酵母双杂交技术研究进展_张迪
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酵母双杂交系统及其应用研究进展作者:崔红军魏玉清来源:《安徽农业科学》2015年第13期摘要酵母双杂交系统作为一种有效研究蛋白质相互作用的分子生物学方法,具有真实、高效、敏感、广泛的特点,被广泛应用于诸如蛋白质组学、基因组学等领域。
主要对酵母双杂交技术的原理、特点及应用现状进行了综述。
关键词酵母双杂交系统;蛋白质相互作用;应用中图分类号 S188 文献标识码 A 文章编号 0517-6611(2015)13-045-03Abstract The yeast two hybrid system, as a kind of effective molecular biology method for studies of protein interactions, is real, effective, sensitive, and popular, which is widely used in proteomics, genomics and other fields. The principle, characteristics and application status of yeast two hybrid technology were reviewed.Key words Yeast two hybrid system; Proteinprotein interaction; Application蛋白质是细胞中的实际功能分子,具有负责细胞生物化学活性的功能,随着生物化学和分子生物学研究技术和手段的不断深入,蛋白质分子间的相互作用作为蛋白质组学研究的主要内容之一已成为近年来的研究热点。
蛋白质互作不但能够提供蛋白质本身功能的信息,而且能够提供蛋白质在代谢调控、信号传导和复合体中起作用的信息[1]。
筛选、分析蛋白质互作的方法有很多种,主要包括生物化学法,如共纯化、亲和纯化和免疫共沉淀,质谱技术,离子体共振技术,生物物理技术,噬菌体展示技术和酵母双杂交技术等[2]。
㊀基金项目:国家自然科学基金面上项目(31370207)㊀作者简介:王磊㊀男ꎬ硕士ꎬ副主任技师ꎮ主要从事医学检验工作ꎮE ̄mail:s_wanglei@163.com㊀∗通讯作者ꎮ男ꎬ博士ꎬ教授ꎬ硕士生导师ꎮ主要从事病原体的致病性和致病机制研究ꎮE ̄mail:zengyihua21cn@126.com㊀收稿日期:2018 ̄10 ̄04利用酵母双杂交技术筛选与生殖支原体黏附蛋白(MgPa)相互作用的宿主蛋白王㊀磊1ꎬ2ꎬ李冉辉1ꎬ邓湘赢1ꎬ戴㊀佩1ꎬ李玲玲1ꎬ罗㊀丹1ꎬ曾焱华1∗(1.南华大学病原生物学研究所特殊病原体防控湖南省重点实验室湖南省分子靶标新药研究协同创新中心ꎬ湖南衡阳㊀421001ꎻ2.邵阳市中心医院ꎬ湖南邵阳㊀422000)摘㊀要㊀从利用基于分离的泛素介导膜蛋白酵母双杂交系统构建的人尿道上皮细胞cDNA文库中筛选生殖支原体(Mg)黏附蛋白(MgPa)的互作蛋白ꎮ以pET30a ̄MgPa为模板ꎬ经PCR扩增MgPa基因ꎬ将其分别连接到pBT3STE和pBT3SUC载体以构建诱饵质粒pBT3STE ̄MgPa和pBT3SUC ̄MgPaꎻ将诱饵质粒分别转化到酵母菌株NMY32内ꎬ检测其毒性和自激活活性ꎻ将人尿道上皮细胞cDNA文库质粒pPR3 ̄N ̄207 ̄Zeng转入到含pBT3SUC ̄MgPa诱饵质粒的酵母菌株中ꎬ筛选阳性克隆ꎮ检测阳性克隆LacZ报告基因的活性ꎮ提取阳性克隆质粒进行DNA测序与BLAST分析ꎮ结果显示ꎬ成功构建的诱饵质粒pBT3STE ̄MgPa和pBT3SUC ̄MgPa两者都没有自激活功能ꎬ且pBT3SUC ̄MgPa的活性强于pBT3STE ̄MgPaꎮ用pBT3SUC ̄MgPa转化NMY32酵母作为受体酵母细胞ꎮ经DNA测序与BLAST分析结果表明筛选到的28个阳性克隆归属于23个不同的蛋白ꎮ从利用分离的泛素介导膜蛋白酵母双杂交系统构建的人尿道上皮细胞cDNA文库中筛选到23个与MgPa相互作用的蛋白ꎬ为阐明MgPa的功能及Mg可能的致病机制提供参考ꎮ关键词㊀生殖支原体ꎻ黏附蛋白ꎻ酵母双杂交ꎻcDNA文库中图分类号㊀Q93-3ꎻR375+3㊀㊀文献标识码㊀A㊀㊀文章编号㊀1005-7021(2019)02-0038-06doi:10.3969/j.issn.1005-7021.2019.02.006ScreeningofHostProteinsInteractingwithMycoplasmagenitaliumAdhesionProteinofUsingYeastDouble ̄HybridSystemWANGLei1ꎬ2ꎬLIRan ̄hui1ꎬDENGXiang ̄ying1ꎬDAIPei1ꎬLILing ̄ling1ꎬLUODan1ꎬZENGYan ̄hua1(1.Inst.ofPathog.BiologyꎬUni.ofS.ChinaꎬHunanProv.KeyLab.forSpecialPathog.Prevent.&Ctrl.ꎬHunanProv.Cooperat.InnovatᶄnCtr.ofMol.TargetNewDrugStudyꎬHengyang421001ꎻ2.ShaoyangCityCentralHosp.