生物信息学期末考试重点
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生物信息学期末复习资料(小字)名词解释或辨析。
1.生物信息学:生物信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科,它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究,目的在于了解大量的生物学意义。
2.基因芯片:固定有寡核苷酸、基因组DNA或互补DNA 等的生物芯片。
利用这类芯片与标记的生物样品进行杂交,可对样品的基因表达谱生物信息进行快速定性和定量分析。
3.人类基因组计划:HGP,是一项规模宏大,跨国跨学科的科学探索工程。
其宗旨在于测定组成人类染色体(指单倍体)中所包含的30亿个碱基对组成的核苷酸序列,从而描绘人类基因组图谱,并且辨识其载有的基因及其序列,达到破译人类遗传信息的最终目的。
4.中心法则:分子生物学的基本法则,是1958年由克里克(Crick)提出的遗传信息传递的规律,包括由DNA到DNA的复制,由DNA到RNA的转录和由RNA 到蛋白质的翻译等过程。
20世纪70年代逆转录酶的发现,表明还有由RNA逆转录形成DNA的机制,是对中心法则的补充和丰富。
5.相似性和同源性:相似性(similarity)和同源性(homology)是两个完全不同的概念。
同源序列是指从某一共同祖先经过趋异进化而形成的不同序列。
相似性是指序列比对过程中检测序列和目标序列之间相同碱基或氨基酸残基序列所占比例的大小。
当两条序列同源时,他们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性(identity)。
如果两条系列有一个共同进化的祖先,那么他们是同源的。
这里不存在同源性的程度问题,两条序列要么是同源的要么是不同源的。
1.生物信息学:综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。
包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟,基因组遗传和物理图谱的处理,核苷酸和氨基酸序列分析,新基因的发现和蛋白质结构的预测等。
2.蛋白质组:指由一个基因组,或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。
生物信息学考试重点名词解释1.PAM:它是建立在进化的可接受点突变模型基础上通过统计相似序列比对中的各种氨基酸替换发生率而得到的矩阵。
2.BLOSUM:通过统计相似蛋白质序列的替换率而得到。
3.基因家族:基因组中存在的许多来源于同一个祖先,结构和功能相似的一组基因。
同一家族的这些基因的外显子具有相关性,可在基因组内集中或分散分布。
4.蛋白质家族:一组功能上非常相似的蛋白质。
5.基因组:是一种生物所有遗传信息的总和,或载有遗传信息的全体核酸。
6.转录组:指有机体中合成的所有RNA,包括编码蛋白质的和非编码蛋白质的。
7.蛋白质组:它是指一个细胞或一个组织的的基因组所表达的全部蛋白质,也可以说是一个基因组表达的所有相应的蛋白质。
8.SNP:单核苷酸多态性,是指在给定的一个群体中,超过1%的个体在给定的遗传区域内发生一次核苷酸改变。
9.系统发育分析:就是根据特征或距离数据确定基因、物种起源和发生关系的方法,分析的结果通常以系统发育树的形式直观地呈现出来。
10.开放阅读框:中间没有被终止密码子隔开的最大读码框。
11.距离矩阵:在进行系统发育分析时,用序列之间的差异度(距离)来衡量其关系而构建的矩阵。
12.马尔可夫模型13.直系同源:不同物种的两个同源基因有相同的功能,就称它们为直系同源。
14.旁系同源:当同一或不同物种的两个同源基因有不同的功能,就称它们为旁系同源。
15.趋同进化:不同的生物,甚至在进化上相距甚远的生物,如果生活在条件相同的环境中,在同样选择压的作用下,有可能产生功能相同或十分相似的形态结构,以适应相同的条件。
此种现象称为趋同进化16.趋异进化:生物进化过程中,由于共同祖先适应于不同环境,向两个或者以上方向发展的过程。
17.模体:序列中高度保守的、具有特定结构或功能的一个或数个序列段的组合。
18.模度:由一至数个模体组成,在不同蛋白质中很相似,与特定的空间结构或功能相关,是决定结构或功能的基本单位。
1、生物信息学(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、处理、存储、传播,分析和解释等各方面的学科,也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展,生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科.它通过综合利用生物学,计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。
2、数据库(Database)是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库,它产生于距今六十多年前,随着信息技术和市场的发展,特别是二十世纪九十年代以后,数据管理不再仅仅是存储和管理数据,而转变成用户所需要的各种数据管理的方式。
数据库有很多种类型,从最简单的存储有各种数据的表格到能够进行海量数据存储的大型数据库系统都在各个方面得到了广泛的应用。
3、表达序列标签从一个随机选择的cDNA 克隆进行5'端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等,平均长度为360 ±120bp。
EST 来源于一定环境下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库,因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。
4、开放阅读框是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列,可编码相应的蛋白.ORF识别包括检测六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的DNA序列而其内部不包含启动子或终止子,符合这些条件的序列有可能对应一个真正的单一的基因产物。
ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。
