第二章 分子动力学理论的平衡态理论
- 格式:ppt
- 大小:4.72 MB
- 文档页数:24
平衡态分子动力学平衡态分子动力学(Equilibrium Molecular Dynamics,EMD)是一种计算分子系统在平衡态下的热力学性质的方法。
它是分子动力学(Molecular Dynamics,MD)的一种特殊形式,它通过模拟分子之间的相互作用来计算温度、压力、能量等热力学性质。
下面将对EMD的原理、应用和发展进行详细介绍。
一、原理EMD是基于牛顿力学的,它通过模拟分子之间的相互作用来计算热力学性质。
在EMD中,分子之间的相互作用力可以用势函数来描述,通常采用的是Lennard-Jones势函数和Coulomb势函数。
分子的运动状态可以通过牛顿运动方程来描述,即F=ma,其中F是分子所受的力,m是分子的质量,a是分子的加速度。
通过求解牛顿运动方程,可以得到分子的位置和速度随时间的变化规律。
EMD的核心是模拟分子之间的相互作用,这需要用到分子间的相互作用势函数。
Lennard-Jones势函数是一种常用的分子间相互作用势函数,它可以描述分子之间的范德华力和排斥力。
Coulomb势函数则是描述分子之间的电荷相互作用。
在EMD中,这两种势函数通常被组合起来使用,以模拟分子间的相互作用。
二、应用EMD在材料科学、化学、生物学等领域都有广泛的应用。
其中,最常见的应用是研究材料的热力学性质,如热容、热导率、热膨胀系数等。
EMD也可以用来研究分子的结构和动力学性质,如溶剂分子的扩散、蛋白质的折叠等。
此外,EMD 还可以用来研究分子间的相互作用,如氢键、离子对等。
三、发展EMD是分子动力学的一种特殊形式,它的发展与分子动力学的发展密切相关。
随着计算机技术的不断进步,EMD的模拟规模和时间尺度得到了不断扩大,从而使得EMD在材料科学、化学、生物学等领域的应用得到了广泛的推广。
同时,EMD的理论基础也得到了不断加强,如基于密度泛函理论的EMD方法、基于量子力学的EMD方法等。
总之,EMD是一种计算分子系统在平衡态下的热力学性质的方法,它通过模拟分子之间的相互作用来计算温度、压力、能量等热力学性质。
分子动力学基本知识分子动力学模拟基本步骤起始构型:进行分子动力学模拟的第一步是确定起始构型,一个能量较低的起始构型是进行分子模拟的基础,一般分子的起始构型主要来自实验数据或量子化学计算。
分子动力学在确定起始构型之后要赋予构成分子的各个原子速度,这一速度是根据波尔兹曼分布随机生成的,由于速度的分布符合波尔兹曼统计,因此在这个阶段,体系的温度是恒定的。
另外,在随机生成各个原子的运动速度之后须进行调整,使得体系总体在各个方向上的动量之和为零,即保证体系没有平动位移。
平衡相:由上一步确定的分子组建平衡相,在构建平衡相的时候会对构型、温度等参数加以监控。
生产相:在这个过程中,体系总能量不变,但分子内部势能和动能不断相互转化,从而体系的温度也不断变化请大家注意:温度是体系中分子动能的宏观体现关于势能函数:在计算宏观体积和微观成分关系的时候主要采用刚球模型的二体势,计算系统能量,熵等关系时早期多采用Lennard-Jones、morse势等双体势模型,对于金属计算,主要采用morse势,但是由于通过实验拟合的对势容易导致柯西关系,与实验不符,因此在后来的模拟中有人提出采用EAM等多体势模型,或者采用第一性原理计算结果通过一定的物理方法来拟合二体势函数。
但是相对于二体势模型,多体势往往缺乏明确的表达式,参量很多,模拟收敛速度很慢,给应用带来很大的困难,因此在一般应用中,通过第一性原理计算结果拟合势函数的L-J,morse等势模型的应用仍然非常广泛。
时间步长:就是抽样的间隔,因而时间步长的选取对动力学模拟非常重要。
太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞,体系数据溢出;太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力,因此一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。
