蛋白灰度分析软件使用 ppt课件

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蛋白质的定性定量分析课件(共54张PPT)

芳香族氨基酸的紫外吸收
优点 • 快速
• 对蛋白质无破坏性
缺点 • 不是严格的定量，适用于测定蛋
白质粗提液
• 核酸可引起强干扰作用 •芳香族氨基酸含量差异可以起误差
计算方法 • 标准曲线法
• 蛋白质浓度 (mg/ml)
=1.45×A280-0.74×A260
注意事项
• 石英比色杯 • 调零所用溶液 • 配制标准蛋白所用溶液
PVDF膜尼龙膜
0.22 um 0.45 um
80-100 ug/cm2
170-200 ug/cm2
< 20kD不易丢失容量大、强度高
480 ug/cm2
用于核酸
电转移装置
电转移示意图
电转移装置
4. 靶蛋白的免疫学检测
➢ 封闭
— 对转移膜上的潜在结合位点进行封闭，防止抗体非特异性结合在膜上，降低背景颜色
液280 nm的光吸收值是分析蛋白质的分子量范围 15～200 KD之间
SDS-PAGE凝胶的制备二、凝胶过滤层析测定蛋白质的相对分子量
溶液中蛋白质含量的快速简这一方法可用来快速检测溶液中是否含有
注意：在叠放硝酸纤维素膜、聚丙烯酰胺凝胶时，膜与胶之间要紧密贴在一起，中间不能有任何气泡！
便的方法
一、免疫印迹分析的应用
➢ 对蛋白质进行定性分析
➢ 对蛋白质进行半定量分析 ➢ 信号转导分析
➢生物大分子相互作用分析
二、免疫印迹分析的基本流程
制备蛋白样品电泳分离蛋白
转移至固相膜
蛋白质转移
封闭非特异结合位点
与第一抗体温育反应
抗体检测
与第迹操作流程图
1. 样品的制备
优点 • 终产物稳定

灰度形态学ppt课件

严格执行突发事件上报制度、校外活动报批制度等相关规章制度。做到及时发现、制止、汇报并处理各类违纪行为或突发事件。
灰度膨胀的Matlab实现
Matlab中灰度膨胀操作函数与二值膨胀操作函数在Matlab 7.x中都为imerode，结构元素的定义也相同。
通过下面的程序，我们来观察一下灰度腐蚀的效果 >> f1=imread('tire.tif'); >> b1=strel('disk',5); >> imshow(f1); >> f3=imdilate(f1,b1); >> figure,imshow(f3);
灰度形态学介绍
灰度形态学是二值形态学向灰度空间自
然扩展。在灰度形态学中，分别用图像函数f(x,y)和b(x,y)表示二值形态学中的目标图像A和结构元素B，并把f(x,y)称为输入像， b(x,y)称为结构元素，函数中的 (x,y)表示图像中像素点的坐标。二值形态学中用到的
交和并运算在灰度形态学中分别用最大极值和最最小极值运算代替。
严格执行突发事件上报制度、校外活动报批制度等相关规章制度。做到及时发现、制止、汇报并处理各类违纪行为或突发事件。
严格执行突发事件上报制度、校外活动报批制度等相关规章制度。做到及时发现、制止、汇报并处理各类违纪行为或突发事件。
①将B的原点重叠在A的中心元素上，如图1-1 （c）所示。
严格执行突发事件上报制度、校外活动报批制度等相关规章制度。做到及时发现、制止、汇报并处理各类违纪行为或突发事件。
灰值腐蚀

