PubMed简介及使用说明
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pubmed文献检索方法摘要:一、PubMed简介二、文献检索方法1.基本检索2.高级检索3.检索策略三、检索实例四、检索技巧1.关键词选择2.运用布尔操作符3.限制检索范围五、文献管理与分析工具六、总结与建议正文:一、PubMed简介PubMed是由美国国立卫生研究院(NIH)开发和维护的一个免费生物医学文献数据库,包含了大量的生物医学、生命科学、化学等领域的研究文献。
它为广大科研工作者、医生和药师等提供了便捷的文献查询途径。
二、文献检索方法1.基本检索在PubMed首页,可以通过输入关键词或输入文献的题名、作者、出版年份等进行基本检索。
基本检索的结果会按照相关性排序。
2.高级检索点击检索框下方的“高级检索”按钮,可以进入高级检索界面。
高级检索允许用户对检索词、检索范围、文献类型等进行更详细的设定,从而提高检索的准确性。
3.检索策略在检索过程中,可以采用一些策略提高检索效果。
例如,使用截词符(*)进行词干检索,或将关键词用引号括起来进行精确检索。
三、检索实例以下是的一个检索实例:假设我们想查找关于“新冠病毒”(SARS-CoV-2)的研究文献,可以在检索框中输入“SARS-CoV-2”或“新冠病毒”,然后点击检索按钮。
检索结果会包括与新冠病毒相关的文章,如病毒基因序列、疫苗研究、治疗方法等。
四、检索技巧1.关键词选择选择合适的关键词是提高检索效果的关键。
可以通过查阅相关领域的专业词典、综述文章等,了解研究领域的主要术语和概念。
2.运用布尔操作符布尔操作符(AND、OR、NOT)在检索过程中起到筛选和组合检索词的作用。
例如,输入“新冠病毒AND 疫苗”,可以检索到同时涉及新冠病毒和疫苗的文章。
3.限制检索范围在检索过程中,可以通过设置文献类型、发表年份、语言等限制条件,缩小检索范围,提高检索的针对性。
五、文献管理与分析工具PubMed提供了多种文献管理与分析工具,如引文导出、文献收藏、文献标签等。
PubMed使用手册一、PubMed简介:PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统,是NCBI的Entrez系统的数据库之一。
该系统通过网络途径免费提供包括MEDLINE在内的70多外国家4800多种主要生物医学文献的书目索引文摘数据库,并提供部分免费和付费的全文链接服务。
二、页面介绍:登录/entrez/ query.fcgi后,你将进入Pubmed的主页面。
如图:主页面左侧框的介绍:1) MeSH Database你可以用它来分层流览MesH表2) Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。
3) Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。
4) Clinical Queries这一部分为临床医生设置,通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围:治疗、诊断、病原学与预后。
5) Related Resources•Order Documents提供一种收费性质服务,可以使用户在当地得到文献的全文拷贝(费用与发送方式各不相同)。
•Consumer Health提供与MEDLINEplus的链接,MEDLINEplus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。
•Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。
三、检索方法:1.PubMed基本检索方式(Basic PubMed Search)进入PubMed基本检索方式主页,在检索框中可以输入任意词,包括文献作者,出版杂志等:•键入一个或多个检索词(可以为任意词),如protein disulfide isomerase ,也可以输入缩略名如pdi等;输入多个词时,可自动识别成词组;但词数太多时,则以逻辑与的方式识别,如可以将protein disulfide isomerase识别成一个词,也有可能将其识别成“protein AND disulfide AND isomerase”尤其是出现数字等符号时不易识别成词组;•对PubMed不能识别检索的词组,需加引号强调,如键入:“Insight II”•以文献作者方式检索,作者名的输入格式为:姓+名。
P u b M e d中文使用手册work Information Technology Company.2020YEARPubMed中文使用手册(一)PubMed简介:PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。
PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务,MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。
PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据等等。
PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。
(二)页面介绍:(更新很快,但其内容变化一般不大)在你的浏览器中的URL地址框中健入/pubmed/并单击回车键后,你将进入Pubmed的主页面。
如图:1. 主页面左侧框的介绍(注:Cubby和tutorial为最新加入的)MeSh Browser你可以用它来分层浏览MesH表Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。
Batch Citation Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。
Clinical Queries这一部分为临床医生设置,通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围:治疗、诊断、病原学与预后。
Old PubMed (使用以前的PubMed查询方式)关于每一项的具体使用方法, 后面将会有详细介绍。
Related ResourcesOrder Documents提供一种收费性质服务,可以使用户在当地得到文献的全文拷贝(费用与发送方式各不相同)。
Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。
PubMed使用教程指南PubMed使用教程指南1:简介1.1 PubMed概述1.2 文档目的和范围1.3 文档结构2:注册和登录2.1 注册过程2.2 登录步骤2.3 用户账户管理3:检索和筛选文献3.1 关键字检索3.2 高级检索3.3 检索结果筛选和排序3.4 收藏和导出文献4:文献详细信息和摘要4.1 文献详细信息页4.2 文献摘要和关键词4.3 相关文献推荐5:全文获取途径5.1 免费全文获取5.2 付费全文获取5.3 图书馆访问6:文献浏览和阅读工具6.1 在线阅读器6.2 PDF和打印6.3 标注和笔记7:数据库交互和导出选项7.1 搜索历史和搜索警报设置7.2 保存和导出搜索结果7.3 数据库交互和集成8: PubMed Central (PMC) 8.1 PMC概述8.2 PMC文献访问和8.3 PMC作者和机构信息9:其他功能和资源9.1 科学计量指数和引用分析9.2 转录本数据库和序列检索9.3 生物医学主题词(MeSH)搜索附录:附件1: PubMed常见问题解答 (FAQs)附件2: PubMed搜索示例附件3: PubMed用户指南(官方文档)法律名词及注释:1:版权(Copyright):著作权法所规定的权利,授予创作者对其所创作作品的独占权利。
2:公共领域(Public Domn):指作品的版权保护期已经过去,不再受版权法保护,可以自由使用。
3:开放获取(Open Access):指文献免费并可自由获取的出版模式,通常由作者或资助机构支付出版费用,以使文献对全球范围内的读者免费开放。
4:数据共享(Data Sharing):研究数据的共享原则,将研究数据公开存档并向其他研究人员开放,促进科学研究的可重复性和透明度。
5:版权许可(Copyright License):版权持有者授权他人使用、复制或再分发作品的许可证。
6:存取策略(Access Policy):指特定出版物的访问规则和限制,如开放获取、订阅制度等。
PubMed检索系统简介PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的用于检索MEDLINE、PreMED-LINE 数据库的网上检索系统。
MEDLINE是美国国立医学图书馆(U.S.National Library of Medicine)最重要的书目文摘数据库,内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。
收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊,现有书目文摘条目1000万余条,时间起自1966年。
PreMEDLINE是一个临时性医学文献数据库。
它每天都在不断地接受新数据,可为用户提供基本的文献条目和文摘,其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。
PubMed还通过电子通讯方式接受出版商提供的文献条目数据,这种条目带有[MEDLINE record in process]的说明,并标有[Record as supplied by publisher]的标识。
这种条目每天都在不停地向PreMEDLINE数据库中传送,但其中有些条目由于超出了MEDLARS数据库的收录范围,将永远不会被PreMEDLINE或MEDLINE条目所取代,例如在综合性的科学杂志(Science 或Nature)上发表的地理学文章等。
PubMed 系统的主要特点1.词汇自动转换功能(Automatic Term Mapping)在PubMed主页的检索提问框中键入检索词,系统将按顺序使用如下4种表或索引,对检索词进行转换后再检索。
(1)MeSH转换表(MeSH Translation Table),包括MeSH词、参见词、副主题词等。
