基因组DNA 文库的构建演示教学
- 格式:ppt
- 大小:571.50 KB
- 文档页数:17
基因组DNA文库构建实验技巧基因组DNA文库有十分广泛的用途,如用于分析、分离特定的基因片段,用以基因表达调控、人类及动植物基因组工程的研究。
通常情况下,基因组文库构建的基本流程可以归为4大步骤:分离基因组DNA、对基因组DNA作相关的处理、将基因组DNA片段连接入载体、将重组载体转入宿主细胞。
一、分离基因组DNA(gDNA)毫无疑问,优质的基因组DNA对于基因组文库构建是至关重要的。
研究者需要查阅文献,通过经验来选择合适的基因组DNA分离方法,在分离过程中保证DNA不被过度剪切或降解,同时也要尽量保证DNA的纯度。
二、处理基因组DNA根据研究目的,研究者需要选择合适的载体。
不同的载体对基因组DNA的长度有不同的要求,研究者必须选择合适长度的基因组DNA来构建基因组文库。
比如,对于黏粒载体(比如Epicntre的pCC1FOSTM、pEpiFOSTM-5、pWEB-TNCTM、pWEBTM),合适的片段长度大约为40kb;对于BAC载体(比如Epicentre的pIndigoBAC-5、pCC1BACTM),平均来说,合适的片段长度为120kb-300kb。
构建黏粒基因组DNA文库,研究者需要将基因组DNA用注射器抽打来随机剪切DNA;接着用末端修复酶修复DNA,可以提高DNA连接入载体的效率;然后通过脉冲场电泳或者普通电泳来找到40kb左右的DNA片段,随后使用Epicentre GELase 胶回收试剂盒回收DNA。
构建BAC基因组DNA文库,研究者需要将基因组DNA用限制性内切酶(常用EcoR I、BamH I或者Hind III)来消化基因组DNA,然后通过脉冲场电泳找到合适长度的DNA片段(比如100kb-150kb),随后透析回收DNA。
需要注意:(1)电泳时,要选用合适的DNA Ladder,以保证电泳后可以准确定位所需分子量的DNA。
用Epicentre试剂盒构建黏粒文库时,就可以直接采用文库试剂盒内的Control Insert DNA 来做marker,既方便又准确。
基因组DNA测序文库构建1.对收到的DNA样品进行检测,取2-3ul样品,用1%的琼脂糖胶检测,对于纯度不够(含RNA或蛋白)的DNA样品需要柱纯化后重新检测。
对于细菌基因组需要扩增16S全长序列,进行验证。
对于噬菌体或者质粒样品,若用16S全长引物扩增,无目的条带则无细菌基因组污染,若出现目的条带则存在污染,需要去除后建库。
2.用Qubit检测DNA样品浓度。
3.吸取部分DNA样品,用TE或Elution Buffer稀释,终浓度在10ng/ul-30ng/ul之间,体积为130ul。
用Covaris破碎,破碎时请根据需要片段大小,按标准操作流程操作。
4.样品足够多的情况下,可以取适量破碎后的产物进行PAGE胶或者琼脂糖胶检测。
5.对破碎后的产物进行柱式法(5倍体积的B3+100-200ul异丙醇)浓缩回收,加入50-100ulTE或Elution Buffer洗脱。
回收产物用Qubit测值。
6.修平和磷酸化100ul体系DNA 1ug5 X T4 polymerase buffer 20ulBSA (5mg/ml) 2ulATP (100mm) 1uldNTP(10mm)10ulT4 DNA Polymerase (5U/ul) 1ulKlenow(10U/ul)1ulT4 PNK (10U/ ul) 1.5ul22°C反应20min,柱式法纯化,50-100ul TE洗脱。
纯化后Qubit测值。
7.加‘A’100ul体系DNA 0.5-2.5ug10 X klenow buffer 10uldATP(10mm) 1-3ulKlenow(exon-)(5U/ul)1-3ul37°反应20min,柱式法纯化,50-100ul TE洗脱。
纯化后Qubit测值。
8.连接头200ul体系10 X T4 DNA ligase buffer 20ulPEG4000 30ulATP(100mm) 2ulDNA X接头 YT4 DNA ligase 1.5-2ul加水至 200ulDNA与接头的摩尔比约在1:3至1:10之间。
基因组dna文库构建过程嘿,朋友!您知道基因组 DNA 文库是个啥不?简单来说,它就像是一个装满了基因宝藏的大仓库。
那这个大仓库是咋建起来的呢?且听我慢慢道来。
咱先得有原材料,这原材料就是细胞里的 DNA 啦。
您想想,这DNA 就像一根根细细的线,得把它们小心地收集起来。
收集好了 DNA,接下来就得把它切成一段段的。
这就好比把一长条面包切成小块儿,可不能切得乱七八糟,得有分寸,有技巧。
要是切得不好,那后面可就麻烦啦!切好之后,得给这些小段 DNA 找个“家”,这个“家”就是载体。
载体就像是一个个小盒子,能把 DNA 小段装进去。
装进去之后,还得把这些带着 DNA 小段的载体送到细菌或者其他微生物里面去。
这就好像是把种子撒到土地里,让它们在里面生长繁殖。
这繁殖的过程可不容易,得控制好各种条件。
温度、湿度啥的都得合适,不然这些“种子”可长不好。
等它们长好了,就形成了一个个包含着不同 DNA 片段的菌群。
这不就像是一个大花园里,各种各样的花儿都有嘛!然后呢,还得对这些菌群进行筛选和鉴定。
这就像是在一堆石头里找宝石,得有耐心,还得有好眼力。
您说,这构建基因组 DNA 文库的过程是不是就像一场精心策划的大工程?每一步都得小心翼翼,容不得半点马虎。
要是其中有一步出了差错,那整个文库可能就不完整,或者不准确啦。
这可关系到好多重要的研究和应用呢!所以说啊,构建基因组 DNA 文库,那真是个既有趣又充满挑战的活儿。
得有专业的知识,还得有细致的操作,才能建成一个好用的基因大仓库!总之,基因组 DNA 文库构建过程是个复杂又精细的活儿,需要科研人员的精心设计和耐心操作,才能为我们打开基因世界的大门,探索更多的生命奥秘!。