中华鲟阿黑皮素原cDNA序列克隆及其序列分析

中华鲟促甲状腺激素β亚基基因(TSHβ)cDNA序列的克隆及其表达分析李创举;岳华梅;叶欢;杨晓鸽;单喜双【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2015(043)011【摘要】[目的]克隆中华鲟(Aci penser sinesis)促甲状腺激素β亚基(TSHβ)基因,分析其序列特征和进化特征,研究其在中华鲟中的组织表达特征和不同年龄垂体中的差异表达,为中华鲟生长发育调控研究提供基础数据.[方法]采用反转录聚合酶链式反应(RT PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE),克隆中华鲟TSHβ,对其cDNA序列及其推导的氨基酸序列进行序列特征分析和系统发生分析;采用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)方法,对TSHβmRNA在中华鲟肝、心、脾、性腺、肠、垂体、下丘脑、中脑、端脑、小脑和延脑等组织中的表达状况,以及在1,3,5龄中华鲟个体垂体中的表达差异进行研究.[结果]克隆获得TSHβ基因,该cDNA序列全长649 bp,5'和3'端非编码区分别为142和75 bp;开放阅读框432 bp,编码143个氨基酸.TSHβ亚基成熟多肽含有12个半胱氨酸(Cys)和2个N连糖基化位点.氨基酸序列多重比对表明,中华鲟TSHβ与促滤泡激素β亚基和促黄体激素β亚基的一致性分别为36％和35％,但与糖蛋白激素α亚基的一致性约为10％.与其他脊椎动物的TSHβ氨基酸序列进行比对发现,中华鲟TSHβ亚基与两伯利亚鲟一致性最高(98％);与鱼类、两栖类、鸟类和哺乳类的序列一致性分别约为44％,55％,56％和60％;脊椎动物TSHβ的Cys和N连糖基化位点位置高度保守.TSHβ亚基仅在中华鲟垂体中有表达;3龄雄性个体垂体中TSHβ的表达量约为1龄的9倍,3龄和5龄雌性个体垂体中的表达量均约为1龄的5倍左右.[结论]成功获得了中华鲟TSHβ亚基基因,该基因具有与其他动物TS Hβ相似的结构和表达特征;雄性个体表达量高于雌性个体,其在中华鲟个体的生长发育过程中表达量上升.【总页数】9页(P1-8,23)【作者】李创举;岳华梅;叶欢;杨晓鸽;单喜双【作者单位】中国水产科学研究院长江水产研究所农业部淡水多样性保护重点实验室,湖北武汉 430223;中国水产科学研究院长江水产研究所农业部淡水多样性保护重点实验室,湖北武汉 430223;中国水产科学研究院长江水产研究所农业部淡水多样性保护重点实验室,湖北武汉 430223;中国水产科学研究院长江水产研究所农业部淡水多样性保护重点实验室,湖北武汉 430223;中国水产科学研究院长江水产研究所农业部淡水多样性保护重点实验室,湖北武汉 430223【正文语种】中文【中图分类】S965.215【相关文献】1.三角帆蚌钙调蛋白(CaM)基因的cDNA序列克隆与表达分析 [J], 李文娟;李倩;祁晓翔;尚朝;周子睿;施志仪2.中华鲟促性腺激素释放激素受体基因cDNA序列的克隆及表达分析 [J], 王桂苹;杜合军;冷小茜;李创举;曹宏3.卵形鲳鲹耐低温候选基因△6FAD全长cDNA序列的克隆与表达分析 [J], 韩洪波;王忠良;陈刚;汤保贵;张健东;黄建盛;周晖;施纲;潘传豪4.中国大鲵Sox19基因全长cDNA序列的克隆及组织表达分析 [J], 刘静;何青;刘丽丽;李成磊;王勤5.青虾泛素特异性蛋白酶9基因Usp9全长cDNA序列的克隆及表达分析 [J], 袁晖;周巧;张世勇;傅洪拓;孙盛明;乔慧;张文宜因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

