NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍
- 格式:docx
- 大小:29.26 KB
- 文档页数:7
NCBI简介及序列编号说明一:ncbi简介ncbi的genbank与ddbj(dnadatabankofjapan)、embl的ebi数据库共同组成国际dna数据库,每日都交换更新数据和信息,并主持两个国际年会-国际dna数据库咨询会议和国际dna数据库协作会议,互相交换信息,因此三个库的数据实际上是相同的。
genbank存有源自于70,000多种生物的核苷酸序列。
每条纪录都存有编码区(cds)特征的注解,还包括氨基酸的译者。
(就是美国国家生物技术信息中心(nationalcenterforbiotechnologyinformation,ncbi)创建的dna序列数据库,从公共资源中获取序列数据,主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划(benson等,1998)。
entrez是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。
该资源将genbank序列与其原始文献出处链接在一起。
entrez是由ncbi主持的一个数据库检索系统。
它包括核酸,蛋白以及medline文摘数据库,在这三个数据库中建立了非常完善的联系。
因此,可以从一个dna序列查询到蛋白产物以及相关文献,而且,每个条目均有一个类邻(neighboring)信息,给出与查询条目接近的信息。
)ddbj主要向研究者搜集dna序列信息并剥夺其数据读取号,信息来源主要就是日本的研究机构,亦拒绝接受其他国家递交国书的序列。
ebi的主要任务:⑴为科学界建立和维护生物学数据库,提供免费的数据和生物信息服务,支持生物学数据的存储和挖掘,促进科技进步;⑵通过生物信息学的基础研究继续推动生物学发展;⑶为各个层次的科学工作者提供生物信息学培训;⑷支持帮助边缘尖端科技成果向工业界的转化;⑸协调欧洲生物数据的提供。
refseq就是ncbi数据库的参照序列。
refseq资料库就是ncbi将genbank的序列再搞详尽整理的non-redundent序列资料库,它的序列格式和genbank几乎完全相同,但因为就是全然相同的单一制资料库,为与genbank区别,refseq的accessionnumber格式和genbank相同。
NCBI各数据库简介本篇文献转自以下网址:/experiment/fenzi/237847.html随着ncbi数据库各种资源的涌现,NCBI已经成为科研工作者必不可少的工具了。
那么各位小伙伴们,你能说出NCBI有多少数据库吗?有哪些实用的工具吗?不知道的就进来看看吧!美国国立生物技术信息中心(National Center for BiotechnologyInformation),即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库,其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外,NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前,NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、MyNCBI、PubMed、PubMed Central、EntrezGene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、ElectronicPCR等共计36种功能。
而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接,其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1NCBI数据库更新进展1.1 PubMed搜索功能的增强NCBI对PubMed进行了几项改进工作,改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中,搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合),并且增加了一个新的窗口,用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且,“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
ncbi使用指导摘要:一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文:一、NCBI简介CBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)是一个提供生物信息学资源的网站,它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。
基因序列数据库提供了大量的基因序列信息,用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。
基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。
基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息,如启动子、转录因子结合位点等。
2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。
蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息,用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。
蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息,用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。
3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。
NCBI资源介绍及使用手册NCBI 资源介绍本文目录:NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI 站点地图NCBI癌症基因组研究NCBI-Coffee BreakNCBI-基因和疾病NCBI-UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins(COG)介绍Gene Expression Omnibus (GEO)介绍LocusLink介绍关于RefSeq:NCBI参考序列NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表,出现了生命过程的语法,其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性,并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具,以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性,发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心(NCBI)的立法。