ꎬShaoyang422000)Abstract㊀ProteinsinteractionwithMycoplasmagenitaliumadhesionprotein(MgPa)wasscreenedusingthecon ̄structionofhumanuroepithelialcellcDNAlibrarybasedontheisolatedubiquitin ̄mediatedmembraneprotienyeastdouble ̄hybridsystem.TheMgPagenewasamplifiedwithPCRusingpET30a ̄MgPaastemplateandrespectivelyliga ̄tedwithpBT3STEandpBT3SUCvectorstoconstructthebaitplasmidspBT3STE ̄MgPaandpBT3SUC ̄MgPaꎻthentransformedintoyeaststrainNMY32respectivelyꎬtheirtoxicityandself ̄activationactivityweredetected.ThehumanuroepithelialcellcDNAlibraryplasmidpPR3 ̄N ̄207 ̄ZengwastransformedintotheyeaststrainscontainingpBT3SUC ̄MgPabaitplasmidandthepositivecloneswerescreened.TheactivityoftheLacZreportergenewasdetectedforthepositiveclones.TheplasmidsofpositivecloneswereextractedandsequencedforDNAandanalyzedbyBLAST.TheresultsshowedthatbaitplasmidspBT3STE ̄MgPaandpBT3SUC ̄MgPaweresuccessfullyconstructedꎬbothhadnoself ̄activationactivitiesꎬandpBT3SUC ̄MgPahadstrongeractivitythanpBT3STE ̄MgPa.ThepBT3SUC ̄MgPawastransformedintoNMY32yeastandusedasreceptorofyeastcell.Atotalof28positivecloneswerescreenedandtheresultsofDNAsequencingandBLASTanalysisshowedthattheseclonesbelongedto23differentproteins.Itwascon ̄cludedthat23kindsofproteinsinteractingwithMgPawerescreenedusingtheconstructionofhumanuroepithelialcellcDNAlibrarybasedontheisolatedubiquitin ̄mediatedmembraneprotienyeastdouble ̄hybridsystemꎬandthuslaida83微生物学杂志㊀2019年4月第39卷第2期㊀JOURNALOFMICROBIOLOGYApr.2019Vol.39No.2certainexperimentalfoundationtoenunciatethefunctionofMgPaaswellasthepossiblepathogenicmechanismofM.genitalium.Keywords㊀Mycoplasmagenitaliumꎻadhesionproteinꎻyeasttwo ̄hybridsystemꎻcDNAlibrary㊀㊀生殖支原体(MycoplasmagenitaliumꎬMg)是一种基因组最小且能在无生命培养基中生长繁殖ꎬ同时与尿道炎㊁盆腔炎㊁不孕不育和宫颈炎等多种疾病密切相关的原核细胞型微生物[1 ̄5]ꎮ由于Mg生长缓慢ꎬ分离培养难度大ꎬ导致其致病机制尚未完全阐明ꎬ因此ꎬ开展Mg的致病机制研究对预防和控制Mg感染具有重要意义ꎮMg没有细胞壁ꎬ但具有特殊的㊁呈烧瓶状的尖端结构ꎮMg主要通过其尖端结构黏附或侵入宿主细胞ꎬ从而引起宿主的感染[2]ꎮ研究表明ꎬ位于尖端结构的生殖支原体黏附蛋白(MgPa)的羧基端在Mg的黏附与感染中起关键作用[6 ̄7]ꎮ然而ꎬ迄今为止尚不清楚MgPa通过和宿主细胞膜上哪些蛋白发生相互作用ꎬ从而导致其黏附或侵入细胞引起宿主感染ꎮ本课题组在前期研究中ꎬ以重组MgPa为靶分子ꎬ从人尿道上皮细胞T7噬菌体展示cDNA文库中筛选到MgPa互作蛋白 RPL35[8]ꎻ本研究拟构建MgPa的酵母诱饵载体ꎬ从人尿道上皮细胞(SV ̄HUC ̄1)酵母双杂交cDNA文库筛选能与Mg ̄Pa发生相互作用的宿主蛋白ꎬ为进一步研究MgPa的功能及其在Mg致病中的作用机制提供参考ꎮ1㊀材料与方法1.1㊀材料1.1.1㊀质粒与质粒提取试剂盒㊀重组质粒pET ̄30a(+) ̄MgPa由课题组前期制备并保存[9]ꎻ人尿道上皮细胞(SV ̄HUC ̄1)酵母双杂交cDNA文库质粒pPR3 ̄N ̄207 ̄Zeng委托上海海科生物技术有限公司制备ꎻ膜蛋白酵母双杂交系统(DUALmem ̄branestarterkit)和诱饵载体pBT3STE和pBT3SUC为瑞士DualsystemsBiotechAG公司产品ꎮDNA回收试剂盒和大肠埃希菌质粒提取试剂盒为Omega公司产品ꎻ酵母质粒提取试剂盒购自索莱宝公司ꎮ1.1.2㊀培养基(%ꎬ质量分数)㊀大肠埃希菌培养基(LB):酵母提取液0 5ꎬ蛋白胨1ꎬNaCl1ꎬpH调至7 0ꎻ酵母完全培养基(YPDA):酵母提取液1ꎬ胰蛋白胨2ꎬ葡萄糖2ꎬ腺嘌呤0 02%ꎻ酵母缺陷筛选培养基参照DUALsystem公司的DUALmem ̄branestarterkits说明书配制ꎮ1.1.3㊀酶㊀高保真DNA聚合酶购自北京全式金生物技术有限公司ꎻ限制性内切酶sfiI购自Fer ̄mentas公司ꎻDNA连接酶DNALigationKit购自TOYOBO公司ꎮ1.2㊀方法1.2.1㊀诱饵载体构建㊀以pET ̄30a(+) ̄MgPa为模板ꎬ利用合成好的引物(MgPa ̄F:5ᶄ ̄AAGGC ̄CATTACGGCCCCTAAATCACTGTGGGATCC ̄3ᶄꎬMgPa ̄R:5ᶄ ̄CCGGCCGAGGCGGCCCCCACTAC ̄TATAGGAACAGTTACAATCAAAGG ̄3')扩增目的片段并回收ꎮ将回收到的片段和诱饵载体质粒pBT3STE和pBT3SUC使用SfiI进行酶切(37ħ㊁5h)并回收ꎮ将回收后的目的片段分别与pBT3STE和pBT3SUC载体连接ꎬ将连接产物转化已制备好的大肠埃希菌感受态ꎮ随机挑取4个大肠埃希菌转化子ꎬ接种于含卡那霉素的液体LB培养基ꎬ37ħ㊁250r/min振荡培养16h后进行PCR扩增(F引物:5ᶄ ̄TGGCATGCATGTGCTCTG ̄3ᶄꎬR引物:5ᶄ ̄GTAAGGTGGACTCCTTCT ̄3ᶄ)ꎬ以对诱饵质粒进行鉴定ꎬ各选取1个阳性克隆进行质粒抽提ꎬ然后测序并对测序结果进行BLAST比对ꎮ1.2.2㊀酵母转化㊀从YPDA平板挑取NMY32单菌落接种于4mLYPDA液体培养基中ꎬ30ħꎬ225r/min振荡培养18~20h至OD600>1.5ꎻ转接于50mLYPDA液体培养基ꎬ使初始OD600约为0.2ꎬ振荡培养4~5hꎬ至OD600=0.6ꎻ离心收菌(4000r/minꎬ5min)ꎻ依次用20mL无菌水㊁5mL0.1mol/LLiAc㊁500μL0.1mol/LLiAc重悬菌体ꎬ混匀后分装至1.5mL离心管ꎬ每管50μLꎻ再依次加入50%PEG ̄3350240μL㊁1mol/LLiAc36μL㊁ssDNA(20mg/mL)5μL㊁质粒DNA5μLꎬ剧烈振荡1min左右ꎬ至完全混匀ꎮ30ħ水浴孵育30minꎬ42ħ水浴孵育25minꎬ30ħ水浴孵育30minꎬ离心收菌ꎮ用300μL无菌水悬浮菌体ꎬ温和混匀ꎬ涂布在相应的缺陷型筛选平板上ꎬ30ħ恒温培养4dꎮ1.2.3㊀文库筛选与转化㊀从SD ̄L平板上挑取单克隆菌落接种于SD ̄L培养基50mLꎬ振荡培养18h后转接于500mLYPDA液体培养基中ꎬ使初始OD600约为0.2ꎬ振荡培养4~5h至OD600=0.6ꎻ离心收菌(4000r/minꎬ5min)后依次用30mL无菌水㊁20mL0.1mol/LLiAc㊁10mL0.1mol/LLiAc重悬菌体ꎬ混匀后离心收菌(4000r/minꎬ5min)ꎬ弃上清ꎻ向离心管中依次加入50%PEG ̄33509.6mL㊁1mol/LLiAc1.44mL㊁ssDNA(10mg/mL)932期㊀㊀㊀㊀㊀王磊等:利用酵母双杂交技术筛选与生殖支原体黏附蛋白(MgPa)相互作用的宿主蛋白㊀㊀400μL㊁文库质粒DNA25μgꎬ剧烈振荡1min左右ꎬ至完全混匀ꎻ30ħ水浴孵育30minꎻ42ħ水浴热激25minꎻ30ħ水浴复苏1hꎻ离心收菌(4000r/minꎬ5min)ꎻ用8mL无菌水重悬菌体ꎬ尽量温和地混匀ꎬ从中取20μL培养物梯度稀释后涂效率平板SD ̄TL3块ꎮ其余涂SD ̄TLH+5mmol/L3AT平板ꎬ每块200μLꎬ共40块ꎻ30ħ恒温培养3~4dꎬ记录转化效率ꎻ并根据转化子数量计算筛库效率ꎮ培养到第3天时ꎬ用无菌绒布对筛库平板进行影印清除ꎬ以消除受体菌背景生长的干扰ꎮ1.2.4㊀His和Ade报告基因检测㊀从筛库平板中共挑取38个初始阳性克隆转化子转接到SD ̄TL缺陷型平板中继续培养2~3dꎬ将长出的38个初始阳性克隆转化子分别用无菌水稀释后点种至SD ̄TL和SD ̄TLHA+60mmol/L3AT缺陷平板ꎬ30ħ恒温培养3~4dꎬ以检测His和Ade报告基因ꎮ1.2.5㊀阳性克隆激活LacZ报告基因的检测㊀将38个初始阳性克隆分别接种于SD ̄TL培养液振荡培养过夜ꎬ离心收菌后弃上清ꎬ在每个反应中加入100μL裂解液混合物以重悬菌体ꎬ将其转移至ELISA板ꎬ37ħ孵育90min后测定每个孔对应的OD615和OD546值ꎬ分别计算相应的β ̄galactosi ̄daseactivity=OD615/OD546ꎮ1.2.6㊀酵母阳性克隆DNA提取和测序比对㊀将通过3种报告基因检测的阳性克隆菌株分别抽提酵母质粒ꎬ然后转化大肠埃希菌Top10新鲜感受态并扩增ꎮ将含有阳性克隆的Top10转化子转接含有氨苄青霉素(50μg/mL)的LB液体培养基ꎬ培养并扩增后抽提质粒ꎬ对质粒进行DNA测序和BLAST比对ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀PCR扩增得到MgPa片段以MgPa ̄F和MgPa ̄R为引物ꎬpET ̄30a(+) ̄MgPa为模板进行PCR扩增ꎬ如图1所示ꎬ在约870bp处有一明显条带ꎬ说明成功扩增出长度为870bp的目的片段ꎮ2.2㊀诱饵质粒pBT3STE ̄MgPa和pBT3SUC ̄MgPa的鉴定将构建好的pBT3STE和pBT3SUC分别转化大肠埃希菌ꎬ随机挑取大肠埃希菌转化子4个ꎬ用质粒引物进行PCR扩增ꎬ结果表明成功扩增出长度约1200bp的条带(图2)ꎬPCR产物经测序后与预期一致ꎮ2.3㊀MgPa重组质粒自激活及其功能检测自激活检测显示pBT3STE ̄MgPa和pBT3SUC ̄MgPa都有功能ꎬ且都不存在自激活现象ꎬ而pBT3SUC ̄MgPa的功能更强一些(图3)ꎬ因此ꎬ选用pBT3SUC ̄MgPa进行下一步的文库筛选ꎮ图1㊀生殖支原体黏附蛋白(MgPa)PCR产物的琼脂糖凝胶电泳分析Fig.1㊀ElectrophoreticanalysisofPCRproductofMgPa1:PCR扩增产物ꎻM:DNAMarker1:PCRProductꎻM:DNAMarker图2㊀诱饵质粒菌落PCR产物的琼脂糖凝胶电泳分析Fig.2㊀ElectrophoreticanalysisofcolonialPCRofbatiplasmidM:DNAMarkerꎻ1~4:pBT3SUC ̄MGPA转化子PCR产物ꎻ6~8:pBT3STE ̄MGPA转化子PCR产物M:DNAMarkerꎻ1 ̄4:pBT3SUC ̄MGPAPCRproductionꎻ6 ̄8:pBT3STE ̄MGPAPCRproduction图3㊀MgPa重组质粒自激活检测Fig.3㊀Self ̄activationdetectionofMgPa1:阳性对照ꎻ2:阴性对照ꎻ3:pBT3SUC ̄MgPa的自激活检测ꎻ4:pBT3STE ̄MgPa的自激活检测ꎻ5:pBT3SUC ̄MgPa的功能检测ꎻ6:pBT3STE ̄MgPa的功能检测1:Positivecontrolꎻ2:Negativecontrolꎻ3:Self ̄activationdetectionofpBT3SU ̄MgPa:4:Self ̄activationdetectionofpBT3STE ̄MgPaꎻ5:FunctiondetectionofpBT3SUC ̄MgPaꎻ6:FunctiondetectionofpBT3STE ̄MgPa2.4㊀文库筛选用含有pBT3SUC ̄MgPa的NMY32酵母转化子制备感受态ꎬ将文库质粒pPR3 ̄N ̄207ZengDNA04㊀㊀㊀㊀㊀微㊀生㊀物㊀学㊀杂㊀志㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀39卷转入其中ꎬ接种SD ̄Trp ̄Leu ̄His+5mmol/L3AT平板ꎮ计算筛库效率ꎬ结果共获得2.8ˑ106个转化子ꎬ转化效率为1.1ˑ105/μg(图4)ꎮ图4㊀MgPa文库筛选效率Fig.4㊀ScreeningefficiencyofMgPalibrary2.5㊀His和Ade报告基因检测如图5所示ꎬ从文库筛选得到的38个阳性克隆中ꎬ编号为11㊁13㊁14㊁15㊁23和26的6个克隆未能通过ADE2和HIS3报告基因检测ꎬ其余32个克隆均通过ADE2和HIS3报告基因检测ꎮ2.6㊀LacZ报告基因检测将β ̄galactosidase活性值与阴性对照进行比较ꎬ如其β ̄半乳糖甘酶活性值大于阴性对照值ꎬ则判定为通过了LacZ报告基因的检测ꎮ结果表明有6个克隆(编号分别为2㊁5㊁7㊁8㊁11㊁23号)未能通过LacZ报告基因检测ꎬ其余32个克隆均通过检测(图6)ꎮ因此ꎬ本研究筛选到的与MgPa相互作用的阳性克隆共有28个ꎮ图5㊀阳性克隆ADE2和HIS3报告基因的检测Fig.5㊀ReportgenedetectionofpositivecolonyADE2andHIS31~38:克隆编号ꎻ+:阳性对照ꎻ-:阴性对照1 ̄38:clonenumberꎻ+:positivecontrolꎻ-:negativecontrol图6㊀MgPa阳性克隆β ̄半乳糖苷酶活性检测Fig.6㊀Activitydetectionofβ ̄GalactosidaseforMgPapositivecolony1~38:克隆编号ꎻ39:阳性对照ꎻ40:阴性对照1 ̄38:clonenumberꎻ39:positivecontrolꎻ40:negativecontrol2.7㊀酵母阳性克隆DNA提取和测序比对将28个阳性克隆进行DNA测序ꎬ并在Gen ̄Bank数据库中进行BLAST比对分析ꎮ其中3个克隆在NCBI数据库中未查到同源序列ꎬ25个克隆分别归属于23种不同的蛋白编码基因(表1)ꎮ㊀㊀142期㊀㊀㊀㊀㊀王磊等:利用酵母双杂交技术筛选与生殖支原体黏附蛋白(MgPa)相互作用的宿主蛋白㊀㊀表1㊀可能与生殖支原体黏附蛋白发生相互作用的蛋白Table1㊀ProteinsinteractingwiththeadhesionproteinofM.genitalium克隆号基因代码基因名称1XM_016959857.1PREDICTED:Pantroglodytestribblespseudokinase1(TRIB1)ꎬtranscriptvariantX3ꎬmRNA3AL590455.20HumanDNAsequencefromcloneRP11 ̄278J17onchromosome1ꎬcompletesequence4NM_005669.4Homosapiensreceptoraccessoryprotein5(REEP5)ꎬmRNA6BT058361.1SalmosalarcloneContig440560SribosomalproteinL37aputativemRNAꎬcompletecds9AF059617.1Homosapiensserum ̄induciblekinasemRNAꎬcompletecds12NM_001010924.1Homosapiensfamilywithsequencesimilarity171memberA1(FAM171A1)ꎬmRNA16XM_017526439.1PREDICTED:CebuscapucinusimitatorH3histoneꎬfamily3A(H3F3A)ꎬmRNA17XM_017021092.1PREDICTED:HomosapiensFK506bindingprotein3(FKBP3)ꎬtranscriptvariantX1ꎬmRNA18NG_015845.1HomosapienspolymeraseIandtranscriptreleasefactor(PTRF)ꎬRefSeqGeneonchromosome1719NM_001101.3Homosapiensactinbeta(ACTB)ꎬmRNA20AL110239.1HomosapiensmRNAꎻcDNADKFZp566E144(fromcloneDKFZp566E144)21NM_005952.3Homosapiensmetallothionein1X(MT1X)ꎬmRNA22NM_001866.2Homosapienscytochromecoxidasesubunit7B(COX7B)ꎬmRNA24AK074960.1HomosapienscDNAFLJ90479fisꎬcloneNT2RP3002836ꎬhighlysimilartoPlexinA227XM_009446409.2PREDICTED:PantroglodytesGATAbindingprotein2(GATA2)ꎬtranscriptvariantX3ꎬmRNA28NM_014736.5HomosapiensKIAA0101(KIAA0101)ꎬtranscriptvariant1ꎬmRNA29㊁30㊁34BC034349.1Homosapienstumornecrosisfactorreceptorsuperfamilyꎬmember6bꎬdecoyꎬmRNA(cDNAcloneMGC:21079IMAGE:4752507)31BC000141.1Homosapiensv ̄mycmyelocytomatosisviraloncogenehomolog(avian)ꎬmRNA(cDNAcloneMGC:5183IM ̄AGE:2985844)ꎬcompletecds32XM_009425375.2PREDICTED:PantroglodytesDAZassociatedprotein2(DAZAP2)ꎬtranscriptvariantX3ꎬmRNA33NM_001163286.1HomosapiensEWSRNAbindingprotein1(EWSR1)ꎬtranscriptvariant4ꎬmRNA36NM_198541.1HomosapiensIGFlikefamilymember1(IGFL1)ꎬmRNA37KX702233.1HomosapienshaplogroupH1a1mitochondrionꎬcompletegenome38NM_014041.3Homosapienssignalpeptidasecomplexsubunit1(SPCS1)ꎬmRNA3㊀讨㊀论Mg于1981年首次从非淋菌性尿道炎患者中分离出来[2]ꎮ研究表明Mg与盆腔炎㊁宫颈炎和非淋菌性尿道炎等疾病相关ꎬ同时也是一种艾滋病相关支原体[5ꎬ10]ꎮMg没有细胞壁ꎬ其细胞膜中含有较多的膜蛋白ꎬ其中含量最高的黏附蛋白(MgPa)与Mg黏附或感染宿主细胞密切相关[5]ꎮDUALmembrane系统是一种基于分离泛素介导的膜蛋白酵母双杂交系统ꎬ能够直接在酵母内原位检测蛋白 ̄蛋白之间的相互作用ꎬ不需要核定位信号ꎬ且泛素蛋白对相互作用蛋白的影响很小[11]ꎮ因此ꎬ该系统可以用来检测胞质蛋白与膜蛋白或者两个膜蛋白之间的相互作用ꎮ本研究首先构建了能表达MgPa的诱饵质粒ꎬ该重组质粒能正确表达并且不能自主激活报告基因ꎬ用于筛选MgPa互作蛋白的诱饵ꎮ然后将基于膜蛋白酵母双杂交的人尿道上皮细胞cDNA文库与此诱饵载体共同转化入宿主菌ꎬ再对阳性克隆进行筛选ꎬ结果共筛选到28个阳性克隆ꎬDNA测序与BLAST比对分析的结果表明其归属于23种不同的蛋白ꎬ这些蛋白可能为与MgPa发生相互作用的蛋白ꎮ筛选到的23个蛋白中ꎬ包含肿瘤坏死因子受体超家族成员6B㊁金属硫蛋白和细胞色素氧化酶等ꎮ肿瘤坏死因子受体超家族成员与其膜受体的相互作用与机体免疫系统的功能高度相关ꎬ并可能与某些获得性免疫缺陷病的病因学相关[12]ꎮ肿瘤坏死因子受体超家族成员6Bꎬ即诱捕受体3(DcR3)位于细胞膜ꎬ故推测Mg可能通过识别肿瘤坏死因子受体超家族成员6Bꎬ破坏细胞信号的正常传递ꎬ从而加速艾滋病的进展ꎮ此外ꎬDcR3水平在胃癌㊁肝癌㊁胆囊癌㊁细菌感染㊁肾衰竭等多种疾病中均升高[13 ̄14]ꎮ金属硫蛋白(MT)是一类分子量低㊁半胱氨酸含量丰富的蛋白质ꎬ与体内多种金属的转运相关ꎮ近年的研究表明ꎬ金属硫蛋白与肿瘤㊁中枢系统疾病㊁遗传性金属代谢病等多24㊀㊀㊀㊀㊀微㊀生㊀物㊀学㊀杂㊀志㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀39卷种疾病相关ꎬ且MT的过度表达与肿瘤的类型和分级相关[15 ̄16]ꎮ本研究的结果表明ꎬMg感染宿主后通过MgPa与金属硫蛋白发生互作ꎬ可能会导致宿主细胞抗氧化系统的失调ꎮ细胞色素氧化酶(cytochromecoxidaseꎬCCO)是线粒体电子传递链末端的酶ꎬ在生物体代谢过程中极其重要ꎮ研究证实HIV ̄Tat蛋白能够通过破坏线粒体来抑制细胞色素氧化酶的活性[17]ꎮ我们发现MgPa可能与CCO发生相互作用ꎬ表明MgPa有可能破坏宿主的能量系统从而导致宿主细胞受损ꎮ本研究筛选到的第6个克隆为60S核糖体蛋白ꎬ与我们前期从人尿道上皮细胞T7噬菌体展示cDNA文库中筛选到的MgPa互作蛋白RPL35一致[8]ꎻ另外ꎬ本研究筛选到的金属硫蛋白㊁细胞色素C氧化酶和H3组蛋白等与邓湘赢[18]经改进的病毒铺覆蛋白印记技术和质谱分析等方法从人尿道上皮细胞膜蛋白中鉴定到的能与MgPa互作的蛋白一致ꎮ因此ꎬ这进一步说明本研究利用膜蛋白酵母双杂交技术筛选到的这些蛋白可能为MgPa的互作蛋白ꎮ由于酵母双杂交试验的结果有可能存在假阳性ꎬ在下一步研究中将使用GST ̄pull ̄down和荧光能量共振转移等技术对这些蛋白进行进一步验证ꎬ并研究这些蛋白的定位及其能否抑制Mg感染人尿道上皮细胞进行进一步研究ꎬ以对其是否为Mg的受体进行确证ꎮ总之ꎬ本研究利用膜蛋白酵母双杂交系统从人尿道上皮细胞cDNA文库中筛选到能与MgPa发生相互作用的蛋白ꎬ为了解MgPa的生物学功能及Mg与宿主细胞相互作用的机制提供参考ꎮ参考文献:[1]㊀张岱ꎬ刘朝晖.生殖道支原体感染诊治专家共识[J].中国性科学ꎬ2016ꎬ25(3):80 ̄82.[2]㊀TullyJGꎬTaylor ̄RobinsonDꎬColeRMꎬetal.ANewlyDis ̄coveredMycoplasmainTheHumanUrogenitalTract[J].Lan ̄cetꎬ1981ꎬ1(8233):1288 ̄1291.[3]㊀HamasunaR.Mycoplasmagenitaliuminmaleurethritis:Diag ̄nosisandtreatmentinJapan[J].IntJUrolꎬ2013ꎬ20(7):676 ̄684.[4]㊀LisRꎬRowhani ̄RahbarAꎬManhartLE.Mycoplasmagenitali ̄uminfectionandfemalereproductivetractdisease:ameta ̄a ̄nalysis[J].ClinInfectDisꎬ2015ꎬ61(3):418 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2021年第6期(总第287期) 文献综述57酵母双杂交技术研究进展刘国涛1,张树宇2,魏 凯2*(1.山东省滨州市畜牧兽医管理服务中心,山东 滨州 256600;2.山东农业大学动物科技学院,山东 泰安)中图分类号:S816.76 文献标识码:A 文章编号:1007-1733(2021)06-0057-03 酵母双杂交系统是研究活细胞内蛋白质与蛋白质之间相互作用的一种强大且常用的分子生物学技术。
该技术不仅能够检测细胞内稳定的蛋白互作,而且可以检测微弱的或者瞬时的蛋白相互作用。
实验方法具有成本低,易操作,设计简单等一系列优点,在生物学实验中的应用十分广泛。
酵母双杂交技术在众多生物学相关领域应用广泛且前景广阔。
本文对酵母双杂交技术的基本原理、应用、发展前景等方面进行综述。
蛋白质在生命活动的的许多过程发挥着不可或缺的作用,如细胞间的信号转导,胞内物质的代谢及细菌病毒对细胞的入侵等。
研究蛋白质相互作用对于人们深入了解预防传染病,靶向治疗多基因疾病有重要意义。
酵母双杂交技术设计简单及其对微弱或短暂蛋白互作的检测能力使其在互作蛋白筛选过程中得到广泛应用。
1 酵母双杂交技术的基本原理1986年Keegan 等[1]发现了酵母细胞中的Gal4结构可结合特定的DNA 序列(上游激活域,UAS ),从而在半乳糖存在的情况下激活转录。
1989年,Fields 和Song 通过描述一种基因系统来检测酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae )中直接的蛋白质-蛋白质相互作用,彻底改变了蛋白质相互作用分析[2]。
