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1IGOR Pro - OverviewIGOR Pro is an interactive software environment for experimentation with scientific and engineering data and for the production of publication-quality graphs and page layouts. IGOR has been used by tens of thousands of technical professionals since its introduction in 1989. Here are a few highlights.IGOR Pro是为科学人员和数据工程师提供交互式软件实验环境，以及制作符合出版要求质量的图形和页面布局。
从1989年IGOR开发以来，已经有数万名专业科技人员使用。
IGOR Pro produces journal-quality scientific graphs and exports high-resolution graphics formats such as Encapsulated PostScript (EPS) and PDF.IGOR Pro可以生成符合学术期刊要求的高质量科学图像和高分辨率的图像格式，类似有EPS格式跟PDF格式。
IGOR Pro handles large data sets very quickly.IGOR Pro可以快速处理大数据集。
IGOR Pro includes a wide range of capabilities for scientific and engineering analysis and graphing.IGOR Pro可以为科研、工程分析和绘图需求提供大范围能处理能力。
IGOR Pro has special support for time-series or other evenly-spaced data.IGOR Pro特别支持符合时间序列数据以及平均分割数据。
JY04S-3C使用指南北京君意东方电泳设备有限公司一、连接计算机显示器和主机For personal use only in study and research; not for commercial use计算机必须有USB2.0接口，将分析软件加密器、数字CCD的USB线、控制线插在计算机后面接口上。
并将计算机显示器的分辨率设置为1024×768。
二、安装分析软件及CCD驱动程序安装分析软件1、For personal use only in study and research; not for commercial use2、3、将光盘放入光驱中，点击安装程序，根据提示操作，不需更改任何设置，直接点击“NEXT”即可完成安装。
4、点击光盘中的“汉化”，根据提示操作，不需更改任何设置，直接点击“NEXT”即可完成安装。
三、安装CCD驱动程序1、用USB连接线，将摄像机组与计算机连接，此时，计算机会显示“发现新硬件”。
2、选择“仅这一次”点击“下一步”。
3、选择“从列表或指定位置安装”点击“下一步”。
4、选择“在搜索中包括这个位置”，点击“浏览”，在光盘中选择“君意东方摄像头驱动程序”中的“driver”点击“确定”；点击“下一步”。
此时计算机开始安装。
最后点击“完成”。
5、安装拍摄软件，打开光盘中的“君意东方”点击直接安装，点击“下一步”这样拍摄软件安装完毕。
四、实时预览及“凝胶”照片的采集操作实时预览1、接通紫外暗箱电源，将凝胶放置在照胶台上的透紫玻璃上，如果是聚丙烯酰胺凝胶，需在照胶台上加放白光板。
打开“312”紫外光源。
2、打开“GEL-PRO”分析软件，点击顶部工具栏中的“”进入实时预览软件界面。
5、点击“预览”，此时出现一个览窗口。
如图1所示，图16、根据凝胶图像的大小及明暗度调整的摄像机罩上的焦距、光圈、聚焦按扭，此时观察计算机显示器。
将凝胶图像调至所需的大小。
图2光圈调节（Aperture）：可以改变拍摄图像的明暗度,如按“+”键可使图像变亮；按“-”键可使图像变暗。
第一部分 软件介绍及本使用手册的一些定义欢迎使用Gel-Pro凝胶分析软件，这是一个功能强大，且非常容易学习操作的专业级科学软件，作为科学图像分析系统，该系统的先进与品质在全球数以万计的实验室得到了认可。
