分子生物学实验步骤总结超全
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分子生物学实验报告
实验目的:
通过本次实验,我们旨在探究DNA复制、基因表达和蛋白质合成等分子生物学的基本原理,加深对分子水平生物学过程的理解,培养实验操作技能和科学思维能力。
实验材料与方法:
1. 实验材料:大肠杆菌(E. coli)细菌菌斑、DNA提取试剂盒、PCR试剂盒、琼脂糖、琼脂糖电泳试剂、PCR扩增仪、电泳仪等。
2. 实验步骤:
a. DNA提取:取一支含E. coli细菌菌斑的移液管,用DNA提取试剂盒提取DNA。
b. PCR扩增:将提取的DNA加入PCR试剂盒中进行PCR扩增反应。
c. 原核表达:将扩增后的DNA片段转入大肠杆菌进行原核表达。
d. SDS-PAGE电泳:将蛋白质样品加入琼脂糖凝胶,通过电泳进行蛋白质分子量的分离。
实验结果与分析:
1. DNA提取:成功提取到E. coli细菌的DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳观察到DNA的带型。
2. PCR扩增:成功扩增出目标DNA片段,并经过验证测序结果正确。
3. 原核表达:大肠杆菌成功表达了目标蛋白质,通过SDS-PAGE电泳观察到目标蛋白质的条带。
4. SDS-PAGE电泳:观察到蛋白质的分子量差异,验证了蛋白质的分离效果。
结论与讨论:
通过本次实验,我们成功实现了DNA提取、PCR扩增、原核表达和蛋白质分离等分子生物学实验步骤,从而全面了解了分子生物学过程的基本原理。
实验结果表明,实验操作规范,结果可靠,为今后的科研工作和实验基础奠定了坚实的基础。
同时,也发现了实验中的一些不足之处,提出了改进的建议,为进一步的研究工作提供了参考。
参考文献:
无。
分子生物学实验技术目录实验一细菌的培养 2实验二质粒DNA的提取 3实验三紫外吸收法测定核酸浓度与纯度 4实验四水平式琼脂糖凝胶电泳法检测DNA 5实验五质粒DNA酶切及琼脂糖电泳分析鉴定 7实验六植物基因组DNA提取、酶切及电泳分析 8实验七聚合酶链反应(PCR)技术体外扩增DNA 9实验八 RNA提取与纯化 11实验九 RT-PCR扩增目的基因cDNA 13实验十质粒载体和外源DNA的连接反应 15实验十一感受态细胞的制备及转化 16实验十二克隆的筛选和快速鉴定 18实验十三 DNA分析——Southern杂交 19一基本操作实验一、细菌培养实验二、质粒DNA提取实验三、紫外吸收法测定核酸浓度与纯度实验四、水平式琼脂糖凝胶电泳法检测DNA实验五、质粒DNA酶切及琼脂糖电泳分析鉴定实验六、植物基因组DNA提取、定量、酶切及电泳分析实验八、植物RNA提取及纯化二、目的基因获取实验七、聚合酶链式反应(PCR)技术体外扩增DNA实验九、RT-PCR扩增目的基因cDNA三、目的基因的克隆和表达实验十、质粒载体和外源DNA的连接反应实验十一、感受态细胞的制备及转化实验十二、克隆的筛选和快速鉴定实验十三、DNA分析——Southern杂交实验一细菌的培养一、目的学习细菌的培养方法及培养基的配置。
二、原理在基因工程实验和分子生物学实验中,细菌是不可缺少的实验材料。
质粒的保存、增殖和转化;基因文库的建立等都离不开细菌。
特别是常用的大肠杆菌。
大肠杆菌是含有长约3000kb的环状染色体的棒状细胞。
它能在仅含碳水化合物和提供氮、磷和微量元素的无机盐的培养基上快速生长。
当大肠杆菌在培养基中培养时,其开始裂殖前,先进入一个滞后期。
然后进入对数生长期,以20~30min复制一代的速度增殖。
最后,当培养基中的营养成分和氧耗尽或当培养基中废物的含量达到抑制细菌的快速生长的浓度时,菌体密度就达到一个比较恒定的值,这一时期叫做细菌生长的饱和期。
分子生物学实验报告分子生物学实验报告引言分子生物学是一门研究生物大分子结构、功能和相互作用的学科,通过实验手段揭示生命现象的分子机理。
