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第十一章 AlignX BlocksAlignX Blocks可以用在蛋白質序列比對，和AlignX不同的地方在於比對的序列會以圖形表示比對的結果。
啟動AlignX Blocks的方式和AlignX是一樣的，可直接開啟或是從主程式上方開啟(圖11.1-2)：圖11.1 直接於程式集中開啟AlignX Blocks圖11.2 於Vector NTI程式內開啟AlignX Blocks開啟程式後會看見和AlignX很類似的操作界面(圖11.3)：圖11.3 開啟AlignX程式後的介面首先使用者要把序列檔案載入程式裡面，可以點選或者從左上方的Project→Add Files把序列檔案載入，序列只能分析蛋白質序列(圖11.4)：圖11.4 利用Project→Add Files將序列載入到左上視窗進行比對前先將要比對的序列用滑鼠反白(圖11.5)，操作和AlignX相同：圖11.5 全選欲進行比對的序列比對前可以依各人需求調整序列比對的條件跟參數(圖11.6)。
可點選或是從Blocks→AlignX Blocks Setup進行調整：圖11.6 參數的設定會影響程式的運算，要適當的調整得到所要的結果參數的設定會影響到程式的運算，並造成不同的比對結果。
使用者可針對這三個參數進行調整，直到得到滿意的結果為止。
Blocks＇colors項目(圖11.7)表示比對後各序列相似區域所顯示的顏色，預設值為紅色，可以依照喜好設定顏色。
圖11.7 Blocks＇ colors改變顯示的顏色和AlignX相同，使用者也可以設定Score matrix的參數(圖11.8)，但是不建議一般使用者更改。
圖11.8 更改Score matrix的參數，設定好了以後按下或者是選取Blocks→Search for blocks程式進行運算，經運算完成之後會出現下面的畫面：圖11.9 運算的結果：左下為相似的區域，右上為序列的圖形顯示，右下為比對的畫面在左下的視窗(圖11.9)中所顯示的是程式依照蛋白質序列和設定的參數所比對出相似的區域，此區域稱之為block；右上方的視窗是把比對的序列以圖形顯示，可以判別block之間的位置關係；右下方則是序列的比對畫面。
第十章多重序列比对 Vector NTI的多重序列比对程序和其他的比对软件比较起来非常的方便实用，操作接口也很简单，比对的结果可以存取和输出。
NTI有两种序列比对程序，一种为AlignX，可以用在核酸序列和蛋白质序列比对；另一种为AlignX Blocks，只能用在蛋白质序列比对。
如何开始进行序列比对？用户可以从程序集开启档案(图10.1)：图10.1 由程序集开启AlignX 或者是从主程序中开启(图10.2)：图10.2 由主程序开启AlignX 用户也可以在主程序(图10.3)具有操作序列的情况下开启AlignX-Align Selected Molecules，使用者的序列会直接加载到AlignX中：图10.3 在操作序列的情况下开启AlignX的方法 开启AlignX之后，使用者会见到图10.4的画面：图10.4在操作序列的情况下开启AlignX首先用户要把序列加载Vector NTI程序中，可以点选或者从左上方的Project →Add Files把序列档案加载，请注意文件名不可以过长，檔名过长会造成程序进行比对时无法完全显示文件名(图10.5)：图10.5 输入的档名注意不可过长 选取档案后按下开启就可以加载程序中，若比对的序列很多时可以用鼠标圈选欲分析的序列后选择开启。
序列档案加载的时候程序会询问该序列为核酸序列或是蛋白质序列，点选好以后再点选Import就可以了(图10.6)：图10.6 载入时，会询问序列的性质，核酸序列或蛋白质序列接下来程序的左上方会出现使用者加载的序列(图10.7)，序列加载完成以后就可以开始进行比对的操作：图10.7 成功载入序列的画面进行比对前，先把欲比对的序列用鼠标进行圈选(图10.8)：图10.8 选取欲比对之序列只要按下或是从上方Align→Align Selected Sequence(图10.9)就会进行比对运算：图10.9按下Align→Align Selected Sequence进行比对运算好以后就会出现下面的画面(图10.10)；图10.10 比对完的结果 分析完成后画面(图10.11)会出现比对的相关结果，最下方是序列比对的图形，左边中间的区块所显示的图形为导引树(Guide tree)，用来表示序列之间的关连性。
第十三章蛋白质结构在进行蛋白质结构分析之前，用户首先要准备具有蛋白质结构的档案。
蛋白质结构的档案可以在/pdb/home/home.do之中寻找，找到欲分析的结构后即可直接下载。
下载的结构档案称之为PDB檔，除了NTI之外也可以用其他的软件进行观察。
NOTE：Vector NTI无法进行未知蛋白质结构的仿真，若要进行结构仿真必须使用其他软件。
在档案下载回来后请确认扩展名是否为.pdb，如果不是请将扩展名更改为.pdb。
只要扩展名的名称正确就可以直接点选开启，也可以从Vector NTI的程序中选择3D Molecule Viewer(图13.1)：图13.1 利用程序集内的3D Molecule Viewer仿真蛋白质结构开启以后再选择或者是File→Open打开档案(图13.2)：图13.2 选择PDB的档案，开启蛋白质序列打开档案后就可以看到一个蛋白质结构的图案(图13.3)：图13.3 右边的窗口为蛋白质的结构，下方则是此蛋白质的序列在这个程序中的下方窗口为蛋白序列；左边中间的窗口是整个蛋白质结构的组成信息；左上方窗口为该结构的文件名。