使用本软件，可以做以下一些工作：●可以精确的处理一些实验-DNA、RNA以及蛋白质电泳凝胶-Southern、Northern 和western Blots-Dot和 Slot Blots-微孔板-菌落计数-膜杂交●把实验结果发表●打印图像、分析结果以及注解●把图像或结果存储起来在使用本软件之前，有一些必要的计算机知识需要掌握：●会激活应用程序●会使用鼠标●会使用下拉式菜单●会选择及编辑文本●会保存和打印工作如果对Microsoft Windows的操作比较生疏，建议先熟练Microsoft windows的基本操作。
定义：●双击连续快速双击鼠标左键●单击单击鼠标左键●选中单击一个目标后，此目标反显●选择用鼠标单击一个目标后，按住鼠标左键不放，然后移动鼠标将全部目标覆盖●拖动用鼠标选择一个目标后，按住鼠标左键不放，然后移动鼠标到预定位置●组合键用手按住指定按键后，再单击鼠标左键●在本文中出现的此标记是下—步的意思第二部分 图像技术概述什么是图像处理?一幅图像就是一个物体或一组物体的视觉描述。
图像处理就是对一幅图像所含信息根据特定的用途进行处理。
数字图像处理是一种计算机操作的特殊的图像处理方式。
你可能比较熟悉照片图像，但是照片并不能用计算机进行分析，这是因为计算机是以数字方式而不是以图形方式工作的。
为了使用计算机处理一幅相片，图像必须转换成数字方式。
这个过程就是图像数字化。
图像数字化数字化过程把一幅图像划分成平行的格点或阵列，这些格点或阵列被称为图像元素或像素。
在计算机中图像就是以这些数字格点或位图描述的。
位图中的每一个像素由它在格点中的位置表示，如行(x)和列(Y)。
方便起见，通常把位图左上角位置点设为参考点(0，0)。
第一部分 软件介绍及本使用手册的一些定义欢迎使用Gel-Pro凝胶分析软件，这是一个功能强大，且非常容易学习操作的专业级科学软件，作为科学图像分析系统，该系统的先进与品质在全球数以万计的实验室得到了认可。
使用本软件，可以做以下一些工作：●可以精确的处理一些实验-DNA、RNA以及蛋白质电泳凝胶-Southern、Northern 和western Blots-Dot和 Slot Blots-微孔板-菌落计数-膜杂交●把实验结果发表●打印图像、分析结果以及注解●把图像或结果存储起来在使用本软件之前，有一些必要的计算机知识需要掌握：●会激活应用程序●会使用鼠标●会使用下拉式菜单●会选择及编辑文本●会保存和打印工作如果对Microsoft Windows的操作比较生疏，建议先熟练Microsoft windows的基本操作。
定义：●双击连续快速双击鼠标左键●单击单击鼠标左键●选中单击一个目标后，此目标反显●选择用鼠标单击一个目标后，按住鼠标左键不放，然后移动鼠标将全部目标覆盖●拖动用鼠标选择一个目标后，按住鼠标左键不放，然后移动鼠标到预定位置●组合键用手按住指定按键后，再单击鼠标左键●在本文中出现的此标记是下—步的意思第二部分 图像技术概述什么是图像处理?一幅图像就是一个物体或一组物体的视觉描述。
图像处理就是对一幅图像所含信息根据特定的用途进行处理。
数字图像处理是一种计算机操作的特殊的图像处理方式。
你可能比较熟悉照片图像，但是照片并不能用计算机进行分析，这是因为计算机是以数字方式而不是以图形方式工作的。
为了使用计算机处理一幅相片，图像必须转换成数字方式。
这个过程就是图像数字化。
图像数字化数字化过程把一幅图像划分成平行的格点或阵列，这些格点或阵列被称为图像元素或像素。
在计算机中图像就是以这些数字格点或位图描述的。
位图中的每一个像素由它在格点中的位置表示，如行(x)和列(Y)。
方便起见，通常把位图左上角位置点设为参考点(0，0)。
IGORPro6.2使⽤⽅法详细介绍-睿驰整理1IGOR Pro - OverviewIGOR Pro is an interactive software environment for experimentation with scientific and engineering data and for the production of publication-quality graphs and page layouts. IGOR has been used by tens of thousands of technical professionals since its introduction in 1989. Here are a few highlights.IGOR Pro是为科学⼈员和数据⼯程师提供交互式软件实验环境，以及制作符合出版要求质量的图形和页⾯布局。
从1989年IGOR开发以来，已经有数万名专业科技⼈员使⽤。
