低于SPC-A1.结论这些差异表达的基因可能与人肺腺癌细胞的多西他赛耐药性相关.【总页数】6页(P356-361)【作者】孙海;耿建;陈龙邦【作者单位】210002,南京军区南京总医院肿瘤内科;210002,南京军区南京总医院肿瘤内科;210002,南京军区南京总医院肿瘤内科【正文语种】中文【中图分类】R734.2【相关文献】1.应用全基因组芯片技术筛选人卵巢癌SKOV3卡铂耐药细胞系差异表达基因 [J], 冯同富;李力;张玮;王琪;黎丹戎;唐步坚2.应用基因芯片技术筛选曲古菌素A诱导肺腺癌耐药细胞株A549/CDDP差异表达的凋亡基因 [J], 汪亚君;张海涛;熊禹真;刘彬;伍俊3.应用基因芯片技术筛选转染CDX2基因后胃癌细胞差异表达基因 [J], 陈晓双;秦蓉;储婧;陈宗科4.基因芯片技术筛选卵巢癌紫杉醇耐药差异表达基因的研究 [J], 张文晶;李红霞;宋磊;张素梅5.应用基因芯片技术筛选卵巢癌紫杉醇耐药差异表达基因 [J], 张文晶;李红霞;宋磊;张素梅因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
两个大肠癌负相关新基因的研究郑树;董琦;曹江;张苏展;蔡心涵;耿礼义;方永明;彭佳萍;叶景佳;胡晓晔【期刊名称】《医学研究杂志》【年(卷),期】2002(031)001【摘要】目的在分子水平寻找与人大肠癌的发生发展相关的新的因素,研究两个大肠癌负相关基因的结构与功能.结果已完成两个新基因的全长cDNA序列分析及染色体定位等结构研究,并进行了两基因的核酸与蛋白表达研究及功能研究.SNC6基因全长3168pb,定位于染色体22q13区带,共有12个外显子及11个内含子.SNC19全长3152bp,定位于染色体11q24区带.两个基因于1998年被国际命名委员会分别命名为ST13、ST14基因,并被列入人类基因组图谱中.对比二个新基因在正常大肠粘膜及癌组织核酸水平表达情况,癌组织低于正常粘膜,在不同肿瘤细胞系及组织中表达不一.两基因均已获得了表达蛋白.ST13已制备了单抗,经免疫组化检测表达与核酸表达结果相似,经体内外研究ST13基因有抑制大肠癌细胞系生长的作用.ST14已明确为丝氨酸蛋白酶家族成员.结论SNC6与SNC19基因可作为新的大肠癌相关基因加以研究,利用.目前仍需继续深入研究该两基因的功能.【总页数】4页(P17-20)【作者】郑树;董琦;曹江;张苏展;蔡心涵;耿礼义;方永明;彭佳萍;叶景佳;胡晓晔【作者单位】浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009;浙江大学肿瘤研究所,杭州,310009【正文语种】中文【中图分类】R73【相关文献】1.转移负相关新基因C14orf106的生物信息学分析 [J], 朱涛;吴明富;周金华;李红雨;徐钢;周建锋;卢运萍;马丁2.大肠癌相关新基因SNC 66在大肠癌组织及正常粘膜中表达的比较研究 [J], 吴翰桂;郑树3.两个鼻咽癌负相关新基因的分离与特性 [J], 余鹰;张必成;谢奕;曹利;周鸣;朱诗国;湛凤凰;李桂源4.大肠癌负相关基因ST-13临床病理学研究 [J], 白文启;梁小波;张鑫;王立春5.一个定位于7q31-32的鼻咽癌负相关新基因的初步研究 [J], 王洁如;宾亮华;钱骏;张小慧;向娟娟;唐珂;李伟芳;李桂源因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
伊立替康对食管癌细胞放射增敏作用及核因子κB活性的影响研究欧阳玉秀;徐智健;叶奕菁;白玉海【期刊名称】《临床肿瘤学杂志》【年(卷),期】2016(021)011【摘要】目的探讨伊立替康(CPT-11)对食管癌EC109细胞的放射增敏作用及核因子(NF)κB活性的影响.方法采用MTT法观察不同浓度CPT-11(20、50、100、200μmol/L)作用24、48及72 h后的细胞存活率以筛选低细胞毒性药物浓度进行后续实验;根据实验设计分为对照组、单纯照射组和CPT-11+照射组,采用克隆形成实验检测经不同剂量X线(0、2、4、6、8和10 Gy)的存活分数(SF)并通过单击多靶模型拟合细胞存活曲线计算增敏比(SER),采用流式细胞技术检测各组处理48 h 后的凋亡率和caspase-3活化率,Foci焦点形成实验检测各组的DNA损伤情况,Western blotting检测各组NF-κB p65和IκB-α的蛋白水平,实时定量PCR(qPCR)检测各组的Rad51水平.结果在20~200μmol/L范围内,随CPT-11浓度增加,EC109细胞的增殖抑制率升高,抑制效应呈浓度和时间依赖方式,差异有统计学意义(P<0.05).选取与CPT-1120%抑制浓度(IC20)接近的浓度(25μmol/L)进行增敏实验.CPT-11+照射组的SF低于单纯照射组,且CPT-11+照射组的D0为1.39±0.14,单纯照射组的D0为2.46±0.17,SER为1.77.与对照组和单纯照射组比较,CPT-11+照射组的凋亡率、caspase-3活化率及Foci焦点数目均升高,而Rad51水平降低,差异有统计学意义(P<0.05).CPT-11+照射组的NF-κB p65水平低于其余两组,且IκB-α水平高于其余两组(P<0.05).结论 CPT-11可抑制食管癌EC109细胞增殖并具有放射增敏作用,同时诱导凋亡,可能与抑制NF-κB途径有关.