使用者可以从上方这三个按钮来决定是否显示这些数据。
使用者可以进行翻转、移动及缩放蛋白质结构图形：只要按住键盘Shift键跟鼠标左键就可以将结构翻转；按住键盘Ctrl键跟鼠标左键拖曳就可以将结构移动；按住键盘Shift键、Ctrl键跟鼠标左键拖曳图形就可以将结构缩放。
结构的图片可以利用作输出。
图形的操作结果可以用或者是File→Save Project储存。
PDB档案打开来以后所呈现的图形都是未经过整理的，想要呈现较美观的图形必需将图形简化和改变显示方式。
首先用户可以先把显示原子的图形先关闭，只留下骨干的架构(图13.4)。
使用者可以在右上方的工具栏中点选或者从View→Hide→All atoms将显示原子图形的功能给关闭：图13.4 蛋白质的骨干架构用户可以看到图形只剩下骨干的构造，变得很单纯。
Vector NTI Suite使用简介资料来源：丁香园 Vector NTI Suite是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。
它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
（一）对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。
A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。
首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中：1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH；3，在DNA/RNA Molecule活页中，选中Linear DNA， Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中选Chromosome；4，Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;5，在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。
B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule”菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件，在File format中选中GenBank Files；点击OK。
（二）常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
第十二章 序列串接 使用Vector NTI中的ContigExpress程序(图12.1)可利用序列相似度，将小片段序列进行串连。
此程序可以将单纯序列文本文件或是由定序出来的讯号档案直接进行分析，串接后的片段称为Contigs，在进行长片段的序列定序或是genomic library定序时非常实用。
图12.1 使用ContigExpress将小片段序列串接将小片段的序列串接成完整大片段序列的方式如下之操作过程。
可以直接开启或是从主程序项目开启ContigExpress 程序(图12.2-3)：图12.2 利用程序集开启ContigExpress程序图12.3 利用主程序开启ContigExpress程序开启此程序后会出现一个操作的画面，此画面会分为左右两个区块：图12.4 ContigExpress程序产生的两个区块在此窗口中，用户要先加入序列的档案。
一般序列的文本文件格式都可以加入程序中，而含有定序讯号的序列档案一般都为abi的文件格式，如果没有相关的程序是无法读取进行分析，而ContigExpress 可以读取和分析这种类型的档案。
要将序列档案或是定序的abi档案加载程序中的话，只要选择Project→Add Fragments就可以选择要加载程序的档案了(图12.5)：图12.5 选择Project→Add Fragments加载程序的档案用户可以从窗口的左边的Fragments(图12.6)按下右键后选择Add Fragments 加入序列档案：图12.6 在Fragments 右键单击加入序列档案接下来由文件夹中选择欲加入的序列，可按住Ctrl键后用鼠标进行复选(图12.7)：图12.7 可利用 Ctrl键，选取多个档案点选开启后，如果程序出现一连串的警告声并出现是否的寻问，那只是文件名一致性的修正询问，使用者可以忽略该状态并持续点选“是”的选项直到所有档案加载全程序为止(图12.8)。
第一章安装和执行程序第一章安装和执行程序Vector NTI目前为网络版本，需要连到主机确认用户权力后才能运作。
厂商并没有针对授权时间进行限制，因此只要设定好License Server 的相关设定即可使用，不需要额外进行申请。
但用户IP 位置必须位于海洋大学校内，方可与授权服务器联机。
请下载下面这个档案进行安装.tw/Vector NTI Advance 10.exe 以下将说明如何设定的过程，变更为自服务器取得授权的方式： 1.选取开始→程序集→Invitrogen→Vector NTI Advance10→License Manager(图1.1)。