IGOR Pro produces journal-quality scientific graphs and exports high-resolution graphics formats such as Encapsulated PostScript (EPS) and PDF.IGOR Pro可以⽣成符合学术期刊要求的⾼质量科学图像和⾼分辨率的图像格式，类似有EPS格式跟PDF格式。
IGOR Pro handles large data sets very quickly.IGOR Pro可以快速处理⼤数据集。
IGOR Pro includes a wide range of capabilities for scientific and engineering analysis and graphing.IGOR Pro可以为科研、⼯程分析和绘图需求提供⼤范围能处理能⼒。
Gel-Pro analyzer的使用流程安装软件后打开，在对话框选择DNA analysis或者protein analysis等
OK
File open 打开一张电泳图
如下图打开工具栏
打开后为如下工具条
点击lanes OK 自带寻找泳道
泳道工具栏添加、移动、查找或者删除泳道等功能
点击OK后
点击bands OK 打开条带工具栏如下
条带工具栏添加、查找或者删除条带等功能去掉不需要的带，加上漏掉的带
OK之后，选择M.W.standard
选择或者新建marker（如DL2000）再点击Reset
再点击elect/Unsel…
选择marker泳道OK
再点击auto locate
结果如图
然后选择results 得到
打开或者新建并打开一个Excel
再在以下窗口
先选择
再File DDE to Excel
分别有分子大小（根据marker大小计算）、条带亮度相对值
对数据进行整理
根据亮度及分子大小就可以做柱状图啦分子量大小柱状图
亮度大小柱状图
至此，作图完毕
Gel-Pro analyzer还可以对蛋白胶上的蛋白点（带）进行分析，也还可以对基因芯片点的亮度进行分析，同时还可以对平板上的菌斑进行计数及对菌斑根据大小进行分类统计。
这些功能大致也差不多，在此不赘述。
分析测量图象软件Imagepro-Plus教程入门Image pro-plus（IPP）的主要用途是分析测量图像。
本人使用该程序进行生物图象分析有一段时间，写此帖的主要目的还是与大家交流使用心得，并总结一下使用方法。
如果你是刚接触IPP，最好先从本帖看起，并同时打开电脑上的IPP程序照着操作。
学会一个软件需要花一段时间的，两分钟不可能学会。
两小时也太短。
但我相信，照着我这几个帖子作下来，至少是可以用IPP干一点事情了。
既然是处理图片，当然是先要打开一张要处理的图片嘛这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的“量”。
对图片进行观察，可以看到图片中主要有三种主要颜色，一是染成蓝色的细胞核，二是呈现出黄色的胞浆，三是细胞间的空隙区域，呈现出浅蓝色，是为背景。
所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来，这部分区域是我们最感兴趣的地方，叫做AOI（area of interest）。
AOI是IPP中最有用最重要的概念。
如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。
一旦准确地选取了AOI，下面的测量分析就好办了。
对不同的图片，需灵活地使用各种适当的AOI工具，就这张图片来说，AOI是黄色区域，因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。
点击measure---count/size,弹出分类测量窗口，在窗口中选中manual，再点击select color，弹出颜色选择窗口segmentation，这个工具是IPP最有特色的颜色选取工具之一。
用好这个工具是使用IPP的要点。
对于目标颜色鲜明的图片，用吸管工具是最简单的。
点一下吸管图标，在目标区域点一下，就可以选中该点的颜色，当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域，可以在未选中的地方接着再点，这样多次选取，直到把想选中的区域全部选中为止。
在这张示例图中，选中的蓝色细胞核部分被标上了红色。
Western Blot 实验方法一蛋白提取1、切取组织，置于已经用记号笔标记好的EP管底，称重（mg）插入冰盒中，注意不同样品间所用剪刀、刀片、镊子等要擦拭干净。
