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染色质免疫共沉淀测序技术
染色质免疫共沉淀测序技术（ChIP-seq）是一种用于研究基因组中蛋白质与DNA相互作用的高通量测序技术。
该技术可以帮助我们了解基因表达、转录调控、染色质结构和功能等方面的信息。
在ChIP-seq技术中，首先需要将某种特定的蛋白质与DNA结合，然后使用抗体将这种蛋白质与DNA复合物捕获下来。
接着，将复合物中的DNA分离出来，并进行高通量测序。
最后，通过对测序结果的分析，可以确定蛋白质与DNA结合的位置和数量，从而了解染色质结构和功能的相关信息。
ChIP-seq技术的应用非常广泛。
例如，可以用于研究转录因子与DNA结合的位置和数量，从而了解基因的转录调控机制。
此外，还可以用于研究组蛋白修饰与基因表达的关系，以及研究染色质结构和功能的变化与疾病的关系等。
虽然ChIP-seq技术具有很多优点，但也存在一些局限性。
例如，该技术需要使用抗体来捕获蛋白质与DNA复合物，因此需要选择合适的抗体，并且可能存在抗体特异性和交叉反应的问题。
此外，该技术也存在一定的误差和假阳性率，需要进行严格的数据分析和验证。
总的来说，ChIP-seq技术是一种非常有用的高通量测序技术，可以帮助我们了解基因组中蛋白质与DNA相互作用的信息，从而深入研
究基因表达、转录调控、染色质结构和功能等方面的问题。
随着技术的不断发展和完善，相信ChIP-seq技术将在生命科学研究中发挥越来越重要的作用。
染色质免疫沉淀技术及其应用1. 引言1.1 染色质免疫沉淀技术的概念染色质免疫沉淀技术是一种重要的实验方法，用于研究染色质中蛋白质-DNA相互作用。
在细胞核中，DNA紧密包裹在蛋白质组分成的染色质上，形成染色体结构。
染色质免疫沉淀技术利用抗体选择性地沉淀目标蛋白质及其结合的DNA分子，从而研究这些蛋白质在染色质结构和功能中的作用。
该技术具有高灵敏度和特异性，能够准确检测染色质中特定蛋白质的存在和相互作用。
通过染色质免疫沉淀技术，研究者可以深入了解染色质中不同蛋白质的相互作用网络，阐明基因表达调控的机制。
该技术还可应用于筛选药物靶点、研究基因组编辑效果等领域。
染色质免疫沉淀技术是一种强大的工具，为研究者提供了更深入、更精确的染色质分子水平研究手段。
在今后的基因组学研究和药物开发中将发挥越来越重要的作用。
1.2 研究背景和意义染色质免疫沉淀技术的引入，为基因功能研究和药物研发提供了强大的工具。
通过该技术可以检测染色质与转录因子、组蛋白等蛋白相互作用的情况，进而探究其在基因表达调控中的作用机制。
染色质免疫沉淀技术还可以帮助科研人员发现染色质的修饰情况，从而为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。
染色质免疫沉淀技术在生命科学领域具有重要的意义与应用前景，其不断发展和完善也将为人类对基因组和染色体结构及功能的认识带来更多的突破。
2. 正文2.1 染色质免疫沉淀技术的原理染色质免疫沉淀技术的原理是基于抗体与特定染色质结合的原理。
利用细胞或组织提取染色质蛋白，并进行交联，使染色质蛋白固定在DNA上。
然后，添加特异性的抗体，抗体会与目标染色质蛋白结合，形成抗原抗体复合物。
接着，使用蛋白A/G琼脂糖或蛋白A/G磁珠来结合抗体，将目标染色质蛋白从细胞溶液中纯化出来。
染色质免疫沉淀技术的原理主要涉及到抗体的特异性结合和蛋白质的亲和力。
在实验过程中，要注意选择适当的抗体和实验条件，以确保抗体与目标染色质蛋白的结合是特异性的。
染色质免疫沉淀技术及其应用染色质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是一种用于研究染色质中特定蛋白质与DNA相互作用的技术。