图1.1 授权设定2.在Applications 页面中(图1.2)，点选下面的Dynamic 按钮，上面四个字段请填上使用者的姓名，系所单位，电话和电子邮件位置，最下面一栏URL of DLS 请入以下字符串：.tw:8080/vntidls.cgi。
DLS Server requires authentication 目前不需要勾选。
.tw/CMBB_REFIX/main/nti 1 Vector NTI教育训练手册图1.2 授权设定窗体3.在Internet Settings(图 1.3)里面建议选取Direct Connection，这样当IE 设定Proxy 之后，才不会导致Vector NTI因为IP 不在校内而不能联机。
图1.3 Vector NTI授权网络设定 4.设定之后可以点选Test Connection，程序会自动联机测试，如果在右边的联机结果显示Connection OK(图1.4)，就表示设定成功；如果显示Connection error，则表示联机不成功，如果有开启防火墙/防病毒软件，请关闭或调整设定后再试一次。
图 1.4 Vector NTI授权网络设定，成功右下角会显示Connect OK .tw/CMBB_REFIX/main/nti 2 第一章安装和执行程序5.设定成功后，在Dynamic license 的页面记得按下Apply，最后在Applications (图1.5)把所有项目的Demo mode 改成Dynamic license。
附录A 如何取得欲分析之序列透过网络抓取序列范例：首先，我们可以先进入NCBI 网站( /) (图A.1)，在首页 “Search”下拉式选单及“for”文字盒中选择及输入适当选项内容，例如Search→Nucleotide；for →cyp1A，然后按下”Go ”按钮进行搜寻。
A.1 NCBI 网站此时 NCBI会传回如下之画面，目前 NCBI Nucleotide database 已经分成三个独立数据库，适当选择所需内容，点选所显示之数字进入适当数据库并进行下一步选择。
三个数据库分别为∙CoreNucleotide contains all Nucleotide records that are not in EST or GSS.They are of interest to most users.∙EST contains only Expressed Sequence Tag records.∙GSS contains only Genome Survey Sequence records.A.2 CoreNucleotide数据库例如点选图A.2中 “81 CoreNucleotide”之选项，可以进入更细部的选择，在CoreNucleotide数据库中总共含有81笔相关记录(图A.3)，可依使用者所需进行点选，于此我们选择斑马鱼(zebrafish Danio rerio) 为范例进行说明，所以将点选第4笔数据NM_131879(Danio rerio cytochrome P450, family 1, subfamily A (cyp1a), mRNA)并得到如下图A.4：A.3 得到81笔斑马鱼的相关数据A.4 点选NM_131879得到的结果可以在左上角“Display”下拉式选单中选取“FASTA”，并得到以下仅含序列内容的画面信息(A.5)。
A.5 NM_131879FASTA格式的数据确定为所需之序列内容后，在“Display”下拉式选单右边 “Send to” 的下拉式选单选取“File”，此时系统将启动档案下载对话窗口，按下“储存”进行档案(FASTA格式)下载。
Vector NTI它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI 作为Vector NTI Suite的核心组成部分,它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
(一）对分子序列的操作我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析. A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。
首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中: 1,第一种方法:如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的Create New—-Using Sequence Editor（DNA/RNA……）; 2，在出现的“New DNA/RNA Molecule"对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH； 3，在DNA/RNA Molecule活页中，选中Linear DNA, Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中选Chromosome；4,Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA; 5,在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA 序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。