Gal4有两个不同功能域即:N 端DNA 结合域(DNA-BD )和C 端(转录)激活域(AD ),两个单独的域均独立于另一个而维持其功能。
在诱饵蛋白上加上BD 结构域,在猎物蛋白上加上AD 结构域,当诱饵和猎物结合时,BD 和AD 结构域在空间上相互接近,发挥转录因子的作用。
DNA-BD 结构域识别并结合GAL 上的UAS (上游激活序列),AD 结构域激活基因转录,从而使酵母特定基因如LzcZ 、HIS3、MEL1、ABAr 的表达,使酵母菌能够在特定的营养缺陷培养基上生长,同时水解培养基上的X-α-Gal [2],使无色透明的X-α-Gal 分解从而使菌落产生蓝斑,降低了假阳性率;也可通过AbA 抗生素筛选报告基因的表达而在抗生素培养基上生长,提高了准确性。
酵母双杂实验原理及技术蛋白的酵母双杂交实验——以钓饵蛋白筛选cDNA 文库研究蛋白相互作用第一部分系统简介1. 实验原理蛋白的酵母双杂交实验是以酵母的遗传分析为基础,研究反式作用因子之间的相互作用对真核基因转录调控影响的实验。
很早就已知道,转录活化蛋白可以和DNA 上特异的序列结合而启动相应基因的转录反应。
这种DNA 结合与转录激活的功能是由转录活化蛋白上两个相互独立的结构域即DNA 结合结构域(Binding Domain, BD)和转录活化结构域(Activation Domain, AD)分别来完成的,并且这两个结构域对于基因的转录活化都是必须的。
目前酵母双杂交实验采用的系统有LexA 系统和Gal4系统两种。
在LexA 系统中,DNA 结合结构域由一个完整的原核蛋白LexA 构成,转录活化结构域则由一个88个氨基酸的酸性的大肠杆菌多肽B42构成,它在酵母中可以活化基因的转录; 在Gal4系统中,BD 和AD 分别由Gal4蛋白上不同的两个结构域(1-147aa 与768-881aa)构成。
在利用GAL4系统筛选cDNA 文库或研究蛋白间的相互作用时,DNA 结合结构域与靶蛋白即“诱饵”相结合,转录活化结构域与文库蛋白或要验证的蛋白相结合。
一般情况下,单独的BD 可以与GAL4上游活化序列(GAL UAS )结合但不能引起转录,单独的AD 则不能与GAL UAS 结合,只有当BD 与AD 分别表达的融合蛋白由于相互作用而导致两者在空间上相互靠近时,BD 与AD 才能与GAL UAS 结合并且引起报道基因的转录。
在BD 与AD 要导入的酵母菌AH109中,通过基因工程的方法在GAL4 UASs 和启动子的下游构建了3个报道基因——ADE2,HIS3,MEL1(或LacZ ),因此可以通过营养缺陷筛选和酵母菌表型的改变来筛选或验证两个蛋白之间是否存在相互作用。
GAL4系统的原理如图所示:图一:酵母双杂交系统工作原理Kan r Amp r pGBKT7-bait pACT2-cDNA2.系统特点同以往研究蛋白质—蛋白质之间相互作用的实验手段相比,双杂交系统具有其独特优势。
〔综 译〕酵母双杂交系统的研究进展与应用马洪波 杜 坚 珠海出入境检验检疫局(珠海 519020) 酵母双杂交系统作为发现和研究在活细胞体内的蛋白质与蛋白质之间的相互作用的技术平台,在近几年来得到了广泛运用。
酵母双杂交系统是在真核模式生物酵母中进行的,研究活细胞内蛋白质相互作用,对蛋白质之间微弱的、瞬间的作用也能够通过报告基因的表达产物敏感地检测得到,它是一种具有很高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术。
大量的研究文献表明,酵母双杂交系统既可以用来研究哺乳动物基因组编码的蛋白质之间的相互作用,也可以用来研究高等植物基因组编码的蛋白质之间的相互作用。
因此,它在许多的研究领域中有着广泛的应用。
本文就酵母双杂交的技术平台和应用加以介绍。
1 酵母双杂交系统基本原理 酵母双杂交系统首先是由Fields和S ong等1在研究真核基因转录调控中建立的。
酵母双杂交系统最初是在人们对酵母转录因子G A L4的认识基础上的。
天然G A L4分子由1条多肽链组成,含有881个氨基酸,1个完整的酵母转录因子G A L4可分为结构上可以分开的、功能上相互独立的2个结构域:位于N端1~174位氨基酸区段的DNA结合域(DNA binding domain,DNA-BD)和位于C端768~881位氨基酸区段的转录激活域(Activation domain,DAN-AD)。
DNA-BD能够识别位于G A L4效应基因(G A L4-responsive gene)的上游激活序列(Upstream activating Sequence,UAS),并与之结合。
而AD则是通过同转录机(transcription machinery)中的其它成分之间的结合作用,以启动UAS下游的基因进行转录2。
DNA-BD和AD单独分别作用并不能激活转录反应,但是当二者在上游较为接近时,则呈现完整的G A L4转录因子活性并可激活UAS下游启动子,使启动子下游基因得到转录(图1)。
酵母双杂交实验报告一、实验目的酵母双杂交技术是一种用于研究蛋白质之间相互作用的分子生物学方法。
本次实验的目的是通过构建酵母双杂交载体,转化酵母细胞,筛选出与目标蛋白相互作用的蛋白质,从而深入了解蛋白质在细胞内的功能和调控机制。
二、实验原理酵母双杂交系统基于真核转录调控因子的结构和功能特点。