2、配置裂解液：980ulRiPA+10ul10%PMSF+10ul混匀机混匀。
3、每EP管中加裂解液(10ul/1mg)，超声（time --pulse--AMPL- -start--O）5s停5s循环1min ,振幅25%（AMPL参数）,再裂解30min 。
4、于40C冷冻离心机中预冷15min，1200r/min.将裂解后的组织液离心15min，取上清即为所提蛋白，至于一个试管内，用酶标仪测浓度，再高温变性，再上样，多余的试剂置-80℃保存。
5、用玻璃小烧杯配制定量用的试剂：（2mlH2O+500ul考马斯亮蓝）+36ulH2O+4ul 样品，另加一个标准品BSA(10ul/ml)对照组，一个空白对照组。
6、(4倍)上样缓冲液稀释成（1倍），即:30ul上清液+10ul(4倍)上样缓冲液（红色的，购买的），震荡混合+离心，高温振荡机中变性，950C，5min，注意使离心液全部流于底部，准备跑电泳。
7、测595nm吸光度，打开盖预热30min，每次都将空白校正0，读取标准品对照组，样品组的吸光度，尽快。
比色皿水洗+酒精洗。
8、建Excel：（一）Cx=Ax/A标。
C标（C标=10ug/ml ,由30ul稀释至40ul, A标已经知道的）（二）一般上样量为：30ug, 故: 30ug上样量/(0.75Cx)=V上样（ml）由（一）（二），得：V上样=A标/Ax .4二配胶1、提前配板：洗板，吹干，对齐，夹紧（向下压），配分离胶（两块板10ml），灌胶，压水，观察是否漏液，出现分界面，配浓缩胶（两块板4ml），若温度太低不易凝，可将分离胶中10%APS,TEMED同时加倍促凝.将配胶用烧杯洗净干燥，配胶：10％分离胶5％浓缩胶10ml(两快板) 15ml(三快板) 4ml (l两块板) 6ml(三块板) H2O 4.0ml 5.9ml 2.7ml 4.1 ml 30％丙稀酰胺 3.3ml 5ml 670ul 1.0Tris-HCL 2.5ml（1.5M，Ph8.8）3.8ml 0.50ml（1.0M，Ph6.8）0.75ml 10％SDS 100μl 150ul 40μl60ul10％APS（聚合剂，现配，灌胶前加入）100μl 150ul 40μl60ul TEMED（加速剂，灌胶前加入）4μl 6ul 4μl6ul2、根据板子数计算所需胶的体积数，根据比例配制胶液，为铺胶平整下层胶铺好后立即UP水封，待胶干后倒去上层UP水并用滤纸吸干，按比例配制浓缩胶（积压胶），最后上梳子（注意孔数、厚度与玻璃板搭配）；补液。
ImageJ和Graphpad如何对WesternBlot条带灰度分析【干货】每日生物评论摘要手把手教你利用Image J和Graphpad软件对Western Blot条带进行灰度分析和柱状图构建，看艾美捷干货分享。
WB是研究蛋白表达的一个经典方法。
对于一些时间点或者是不同组织蛋白表达量的分析就涉及到量的变化。
一些凝胶成像软件带有此分析工具，比如Quantity One，Bandscan，Gel-Pro Analyzer等成像系统专用软件。
除了这些软件，还有一个比较简单的综合性质图像处理软件Image J可以很方便的进行灰度分析。
而且Image J是开源性质的免费软件，可以在其官网直接下载使用。
对Western Blot条带进行数值化有两种方法——灰度分析和光密度分析。
灰度是计算机图像分析仪根据图像颜色深浅分为256个级别。
灰度值越小物体颜色越深。
光密度是指光线通过溶液或某一物质前的入射光强度IO与该光线通过溶液或物质后的透射光强度Ib比值的对数OD=log（IO/Ib）；图像分析中，入射光和透射光强度分别被切片上最亮区域的平均灰度值和待测目标平均灰度值取代，则图像分析系统的光密度值=log（切片标本最亮区域的平均灰度值（g0）/待测目标的平均灰度值（g））。
光密度值越大，物体颜色越深，阳性物质相对含量越大。
对于灰度值来说，切片标本制作时染色时间长短，以及测量时显微镜照明光源电压的大小对其影响很大。
而光密度是一个比值。
是通过计算一张切片标本最亮区域的平均灰度值与该切片标本中待测目标的平均灰度值的比值，再根据数学公式计算而来的，所以受切片标本染色时间长短及照明光源电压关系很小。
然而有研究实践显示，灰度值与光密度值二者之间存在着线性关系，都可以用来进行WB定量分析。
同样，Image J软件进行WB条带定量分析时也存在两种方法，此处只列举一种方法，具体步骤如下。
1、下载安装，并打开Image J软件。