B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击“Molecule" 菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件,在File format中选中GenBank Files；点击OK。
（二)常规操作：当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。
下面一个窗口显示的是序列：默认状态下以双链形式出现，也可以更改为单链显示。
第八章 核酸引子设计Vector NTI有引子设计的功能，用户可以根据实验的需求，设计使用者所需之特定核酸引子。
首先在主程序中用户将PCR反应的区段序列用光标选取，接着进入Analyses→Primer Design(图8.1)：图8.1 选取PCR反应的区段，设计特定核酸引子 此项目可以提供用户根据不同的实验需求进行引子设计。
可以将设计好的引子进行存取和分析，也可以将设计好的引子资料传送Invitrogen进行引子合成。
Find PCR Primers：进入这个项目后用户会先看到一个窗口(图8.2)：图8.2 Find PCR Primers窗口，要进阶设定，点选More >> 使用者可以根据实验的需求来设定相关的条件：上方Region of Analysis可以填入欲分析的序列范围；Product Length可以设定使用者PCR所夹的序列长度。
中间Maximum Number of Output Options可以设定引子组数，下面的参数是可以设计引子的特性，如Tm值及引子长度等等。
若要在引子两端加入限制酶剪切序列可以点选：图8.3 Find PCR Primers进阶设定，在引子两端可加入限制酶剪切序列 使用者可以在下方Attach to 5’terminus(图8.3)点选加入欲设定的限制酶即可；上方User-Defined Primers的项目可以把在Local Database中现有的引子资料直接使用。
以海大斑马鱼基因为例子，设计一个两端带有EcoRI和NdeI的限制酶片段、Tm值介于55到60、GC含量介于50到60、长度介于20到40、欲夹的序列全长及引子数目，设定好相关条件后按下确定(图8.4)：图8.4 Find PCR Primers设定完后按下”确定” 这时用户在文字窗口(图8.5)的下方字段可以看到多出一个PCR Analysis的文件夹，上面会显示用户设计的引子数据：图8.5 文字窗口，增加了PCR Analysis的数据 在这个字段中使用者首先看到序列会被一个空格切成两部分(图8.6蓝色部分)，左边的序列为使用者加入限制酶的序列；右边的序列为设计的引子序列。
第十八章 Genomic Analysis III第十八章 Genomic Analysis ⅢPromoter binding factors analysisÆ分析基因的轉錄因子結合位置：在GenomBench的功能中，使用者可以找出基因的promoter序列，promoter 位於基因的上游，使用者可以先把欲分析的範圍圈選出來：圖18.1 將欲分析的範圍圈選圈選出來的序列可以複製輸出，這一段部分即為該基因的上游區域，一般而言選取的範圍為基因上游3000-5000nt區域。
遺憾的是NTI沒有分析promoter 序列transcription factor binding site的功能，使用者只能把找到的promoter序列放到相關的分析網站進行transcription factor binding site的分析。
Exon/intron structure analysisÆ由NTI主程式分析基因體結構：使用者欲分析的序列必須存放在主程式中的Local Database(圖18.2)，建議使用者將欲比對的序列存放於特定的資料夾中，詳細的操作方法請參考序列資料建立的章節。
圖18.2 將欲比對的序列放在Local Database，左方為Local Database內的檔案該資料夾可存放多條序列，程式會把該資料夾中的所有序列進行分析。
Vector NTI 教育訓練手冊接下來在主程式中開啟序列時請先將”限制酶分析”的功能關閉(圖18.3)：圖18.3 關閉”限制酶分析”的功能接著選擇Analysis→GenomBench Tools(圖18.4)：圖18.4 比對序列可以選擇兩種方式：SIM4或Spidey比對基因序列和基因體序列有兩種方式：SIM4和Spidey，這兩種方法的計算方式有些許的不同，使用SIM4的視窗(圖18.5)如下圖所示：第十八章 Genomic Analysis III 圖18.5使用SIM4，左上方為此序列名稱，中間為比對的基因序列左上方Sequence to analyze的欄位為目前使用者所分析的基因體序列(圖18.6)；中間上方Alignment sequences為提供比對的基因序列，請把資料項目選至上述設定的資料夾：圖18.6 選擇Alignment sequence提供的比對資料右上方的Strand欄位可以選擇只針對正股、互補股或者雙股進行分析。
vector ntiVector NTI 是一种强大的分子生物学工具，广泛用于分析、设计和操作DNA、RNA和蛋白质序列。
本文将介绍Vector NTI 的主要功能、特点以及在生物科学研究中的应用。
