（DNA-蛋白质） 转录抑制因子 共调节因子 （蛋白质-蛋白质）
特点：
至少含3个功能结构域：DNA结合功能域，转录活性功能域，其他转 录 因子结合功能域；
能识别并结合上游调控区中的顺式作用元件； 对基因表达有正性或负性调控作用，即激活或阻遏基因表达。
目前研究较广泛的有:识别TATA区的TFⅡD，识别CAAT 区的CTF，识别GGGCGG的SP1，识别热激蛋白启动区的 HSF。
通过从一侧逐段缺失 来确定启动子的边界. 当一段缺失不会阻碍 RNA合成, 而下一段缺 失使转录不再发生时, 那么我们可以确定启 动子的边界必然存在
于两者之间.
启动子克隆的几种方法
启动子的克隆对于构建基因工程载体，表达目的蛋白有着重要的意义。启动子 克隆的方法很多，从常用的利用启动子探针型载体筛选启动子到PCR方法的应 用，此后相继问世的一些基于PCR法的克隆启动子技术，像I-PCR、P-PCR、 SSP．PCR、YADE、TAIL-PCR等，为克隆启动子提供了更可靠，更合理的方 法。
并非任何细胞型特异的蛋白在任何情况下都起作用，而是取决于核心 启动子提供一个合适的环境来决定基因是被激活还是被抑制。
构建多个启动子连接多个基因的表达载体，虽然可以实现同时转入多 个基因的愿望，但这种载体一方面构建困难，另一方面如果引入的启 动子之间仅仅有90bp 的同源性顺序，导入生物体内，就会引起所谓的 基因表达”共抑制”现象，而使基因沉默。因此，将极性启动子人工改 造为高效双向表达的启动子，对于促进基因工程的进展具有重要意义 。
2.1.1 基本转录因子(general transcription factors)
是RNA聚合酶结合启动子所必需的一组蛋白因子， 决定三种RNA(mRNA、tRNA及rRNA)转录的类别，包 括 TF Ⅱ A、TF Ⅱ B、TF Ⅱ D、TF Ⅱ E、TF Ⅱ F、TF Ⅱ H、 TFⅡI等7种因子。