Gel-PRO ANALYZER凝胶定量分析软件演示操作手册作者：张睿第一章概述 - 泳道分析 (3)第二章 DNA分析 – 分子量计算 (6)第三章单一条带分析 (9)第四章 Dot-blot电泳分析 (10)第五章菌落计数-培养皿计数 (11)第六章测量面积/密度 (13)第七章实验报告输出 (14)第八章宏的功能与应用 (14)从以下的八个章节中让我们深入了解Gel-PRO Analyzer凝胶定量分析软件的强大功能以及应用领域。
概述◆ Prot1.tif 泳道分析DNA分析◆ Slant.tif 分子量计算单一条带分析◆ Oneband.tif 单一条带Dot-blot电泳分析◆ Dotblot.tif Dot-blot电泳菌落计数◆ Colony.tif 菌落计数测量面积/密度◆ Quant.tif 测量面积/密度报告输出 宏◆报告生成器◆ Macro实验报告输出宏的功能与应用第一章 概述 - 泳道分析1. Prot1.tif蛋白质电泳分析第一步: 打开图 “Prot1.tif “选择实验类型（如图1），简单介绍该功能：第二步: 简单介绍Rotate旋转功能（如图2）：第三步: 点击“Lanes”自动寻找泳道（如图3）（图三）（图四）第四步: 调整泳道范围框的长度（如图四）第五步: 介绍“Lanes”窗口的功能,着重介绍：”Add lanes”、“Curve Lanes”等功能（图五）第六步: 介绍可观察单一泳道的密度轮廓的窗口（如图六）及全部泳道密度轮廓窗口（如图七）（图六）（图七）第七步: 介绍“Bands” 窗口的基本功能，重点介绍“Min. band height：”灵敏度调节功能（如图八-1/2/3/4）通过“Min. band height：”指标的调整，介绍该指标对设定自动选择‘BAND’的灵敏度所起到的作用。
（图八-1）（图八-2）第八步: 介绍“Slant” 窗口的功能（如图九），演示对倾斜电泳的矫正方法：（如图十）（图九）（图十）第九步: 设定分子量标准（如图十一）；设定的分子量可显示在图像中（如图十二）。
Image J测到了WB条带灰度值关于用Image J量化westernblot条带灰度值,在网上一直盛传着两种操作方法,然鹅~小伙伴们却一直不确定到底哪种才是正确的测量灰度方法，甚至将灰度与光密度弄混淆。
今天咱们一起就这个机会学习下，请先看看你是用以下那种方法测量灰度值?以下是两种方法的具体操作。
方法一:1、打开Image J软件→左上角file→Open 选择自己的条带图片（事先把条带摆正)2、把图片转化成灰度图片：Image→type→8—bit3、第一个矩形工具→选上所有条带4、analyze→Gels→select first lane→Gels→plot lanes（在这第四步也可以分开选取，如：框选第一个条带→analyze→Gels→select firstlane→将第一个框拖移到余下条带→Gels→select nextlane）5、选中直线工具，将开口波峰关闭6、选中魔棒工具(正数第七个）,点击波峰，就得出所有area值。
方法二1、打开Image J软件→左上角file→Open 选择自己的条带图片（事先条带弄正）2、把图片转化成灰度图片：Image→type→8—bit3、扣除背景:Process→Subtract Background→50pixels 并勾选Light Background5、设定参数：Analyze→set measurement→勾选Area、Mean gray value、Min & max gray value、Integrated density6、Analyze→set scale→unit of length选项里改为pixels，确定6、图像分割。
Edit→Invert→选中椭圆圈（手残党首选）/不规则圆圈（心灵手巧党义无反顾），手动圈上单个条带7、Analyze→Measurement即得到Intden,重复6、7步就得到所有Intden值小伙伴们，你们是哪种方法呢?首先先把结论说出来，其实两者得出的area和Intden严格来说都不是灰度值，前者是面积而后者是光密度值,但用来量化WB条带都是OK的。
用Igor pro处理数据的总结和体会：1 打开用蓝电测试系统保存下来的后缀名为xx.cex的文件，打开Igor pro并在Igor pro里面再添加一个new table（具体的操作是在点击window，再点击new table创立一个新表格）。
2用工具中的数据导出和汇总将数据导入到excel当中去，导出数据保存方式选择为保存于同一个Excel的不同表中。
3导出的数据分为两个部分，第一部分是：过程和记录，过程中的数据条目可全选；记录中的数据条目选择电压和容量。
第二部分是：导入循环，循环的数据条目要选择循环序号，充电容量和放电容量。