鱼类DNA聚合酶δP12亚基cDNA克隆与序列分析
鱼类DNA聚合酶δP12亚基cDNA克隆与序列分析
从斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)白细胞cDNA文库随机挑选克隆,测定表达序列标签(ESTs),利用BLASTX程序与GenBank中的序列进行比较,得到了1个cDNA,其编码蛋白质与人类DNA聚合酶δ(polδ)的P12亚基有47.7%的同源性,推测它为斜带石斑鱼polδ的12 kD小亚基的cDNA,所编码的蛋白质命名为P12.该cDNA全长619 bp,含1个330 bp的开放阅读框,编码109个氨基酸残基的蛋白质.序列对比表明,斜带石斑鱼的氨基酸序列与人、大鼠、小鼠、拟南芥和裂殖酵母的polδ小亚基有同源性,同时与斑马鱼EST CK680540的编码序列有66.6%的同源性.用RT-PCR检测该基因在石斑鱼各组织的表达情况,发现在腮、肝、脾、全血、胃和后肾有表达,而在肠、心脏、脑和头肾未检测到.[中国水产科学,2006,13(3):466-470]
作者：殷志新黄仙德何建国 YIN Zhi-xin HUANG Xian-de HE Jian-guo 作者单位：中山大学,生命科学学院,广东,广州,510275 刊名：中国水产科学ISTIC PKU英文刊名：JOURNAL OF FISHERY SCIENCES OF CHINA 年，卷(期)：2006 13(3) 分类号：Q75 关键词：DNA聚合酶δ(polδ) P12亚基斜带石斑鱼 RT-PCR。

中华按蚊防御素基因cDNA序列和基因组序列的克隆及鉴定张亚晶;陈晓光;郑学礼;王春梅【期刊名称】《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》【年(卷),期】2006(24)1【摘要】目的克隆中华按蚊防御素基因全长cDNA序列及基因组序列,并对其进行鉴定和生物信息学分析。

方法根据已发表的埃及伊蚊和冈比亚按蚊等的防御素基因序列设计引物,提取中华按蚊总RNA并构建其基因组文库,分别进行多轮RT-PCR 和巢式PCR扩增,将所得片段进行克隆、测序,并应用相关生物信息学软件对序列进行鉴定和分析。

结果从中华按蚊基因组文库中扩增出完整的防御素基因组序列(由两个外显子和一个内含子组成)以及5′端和3′端的非编码序列(UTR)片段,总长度为2256bp;从中华按蚊总RNA中扩增出大小为324bp的cDNA片段,经测序证实为中华按蚊防御素基因全长cDNA序列,其开放阅读框共编码107个氨基酸,成熟肽部分具有40个氨基酸残基。