它可以帮助研究人员了解基因表达调控、表观遗传修饰等重要生物学过程，因此在生命科学领域具有重要应用价值。
一、染色质免疫沉淀技术原理及步骤1. 原理染色质免疫沉淀技术的基本原理是利用抗体特异性识别和结合染色质中的特定蛋白质，然后利用蛋白A/G或者其他物质来沉淀结合的染色质片段，最后通过PCR、测序等手段对沉淀的DNA片段进行检测和分析。
2. 步骤（1）交联：在进行染色质免疫沉淀实验前，需要对细胞或组织进行交联处理，使得染色质中的蛋白质与DNA紧密结合。
（2）裂解：对交联后的细胞进行裂解，释放染色质。
（3）免疫沉淀：使用特异性抗体进行免疫沉淀，将特定蛋白质与DNA结合的片段沉淀下来。
（4）逆交联：去除交联剂，使得DNA片段能够被进一步分析。
（5）DNA提取：从免疫沉淀得到的染色质片段中提取DNA。
（6）PCR或测序：通过PCR扩增或者测序的方法对免疫沉淀得到的DNA进行分析。
1. 研究基因调控染色质免疫沉淀技术可以用于研究基因调控过程中转录因子、组蛋白等蛋白质与染色质的相互作用，从而揭示基因的表达调控机制。
2. 研究表观遗传修饰染色质上的表观遗传修饰（如甲基化、乙酰化等）对基因表达具有重要影响，染色质免疫沉淀技术可以帮助研究人员了解这些修饰与染色质蛋白质的相互作用及其在基因表达调控中的作用。
4. 药物筛选染色质免疫沉淀技术可以应用于药物筛选，帮助研究人员评估候选药物对染色质蛋白质的影响，从而发现潜在的药物治疗靶点。
5. 肿瘤研究染色质免疫沉淀技术可以用于肿瘤研究中，帮助研究人员了解染色质中关键蛋白质的变化及其对肿瘤发生发展的影响。
1. 自动化和高通量随着科学技术的不断发展，染色质免疫沉淀技术也在向自动化和高通量方向发展，为更大规模的样品进行染色质免疫沉淀提供了可能。
染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation，简称ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的一种技术。
它利用抗原抗体反应的特异性，可以真实地反映体内蛋白因子与基因组DNA结合的状况。
特别是近年来由于该技术不断的发展和完善，其应用范围已经从研究目的蛋白与已知靶序列间的相互作用，发展到研究目的蛋白与整个基因组的未知序列的相互作用;从研究一个目的蛋白与DNA的相互作用，发展到研究两个蛋白与DNA共同结合的相互作用;从研究启动子区域的组蛋白的修饰，发展到研究结合在DNA序列上的蛋白复合物。
随着对基因功能研究的不断深入，这项技术正越来越多的被应用于科研的各个领域。
chip技术的原理染色质免疫沉淀技术的原理是：在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起，通过超声或酶处理将染色质切为小片段后，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。
染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定，染色质断裂，染色质免疫沉淀，交联反应的逆转，DNA的纯化，以及DNA的鉴定。
因为ChIP实验涉及的步骤多，结果的重复性较低，所以对ChIP实验过程的每一步都应设计相应的对照，而且对结果的分析也需要有一定的经验。
对于刚刚开始使用ChIP技术的研究人员来说，使用成熟的商品化试剂盒和相关的技术服务会达到事半功倍的效果，比如millipore公司的EZ-ChIP试剂盒就是专门为初学者设计的入门产品。
下面我们就最基本的实验步骤，实验中的小技巧以及需要注意的问题简单介绍一下。