《灰度理论模型》课件

《灰度理论模型》PPT课件
本课程将深入解析灰度理论模型的定义、基本原理、应用领域、优势和局限，以及改进与发展。通过本课程，您将学会如何在业务分析中应用灰度理论模型。
理论模型的定义
什么是灰度理论模型？
灰度理论模型是以不确定信息为研究对象，利用数学分析方法，从数学的角度对不完备的信息进行分析与预测的一种理论模型。
3
人力资源
预测员工绩效变化趋势，识别人才，发现问题并加以解决。
灰度理论模型的优势和局限
优势
可以在小样本和低频数据下得出有意义的预测结Fra bibliotek。局限
适用范围狭窄，只适用于部分非线性问题。
灰度理论模型的实例分析
油价预测
使用灰度理论模型分析，预测未来价格波动。
用户流失预测
运用灰色关联分析预测客户流失情况，提前采取措施拯救风险客户。
灰色系统的定义
灰色系统是指不确定信息系统，它是介于白色系统和黑色系统之间的系统，既不是非常稳定的系统，也不是非常混沌的系统。
灰度理论的含义
灰度理论是将信息不确定度视为系统的内在属性，对有限、不完备信息的处理以及非线性模型解析的一种方法。
灰度理论模型的基本原理
灰度数据
灰度是指在单位面积上通过单位厚度的光照下所通过的光量，即图像的灰度等级。
股票价格预测
通过灰度预测模型，预测个股的价格波动趋势。
灰度理论模型的改进与发展
1 GM(1,N)模型
将灰度理论与GM预测模型相结合，针对不同问题设计不同的模型来进行预测分析。
2 混合灰度模型
将各种灰度模型结合，对数据进行更加准确的分析和预测。
3 灰色系统理论的扩

蛋白质基础及检测技术PPT课件

氨基酸通过肽键连接起来的化合物称为肽。
-
9
4.3 氨基酸残基（residue）
氨基酸在形成肽链后，因有部分基团参加肽键的形成，已经不是完整的氨基酸，故将蛋白质肽链中的每个氨基酸部分称为氨基酸残基。
每一个氨基酸残基上都有一个R侧链，不同R侧链有不同的性质和功能。
多肽链有两端：
具有游离α-氨基的称为氨基末端（N-末端，amino terminal），通常写在肽链的左端。
自动序列分析仪测序
其原理为Edman降解法，分为耦合、切割、萃取、转化、鉴定等几个步骤。首先在pH9.0的碱性环境下，将异硫氰酸苯酯(Ph—N=C=S，PITC)和蛋白质或多肽N端氨基酸耦合，形成苯氨基硫甲酰(PTC)衍生物；然后以三氟乙酸(TFA)处理耦合后产物，将多肽或蛋白的N一端第一个肽键选择性的切断，释放出该氨基酸残基的噻唑啉酮苯胺衍生物；随后萃取出释放的氨基酸衍生物并在强酸性条件下转化为稳定的乙内酰苯硫脲氨基酸(PTH-氨基酸)；最后以色谱法鉴定出降解下来的PTH-氨基酸种类，从而得到蛋白质或多肽 N端序列信息。
1 蛋白质的基本概念
蛋白质（protein）是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者。没有蛋白质就没有生命。氨基酸是蛋白质的基本组成单位。
-
1
2 蛋白质的元素组成
蛋白质不仅在功能上与糖、脂肪不同，在元素组成上亦有差别。
根据蛋白质的元素分析表明，其元素组成依次为：碳 (50-55%)、氧（19-24%）、氮（13-19%）、氢（6-7%）硫（0-4%）。有的还含有少量磷、铁、铜、锌、锰、钴、钼、碘等元素。一切蛋白质皆含有氮并且大多数蛋白质含氮量比较接近而恒定，一般为15—17％，平均为16％。这是蛋白质元素组成的一个重要特点，也是各种定氮法测定蛋白质含量的计算基础。即用定氮法测得的含氮量乘以 6．25，即可算出样品中蛋白质的含量。但有的蛋白质中氮的含量有一定差别，应根据其氮的真实含量进行计算。