NCBI是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的,而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务:建立关于分子生物学,生物化学,和遗传学知识的存储和分析的自动系统实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的,先进方法的研究加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI功能详介NCBI(National Center for Biotechnology Information)是美国国家生物技术信息中心,是全球最大的生物信息学数据库之一,也是生物医学研究领域最重要的资源之一、NCBI提供了广泛的生物学和医学数据库和工具,以帮助科学家们进行基因组学、蛋白质学、遗传学、药物研发等方面的研究。
NCBI的主要功能包括:1. PubMed:NCBI的PubMed是最大的生物医学文献数据库。
它收录了全球范围内的生物医学文献,并提供了非常强大的功能,以帮助科学家们找到自己感兴趣的论文。
3. BLAST:BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是NCBI 提供的一种重要的生物信息学工具。
它可以用来比对生物序列(如DNA、RNA或蛋白质序列),以找到相似的序列或已知的序列。
BLAST对生物学研究非常重要,可以用于序列比对、功能注释、物种分类等各种应用。
4. Entrez数据库:Entrez是NCBI提供的一种综合性数据库工具,可以用来访问和多个数据库,如PubMed、GenBank、Protein、Nucleotide等。
用户可以使用Entrez来查找和获取各种类型的生物学数据,如文献、序列、蛋白质结构等。
5. PubChem:PubChem是一个提供生物化学信息的数据库,包含大量的有关化合物的实验数据、化学结构、药物作用等信息。
它可以帮助研究人员进行药物发现、化合物筛选和毒性评估等方面的研究。
6. dbSNP:DBSNP(Single Nucleotide Polymorphism Database)是一个用于存储和查询单核苷酸多态性数据的数据库。
它收集了全球范围内各种不同物种的单核苷酸变异信息,包括单核苷酸变异的位点、变异类型、频率等。
7. GEO:GEO(Gene Expression Omnibus)是一个用于存储和共享基因表达数据的数据库。
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI(National Center for Biotechnology Information)是美国国家生物技术信息中心的缩写,是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院(NIH)建立,旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导:一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具,包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站:https:///2.在主页上,你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面,你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如,在基因序列数据库中,你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库(GenBank):提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库(Protein Database):提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库(Genome Database):提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库(PubMed):提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST(Basic Local Alignment Search Tool):用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez:用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break:用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时,请遵守相关的知识产权和版权规定。
NCBI_功能详细介绍NCBI(National Center for Biotechnology Information,国家生物技术信息中心)是一个提供生物医学和基因组学研究数据的资源库和数据库。
NCBI的主要目标是促进和推动生物医学研究的发展,并为科学家、医生和公众提供相关信息。
NCBI提供了各种各样的数据库和工具,用于存储、检索和分析生物医学和基因组学数据。
下面是一些NCBI提供的主要功能的详细介绍:2. GenBank:GenBank是一个基因序列数据库,存储了全球范围内的基因序列数据。
研究人员可以通过GenBank获得基因序列和相关信息,用于基因功能研究、进化分析和生物信息学研究。
3. BLAST:BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种常用的序列比对工具,用于比对给定的DNA、RNA或蛋白质序列与NCBI数据库中的序列。
BLAST可以帮助研究人员确定新序列的相关性,并找到与其相似的序列。
4. Entrez:Entrez是一个综合性的引擎,可以对NCBI的不同数据库进行全文。
研究人员可以通过Entrez进行文献检索、基因和蛋白质注释、序列比对等操作,方便地获取各类生物学数据。
5. PubChem:PubChem是一个化学物质数据库,存储了数百万种化合物的化学结构和相关信息。
研究人员可以通过PubChem化合物的属性、药理学和毒理学数据,以及相关的文献信息。
6. OMIM:OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)是一个遗传疾病数据库,提供了人类遗传疾病的基因和表型信息。