1. 细胞固定甲醛能有效的使蛋白质-蛋白质，蛋白质-DNA，蛋白质-RNA交联，形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。
甲醛的交联反应是完全可逆的，便于在后续步骤中对DNA和蛋白质进行分析。
交联所用的甲醛终浓度为1%，交联时间通常为5分钟到1个小时，具体时间根据实验而定。
值得注意的是，交联时间如果过长，细胞染色质难以用超声波破碎，影响ChIP结果，而且实验材料也容易在离心过程中丢失。
染色质免疫共沉淀技术染色质免疫共沉淀技术（ChIP）是一种广泛应用于生物学研究的技术，它可以用来检测蛋白质与染色质之间的相互作用。
该技术能够帮助研究人员确定蛋白质在基因表达中的作用，以及探究细胞的调节机制。
本文将详细介绍染色质免疫共沉淀技术的原理、步骤、优缺点和应用。
一、原理染色质免疫共沉淀技术是基于抗体特异性识别蛋白质的原理。
在该技术中，首先将抗体与磁珠或琼脂糖等载体结合，形成免疫复合物。
接着，将该免疫复合物加入到含有细胞或组织的裂解液中，使其与目标蛋白结合。
随后，使用磁力或离心等手段将免疫复合物与与其结合的蛋白、核酸等分离出来。
最后，利用PCR、微阵列芯片等技术对分离出来的蛋白、核酸等进行检测和分析。
二、步骤染色质免疫共沉淀技术的步骤主要包括：1. 细胞或组织的裂解：将细胞或组织加入到含有蛋白酶抑制剂、核酸酶抑制剂、盐和缓冲液等的裂解液中，使其破裂并释放出蛋白、DNA等。
2. 免疫复合物的制备：将抗体与磁珠或琼脂糖等载体结合，形成免疫复合物。
3. 免疫复合物与目标蛋白的结合：将免疫复合物加入到裂解液中，与目标蛋白结合。
4. 免疫复合物的分离：使用磁力或离心等手段将免疫复合物与与其结合的蛋白、核酸等分离出来。
5. 分析：利用PCR、微阵列芯片等技术对分离出来的蛋白、核酸等进行检测和分析。
三、优缺点染色质免疫共沉淀技术具有以下优点：1. 高特异性：该技术可以通过抗体特异性识别蛋白质，具有高特异性。
2. 高灵敏度：该技术可以检测到极低浓度的蛋白质。
3. 可重复性：该技术具有较高的可重复性，可以用于多次实验。
4. 可广泛应用：该技术可以应用于不同种类的细胞和组织。
然而，染色质免疫共沉淀技术也存在以下缺点：1. 受抗体质量限制：抗体的质量、特异性和亲和力等因素会影响该技术的结果。
2. 受组织分解程度限制：组织分解不彻底会导致目标蛋白无法完全释放，从而影响该技术的结果。
3. 受背景干扰影响：免疫复合物的制备和分离过程中，可能会出现背景干扰，影响结果的准确性。
染色质免疫沉淀技术及其应用
染色质免疫沉淀（ChIP）技术是一种用于分析染色质中特定蛋白质与DNA相互作用的方法。
ChIP技术是基于通过特定抗体与染色质中的蛋白质结合，并将其沉淀出来的原理来进行的。
这种方法可以用于识别组蛋白、转录因子或其他染色质相关蛋白在某个特定DNA 序列上的结合情况，进而帮助研究者了解基因调控机制、DNA复制和修复以及疾病发生和治疗机制。
ChIP技术流程包括染色质交联、染色质碎片化、抗体免疫沉淀、基因组DNA纯化和PCR扩增检测等步骤。
首先，将细胞或组织处理以使其蛋白质与DNA交联，然后通过超声波等方法将染色质碎片化成大小约500-1000bp的段落。
接下来，将碎片化的染色质与特定蛋白质抗体结合，并将该复合物通过免疫沉淀提取出来。
随后，通过去除交联蛋白质并纯化染色质DNA，可以筛查DNA序列上是否含有感兴趣的蛋白质结合位点。
最后，使用PCR 扩增和测序等方法来验证和分析这些序列。
ChIP技术是一种广泛应用于生命科学和医学领域的方法。
在基因转录调控方面，ChIP 技术可以用于研究转录因子的作用和结合位点，从而解析基因表达的分子机制。