%Objective To investigate the effect of irinotecan ( CPT-11) on radiosensitization and nuclear factor ( NF)-κB of esophageal ca ncer cells EC109. Methods MTT assay was used to observe the cell survival rates after treatment with different concen-trations of CPT-11 (20, 50, 100, 200μmol/L) for 24, 48 and 72 h as to screen the concentration with low cytotoxicity drug for subse-quent experiments. According to the experimental design, the EC109 cells were divided into the control group, the irradiation group and the CPT-11+irradiation group. The survival fraction ( SF) of different doses of X-rays ( 0, 2, 4, 6, 8 and 10 Gy) was detected by clone formation assay and the cell survival curve was calculated by using the multiple target model to calculate the enhancement ratio ( SER) . The activation rate of caspase-3 and apoptotic rate were detected by flow cytometry after 48 h. Foci focus formation was applied to detect the DNA damage of each group. Western blotting was used to detect the protein level of NF-κB p65 and IκB-αin each group. The real-time quantitative polymerase chain reaction( qPCR) was applied to detect the Rad51 level in each group. Results CPT-11 in the range of 20~200 mol/L can decrease the proliferation rate of EC109 cells. The inhibitory effect was exerted in a dose and time de-pendent manner and the difference was statistically significant ( P<0. 05) . Then, the concentration of CPT-11 close to 20% inhibition concentration(IC20)(25 μmol/L) was selected in the following sensitivity test. The SFs of CPT-11+irradiation group were lower than those of the irradiation group, and the D0 of CPT-11+group was 1. 39±0. 14, lower tha n 2. 46±0. 17 of irradiation group with SER of 1. 77. Comparedwith the control group and the irradiation group, the apoptotic rate, caspase-3 activation rate and the number of Foci focus were all increased, while the Rad51 level was decreased, and the difference was statistically significant (P<0. 05). Compared with other two groups, there were lower level of NF-κB p65 and higher level of IκB-α in CPT-11+irradiation group ( P<0. 05) . Con-clusion CPT-11 can inhibit the proliferation, has the function of radiation sensitization and induce apoptosis of EC109 cells, which may be related to the inhibition of NF-κB pathway.【总页数】6页(P961-966)【作者】欧阳玉秀;徐智健;叶奕菁;白玉海【作者单位】528403 广东中山中山市人民医院放疗科;528403 广东省中山火炬开发区医院急诊科;528403 广东中山中山市人民医院放疗科;528403 广东中山中山市人民医院放疗科【正文语种】中文【中图分类】R735.1【相关文献】1.NS398对放射抗拒食管鳞癌细胞的放射增敏作用 [J], 金曙;吴清明;于皆平2.乙酰唑胺对食管癌细胞系E9706的放射增敏作用 [J], 万金良;邢绍芝;王峰;张维明;杨志敏;王振波3.穿心莲内酯对食管癌细胞的放射增敏作用 [J], 康亚辉; 葛宁; 洪福; 王娟; 周庆; 詹必红4.丹皮酚对食管癌细胞放射增敏作用及其机制 [J], 余定玥; 郭加友; 冯琛; 马志宇; 郭嘉漪; 马建新5.沉默UHRF1对人食管癌细胞裸鼠移植瘤的放射增敏作用及其机制探讨 [J], 惠蓓娜;刘易婷;马海琳;车少敏;张晓智因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
