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第三章 ChemOffice 软件的操作与使用

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化学软件chemoffice安装和基本教程

化学软件chemoffice安装和基本教程
➢改变元素:
双击需要改变元素符号的原子，弹出输入框，输入元素符号，按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子，执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令，可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
（1）ChemDraw结构式转换为3D模型 （2）3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
化学反应的检索
查找免费网络资源
免费资源查找链接
分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
（1）利用键工具建立模型 （2）利用文本工具建立模型
（3）利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键； 然后整理结构，执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具，双击需要改变序号的原子，弹出输入框， 输入原子序号，按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移（structure---predict 1H-NMR shifts）
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
（3）化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置，按Shift键点 击可由水平变为垂直。

画图软件Chemwindow使用课件

画图软件Chemwindow使用课件
中的效果是一样的。
绘图窗口：位于整个软件界面的中间，是用户编辑绘制
图形结构的主要区域。
ห้องสมุดไป่ตู้
依次出现的工具栏分别为：标准工具栏、自定义
工具栏、轨道工具栏、命令工具栏、反应工具栏、
连接工具栏、绘图工具栏、其他工具栏、元件工
具栏、模板工具栏、风格工具栏、图形风格工具
栏、缩放工具栏
练习： 1. 利用单键工具构建3-甲基庚烷的分子结构
括菜单栏、工具栏等，如下图所示。
标题栏
菜单栏
绘图窗口
工具栏
标题栏： 注明了程序的名称以及当前所编辑的文件的
名称；
菜单栏： 包含了ChemWindow中所有的命令，用户通
过菜单栏可以非常轻松的编辑自己所需的化学结构图形；
工具栏： 包含了常用的编辑工具，使用这些工具，用
户可以方便的编辑对象。选用这些工具的效果和使用菜单
2. 利用连接工具构建乙烷的构型
3. 利用连接工具构建D-(+)-葡萄糖 4. 利用基本工具构建1，3-己二烯-5-炔
5. 构建环形分子结构
6. 构建维生素A的结构
7. 完成MS分裂（拆分）
8. 利用模板工具构建二苯并-18-冠-6分子
9. 利用基本工具构建下列位能曲线图（见左下图）
10. 按照杂化轨道理论，苯分子中六个碳原子都是
图形和化学反应装置图所需的各种模板，供用户
选择；
３.具有强大的分子图形编辑功能；
４. 有相应的３Ｄ软件，可以清晰美观地表现所
绘制的分子式的三维构型；
５. 可以计算分子点群和特征表，显示出构建分
子的对称元素；
６. 利用插件，还可以进行光谱数据的分析。
Chemwindow界面结构

ChemBioOffice教程3

ChemBioOffice教程3

实验三 — 能量计算和模拟 步骤2: 分子间相互作用能量曲线 计算两个甲烷分子间的弱 相互作用
Gamess设置
实验三 — 能量计算和模拟 步骤2: 分子间相互作用能量曲线 两个甲烷分子间的弱 相互作用能数据 R/A ΔE / cm-1 图示
实验三 — 能量计算和模拟 步骤2: 分子间相互作用能量曲线 分子间的弱相互作用能一般用L-J(12-6)函数拟合
“过渡态”
实验三 — 能量计算和模拟
如果你已经阅读到这儿, 恭喜你 已经离一个计算化学研究者很近 了!
6 ⎡⎛ σ ⎞12 ⎛σ ⎞ ⎤ V ( R ) = ε ⎢⎜ ⎟ − 2 ⎜ ⎟ ⎥ ⎝R⎠ ⎥ ⎢⎝ R ⎠ ⎣ ⎦
势阱
平衡间距
实验三 — 能量计算和模拟 步骤2: 分子间相互作用能量曲线 两个甲烷分子间的弱相互作用能数据用L-J(12-6)函数拟合 结论: 两个CH4分子可以形 成弱复合物, 结合能 为73 cm-1, 质心平衡 间距约为4.3 A.
实验三 — 能量计算和模拟 步骤1: 分子的解离能量曲线 H2 → H(2S) + H(2S)
• 用Gamess程序 • 用HF, MP2, B3LYP三种方法 • 用6-31G(p)基组 • 计算单重态和三重态两条线 • 用Morse势拟合单重态能量曲线
实验三 — 能量计算和模拟 步骤1: 分子的解离能量曲线 画出H2分子 选中HH键 点右键, 选择 H2 → H(2S) + H(2S)
实验三 — 能量计算和模拟 步骤4: H—H — H共线势能面的创建
实验三 — 能量计算和模拟 步骤4: H—H — H共线势能面的创建 势能数据 R1 R2 E R1 R2 E
实验三 — 能量计算和模拟 步骤4: H—H — H共线势能面的创建 过渡态