如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词,就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord 词(题名词和文摘词)进行检索。
例如:键入“Vitamin h",系统将其转换成"Biotin [MeSH Tems] OR Vitamin h [Textword]"后进行检索。
PubMed简介及使用说明壹、简介PubMed为美国国家医学图书馆的美国国家生技资讯中心(NCBI)所制作之生物医学相关文献的书目索引摘要型资料库,目前收录1950年以来约1400多万笔生物医学相关书目资料,并提供部分免费及付费全文连结服务,需要收费的全文,读者可自行与出版社接洽。
较之于MEDLINE资料以生物医学、生命科学、生化学、行为科学为主,PubMed 资料库范围更涵盖了如下内容:1. 对于超出学科范围(如:资讯科学、航太科学) 的特定生命科学、医学、化学相关之期刊文章都会收录于本资料库中;2. 收录即将出版的医学论文;3. 已由NLM审核通过并已由PubMed Central典藏的全文文献亦收录之。
美国国家生技资讯中心(NCBI)制作了一系列的生物医学资料库如下:1.PubMed:生物医学文献书目索引摘要资料库。
2.Nucleotide:包含GenBank、RefSeq、PDB资料库中的人类基因序列资料。
3.Protein:整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq资料库中的资料,并可参照Taxonomy资料库,了解特定种类的蛋白质的在资料库中分类状况的相关说明。
4.Structure:分子构造资料库。
5.Genome:基因组合序列资料库。
6.PopSet:可查询某族群的基因序列,了解该族群演进之相关资料。
7.OMIM:遗传学资料库。
8.Taxonomy:在NCBI基因资料库中提及的微生物的核酸或蛋白质序列的分类状况之相关说明。
9.Books:收录C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、ModernGenetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology. 4th ed.、Retroviruses.等六本书。
10. ProbeSet:以检索的方式使用基因学诠释文献资料库。
11. 3D Domains:以3D方式呈现细胞结构。
贰、连线方式直接连至网址:/sites/entrez?holding=itwcathlib_fft_ndi ,即可使用已设定国泰医图Link-Out的PubMed资料库。
参、 检索方式一、 主画面功能介绍(一)关于Entrez 检索系统:Entrez 是一Web-based 检索系统,用以检索下图所示各资料库,只要从其中一个资料库出发,可在检索结果中进行跨资料库的检索。
1 2345(二)辅助说明PubMed资料库中备有详尽的资料库线上操作求助讯息,包括:Help、FAQ、Tutorial、New/Noteworthy 以便使用者自学;另有网站资料、功能异动讯息以告知使用者应注意的事项。
(三) 检索区使用者在对话框中输入欲查询的主题词汇、作者、刊名、文献识别号(PMID)…等即可建立检索,取得检索结果。
(四) 功能快捷列1. Limits使用者可限制查询的栏位、附摘要的文献、出版品的类型、语文、主题类别(如:AIDS、Bioethics...)、研究对象年龄层、研究对象(人类或动物)、性别、系统最近更新时间、出版时间。
2. Preview/IndexPreview可预览:a.先前检索结果之笔数,并决定是否要修正检索策略,如不修正亦可从笔数直接连至检索结果。
b.亦可在「Add Term(s) to Query or View Index」输入词汇预览检索结果之笔数,或是输入后按下Index,看各栏位中该词出现的资料笔数,并选择AND、OR、NOT加入原有的检索策略中进行检索。
3. History每个检索步骤系统都会产生一个检索号码,在本区可看到所有的检索步骤历史记录。
如要运用先前的检索策略,可直接输入检索号码并加以布林逻辑运算,如:#2 AND #3,表示将第二个及第三个检索步骤加以交集运算。
若八小时内未再进行任何检索步骤,则此记录将被系统消除,此外,以#标示的步骤号码所储存的检索策略将被系统视为无效的检索策略,下次登入系统时,将无法以#标示的检索策略追踪新增的文献资料。
4. Clipboard该资料区可暂存检索一次或是多次的检索结果,以进行后续的列印、储存、或文献传递服务之订购,最多可显示500笔记录,同样地,若八小时内未再执行任何步骤的话,则记录将被系统消除。
5. Details使用者输入检索词后,可在此检视PubMed如何将检索词转换成系统控制词汇,并可直接在PubMed Query中进行检索策略之编辑。
若需储存该次检索策略,可直接按下URL键,并配合浏览器所提供之书签(Bookmark)功能,将该检索策略以网址形式储存在浏览器中的书签档案中,以便日后之使用。
(五) PubMed服务项目1. Journal Database:可透过输入期刊刊名、ISSN或Medline刊名缩写查询期刊的出版资讯。
2. MeSH Database:点选此功能后,在检索栏位中输入欲查询的词汇,可浏览PubMed资料库中所使用控制词汇。