5、蛋白质的一级结构在每种蛋白质中氨基酸按照一定的数目和组成进行排列,并进一步折叠成特定的空间结构前者我们称为蛋白质的一级结构,也叫初级结构或基本结构。
蛋白质一级结构是理解蛋白质结构、作用机制以及与其同源蛋白质生理功能的必要基础.6、基因识别是生物信息学的一个重要分支,使用生物学实验或计算机等手段识别DNA序列上的具有生物学特征的片段。
⽣物信息学重点⼀、名解1.⽣物信息学:(狭义)专指应⽤信息技术储存和分析基因组测序所产⽣的分⼦序列及其相关数据的学科;(⼴义)指⽣命科学与数学、计算机科学和信息科学等交汇融合所形成的⼀门交叉学科。
2.⼈类基因组测序计划:3基因组学:以基因组分析为⼿段,研究基因组的结构组成、时序表达模式和功能,并提供有关⽣物物种及其细胞功能的进化信息。
p1504基因组:是指⼀个⽣物体、细胞器或病毒的整套基因。
p1505.⽐较基因组学:是指基因组学与⽣物信息学的⼀个重要分⽀。
通过模式⽣物基因组之间或模式⽣物基因组与⼈类基因组之间的⽐较与鉴别,可以为研究⽣物进化和分离⼈类遗传病的候选基因以及预测新的基因功能提供依据。
p1666功能基因组:表达⼀定功能的全部基因所组成的DNA序列,包括编码基因和调控基因。
功能基因组学:利⽤结构基因组学研究所得的各种来源的信息,建⽴与发展各种技术和实验模型来测定基因及基因组⾮编码序列的⽣物学功能。
7蛋⽩质组:是指⼀个基因组中各个基因编码产⽣的蛋⽩质的总体,即⼀个基因组的全部蛋⽩产物及其表达情况。
p1798蛋⽩质组学:指应⽤各种技术⼿段来研究蛋⽩质组的⼀门新兴科学,其⽬的是从整体的⾓度分析细胞内动态变化的蛋⽩质组成成分、表达⽔平与修饰状态,了解蛋⽩质之间的相互作⽤与联系,揭⽰蛋⽩质功能与细胞⽣命活动规律。
9功能蛋⽩质组学:(功能蛋⽩质组,即细胞在⼀定阶段或与某⼀⽣理现象相关的所有蛋⽩)。
10序列对位排列:通过插⼊间隔的⽅法使不同长度的序列对齐,达到长度⼀致。
11 基因组作图:是确定界标或基因在构成基因组的每条染⾊体上的位置,以及同条染⾊体上各个界标或基因之间的相对距离。
p15512 后基因组时代:其标志是⼤规模基因组分析、蛋⽩质组分析以及各种数据的⽐较和整合。
p3⼆填空题1⽣物信息学的发展⼤致经历了3个阶段,分别为前基因组时代、基因组时代、后基因组时代。
p22后基因组时代的标志性⼯作是(基因组分析)(蛋⽩质组分析)以及(各种数据的⽐较和整合)p33前基因组时代的标志性⼯作是⽣物数据库的建⽴、检索⼯具的开发以及DNA和蛋⽩质的序列分析p2 4基因组时代的标志性⼯作是(基因寻找和识别)(⽹络数据库系统的建⽴)以及(交互界⾯的开发)p2 5 ⼈类基因组计划的⽬标是完成四张图,分别是(遗传图谱)(物理图谱)(序列图谱)和(基因图谱)5 HGP由六个国家完成,我国完成了HGP的(1%,即3号染⾊体上3000万个碱基)的测序⼯作。
第一章DNA、RNA和蛋白质序列信息资源生物信息学的概念:专指应用信息技术储存和分析基因组测序所产生的分子序列及其相关数据,也称分子生物信息学。
三大核酸序列数据库GenBank(NCBI)美国国家生物技术信息中心,EMBL欧洲分子生物学实验,DDBJ日本DNA序列资料库序列信息通常用FASTA和GenBank两种格式显示第二章双序列比对数据库查询:指对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配。
数据库搜索:通过特定相似性比对算法,找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。
区别:数据库搜索专门针对核酸和蛋白质序列数据库而言,其搜索对象不是数据库的注释信息,而是序列信息。
检测序列:新测定的,希望通过数据库搜索确定其性质或功能的序列目标序列:通过数据库搜索得到的和检测序列具有一定相似性的序列同源性的意义:具有共同祖先。
两个物种中有两个性状满足下列任一条件,就可称为同源性状:(1)它们与这些物种的祖先类群中所发现的某个性状相同(2)(2)它们是具有祖先一后裔的不同性状同源(homology)-具有共同的祖先同源序列:共同祖先趋异进化形成垂直同源(ortholog)种系形成过程中起源于一个共同祖先的不同种系中的DNA或蛋白质序列水平同源(paralog)由序列复制事件产生的相似(similarity)用来描述检测和目标序列之间相同DNA/蛋白质序列占比高低。
同源序列一般是相似的,但相似序列不一定是同源的。
相似性:大于50%可认为是同源性序列,小于20%无法确定同源性目的:通过数据库搜索,推测该未知序列可能属于哪个基因家族,具有哪些生物学功能。
可能找到已知三维结构的同源蛋白质而推测其可能的空间结构。
在序列数据库中对查询序列进行同源性比对.整体比对:从全长序列出发(分子系统学)局部比对:序列部分区域相似性(分子结构与功能性研究)数据库搜索的基础是序列的相似性比对,即双序列比对(pairwise alignment)。
一、单选题1、总的来说,位于染色体内超过( )个碱基的DNA,构成了人类基因组。
A.30000000000B.3000000000C.300000000D.30000000正确答案:B2、人类镰刀型红细胞贫血症是由于血红蛋白β链N端第6个氨基酸由谷氨酸突变为( )造成的。
A.苏氨酸B.缬氨酸C.赖氨酸D.谷氨酸正确答案:B3、RefSeq数据库是由哪个组织开发和维护的?( )A.NIGB.NCBIC.EMBLD.SIB正确答案:B4、Long non-coding RNA长链非编码RNA是长度大于( )个核苷酸的非编码RNA。
A.150B.250C.300D.200正确答案:D5、tBLASTx分析是用核酸序列检索核酸序列数据库,下列说法正确的是?()A.核酸序列和核酸序列数据库都不需要翻译成蛋白质序列B.只有核酸序列数据库需要翻译成蛋白质序列C.只有核酸序列需要翻译成蛋白质序列D.核酸序列和核酸序列数据库都需要翻译成蛋白质序列正确答案:D6、要搜索编码蛋白质序列的核酸序列,适宜的分析方法是?()A.BLASTxB.BLASTnC.tBLASTnD.BLASTp正确答案:A7、下列对于PCR引物修饰的说法正确的是?()A.PCR引物的5’末端和3’末端均能进行修饰B.PCR引物的5’末端和3’末端均不能进行修饰C.只有PCR引物的5’末端能进行修饰D.只有PCR引物的3’末端能进行修饰正确答案:C8、下列哪个在线分析工具可以预测DNA的外显子-内含子?()A.AugustusB.PLACEC.ORFfinderD.Entrez正确答案:A9、Smith-Waterman动态规划算法矩阵中的每个单元格有几条路径?()A.1B.2C.3D.4正确答案:D10、下列关于Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法提出早晚的论述正确的是?()A.Needleman-Wunsch算法提出时间较早B.不确定C.Smith-Waterman算法提出时间较早D.二者提出时间相当正确答案:A11、当分类单元至少为3时,下列对“有根树与无根树的数目”判断正确的是?()A.有根树的数目要少于无根树的数目B.有根树的数目与无根树的数目一样多C.有根树的数目要多于无根树的数目D.二者数目无法判断正确答案:C12、下列哪种算法建树时,选择代价最小或者枝长最短的树?A.最大似然值法B.最大简约法C.邻接法D.UPGMA法正确答案:B二、多选题1、生物信息学是由( )等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。