Chemoffice_2008_使用教程

Chemoffice_2008_使用教程

C hemoffice2008使用教程ChembioOffice简介ChembioOffice是由CambridgeSoft开发的综合性科学应用软件包。

该软件包是为广大从事化学、生物研究领域的科研人员个人使用而设计开发的产品。

同时，这个产品又可以共享解决方案，给研究机构的所有科技工作者带来效益。

利用ChemBioOffice你可以方便的进行化学生物结构绘图、分子模型及仿真、可以将化合物名称直接转为结构图，省去绘图的麻烦；也可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合物名。

目前最新的版本为Chemoffice 2010。

Chemoffice2008包括以下几个部分：1.ChemDraw Ultra11.0：化学结构绘图。

2.Chem3D Ultra11.0：分子模型及仿真。

3.ChemFinder Ultra11.0：化学信息搜寻整合系统4.E-Notebook11.0：整理化学信息、文件和数据，并从中取得所要的结果。

Chemoffice安装方法：1.运行setup.exe2.输入证书时输入：Name:lZ0email:lz0@Serial:011-256104-71993.然后点击"Activate Later"4.复制crack.reg文件到C:\Program Files\CambridgeSoft\ChemOffice2008\Common\DLLs 双击确定即可ChemDraw的使用方法：1.绘制结构式以水杨酸（salicylic acid）为例步骤：1.打开ChemDraw2.单击垂直工具栏右下角的图标，鼠标变成苯环的样子，在绘图区单击鼠标出现一个苯环3.单击图标，将鼠标移至苯环的一个角上，出现深色的正方形连接点4.自连接点横向拉出一根实线单键，松开鼠标，自单键终点向右下方再次拉出一根单键，与前一根单键夹角约为109°，其余类推。

5.选中垂直工具栏中的文本工具，分别将鼠标移至应该出现羟基或氧原子的位置，待出现连接点后，点击键盘上的O键。

chemoffice安装和基本教程

chemoffice安装和基本教程

分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
（1）利用键工具建立模型 （2）利用文本工具建立模型
（3）利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键；
选择键命令或环命令，直接在环的任何一个节点处点击 或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接。
选择环的一个节点，按住鼠标左键，从一个节点拖至另 一个节点，可以实现环与环的双点连接。 元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似，同样 在“Structure”菜单中可以对选择的键的属性进行设定。
（3）链工具
图4-18复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
乙酰水杨酸合成反应方程式
图4-20符号窗口
图4-21 字体选项
图4-22“Color”菜单选项
图4-23调色板
绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制，在模板 中选择所需的实验仪器，单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
• 两个结构的连接
连接前的胡萝卜素结构
CH3 CH3 CH3 CH3 CH3 H C CH 3 3
H3C CH3
H3C
绘制
修正
图形存盘
图形旋转和缩放
检查结构错误
结构式 名称
(1)名称结构(structure convert name to structure) 先靠文字输入
结构式 名称