本实验旨在探究DNA复制过程中的关键步骤,以及RNA转录和蛋白质翻译的基本原理。
实验一:DNA复制DNA复制是细胞分裂过程中必不可少的步骤,它保证了遗传信息的传递和维持。
本实验通过模拟DNA复制过程,研究DNA复制酶的作用和复制的准确性。
材料:- DNA模板- DNA聚合酶- 引物- dNTPs- 缓冲液方法:1. 准备反应体系,包括DNA模板、DNA聚合酶、引物、dNTPs和缓冲液。
2. 在适当的温度下,将反应体系放入PCR仪中进行反应。
3. 取样并进行凝胶电泳分析,观察DNA复制产物。
结果:通过凝胶电泳分析,我们观察到DNA复制产物的出现。
这表明DNA聚合酶能够在模板DNA上合成新的DNA链,并且复制的过程较为准确。
讨论:DNA复制的准确性是生命传递遗传信息的基础。
DNA聚合酶具有校正功能,能够识别和修复错误的碱基配对。
这种精确性保证了基因组的稳定性和可靠性。
实验二:RNA转录RNA转录是将DNA信息转录成RNA的过程,它是基因表达的第一步。
本实验旨在研究RNA转录的机制和调控。
材料:- DNA模板- RNA聚合酶- 引物- NTPs- 缓冲液方法:1. 准备反应体系,包括DNA模板、RNA聚合酶、引物、NTPs和缓冲液。
2. 在适当的温度下,将反应体系放入PCR仪中进行反应。
3. 取样并进行凝胶电泳分析,观察转录产物。
结果:凝胶电泳分析显示出RNA转录产物的出现。
这表明RNA聚合酶能够在DNA模板上合成RNA链。
讨论:RNA转录是基因表达的第一步,它决定了细胞内特定基因的表达水平。
RNA聚合酶通过与DNA模板的互作用,选择性地合成特定的RNA链。
这种选择性转录是基因调控的关键。
实验三:蛋白质翻译蛋白质翻译是将RNA信息翻译成蛋白质的过程,它是生物体内蛋白质合成的关键步骤。
分子生物学实验总结分子生物学实验总结分子生物学作为生物科学中的一个重要分支,在现代生物学研究中具有重要的地位。
通过分子生物学实验,可以研究生物分子的结构、功能、调控以及相互作用等方面的问题,对生物学研究具有重要的推动作用。
在本次实验中,我们进行了一系列的分子生物学实验,对于实验原理和方法进行了学习,并实际操作了实验操作步骤。
现将本次实验的主要内容及结果进行总结。
本次实验主要涉及到了分子生物学中的PCR技术、酶切与连接以及基因测序等实验技术。
首先,我们对PCR技术进行了学习和实验操作。
PCR技术是一种人工合成DNA的方法,通过此技术可以对DNA片段进行扩增,从而快速制备大量的特定DNA序列。
在实验中,我们根据给定的DNA模板及引物,按照PCR反应的标准条件,使用热循环仪进行了PCR扩增。
通过观察PCR扩增体系中DNA条带的出现与扩增效果,我们得到了我们所需要的特定DNA片段。
接下来,我们进行了酶切与连接实验。
酶切与连接是分子生物学中的重要实验技术,能够对DNA分子进行精确的酶切,并通过连接酶将不同DNA片段连接在一起。
在实验中,我们选择了限制性内切酶进行酶切,根据选定的酶切位点设计引物,通过PCR扩增获取所需的DNA片段。
然后,我们使用连接酶对目标DNA片段进行连接,连接产物经电泳检测,观察到目标片段已成功连接。
最后,我们进行了基因测序实验。
基因测序是分子生物学中的重要技术,可以获得DNA序列信息,从而揭示基因的变异,研究基因的功能等。
在实验中,我们根据已揭示出的DNA序列设计引物,对特定的DNA片段进行测序。
通过对测序结果的阅读和分析,我们准确地获得了目标DNA片段的DNA序列。
通过本次实验,我们不仅学习了分子生物学的相关理论知识,还亲自操作了PCR、酶切与连接以及基因测序等实验步骤,进一步强化了我们对于分子生物学原理和实验技术的理解。
此外,我们还学习了实验数据的分析和解读,培养了我们科学研究的能力。
