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生物信息学概论

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2013/5/23
生物信息学概论
2013-5
提纲
1. 发展简史 2. 主要研究领域 3. 软件和工具
1. 发展简史
1946年 1946 年
美国生产出第一台全自动电子数字计算机“埃尼阿克”
1

2013/5/23
1. 发展简史
1955年 1955 年
Frederick Sanger determined the complete amino acid sequence of insulin in 1955 and earned him his first Nobel prize in Chemistry in 1958.
1. 发展简史
1965年 1965 年
The first Atlas of Protein Sequence and Structure contained sequence information on 65 proteins.
Dr. Margaret Oakley Dayhoff (1925-1983) was a pioneer in the use of computers in chemistry and biology, beginning with her PhD thesis project in 1948. Her work was multi-disciplinary, and used her knowledge of chemistry, mathematics, biology and computer science to develop an entirely new field. She is credited today as a founder of the field of Bioinformatics.
1. 发展简史
1965年 1965 年
First use of molecular sequences for evolutionary studies
One of the founding fathers of the field of molecular evolution
Zuckerkandl, E. and Pauling, L. (1965). "Molecules as documents of evolutionary history." Journal of theoretical biology 8(2): 357.
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2013/5/23
1. 发展简史
1967年 1967 年
Use of molecular sequences to build trees
Fitch, W. M. and Margoliash, E. (1967). "Construction of phylogenetic trees." Science 155(3760): 279-284.
1. 发展简史
1970年 1970 年
NeedlemanNeedleman -Wunsch algorithm
比较两条序列在全局范围的相似性
Needleman, S. and Wunsch, C. (1970 ). "A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins." J Mol Biol. 48(3): 443-53.
1. 发展简史
1974年 1974 年 First secondary structure prediction method
Chou, P. Y. and Fasman, G. D. (1974). "Prediction of protein conformation." Biochemistry 13(2): 222-245.
3

2013/5/23
1. 发展简史
1981年 1981 年
SmithSmith -Waterman algorithm
比较两条序列在局部范围的相似性
SMITH, T. F. and WATERMAN, M. (1981). "Identification of common molecular subsequences." J. Mol. Biol. 147: 195-197.
1. 发展简史
1987年 1987 年
The first approach for an efficient multiple sequence alignment procedure, later implemented in CLUSTAL
多序列比对算法
Feng, D. and Dolittle, R. F. (1987). "Progressive sequence alignment as a prerequisite to correct phylogenetic trees." J. Mol. Eovl 60: 351-360.
1. 发展简史
1990年 1990 年
BLAST
数据库局部相似性搜索工具
Altschul, S et al. (1990 ). "Basic local alignment search tool." J Mol Biol. 215(3): 403-10.
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2013/5/23
1. 发展简史：基因组计划的实施
1990
人类基因组计划 （Human Genome Project, HGP）开始 实施
1995
第一个细菌基因组被完 全测序：嗜血流感菌 (Haemophilus influnzae)
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2013/5/23
1996
第一个真核生物基因 组被完全测序：酵母。
1996
第一个古细菌基因组 （Methanococcus jannaschii）测序完成。
1997
9月，大肠杆菌K12基 因组测序结果发表。 大肠杆菌基因组大小 约为4600kb，含有约 4000个基因。
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