化学绘图软件Chemoffice

化学绘图软件Chemoffice

1
第一节 Chemoffice
目 录 上一页 下一页 结 束
1 Chem3D 是一个用于设计化学模型的应用 软件，它是一个简单易用的图形界面和界 面脚本将构建、分析、计算工具融于一体。 将二维平面的有机分子结构图形转化成三 维的空间结构，在分子和原子水平上模拟 和分析分子的立体构象是Chem3D的一大 特点。此外Chem3D还提供一些辅助的计 算工具，例如优化模型，构象搜索、分子 动力学和计算分子的单点能量等。
目 录 上一页 下一页 结 束
Chemoffice是美国CambridgeSoft公司 出的重要产品之一，ChemOffice 是世界 上最优秀的桌面化学软件，集强大的应用功 能于一身，为您提供了优秀的化学辅助系统， 使您的研究工作达到一个新的高度。 ChemOffice Ultra 包括 ChemDraw Ultra 化学 结构绘图、Chem3D Ultra 分子模型及仿真、 ChemFinder Ultra 化学信息搜寻整合系统等 一系列完整的软件。可以将化合物名称直接 转为结构图，省去绘图的麻烦。
目 录 上一页 下一页 结 束
6
目 录 上一页 下一页 结 束
二 工作界面 1 标题栏 2 菜单栏 3 工具栏
7
目 录 上一页 下一页 结 束
三 文件的基本操作 1 新建文件 2 打开文件 3 保存文件
8
第四节 自定义Chem3D的工作界面
1 页面参数的设置 files→Preferences 2 文档的设置 files→Model Setting 3 工具条的现实与隐藏 View → Toolbars
14
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5 使用绘图模板绘制
1 files→Sample Files→Inorganic

chemoffice使用技巧

chemoffice使用技巧



CuOH NH
X
R
O
+
RMgX
C O Mg X
Mg R
C O MgX
+
RMgX
结构不同显示方式
View/Setting/Model Dispaly 菜单或F6键：五种
Space Filling
Wire Frame
Sticks
Ball-Sticks Cylindrical Bonds
启动
菜单栏
主工具栏
格式工具栏
结构工具栏
绘图区
套索选择 轨迹球 单键 双键 虚键 切割键 楔形切割键 粗体键 楔形粗体键 空心楔形键 波状键 表格 脂肪链 环丙烷环 环戊烷环 环庚烷环 环己烷椅式1 环戊二烯环
矩形选择框 分割工具 橡皮擦 文本输入 笔形输入 箭头 轨道输入 制图模型 括号输入 化学符号 质疑工具 薄板层析图板工具 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式2 苯环
Fe
NH3 O H OH
HC HC CH
CH CH
C H
Hale Waihona Puke 三肽分子的结构和命名O O
N
O O
NH HN
2-(1,3-dioxoisoindolin-2-yl)-N1,N3diphenylmalonamide
CuNH

+

H


CuOH NH
CuNH
+ H

化学软件ChemOffice的使用说明

化学软件ChemOffice的使用说明

•文件命令对话框
图4 文件命令的对话框
（2）
主 工 具 图 标 板
图 5主工具图标板
主 工 具 图 表 板
图6 主工具图表板的子图标板
2、模板
图7 模板工具图标板示例
3、绘制与编辑典型化学物质结构式
（1）键工具： 主工具图标板上提供了九个键操作的命令，其中双
键命令板中的子菜单中还包 括12个键命令。利用键工 具进行结构绘制操作的基本操作：首先在命令面板中选 取键命令，绘制的基本操作是“点位”、 “拖动”和 “点击”。
（2）方程式的建立
•箭头的选择 •利用绘图工具选择合适的阴影框罩住方程式
（3）化学反应方程式绘制举例
乙酰水杨酸又称为阿司匹林，为常用的退热镇痛药物。制备乙酰水杨酸 最常用的方法是将水杨酸与乙酐作用，生成乙酰水杨酸。
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
一概述
ChemOffice软件是由剑桥化学软件公司开发的集 成化学软件桌面系统，集成了Chem3D、ChemDraw、 ChemFinder和ChemInfo，以及Chem TableEditor等软 件，具有强大的高端开发功能。
ChemDraw Ultra 8.0 化学结构绘图 Chem3D Ultra 8.0 分子模型及仿真 ChemFinder Pro8.0 化学信息搜寻整合系统
图18 复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
图19 乙酰水杨酸合成反应方程式
图20 符号窗口
图21 字体选项
图22 “Color”菜单选项
图23 调色板
6、绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制，在模板 中选择所需的实验仪器，单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。