研究人员可以通过OMIM了解各种遗传疾病的发病机制、遗传模式以及相关基因的功能。
7. RefSeq:RefSeq是一个参考序列数据库,存储了各个物种的基因组和转录组序列。
RefSeq提供了基因的注释信息,包括基因的外显子、内含子、启动子、终止子等区域的序列。
NCBI_功能详细介绍NCBI(National Center for Biotechnology Information,国家生物技术信息中心)是美国国立卫生研究院(NIH)的一个部门,旨在为科学家、研究者和医生提供生物信息学数据库和工具,以促进生物医学研究和医疗实践的发展。
NCBI提供了一系列的数据库和工具,涵盖了基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的多个领域,为用户提供了许多功能和资源。
以下是NCBI提供的一些主要功能:1. PubMed:PubMed是一个免费的生物医学文献数据库,收录了来自全球各地的医学和生物医学研究的学术文章和论文摘要。
它是全球最大的生物医学文献数据库之一,每年更新数量庞大的文献。
研究人员、医生和学生可以使用PubMed来查找相关的研究论文,以支持他们的研究和临床实践。
3. BLAST:BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一个用于比对和分析生物序列的工具。
它可以对输入的DNA或蛋白质序列与数据库中的序列进行比对,以寻找相似的序列片段或相应的功能注释。
BLAST被广泛用于基因组学、生物技术和分子生物学的研究中。
4. Entrez:Entrez是一个综合性引擎和浏览器,用于访问NCBI提供的不同数据库中的信息。
用户可以使用Entrez工具来查找特定的文章、序列、结构、基因、文献、蛋白质、基因组、生物样本等信息,并浏览相关的文献和数据。
6. dbSNP:dbSNP是一个单核苷酸多态性数据库,记录了人类和其他物种的基因组中的单核苷酸变异信息。
它是一个重要的资源,用于研究人员研究遗传变异与疾病风险和治疗反应之间的关系,以及个体间的遗传差异。
总之,NCBI提供了许多重要的生物信息学数据库和工具,为科学家、研究者和医生提供了进行生物医学研究和临床实践所需的关键资源。
它在基因组学、遗传学、生物技术和生物信息学的研究中起到了非常重要的作用,并对生物医学领域的发展做出了巨大贡献。
NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍Embanks Overview生物信息学站点地图其它资源库的介绍什么是GenBank?GenBank是一个有13亿碱基,来自于100,000多种生物的核苷酸序列的数据库。
每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。
GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。
纪录样本关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
访问GenBank通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
增长统计参见公布通知的2.2.6(每个分类的统计),2.2.7(每个物种的统计),2.2.8(GenBank 增长)小节。
公布通知最新- 最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计,GenBank的引用。
旧- 同上相同,是过去公布的统计。
遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
向GenBank提交数据关于提交序列数据,收到accession number,和对纪录作更新的一般信息。
BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
(请在提交前用VecScreen去除载体)Sequin提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用,或者用基于TCP/IP的“network aware”模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
(请在提交前用VecScreen去除载体)ESTs - 表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
RefSeqNCBI数据库的参考序列。
校正的,非冗余集合,包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs 和蛋白,在将来,整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
dbEST —表达序列标签数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
GSSs基因组调查序列,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。
HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列,未完成的(阶段0,1,2)和完成的(阶段3)序列。
注意:完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。
STSs 序列标签位点短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。
注:SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中(dbSNP)。
国际核苷酸序列数据库合作组织GenBank,DDBJ,EMBL - 合作计划的概述,并链接到相应的主页。
GenBank,DDBJ(DNA Data Bank of Japan),and EMBL (European Molecular Biology Laboratory)数据库共享的数据是每天都交换的,因此他们是相等的。
数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样,但是accession number,序列数据和注解都是一模一样的。
即,你可以用accession number U12345在GenBank,DDBJ或EMBL中查找相应纪录,得到的结果是完全一样的序列数据,参考内容等等。
DDBJ/EMBJ/GenBank特性表特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上,使得数据共享成为可能,包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录,以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