■一、选择题:1.以下哪一个是mRNA条目序列号:A.J01536■.NM_15392C.NP_52280D.AAB1345062.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是:■.UnigeneB.EntrezC.LocusLinkD.PCR3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗?■可能B.不可能4.下面哪种数据库源于mRNA信息:■dbESTB.PDBC.OMIMD.HTGS5.下面哪个数据库面向人类疾病构建:A.ESTB.PDB■.OMIMD.HTGS6.Refseq和GenBank有什么区另1J:A.Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列B.GenBank提供的是非冗余序列■.Refseq源于GenBank,提供非冗余序列信息D.GenBank源于Refseq7.如果你需要查询文献信息,下列哪个数据库是你最佳选择:A.OMIMB.Entrez■PubMedD.PROSITE8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法,下列哪种说法正确:A.因为GenBank的数据比EMBL更多,Entrez给出的搜索结果将更多B.搜索结果很可能一样,因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样■搜索结果应该相当,但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于:■N/W/YB.Q/W/YC.F/W/YD.Q/N/W10.直系同源定义为:■不同物种中具有共同祖先的同源序列B.具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列C.同一物种中由基因复制产生的同源序列D.同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列11.下列那个氨基酸最不容易突变:A.丙氨酸B.谷氨酰胺C.甲硫氨酸■半胱氨酸12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变:A.1%B.20%■.80%D.250%13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同:A.全局比对通常用于比对DNA序列,而局部比对通常用于比对蛋白质序列B.全局比对允许间隙,而局部比对不允许C.全局比对寻找全局最大化,而局部比对寻找局部最大化■全局比对比对整体序列,而局部比对寻找最佳匹配子序列14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。
2、序列比对的类型①全局序列比对定义:在全局范围内对两条序列进行比对打分的方法。
适合于非常相似且长度近似相等的序列。
②局部序列比对定义:一种寻找匹配子序列的序列比对方法。
适合于一些片段相似而另一些片段相异的序列。
4、ployA:转录终止信号序列,AATAA,称为多聚腺苷酸信号;5、SNP;单核苷酸多态性;6、BLAST:基本局部比对搜索工具,用于相似性搜索的工具,对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
5、序列相似性比较:将待研究序列与 DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。
完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。
常用的程序包有 BLAST、FASTA 等;7、空位(gap:在序列比对时,由于序列长度不同,需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果,这样在其中一序列上产生中断现象,这些中断的位点称为空位。
8、空位罚分:空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响,序列中的空位的引入不代表真正的进化事件,所以要对其进行罚分,空位罚分的多少直接影响对比的结果。
9、多序列比对:通过序列的相似性检索得到许多相似性序列,将这些序列做一个总体的比对,以观察它们在结构上的异同,来回答大量的生物学问题。
1、分子钟:认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说,从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。
2、系统发育图:用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图,是引入时间概念的支序图。
4、最大似然法(ML:它对每个可能的进化位点分配一个概率,然后综合所有位点,找到概率最大的进化树。
最大似然法允许采用不同的进化模型对变异进行分析评估,并在此基础上构建系统发育树。
5、开放阅读框(ORF:开放阅读框是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列。
6、.密码子偏好性(codon bias:氨基酸的同义密码子的使用频率与相应的同功 tRNA 的水平相一致,大多数高效表达的基因仅使用那些含量高的同功 tRNA 所对应的密码子,这种效应称为密码子偏好性。
