MicroRNA-122是肝癌细胞和线粒体调节的调控因子
- 格式：docx
- 大小：15.46 KB
- 文档页数：1
microRNA-122 as a regulator of mitochondrial metabolic gene network in hepatocellular carcinoma
接下来，主要概括整片文章主要讲解的内容与相关问题。
整个文章首先对肝癌，癌旁组织中的220个人类的miRNA,和所有转录本（mRNA）进行了芯片分析，得出他们各自的表达量数据。
转录本数据分为了两种：上调（并非全是二级靶标，含有大多数的二级靶标）和下调（并非是初级靶标）。
220个miRNA的表达量在两种组织中的差异，其次是它们与转录本相关或负相关的相关系数和这些转录本的数量。
发现：miRNA122表达量差异性最大，且又做了一个肝硬化的对照实验，进一步说明其他肝疾病中miRNA122的表达量也会明显减少。
紧接着，我们采用种子匹配的方法，即用4096个六聚体去匹配所有的转录本（mRNA），检测它们3’UTR种子匹配富集。
（六聚体的序列也就对应某个miRNA的种子区的碱基序列）计算相应的P值和E值。
发现，只有13个miRNA符合E值条件。
针对某个特定的miRNA，我们将与它相关的（或负相关的）转录本与其他miRNA的六聚体进行匹配，检测下富集程度。
最后，发现6个与下调转录本相关的miRNA中，miRNA122的3’UTR种子匹配的富集程度最高。
也就是miRNA122是转录本调节的关键调控子。
下一步，我们通过GO与KEGG两个数据资源库，分析了与miRNA122相关的转录本的基因功能类型。
首先，用central seed hexamer在进行与转录本的匹配，检测富集。
发现，与miRNA122富集的负相关的转录本，主要是富集在细胞周期基因。
而相关的E值却不符合条件，也就是miRNA122不能直接调控细胞周期。
作者检测了与miRNA122正相关的转录本，发现3’UTE匹配不富集，但是这些转录本却在线粒体定位的代谢功能基因富集。
推测，miRNA122表达量与线粒体代谢呈正相关的。
因为老鼠和人体内基因是大体相似的，设计了一个抗miRNA122的老鼠实验作为对照组。
这样也排除了其他miRNA的干扰因素。
对老鼠体内的转录本做了和人体转录本相同的工作，发现miRNA122的减少是可以上调种子匹配的基因和下调线粒体定位的基因。
为此，我们进一步做了受miRNA122调控的直系同源基因的鉴定。
找出：初级靶标：老鼠与人体内都重合上调的直系同源基因；二级靶标：老鼠与人体内重合都下调的直系同源基因。
发现：人和老鼠的直系同源基因在相同方向上受miRNA122的调控。
为了进一步验证miRNA122跟初级靶标和二级靶标的相关性。
针对三个特别的初级靶标和二级靶标，用miRNA122载体，模拟物，以及抗miRNA122载体，模拟物在人原发性的肝癌细胞中做实验。
得出miRNA122确实是与初级靶标是负相关的，与二级靶标是正相关的。
本文通过了相关文献（the total ancestors）确立了初级靶标，二级靶标间基因网络，边的定义初级靶标与二级靶标间是否有功能相似性。
绝对大多数的功能相似性是直接的相关联系。
举例是PPARGC1A与初级靶标间的直接关联性。
在这个网络中，PPARGC1A是度最大的二级靶标，而PPARGC1A是线粒体代谢的主要调控子。
又做了两个实验：miRNA122与PGC-1ą的负相关性；miRNA122与乳酸的负相关性。
得出结论：miRNA122与线粒体代谢是正相关的。
最后，作者还是想了解miRNA122的表达量与肝癌病人存活时间的关系。
发现：miRNA122与病人存活时间无明显关联；miRNA122二级靶标的含量却有明显的变化。