iTRAQ定量蛋白质组学PPT课件

自带），混匀，分别加入各管样品中，室温反应1h，之后各加入3倍体积的水，使标记试剂分解。标记和样品对应关系如下:4R—117,未知—118，BOO6— 119,11R—121； (7) 合并各管标记好的样品，真空冷冻干燥。
xx
iTRAQ详细实验步骤
4：除盐，此步操作是将标记过程中的标记试剂和相关buffer的盐除去，以便于后续分析。
• 1：蛋白质提取
可以选择提取蛋白质常用的各种溶液，裂解液里最好不要包括下面试剂，因为这些试剂会干扰iTRAQ试剂的标记反应。
xx
xx
xx
iTRAQ详细实验步骤
2：蛋白质定量 (1) 可以采用Bradford方法及其他方法定量初步 (2) 定量取各组样本的蛋白质进行SDS-APGE电泳，银染定量，根据每个涌道染色情况微调蛋白浓度，保证后续实验中每组样本的蛋白量相同。
xx
iTRAQ技术优势
➢ 灵敏度高：可检测出低丰度蛋白；
➢ 分离能力强:可分离出酸/碱性蛋白，小于10KD或大于200KD的蛋白、难溶性蛋白等；
➢ 适用范围广：可以对任何类型的蛋白质进行鉴定，包括膜蛋白、核蛋白和胞外蛋白等。
➢ 高通量：可同时对8个样本进行分析，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析；
xx
Time(min) 5 90 95
100 105 120
B% 5% 35% 80% 80% 5% stop
质谱鉴定：MS扫描范围400-1800 MS/MS扫描范围100-2000
IDA 采集模式一个图谱选择四个最强的母离子进行串级扫描。
xx
iTRAQ详细实验步骤
7: 数据检索
(1)蛋白质检索检索软件：Protein Pilot 3.0 (ABI ,USA)

IPP-分析免疫组化图片 ppt课件

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2.1测定整张照片的光密度-图象分析仪
其测定原理有点象分光光度计，直接测定切片的整体光密度。
可以根据照片上象素点的亮度来区分测定区域其缺陷是显而易见的。复染上的其他颜色的染
料也会产生光密度吸收，导致严重的干扰。
PPT课件
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2.2 抽样测量光密度
在彩色电子图片上选取目标颜色区域，抽样测量这些小区域的灰度值，取其平均值作为比较染色深浅的指标。
PPT课件
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哪一个染色物更多？
染色区域颜色深度接近，染色面积有差异。
PPT课件
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使用不同的area会得到不同的结论要结合切片情况来判断。
IOD对整张图片的面积作平均。 IOD对特定组织区域的面积作平均。 IOD对显色的组织区域作平均。
PPT课件
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对整张图片区域进行平均的情况比较少，这张图片中黄色的IOD值主要来自于中间一块区域内。
PPT课件
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1.3比较两张照片的染色物质量的差别
两张照片染色深度一样，染色面积大的质量大
照片A
照片B
PPT课件
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比较两张照片的染色物质量的差别
两张照片染色区域面积相同，染色深的质量大
照片A
照片B
PPT课件
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这回该怎么看？
A的颜色深，面积小。 B的颜色浅，面积大。
照片A
照片B
PPT课件
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1.2定量分析的指标： IOD ( Integrated option density ) 与Mean Density
将图片上各点的光密度值累加起来，得到IOD。此值与目标物质的总量成正比。
IOD值除以有效目标分布区域的面积，得到 Mean density，此值反映了目标物质的单位面积浓度。对样品照片进行数字图像分析比较时，就是比较它们之间的平均光密度值的大小。