生物信息学就是一门交叉学科, 包含了生物信息得获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内得所有方面, 它综合运用数学、计算机科学与生物学等得各种工具来阐明与理解大量数据所包含得生物学意义。
生物信息学宗旨在揭示基因组信息结构得复杂性及遗传语言得根本规律。
从生物分子获得与挖掘深层次生物学知识。
人类基因组计划(HGP):获得遗传图、物理图、序列图、转录图;终极目标:阐明人类基因组全部DNA序列;识别基因;建立储存这些信息得数据库;开发数据分析工具;研究HGP实施所带来得伦理、法律与社会问题。
其中我国承担了人类3号染色体短臂。
记录:一个数据库记录一般由两部分组成:原始序列数据与描述这些数据生物学信息得注释。
冗余:在一个数据库存在着多个相同得项,如两个或者更多得记录中有一个相同序列Fasta格式开始于一个标识符:">",然后就是一行描述。
GenBank格式:每个基因描述可有多个描述行,包含一行以LOUCUS开头描述行,基因序列以ORIGN开头,以//结尾。
EMBL:入口标识符ID,序列开始标识符SQ,结束就是//。
数据库得特点:①数据库就是可以检索得,即具有检索功能;②数据库应该就是定时更新得,即不断有新版内容发布;③数据库就是交叉引用得,特别就是在互联网时代,数据库应该通过超链接与其她数据库相连。
EST序列:表达序列标签对cDNA文库测序得到得,就是转录得DNA序列。
STS序列:序列标签位点染色体上位置已定得、核苷酸序列已知得、且在基因组中只有一份拷贝得DNA短片断,(200bp-500bp)。
STS序列标签位点就是基因组上定位明确、作为界标并能通过PCR扩增被唯一操作得短得、单拷贝DNA 序列,用于产生作图位点。
GSS序列:基因组概览测序基因组DNA克隆得一次性部分测序得到得序列。
HTG序列:高通量基因组序列三大数据库:NCBI(GenBank):美国生物技术中心,建立了一系列生物信息数据与各种服务。
一、名词解释:1.生物信息学:研究大量生物数据复杂关系的学科,其特征是多学科交叉,以互联网为媒介,数据库为载体。
利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析,并以生物学知识对结果进行解释。
2.二级数据库:在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步的整理。
3.FASTA序列格式:是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串,大于号(>)表示一个新文件的开始,其他无特殊要求。
4.genbank序列格式:是GenBank 数据库的基本信息单位,是最为广泛的生物信息学序列格式之一。
该文件格式按域划分为4个部分:第一部分包含整个记录的信息(描述符);第二部分包含注释;第三部分是引文区,提供了这个记录的科学依据;第四部分是核苷酸序列本身,以“//”结尾。
5.Entrez检索系统:是NCBI开发的核心检索系统,集成了NCBI的各种数据库,具有链接的数据库多,使用方便,能够进行交叉索引等特点。
6.BLAST:基本局部比对搜索工具,用于相似性搜索的工具,对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
P947.查询序列(query sequence):也称被检索序列,用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。
P988.打分矩阵(scoring matrix):在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。
包括基于理论(如考虑核酸和氨基酸之间的类似性)和实际进化距离(如PAM)两类方法。
P29 9.空位(gap):在序列比对时,由于序列长度不同,需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果,这样在其中一序列上产生中断现象,这些中断的位点称为空位。
P2910.空位罚分:空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响,序列中的空位的引入不代表真正的进化事件,所以要对其进行罚分,空位罚分的多少直接影响对比的结果。
如对您有帮助,欢迎下载支持,谢谢!如对您有帮助,欢迎下载支持,谢谢!一、名词解释(每小题3分,共30分)分)1.1. 生物信息学生物信息学2.2. 数据库技术数据库技术3.3. 数据仓库数据仓库4.4.EST5.5. 概念性翻译概念性翻译6.6. 同源性同源性7.7. 单系类群单系类群8.8. 全局排列全局排列9.9. 基因作图基因作图1010.直系同源体簇.直系同源体簇.直系同源体簇二、填空题(每空1分,共10分)分)1. 生物信息学主要研究的两种信息载体是生物信息学主要研究的两种信息载体是和 。
2. 国际上的三大核苷酸序列数据库分别是 、和 。
3. 数据挖掘的三大技术支柱是数据挖掘的三大技术支柱是、 和 。
4. 相同类型核苷酸的替换称为 ,不同类型核苷酸的替换称为 。
三、单项选择题(每小题1分,共10分)分)1.1. 在对模式生物进行全基因组的测定中,作为真菌模式生物的是在对模式生物进行全基因组的测定中,作为真菌模式生物的是。
A 、大肠杆菌、大肠杆菌B 、青霉菌、青霉菌C 、酵母菌、酵母菌D 、线虫、线虫2.NCBI 成立于成立于。
A 、1988年B 、1989年C 、1990年D 、1992年3.根据数据库管理系统所支持的基本数据模型的不同,可以将数据库分为五类,其中第二代数据库是代数据库是。
A 、层次数据库、层次数据库B 、网状数据库、网状数据库C 、关系数据库、关系数据库D 、分布式数据库、分布式数据库4.在向GenBank 投送序列的工具中,投送序列的工具中, 是标准的序列投送工具。
是标准的序列投送工具。
A 、Cn3DB 、tb12asnC 、BankItD 、Sequin5. 目前最为常用和注释最全的蛋白质序列数据库是目前最为常用和注释最全的蛋白质序列数据库是。
A 、Identify B 、OWLC 、PIRD 、SWISS-PROT6. 下列选项中根据蛋白质三维折叠模式和进化关系划分的结构分类数据库是下列选项中根据蛋白质三维折叠模式和进化关系划分的结构分类数据库是。
1.生物信息学:生物信息学包含了生物信息的获取、处理、分析、和解释等在内的一门交叉学科;它综合运用了数学、计算机学和生物学的各种工具来进行研究;目的在于阐明大量生物学数据所包含的生物学意义。