第三章-chemdraw使用

第三章-chemdraw使用

利用化学通式来获取一系列类似结构(structure菜单)
不同基团用逗号分隔开
(9)图形的输出 可直接保存为gif, bmp, tif以及eps等图形格式
利用Windows剪贴板，通过复制、粘贴操作把 图形输出到Word等文档中(双击可编辑)
上机习题： (1) 绘制肽键和肽的几何形状
H N H C O C R H N H C R C O H N H C O C R
(2) 绘制下列反应式
(3) 画出减压蒸馏装置示意图
(4) 将上述结果一起保存到word文档中
当多个对象发 生重叠时，控 制它们的前后 关系 包括水平、垂 直翻转、不同 角度旋转等
构型菜单：用于设置原 子、键属性、构型检查、 特殊构型产生方法、反 应分析以及NMR预测和 构型的命名等 构型检查和调整 构造构型特殊方法 预测H和C的NMR 定义昵称、通过化合物 名字自动生成构型以及 对构型的自动命名
原子轨道工具 (包括s、p、d轨道以及σ、 sp杂化轨道)
画图工具 (包括圆、 椭圆、方框 以及弧线)
基元工具
符号工具
模 板 工 具 (20种)
氨基酸支链模板 氨基酸模板 芳香族化合物模板 双环化合物模板 生物模板 实验仪器模板1 实验仪器模板2 构象异构体模板 环戊二烯模板 环烃模板、DNA模板 功能团模板、己糖模板 纳米管模板、苯环模板 多面体模板、多肽模板 RNA模板、立体中心模板 超分子模板
该C原子配 位数过高
•选择化学键，修改键的类型
说明： 选择所要修改的键，然后点法是选择实单 键工具按钮后单击所要修改的单键即可
该方法适用于其它类型化学键的修改
例如：
对于双键的修改也可用类似的方法获得不同表 示方式的双键：

化学软件 ChemOffice 的使用

化学软件 ChemOffice 的使用

蓬罩 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 原子反应 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
ChemDraw——工具 键工具
模板工具
8
箭头工具
轨道工具
画图工具
基元工具符号工具Leabharlann 弧形工具原子反应工具
键及元素文本属性的设置
4. ChemDraw——主要操作
主要绘制一些结构式、反应方程式、搭建化学反应仪器等。
13CNMR预测
13CNMR预测结果
部分预测结果
四、绘制化学反应方程式：
化学反应方程式的绘制
四、搭建实验装置：
化学软件 ChemOffice 的使用
2013/09/24
主要内容
1
Chemoffice 的概述
2
ChemDraw 介绍及操作
ChemDraw 的界面
ChemDraw 的工具
ChemDraw 主要操作
1. ChemOffice 概述
ChemOffice 软件是由剑桥化学软件公司开发的集成化学软件桌面系 统，集成了Chem3D、ChemDraw、ChemFinder 和 ChemInfo，以及Chem TableEditor等软件，具有强大的高端开发功能。
➢ ChemDraw Ultra 11.0 化学结构绘图 ➢ Chem3D Ultra 11.0 分子模型及仿真 ➢ ChemFinder Pro11.0 化学信息搜寻整合系统 ➢ E2Notebook Ultra11.0 ➢ BioAssay Pro11.0 ➢ 量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面 ➢ ChemSAR Server Exce ➢ ClogP，CombiChemPExcel