但是通常情况下,体系各自由度中运动周期最短的是各个化学键的振动.分子动力学模拟应用很广泛,也正应为如此我们在使用的时候需要根据自己的特殊状况,对模拟中的很多状况加以选取与约束。
第三章 输运现象与分子动理学理论的非平稳态理论教学目的与要求:明白得粘性现象、热传导现象和扩散现象所遵循的宏观规律及其输运性质,明白得理想气体三种输运现象的微观说明;把握分子间平均碰撞频率和气体分子平均自由程的概念;了解气体输运系数的导出;了解稀薄气体中的输运进程。
教学方式:课堂教学。
注意引导学生从宏观和微观两方面明白得三种输运现象。
教学重点:粘性现象、热传导现象和扩散现象所遵循的宏观规律,理想气体三种输运现象的微观说明,分子间平均碰撞频率,气体分子平均自由程。
教学时数:12 要紧教学内容:第一节 粘性现象的宏观规律一、牛顿粘性定律 层流 一、层流/湍流层流:在流动进程中,相邻质点的轨迹线彼此仅稍有不同,不同流体质点的轨迹线不彼此混杂。
条件:流速较小,更确切说是雷诺数较小 湍流:流体的不规那么运动 条件:雷诺数较大二、稳恒层流中的黏性现象(内摩檫现象)流体作层流时,通过任一平行于流速的截面双侧的相邻两层流体上作用有一对阻止它们相对“滑动”的切向作使劲与反作使劲,使流动较快的一层流体减速,流动较慢的一层流体加速。
这种力称为黏性力(内摩擦力)最后,各层流体的流速再也不随时刻转变。
3、牛顿黏性定律各量含义:u :流体速度(分子的定向运动速度)A dzduf ⋅⋅-=ηdu/dz :速度梯度,稳恒层流中处处相等 A :切向面积负号:相对速度较大的流体老是受到阻力 η:黏度(黏性系数) 单位:帕斯卡秒() = 1Kg. 黏度与流体的流动性质、温度有关。
数量级(P 110表):空气,常温10-5;水,10-3, 4、非牛顿流体(1)其速度梯度与相互垂直的黏性力间不呈线性函数关系,如血液、泥浆、橡胶等。
(2)其黏性系数会随着时刻而变的,如:油漆等凝胶物质。
(3)对形变具有部份弹性恢复作用,如沥青等黏弹性物质。
五、气体黏性微观机理常压下气体的黏性是由流速不同的流体层之间的定向动量的迁移产生的。
说明:注意条件A 、压强超级低的气体(克努曾气体)黏性的微观机理:气体分子与器壁碰撞时动量转变。
基于平衡态理论的生物分子动力学模拟生物分子动力学模拟是一种模拟分子间相互作用和运动的技术。
这种技术可以帮助科学家了解生物分子的结构和功能。
其中,平衡态理论则是一种描述分子停留在平衡态的方法。
平衡态理论是描述分子系统在平衡态时所遵循的物理学规律的一种方法。
在这个理论中,分子被认为是一个弹簧系统,弹簧的强度受到分子之间的相互力的影响。
当分子的相互作用达到平衡时,分子系统就达到了一个稳定的状态。
这个状态可以被描述为分子动力学的一个基本概念,也被称为平衡态。
生物分子动力学模拟基于平衡态理论,通过使用数学模型和计算机程序,模拟生物分子在平衡态时的运动和相互作用。
模拟过程中,被模拟的生物分子被看作一个弹簧系统,并受到分子间相互作用和溶剂(如水)的影响。
生物分子动力学模拟的应用广泛,如药物设计、生物大分子结构探索以及功能研究等。
其中,药物设计是目前应用最广泛的领域之一。
药物设计的主要目的是找到对特定疾病有治疗作用的化合物。
在生物分子动力学模拟中,科学家可以针对某个生物大分子(如蛋白质)进行模拟,对接药物分子寻找最佳结合方式,从而预测药品的活性和效果。
生物分子动力学模拟在药物设计中的应用与理论计算和实验室实验相互补充。
理论计算可以帮助科学家预测重要的分子参数,如分子的构象和能量等,而实验室实验则可以验证这些预测结果。
除了药物设计,生物分子动力学模拟还在其他领域得到应用。
如,人类基因组计划的成功使科学家能够了解人类基因组的构成和功能,但是我们仍需要了解基因组中各种蛋白质之间的相互作用和运动方式。
生物分子动力学模拟可以帮助科学家更好地了解蛋白质的结构和功能,从而更好地理解基因组的构成和功能。
总之,生物分子动力学模拟是一种理论科学工具,通过使用计算机模拟生物分子之间的相互作用和运动,帮助科学家了解生物分子结构和功能。
在药物设计和其他领域中,这种模拟技术也有着重要的应用。