2.BLAST 直译:基本局部排比搜索工具意译:基于局部序列排比的常用数据库搜索工具含义:蛋白质和核酸序列数据库搜索软件系统及相关数据库3.PSI-BLAST:是一种迭代的搜索方法,可以提高BLAST和FASTA的相似序列发现率。
4.一致序列:这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列,主要的缺点是除了在特定位置最常见的残基之外,它们不能表示任何概率信息。
5.HMM隐马尔可夫模型:是蛋白质结构域家族序列的一种严格的统计模型,包括序列的匹配,插入和缺失状态,并根据每种状态的概率分布和状态间的相互转换来生成蛋白质序列。
6.信息位点:由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点。
7.非信息位点:对于最大简约法来说没有意义的点。
8.标度树:分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。
9.非标度树:只表示亲缘关系无差异程度信息。
10.有根树:单一的节点能指派为共同的祖先,从祖先节点只有唯一的路径历经进化到达其他任何节点。
11.无根树:只表明节点间的关系,无进化发生方向的信息,通过引入外群或外部参考物种,可以在无根树中指派根节点。
12.注释:指从原始序列数据中获得有用的生物学信息。
这主要是指在基因组DNA中寻找基因和其他功能元件(结构注释),并给出这些序列的功能(功能注释)。
13.聚类分析:一种通过将相似的数据划分到特定的组中以简化大规模数据集的方法。
14.ESI电喷雾离子化:一种适合大分子如蛋白质离子化没有明显降解的质谱技术。
样品溶解后从高电压控制下的细针中喷出,形成的带电荷微小液滴从一个小孔直接进入质谱仪的真空室中,在其钟被一股惰性气体干燥形成气态离子,这些气态离子从分析仪向探测器加速(飞行)。
15.机制辅助的激光解析/离子化(MAIDI):这一技术通过质谱产生离子,这适合于没有降解的大蛋白质的分析。
名词解释:1、基因组:生物有机体的单倍体细胞中所有DNA,包括核中的染色体DNA和线粒体、叶绿体等亚细胞器中的DNA。
2、蛋白质组:指一个基因组所表达的全部蛋白质。
3、信号肽:新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移(定位)的N-末端的氨基酸序列(有时不一定在N端)。
4、启动子:一段特定的直接与RNA聚合酶及其转录因子相结合,决定基因转录起始与否的DNA序列。
同源序列一般是相似的,相似序列不一定是同源的5、引物:(primer)指一段较短的单链RNA或DNA,它能与DNA的一条链配对提供游离的3’-OH末端以作为DNA聚合酶合成脱氧核苷酸链的起始点。
6、直向同源、垂直同源:(Orthologous )描述在不同物种中来自于共同祖先的基因。
Orthologous基因可能有相同的功能,也可能没有。
7、GenBank:是美国国家生物技术信息中心管理的核酸序列数据库,汇集并注释了所有公开的核酸序列。
8、ORF:一组连续的含有三联密码子的能够被翻译成为多肽链的DNA序列。
它由起始密码子开始,到终止密码子结束。
9、CDS:是编码一段蛋白产物的序列。
10、BLAST:是一个基于局部比对的序列相似性搜索工具。
11、EST:(表达序列标签)就是cDNA的一个片段,即一个基因编码序列的一小段。
12、PDB:(蛋白质结构数据库)是美国国家实验室创建并管理的收录生物大分子晶体结构的数据库。
13、Homology:(同源性)14、Similarity:(相似性)15、Orthologous:(直向同源、垂直同源)描述在不同物种中来自于共同祖先的基因。
Orthologous基因可能有相同的功能,也可能没有。
16、Entrez:是NCBI网站的数据库查询系统,它集成了文献数据库、核酸序列数据库、结构数据库、基因图谱数据库,是有效利用NCBI数据库资源的工具。
17、EMBL:是欧洲分子生物学实验室创建的核酸序列数据库。
18、DDBJ:日本国立遗传研究所创建的核酸序列数据库。
生工1202生物信息学考试参考资料1、生物信息学的主要应用有哪些?①生物信息学数据库:数据库建立、数据库整合和数据挖掘②序列分析:序列比对、基因序列注释③其他:比较基因组学、基因和蛋白质的表达分析、生物芯片大规模功能表达谱的分析、蛋白质结构的预测、蛋白质与蛋白质的相互作用、生物系统模拟、代谢网络建模分析、计算机进化生物学、生物多样性研究、合成生物学2、生物学数据库有哪些特点?①数据库的更新速度不断加快、数据量呈指数增长②数据库使用频率增长更快③数据库的复杂程度不断增加④数据库网络化⑤面向应用⑥先进的软硬件配置3、一级数据库和二级数据库的区别是什么?有哪些一级数据库和二级数据库?一级数据库属于档案数据库,库中的主要内容是来源于实验室操作所得到的原始数据结果;二级数据库则是在一级数据库的信息基础上进行了计算加工处理并增加了许多人为的注释而构成的一级数据库:核酸序列数据库GenBank、EMBL、DDBL及蛋白质数据库PDB二级数据库:NCBI的RefSeq数据库4、数据库的Fasta、Flat file和XML格式各有何特点?(1)FASTA序列格式包括三个部分:(书上没有PPT第二章第19-20页)1.在注释行的第一列用字符“>”标识,后面是序列的名字和来源;2.标准的单字符标记的序列;3.可选的“*”表示序列的结束,它可能出现也可能不出现,但它是许多序列分析程序正确读取序列所必须的。
提供了从一个窗口到另一个窗口非常方便的拷贝途径,序列中没有数字或其他非字符。
从第二行开始是序列本身,标准核苷酸符号(大小写均可)或氨基酸单字母符号(大写)。
(2)平面文件格式—Flat File纯文本文件、通用性好、检索复杂,冗余字段较多,大容量数据库难以处理(3)XML格式(PPT第二章第29、32页)一个XML文件代表一个嵌套的信息树。
树中的每一个节点能包含像一串子节点或者一些属性这样的数据,并且一个XML文件始于根节点。
生物信息学一、定义生物信息学(bioinformatics) 是美国学者林华安博士(H.A.Lim)在1987年首创。
广义的生物信息学:两层含义:1、海量数据的收集、整理与服务即管理好这些数据。
2、从这些数据中发现新规律。
狭义的生物信息学:最初分析基因组DNA序列信息数据,以期获得丰富的生物学知识,从而更深层次认识未知的生物世界。