四川大学学报(医学版)J Sichuan Univ(Med Sci Edi) 2011;42(1):15-18 基因芯片筛选结肠癌伊立替康耐药相关基因*陈 曦,陈向征,刘 明,郎 楠,唐秋琳,陈 济,赵晓斐,毕 锋■四川大学华西医院肿瘤中心腹部肿瘤科(成都610041) 【摘要】 目的 应用基因芯片技术进行结肠癌伊立替康耐药相关基因表达谱差异分析,探讨伊立替康结肠癌耐药发生机制。
方法 分别抽提人结肠癌细胞系SW480及其伊立替康耐药细胞系SW480/CP T总RN A,逆转录合成相应以Cy3标记的cRN A做探针,在A gilent基因芯片上杂交,A x on4000B扫描仪扫描芯片荧光信号图像,G enepix3.0图像软件对扫描图像进行数字化处理和分析。
利用RT-PCR对筛选出的部分差异表达基因进行验证。
结果 筛选出差异表达基因1598个,其中基因表达上调911个,基因表达下调687个。
谷胱甘肽S转移酶同工酶(GS T A)家族GS T A1、GS T A2、GS T A3、GS T A5明显上调,锌指蛋白(Z N F)家族多个成员也有显著差异表达。
结论 基因芯片结果提示,GS T A与Z N F基因可能在介导伊立替康耐药过程中起着重要的调控作用。
【关键词】 基因芯片 伊立替康 耐药 结肠癌 基因表达Analysis of Gene Expression Patterns in an Irinotecan-resistance Colon Cancer Cell by cD NA Microarray CH EN X i, CH EN X iang-zheng,L IU Ming,L A N G N an,T AN G Qiu-lin,C HE N J i,Z H AO Xiao-f ei,B I Feng■. Department o f Abdominal Cancer,Cancer Center,West China Hospital,Sichuan University,Cheng du610041, China■Co rr esponding author,E-mail:bifeng@【Abstract】 Objective T o study the mechanism o f irino teca n-re sista nt colon cance r by a nalyzing the diffe rential g ene e xpression pa tterns w ith cDN A mic roar ray.Methods T otal RN A w as purified f rom irino tecan-sensitiv e co lo nic ca ncer cell line,SW480and its irinotecan-resistance cell line,SW480/CPT.T he c RNA retro-transcribed f rom RNA w ere labeled with Cy3fluor escence as pr obes.T he pro bes we re hy bridized with A gilent gene chips and the fluo rescence images of the chips we re o btained with A xon4000B scanner as w ell as analy zed withG enepix3.0so ftwa re.T he microar ray r esults w ere co nfirmed by reve rse t ranscription-poly merase chain reactio n.Results O f the1598genes w ith alte red ex pressions,the re were911up-reg ulated g enes and687do wn-reg ulated genes.G luta thione S-T ransfe rase(GS T)isoenzy me family GS T A such as GS T A1,GST A2,G ST A3and GS T A5 were significantly up-reg ulated.T he expre ssio n lev els of many Zinc finger pr otein family member s(Z N F)w ere also diffe rentially regula ted.Conclusion GS T A and Z N F subunit genes mig ht play an impo rtant reg ulatio n ro le in the irino teca n r esistance of colon cancer.【Key words】 cDN A microa rray Irino tecan D rug r esistance Colo n cancer Ge ne ex pr essio n 结肠癌是人类最常见的恶性肿瘤之一,其发病率在我国居恶性肿瘤第3位。
