第13章 群体遗传学-1
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群体遗传学群体遗传学:是研究在演化动力的影响下,等位基因的分布和改变。
演化动力包括自然选择、性选择、遗传漂变、突变以及基因流动五种。
通俗而言,群体遗传学则是在种群水平上进行研究的遗传学分支。
它也研究遗传重组,种群的分类,以及种群的空间结构。
同样地,群体遗传学试图解释诸如适应和物种形成现象的理论。
群体遗传学是现代进化综论出现的一个重要成分。
该学科的主要创始人是休厄尔·赖特、约翰·伯顿·桑德森·霍尔丹和罗纳德·费雪,他们还曾经为定量遗传学的相关理论建立基础。
传统上是高度数学化的学科,现代的群体遗传学包括理论的,实验室的和实地的工作。
计算方法常使用溯祖理论,自1980年代发挥了核心作用。
理论:1、分子钟:分子水平的恒速变异,或分子进化速率在不同种系中恒定。
2、中性理论:进化过程中的核苷酸置换绝大部分是中性或者接近中性的突变随机固定的结果,而不是正向达尔文选择的结果。
许多蛋白质多态性必须在选择上为中性或者接近中性,并在群体中由突变维持平衡。
3、同源性状:两个物种中有两个性状(状态)满足以下两个条件中的任意一个:它们与这些物种的及先类群中所发现的某个性状相同;它们是具有祖先—后裔关系的不同性状。
直系同源的序列因物种形成而被区分开:若一个基因原先存在于某个物种,而该物种分化为了两个物种,那么新物种中的基因是直系同源的。
旁系同源的序列因基因复制而被区分开:若生物体中的某个基因被复制了,那么两个副本序列就是旁系同源的。
直系同源的一对序列称为直系同源体,旁系同源的一对序列称为旁系同源体。
4、祖先类群:如果一个类群(物种)至少有一个子裔类群,这个原始的类群就称为祖先类群。
5、单系类群:包含一个祖先类群所有子裔的群组称为单系类群,其成员间存在共同祖先关系。
6、并系类群和复系类群:不满足单系类群要求,各成员间又具有共同祖先特征的群组称为并系类群;各成员既不具有共同衍生特征也不具有共同祖先特征,只具有同型特征的分类群组称为复系类群。
1群体遗传学population genetics研究目标:探索群体的遗传组成以及引起群体遗传组成发生变化的动力。
研究范畴:所有决定群体的遗传组成及其随时间和空间的变化规律性问题。
群体中有一对等位基因A和a等位基因A的频率为A/(A+a),显性的通常用p表示p= A / (A+a)等位基因a的频率为a/(A+a),隐性的通常用q表示q= a / (A+a)p + q= (A+a) / (A+a)= 16例:一对等位基因A和a群体中存在的基因型有3种AA, Aa, aaAA的频率:AA /(AA+Aa+aa),用D(dominance)表示Aa的频率:Aa/(AA+Aa+aa),用H(heterozygote)表示aa的频率:aa/(AA+Aa+aa),用R(recessive)表示D + H + R = 18如何获取某个群体某个感兴趣基因其分布的信息呢?9如果我们可以得到某个基因座所存在的每种基因型的频率,就可以得到每种等位基因的基因频率。
比如当某一性状是共显性或不完全显性性状时,群体中每一表型的频率就是对应的基因型频率,进而可以得到基因频率。
1011对MN血型有人在一个地区调查747人M 血型基因型为MM 占31.2% D N 血型基因型为NN 占17.3% R MN血型基因型为MN 占51.5% H例:p = D + H/2q = R + H/2设M的基因频率为p,N的基因频率为q,p+q = 1p=(747×31.2%×2+747×51.5%)/747×2=0.312+0.515/2=0.57q=(747×17.3%×2+747×51.5%)/747×2=0.173+0.515/2=0.4312例:CCR5基因,编码细胞表面的细胞因子受体,可作为HIV病毒进入细胞的受体。
ΔCCR5基因,32bp的缺失突变,可引起编码蛋白的移码,从而使HIV病毒失去受体。