转录调控因子通常由两个结构域组成:DNA 结合结构域(BD)和转录激活结构域(AD)。
这两个结构域单独存在时不能激活转录,但当它们在空间上足够靠近时,则能够协同作用,激活报告基因的表达。
在酵母双杂交系统中,将编码目标蛋白(“诱饵”蛋白)的基因与BD 构建融合表达载体,将待检测的蛋白(“猎物”蛋白)的基因与 AD 构建融合表达载体。
如果“猎物”蛋白与“诱饵”蛋白相互作用,那么 BD 和 AD 就能够在空间上靠近,从而激活报告基因的表达。
通过检测报告基因的表达情况,就可以判断“猎物”蛋白与“诱饵”蛋白是否存在相互作用。
三、实验材料与试剂1、菌株与载体酵母菌株:AH109载体:pGBKT7(含 BD 序列)、pGADT7(含 AD 序列)2、工具酶与试剂盒限制性内切酶:EcoRI、BamHI 等T4 DNA 连接酶质粒提取试剂盒PCR 试剂盒3、培养基YPD 培养基SD 缺失培养基(Leu、Trp、His、Ade 等)4、试剂氨苄青霉素卡那霉素XαGal3-AT(3-氨基-1,2,4-三唑)5、实验仪器恒温培养箱离心机PCR 仪电泳仪凝胶成像系统四、实验步骤1、目的基因的扩增通过 PCR 技术从 cDNA 文库或基因组 DNA 中扩增出目标蛋白和待检测蛋白的编码基因。
设计合适的引物,在引物的 5'端引入限制性内切酶的酶切位点。
2、载体的构建分别用限制性内切酶对目的基因和载体进行双酶切,然后通过 T4 DNA 连接酶将目的基因连接到载体上。
将连接产物转化到大肠杆菌感受态细胞中,筛选出阳性克隆,提取质粒进行酶切鉴定和测序验证。
植物遗传资源学报2006,7(4):477~483Journal of Plant Genetic Res ources利用酵母双杂交系统研究植物与病毒蛋白相互作用的进展黄大辉,张增艳,辛志勇(中国农业科学院作物科学研究所/农业部作物遗传育种重点实验室,北京 100081) 摘要:在长期进化中,植物形成了抵御病毒等病原微生物侵染的精细防御系统。
在病毒侵染、复制和传播过程中,其编码的一些蛋白,如外壳蛋白、运动蛋白、复制酶类等能够与植物基因编码的蛋白发生相互作用。
酵母双杂交系统是体外研究蛋白质间相互作用的有利工具,不但可以用于研究已知蛋白质的互作,还可以发现新蛋白,揭示特定蛋白互作网络与作用机制,在植物蛋白与病毒蛋白互作研究中已得到广泛的利用。
本文主要综述利用酵母双杂交系统研究植物与病毒蛋白相互作用的国内外进展。
关键词:酵母双杂交;植物;病毒收稿日期:2006209228基金项目:国家“863”计划(2004AA222120)作者简介:黄大辉(19772),男,在读博士,研究方向为小麦抗病分子生物学通讯作者:张增艳,研究员,博导,主要从事小麦分子生物学研究;辛志勇,研究员,博导,主要从事小麦遗传育种研究Advances of the I nteracti on between Protei n s of Pl ant andVi rus Usi n g Yeast Two Hybr i d M ethodHUANG Da 2hui,Z HANG Zeng 2yan,X I N Zhi 2yong(Key L aboratory of C rop Genetics and B reeding of M inistry of A griculture /Institute ofC rop Science,Chinese A cade m y of A gricultural Sciences,B eijing,100081) Abstract:During l ong ti m e evoluti on,p lants devel oped elaborate defense pathway and comp licated mechanis m sagainst virus and other pathogens .V irus p r oteins,such as coat p r otein (CP ),move ment p r otein (MP )and poly 2merase p r otein,would interact with host p lant p r oteins during virus infecti on p r ocess .The yeast t w o hybrid syste m is a useful method t o analyze the interacti on bet w een p r oteins in vitr o and app lied widely in studying the interacti on bet w een p r oteins of p lant and virus .This article mainly p resented the advances of the p r otein interacti on of p lant and virus by using yeast t w o hybrid during the past decade .Key words:Yeast t w o hybrid;Plant;V irus 在长期进化过程中,植物发展起来一系列防御病原微生物的精细网络系统。