喜树碱人工半合成物伊立替康(CPT-11)是近十年来一种重要的抗肿瘤药物,它通过抑制Ⅰ型DNA拓朴构型异构酶(Topo Ⅰ)阻碍DNA的合成,从而显示抗肿瘤活性。
目前,CPT-11已成为晚期结直肠癌的一线治疗药物,以CPT-11、5-氟尿嘧啶(5-FU)/亚叶酸钙(LV)组成的FOLFIRI方案为晚期结直肠癌的一线治疗标准方案,但临床应用中对CPT-11的原发或继发性耐药严重影响化疗疗效。
为此,本研究利用基因芯片技术,探讨人结肠癌CPT-11耐药细胞与原始细胞基因表达的差异,希望从中找到特征性肿瘤耐药*国家自然科学基金(批准号30901719,30971519)资助■通讯作者,E-mail:bifeng@ 标记及治疗靶点,从而优化结直肠癌的化疗方案。
1 材料和方法1.1 细胞培养及耐药性检测人结肠癌细胞系SW480及其耐药细胞系SW480/CPT为本实验室保存,SW480/CPT采用小剂量持续诱导的方法建立,历时12月。
Cell Counting Kit-8(CCK-8,Do jindo)细胞毒性实验验证SW480/CPT CPT-11的耐药性。
取对数生长期的SW480和SW480/CPT细胞,接种于96孔板,24 h后加入培养液稀释的不同浓度的CPT-11,设5种对数浓度梯度,作用24h后弃药培养72h,按说明书加入CCK-8,酶标仪检测SW480/CPT CPT-11耐药性较其原始细胞SW480增高69.02倍,耐药细胞性状稳定。
实验细胞于含10%胎牛血清的RPM I 1640培养液中37℃、5%CO2孵箱常规培养。
四川大学学报(医学版)第42卷1.2 总RNA 抽提将细胞用PBS 洗一次,5×106~10×106个细胞加1m L Trizo l 后,吸头吹打数次,将细胞收集在EP 管中。
按照每1m L Trizo l 加0.2mL 氯仿的量加入氯仿,在手中用力震荡10~20s ,在室温下放置2~3min 后,4℃(8000×g )离心15min ,将上层水相转移至新的EP 管中。
按照每1m L Trizol 加0.5mL 异丙醇的量加入异丙醇,在室温下放置10min ,8000×g 离心10min ,弃上清,按照每1m L Trizol 加1mL 75%乙醇进行洗涤,涡旋混合,4℃(7500×g )离心5m in ,弃上清,让沉淀的RNA 在室温下自然干燥,用焦碳酸二乙酯(DEPC )处理的水溶解RNA 沉淀。
用紫外分光光度计测定260nm 和280nm 的吸收峰,10g /L 的琼脂糖电泳检测总RNA 质量,使用Qiagen RNeasy Kit 纯化总RN A 。
1.3 探针合成、杂交以纯化的RNA 为模板,先得到带tRNA 聚合酶启动子的双链cDNA ,再以cDNA 作为模板,转录得到大量cRNA ,QIAGEN Rneasy kit 纯化cRNA 。
通过间接标记方法,得到荧光标记的cRNA 靶物,标本cRNA 用Cy3标记。
按A gilent 杂交盒说明书配制杂交混合液,注入杂交盒中,靶物与基因芯片65℃杂交17h ,取出芯片,清洗液中洗脱。
所用基因芯片为Agilent 4×44人全基因组olig o 芯片,由上海伯豪生物技术有限公司生物芯片上海国家工程研究中心提供。
1.4 芯片扫描与分析经严格洗片后的杂交芯片用美国Ax on 4000B 扫描仪进行扫描,用Genepix 3.0图像软件,选择波长为532nm 和635nm 通道进行图像扫描,得到芯片杂交图谱。
用软件spo tfire 8.0抓取样点荧光数据,分析荧光信号强度。
最后采用Feature Extration 进行标准化处理分析,挑选改变倍数大于2的基因为差异基因。
1.5 半定量逆转录PC R筛选4个基因,利用半定量逆转录PCR (RT -PCR )进行验证。
应用Primer So ftw are versio n 5.0进行引物设计,之后在Pubm ed 数据库进行同源性的比对(表1)。
逆转录后行半定量PCR 扩增,PCR 反应条件:94℃30s ,55℃30s ,72℃30s ,72℃延伸10min ,共28个循环,PCR 产物用15g /L 琼脂糖凝胶电泳鉴定后对凝胶电泳条带照相,软件Quantity One 行灰度值分析,以目的条带与内参照条带的比值代表目的基因mRNA 相对水平。
表1 RT -PCR 引物序列Table 1 Primer s equ ences for RT -PCRGe ne P rime r (5′-3′)Product(bp )A nnealing (℃)β-act i nF :CGTG ACA T TA AGG AGAAGCTG50054.0R :CTAG AAGCAT T TGCGG TGGAG54.0G S T A 3F :CT ACGGGA AAGACAT AAAGGAG52455.8R :T T ACAACAGG CACAA TCAACAC 56.2Z NF 22F :A T TGGACCTCAAG TCT TCT AT TCC 43458.1R :GT CTGACACT TGGCACCAT T CT 59.0CN NM 2F :A TGG T TT A TCAT TGGCAAGAGGC 53561.8R :T T GGT T TCTG AAT CCCTGT T TGG 63.0FG F 8F :G TGGAGACGGACACCT T TGG 33859.9R :GT GAAGGGCGGG TAG T TGAG59.52 结果2.1 细胞总RNA 提取质量总RNA 电泳有清晰的18S 、28S 条带,紫外定量A 260/A 280=2.0。