发展分析微整列、基因本体(gene ontology ,GO)注释、分子图谱、结构数据等数据,阐明细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰亡的基本规律的方法。
从而更深层次认识未知的生物世界。
生物分子信息特征①生物分子信息数据量大②生物分子信息复杂③生物分子信息之间存在着密切的联系研究内容①生物信息的收集、存储、管理与提供(基础内容)②基因组序列信息的提取和分析③功能基因组分析④生物分析设计⑤药物设计⑥生物信息分析的技术与方法研究⑦应用与发展研究⑧系统生物学研究一二级数据库一级核酸数据库:核酸数据库:GenBank、EMBL和DDBJ等。
蛋白质序列数据库:Swiss-Prot。
结构数据库:X射线衍射和核磁共振结构测定。
PIR(Protein Information Resouce, PIR)、PDR(Protein Data Bank)等二级核酸数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来的。
生物信息学研究意义(了解)生物信息学研究意义生物信息学将是21世纪生物学的核心认识生物本质了解生物分子信息的组织和结构,破译基组信息,阐明生物信息之间的关系改变生物学的研究方式改变传统研究方式,引进现代信息学方法,在医学上的重要意义为疾病的诊断和治疗提供依据为设计新药提供依据二、数据库类型生物信息学数据库类型序列数据库(核酸序列数据库,蛋白质序列数据库),结构数据库,功能数据库,其它专业数据库(非冗余参考序列数据库RefSeq ,密码子使用数据库Codon Usage Database CUTG,基因可变剪接数据库ASDB,转录因子数据库TRANSFAC)核酸序列数据库GenBank:美国国家生物技术信息中心(NCBI)EMBL:欧洲生物信息研究所(EBI)DDBJ :日本国立遗传学研究所(NIG)特点(了解):1、三大数据库具有不同的记录格式,但是对于核酸序列均采用了相同的记录标准,同时可每天交换数据以达到数据的更新和一致。
齐齐哈尔大学试卷考试科目: 生物信息学适用对象: 生物技术08本使用学期: 2011—2012—1 第七学期课程编码: 05113019 总分80分共 2 页1)考生须知:2)姓名必须写在装订线左侧, 其它位置一律作废。
3)请先检查是否缺页, 如缺页应向监考教师声明, 否则后果由考生负责。
4)答案一律写在答题纸上, 可不抄题, 但要标清题号。
5)用蓝色或黑色的钢笔、圆珠笔答题。
监考须知: 请将两份题签放在上层随答题纸一起装订。
一、名词解释(每小题3分, 共4小题12分)表达序列标签, 外类群, 开放阅读框, 蛋白质组学二、选择题(每小题1分, 共10小题10分)1.下列哪项不属于人类基因组计划的研究内容()A.绘制化学图谱、物理图谱B.获得全部人类基因组的序列C.获得转录图谱D.获得人体内全部的蛋白质序列2.图中哪一项为直系同源()A.HA1和HA2B.HA1和WA2C.HA1和HBD.WA1和WA23.下列软件中哪一个能够用来构建系统发育树的()A CLUSTALB BLASTC AssemblerD Treeview4.核酸序列增长最快是在哪一时期()A 1970-1980年B 1980-1990年C 1990-2000年D 2000-2008年5. 研究一条测序获得的DNA序列时首先需要()A.屏蔽重复序列B.去除序列污染C.查找开放阅读框D.查找密码子偏好性6. 对于序列ATGCCCCGA和序列ATCCGA哪一种是正确的序列对位排列方式()A ATGCCCCGAAT_CC__GAB ATGCCCCGAAT_CCG__AC ATGCCCCGAAT_CC_G_AD ATGCCCCGAAT_C__G_A7.BLAST系列软件与下列哪一项能够在同一网站中检索到()A GeneBank数据库B DDBJ数据库C EMBL数据库D CLUSTAL W8.生物信息学数据以什么形式存储()A.文件系统B.程序软件C.数据库D.手工管理9.下列陈述哪一项是错误的()A PIR-PSD是国际上最大的蛋白质序列数据库B 数据库的检索分为关键词检索和序列检索C STS是基因组作图时常用的一种图标D ACeDB仅储存秀丽新小杆线虫数据10.在使用CLUSTAL软件进行比对时, 多序列的比对结构中几条序列都相同的核苷酸位点用什么标注()A 不同的颜色B “*”C “-”D “_”三、判断题(每小题1分, 共10小题10分, 对的画“√”, 错的画“×”)1.华盛顿大学的Phred软件是用来处理数据冗余的()2.NCBI网站不能用来查询文章()3.CLUSTAL X有汉化版()4.EcoCyc是大肠杆菌的知识体系数据库系统()5. 文昌鱼是人类的五种模式生物之一()6.生物信息学研究物种信息, 不包括序列()7.研究一条测序获得的DNA序列时首先应该去除污染序列()8.双向凝胶电泳技术是蛋白质组研究的关键技术()9.CAP3是EST序列的拼接软件()10.氨基酸的顺序决定蛋白质的构象,即蛋白质的一级结构决定蛋白质的二级结构。
生物信息学:利用数学、物理、化学的理论、技术和方法,以计算机为工具,对生命现象加以研究,得到深层次的生物学知识。
研究任务:收集与管理生物分子数据,对数据进行处理分析,为其它生物学研究提供服务四大“模式生物”:酵母、线虫、果蝇、小鼠糖的生物功能,作为燃料(是生命活动所需的能源),重要的中间代谢物,参与生物大分子组成,作为信号分子脂类的生物功能,构成生物膜的骨架,储存能量(效率是糖的2倍左右),构成生物表面的保护层、保温层,重要的生物学活性物质蛋白质的生物功能,是遗传信息转化成生物结构和功能的表达者;参与基因表达的调节,以及细胞中氧化还原反应、电子传递、神经传递、学习记忆等重要生命过程;酶(一类重要的蛋白质)在细胞和生物体内各种生化反应中起催化作用;蛋白质的空间结构一级结构(primary structure)多肽链中氨基酸数目、种类和线性排列顺序二级结构(secondary structure)氢键形成-螺旋( -helix)链间形成-折叠(-sheet)三级结构(tertiary structure)肽链进一步沿多方向盘绕成紧密的近似球状结构四级结构(quaternary structure)具有特定构象的肽链进一步结合,并在空间相互作用检索方法:1)追溯法:通过已知文献后附有的参考文献中提供的线索来查找文献。
(2)常用法:利用各种检索工具来查找文献。
(3)循环法:是将常用法和追溯法交替使用的一种综合文献检索方法。
(4)浏览法:是从本专业期刊或其它类型的原始文献中直接查阅文献资料。