用ImagePro-Plus-分析免疫组化图片ppt课件

1.6
1.2
0.8 显著性
差异
0.4
0.2
0
阳性样品
0.1
阴性样品
1.2 1.1
1.0
无显著性差异
背景
背景+阳性样品背景+阴性样品
扣背景后依然没有显著性差异
阳性样品
阴1性.6样品
背景
1.2
阳性样品-背景
阳1性.2样品-背景
0.8
0.4
0
阳性样品
1.2
0.1
1.1
0.1
1 01..21 0.1
0.1 0.1 0.1 1.0
应当把照片存为无损压缩格式TIFF
特别是对于染色较浅的图片，保存为jpeg格式后会损失亮度细节，导致测量误差增大。
注意那些马赛克
总结拍摄注意事项：
调整显微镜光源亮度（电压9伏），足够白，足够亮。
调整相机曝光时间，使背景呈现白色。灰度值最好能达到230以上。
确认相机未使用自动白平衡功能。但要使用手动校正白平衡功能校正背景色彩为纯白色。
3.用IPP分析免疫组化图片的过程
拍摄样品照片。选取图片上具有染料色调的区域（AOI，area of
interesting）。测量该区域的IOD。选择并测量有效统计区域的面积计算光密度平均值IOD/area（ mean density ）计算同一实验组切片各照片的平均及标准差。用统计学方法分析各实验组的平均mean density之间
处理照片时用的却是灰度
各种图象被拍摄成照片进行数字图象处理时，计算机是对照片的灰度进行测量和计算的。为了定量物质含量，最后还是需要转换为OD值来表示。
所以对免疫组化照片的分析结果应该是一个 OD值，光密度。不应该是灰度。

蛋白质电泳分析PPT课件

蛋白质组学研究
蛋白质电泳分析在蛋白质组学研究中具有重要作用，可用于分离和鉴定蛋白质，揭示蛋白质的表
达模式和功能。
生物标志物发现
通过蛋白质电泳分析，可以发现与疾病相关的生物标志物，有助
于疾病的早期诊用于药物靶点的筛选和验证，以及药物作用机
制的研究，有助于新药研发。
绝对定量
通过灰度扫描电泳图谱中蛋白质条带，可以计算出各蛋白质条带的相对含量。
通过标准品或已知浓度的蛋白质样品，可以建立标准曲线，从而对未知浓度的蛋白质样品进行绝对定量分析。
相对定量
通过比较不同样品中蛋白质条带的灰度值或亮度，可以计算出各蛋白质的相对表达量。
04
蛋白质电泳分析的优缺点
优点
03
蛋白质电泳分析结果解读
电泳图谱的解读
01
02
03
蛋白质分子量标准
电泳图谱中通常会有一条蛋白质分子量标准，用于参考和标定蛋白质的分子量。
蛋白质条带位置
通过观察电泳图谱中蛋白质条带的位置，可以判断蛋白质的迁移率和分子量大小。
蛋白质表达量
通过比较不同样品中蛋白质条带的亮度或密度，可以判断蛋白质的表达量。
在食品安全和检测领域的应用前景
食品成分分析
蛋白质电泳分析可用于食品中蛋白质的鉴定和含量测定，确保食品质量和安全。
污染物检测
蛋白质电泳分析可以检测食品中的有害物质和污染物，如农药残留、重金属等。
转基因食品检测
通过蛋白质电泳分析，可以检测转基因食品中的外源蛋白质，保障消费者权益。
THANKS
感谢观看
蛋白质电泳分析PPT 课件
目录
• 蛋白质电泳分析概述 • 蛋白质电泳分析实验操作 • 蛋白质电泳分析结果解读 • 蛋白质电泳分析的优缺点 • 蛋白质电泳分析展望

蛋白质检测方法ppt课件

✓优点：极高的显色灵敏度和良好的检出限
✓缺点：水合茚三酮和不同的氨基酸显色程度有所差异，蛋白质水解程度的不同容易对测量结果造成较大误差。此外，茚三酮显色剂的稳定性较差，不利于长期存储
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严格执行突发事件上报制度、校外活动报批制度等相关规章制度。做到及时发现、制止、汇报并处理各类违纪行为或突发事件。
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严格执行突发事件上报制度、校外活动报批制度等相关规章制度。做到及时发现、制止、汇报并处理各类违纪行为或突发事件。
免疫印迹法检测样品中特异蛋白质的基本流程
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样品的凝胶电泳蛋白印迹封闭反应
与特异性抗体（一抗）孵育与酶耦联的二抗孵育显色或化学发光显影观察和记录结果
✓ 优点：简便、灵敏、快速，不消耗样品，测定后能回收
✓ 缺点:准确度较差、专一性差、干扰物质多，若样品中含有嘌呤、嘧啶及核酸等能吸收紫外光的物质，会出现较大的干扰
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严格执行突发事件上报制度、校外活动报批制度等相关规章制度。做到及时发现、制止、汇报并处理各类违纪行为或突发事件。
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严格执行突发事件上报制度、校外活动报批制度等相关规章制度。做到及时发现、制止、汇报并处理各类违纪行为或突发事件。
近红外光谱法
✓ 原理：当红外光照射样品分子时，极性共价键选择性地吸收某些波长的光后产生振动能级跃迁，吸收光子的频率与跃迁前后的能量差相关，吸收的强度取决于化学键振动的非谐性。分子的基频振动产生的吸收谱带位于波长2500-25000nm 的中红外区域，发生780-1100nm 的短波近红外区11002500nm 的长波近红外区的吸收谱带对应着基频振动的倍频和组合频。含氢基团（X-H）的振动跃迁非谐性常数最高，其在有机物的近红外吸收光谱中占主导地位。 ✓ 优点：绝大多数的有机物都有吸收响应，所以测量时几乎无需进行样品前处理 ✓ 缺点：吸收系数小，其检测限通常不到 0.1%，不利于对蛋白质的衡量分析