在疾病研究方面，ChIP技术被用于鉴定癌症、糖尿病和神经系统疾病等疾病相关基因的调控机制。
此外，随着新一代高通量测序技术的广泛应用，ChIP-Seq技术已成为解析基因调控网络、全基因组范围内区分蛋白质结合位点等生命科学领域的重要方法。
总之，ChIP技术是一种有力的研究基因调控和表观遗传学的方法，有望为人类疾病细胞遗传学的深入了解提供帮助。
技术的不断改进和升级也将促进其在生命科学领域的广泛应用。
染色质免疫共沉淀原理染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种用于研究染色质中蛋白质-DNA相互作用的重要技术。
通过ChIP技术，研究人员可以确定特定蛋白质与染色质中特定DNA序列的相互作用，从而揭示基因调控、表观遗传学和疾病发生发展等重要生物学问题的答案。
本文将从ChIP的原理、步骤和应用等方面进行详细介绍。
ChIP技术的原理主要基于抗体对特定蛋白质的高度选择性结合。
首先，细胞或组织被交联，使得蛋白质与DNA之间的相互作用得以保持。
然后，细胞或组织被裂解，染色质被剪切成小片段。
接着，使用特异性抗体结合目标蛋白质，形成抗体-蛋白质-染色质复合物。
随后，利用蛋白质A/G磁珠将复合物沉淀下来。
最后，通过逆交联和DNA纯化，得到与目标蛋白质结合的DNA片段。
这些片段可以进一步用于PCR、测序等分子生物学实验。
ChIP技术的步骤主要包括，交联、裂解、免疫共沉淀、逆交联和DNA纯化。
在实际操作中，研究人员需要选择合适的抗体、优化交联条件、确定最佳的裂解酶和免疫沉淀条件等。
此外，为了提高ChIP的特异性和灵敏度，还需要进行合适的对照实验和验证实验。
ChIP技术在生物学研究中有着广泛的应用。
首先，ChIP可以用于研究转录因子与染色质中特定启动子或增强子的结合情况，从而揭示基因的转录调控机制。
其次，ChIP还可以用于研究组蛋白修饰酶与染色质中特定组蛋白修饰的关系，从而揭示表观遗传学调控机制。
此外，ChIP还可以用于研究疾病相关基因的表达调控机制，为疾病的诊断和治疗提供重要信息。
总之，ChIP技术是一种重要的分子生物学技术，可以用于研究染色质中蛋白质-DNA相互作用。
通过ChIP技术，研究人员可以揭示基因调控、表观遗传学和疾病发生发展等重要生物学问题的答案。
随着技术的不断发展和完善，ChIP技术将在生物学研究中发挥越来越重要的作用。
染色质免疫沉淀技术及其应用染色质免疫沉淀技术（ChIP）是一种用于研究染色质上蛋白质-DNA相互作用的重要实验技术。
它的基本原理是特异性抗体与染色质上的目标蛋白质结合，将其与DNA交联，并将其沉淀下来。
通过测定沉淀下来的复合物中的DNA序列，可以确定特定蛋白质与DNA的结合情况，从而揭示其在基因调控、表观基因组学和疾病发生中的重要作用。
ChIP技术通常分为两种类型：全基因组（全局）ChIP和目标特异性ChIP。
全基因组ChIP可用于研究全基因组范围内的蛋白质-DNA结合，并且可以利用高通量测序技术对沉淀下来的DNA样品进行测序，从而确定基因组上某一区域的结合情况。
在目标特异性ChIP 中，研究人员通常会先选择目标蛋白质，然后手工合成抗体并与该蛋白质结合，从而选择性地沉淀此类蛋白质-DNA复合物。
ChIP技术有许多应用，其中一个重要的应用是研究转录因子的作用机制。
转录因子是一类能够结合某些DNA序列并调节基因表达的蛋白质。
通过ChIP技术，研究人员可以确定基因组上所有的转录因子结合位点，并且可以在不同的条件下比较不同转录因子对特定基因的调控作用。
此外，ChIP技术还可用于研究表观遗传改变与疾病之间的关系。
比如，在癌症中，许多基因表达异常，而这些异常通常与DNA甲基化、组蛋白修饰和蛋白质-DNA 相互作用的改变有关。
