呼吸系统与体外环境沟通，在呼吸的过程中，外界环境的有机或无机粉尘，包括各种微生物、变应蛋白原、有害气体等，都可以进入呼吸道及肺引起各种疾病，因而呼吸系统的防御至关重要。
呼吸系统的防御包括物理、化学以及免疫。
物理防御：鼻部的加温过滤、喷嚏、咳嗽、支气管收缩、粘液腺毛运输系统。
化学防御：溶菌酶、乳铁蛋白、蛋白酶抑制剂、谷胱甘肽、超氧化物歧化酶免疫防御：B细胞分泌的IgA、IgM等、T细胞介导的迟发型变态反应、后天免疫功能低下。
外界的刺激过强也可以引起呼吸系统的症状。
如，各种微生物感染、吸入变应原、生产性粉尘、二氧化硫、氨、氯、氮氧化物等与体循环相比，肺循环具有低压（仅为体循环的1/10），低阻及高容的特性。
当二尖瓣狭窄、左心功能低下时，肺毛细血管压可增高，继而发生肺水肿。
在各种原因发生的低蛋白血症时，会发生肺间质水肿或胸膜腔体液漏出（肺组织比较疏松，水肿较易在此处发生）肺与全身各器官的血液及淋巴液循环相同，所以皮肤软组织疖痈的菌栓、深静脉血形成的血栓、癌肿的癌栓，都可以到达肺，分别引起继发性肺脓肿、肺血栓栓塞症和转移性肺癌。
同样，肺部疾病也可以向全身扩散。
（肺癌可以向中枢神经系统、骨骼、腹部、淋巴结转移）注：今日见一病号，肺癌术后1年，表现为头晕、头疼、恶心，X线检查可见骨骼侵蚀样变。
怀疑是肺癌的中枢转移和骨转移。
甘露醇脱水对症治疗，头晕、头疼可有缓解。
降钙素治疗，使钙在骨骼沉积，可对症缓解腰椎、腿部的疼痛。
影响呼吸系统疾病的主要因素：1大气污染和吸烟：吸烟与慢性阻塞性肺病和肺癌的发病率密切相关。
2吸入性变应原的增加：可以引起变应性疾病，如鼻炎、哮喘3肺部感染病原学的变异及耐药性的增加：呼吸道及肺部感染时肺部疾病的重要组成部分。
至今尚未有防治病毒的特效方法。
病毒感染性疾病的发生未有特异性的降低。
应用抗生素以来，肺部感染的病死率显著的降低，但是发病率未有特异性的降低。
医源性感染中，革兰氏阴性菌占大多数；社区获得性肺炎仍以肺炎链球菌和流感嗜血杆菌为主。
