生物信息学讲义-chapter_
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诗意的流变:从汉乐府到唐代的新乐府两汉是乐府诗歌的创始期,成就斐然。
《诗经》以抒情诗为主,楚辞亦然,而汉乐府中的叙事诗较之前两者已有大幅度的增加,并且这些叙事诗也是乐府诗最精华的部分。
乐府诗感情抒发质朴纯挚。
汉代乐府诗的风格各不相同,或深婉,或率直;或悲怨,或慷慨,但它们都被统一在质朴这一总体风格之下。
其语言也是“质而不俚,浅而能深,近而能远”,尤其能体现其质朴纯挚的抒情特征《孔雀东南飞》是汉乐府中的叙事名篇,最能代表汉乐府的艺术成就。
写的是庐江府小吏焦仲卿与其妻刘兰芝的爱情悲剧。
汉乐府民歌在精神上与《诗经》一脉相承,甚至比《诗经》更加直接而深入地反映了社会和人的思想情感,对后代诗歌也有更具体、更直接的影响,许多作品对后世文学起到了示范性作用。
建安文学以魏国为主,作家主要有三曹及七子等人。
建安文学创作群体中,曹操是非常重要的人物。
他既是政坛领袖,也是文坛盟主,即所谓“外定武功,内兴文学”。
曹操的乐府诗继承了汉乐府“感于哀乐,缘事而发”的传统,有一部分作品反映了汉末的社会现实。
除了这种记录社会现实的诗篇,曹操还用乐府诗表达自己的政治抱负,抒发自己的人生理想。
如《短歌行》,全诗由两个相互联系的主题组成:一是感叹时光易逝、人生短暂,一是渴慕贤才,希望得到他们的帮助,实现重建天下的雄心。
魏晋南北朝时期,乐府民歌创作又有了新的发展。
它不仅反映了新的社会现实,而且形成了新的艺术形式和风格。
这种篇制短小、长于抒情的艺术形式,对于近体诗(尤其是绝句)有很大的影响。
《西洲曲》这首抒情长诗,堪称南朝民歌的代表作;《木兰诗》是罕见的长篇叙事诗,代表了北朝民歌的最高水准。
到了唐代,乐府诗创作进入了一个新阶段,尤其是文人乐府创作呈现出勃兴的局面。
盛唐时期的杜甫和中唐时期的元、白等人的新题乐府创作成就尤大,影响尤巨。
唐以后被称为乐府的作品,大体有这样几种类型。
一是入乐的韵文作品;二是流行于市井乡村的民歌;三是文人用乐府旧题所写的诗。
1 概述当前人类基因组研究已进入一个重要时期,2000年将获得人类基因组的全部序列,这是基因组研究的转折点和关键时刻,意味着人类基因组的研究将全面进入信息提取和数据分析阶段,即生物信息学发挥重要作用的阶段。
到1999年12月15日发布的第115版为止,GenBank中的DNA碱基数目已达46亿5千万,DNA序列数目达到535万;其中EST序列超过339万条; UniGene的数目已达到7万个;已有25个模式生物的完整基因组被测序完成,另外的70个模式生物基因组正在测序当中;到2000年1月28日为止,人类基因组已有16%的序列完成测定,另外37.7%的序列已经初步完成;同时功能基因组和蛋白质组的大量数据已开始涌现。
如何分析这些数据,从中获得生物结构、功能的相关信息是基因组研究取得成果的决定性步骤。
生物信息学是在此背景下发展起来的综合运用生物学、数学、物理学、信息科学以及计算机科学等诸多学科的理论方法的崭新交叉学科。
生物信息学是内涵非常丰富的学科,其核心是基因组信息学,包括基因组信息的获取、处理、存储、分配和解释。
基因组信息学的关键是“读懂”基因组的核苷酸顺序,即全部基因在染色体上的确切位置以及各DNA片段的功能;同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测,然后依据特定蛋白质的功能进行药物设计。
了解基因表达的调控机理也是生物信息学的重要内容,根据生物分子在基因调控中的作用,描述人类疾病的诊断、治疗内在规律。
它的研究目标是揭示"基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律",解释生命的遗传语言。
生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分,成为生命科学研究的前沿。
近来的研究表明,基因组不仅是基因的简单排列,它有其特有的组织结构和信息结构,这种结构是在长期的演化过程中产生的,也是基因发挥其功能所必须的。
弄清楚生物体基因组特有的组织结构和信息结构,解译生命的遗传语言的关键。
生物信息学讲义第一章:生物信息学概述什么是生物信息学:又称计算生物学(computational biology),是生物学与信息学、计算机科学相互交叉形成的新兴学科,它应用数学、计算机科学的方法研究生物学问题,它所研究的主要对象是生物学的数据。
生物信息学是为了适应人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)的需要产生的,最主要的应用是对人类基因组计划所得到的大量生物学数据进行存储、检索和分析。
目前生物信息学已被广泛的应用于医学、人类学、结构生物学和蛋白质组学(Proteomics)等研究领域。
生物信息学的研究内容:广义地说,生物信息学从事对基因组研究相关生物信息的获取、加工、储存、分配、分析和解释。
这一定义包括了两层含义,一是对海量数据的收集、整理与服务,也就是管好这些数据;另一个是从中发现新的规律,也就是用好这些数据。
具体地说,生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,找到基因组序列中代表蛋白质和RNA基因的编码区;同时,阐明基因组中大量存在的非编码区的信息实质,破译隐藏在DNA序列中的遗传语言规律;在此基础上,归纳、整理与基因组遗传信息释放及其调控相关的转录谱和蛋白质谱的数据,从而认识代谢、发育、分化、进化的规律。
生物信息学还利用基因组中编码区的信息进行蛋白质空间结构的模拟和蛋白质功能的预测,并将此类信息与生物体和生命过程的生理生化信息相结合,阐明其分子机理,最终进行蛋白质、核酸的分子设计、药物设计和个体化的医疗保健设计。
基因组信息学、蛋白质的结构计算与模拟以及药物设计,这三者紧密地围绕着遗传信息传递的中心法则,因而必然有机地连接在一起。
1、基因组序列数据的拼接和组装基因组研究的首要目标是获得人的整套遗传密码。
人的遗传密码有32亿个碱基,而目前DNA测序多采用鸟枪法(shotgun),每个反应只能读取几百到上千个碱基。
在进行测序前,首先应用物理方法将人的基因组打碎,得到基因组片段进行测序,然后再把这些片段重新拼接起来。