可编辑修改精选全文完整版分子生物学实验方法与步骤表达蛋白的SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳分析一、原理细菌体中含有大量蛋白质,具有不同的电荷和分子量。
强阴离子去污剂SDS与某一还原剂并用,通过加热使蛋白质解离,大量的SDS 结合蛋白质,使其带相同密度的负电荷,在聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)上,不同蛋白质的迁移率仅取决于分子量。
采用考马斯亮兰快速染色,可及时观察电泳分离效果。
因而根据预计表达蛋白的分子量,可筛选阳性表达的重组体。
二、试剂准备1、30%储备胶溶液:丙烯酰胺(Acr)29.0g,亚甲双丙烯酰胺(Bis)1.0g,混匀后加ddH2O,37O C溶解,定容至100ml, 棕色瓶存于室温。
2、1.5M Tris-HCl(pH 8.0:Tris 18.17g加ddH2O溶解, 浓盐酸调pH至8.0,定容至100ml。
3、1M Tris-HCl(pH 6.8:Tris 12.11 g加ddH2O溶解, 浓盐酸调pH至6.8,定容至100ml。
4、10% SDS:电泳级SDS 10.0 g加ddH2O 68℃助溶,浓盐酸调至pH 7.2,定容至100ml。
5、10电泳缓冲液(pH 8.3:Tris 3.02 g,甘氨酸18.8 g,10% SDS 10ml加ddH2O溶解, 定容至100ml。
6、10%过硫酸铵(AP): 1gAP加ddH2O至10ml。
7、2SDS电泳上样缓冲液:1M Tris-HCl (pH 6.82.5ml,-巯基乙醇1.0ml,SDS 0.6 g,甘油2.0ml,0.1%溴酚兰1.0ml,ddH2O 3.5ml。
8、考马斯亮兰染色液:考马斯亮兰0.25 g,甲醇225ml,冰醋酸 46ml,ddH2O 225ml。
9、脱色液:甲醇、冰醋酸、ddH2O以3∶1∶6配制而成。
二、操作步骤采用垂直式电泳槽装置(一)聚丙烯酰胺凝胶的配制1、分离胶(10%的配制:ddH2O 4.0ml30%储备胶 3.3ml1.5M Tris-HCl2.5ml10% SDS 0.1ml10% AP 0.1ml取1ml上述混合液,加TEMED(N,N,N’,N’-四甲基乙二胺10μl 封底,余加TEMED4μl ,混匀后灌入玻璃板间,以水封顶,注意使液面平。
DNA分子的限制性内切酶消化限制性内切酶可特异地结合于一段被称为限制酶识别序列的DNA序列位点上并在此切割双链DNA。
绝大多数限制性内切酶识别长度为4、5或6个核苷酸且呈二重对称的特异序列,切割位点相对于二重对称轴的位置因酶而异。
一些酶恰在对称轴处同时切割D NA双链而产生带平端的D NA片段,另一些酶则在对称轴两侧相对的位置上分别切断两条链,产生带有单链突出端(即粘端)的DNA片段。
1个单位限制性内切酶是指在最适条件下,在50μl体积1小时内完全切开1μgλ噬菌体DNA所需的酶量。
不同的限制性内切酶生产厂家往往推荐使用截然不同的反应条件,甚至对同一种酶也如此。
但是,几乎所有的生产厂家都对其生产的酶制剂优化过反应条件,因此购买的内切酶说明书上均有其识别序列和切割位点,同时提供有酶切缓冲液(buffer,10×、5×)和最适条件,使得酶切反应变得日益简单。
一、限制性内切酶对D NA消化的一般方案1.限制性内切酶反应一般在灭菌的0.5ml离心管中进行。
2.20μl体积反应体系如下:DNA0.2-1 μg10×酶切buffe r 2.0 μl限制性内切酶1-2 u(单位)加ddH2O至20 μl限制性内切酶最后加入,轻轻混匀,稍加离心,放置于最适温度水浴并按所需的时间温育,一般为37℃水浴消化1hr。
3.用于回收酶切片段时,反应总体积可达50-200μl,各反应组分需相应增加。
4.多种酶消化时若缓冲液条件相同,可同时加入;否则,先做低温或低盐的酶消化,再做高温或高盐的酶消化。