蛋白质分析法ppt课件

2021精选ppt在一个适合的宿主细胞中过量表达重组蛋白质产量的提高大大简化纯化过程通过在基因的5或3端加入6个组氨酸密码子形成纯化的标签可进一步加速纯化进程这使得含有固定金属离子如可与组氨酸结合的ni标签通常对蛋白质的功能没有什么影响2021精选ppt蛋白质测序蛋白质在测序之前首先需要经过水解得到小肽然后用自动蛋白质测序仪用edman降解法测定氨基酸序列2021精选ppt依据凝胶过滤层析将样品蛋白质洗脱时间与已知标准蛋白的洗脱时间相比可给出样品蛋白的近似分子量sds聚丙烯酰胺凝胶电泳可用于确定单个肽链的大小质谱测定极为精确但上限仅几kda且对蛋白质是破坏性的2021精选pptsds聚丙烯酰胺凝胶电泳测定分子量2021精选ppt10x衍射晶体学和核磁共振x晶体衍射x射线可与蛋白质中的电子作用得到特有的衍射图谱可用于确定晶体中原子的位臵2021精选ppt11功能分析基于氨基酸一级序列信息利用计算机辅助方法进行蛋白质三维结构预测
X-晶体衍射——X射线可与蛋白质中的电子作用得到特有的衍射图谱，可用于确定晶体中原子的位置
精品课件
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功能分析
基于氨基酸一级序列信息，利用计算机辅助方法进行蛋白质三维结构预测。
同源性分析氨基酸序列具有明显的相似性,这种相似性称为序列同源性。具有序列同源性的蛋白质称为同源蛋白质，同源蛋白共有的相似序列称为共义序列。
通过在基因的5’或3’端加入6个组氨酸密码子，形成纯化的标签，可进一步加速纯化进程，这使得含有固定金属离子如可与组氨酸结合的 Ni2+的亲和柱上
标签通常对蛋白质的功能没有什么影响
精品课件
6
蛋白质测序
蛋白质在测序之前首先需要经过水解，得到小肽，然后用自动蛋白质测序仪用 Edman降解法测定氨基酸序列

蛋白质分析软件使用方法介绍PPT课件

DAVID Gene Name Batch Viewer
1. The gene name batch viewer is able to quickly attach meaning to a list of gene IDs by rapidly translating them into their corresponding gene names.
DAVID Gene Functional classification
DAVID
Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery
DAVID provides a comprehensive set of functional annotation tools for investigators
2. before proceeding to analysis with other more comprehensive analytic tools, investigators can quickly glance at the gene names to further gain insight about their study and to answer questions.
3 3 Genes from the list
involved in this
annotation category
2 View and select
annotation categories of your interests
3 Single chart report
only for this Annotation categories