一、介绍Vector NTI 是由Invitrogen公司开发的一款分子生物学软件，旨在为科学家们提供一套完整的工具，用于分析、设计和操作生物分子。
该软件集成了多种功能，包括序列分析、比对、克隆、构建基因工程实验方案等等。
二、主要功能1. 序列分析Vector NTI 提供了各种序列分析的功能，例如序列比对、绘制序列图谱、查找开放阅读框、预测转录起始点和终止点等等。
这些功能可以帮助科学家们更好地理解DNA、RNA和蛋白质序列的结构和功能。
2. 克隆工具Vector NTI 提供了丰富的克隆工具，可以帮助科学家们进行DNA 重组、构建基因工程实验方案等。
通过这些工具，科学家们可以轻松地进行基因克隆，并设计出符合实验需要的DNA序列。
3. DNA构建与设计Vector NTI 提供了功能强大的DNA构建和设计工具，可以帮助科学家们设计合适的引物、多聚酶链反应（PCR）方案以及合成DNA 序列等。
科学家们可以根据实验需求，通过这些工具快速设计出理想的DNA序列。
4. 蛋白质序列分析除了DNA和RNA序列分析外，Vector NTI 也可以进行蛋白质序列分析。
科学家们可以利用软件提供的功能，预测蛋白质二级结构、寻找蛋白质结构域、进行蛋白质序列比对等。
5. 实验方案管理Vector NTI 提供了实验方案管理功能，科学家们可以记录和管理自己设计的实验方案。
这方面的功能还包括实验标签、实验进度跟踪等，方便用户进行实验管理工作。
三、特点1. 用户友好的界面Vector NTI 提供了直观、易于使用的用户界面，使得科学家们能够快速上手并进行工作。
软件的菜单和工具栏都设计得非常直观，用户可以轻松找到自己需要的功能。
2. 数据库支持Vector NTI 可以与各种常见的生物信息数据库进行集成，例如GenBank、EMBL和SwissProt等。
Vector NTI 7。
0 User’s Manual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学)前言（Introduction)1.程序附带的数据库（V ector NTI database）包括:DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark.此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。
2.创建新分子（有四种方法）A．用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA 或氨基酸。
B．手工粘帖,然后保存到数据库中C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept，EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作• 1.登录Vector NTI安装后首次登录,系统将提示是否允许填充空库,点OK。
这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。
并出现下列两个窗口。
•2。
观察出现的Vector NTI 工作窗口和Database Explorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。
第二个窗口为exlporing-—local vector NTI database，显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子.3。
Create a Display Window for pBR322激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules （MAIN) 数据库,找到pBR322分子并双击打开。
04VectorNTI的使用Vector NTI（简称NTI）是一款常用于分子生物学研究的软件，主要用于序列分析、蛋白质结构模拟和分子克隆实验的设计等方面。
本文将介绍NTI的安装和使用方法，并详细讲解其主要功能和特点。
一、安装NTI1. 打开浏览器，“Vector NTI”。
二、使用NTI1.启动NTI安装完成后，可以在开始菜单或桌面上找到NTI的快捷方式，点击打开软件。
2.序列分析NTI可以对DNA、RNA和蛋白质序列进行多方面的分析。
（1）打开序列文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项，选择要分析的序列文件，可以是FASTA、GenBank或其他格式的文件。
（3）序列比对点击菜单栏的“分析”>“序列比对”选项，选择要比对的序列文件，进行多序列比对分析。
（4）ORF预测点击菜单栏的“分析”>“ORF预测”选项，输入要预测的序列及参数设置，进行开放阅读框（ORF）的查找和分析。
（5）启动子预测点击菜单栏的“工具”>“启动子预测”选项，输入要预测的序列及参数设置，进行启动子的查找和分析。
3.蛋白质结构分析NTI可以对蛋白质的结构进行建模和分析。
（1）打开蛋白质结构文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项，选择要分析的蛋白质结构文件，可以是PDB、MOL或其他格式的文件。
（2）蛋白质结构模拟选中要模拟的蛋白质结构，点击右键选择“模拟结构”进行分子动力学模拟或力场优化。