ChIP技术可以协助研究人员研究这些变化，并确定它们与癌症起源和发展的关联。
ChIP技术还可用于研究疾病的治疗。
通过使用药物或其他干预方式改变基因表达，可以通过ChIP技术检测变化，并确定蛋白质-DNA复合物的形成和分解过程。
此外，在一些人类遗传病中，基因表达异常与某些转录因子的缺失或突变有关。
ChIP技术可以帮助研究人员确定这些因子的作用机制，从而提供治疗该病的新靶点。
总的来说，染色质免疫沉淀技术是重要的基因组学研究技术之一，并且在研究转录因子、基因调控以及表观基因组学、疾病发生等方面具有广泛应用前景。
染色质免疫共沉淀技术的发展姚汪劲松发育生物学2013级2013110046摘要：本文主要介绍了染色质免疫沉淀技术的发展历程、基本原理和优缺点，并且介绍了反向染色质免疫沉淀技术，并对两种方法进行了比较。
关键词：染色质免疫共沉淀；反向染色质免疫共沉淀；应用，研究前景。
目前，不断发展的DNA和蛋白质相互作用的方法和技术已经成为研究DNA复制、重组、修复和转录的核心。
其中凝胶阻滞实验（EMSA），报告基因分析，DNA微阵列，质谱分析法MS，酵母单杂交系统和染色质免疫共沉淀技术（ChIP）是被广泛应用于研究DNA 和蛋白质相互作用的方法。
真核生物基因组DNA以染色质形式存在，研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达调控机制的基本途径。
生物体内基因表达调控主要发生在转录过程中，转录调控是顺式作用元件(Cis-acting elements)如启动子(Promoter)、增强子(Enhancer)与反式作用因子(Trans-acting factors)相互作用的结果。
基因组DNA的甲基化、组蛋白甲基化、乙酰化和磷酸化修饰，核小体重新定位及染色体结构重建都影响调控。
转录调控具有细胞类型、发育阶段和外界环境刺激的差异性，哺乳动物转录调控序列分散在较大区域，组蛋白修饰状态达100多种，这些因素都增加了转录调控的复杂性。
ChIP是一种在体内研究转录因子和靶基因启动子区域直接相互作用的方法，可以在体内直接确定它们之间相互作用方式的动态变化，能够得到转录因子结合位点的信息，确定其直接靶基因。
它早期多被用于研究核小体上的DNA和组蛋白的相互作用以及组蛋白的修饰等方面。
近年来，随着生物技术的迅速发展，ChIP技术不断发展和完善，被广泛应用于体内转录调控因子与靶基因启动子上特异核苷酸序列结合方面的研究，并成为在染色质水平研究基因表达调控的有效方法。
特别是，此技术与DNA芯片和分子克隆技术相结合，可用于高通量筛选已知蛋白因子的未知DNA靶位点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况，这将有助于深入研究DNA与蛋白质相互作用的调控网络。
ChIP技术由Orlando等于1997年创立。
其基本原理为将处于适当生长时期的活细胞用甲醛交联后将细胞裂解，染色体分离并打碎为一定大小的片段；然后用特异性抗体免疫沉淀目标蛋白与DNA交联的复合物，对特定靶蛋白与DNA片段进行富集。
采用低pH值条件反交联，DNA与蛋白质之间的Schiff键水解，释放DNA片段。
通过对目标片段的纯化与检测，获得DNA与蛋白质相互作用的序列信息。
在上述ChIP过程中，甲醛能够进入细胞并使蛋白质与DNA或蛋白质与蛋白质之间通过希弗(Scihff)键交联，形成稳定结合的复合物。
如果交联效果不太好，可以先用交联剂DMA(Dimethyl adipimidate)或DSG (Disuccnimidyl glutarate)处理细胞，以加强后续甲醛交联的效果。
破碎DNA可采用超声物理破碎或特定酶切消化，以获得所需长度的DNA片段。