3 质谱软件的使用-Chem Office 结构绘制修饰和标示示意图

3 质谱软件的使用-Chem Office 结构绘制修饰和标示示意图

Cordraw, PPT在质谱图解析与美化中的应用讲课人：张洪涛桌布的设置点击这个位置，就可以出现所有的桌布设置格式，选择即可，比如我们选择A4桌布的高级设置点击这个位置，就可以使用鼠标的拖拉功能和选择等功能点击鼠标左键，拖拉想要选中的区域，就可以成功选择点击鼠标右键，会出现选择区域，ungroup表示将你所选中的图解组合如何实现图的大小设定？图的相对大小在这个位置来输入参数，调整其大小记住奥，必须用鼠标左键点击后才可以在右边参数设置框设置参数记住点击这个标志后在输入高和宽的参数：一般设置：H: 160 mmV: 45 mm记住点击这个标志d 的意思是图像的设置按照你输入的参数来进行，不进行成比例放大记住点击这个标志是使图像位于桌布中央点击鼠标右键，会出现选择区域，combine 表示将你所选中的图组合为一个图点击鼠标右键，会出现选择区域，group 表示将你所选中的图组合为一个组改变size 单位点击鼠标右键，选中Edit，会出现下面所示区域推荐选数值为0.1mm怎么添加文字？用鼠标点击“字”符号用鼠标点击想要加入文字的位置，就可以输入文字怎么解决字体的大小问题?所有选项全部取消用鼠标选中要修改字体的区域用鼠标选中要用的类型用鼠标选中要用的大小，回车键搞定怎样实现字体的上下标问题？选择上下标，搞定如何实现糖结构的质谱分析标注示意图LNFP II0,2A 4792C 3690C 2528D 1-2348D 2-2a 364LNFP IILNFP II LNFP III0,2A4792C3690C2528D1-2348D2-2a3640,2A4792C3690C2528D2-2a364C1179B1161。

化学软件ChemOffice的使用说明

化学软件ChemOffice的使用说明

具进行结构绘制操作的基本操作：首先在命令面板中选 取键命令，绘制的基本操作是“点位”、 “拖动”和 “点击”。
图4-8 绘制分子结构的基本操作
① 键的产生：
点位后，向某个方向拖动可以产生。 直接单击，产生所选择类型的化学键，连续点击两键相连默 认角度为120度。 点位位于一键的起点（显示小蓝块），沿键拖动会产生重键。 点位为于键中间，单击同样可以产生重键（三键点击后变单 键）。
H3C
CH3
CH3
CH3 H3C
图12 胡萝卜素结构
图13 连接点及单键的产生
图14 长链的生成
•结构的复制及旋转
• 两个结构的连接
连接前的胡萝卜素结构
4、化合物结构与命名
图17 命名示例图示表
5、 绘制化学反应方程式
（1）反应物结构式的绘制 • 普通分子结构的绘制 • 离子结构的绘制
• 中间体结构的绘制 • 立体结构的绘制
图18 复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
图19 乙酰水杨酸合成反应方程式
图20 符号窗口
图21 字体选项
图22 “Color”菜单选项
图23 调色板
6、绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制，在模板 中选择所需的实验仪器，单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
选择键命令或环命令，直接在环的任何一个节点处点击 或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接。 选择环的一个节点，按住鼠标左键，从一个节点拖至另 一个节点，可以实现环与环的双点连接。 元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似，同样 在“Structure”菜单中可以对选择的键的属性进行设定。

化学软件ChemOffice的使用说明共33页

化学软件ChemOffice的使用说明共33页
拉
60、生活的道路一旦选定，就要勇敢地 走到底 ，决不 回头。 —ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ左
化学软件ChemOffice的使用说明
1、战鼓一响，法律无声。——英国 2、任何法律的根本；不，不成文法本 身就是 讲道理 ……法 律，也 ----即 明示道 理。— —爱·科 克
3、法律是最保险的头盔。——爱·科 克 4、一个国家如果纲纪不正，其国风一 定颓败 。—— 塞内加 5、法律不能使人人平等，但是在法律 面前人 人是平 等的。 ——波 洛克
56、书不仅是生活，而且是现在、过 去和未 来文化 生活的 源泉。 ——库 法耶夫 57、生命不可能有两次，但许多人连一 次也不 善于度 过。— —吕凯 特 58、问渠哪得清如许，为有源头活水来 。—— 朱熹 59、我的努力求学没有得到别的好处， 只不过 是愈来 愈发觉 自己的 无知。 ——笛 卡儿