第一部分：1 导入的数据是一个放电+一个充电共同构成一个循环，因此如果我们要导入第一周的循环，那么从循环1到2才能提出一个完整的循环，依次类推。
宏命令的处理数据的组数为7，10和13组数据，因此我们在挑选数据的时候，当挑选数据组数为7组时，我们通常选定为1——3，5，10，15和20，共是七组数据。
另外不论7，10和13组数据，挑选数据的组序号可灵活多变，主要以取较优和代表性的数据为主。
将导入的数据依次粘贴到Igor pro中的table0里面。
第二部分：1我们要导入所有循环的数据，因此需选择循环1到9999（这个值的大小可以任意选择，取9999的主要目的是为了保证导入了所有的数据）。
2我们将对导入到Excel的数据进行调整，具体的操作是将充电容量这列从2开始依次向上移动一个位置（具体的原因是这是放电电池，充电+放电共同组成一个循环），并在紧接的第4列算出电池效率（用充电容量除以放电容量）。
3将导入4列的数据粘贴到Igor pro的table1的表格中。
4导入数据后计算活性物质的量，{电极片的质量—铜片的质量（0.8方格的铜片的质量为6.5mg）}*0.85（0.85是指活性物质所占有的量）=活性物质的量5然后在宏的命令处的K0=的位置输入计算的质量6将宏命令粘贴到Igor pro的untitled的里面，按下enter键即可。
教你使用ImageJ分析电泳条带灰度比-ImageJ使用教程
摘要：ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数，也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
step 1.首先打开软件后，开启图档
step 2.请先做校正，选择Analyze底下的Calibrate选项，再选择校正的模式，使用Uncalibrate OD，再按ok
按下ok之后会出现校正的图形
Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项)，再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1)，此时框架中会出现一个号码1，之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2)，当然可以一直加下去，最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。
Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度，此时可以看到有几个比较高的区段，就是我们想定量的band，使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band 的区域和没有band的区域分开再，使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。
Step 5.当我们点选分析时，在result的对话视窗会出现分析的数据，依序点选就会出现每个band的值。
注：当我们选择分析的条带也可以是横向选取，就可以只比较相同大小的DNA的含量，同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。
Gel-Pro analyzer的使用流程安装软件后打开，在对话框选择DNA analysis或者protein analysis等
OK
File open 打开一张电泳图
如下图打开工具栏
打开后为如下工具条
点击lanes OK 自带寻找泳道
泳道工具栏添加、移动、查找或者删除泳道等功能
点击OK后
点击bands OK 打开条带工具栏如下
条带工具栏添加、查找或者删除条带等功能去掉不需要的带，加上漏掉的带
OK之后，选择M.W.standard
选择或者新建marker（如DL2000）再点击Reset
再点击elect/Unsel…
选择marker泳道OK
再点击auto locate
结果如图
然后选择results 得到
打开或者新建并打开一个Excel
再在以下窗口
先选择
再File DDE to Excel
分别有分子大小（根据marker大小计算）、条带亮度相对值
对数据进行整理
根据亮度及分子大小就可以做柱状图啦分子量大小柱状图
亮度大小柱状图
至此，作图完毕
Gel-Pro analyzer还可以对蛋白胶上的蛋白点（带）进行分析，也还可以对基因芯片点的亮度进行分析，同时还可以对平板上的菌斑进行计数及对菌斑根据大小进行分类统计。
这些功能大致也差不多，在此不赘述。