由于DNA片段长度将影响抗体免疫沉淀效率，因此破碎DNA是ChIP实验成功与否的重要因素。
超声效果与细胞裂解是否充分、细胞浓度及裂解液成分等因素有关。
超声处理后的液体应从浑浊状态变为透明状态。
选择专一性及亲和力较高的抗体是ChIP成功的关键。
非特异性抗体将增加大量的非目标靶点DNA片段信息，从而掩盖了真实的蛋白质结合位点信息；而亲和力较差的抗体，则无法获得高信噪比靶点DNA片段。
另一方面，在甲醛交联过程中可能会掩盖一些蛋白质的表位，这会影响到一部分蛋白质和DNA复合体的免疫沉淀反应。
因此，用Western印迹或免疫组化等常用的实验方法证明的能够对目标蛋白质进行免疫结合的抗体，并不能保证一定能够成功地进行ChIP实验。
例如，Weitsman 等检验了不同的雌激素受体β抗体在ChIP中的免疫沉淀能力，发现有的抗体虽然能够在标准免疫沉淀条件下与抗原结合，但不适合ChIP条件下使用，并且不同抗体的结合效率也有差异。
对于某一目标蛋白采用多种抗体组合来进行ChIP实验是一种有效的方案。
例如，Chen 等针对CTCF在人类基因组中的结合位点研究，采用了多种不同单克隆抗体的混合物进行免疫沉淀。
另外，有人利用表位附加标记技术表达融合蛋白进行免疫沉淀实验。
常用的表位附加标记有红血球凝集素(Hemagglutinin)、生物素和c-Myc等。
但哺乳动物细胞中难以引入表位附加标记的融合蛋白，并且其表达往往不同于其内源转录因子。
染色质免疫沉淀获得的DNA数量往往很多，其中包含大量的非特异结合造成的背景噪音，采用严格的洗涤条件可以降低背景。
Ogryzko等将靶蛋白与生物素受体片段融合表达，通过抗生物素磁珠免疫沉淀，二者较强的结合力便于进行更为严谨的洗涤，达到降低背景的目的。
与传统的研究转录因子和DNA相互作用的方法相比，染色质免疫共沉淀技术是一种在体内研究DNA与蛋白质相互作用的理想方法。
ChIP的优点在于能够在体内捕获转录因子和靶基因的相互作用，能同时快速地提供一种或者多种基因的调控机制，因此有巨大的应用价值。
ChIP技术也有一定的局限性：第一，该技术需要抗目的蛋白或者特殊修饰标签的高度特异性抗体。
第二，假阴性信号可能源于无效的抗体结合或者在交联过程中抗原受到干扰。
第三，甲醛固定可能是暂时的，甚至是非特异的，可能导致相邻的蛋白形成假阳性信号。
针对以上三方面，推荐在交联之后和抗体沉淀之前绘制一条标准曲线，以确定每次实验所需染色质的最佳量，确保材料的起始量相等。
当检测的染色质模版（目的抗体的染色质免疫沉淀物）扩增出可检测的条带时，将染色质样品连续稀释以确定关键点；而此时对照（mock ChIPed）染色质模版需要浓缩以扩增出可见的条带。
总之，染色质免疫共沉淀的步骤是需要精确的且要求一系列的预实验。
第四，难以同时得到多个蛋白质对同一序列结合的信息等。
反向染色质免疫共沉淀技术（reverse chromatin immunoprecipitation assay，Reverse ChIP）可以弥补这个缺陷，并且能定性、定量地准确鉴定目的蛋白质。
Reverse ChIP是一种在体内状态下分析DNA和蛋白质相互作用的新方法。
它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质。
蛋白质用质谱仪检测，以确定靶DNA位点全部相关的蛋白质。
这种技术可对靶DNA位点相关蛋白质进行全面、系统地鉴定，特别能找到已知DNA元件相应的调节蛋白。
其在发现鉴定、靶DNA位点相关蛋白质和研究DNA和蛋白质相互作用方面有重要的应用价值。
研究DNA-蛋白质相互作用的技术方法有多种，但研究体内状态下的方法仅有染色质免疫共沉淀技术(ChIP)。
而该方法尚存在不足，如：难以同时得到多个蛋白质对同一序列结合的信息等。