化学软件应用---ChemOffice

化学软件应用---ChemOffice
化学办公软件 ChemOffice
ChemOffice简介
• 分子式和结构式是化学家的语言，这类特殊的数 据需要专门软件来处理。目前已经有了许多化学 软件问世，其中ChemOffice是世界上最优秀的 化学软件，集强大的应用功能于一身，其结构绘 图是国内外重要论文期刊制定的格式。化学工作 者可以用ChemOffice去完成自己的想法，与同 行交流化学结构、模型和相关信息。是化学工作 者的必备软件。
式、摩尔质量、同位素分布图，元素分析组成比例等数
据。 【View】/【Show Chemical Properties
Window】，弹出化学性质窗口，包含该化合物的沸
点、熔点、临界温度、临界压力、临街体积、Gibbs自 由能、LogP、MR、Herry’s Law、生成热、ClogP、 CMR等。
• 1.3.2 图形存盘
画好的分子结构图形可以保存为文件，以备将来使用 或修改。ChemDraw文件的扩展名为“cdx”。 【File】/【Save As】，弹出【另存为】对话框，
即可保存。【保存类型】有多种选项，可另存为Chem
Draw 3.x版的格式（“chm”），或“gif”、“bmp”图形 格式，或另存为ISIS格式。
Map】菜单命令即可打开符号窗
口。 单击 按钮，可以选择各种 Windows字体和符号，包括汉 字。
（2）改变字体 【Text】/【Font】 菜单命令可以改变字
体。 Windows的所有字
体都可以在ChemDraw
中使用，也包括汉字字
体。
（3）改变颜色
默认状态下，ChemDraw的文字和绘制的图形是黑色 的，根据实际需要可以变换文字及图形的颜色。 • 选中画好的结构式或图形 • 单击【Color】，出现下拉菜单，除了黑色之外，还包 含6中可以选择的颜色 • 单击所选中的颜色，完成改变颜色的操作。 • 若不喜欢给出的颜色，单击【Others】选项，弹出 【颜色】调色板，其中由更多的颜色可供选择，还可以 自定义颜色。
  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
等工具和对象的旋转、缩放等操作
3. Newman（纽曼）投影式
关键在于化学键的叠放顺序（图层相互覆盖的问题）， 方法是选中一部分对象，按鼠标右键选择Send to Back和 Bring to Front以改变其层次关系。 Newman投影式绘 制相对比较简单。
4. 立体化学
下图中的四个结构 式是同一种物质
执行【Structure】/【Predict 1H-NMR-Shift】菜单命令
分别执行【View】/【Show Analysis Window】和 【View】/【Show Chemical Properties Window】 菜单命令
执行【View】/【Show Period Table Window】 菜单命令，并可以得到 该元素的物理性质
箭头、轨道、绘图元素、括弧、 化学符号、询问工具模板 氨基酸模板 芳香族、双环、生物艺术模板 玻璃仪器模板 构象异构体模板 环戊二烯、环烷模板 DNA、RNA模板
超分子模板
绘图实例
绘制阿司匹林结构式
O
利用模板按左图绘制出简式；
O
O
单击选取框按钮，选中画好的 阿司匹林结构式；
第二个图形是使用Object 菜单的ShowStereochemistry 命令建立的 第三个图形是第二个图 形水平反转的结构
第四个图形是第三 个图形垂直旋转180度 的结果
为了出现Rotate180 Vertical，这个菜单项 需要同时按住Alt键
3.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算
执行【Structure】/【Clean Up Structure】菜单命令，整理图形 到最佳状态。
OH
aspirin