（3）蛋白质结构可视化点击菜单栏的“显示”>“蛋白质结构”选项，可以调整蛋白质的显示方式，包括线框图、空间填充等。
4.分子克隆实验设计NTI可以辅助设计分子克隆实验。
（1）打开DNA序列文件点击菜单栏的“文件”>“打开”选项，选择要设计的DNA序列文件。
（2）引物设计点击菜单栏的“功能”>“引物设计”选项，输入目的序列及参数设置，进行引物的设计和注释。
（3）酶切位点分析点击菜单栏的“功能”>“酶切位点分析”选项，输入目的序列及参数设置，进行酶切位点的查找和分析。
第十四章文献搜寻文献搜寻的功能可以方便用户针对其需求，快速的整理出相关的文献数据，从Vector NTI目录中进入PubMed-Entrez Search选项(图14.1)：图14.1 使用程序集开启PubMed-Entrez Search进入后会出现以下画面(图14.2)：图14.2 开启PubMed-Entrez Search的画面用户可以根据搜寻目标在左上方的Database的下拉式选单中进行筛选，例如PubMed可以搜寻文献(图14.3)，而其他的三个选项可以搜寻基因、蛋白质或结构的数据，通称Entrze：图14.3 在下拉式选单中，选择要筛选的项目用户先在上方Term的项目中输入关键词(图14.4)：图14.4 直接在Term项目输入关键词若要增加搜寻的条件可以在Term的字段中按下鼠标右键后点选Insert row (图14.5)，也可以从主画面最上方Edit项目中选择Insert row的功能：图14.5在Term字段点选 Insert row进行增加字段的动作这时候窗体下方会出现另外一个新的字段(图14.6)，使用者可以在新的字段中再增加条件：图14.6 点选Insert row后会增加一列使用者可以选择OR、AND、NOT来做为搜寻的条件(图14.7)，还可以按下鼠标右键后点选Subcondition功能，使搜寻方式更加细腻：图14.7使用者可以选择OR、AND、NOT来搜寻若要消除搜寻条件只要使用鼠标把字段反白后，按下鼠标右键后选择Delete row 即可(图14.8)：图14.8 删除搜索条件设定好搜寻的条件之后，接下来就是要设定显示的条件：从Edit的项目中选择Settings(图14.9)：图14.9显示方式的设定进入以后可以调整单一页面所显示的篇数以及文献发表的时间(图14.10)，设定好以后点选OK即可。
图14.10 Documents per page为每页显示的篇数，右边字段则是文献出版及发表时间当设定完成之后点选主画面最上方的Search，系统就会透过网络开始进行搜寻，搜寻的结果如图14.11所示：图14.11 搜寻完的结果会显示在窗口的下方用户可以看到程序下方会出现搜寻的数据，可以用鼠标点选开启(图14.12)：图14.12 直接点击左方窗口的数据，开启数据内容在这个窗口的右上方有个PubMed ID的项目(图14.13)可以链接到NCBI的数据库，用户可透过此数据库下载文献：图14.13 点选PubMed ID里的项目连接到NCBI图14.14 利用NCBI查看较新的文献数据NOTE：有些文章需要付费才能下载全文，若无法下载该文献表示本校并没有购买该期刊的版权，除此之外有些非常新的发表也会暂时无法下载(图14.14)。
第十一章 AlignX BlocksAlignX Blocks可以用在蛋白质序列比对，和AlignX不同的地方在于比对的序列会以图形表示比对的结果。
启动AlignX Blocks的方式和AlignX是一样的，可直接开启或是从主程序上方开启(图11.1-2)：图11.1 直接于程序集中开启AlignX Blocks图11.2 于Vector NTI程序内开启AlignX Blocks开启程序后会看见和AlignX很类似的操作界面(图11.3)：图11.3 开启AlignX程序后的接口首先用户要把序列档案加载程序里面，可以点选或者从左上方的Project →Add Files把序列档案载入，序列只能分析蛋白质序列(图11.4)：图11.4 利用Project→Add Files将序列加载到左上窗口进行比对前先将要比对的序列用鼠标反白(图11.5)，操作和AlignX相同：图11.5 全选欲进行比对的序列比对前可以依各人需求调整序列比对的条件跟参数(图11.6)。
可点选或是从Blocks→AlignX Blocks Setup进行调整：图11.6 参数的设定会影响程序的运算，要适当的调整得到所要的结果参数的设定会影响到程序的运算，并造成不同的比对结果。
使用者可针对这三个参数进行调整，直到得到满意的结果为止。
Blocks’colors项目(图11.7)表示比对后各序列相似区域所显示的颜色，默认值为红色，可以依照喜好设定颜色。
图11.7 Blocks’ colors改变显示的颜色和AlignX相同，使用者也可以设定Score matrix的参数(图11.8)，但是不建议一般使用者更改。
图11.8 更改Score matrix的参数，设定好了以后按下或者是选取Blocks→Search for blocks程序进行运算，经运算完成之后会出现下面的画面：图11.9 运算的结果：左下为相似的区域，右上为序列的图形显示，右下为比对的画面在左下的窗口(图11.9)中所显示的是程序依照蛋白质序列和设定的参数所比对出相似的区域，此区域称之为block；右上方的窗口是把比对的序列以图形显示，可以判别block之间的位置关系；右下方则是序列的比对画面。
