绪论微生物营养类型微生物营养:指微生物获得与利用营养物质的过程➢无机营养型微生物:以CO2作唯一碳源,不需要有机养料的微生物➢有机营养型微生物:只以适宜的有机化合物作为营养物质的微生物1.光能无机营养型:以日光为能源,以CO2为碳源合成细胞有机物的营养类型2.光能有机营养型：以日光为能源，以外源有机物为碳源和供氢体合成细胞内物质的营养类型3.化能无机营养型:通过以氧化无机物释放出的能量还原CO2成为细胞有机物的营养类型4.化能有机营养型:用有机物分解时释放出的能量将有机物分解的中间产物1、光能无机营养型（光能自养型）photolithoautotroph（１）不产氧光合作用代表菌种：绿硫菌、紫硫菌CO2+2H2S （CH2O）+H2O+2S（２）产氧光合作用代表菌种：蓝细菌、藻类CO2+H2O （CH2O）+O2（３）嗜盐古细菌以紫膜进行特殊的光能转化２、光能有机营养型（光能异养型）photoorganoheterotroph在以二氧化碳为主要碳源时，需要以有机物作为供氢体，利用光能将二氧化碳还原成细胞物质，它们的细胞中含有光合色素，生长时大多需要外源的生长因子，例如红螺菌（Rhodospirillum）3、化能无机营养型（化能自养型）Chemolithoautotroph化能自养型化能自养菌还原CO2而需要的ATP和还原力[H] 是通过氧化无机底物（NH4+、NO2-、H2S、H2和Fe2+等）来实现的。
化能自养细菌的能量代谢主要有三个特点：①无机底物的氧化直接与呼吸链发生联系。
由脱氢酶或氧化还原酶催化的无机底物脱氢或脱电子后，直接进入呼吸链传递。
这与异养微生物葡萄糖氧化要经过EMP和TCA等途径的复杂代谢过程不同。
②呼吸链的组分更为多样化，氢或电子可从任一组分进入呼吸链。
③产能效率即P／O比一般要比异养微生物更低。
４、化能有机营养型(化能异养型, Chemorganoheterotroph)从有机物氧化过程中获得能量，并以有机物作为主要碳源进行生长。
又可根据它们利用有机物的特性分为腐生菌和寄生菌，以及它们之间的过渡类型。
上述营养型的划分不是绝对的，在它们中间存在着很多过渡类型。
例如：氢单胞菌，在完全是无机养料的环境中，通过氢和氧化获得能量，同化二氧化碳，营自养生活；当环境中有有机物时，直接利用有机物碳架物质而营异养生活。
又如：红螺菌，在光照下能利用光能生长，在暗处有氧条件下，可通过氧化有机物获得能量，实现生长，表现为化能营养型。
为避免混乱，一般认为依据营养型分类以最简单的营养条件为根据，即光能营养型先于化能营养型，自养型先于异养型。
微生物的代谢特点（以及微生物研究生理的优点）①代谢速率快（V/S大）②代谢的多样性③代谢研究的易操作性代谢途径：中间产物与中产物，直线代谢途径（一般为分解代谢）与分枝代谢途径（一般为合成代谢），两向代谢途径细胞壁结构1. 真菌细胞壁组成①肽聚糖②脂多糖③磷壁酸质④分枝菌酸2. T古生菌细胞壁组成①假肽聚糖②酸性杂多糖③糖蛋白3. 酵母细胞壁组成①甘露聚糖蛋白②葡聚糖③chitin（几丁质）④纤维素⑤others纤维素的分解：纤维素分子的基本结构: β-1,4糖苷键，酮多糖，椅式构象，全部舒展，氢键交联成网状结构淀粉：β-1,4糖苷键，β-1,6糖苷键，连接松散，加热易糊化原生质膜：I. 原核细胞中1. 磷脂中异常脂肪酸，2. 质脂，3. 糖脂，4. 二醚磷脂酰甘油，5. 鲨烯，6. 脂类色素II. 真核微生物中1.酵母甾醇，2. 麦角甾醇分解代谢单糖分解途径：1.EMP（糖酵解）途径②碳架结构变化②生理意义：a. 产生ATP, b. 产生NADH2, c. 小分子碳架，d. 生糖。