图形存盘 ChemDraw文件的扩展名为“cdx”，执行 【File】/【Save As】菜单命令，即可保存。
图形的旋转与缩放 检查结构错误和整理结构式
执行【Structure】/Check Structure】功能自动执行 执行【Structure】/【Convert Name to Structure】菜单命令 如aspirin、EDTA、morphine、 2-acetoxybenzoic acid等
主
菜单栏
结构工具栏
主工具栏
格式栏
界
面
模板工具栏
绘图区
状态栏
O H2N CH CH2 C OH
N NH
H OH H HO H H OH OH OH H O
HO H
H
O
H
OH H HO H OH OH
模 板
垂直工具栏上的【模板】按钮包含了常 用的和重要的模板如多种较复杂的分子 种类和玻璃仪器模板 官能团模板 己糖模板 苯环模板 多面体模板 立构中心模板
模型窗口 旋转柄 旋转柄
建立3D模型的方法 利用键工具建立
线状模型 棒状模型 球棍模型 圆柱键模型 比例模型
利用文本工具建立
使用子结构建立 使用模板建立
ChemDraw结构式与3D模型间的转换
ChemDraw结构式转换为3D模型 选中结构式，复制到3D窗口中，自动转变成3D模型。 直接打开ChemDraw文件 在3D窗口中执行【File】/【Open】菜单命令，在【文件类 型】窗口中选中“ChemDraw（*.cdx,*chm）”类型，单击 “打开”按钮打开文件。 3D模型转换为平面结构式 选中3D模型，执行【Edit】/【Copy As】/【chemDraw Structure】菜单命令，复制该模型粘贴到ChemDraw窗口中。
根据化合物名称得到结构式
根据结构得出化合物命名 预测核磁共振化学位移 分子结构估计性质 元素周期表
符号、字体和颜色
快捷菜单和快捷键 绘制化学反应式 绘制实验装置
3.2.2 结构绘制功能
1. 简单的无机反应式和有机分子式
ChemDraw中可以一次性输入反应式文本，在应用 “Formula” 进行优化，其Formula格式化的智能程度较其他软件有所增 强。
ChemDraw提供了核磁位移的估计计算，可以在 选定分子后在Estimate菜单选择1H NMR Shift或1C NMR Shift，相应给出分子各个H或C的位移。列表 给出详细资料：
心血管药物心得安 （propranolol）
执行【Structure】/【Predict 13C-NMR-Shift】菜单命令
3. 3 Chem3D的使用
Chem3D是与ChemDraw配合使用的软件，主要是为了打开三维结构， 再使用各种量子化学软件计算和预测该结构的各种性质。 它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构 式可以正确地自动转换为三维结构，
旋转柄
垂直工具栏
Chem3D中α-D-葡萄 糖的显示效果图
3.2
3.2.1 概述
ChemDraw的使用
3.2.2 化学结构绘图 3.2.3 ChemNMR-核磁谱的计算 3.2.4 ChemProp-分子物理化学性质计算和标准 命名
3.2.5 原子轨道和分子轨道图的制作
3.2.1 概述
ChemDraw奉行的理念是： 化学家能懂的， ChemDraw也应该能懂
显示3D模型信息
将鼠标移动至3D模型的原子上，会弹出一个窗口显示该 原子的相关信息； 将鼠标移动至3D模型的化学键上，会弹出一个窗口显示 该化学键的相关信息，包括键长、键级等。 按住【Shift】键不动，用鼠标顺序选中连续的3个原 子，然后将鼠标停留在任一个原子上，即可显示这3个 原子形成的键角； 要显示更详细的信息，可执行【Analyze】/【Show Measurements】/【Show Bond Lengths】菜单命令