检索途径:著者途径:分类途径:主题途径:其它途径;检索过程:(1)分析研究课题(2)制定检索策略(3)查找文献线索(4)获得原始文献大规模基因组DNA测序:鸟枪法( Shot-gun sequencing)方法:借助物理或化学的手段将整个基因组随机打断成一定大小的片段进行测序,再根据序列间的重叠关系进行计算机排序与组装,确定它们在基因组中的位置。
生物信息学必须掌握的考点汇总!!!—、绪论生物信息学Definition of Bioinformatics :利用数学、物理、化学的理论、技术和方法,以计算机为工具,对生命现象加以研究,得到深层次的生物学知识。
※计算生物学:更偏重计算、理论和方法※分子生物信息学:狭义的生物信息学,主要研究DNA和Protein※理论生物学:包含生物信息学※信息生物学:新概念,以生命信息的遗传,传输,调节和表达的基本规律为研究中心※系统生物学:研究生物系统组成成分的构成与相互关系的结构、动态与发生,以系统论和实验、计算方法整合研究为特征的生物学研究目标:揭示蕴藏在生物数据中的生物规律和内涵研究任务:1. 收集与管理生物分子数据2. 对数据进行处理分析3. 为其它生物学研究提供服务(提供工具)4. 最终解释生命是什么研究内容:1. 数据管理层面上:开发、设计一系列相关的工具,能够方便有效的获取、管理以及使用各种类型的数据和信息。
2. 算法开发层面上:开发新的算法及统计学的方法来揭示大规模数据之间的联系。
3. 研究对象层面上:分析和解释各种类型的生物学数据,包括核酸、氨基酸序列、蛋白质功能结构域以及蛋白质三级结构等。
研究意义:1. 生物学从传统的实验科学转向实验、理论相互结合的科学2. 从理论上认识生物的本质的必要途径3. 人类健康、医药卫生发展的新途径研究对象:碱基一 -►基因组-------------- ►蛋白质表型基因组学蛋白质组学信息的存储密码表的进化单核甘酸多态(SNP)基因识别非编码区功能基因演化染色体分析基因组比较结构预测定位预测蛋白质修饰蛋白质功能蛋白质互作表达网络代谢网络调控网络生物信息学特点:杂,乱,难,新其实应该是我我都说是我了关我啥事啊?那我呢?长相要知道——鲍林,戴霍夫,林华安,薛定谱bioinformatics :作为专有名词是由林华安博士在二十世纪80年代末(1987 )创造的人们公认的生物信息学的创始人是Temple F, Smith或Margret Dayhoff历史事件:二十世纪五十年代,为储备期1953年Watson和Crick提出DNA双螺旋结构1956年在美国田纳西州召开首次“生物学中的信息理论研讨会二十世纪六十至七十年代,为萌芽期。
第一讲生物信息学(Bioinformatics)是20世纪80年代末随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新型交叉学科,它体现了生物学、计算机科学、数学、物理学等学科间的渗透与融合。
生物信息学通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析,达到揭示数据所蕴含的生物学意义从而解读生命活动规律的目的。
生物信息学不仅是一门学科,更是一种重要的研究开发平台与工具,是今后进行几乎所有生命科学研究的推手。
生物技术与生物信息学的区别及联系生物信息学的发展历史•人类基因组计划(HGP)•人类基因组计划由美国科学家于1985年提出,1990年启动。
根据该计划,在2015年要把人体约4万个基因的密码全部揭开,同时绘制出人类基因的谱图,也就是说,要揭开组成人体4万个基因的30亿个碱基对的秘密。
HGP与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划,被誉为生命科学的登月计划。
(百度百科)随着基因组计划的不断发展,海量的生物学数据必须通过生物信息学的手段进行收集、分析和整理后,才能成为有用的信息和知识。
换句话说,人类基因组计划为生物信息学提供了兴盛的契机。
上文所说的基因、碱基对、遗传密码子等术语都是生物信息学需要着重研究的地方。
第二讲回顾细胞结构细胞是所有生命形式结构和功能的基本单位细胞组成细胞膜主要由脂类和蛋白质组成的环绕在细胞表面的双层膜结构细胞质细胞膜与细胞核之间的区域:包含液体流质,夹杂物存储的营养、分泌物、天然色素和细胞器细胞器细胞内完成特定功能的结构:线粒体、核糖体、高尔基体、溶酶体等细胞核最大的细胞器DNA的结构碱基(腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶G)核苷酸核苷酸是构成DNA分子的重要模块。
每个核苷酸分子由一分子称作脱氧核糖的戊糖(五碳糖)、一分子磷酸和一分子碱基构成。
每种核苷酸都有一个碱基对,也就是A、T、C、G基因是什么基因是遗传物质的基本单位基因就是核苷酸序列。
大部分的基因大约是1000-4000个核苷酸那么长。
基因通过控制蛋白质的合成,从微观和宏观上影响细胞、组织和器官的产生。
基因在染色体上。
第四讲数据结构及其对应算法数据结构的定义数据结构探讨的是在计算机中如何有效地存放数据,使其可以方便地被处理•二维数组•链表•栈和队列第五讲序列比较序列比较的根本任务是:1.发现序列之间的相似性2.辨别序列之间的差异目的:相似序列 相似的结构,相似的功能判别序列之间的同源性推测序列之间的进化关系序列对比定义:序列对比(sequence alignment)是运用某种特定的数学模型或算法,找出两个或多个序列之间的最大匹配碱基或残基数,比对的结果反映了算法在多大程度上提供序列之间的相似性关系及他们的生物学特征。
编辑距离...AGCACAC--A...... A--CACACTA...-Match(a,a)字符匹配-Delete(a,-)从第一条序列删除一个字符,或者在第二条序列相应的位置插入空位-Replace(a,b)以第二条序列中的字符b替换第一条序列中的字符a, a不等于b-Insert(-,b)在第一条序列插入空位符,或者删除第二条序列中的对应字符b编辑距离,又称Levenshtein距离,是指在对于两个字符串,由其中一个转换成另一个所需要的最少编辑次数,该编辑可以是Replace, Delete,InsertBesting -->BeatenS1. Replace (s -> a )S2. Replace (i -> e )S3. Delete (g -> -)S3. Insert (-,g)问题:把一个字符串s1最少经过多少步操作变成字符串s2?相关算法•递归函数调用自身,需要有边界函数n! = n(n-1)(n-2)...1;f(n) = f(n-1)+f(n-2)•动态规划(最长公共字符子序列)将大问题分解为一系列子问题,每个子问题的解保存在数组中用来求最终解[问题描述] 字符序列的子序列是指从给定字符序列中随意地(不一定连续)去掉若干个字符(可能一个也不去掉)后所形成的字符序列。