③分布广泛。
④歧路：（兼性）好氧菌中的丙酮醛支路。
笔记：EMP途径又叫二磷酸己糖途径，原因是1,6-二磷酸果糖酶为该途径的特征酶。
其过程一般为激活----氧化-----产能。
小分子碳架指c3,c42.HMP途径①经典途径② Williams等发现的新途径。
③生理功能：a. 提供多种碳架，b. 产生NADPH2，c. 产生Ru5P。
④分布广泛。
⑤与EMP的联系。
笔记：HMP途径又叫单磷酸己糖途径，不是严格的分解代谢途径3.ED途径①碳架结构的变化②特点：a. KDPG, b. 特征酶： KDPG醛缩酶，c. ATP。
③分布：主要限于Pseudomonas笔记：1. ED途径比HMP途径短2.KDPG通过裂解产生丙酮酸和甘油醛，只有一半产生了ATP，故ATP产生数量比EMP途径少近一半，但产热多。
3.其过程为：激活---氧化----脱水4. WD途径（裂解直接产物为乙酰磷酸）①碳架结构变化：a. PK途径（磷酸-戊糖分解）， b. HK途径（己糖分解）。
②特点：a. 特征酶为磷酸解酮酶，b. 特征反应…。
③生理意义：a. 仅分布在少数细菌中， b. PK途径为戊糖分解的重要途径， c.H K途径为己糖分解的重要途径。
笔记：1常用程度:HMP>EMP>ED>WD2这四个途径都从葡萄糖开始从Glc到Pyr四条途径的总结：1.如何确定？a. 特征酶，b. 放射性同位素标记。
2.丙酮酸代谢（氧化或者还原，为共同代谢产物必经之路）丙酮酸代谢的途径：①发酵:a. 乙醇发酵，b. 乳酸发酵，c. 丁酸型发酵，d. 丙酸发酵，e. 混合酸和丁二醇发酵；② TCA （呼吸）a.乙醇发酵酵母的乙醇发酵——现象、产物与机理：第一型发酵（在pH4.5-3.5时，产物为乙醇。
）第二型发酵（在3%的NaHSO3时，产物为甘油和乙醇。
）第三型发酵（在pH7.6时，产物为乙醇、乙酸和甘油。
），高渗发酵（例如当环境中的NaCl为0.5-1.0mol/L时，产物主要为甘油。
）细菌的乙醇发酵：经ED途径笔记：1.利用酵母进行酒精发酵的优点是抗高渗，缺点是只能利用葡萄糖2.利用细菌进行酒精发酵的有点是可利用木糖，缺点是不抗高渗3.乙醛乙醇，在野生酵母中，逆反应速率远大于正反应速率，乙醛---乙酰辅酶a-----三羧酸循环；改良型，逆反应速率远小于正反应速率4.第二型发酵中乙醇少量，但不能完全阻断5.丙酮酸脱氢酶是乙醇发酵的关键性酶6.影响乙醇发酵的条件：O2浓度，葡萄糖浓度7.第三型发酵的那NACL来自现加NAOH水解，再加HCL中和乳酸发酵：同型乳酸发酵：经过EMP途径(芽孢乳杆菌，杆状乳酸菌)只生成乳酸异型乳酸发酵：经过PK途径（球状乳酸菌）乳酸+乙酸+co2双歧乳酸发酵：经过HK途径（两性双岐乳酸杆菌）乳酸+乙酸+乙醇笔记：1.乳酸菌是统称，不是分类名称，微好氧或者厌氧2.丙酮酸乳酸3.产乳酸量：同型>异型>双岐脂肪烃类的分解：①脂肪烃的分解的三种启始羟化方式：a. 单末端氧化，b. 双末端氧化，c. 亚末端氧化②脂肪烃的分解的二个生化前提：a. O2 b. 羟化酶（单氧酶）2. 芳香烃的分解的三阶段①芳香烃的分解启始：从各类芳香烃长途或短途到邻苯二酚。
