《2006年海事劳工公约》的遵守与执行《2006年海事劳工公约》与其他国际海事劳工公约的最大区别之一，就是通过明确各方责任，依托检查发证系统建立起一套强大的执行机制，从而确保公约的有效实施。
《公约》的标题五对这一执行机制作了详细规定。
成员国的遵守与执行责任包括船旗国责任、港口国责任与海员提供责任。
相比其他标题而言，标题五的要求更加刚性，标题一至标题四守则A部分的强制性要求均可通过实质上等效的规定来实施；但标题五的守则A部分必须严格遵照执行，不可等效替代。
《公约》执行机制的核心是检查发证系统，配套的执行制度包括登船检查、认可组织授权、投诉处理、事故调查等。
《公约》对船旗国管理的要求。
船旗国的海事劳工责任源自《1982年联合国海洋法公约》，该公约确立了船旗国对悬挂其旗帜的船舶上的劳动条件、船员配备和社会事务的责任和义务。
船旗国的核心责任是建立一个有效的海事劳工条件检查和发证系统，确保悬挂其旗帜船舶上的海员工作和生活条件持续符合公约要求。
检查发证系统适用于从事国际航行的500总吨及以上船舶，以及从另一国港口或在另一国港口之间航行的500总吨及以上船舶。
如果其船东提出请求，也可适用于其他船舶。
船旗国通过签发海事劳工证书和海事劳工符合声明，表明船舶已经过其正规检查，可作为船舶符合海员工作和生活条件要求的表面证据。
海事劳工证书和海事劳工符合声明可由主管当局签发，或者由主管当局授权具备能力和独立性的认可机构签发。
海事劳工证书的有效期不得超过5年，其有效性还取决于证书第二和第三个周年日之间进行的一次中期检查。
对于刚交付的新船、改换船旗的船舶以及当船东承担了其以前未经营过的某一船舶的经营责任时，可以向其签发有效期不超过6个月的临时海事劳工证书。
海事劳工符合声明附在海事劳工证书之后，包括第I部分和第II部分。
第I部分应由主管当局编制，列明检查事项清单，国内法的相关规定，实质等效与免除措施等。
第II部分由船东编制，列明船东在落实国内要求以及确保持续符合而采取的措施。