结论首次克隆出中华按蚊防御素基因全长cDNA序列及基因组序列,为进一步的功能研究奠定了基础。

【总页数】6页(P35-40)【关键词】中华按蚊;防御素;cDNA序列;基因组序列;克隆【作者】张亚晶;陈晓光;郑学礼;王春梅【作者单位】南方医科大学公共卫生与热带医学学院病原生物学系【正文语种】中文【中图分类】R384.111【相关文献】1.新型皱纹盘鲍防御素hd-def的cDNA序列分析、基因组克隆及表达研究 [J],洪旭光;孙修勤;郑明刚;昝金东;曲凌云;张进兴2.人血小板生成素基因cDNA和基因组DNA的克隆和序列测定 [J], 宁云山;周宏伟;周明乾;陈泽洪;方向东;富宁;王小宁3.雨生红球藻β-胡萝卜素酮化酶基因的cDNA和基因组DNA克隆及序列分析 [J], 滕长英;张立;秦松;曾呈奎4.安徽三黄鸡β-防御素Gal-6cDNA基因片段的克隆与序列分析 [J], 江龙海;高恒;彭开松;祁克宗5.团头鲂β-防御素1基因cDNA的克隆、序列分析及表达特征 [J], 张涓;陈思思;何玉慧;黄金海;刘小玲;陈孝煊;袁改玲因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究施志仪;程千千;宋佳坤【摘要】采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin 基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基凶cDNA全长1322 bp,其包括的137 bp的5'端非翻译区,57 bp的3'端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128 bp开放阅读框.与其他物种比对,该基因具极高的保守性.同时也利用同源克隆技术获得了两伯利亚鲟Sox2基因的同源保守区,该序列长768 bp,编码256个氨基酸,也具较高的保守性,与其他物种的相似性在70%以上.以β-actin作为内参基因,对Sox2基因在西伯利哑鲟成鱼各组织及胚胎发育各时期进行实时荧光定量PCR检测,发现Sox2基因在不同组织中均有表达.其中,在肝、胰、肾、脑4个组织中表达量差距不大,均处于相对较低的水平,在肌肉组织中表达量最高,达到了肝脏的10.4倍.同时Sox2基因虽在西伯利亚鲟胚胎发育各时期均有表达,但表达也具明显的时间差异性.在受精卵期、囊胚期Sox2基因的相对表达量较低,在原肠期、神经胚期、视泡形成期和心脏形成期Sox2基因相对表达量较高,且在心脏形成期达到最高点.本研究为量化西伯利亚鲟发育分化过程中相关基因提供了坚实的参照工具,增加了后续试验的可信度,同时可为今后深入研究西伯利亚鲟Sox2在侧线神经节分化发育、细胞迁移过程中的作用提供基础参考依据.【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2010(017)006【总页数】10页(P1173-1182)【关键词】西伯利亚鲟;β-actin;cDNA全长克隆;Sox2;内参基因【作者】施志仪;程千千;宋佳坤【作者单位】上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306;上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306;上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306【正文语种】中文【中图分类】Q786%S917西伯利亚鲟(Acipenser baerii)隶属鲟形目(Acipenseriformes)、鲟科(Acipenseridae)、鲟属(Acipense),为软骨硬鳞鱼,分布于西伯利亚河流和湖泊。

中国林蛙皮肤生物活性肽基因的cDNA克隆、序列分析及生物活性的测定两栖类皮肤中含有种类繁多、功能复杂的生物活性物质,用来抵御有害环境因子的侵袭,是极具开发潜力的生物资源宝库。

中国拥有丰富的两栖类资源,在将近300个亚种中,其中三分之二是特有种,在生物活性物质开发方面具有极大的潜力。

但是,由于两栖类皮肤生物活性肽在其组织中含量少,分离获得大量的天然产物又很困难,往往不能满足进一步研究的需要。

利用分子生物学技术筛选活性肽就成为必然选择,丰富了两栖类活性物质资源库,并为进一步研究活性肽表达及分离纯化奠定基础。

本论文以辽宁省抚顺市新宾县地区的中国林蛙作为试验材料,从中国林蛙皮肤中得到一系列活性肽基因的cDNA序列,并利用生物信息学方法初步分析活性肽基因的序列及结构,进而研究各活性肽的生物活性,为两栖动物活性肽的开发和利用奠定理论基础。

首先,根据GenBank中蛙类皮肤生物活性肽信号肽N-端保守序列,设计引物,采用RT-PCR和3′-RACE方法,从中国林蛙皮肤总RNA中克隆出了6条编码不同活性肽前体的cDNA序列,经NCBI数据库中的Blast软件,进行氨基酸序列同源性比较之后,分别命名为:preprotemporin-1CEa、preprotemporin-1CEb、preprotemporin-1CEc、preprobrevinin-1CEa、preprobrevinin-1CEb和preprochensinin-1。

序列分析结果表明,6条编码中国林蛙皮肤生物活性肽前体的cDNA序列全长为289-315bD,编码59-65个氨基酸。

其前体由3部分结构域组成:22个氨基酸残基组成的信号肽、多个酸性氨基酸残基组成的中间序列、高度变异的成熟肽。

preprotemporin-1CEa、preprotemporin-1CEb和preprotemporin-1CEc属于temporin-1家族抗菌肽前体,具有肽链短,C-端酰胺化的特点;preprobrevinin-1CEb和preprobrevinin-1CEa属于brevinin-1家族抗菌肽前体,在肽链的C-端含有RANA盒结构,可在2个半胱氨酸残基间形成二硫键,组成7肽环;preprochensinin-1在已知多种数据库中没有发现序列同源的多肽,被鉴定为新生物活性肽。