Vector NTI 7.0 User's Manual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学）前言（Introduction）1.程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。
此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。
2.创建新分子（有四种方法）A．用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA 或氨基酸。
B．手工粘帖，然后保存到数据库中C．从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D．从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3.关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作• 1.登录Vector NTI安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。
这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。
并出现下列两个窗口。
• 2. 观察出现的Vector NTI 工作窗口和Database Explorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。
第二个窗口为exlporing——local vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。
3. Create a Display Window for pBR322激活exlporing——local vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。
显示如下窗口：• 4. 观察pBR322 显示窗口上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。
• 5. 显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小）• 6. 转换pBR322’s 图形区：在工具栏左边的active pane右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphics pane）•7. 对pBR322’s 结构图进行操作：用户可以尝试点击、、，此时图形的大小会发生变化。
选区设定：菜单Edit——>set selection,输入100bp–1000bp,然后OK.可以看到选取在图形中用扇型框圈了起来.将鼠标移到选取的5’端,可以看到,通过拖拉可以延长或缩短选区范围,同样在3’端也能做到。
如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在5’端移动一个碱基，首先将鼠标放到处，然后按住shift和键盘右侧的——>或<——箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。
如果一次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。
如果用户只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。
将鼠标移到图的TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr代表的含义，如果用户此时按下鼠标，则TCr的编码区将被选中。
•8. 检查pBR322’s nucleotide 序列移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点击序列中任何一处。
现在对序列显示的样式进行设定：点击（Display Setup）按钮，显示molecular display setup对话框：用户可以对序列的颜色、大小、10个一组显示还是15个一组（默认是10个碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等进行设置。
现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322的酶切图。
操作如下：在刚才的窗口中点restriction map下面的RMap setup按钮，在出现的对话框中点Add,再在出现的对话框中点select all，然后OK。
点sequence下面的sequence setup,可以看到序列长度的设置等，在color栏中选green,一路点OK。
此时显示如下：我们发现限制酶是大大的多了，不过美中不足的是序列显示的是两条链（正链和互补链），实际上一条链就够了，还有最好再和编码的氨基酸一切显示。
这好办：先选中全序列（Ctrl-A），看到工具条中的（Translate Direct）图标了没，点它。
哈哈果然翻译成功了。
不要忘了看左右两侧的图标哟，点点看。
（注意用户在发表文章的时候，一般在文章中发表自己克隆或表达的DNA 序列，在DNA序列下面还有氨基酸序列，哈哈，这不帮你做到了。