②邻苯二酚的分解：在双氧酶的催化下，邻位裂解（产物：琥珀酸+乙酸）或间位裂解（产物：丙酮酸+乙醛）方式③邻苯二酚的邻位裂解或间位裂解产物的继续分解3. 一碳化合物的氧化①还原态一碳化合物的基本类别：a. CH4 b. CHO c. CH+N d. CO 笔记：只含C,H的一碳化合物---细菌能氧化利用含C,H,O一碳化合物-----细菌和酵母都能氧化利用无机化能自养菌的主要群落：笔记：脱硫硫杆菌的应用：土壤肥力的流失，污水治理H2的微生物氧化（只有细菌能进行）1.氢细菌的概貌: G–，兼性化能自养2.H2的生物氧化机制：①反应式 4H2+2O2------ 4H2O2H2+CO2-------- [CH2O]+H2O6H2+2O2+CO2------- [CH2O]+5H2O②能量产生：通过氧化磷酸化，氧化4H2产生1分子ATP（例如，真养产碱杆菌的两种氢酶：可溶性的氢酶氧化H2产生NADH，存在细胞膜上的颗粒性的氢酶氧化H2与呼吸链偶联，从VK2始，至Cyt b/a，产生ATP）含S化合物的微生物氧化S的生物氧化 (from H2S to SO42-) 类型:①长途类型，以氧化硫杆菌 (Thiobacillus thiooxidans)为代表，在S的生物氧化过程中有多种多硫酸中间产物。
4S2- ------- 2S2O32- ------ S4O62- ----- SO32- +S3O62- ------- 4SO32- -------4SO42-③短途类型，以排硫杆菌（Th.thioparus）为代表，仅有SO32-为中间产物。
S -------- SO32- -------- SO42-笔记：1.氧化还原电位更低，途径更长，产能更多2．氧化一分子硫，至少产生6.5分子ATP微生物的光合磷酸化主要差异（这类光合细菌，均不产氧气）第四章微生物的合成代谢1.自养性c02的固定（1）calvin cycle (植物，蓝细菌和化能自养细菌：fe细菌，s细菌)（2）还原三羧酸循环（光合细菌：紫色细菌，绿色细菌，蓝绿细菌，嗜盐细菌）（3）还原单羧酸循环2.异养性co2的固定笔记：还原三羧酸循环为原核细胞特有的自养型co2固定方式网上参考：氨基酸的生物合成：1.氨基酸分子中各基团的来源：-还原。
①氨的来源：a.环境，b.胞内含氮化合物，c.生物固氮，d.由NO32-。
②硫的来源： a.环境，b.胞内含硫化合物，c.胞内同化型还原SO4③碳架结构的来源氨基酸的生物合成途径：①氨基化作用：a.还原氨基化，b.直接氨基化。
c. 酰氨化。
②转氨基作用，③从头合成—由初生氨基酸合成次生氨基酸，④D-氨基酸，由消旋酶或D-氨基酸转氨酶催化产生。
笔记：1.若碳架已经具备，则途径（1），（2），（4），如谷氨酸，谷氨酰胺，天冬氨酸的合成若碳架结构不具备，则途径（3）2.D-氨基酸的合成：先通过合成L-氨基酸，再通过消旋酶转化为D-氨基酸3.初生氨基酸与次生氨基酸。
初生氨基酸有四个，分别为缬氨酸Val，丝氨酸Ser，谷氨酸Glu，天冬酰胺Asp微生物合成氨基酸的特点：1.微生物特有的途径，例1：细菌或低等真菌的L-Lys（赖氨酸）的合成。
2.微生物特有的酶催化过程，例2：细菌合成精氨酸过程中N-乙酰谷氨酸的生成。
3.微生物特有的代谢空间，例3：细菌的orinithine cycle4.微生物合成途径的多样性，例4：细菌中 Cys（半胱氨酸）的三种合成途径5.细菌的D-型氨基酸的合成，经过消旋酶或D-型氨基酸转氨酶催化笔记：①嘧啶碱基单独成环，嘌呤碱基由组氨酸合成代谢的分支产生②细菌需要D-氨基酸主要是用于肽聚糖的合成，而真菌没有③细菌合成赖氨酸Lys的中间产物:二氢吡啶二羧酸，四氢吡啶二羧酸④DAP是原核微生物赖氨酸合成过程中的重要中间代谢产物⑤并环合成是通过脂肪酸合成途径后再环化而成的⑥芳香族氨基酸合成的中间代谢产物有预苯酸邻氨基苯甲酸，对氨基苯甲酸，分枝酸次级代谢的类型:1根据终产物对其它生物的作用：抗生素，激素，生物碱，毒素，色素，维生素。