Reverse ChIP技术正好能弥补这些缺陷，并且可定性定量地准确鉴定目标蛋白质。
由于DNA探针杂交技术和质谱方法的进步，Kingston和Déjardin于2009 年1 月建立了PICh(proteomics of isolated chromatin segments)技术，来验证端粒相关蛋白质。
Mittler，Butter 和Mann于2009年1月建立了SILAC(stable isotope labeling with amino acids in cell culture)技术，来分析靶DNA位点相关蛋白质。
2009年3月，Rusk把这两种方法综合到一起，做了简要介绍，并将其命名为reverseChIP技术。
ReverseChIP技术的核心是用DNA探针捕获靶DNA片段及与其相关的蛋白质。
其基本原理是在活细胞状态下用甲醛固定细胞，以交联DNA-蛋白质的复合物。
然后将此复合物超声切断为一定长度的染色质片段，用以脱硫生物素为标记物的DNA探针与靶DNA片段杂交，形成稳定的DNA探针-靶DNA片段及其相关蛋白质的杂交体。
之后用亲和素磁珠结合脱硫生物素，以捕获此杂交体，离心得到的磁珠与杂交体被洗脱液洗脱，杂交体被游离出来。
加入交联反转液，使DNA-蛋白质复合物解交联，电泳得到靶DNA位点相关蛋白质，经纯化后，再进入质谱仪进行检测，以达到确定靶DNA位点全部相关蛋白质的目的，进而获得DNA-蛋白质相互作用的定性定量信息。
与目前其它研究DNA-蛋白质相互作用的技术方法相比，Reverse ChIP技术具有以下优点：(1)可以同时得到靶DNA位点上多个蛋白质结合的信息；(2)此技术不使用抗体，只需要合成特定序列的DNA探针，以用来分析任何靶DNA位点上的相关蛋白质；(3)Reverse ChIP 技术具有很高的灵敏度，可以用来分析低丰度的相关蛋白质；(4)能定性定量地鉴定相关蛋白质。
由于该项技术发明时间尚短，亦存在一定的不足。
如依赖核酸杂交以检测与靶DNA 相结合的蛋白质，可能因探针与某些非靶DNA杂交而产生干扰.又如该技术需要纯化足够量的蛋白质，以满足质谱检测的需要，这可能要求大量的起始材料，也就是说需要处理大量的细胞。
随着功能基因组学研究的深入开展，在染色质水平研究基因的表达调控，是全面阐明真核基因表达调控机制的必经之路。
染色质免疫共沉淀技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
该技术被广泛应用于组蛋白转录后调控，组蛋白变体，转录因子，位于基因组或已知基因座上的染色质调控酶的定位等方面的研究。
ChIP技术的应用使核蛋白和DNA的相互作用在基因表达、细胞分化或者抗病性等方面的研究有了很大的突破。
特别是，ChIP技术能够揭示转录因子的结合位点和确定直接的靶基因序列，可在体内分析特定启动子的分子调控机制，因此被广泛应用于转录调控机制的研究方面。
另外，以ChIP技术为基础的多种技术的应用，能够确定转录因子的结合基元，为转录因子生物学的研究提供了重要方法。
染色质免疫共沉淀技术与其它方法的结合，扩大了其应用范围。
近年来，ChIP技术与DNA微阵列芯片技术或高通量测序技术结合已经广泛应用于特定反式因子靶基因的高通量筛选方面，能够作出组蛋白修饰，组蛋白变体，整个基因组范围内转录因子的图谱。
RNA-ChIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
由此可见，随着ChIP技术的进一步完善，它必将会在基因表达调控研究中发挥越来越重要的作用。
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