什么？内切酶怎么去掉，刚才你怎么加上去的就怎么解除吧，看看我下面的图不就是办到了）：9. 对pBR322’s text 文本描述进行操作拖动标尺，使文本区尽可能拉大。
选中Restriction Map文件夹，然后找到工具条中的Expand Branch按钮，点它。
其实这和双击restriction map 文件夹是一样的，都是打开的意思，还有它左边的按钮。
在找到Feature Map文件夹，然后按按钮。
看到TC(R)了没，记住它。
这是一个四环素抗性基因，在第7章中将详细叙述如何将这段基因克隆到载体PUC19中。
10. 将pBR322’s 文本区和图区、序列区连接起来（可以让你一个一个的细细品位PBR322的每个细小结构，全部看可能会眼花，那就一个一个的看吧）激活文本区，然后找到（Link Panes）按钮，点它。
完了，PBR322的图区上的任何标记都没了，成了一个圆圈。
还有，序列区的酶切标记也没了。
哈哈，不用急，先点文本区的Restriction Map文件夹，然后点按钮打开文件夹里面的分支。
现在看看，酶切标记又重新显示出来了。
激活图形区，找到（Standard Arrangement）按钮了没，点它。
会发现酶切图谱显示的方式和刚才不一样了，这是标准方式。
在文本区中选中feature map文件夹，点打开，发现图形又变了。
依次关掉feature map中的其他文件夹，只留TCR，此时图中只有TCR一个标记了。
最后别忘了再点一下链条，发现图又回到原样。
如下图：（看看上面的时钟都23：12了，该睡觉了），明天继续。
11. 打印pBR322’s 文本description, 图形map, 和序列sequence打印文本：先激活文本区，（就是active pane右边的第一个按钮，或者直接用鼠标在本文区点一下），然后按expand branch按钮打开文本区内的所有文件夹，然后点打印。
同样要想打印图形或序列，先激活其所在的选区，然后按打印机图标即可。
•12.为41BB_HUMAN创建显示窗口点击窗口下面的exploring——local vector NTI database图标，打开打开Explorer窗口，点击窗口左上角的下拉式菜单，选Protein Molecules (MAIN)数据库。
找到41BB_HUMAN’s并双击。
打开窗口如下：窗口显示结构和DNA序列的显示窗口一致，也包括文本区，图形区和序列区三部分。
菜单和工具条也基本一样。
在文本区中双击Analysis文件夹，则蛋白自动分析结果以表格的形式在下面显示出来。
下面我们把这两个表格拷贝到word文档中，先用shift+鼠标将两个表格选中，然后点工具条中的照相机（camera）命令，在出现的对话框中可以看到序列的range中的selection已被选中，点Copy.，然后打开一个word文档，粘帖（ctrl-V）,则表格被完整的拷贝到word文档中了。
如下所示：Length 255 aa Molecular Weight 27897.66 m.w.1 microgram = 35.845 pMolesMolar Extinction coefficient 112501 A[280] corr. to 2.48 mg/mlA[280] of 1 mg/ml 0.40 AU Isoelectric Point 8.13 Charge at pH 7 3.7213. 为1B14_HUMAN创建显示窗口重新回到exploring——local vector NTI database窗口，找到1B14_HUMAN分子并双击打开。
如下图：注意该蛋白分子图形上的各种特征显示的十分紧凑，大有眼花缭乱的感觉，为了方便起见，我们可以按刚才介绍的link命令来逐一显示各个feature。
操作方法和DNA分子一致。
关闭窗口，结束，当最后一个窗口关闭是屏幕提示this will end your vector NTI session,点确定（OK）关闭。
第二章：Chapter 2Tutorial: Molecule Operations分子操作目的：对pBR322 的general data, feature map, and sequence进行编辑（注意蛋白质和DNA分子的操作是一样的）1.登录Vector NTI程序（刚刚说完，不用再教了吧）2.打开pBR322的显示窗口（再罗嗦一遍吧，程序vector NTI——Exploring local vector NTI Database——DNA/RNAMolecules (MAIN)——PBR322，双击。
）3. 对pBR322’s 的常用数据（general data）进行编辑在文本区的最上面，双击PBR322名字，弹出下面窗口：1st：给PBR322加关键词：点keywords,在弹出的关键词窗口中输入My own plasmid，点Add。
回到DNA/RNA Molecular 窗口，将最下面的description中的内容替换成My pBR322。
点OK（确定）。
注意屏幕的左上角pBR322*，在PBR322的后面有一个星号，说明现在显示的是PBR322的修饰形式。
现在我们要在数据库中保存这一结果：菜单molecular——save as，在弹出的对话框中输入序列的名字MypBR322，点OK。
这时发现星号不见了，说明结果已保存到数据库中，这时数据库中关于PBR322的DNA分子有两个，一个是原始的PBR322（就是最初打开的那个），另一个就是我们保存的那个my PBR322。