3. Single Citation Matcher:使用栏位化的检索方式,找寻特定刊名、卷期、作者、篇名的文献资料。
4. Batch Citation Matcher:以指令式的方式批次检索资料库中相关的文献,只要输入刊名、年代、卷期、起始页、作者名、关键词其中部分栏位资料即可。
5. Clinical Queries: 临床病理资料,本功能提供临床病理资料之查询,并依Haynes RB等专家所制订的最佳化检索策略之机制,使用者可先行选择检索方向,如:治疗方式(Therapy)、诊断方式(Diagnosis)、病因(Etiology)、预后状况(Prognosis)其中的一类,并可选择预期之检索结果是较具相关性(sensitivity)或精确率(specificity)较高的。
6. LinkOut:LinkOut为PubMed提供使用者连结外部网路资源之功能选项,连结内容包括国外图书馆馆藏目录、线上电子全文、书目资料库清单、消费者健康资讯、研究参考资料等资讯。
如有外部资源的连结,使用者可在PubMed摘要书目中看到LinkOut此一选项。
7. 免费个人化检索服务—My NCBI:在MY NCBI服务页建立个人检索帐号/密码后,即可使用个人化检索服务,该服务提供储存/删除检索结果、MyLinkOut设定及文献传递等个人化服务二、检索技巧(一) 常用的检索方式:1. 主题概念检索:检索词的转换:在检索词汇方面,使用者所输入的检索词都将自动被转换对映至MeSH,但系统会同时以MeSH及Text Word方式进行检索,例如检索vitamin h,系统将以Biotin[MeSH] OR vitamin h[Text Word]进行检索。
如果需找特定词汇,可在词汇间加入引号,如:"single cell "。
2. 刊名检索: 输入刊名全称、缩写或是ISSN号码时,系统将自动对应至刊名检索,例如输入:new England journal of medicine,将被转换成N Engl J Med[Journal Name],其意义同N Engl J Med[ta]。
3.作者查询:输入形式为:姓名字的首字缩写,例如smith ja。
使用者亦可用指令方式查询作者名:lai my[au];或是在「limit」功能中指定查询作者名。
(二) 切截如英美文字的拼法或是词尾的变化而需要模糊查询时,可使用*作为切截符号,如:flavor*,可找到以flavor开头的字,如:flavored、flavorful..,最多可显示150笔以此字开头的资料。
但是*是以单字词为主要使用对象,如查询:infection*可以找到infections,但无法找到infection control。
(三) 布林逻辑PubMed接受AND、OR、NOT布林逻辑语法,但需以大写输入,如:vitamin c OR zinc,如欲同时使用两个以上的布林语法,则可利用括弧『( )』以利系统判定执行之先后,如:common cold AND (vitamin c OR zinc),括弧中的主题概念之组合将先被运算后视为一个概念再与括弧外的主题概念进行布林逻辑之运算。
三、 检索结果:以Nosebleed 为检索例,所得检索结果呈现方式如下图所示,兹分述细项功能如下:1. 展示: 可选择以一般格式(Summary)、简要格式(Brief)、含摘要格式(Abstract)、XML 格式、显示是否有LinkOut(提供相关的网路资源连结)...等格式显示所有的书目记录。
若选择摘要格式(Abstract),可以看到本馆收录电子全文的馆藏图示,并可直接连结全文。
2. 显示笔数:可选择每页欲显示的检索结果之笔数,系统预设为20笔。
3. 排序:可选择以作者或刊名或出版日期排序。
4. Send to :使用者可勾选欲储存的检索结果,如未勾选,系统预设为全选,再选择下拉清单中Save 键,并输入”自订的档名.txt”,可将检索结果储存在local 端的电脑中。
如按下「Text 」键,将以纯文字档显示当页检索结果。
或send toClipboard 、E-mail 等。
5. 检索结果:在检索结果中,每一笔记录都标示着「Related Articles 相关文献」,相关文献以同一主题概念在不同文章中出现的频率为计算基准,两篇文献有愈多相近的主题概念表示愈相关,PubMed 据以评量提供「相关文献」。
如按下作者姓名的超连结,可显示该笔的书目附摘要的详细记录,记录旁亦有「Related Articles 」及「Links 」。
「Links 」提供「Books 」及「LinkOut 」两种选择,其中「Books 」为从摘要中撷取主题概念并列出相关的MeSH 主题词,可连至相关的电子书全文;「LinkOut 」为线上电子全文、书目资料库清单、消费者健康资讯、研究资料等外部连结资料。
此外,每笔书目记录均会标示PMID ,如:PMID: 7998669,表示这篇文献在系统中的流水编号为7998669,申请馆际合作文件时如填上此号码,可加速找到该文件。
1 2 34 5肆、全文之取得(一)PubMed CentralPubMed Central为美国国家医学图书馆生命科学数位文献中心,目前收录Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials等240余种全文电子期刊,提供HTML 及PDF格式之免费电子全文。