5.酶切结束时,加入0.5M EDTA(pH 8.0)使终浓度达10mM,以终止反应。
或将反应管在65℃水浴放置10m i n以灭活限制性内切酶活性。
分子生物学基本实验操作1.DNA提取:DNA提取是分子生物学中的基础实验操作,目的是从生物组织或细胞中提取出纯净的DNA样品。
常用的DNA提取方法包括酚氯仿法、盐法和商业化提取试剂盒。
该实验操作通常包括细胞破碎、蛋白质去除、DNA沉淀和洗涤等步骤。
2.PCR:聚合酶链反应(PCR)是分子生物学中常用的方法,用于扩增特定的DNA片段。
PCR通过加入DNA模板、引物、碱基和聚合酶,利用循环反应的方式在体外合成特定序列的DNA。
PCR通常包括三个步骤:变性、退火和延伸。
3.凝胶电泳:凝胶电泳是一种分离和分析DNA、RNA和蛋白质的常用方法。
通过将待测样品加载到凝胶中,然后通过电场使DNA、RNA或蛋白质在凝胶中迁移,可以根据迁移速度和分子大小进行分离和定性。
4. Western blot:Western blot是一种用于检测特定蛋白质的方法。
该方法通过将待测样品进行电泳分离,然后将蛋白质转移到膜上,并用特异性抗体与目标蛋白质结合,最后再用染色剂或化学发光来检测目标蛋白质的存在。
5.DNA克隆:DNA克隆是将DNA片段插入到载体DNA中的过程,用于研究和重组DNA。
常用的DNA克隆方法包括限制性内切酶切割、连接酶反应和转化。
通过将DNA片段插入载体中并转化至宿主细胞,可以大量复制目标DNA并随后进行研究。
6.基因测序:基因测序是确定DNA或RNA序列的方法,用于分析基因组、转录组和序列变异。
常用的基因测序方法包括链终止法(Sanger测序)和下一代测序(NGS)。
通过测序,可以获取DNA或RNA的序列信息,并进一步研究基因功能和变异。
7.基因表达分析:基因表达分析通过检测RNA水平来研究基因的表达情况。
常用的方法包括实时定量PCR、Northern blot和转录组测序。
这些方法可以定性和定量地研究基因的表达水平,并帮助解析基因调控和信号通路。
这些是分子生物学的一些基本实验操作。
当然,随着技术和方法的不断发展,分子生物学领域中还有许多其他的实验操作,用于研究生物分子结构和功能。
实验总结报告摘要1、通过PCR 扩增,琼脂糖凝胶电泳回收得到外源基因parb,进行BglⅡ和Xba I 双酶切;抽提质粒pIJ86601,进行BamH I和Xba I 双酶切;将两者的酶切产物通过连接转化,培养后抽提质粒进行电泳,测序,检测重组质粒是否构建成功。
测序结果显示未构建成功。
2、用相同的方法构建表达载体PGEX-sco3330,由于时间问题尚未完成。
3、诱导蛋白表达,蛋白纯化,蛋白脱盐,bradford法进行蛋白含量测定以及SDS-PAGE电泳和免疫印迹试验(Western Blotting)。
实验内容:一、构建质粒pIJ86601-parb(一)获取外源基因parb1.PCR扩增PCR体系:200µl体系中,高保真pfuDNA聚合酶10X buffer,40 µl;10mM Mixed dNTP,5 µl;PrimerA,5 µl;PrimerB,5 µl;高保真pfu酶,2 µl;DMSO,20 µl;双蒸水,120 µl;模板1μl。
PCR程序设定Temp[℃] Time next turns Gradient[℃]1: 98.0 10min2: 98.0 30S3: 60.0 30S 30.04: 72.0 30S 2 3 45: 72.0 10min6:16.0 1h2.琼脂糖凝胶电泳切胶回收目的DNA1)通过电泳将目的片段与其他DNA尽可能分开,然后用干净的手术刀割下含需回收DNA的琼脂块,放入1.5ml离心管中。
2)按每300µl/100mg的比例加入Binding Buffer,置于50-60℃水浴中10分钟,使胶彻底融化。
加热融胶时,每2分钟混匀一次。