FTP GenBank and Daily UpdatesGenBank普通文件格式参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
ASN.1格式—摘要句法记号1,国际标准组织(ISO)数据表示格式,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
FASTA格式定义行号后只跟随序列数据(示例),参见描述数据库的readme文件,包括nt.Z(每天更新的非冗余BLAST核酸数据库,包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列,不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列),nr.Z(每日更新的非冗余蛋白质),est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
分子数据库概览核酸序列Entrez核酸—用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录(在GenBank + PDB中)。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据,也可使用Batch Entrez(批量Entrez)。
RefSeqNCBI数据库的参考序列。
校正的,非冗余集合,包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs 和蛋白,在将来,整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
dbEST —表达序列标签数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
dbGSS —基因组调查序列的数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。
dbSTS序列标签位点的数据库,短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。
dbSNP —单核苷酸多态性数据库,包括SNPs,小范围的插入/缺失,多态重复单元,和微卫星变异。
完整的基因组参见下面Genome和Maps部分,包括各种物种资源,人,小鼠,大鼠,酵母,线虫,疟原虫,细菌,病毒,viroids,质粒。
疟原虫UniGene被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。
序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载。
人类UniGene小鼠UniGene大鼠UniGene斑马鱼UniGeneBLAST将你的序列同核酸库中的的序列比较,检索相似的序列。
(更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分)BLAST 查找BLAST指南蛋白序列Entrez蛋白—用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录(在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中)。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据,也可使用Batch Entrez(批量Entrez)。
RefSeqNCBI数据库的参考序列。
Curated, 非冗余集合包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs 和蛋白,在将来,整个的染色体。
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
FTPGenPept下载“genpept.fsa.Z”文件,这个文件包含了从GenBank/EMBL/DDBJ记录中翻译过来的FASTA格式的氨基酸序列,这些记录都有一到两个CDS特性的描述。
完整基因组参见下面Genome和Maps部分,包括各种物种资源,人,小鼠,大鼠,酵母,线虫,疟原虫,细菌,病毒,viroids,质粒。
Entrez基因组提供了一个编码区的概要和各种物种的分类表(T axT able)。
编码区概要列出了在基因组中所有的的蛋白,并提供链接到FASTA文件和BLAST。
分类表总结了蛋白BLAST分析的结果,建议他们的可能功能,并用颜色编码的图来显示物种同其它物种之间的关系(参见下面"Genomes和Maps,"部分Entrez基因组的一般描述)FTP基因组蛋白从ftp站点的genbank/genomes目录下下载各种物种的FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件*.ptt。
参见readme文件。
蛋白表也可以在Entrez基因组中看到。
PROWWeb上的蛋白资源,关于大约200种人类的CD细胞表面分子的简短官方向导。
互相检索,为每个CD抗原提供大约20中标准信息的分类(生化功能,配体,等等)BLAST将你的序列同蛋白库中的的序列比较,检索相似的序列。
(更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分)BLASTp查找PSI-BLAST构结构主页—关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB:分子模型数据库一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
MMDB是来源于Brookhaven蛋白数据库(PDB)三维结构的一部分,排除了那些理论模型。
MMDB重新组织和验证了这些信息,从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。
数据的说明书包括生物多聚体的空间结构,这个分子在化学上是如何组织的,以及联系两者的一套指针。
利用将化学,序列,和结构信息整合在一起,MMDB计划成为基于结构的同源模型化和蛋白结构预测的资源服务。
MMDBMMDB的记录以ASN.1格式存储,可以用Cn3D, Rasmol, 或Kinemage来显示。
另外,数据库中类似的结构已经被用VAST确认,新的结构可以用VASTsearch来同数据库进行比较。
Cn3D“See in 3-D”,一个用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具,它允许观察3-D结构和序列—结构或结构—结构同源比较。
Cn3D用起来就象你浏览器上的一个帮助工具。
VAST矢量同源比较搜索工具一个在NCBI开发的计算算法,用于确定相似的蛋白三维结构。
每一个结构的“结构邻居”都是预先计算好的,而且可以通过MMDB的结构概要页面的链接访问。