第十三章群体遗传群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科。
第一节群体的遗传平衡遗传学上的群体不是一般个体的简单集合,而是指有相互交配关系的集合体。
通过个体间相互交配基因以各种不同方式从一代传递到下一代,因此,在群体遗传中通常称这种群体为孟德尔群体(Mendelian population)。
最大的孟德尔群体可以是一个物种。
一个群体中全部个体所共有的全部基因称为一个物种。
一个群体中全部个体所共有的全基因称为基因库。
在同一群体内,不同个体具有不同的基因型,但群体的总体所具有的基因则是一定的。
群体中各种等位基因的频率,以及由不同的交配体制所带来的各种基因型在数量上的分布称为群体的遗传结构,生物体在繁殖过程中,并不能把每个个体的基因型传递给子代,而传递给子代的只是不同频率的基因。
一、等位基因频率和基因型频率任何一个遗传群体都是由它所包含的各种基因型的个体所组成的,在一个群体内某特定基因型所占的比例,就是基因型频率(genotype frequency)。
(一)基因型频率在一个群体内某特定基因型中所占的比例,就是基因型频率,例如,一个群体中纯合显性基因型AA个体80个,杂合基因型Aa个体14个,纯合隐性基因型aa6个,则AA、Aa和aa3种基因型频率分别为0.80 0.14和0.06。
(二)等位基因频率指在一个群体内某特定基因占该位点基因总数的比例,就是基因频率(gene frequency)。
例如,某一基因位点上A基因与a基因总计10000个,其中a基因25个,A基因9975个,a基因频率为0.0025,A基历的频率为0.9975。
不论是基因还是基因型,都是看不到摸不着的,因此,基因频率和基因型频率都无法直接计算,但是由基因所表现出来的性状是可以看得见和可以度量的。
通过表现型可以了解基因型。
因此通过表现型频率可以计算基因型频率。
设在某二倍体生物由N个体构成的群体中,有一对等位基因A、a ,其可能的三种基因型为AA、Aa和aa。
第十三章群体遗传群体遗传学是研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科。
第一节群体的遗传平衡遗传学上的群体不是一般个体的简单集合,而是指有相互交配关系的集合体。
通过个体间相互交配基因以各种不同方式从一代传递到下一代,因此,在群体遗传中通常称这种群体为孟德尔群体(Mendelian population)。
最大的孟德尔群体可以是一个物种。
一个群体中全部个体所共有的全部基因称为一个物种。
一个群体中全部个体所共有的全基因称为基因库。
在同一群体内,不同个体具有不同的基因型,但群体的总体所具有的基因则是一定的。
群体中各种等位基因的频率,以及由不同的交配体制所带来的各种基因型在数量上的分布称为群体的遗传结构,生物体在繁殖过程中,并不能把每个个体的基因型传递给子代,而传递给子代的只是不同频率的基因。
一、等位基因频率和基因型频率任何一个遗传群体都是由它所包含的各种基因型的个体所组成的,在一个群体内某特定基因型所占的比例,就是基因型频率(genotype frequency)。
(一)基因型频率在一个群体内某特定基因型中所占的比例,就是基因型频率,例如,一个群体中纯合显性基因型AA个体80个,杂合基因型Aa个体14个,纯合隐性基因型aa6个,则AA、Aa和aa3种基因型频率分别为0.80 0.14和0.06。
(二)等位基因频率指在一个群体内某特定基因占该位点基因总数的比例,就是基因频率(gene frequency)。
例如,某一基因位点上A基因与a基因总计10000个,其中a基因25个,A基因9975个,a基因频率为0.0025,A基历的频率为0.9975。
不论是基因还是基因型,都是看不到摸不着的,因此,基因频率和基因型频率都无法直接计算,但是由基因所表现出来的性状是可以看得见和可以度量的。
通过表现型可以了解基因型。
因此通过表现型频率可以计算基因型频率。
设在某二倍体生物由N个体构成的群体中,有一对等位基因A、a ,其可能的三种基因型为AA、Aa和aa。