3)将融化的胶溶液转移到套放在2ml收集管内的UNIQ-10柱中,12,000rpm室温离心2 min。
4)取下UNIQ-10柱,倒废液,将柱放回同一收集管, 加入500µl WashSolution,12,000 rpm室温离心30秒。
分子生物学操作手册一、引言分子生物学是研究生物体分子结构、功能和相互作用的一门学科。
操作手册旨在提供分子生物学实验的详细步骤,并帮助读者准确、高效地进行实验操作。
本文将介绍PCR扩增、DNA电泳、亚克隆和蛋白质表达等实验步骤,并提供一些常用操作的技巧和注意事项。
二、PCR扩增PCR扩增是分子生物学实验中常用的技术,用于扩增特定区域的DNA片段。
以下是PCR扩增的基本步骤:1. 准备PCR反应体系:根据实验需要,配置PCR反应液,包括DNA模板、引物、酶、缓冲液和dNTPs等。
2. 设定PCR程序:根据模板序列的长度和引物的特性,设定合适的PCR程序,包括变性、退火和延伸等步骤。
3. PCR反应:将PCR反应体系置于热循环仪中,按照设定的程序进行PCR反应。
4. 结果分析:利用DNA电泳等技术,分析PCR反应产物的大小和纯度。
三、DNA电泳DNA电泳是一种常用的DNA分析技术,用于确定DNA片段的大小和纯度。
以下是DNA电泳的基本步骤:1. 制备琼脂糖凝胶:根据需要,配制适当浓度的琼脂糖凝胶,并倒入凝胶槽中,形成凝胶床。
2. 加载样品:将PCR扩增产物或其他DNA样品与DNA标记物混合,加入琼脂糖凝胶孔中。
3. 进行电泳:将凝胶槽放入电泳仪中,进行电泳操作,根据需要设置适当的电压和时间。
4. 结果分析:利用紫外线透射仪观察凝胶上DNA迁移的情况,测量DNA片段的大小。
四、亚克隆亚克隆是将DNA片段插入到载体DNA中的过程,通常用于构建重组DNA或进行基因克隆。
以下是亚克隆的基本步骤:1. 准备载体和DNA片段:准备含有目标基因的DNA片段和经酶切的载体DNA。
2. 消化与连接:将DNA片段与载体DNA进行连接反应,通常使用DNA连接酶。
3. 转化:将亚克隆反应产物转化到适当的宿主细胞中,如大肠杆菌。
4. 筛选与鉴定:通过筛选培养基和PCR等技术,鉴定含有目标基因的克隆。
五、蛋白质表达蛋白质表达是将目标蛋白质在细胞内大量合成的过程,利用该技术可以生产重组蛋白以供研究和应用。
《转化荧光蛋白大肠杆菌》本实验通过重组绿色荧光蛋白基因到载体质粒中,再将质粒转导入BL21大肠杆菌中,从而实现荧光蛋白的原核表达目录分子生物学实验总结目录实验概况 _________________________________________________________________ 1实验目的_____________________________________________________________ 1实验完成情况__________________________________________________________ 1实验板块_____________________________________________________________ 1实验流程 _________________________________________________________________ 2实验结果与结论____________________________________________________________ 3实验结果_____________________________________________________________ 3实验结论_____________________________________________________________ 3所掌握的实验技能__________________________________________________________ 