令给定的字符序列X=“x0,x1,…,xm-1”,序列Y=“y0,y1,…,yk-1”是X的子序列,存在X的一个严格递增下标序列<i0,i1,…,ik-1>,使得对所有的j=0,1,…,k-1,有xij=yj。
例如,X=“ABCBDAB”,Y=“BCDB”是X 的一个子序列。
最长公共字符子序列A=“a0,a1,…,am-1”;B=“b0,b1,…,bm-1”;Z=“z0,z1,…,zk-1”为它们的最长公共子序列,那么关于A,B,Z应该有如下性质:1)如果am-1=bn-1,则zk-1=am-1=bn-1,且“z0,z1,…,zk-2”是“a0,a1,…,am-2”和“b0,b1,…,bn-2”的一个最长公共子序列;2)如果am-1!=bn-1,则若zk-1!=am-1,蕴涵“z0,z1,…,zk-1”是“a0,a1,…,am-2”和“b0,b1,…,bn-1”的一个最长公共子序列;3)如果am-1!=bn-1,则若zk-1!=bn-1,蕴涵“z0,z1,…,zk-1”是“a0,a1,…,am-1”和“b0,b1,…,bn-2”的一个最长公共子序列。
最长公共字符子序列现有两个序列X={x1,x2,x3,...xi},Y={y1,y2,y3,....,yj},设一个C[i,j]: 保存Xi与Yj的LCS的长度。
第六讲编辑距离问题算法•if i == 0 且j == 0,matrix(i, j) = 0•if i == 0 且j > 0,matrix(i, j) = j•if i > 0 且j == 0,matrix(i, j) = i•if i ≥ 1且j ≥ 1 ,matrix(i, j) == min{ matrix(i-1, j) + 1, matrix(i, j-1) + 1, matrix(i-1, j-1) + f(i, j) },当第一个字符串的第i个字符不等于第二个字符串的第j 个字符时,f(i, j) = 1;否则,f(i, j) = 0。
第八讲全局序列比对算法Levenshtein 与LCS 的异同点S[i-1,j-1] + cost(a i,b j) cost = 0 || 1S[i,j] = min S[i-1,j]+cost(a i,-) delete (i,-)S[i,j-1]+cost(-,b j) delete (j,-)算法DemoA B B A0 1 2 3 4B 1 1 1 2 3B 2 2 1 1 2A 3 2 2 2 1第九讲生物信息学的计算机、统计学及数学基础生物信息学的定义:生物信息学是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。
因此,计算机技术将是进行生物信息学研究的重要手段;而数学知识是研究的重要方法。
目前,一般提到的"生物信息学" 是就指这个狭义的概念,更准确地说,应该是分子生物信息学(Molecular Bioinformatics)。
2、动态规划方法动态规划(Dynamic Programming)是一种解决多阶段决策过程的最优化方法或复杂空间的优化搜索方法动态规划解决问题的基本过程是:将一个问题的全局解分解为局部解,逆序递推求出局部最优解,随着执行过程的推进,“局部”逐渐接近“全局”,最终获得全局最优解在生物信息学中,使用得最多的是反向传播神经网络(Back Propagation Neural Network,简称BP网)。
专家系统专家系统(Expert System)是一种基于知识的智能系统,它将领域专家的经验用一定的知识表示方法表示出来,并放入知识库中,供推理机使用知识库是专家系统的第一重要组成部分,知识库中的知识通常分为两类:1.一类领域的事实性知识或广泛公用的知识2.另一类是启发性知识,是该领域专家在长期研究和实践过程中积累起来的经验总结知识获取方式大致上可以分为两种:一种是由知识工程师向领域专家询问有关知识,经过整理编辑后将知识转换成计算机表示形式,送入知识库另一种是针对大量数据进行机器学习,分析、总结和抽取出有用的新知识,这是更高层次的知识获取方式。
专家系统的另一个重要部分是推理机,由它来控制和协调整个系统,并根椐当前输入的数据和知识,按一定的推理策略,去解决当前的问题,推导出结论。
第十讲 数据挖掘数据挖掘(定义)从技术层面上:数据挖掘就是从大量数据中提取有用信息的过程从商业层面上:数据挖掘就是一种商业信息处理技术,通过对大量业务数据进行抽取、转换、分析和建模处理,从中提取辅助商业决策的关键性数据数据挖掘(任务)分类分析(Classification )通过分析示例数据库中的数据,为每个类别做出准确的描述或建立分析模型产生分类规则,然后用这个模型或规则对数据库中的其他记录进行分类。
已被广泛应用于用户行为分析、生物科学等领域。
聚类分析(Clustering )聚类和分类是两个容易混淆的概念。
聚类是一种无指导的观察式学习,没有预先定义的类。
而分类问题是有指导的示例式学习,预先定义类。
分类是训练样本里包含有分类属性值,而聚类是要在训练样本中发现这些分类属性值。
第十一讲 动态规划矩阵相乘只有当矩阵A 的列数与矩阵B 的行数相等时A ×B 才有意义。
一个m ×n 的矩阵a(m ,n )左乘一个n ×p 的矩阵b(n ,p ),会得到一个m ×p 的矩阵c(m ,p )共计算 2 * 3 * 4 = 24次动态规划算法•确定要用动态规划算法之后如何去分析问题① 怎么描述问题,要把问题描述为交叠的子问题 ② 交叠子问题的初始条件(边界条件)③ 动态规划在形式上往往表现为填矩阵的形式回顾编辑距离 或者 LCS 算法,以上三点也都在我们的分析中体现 背包问题 背包问题简述问题:如何在不超出背包重量的前提下得到最大价值? 思考解决问题的结构,寻找最优子结构 Item {a1,a2,a3} W: {5,3,2} P : {9,7,8} MaxWeight: 5=⎪⎪⎪⎭⎫⎝⎛⨯⎪⎪⎭⎫ ⎝⎛123412341234345123W: {5,3,2}P : {9,7,8}MaxWeight: 5问题:一共要计算多少种可能性?核心算法c[i][m]=max{c[i-1][m],c[i-1][m-w[i]]+p[i]}第十四讲信息可视化技术背景计算机图形学的产生和发展为可视化的诞生奠定基础1987年正式将可视化分为:数据可视化、信息可视化、科学可视化数据可视化将数据以图像的形式呈现出来数据可视化主要旨在借助于图形化手段,清晰有效地传达与沟通信息。