蛋白质免疫印迹技术及PPT课件

实验案例二：蛋白质相互作用分析
总结词
蛋白质相互作用分析有助于了解蛋白质之间的相互作用关系，进一步揭示生物学过程的分子机制。
详细描述
在实验中，首先将蛋白质样品进行分离和提纯，然后通过电泳分离蛋白质，再将其转移到膜上。接下来，利用抗体技术检测两种蛋白质是否相互作用。这种方法可以用于研究蛋白质之间的相互作用关系，为生物学过程的研究提供重要信息。
归一化处理
将目标蛋白的密度与内参蛋白的密度进行归一化，消除实验误差。
统计学分析
对实验组和对照组的数据进行统计分析，比较组间差异。
数据分析的注意事项
数据可靠性
确保数据来源可靠，避免数据污染和误差。
数据可比性
确保实验条件一致，使数据具有可比性。
数据解读
结合生物学背景和实验目的，对数据进行合理解读。
凝胶电泳
01
02
03
确定电泳条件
根据蛋白大小和分离需求，选择合适的凝胶浓度和电泳电压。
加样与电泳
将稀释后的蛋白样品加入凝胶的加样孔中，开始电泳分离蛋白质。
染色与脱色
电泳结束后，对凝胶进行染色，使蛋白质条带显现出来，然后进行脱色处理。
转膜

选择合适的转移膜
根据需要，选择NC膜、 PVDF膜等适合的转移膜。
实验操作流程
1. 样品制备
将细胞或组织提取蛋白，进行浓度测定。
2. 阻断
将膜置于脱脂奶粉或BSA中，封闭非特异性结合位点。
3. 抗体孵育
将抗体与膜在适当条件下孵育，使抗体与目标蛋白结合。
6. 结果观察
通过荧光显微镜或其他成像设备观察蛋白条带。
5. 显影
将荧光染料或其他标记物与抗体结合，使蛋白在膜上显像。

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3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。

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图），保存为TIFF 格式文件。
5
2. Image-Pro Plus 打开文件，剔除背景：
（1）放大镜放大目的区域
6
（2） Measure---calibration---intensity---options---image,选择背景最大value 值------ok-------ok----system---close
7
8
（3）Measure---count/size---measure---select measurements，选择IOD 为测量值，调整结果显示方式：Options-label style 改为mesureme接下来有2 种方法选择目的蛋白区域（即找出 AOI，area of interest, IPP 核心元件）：魔棒和手绘轨迹法。
2
（2） Quantity One ：有泳道-轨迹测定法，等高线/手绘选取目的区域测定法等方法
• ⅰ.泳道-轨迹测定法：先剔除一系列背景，再选择泳道（lane），然后分析条带（band）,最后使用高斯建模得出灰度分析值（Gauss Model trace）特点：感觉比较科学，重复性好，但十分繁琐，而且有时不能正确反应灰度。
蛋白灰度分析
1
蛋白灰度分析软件
•蛋白灰度分析软件有：Image-Pro Plus，Quantity One，Image J 等 ~~ （1）Image-Pro Plus 综合性能最好，操作简便结果可靠！因为它有强大的IOD 算法，能准确反应蛋白灰度~~但需要靠魔棒或轨迹法选取目的蛋白区域，有一定的主观性，不过蛋白灰度测定本身就是半定量分析-----测量值本身就没有一定标准，不同软件测量值不同，即使相同软件重复测量数值也不一定相同，因此只要测定数值能反应目的蛋白变化趋势，测量值相对偏差不大即可~~~
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（5）count/size---edit-----convert AOI to object---得出 IOD 值
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（6）若测下一条带，则点NEW AOI 按钮，再按以上方法选择AOI （7）可以count/size---view---measurement data 显示或输出测量值
• ⅱ.等高线-手绘选取目的区域测定法：通过等高线或手绘选取目的蛋白区域，最简便，但重复性不太好。
3
（3）Image J 最坑爹，它用魔棒选取区域测定灰度，可是有时很难选中所需区域，而且方法繁琐，不推荐！！
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Image-Pro Plus 分析蛋白灰度教程
• 说明：目的蛋白的灰度=目的蛋白IOD 值/ 相应内参IOD 值 • 1. 使用Photoshop 剪切出目的区域（只含western bolt 条带，如