3用试剂盒从细菌中小提质粒技术___________________________________________ 4DNA琼脂糖凝胶检测技术________________________________________________ 4质粒的特异性酶切技术__________________________________________________ 4质粒的胶回收技术 ______________________________________________________ 4质粒的体外酶连接技术__________________________________________________ 4质粒的感受态细胞导入转化技术___________________________________________ 4学习到的实验思想__________________________________________________________ 5其他收获与感悟____________________________________________________________ 6小组信息 _________________________________________________________________ 6实验概况实验目的1. 学习现代分子生物学实验基本方法。
一目的基因的获得细菌基因组DNA的提取(一)仪器1)台式高速离心机2)恒温水浴箱3)枪式移液器4)灭菌的EP管和Tip头(二)试剂1)溶液1: 25% 蔗糖50mmol/L Tris-Hcl,pH8.050mmol/L EDTA,pH8.0500ug/ml 溶菌酶(现用现配)100ug/ml RNase2)溶液Ⅱ:100mmol/L Tris-Hcl,pH8.01% SDS400ug/ml 蛋白酶K3)酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)4)氯仿:异戊醇(24:1)5)3mol/L NaAc(pH5.2)6)异丙醇或无水乙醇7)70%乙醇8) TE缓冲液:10mmol/L Tris-Hcl,pH8.01mmol/L EDTA,pH8.0(三)实验步骤1) 5mL细菌过夜培养,5000rpm离心10分钟,去上清液。
2)将菌体细胞悬于250uL溶液1中,37°C水浴保温过夜。
3)加250uL溶液Ⅱ,55°C水浴保温4小时。
4)加0.9倍体积的酚/氯仿/异戊醇(25:24:1),轻轻混匀,于14000rpm离心10分钟,转移水相至新的Ep管,重复步骤4一次。
5)向转移的水相中加入0,9倍体积的氯仿/异戊醇(24:1),轻轻混匀,于14000rpm离心10分钟,转移水相至新的Ep管,重复步骤5一次。
6)向转移的水相中加入0.1倍体积的3mol/L NaAc和0.7倍体积的异丙醇(或2.5倍体积的无水乙醇),冰上放置30分钟。
7)14000rpm离心20分钟,弃上清,用0.5mL70%乙醇洗涤沉淀一次,弃上清,沉淀于室温干燥。
8)将DNA沉淀溶解于15ul TE缓冲液中,-20°C保存。
9)进行DNA含量和纯度检测,琼脂糖凝胶电泳鉴定。
植物DNA的SDS提取法:(一)试验试剂:1)研磨缓冲液:称取59.63gNaCl,13.25g柠檬酸三钠,37.2gEDTA-Na分别溶解后合并为一,用0.2mol/L的NaOH调至pH7.0,并定容至1000ml。
2)10 SSC溶液:称取87.66gNaCl和44.12g柠檬酸三钠,分别溶解,一起定容至1000ml。
3)1 SSC溶液:用10 SSC溶液稀释10倍。
4)0.1 SSC溶液:用1 SSC溶液稀释10倍。
5)Rnase溶液:用0.14mol/LNaCl溶液配制成25mg/ml 的酶液,用1mol/LHCl,pH至5.0,使用前经80℃水浴处理5min(以破坏可能存在的Dnase)。