美国剑桥(CambridgeSoft)公司() 其最新版本ChemOffice Ultra 2004是目前世界上最优秀、最 重要和最权威的桌面化学办公应用软件，集强大的应用功能 于一身，为化学工作者提供了优秀的化学辅助系统。 它既可以轻松的绘出分子结构图和化学反应方程式、实验
根据分子式检索
输入分子式
与输入分子式 相关的结构选 项有7项，可 单击 按钮逐 项查看
输入C5-6N2，按回车键
单击【Switch to Table】 按钮，显示窗口变成列表
根据化学名称检索
输入*nico*， 按回车键
单击 按钮逐项查看，可显示大名鼎鼎的尼古丁分子， 其貌不扬但危害巨大。
室仪器装置和化学工艺流程图等，并应用到字处理软件中；
而且可以将化合物名称直接转为结构图，省却绘图的麻烦； 也可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合 物名称。
包含三大模块
1. ChemDraw模块——化学结构绘图 是世界上最受欢迎的化学结构绘图软件，是国际 上个论文期刊指定的格式。 2. Chem3D模块——分子构型与仿真分析 具有完整的界面及功能，提供工作站级的3D分子 轮廓图及分子轨道特性分析，并和数种量子化学 软件结合在一起。 3. ChemFinder模块——化学信息搜寻整合系统 智能型的快速化学搜索引擎。可以建立化学数据 库、储存及搜索，也可以使用现成的化学数据库。
整理结构与简单优化
执行【Edit】/【Select All】菜单 命令，将模型全部选中； 执行【Tools】/【Clean Up Structure】菜单命令，整理结构 执行【MM2】/【Minimize】菜 单命令，弹出【Minimize Energy】对话框。 单击RUN按钮开始对模型进行 优化，最终给出能量最低状态。
根据相对分子量检索 使用化学反应数据库 查找免费网络资源
3.4.2 根据结构式检索
ChemFinder自带多个数据库，其扩展名为 “sfw” 启动ChemFinder 打开对话框，其中包括3个选项卡，单击 【Existing】选项卡 单击选中“CS_DEMO”数据库，单击“打 开”按钮
绘制实验装置图
执行【View】/【Other Toolbars】/ 【Clipware，Part1或Part2】菜单命令 可以用磨口玻璃仪器接插件迅速搭 建化学反应装置
3.2.4 ChemProp—— 分子物理化学性质计算和标准命名
7.2.5 原子轨道图与分子轨道图的制作
ChemDraw绘制轨道的方法是使用轨道绘制工具箱，这 个工具箱能够绘制s轨道、σ轨道、单瓣轨道、p轨道、 杂化轨道、d轨道和dz2轨道。每种轨道都包括有三种填 充类型：背景色、阴影和纯色，具体的颜色则可以自己 设置。下图是一个例子：
化学办公软件
第三章 ChemOffice 软件的使用
3. 1 简 介 3. 2 ChemDraw的使用 3. 3 Chem3D的使用 3. 4 ChemFinder的使用
分子式和结构式是化学家的语言
随着计算机的广泛运用及计算 机功能的增强，用计算机绘制分 子的化学结构已经成为现实。
目录
3.1 简介
关键在于第五个碳原子的向下方 向的键，为了避免与其他键交叉 需要按住Alt键再绘制。接着选中 整个图形，按住Shift键进行缩放 （不对称缩放），把高度缩小至 50%，用文本输入工具输入相应 的基团，再用楔键工具修改即可
使用单键工具按 住Alt键绘制，适 当减少长度以免 与下面的键接触
绘制这个图形使用单键、文本、楔键
以乙烯为例，首先使用文本输入工具输入分子式CH 2CH 2， 则会自动生成3D的乙烯分子，然后使用Analyze菜单的 Extended Huckel Surfaces功能，再使用View菜单的Molecular Orbitals（显示各种分子轨道），出现对话框后可以选择显示 HOMO还是LUMO，根据参数的不同产生的轨道形状不同， 还可以选择不同的表面显示效果。
单键工具
文本 工具
这根直线其实是五个单键连起来的2. HawortFra bibliotek（霍沃思）投影式