6)氯仿-异戊醇:按24ml氯仿和1ml异戊醇混合。
7)5mol/L高氯酸钠溶液:称取NaClO4.H2O 70.23g,先加入少量蒸馏水溶解再容至100ml。
8) SDS(十二烷基硫酸钠)化学试剂的重结晶:将SDS放入无水酒精中达到饱和为止,然后在70~80℃的水浴中溶解,趁热过滤,冷却之后即将滤液放入冰箱,待结晶出现再置室温下凉干待用。
9) 1mol/LHCl。
10) 0.2mol/LNaOH。
11) 二苯胺乙醛试剂:1.5g二苯胺溶于100ml冰醋酸中,添加1.5ml 浓硫酸,装入棕色瓶,贮存暗处,使用时加0.1ml乙醛液[浓乙醛:H2O=1:50(V/V)]。
12) 1.0mol/L高酸溶液(HClO4)。
13) 0.05mol/LNaOH。
14) DNA标准液:取标准DNA25mg 溶于少量0.05mol/L NaOH中,再用0.05mol/LNaOH定容至25ml,后用移溶管吸取此液5ml至50ml容量瓶中,加5.0ml1mol/LHClO4,混合冷却后用0.5mol/LHClO4定容至刻度,则得100μg/ml的标准溶液。
(二)实验步骤:1) 称取植物幼嫩组织10g剪碎置研钵中,加10ml预冷研磨缓冲液并加入0.1g左右的SDS,置冰浴上研磨成糊状。
2) 将匀浆无损转入25ml刻度试管中加入等体积的氯仿-异戊醇混合液,加上塞子,剧烈振荡30s,转入离心管,静置片刻以脱除组织蛋白质。
以4000rpm离心5min。
3) 离心形成三层,小心地吸取上层清液至刻度试管中,弃去中间层的细胞碎片、变性蛋白质及下层的氯仿。
4) 将试管置72℃水浴中保温3min(不超过4min),以灭活组织的DNA酶,然后迅速取出试管置冰水浴中冷却到室温,加5mol/L高氯酸钠溶液[提取液:高氯酸钠溶液=4:1(V/V)],使溶液中高氯酸钠的最终浓度为1mol/L。
5) 再次加入等体积氯仿-异戊醇混合液至大试管中,振荡1min,静置后在室温下离心(4000rpm)5min,取上清液置小烧杯中。
6) 用滴管吸95%的预冷乙醇,慢慢地加入烧杯中上清液的表面上,直至乙醇的体积为上清液的两倍,用玻璃棒轻轻搅动。
此时核酸迅速以纤维状沉淀缠绕在玻璃棒上。
7) 然后加入0.5ml 左右的10 SSC,使最终浓度为1 SSC。
8) 重复第6步骤和第7步骤即得到DNA的粗制品。
9) 加入已处理的Rnase溶液,使其最后的作用浓度为50~70μg/ml,并在37℃水浴中保温30min,以除去RNA。
10) 加入等体积的氯仿-异戊醇混合液,在三角瓶中振荡1min,再除去残留蛋白质及所加Rnase蛋白,室温下以4000rpm离心5min,收集上层水溶液。
11) 再按6、7步骤处理即可得到纯化的DNA液。
二、PCR扩增目的基因(一)器材1) 微量移液器2) 灭菌的Tip头、PCR管3) PCR扩增仪4) 目的DNA(DNA模板)5) dNTP混合物6) 引物对7) Tap酶8)PCR扩增试剂盒(二)试剂15mmol/L、KCl500mmol/L, pH8.3,1)10×PCR缓冲液(含Tris-HCl 100mmol/L; MgCl20.1%明胶)2) 脱氧核苷三磷酸dNTPs:配成 10mM——dATP,dTTP,dGTP,dCTP各10mM,用NaOH 溶液调节至pH8.3。
)3)氯仿-异戊醇:配成24:1的比例,室温避光保存。
4) 酚:氯仿:异戊醇=25:24:15) 3M NaAc 、ddH2O6) 无水乙醇:70%乙醇7) TE缓冲液(三)实验步骤1)在0.2ml薄壁反应管中加入下列成份:(混匀)O:补至终体积(25μl)ddH210×PCR缓冲液 1/10总体积2.0mM dNTPs 1μl2U/μl Taq DNA聚合酶 0.5μl引物混合液(10 pmol /μl /引物) 1μlDNA模板 0.6μl混匀后,在台式离心机上瞬时离心10秒。
2)在设定好的PCR仪上反应95°C,5min;95°C,1min;56°C,1min;72°C,2min。
反应30轮。
3)反应结束后,将反应管在72°C充分延伸10分钟,再将反应管冷却至4°C。
取一部分反应液进行琼脂糖凝胶电泳(实验三),确认是否有目的的PCR产物。
如果PCR产物纯度较低或反应液中含有连接反应阻碍物,可以通过纯化得到改善。
纯化继续4)—6)。
4)转至1.5ml离心管,向管中加25μl酚,25μl氯仿-异戊醇混匀,离心10000rpm,30秒。
5)吸取上层液,转至另一已加5μl3M NaAc的1.5ml的离心管,加150μl无水乙醇,-20°C 过夜。
6)离心10000rpm,10分钟,弃上清,加0.5ml70%乙醇,10000rpm离心,5分钟。
弃上清,烤箱中干(60°C),溶于20μl TE。
(四)技术要点1)PCR各组份的配制与加样量要特别注意。
(1) 引物浓度:10 pmol足够30个循环,浓度太高导致与模板非特异结合增强,扩增非特异片段增多,浓度太低则扩增效率低。
(2) 引物的配制:厂家提供的引物一般是干粉状态并标明OD值,1 OD约含33μg。
开盖前先将干粉离心至管底,加双蒸水至浓度2μg/μl,再取部分稀释至10pmol /μl。
引物浓度计算公式:1pmol=(3.3×10-4μg) ×n ,n是引物的碱基数(3) Mg2+:使用浓度一般在1.5mM,要求模板不含高浓度EDTA和诸如硫酸基团类的负电荷基团,Mg2+浓度升高可导致错配率升高和非特异性扩增。
(4) 模板DNA:浓度不可过高,质粒DNA 20ng即可,若需第二次扩增,可将第一次扩增产物稀释1000-10000倍作为模板使用。
(5) Taq DNA聚合酶:一般用量5U/100μl。
酶量过大易导致扩增非特异序列,Taq酶具有末端转移酶活性,常在3’端加A。
2)扩增轮数与退火温度扩增轮数:一般30轮以就可使模板扩增106倍,超过30轮,错配率升高。
退火温度计算公式:T值=(GC×4+AT×2)–4m三、琼脂糖凝胶电泳的检测(一)仪器1)琼脂糖凝胶电泳系统(天平、锥形瓶、量筒、微波炉、凝胶板、梳子、枪式移液器、灭菌Tip头、水平电泳槽、电泳仪)2)凝胶成像仪(二)试剂及材料目的DNA、琼脂糖、蔗糖、溴酚蓝、硼酸、Tris、EDTA、EB、DNA纯化试剂盒1)TAE电泳缓冲液浓储存液 50×:242g Tris;57.1ml冰乙酸;100ml 0.5mol/L EDTA(PH8.0)定容至一升。
使用液 1×:4.84g Tris;1.15ml冰乙酸;2ml 0.5 mol/L EDTA(PH8.0)定容至一升。
2)样本液10×缓冲液: 60%蔗糖;0.4%溴酚蓝(三)实验步骤1)将有机玻璃槽洗净、晾干,放置于水平制胶器中,插好梳子,在梳子底部与胶槽之间应保持几毫米的间隙。
2)0.8%琼脂凝胶板的配制:取0.6g琼脂糖加80ml TAE(1×),20ml水,微波炉加热融化3分钟,将其冷却至55°C-65°C,加入EB储存液1ul,小心混匀,缓慢倒入制胶槽中。
(根据目的基因的大小选择琼脂糖凝胶浓度)。
3)充分凝固后从制胶槽中卸下凝胶板,放入电泳槽,加入TAE(1×),使其液面略高于琼脂糖板,拨出样品梳。
4)DNA样品按照10:1的比例加入样本液,在腊面纸上混匀,用移液枪加样于琼脂糖板的样品孔中。
同时另取一个DNA分子量标准上样于另一样品孔,在同一凝胶板上进行电泳。
5)接通电泳槽与电泳仪的电源,维持稳压1-5V/cm(按照两极之间距离计算),电泳时间根据溴酚蓝指示剂迁移的位置来判断,当移动到距凝胶前沿1-2cm出停止电泳。
6)剥胶并在凝胶成像仪观察结果。
(四)技术要点1)选择琼脂糖凝胶浓度取决于所鉴定DNA的大小,小片段DNA应用高浓度凝胶,大片段则用低浓度凝胶,在1%的琼脂糖凝胶中溴酚蓝的泳动速度与500bp的双链线状DNA一致。